3MP3 | Genus

Total Genus 103

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	103
sequence length	296
structure length	296
Chain Sequence	TLPKRVKIVEVGPRDGLQNEKNIVSTPVKIKLIDMLSEAGLSVIETTSFVSPKWVPQMGDHTEVLKGIQKFPGINYPVLTPNLKGFEAAVAAGAKEVVIFGAASELFTKKNINCSIEESFQRFDAILKAAQSANISVRGYVSCALGCPYEGKISPAKVAEVTKKFYSMGCYEISLGDTIGVGTPGIMKDMLSAVMQEVPLAALAVHCHDTYGQALANTLMALQMGVSVVDSSVAGLGGCPYAQGASGNLATEDLVYMLEGLGIHTGVNLQKLLEAGNFICQALNRKTSSKVAQATC

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__309905734708378__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__309905734708378__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3MP3/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__309905734708378__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"309905734708378","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3MP3/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__309905734708378__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cff92800d0768f53743d2d3/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cff92800d0768f53743d2d3/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cff92800d0768f53743d2d3/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cff92800d0768f53743d2d3/pdb.gz): 1480 ms

reading 296 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

296 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:295});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Functional insights into human HMG-CoA lyase from structures of Acyl-CoA-containing ternary complexes. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Hydroxymethylglutaryl-CoA lyase
total genus	103
structure length	296
sequence length	296
chains with identical sequence	B, C, D, E, F
ec nomenclature	ec 4.1.3.4: Hydroxymethylglutaryl-CoA lyase.
pdb deposition date	2010-04-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00682	HMGL-like	HMGL-like

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3mp3A00

3L65A 2QJGA 3DZ1A 3ZFHA 3DXIA 5C54A 3GX9A 3SFKA 3TROA 1OFRA 3B06A 3ZS4A 1O5KA 2VOMA 1EP1A 4XUGA 3UZJA 1TPH1 1WXJA 1GWJA 3UXAA 2Q8ZA 4TX9A 1ZCOA 4AEOA 3S1UA 4OV4A 2VEKA 1H7OA 2GVGA 2C6QA 1NF7A 1EUNA 2W0UA 1H7XA 1LM1A 3CM4A 3ABRA 3KHJA 3HO8A 1H60A 4NQ1A 2ZRZA 1YXDA 2J6XA 3F4WA 4WOZA 4E38A 5G2IA 5BOOA 1HL2A 3Q2DA 1FWSA 4TMCA 5LHEA 1ML1A 1W31A 3FJ6A 1SZEA 2YSWA 4JY9A 2Y89A 1I2OA 1B57A 5TBOA 5D04C 4MOZA 4WJEA 3TV8A 2H3DA 3CTLA 3LCIA 5EA9A 2A21A 3M5ZA 3W7DA 4IUOA 2Z2UA 1NF0A 2QCLA 1UUOA 4FB7A 3MYOA 3NZ1A 4S1FA 3M7WA 3S1XA 3T44A 2WQPA 1B4EA 3UZ5A 5BMWA 5F2GA 1GPWA 1JUEA 1BWLA 3BW4A 1WV2A 1Q45A 4OBTA 1KFLA 3TFCA 4LT9A 3RLVA 5F1VA 1SO5A 4DEFA 6ALDA 3W7QA 5C55A 4YLWA 1IXPA 1YPIA 4AH7A 1WOAA 4GJ1A 4ONVA 3THAA 1XDMA 2IQTA 4WD0A 3OA3A 2XN0A 2QAFA 5KMYA 3S42A 1YDVA 3GKAA 4M7SA 1KLYA 1XM3A 2O7SA 4NVTA 2ZZ6A 3NG3A 2QCCA 4Q33A 5C6MA 1I4NA 4Z1BA 5BMXA 3OIXA 3S5ZA 2R91A 2YYUA 2J27A 5F4XA 1MEWA 3TC7A 1FWTA 3NVTA 3W1NA 3LLDA 1DKWA 3U8GA 4UMBA 4UXDA 3LRLA 1LP6A 2JKAA 2CLIA 4JXCA 1KTCA 3N14A 1WBJA 4YL2A 5G1YA 3M41A 4G1KA 5EL1A 4GFSA 1P4CA 4FIQA 1KBIA 2YXGA 2GJLA 4P2VA 3LV6A 3NPVA 2VXNA 4JX6A 3UWWA 1TREA 3D0CA 4FNRA 4QQ3A 4FNQA 2C13A 3L0GA 5CZJA 3OHIA 5EKYA 1HFBA 4BWLC 1YDOA 2TPSA 1N55A 4H3DA 4DPQA 4HSNA 1TPVA 1J2WA 3M9YA 4HPXA 1IXNA 1H7WA 4TR9A 2EGZA 3NQAA 1LOSA 3AJXA 4AAJA 5MHBA 3TMQA 3GR8A 4QM1A 1J4EA 1H62A 2I14A 2Y62A 3W7GA 2DZTA 5AHFA 5LGZA 3L5MA 1VPXA 5K9CA 1G69A 4O17A 3CEPA 1FUYA 2ZA3A 3I65A 5D05A 1TMHA 1F6PA 5HULA 1L6WA 1VR6A 5AN7A 3UWYA 4GRSA 2A4AA 3CC1A 3TU9A 1G6CA 1TO3A 1HO4A 3LTPA 1SO6A 2HS8A 3BG9A 1F74A 3PSVA 2E6AA 2GQAA 4PL1A 3W9ZA 3WJSA 1VHNA 3QF0A 1KM3A 3GDMA 3C2FA 3LOTA 4K38A 1ONRA 2OT1A 4NJGA 4ZQMA 1RPXA 3LHTA 3NL5A 2ZFAA 1RQBA 2ZA2A 3QM3A 2WSYA 3CPRA 1U83A 3F4NA 4LV4A 2BX7A 2V82A 1LBLA 1SW7A 1TQJA 4UMAA 1UBSA 2E5DA 4JD4A 1VZWA 1G67A 3EX1A 3VE9A 4DF1A 4MY8A 3QMSA 4MJMA 1KW1A 2QCDA 3M0ZA 4NNBA 1VC4A 2Y7GA 4I7WA 5KSWA 3IIPA 3DI1A 1GOXA 4WXZA 3O6CA 4AHPA 5HINA 3STCA 2VFDA 3P81A 1X1ZA 2I9EA 1QO5A 3NGJA 2NUWA 1ICSA 2C19A 4FF7A 3B4UA 5CSRA 4GBUA 3W23A 3PY2A 3NR0A 4GUFA 3KRSA 3PF3A 3USBA 4FX7A 4PCFA 2X1SA 4CQ8A 4UR8A 1C8VA 2ISVA 4I7VA 3ATYA 2QCMA 2VEPA 3W1PA 4UFJA 2QUUA 5KZDA 4ZMGA 4NXSA 4NZFA 2P0OA 4UC5A 4UFIA 4ZVJA 1D3GA 3RK8A 2PRHA 4MY9A 3DBPA 3VE7A 2CZEA 3EWZA 4RLIA 4MKNA 3HGOA 4XWUA 1LBFA 1S5WA 3W7MA 5H2ZA 5CZSA 5AYZA 2B7NA 3UXDA 4BFAA 1MO0A 4LWWA 4PC8A 1TSIA 4O4VA 5LNVA 4C1LA 2FFCA 1XKYA 3KOFA 2FJKA 3UQNA 5D37A 3W76A 1HG3A 4PH6A 2RDUA 2NXGA 4LTSA 5LNRA 4MUZA 2FB2A 2VFGA 1YTEA 3E49A 1NVMA 1FQ0A 1AMKA 2X1TA 1V5XA 1VCFA 2HSAA 1EUAA 5FF2A 3G22A 3A23A 4WZHA 3E0IA 1YPFA 2ZDRA 4UTWC 4NT0A 3KFTA 1D9EA 1QPOA 4AWSA 3C2RA 4X9SA 4UFLA 5LGXA 2ISWA 3GK0A 1RQHA 1W5OA 3O06A 3TXZA 2OT0A 1JJKA 3EXTA 2C14A 5K4ZA 2QF7A 4YXGA 1EWDA 5T26A 4O10A 4PFMA 4EF8A 1I45A 1KFEA 1JCNA 4IMGA 1XFBA 3M44A 3HGJA 3KRUA 1Q6QA 1X1OA 4LRSA 2ALDA 3W85A 5KTLA 2FIQA 2V0TA 4GWEA 3HGSA 4N6EA 1JUBA 4DF0A 4YWIA 1I2QA 3QPYA 4MZ1A 5D2WA 3BVJA 1R46A 3P60A 3HOJA 1T99A 4GUJA 3LTSA 2ZQ0A 1LYXA 2DP3A 1LZOA 3PG8A 3M5XA 1OYBA 5A5WA 2CLMA 1WYIA 1CI1A 4NJJA 2CLFA 3HPXA 1VS1A 1PL9A 2E5BA 5D32A 2TRSA 2WNQA 1TJRA 2CZDA 3GKFA 1ICQA 2BTMA 2EF9A 3W75A 1OF8A 1ZAHA 2WKJA 4R33A 1EIXA 1X8FA 3BLEA 4LVFA 1U5JA 1B4KA 5IBXA 4O1DA 3A24A 1Z44A 1W1ZA 5EBUA 3R5EA 2CLHA 3EWBX 4JDBA 5AHNA 4Z0JA 2A7RA 1YLVA 4FNTA 2E68A 3DGRA 1TJPA 1WAUA 1YXCA 1N8FA 3KVLA 1G4SA 4I7UA 3IGUA 1O5XA 3FOKA 1ZNNA 2A6NA 3NDOA 4LS1A 1QPNA 4RK8A 3TDFA 4QJ1A 4MYXA 3P8JA 3PUDA 4IX0A 1OABA 1VYSX 1KBJA 2CLLA 3W1QA 5DN1A 3TA6A 4PL2A 2NUYA 2P10A 2A7PA 4FO4A 3LGEA 4AVFA 4MJZA 3QSRA 3W84A 3L9CA 5FF3A 3WJZA 2KZHA 3M1ZA 2AQWA 3SI9A 1Q3NA 4JTTA 2V9DA 3B04A 4A2RA 4R7JA 1GVRA 2QAPA 1MEIA 3ZWTA 4Y8FA 5AC8A 3LI1A 3CB8A 2B7PA 5G2WA 3W2JA 2GUUA 5DCBA 7TIMA 1K02A 1GTEA 3I7SA 1LDCA 1KV5A 4LC8A 5FF0A 3Q37A 2QDHA 4ML9A 3P62A 4WXYA 3UWVA 3C6CA 1I2NA 5D09A 3G1HA 4AWTA 4M6QA 1K3UA 3S8HA 5J5RA 4JNMA 3FEMA 3TNOA 3IRDA 3W1AA 2ZCGA 2AGKA 4K8HA 2GVLA 3PB2A 5G2HA 3GXTA 1JCMP 1THFD 4L4LA 4PA8A 3L21A 1F2JA 4AHQA 3W87A 3TC6A 3MW7A 2YR1A 5G4EA 1DJQA 3TK7A 3O15A 3IIXA 2GOUA 4UIOA 1LCOA 1Q6LA 1TIMA 3MHUA 2DZVA 4JX4A 4ZZ9A 1TRIA 3M16A 1XC4A 2FPYA 2X1RA 3W2MA 4A22A 4MZYA 2XN2A 4XKYA 2A2IA 3E9AA 1W3NA 1GTHA 4H6KA 4HNUA 4HSOA 3V75A 1A5SA 1QNVA 1ZY9A 3HB9A 5HR6A 4UFMA 3NQFA 5I3FA 1GYLA 3W7IA 3OVRA 3G1YA 4O52A 4X3ZA 4XKYB 3MMTA 4NZJA 1H7PA 3THQA 3NPXA 1G7UA 2YZRA 4ALDA 1PVNA 1LTDA 2NV1A 4L4MA 1Y0EA 3TQKA 2NV2A 1ALDA 3G1DA 3DKJA 2FPTA 2ZBTA 3FYOA 1FX6A 1FDZA 4JYEA 2QJHA 2A0NA 3BGGA 3M6YA 1M5WA 2DZXA 2CZ5A 1FBAA 3W7CA 3N19B 1OHLA 4O8RA 5AYXA 3TIMA 3SZ8A 3G3MA 1KFKA 3ABQA 5K2ZA 2TSYA 1ZFJA 1V7YA 4C1KA 4MPQA 2I1OA 3G8EA 3LHYA 1BWKA 1VLIA 4MFDA 3C2EA 5I3KA 3HPZA 2TYSA 3DU0A 5LKYA 4YMZA 4BR1A 5HMSA 1FWWA 2RDTA 3EWYA 1TCDA 4RXFA 5C2XA 4JYFA 1Q6OA 1MEHA 1W37A 4JTGA 3NA8A 3DENA 2V2HA 1Z48A 2Z6JA 3S0CA 2OCZA 4NJHA 3FS2A 2Y88A 4O0ZA 1G4EA 2PRMA 4MYAA 5KINA 3DFSA 3OG3A 3CIXA 3W1LA 1YTKA 4WUIA 3IGSA 3B0PA 1W5NA 1GZGA 2EAWA 2V2CA 2FTPA 3TQVA 3TW7A 2WSQA 4DBDA 5E0KA 1HO1A 1XUZA 4AXKA 3SW6A 4ZQPA 1TTJA 4OT7A 2DZPA 2C16A 5HWNA 5DELA 1OX6A 1VYPX 2AAMA 4A2SA 4UTTA 1VGAA 1H7RA 3CHVA 3NQMA 4N9BA 3GXNA 3QH2A 3HIJA 3R12A 2X16A 5DBTA 1M7OA 1XCFA 2ZRVA 3DHDA 3W1RA 1FCVA 1YYAA 2A1YA 4OU1A 4ZQOA 1PHQA 3PB0A 2E09A 3FJLA 4A3UA 5ABTA 2G96A 4JR5A 2PC4A 3KRZA 1F73A 1P0NA 3INPA 3NL6A 4E2BA 3DFNA 4GXMA 5AHMA 1EB3A 1LRTA 4HKPA 3GDKA 3EXSA 1IXOA 2OX1A 2YYTA 1LRNA 1H61A 4NXKA 3W7EA 5KZEA 4QITA 3DI0A 3TUUA 3IVSA 3WK0A 3O8AA 4Z0SA 3O63A 4WOQA 3B05A 5EYWA 4AWUA 3BG3A 4MVAA 3W2NA 5BRBA 1M6JA 5CZ0A 1H5YA 3A21A 4O11A 3LB0A 3LBMA 4LVDA 3IV3A 3R8RA 5G1TA 3EWWA 4JTKA 3W7OA 1CW2A 3TKFA 2YW4A 2PRLA 3UPBA 4AF0A 2ZZ5A 3LDVA 3L2IA 5FF7A 3GDTA 8TIMA 5I3GA 1PCWA 4LNYA 3IIOA 4Q4KA 5H91A 2JGYA 3W83A 1JCJA 4LOCA 1DL3A 4AF0B 5K9DA 2J9ZA 1PCKA 3A22A 4ICNA 1ZENA 3FFSA 2B7QA 1ZAJA 4P61A 3CQ0A 3DFPA 3PBYA 4X22A 1N7KA 3PC0A 1CX9A 2H90A 2HS6A 3C56A 3LTYA 3SECA 3W6YA 4LV9A 4MIMA 4X2RA 2FPVA 1LRQA 3EX4A 4DBEA 3M47A 4UTMA 3FA5A 4XBKA 4O54A 3QC3A 1KA9F 1VRDA 3NOEA 1W5PA 3HG2A 3IIZA 3ANYA 2A85A 1EA0A 1UUMA 3EWXA 1KV8A 1JRBA 4K7VA 2YW3A 1KM1A 3G24A 4N4PA 4A21A 2NZLA 2ISSA 2RKXA 2PE4A 4IJBA 1TPDA 4MLJA 1SZGA 4PEKA 5I3IA 4O4WA 4MLRA 3UNDA 2YCEA 3M43A 2A5HA 2NX3A 3W73A 3Q94A 2YDAA 4GE8A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3PUE A;  4WVX A;  5ABE A;  3G8R A;  2ZA1 A;  4B91 A;  1NDV A;  5HAO A;  4O1F A;  2FHF A;  5J5D A;  1MSS A;  4B90 A;  4KFP A;  3ELF A;  2VKZ G;  3DFO A;  4Y9N A;  4Q22 A;  3S5S A;  4K37 A;  4RE3 A;  2P8B A;  3RFA A;  2DIE A;  1OG0 A;  4XO6 A;  4IG2 A;  4PUN A;  1OJX A;  2JKE A;  4DF2 A;  4FR1 A;  1ZCC A;  4Z2G A;  3VII A;  2FDS A;  1ICP A;  5HBF A;  2YBV A;  3RR1 A;  2H6R A;  2OSY A;  3AHT A;  2ZRX A;  4DZ5 A;  1V77 A;  4W7W A;  3THD A;  3H54 A;  2QGY A;  1WA3 A;  3DAQ A;  5BRO A;  2Q3O A;  2D0G A;  3QST A;  2Y8V A;  3UG3 A;  4KWS A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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