3MHG | Genus

Total Genus 127

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	127
sequence length	323
structure length	323
Chain Sequence	TLTENKRKSMEKLSVDGVISALAFDQRGALKRMMAQHQTKEPTVEQIEELKSLVSEELTPFASSILLDPEYGLPASRVRSEEAGLLLAYEKTGYDATTTSRLPDCLDVWSAKRIKEAGAEAVKFLLYYDIDGDQDVNEQKKAYIERIGSECRAEDIPFYLEILTYDEKIADNASPEFAKVKAHKVNEAMKVFSKERFGVDVLKVEVPVNMKFVEGFADGEVLFTKEEAAQAFRDQEASTDLPYIYLSAGVSAKLFQDTLVFAAESGAKFNGVLCGRATWAGSVKVYIEEGPQAAREWLRTEGFKNIDELNKVLDKTASPWTEK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__373143125832491__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__373143125832491__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3MHG/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__373143125832491__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"373143125832491","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3MHG/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__373143125832491__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cff8f36ac51c2a53d45ae5b/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cff8f36ac51c2a53d45ae5b/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cff8f36ac51c2a53d45ae5b/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cff8f36ac51c2a53d45ae5b/pdb.gz): 566 ms

reading 323 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

323 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 32 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:322});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Streptococcus pyogenes serotype m1
publication title	Structure of a class I tagatose-1,6-bisphosphate aldolase: investigation into an apparent loss of stereospecificity. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
total genus	127
structure length	323
sequence length	323
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.40: Tagatose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2010-04-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01791	DeoC	DeoC/LacD family aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3mhgA00

3QMTA 4FB7A 4Z08A 3QW4B 1RR2A 4GUGA 5FF2A 3MHUA 3P82A 5KZDA 3R2GA 3CWOX 3LHVA 3QM3A 3C2VA 4A3UA 4UTUA 1KFBA 1LBFA 4BWLC 1OFAA 3CT7A 1HO4A 3HG2A 4WY0A 5D30A 4HN4A 4O12A 3W1QA 4YL2A 2WKJA 3HQ1A 1GQNA 1ICPA 3LDVA 2A7PA 4FHAA 3IIXA 3RMJA 1TV5A 2QJGA 4ONVA 5J5RA 5KZMA 4MZ8A 2I14A 5F2LA 5AHNA 5FEPA 3BARA 1FCBA 3PBVA 2G97A 2QCGA 3EWZA 4JX6A 5D2VA 2ATMA 5J5DA 4LS2A 3H55A 3CTLA 1KTNA 3IVTA 2YX0A 2I9EA 1JRBA 2X1TA 1ZAIA 3W3OA 3BPWA 1TPDA 2QF7A 3INPA 2B7QA 3G0SA 4DO6A 3O6CA 1WOAA 4AF0A 5DXYA 5DCDA 3STGA 4UC5A 2FQIA 2PCQA 4YMZA 2J27A 5C6MA 2F7FA 3VI2A 1ALDA 3HG3A 3G0UA 3W7EA 4ZL1A 2VENA 1L2UA 1SW7A 2V2DA 2PC4A 1FY6A 2ZTKA 1SO3A 1W31A 1X6UA 2CFFA 1KM2A 4MIMA 2DP3A 4LC8A 3M5ZA 5F2GA 1WDWA 3M7WA 1W5MA 5DCEA 5BOOA 2WNNA 3W22A 2WSYA 2DORA 2VEPA 4EIVA 4RLIA 5SWUA 3ABSA 3SY5A 3NL6A 2C19A 3LV5A 2BLEA 2A4AA 3KOFA 3TXZA 2E6YA 3TX9A 3B0PA 3P5ZA 3HG5A 4JYFA 3CU2A 1VLWA 2VXNA 3B4UA 3E49A 3O06A 7TIMA 1BEUA 1I4NA 1UJPA 1ME7A 3E0IA 2OZ0A 3G8EA 3DXIA 4I7UA 1TYGA 1GT8A 3QC3A 3GVGA 3NQ8A 3W88A 4KWVA 4MVAA 1RQEA 2NXIA 5EBUA 3HF3A 4DPQA 1GTEA 1FQ0A 2ZZ3A 1R30A 3G1FA 3L5AA 3OG3A 4RKAA 3LHTA 3ABRA 5DY2A 5K9XA 3TQKA 4UR7A 3MUXA 1GZGA 2FFCA 4GUJA 3LCXA 1OJXA 1SPQA 3BG3A 2JK2A 3DENA 4AWUA 1OFEA 1EPXA 4EF9A 2G96A 3QZEA 3L65A 3NGJA 4HNTA 1VLIA 4M19A 2GQ9A 5F2IA 5ABTA 1QO2A 4N2YA 3W7GA 4IWWA 1FWNA 2QCHA 1QPNA 2GQ8A 1I2RA 3FJLA 1SW0A 5CKSA 3HOJA 3LBCA 2BTMA 2E6FA 3MW7A 1VYSX 1RQBA 3NQDA 4BI7A 1XBZA 4JTEA 3L0GA 1R2RA 3M9YA 1ICQA 5FEXA 2H8XA 3LTSA 4WQ6A 3U8GA 1PS9A 3UWVA 4K8EA 2AGKA 5D33A 2J9YA 1T99A 3QH2A 2QR6A 2VKZG 3HBLA 1TTIA 2V30A 4X22A 3G22A 3HPZA 2C15A 4QM1A 4ICNA 1AL8A 2JBMA 3G3MA 3NVTA 1K8XA 3IEBA 3NA8A 3IGSA 4CLMA 4B5NA 3HGJA 3JR2A 3LCGA 4O11A 5FEZA 5G1YA 1YPFA 1OX6A 2Q8ZA 2ABAA 1AW1A 1TSIA 3QEZA 4AB4A 5AHIA 2V5LA 4HIBA 3ABOA 1K3UA 1B4EA 2EPHA 1JUKA 3C56A 4IPJA 5EA9A 4AHOA 5D03A 3VKJA 1SZEA 2B4GA 4IPIA 3A22A 2HS6A 1GTHA 3TH6A 1DHPA 2C6QA 3BG5A 3LCWA 5CPNA 4ZQOA 2DZWA 1OFDA 2E5CA 3W1LA 3TV8A 4NJHA 1IXQA 3NQEA 1YDVA 4UFHA 5G2IA 3NL5A 3M5XA 1E51A 4AH7A 4CCDA 4N6FA 1JCXA 1NEYA 4N4PA 4AWSA 1SZFA 4TU1A 1ZCOA 3W7DA 1A53A 3MJYA 4LRSA 1HFBA 2DZXA 3NDOA 1FWRA 3NM1A 3OIXA 1YADA 2A6NA 5K4ZA 3PB0A 4MY8A 3TFCA 4FIRA 4CNPA 3CWNA 4BWLA 1GVRA 4HNUA 1LRTA 1O5KA 4LY8A 2ZYFA 1M5WA 2ZZ1A 1WX0A 1S3HA 1UB3A 3PUEA 3CLMA 1KTBA 1GYNA 3LTPA 1TTQA 5LNUA 2FPYA 3JS3A 3PUDA 3P61A 4IXHA 1NF7A 1KW1A 4NNBA 2ATSA 4WZHA 3LHWA 1TQXA 4CQ9A 2A7NA 1HG3A 4O4WA 3CIXA 1H7OA 4MY9A 4UFKA 1LZOA 4ZQMA 4FNTA 3C61A 4PL1A 3I7QA 5G4WA 2DJXA 3W2JA 1EP1A 3BW3A 1JCJA 2JKAA 3STCA 4POCA 3TROA 3U2OA 3F1QA 4Z0SA 1RZMA 1H7NA 4PTNA 4YLWA 3UWWA 2Y88A 1DV7A 2Y7DA 4M6VA 1UASA 4LVBA 4JY8A 4LV4A 5DXXA 4GFSA 5CZJA 5A5WA 4JTGA 3NQVA 3WK1A 2JKEA 4AEOA 3TSBA 3NAVA 2QCFA 4RCXA 1OX4A 1LRNA 2H8ZA 5CPOA 3N9SA 3PBWA 4LRTA 3DFNA 3W7JA 3NQFA 2OJPA 4K8HA 1VH7A 1JJKA 4K37A 3SGUA 2ZDRA 3LXAA 5U4NA 3TC6A 3LLDA 2PURA 5L9FA 2V2HA 3W1AA 3PS7A 2V0TA 3TXVA 3SGZA 3KRZA 1PCWA 3S0CA 2BSLA 4CNOA 3LHZA 1LORA 3KRUA 3SR7A 5CGQA 2D73A 2X2GA 4Z1AA 3MHGA 4OU1A 1XKYA 3GYEA 1B3OA 1X8FA 3C2OA 1HUVA 5D2TA 4KFOA 3MBDA 3FIGA 1CI1A 3QYQA 3LCIA 2NUWA 1YLVA 5HWJA 2C0AA 4WX2A 4JDYA 3S5NA 4O4VA 2XN2A 4UIOA 1YTEA 1DVJA 5I3FA 5HUPA 4CNNA 1K7EA 3W83A 5AC8A 4D2JA 2GQAA 3A24A 3I68A 4GUIA 4YCPA 3NQ7A 2AQWA 3EKZA 3TUUA 5D09A 1P1XA 1TIMA 3OEXA 5DELA 3RK8A 1J2WA 1P0KA 3T78A 3Q37A 4O54A 3DZ1A 4RJEA 3LERA 3LB0A 5HQEA 1KV5A 3O1NA 4Y96A 1CX9A 3F03K 1VCGA 4FNRA 4FX8A 1F2JA 4UNKA 3T4CA 2VEKA 5K2ZA 5CG7A 3BLIA 3FKKA 4XKYA 5K7JA 3N2MA 3S5YA 1C29A 3THAA 1H7WA 3KRSA 5LHEA 1EWEA 3P80A 3UPWA 3TIMA 2QCMA 3I65A 1NVMA 1W54A 5LHFA 4JTIA 4CCCA 4NUWA 3OVPA 4MJZA 2E5DA 4JN6A 1SZNA 1TTPA 4KWWA 1KFCA 3HPSA 3KVKA 4O19A 1QOQA 4DQWA 1GVFA 5D2XA 3W87A 5K9DA 3NNTA 1SO6A 5I3IA 4UNLA 3O07A 2YYTA 4K7VA 3AJXA 1XBYA 2NZLA 4IMFA 5HINA 3GX9A 5AHMA 3WK2A 3EEGA 1MEIA 1F5ZA 3G24A 1S5WA 3UNDA 1EP2A 2B7NA 1B4KA 3W1UA 1TPVA 4MKNA 4E2DA 1PE1A 1QOPA 1MEHA 2R91A 5H91A 1AW2A 2ALDA 1K8ZA 4UFIA 2PRHA 4PC8A 4FNUA 5LZLA 3GKFA 1A5SA 3M47A 1D3HA 1LCOA 3S1XA 2C18A 4O1BA 4GNJA 1DORA 2H6RA 2E5BA 3E96A 4MPQA 4ZZ9A 2X16A 1YTKA 4TMBA 1U5JA 4O13A 4NQ1A 3TNOA 2YR1A 5D32A 1XL9A 1KM0A 2ZFAA 4IX0A 3C4UA 4YXGA 4S1FA 1XBVA 5A8GA 2FB3A 5LNSA 3GDLA 4WXYA 5E93A 1VHCA 1S5VA 3C0JA 3KHJA 2CZFA 3TDFA 5FESA 2PRMA 2Z1BA 1O95A 5BMXA 1KLZA 4RK8A 2JKPA 1VYPX 2QJIA 3PBUA 2ZA1A 3TKFA 1EA0A 2VFIA 1AG1O 1ZFJA 4UMBA 4NJKA 4YWIA 4TO8A 4N9BA 1UBSA 3Q94A 3TU9A 2JGQA 1JRCA 1R2TA 2QKFA 4P2VA 2J6XA 2VFDA 1SR9A 1O4UA 3LHUA 3R5EA 3W7OA 4M6QA 5K3VA 2NXGA 4OQVA 1XC4A 4DBDA 2ZRZA 3NG3A 3QF0A 3WK3A 3KVJA 3OA3A 2X1SA 4I9AA 2HMCA 2CZDA 4ADSA 2QDHA 3RNDA 2Z6IA 1TCDA 1F7BA 4IMEA 4MLRA 1VRDA 1VGAA 1VPXA 4OV4A 4Y8FA 3L21A 1UUMA 3LXCA 4MOZA 4EOUA 4Z0JA 2NV2A 3GDMA 3PWAA 1VZWA 4FO4A 1KM3A 4GXMA 5KITA 1G67A 3DI1A 3UD6A 2C13A 1IXNA 5D38A 5CPLA 2A21A 3LCLA 1Q6LA 5EMUA 2ZZ4A 4RXFA 4UTKA 3IV3A 1JCLA 3QPZA 2V9DA 5DLCA 4HT3A 4QNWA 2XFWA 3THQA 3B0VC 4R34A 1LLZA 2R8WA 1AK5A 4XTIA 4RZ5A 1NSJA 4DF1A 4QNEA 3TW6A 1QFEA 4BFAA 5D04C 4K36A 2ZA3A 3NYZA 5AOUA 1NF0A 3QQ0A 4XQ6A 2G5WA 1YXYA 1Q6OA 2YXGA 2CLOA 1OFRA 1I2NA 1EIXA 2Y7EA 4O57A 2E6DA 4K6AA 3W86A 4E0CA 1WV2A 1G6CA 3C6CA 3W85A 2UV8G 5G2WA 1P0NA 3B04A 3Q2DA 3MMTA 1W1ZA 1R47A 3WJWA 3BW2A 3P81A 2VFHA 3G1YA 3QJAA 5BW6A 3CEUA 2YDAA 2DU2A 3WFAA 3DFQA 4C1LA 1ZNNA 1IGSA 3TE9A 3LV6A 4JTUA 1LM1A 4JYDA 4FNPA 3MO7A 5F2MA 4GRSA 1WA3A 1FX6A 3Q58A 2ZTJA 2B7OA 3HGRA 3T55A 1H50A 1OYBA 2WQPA 3ANYA 3GXPA 3M41A 1ONRA 4DPPA 1DQWA 3LM7A 4H4IA 3TK7A 1ZAJA 5LSMA 3P5YA 5EL1A 4EF8A 1LBLA 5DBUA 4UCGA 3STFA 4X2RA 3P7YA 2YGYA 2NLIA 5G4EA 1K7XA 1QNVA 2CZ5A 4OBTA 5G1TA 1WYIA 2ZZ6A 4JR5A 1H7XA 1K03A 1OHLA 5CSRA 1P4CA 1EUAA 1H1ZA 1OFBA 2XN1A 4O16A 1Z44A 2C3ZA 4N4QA 2EGZA 3PSWA 5EY5A 2GVGA 1ZHAA 4MZ1A 4NJGA 4N02A 4XZ9A 3QSRA 1U83A 1TRIA 2VC6A 1F6PA 4JTLA 1XI3A 2QCDB 5DBTA 5C54A 4E38A 3OVQA 2VELA 4U28A 4ALDA 2EF9A 3LI1A 1QMLA 1JUEA 4LTSA 3N73A 1F73A 2QCNA 3P8JA 4JGDA 4BI5A 4K39A 4AHPA 3JRKA 4LVGA 4N9CA 1FWWA 3G1HA 3W1XA 3MYPA 1VR6A 4DF0A 5D02A 1Y0EA 2QUVA 3UY7A 1LRQA 3MP5A 4LS0A 3TSDA 1VYRA 2A1YA 3IVUA 3G1VA 3WJXA 3IIVA 3W6YA 3L5MA 2QDGA 4XTDA 1WOBA 4GBUA 1RVGA 3B0UX 4W9TA 1M7OA 1Q3NA 3E02A 1LOSA 4IMDA 1FDJA 3AO0A 4JTKA 1FUYA 4RXGA 3BK0A 3ZWTA 2VFFA 5HWNA 3W07A 4TX9A 2V2CA 3A9IA 2W79A 1VHNA 2YCEA 5CPMA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4AX6 A;  3DHP A;  3E12 A;  3U0H A;  1W1P A;  1H51 A;  4FIQ A;  3CZG A;  4D6D A;  1QPQ A;  1F9C A;  5L6U A;  4M5P A;  2ZZ7 A;  4NYU A;  4H83 A;  3UEQ A;  5DY3 A;  1VB9 A;  3N4F A;  2J7F A;  1MUM A;  1KCK A;  1A0E A;  4YTS A;  2P76 A;  3SRH A;  4BCE A;  1S5M A;  4X3Z A;  1W0M A;  1TIW A;  4NAS A;  3SCO A;  3W7P A;  2V5B A;  3IJ6 A;  3AIB A;  1XBX A;  1RLD A;  1BFN A;  2P8C A;  1E1F A;  1KGU A;  4DUV A;  3GG0 A;  3G1S A;  3GBD A;  1NFB A;  3RG6 A;  1JZ7 A;  1OFO A;  1V6U A;  4UZU A;  3RO6 A;  1EGM A;  5C9Z A;  1OK4 A;  5DCB A;  1XD1 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3MHGA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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