3MP4A

Crystal structure of human lyase r41m mutant
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
296
structure length
296
Chain Sequence
TLPKRVKIVEVGPMDGLQNEKNIVSTPVKIKLIDMLSEAGLSVIETTSFVSPKWVPQMGDHTEVLKGIQKFPGINYPVLTPNLKGFEAAVAAGAKEVVIFGAASELFTKKNINCSIEESFQRFDAILKAAQSANISVRGYVSCALGCPYEGKISPAKVAEVTKKFYSMGCYEISLGDTIGVGTPGIMKDMLSAVMQEVPLAALAVHCHDTYGQALANTLMALQMGVSVVDSSVAGLGGCPYAQGASGNLATEDLVYMLEGLGIHTGVNLQKLLEAGNFICQALNRKTSSKVAQATC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Homo sapiens
publication title Functional insights into human HMG-CoA lyase from structures of Acyl-CoA-containing ternary complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Hydroxymethylglutaryl-CoA lyase
total genus 101
structure length 296
sequence length 296
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 4.1.3.4: Hydroxymethylglutaryl-CoA lyase.
pdb deposition date 2010-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00682 HMGL-like HMGL-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3mp4A00
1K7FA 2Y89A 4M6VA 4QSHA 2C14A 2QUUA 1HG3A 1KFCA 4FX6M 4GC4A 4MIMA 1F7BA 1I2PA 1A5CA 5HR6A 3KVMA 3GKAA 1K8YA 4XQ6A 1ICPA 3O63A 5CPMA 2VC6A 3T78A 1UUOA 1H7XA 3LRKA 3TQ0A 1GT8A 1WA3A 3O05A 4O1DA 2ZA2A 3R13A 4ORMA 3TU9A 5AHIA 2QF7A 4N2YA 1JUKA 2YCEA 1ZAHA 2DZVA 5CG7A 4N4QA 2XN2A 4ADSA 5EY5A 4MZYA 3EX6A 3W7JA 3MBDA 1SZGA 4DPPA 2NLIA 2GQ8A 2V81A 1L6YA 2GPTA 5D2WA 3O6YX 3TQVA 3W6YA 1HTIA 4HNTA 2ZA1A 2BTMA 1OFOA 4LY8A 2RH9A 4WOQA 5F4SA 3MJYA 4YMZA 1JCLA 2Y7GA 1DKWA 5L9FA 2VENA 2C3ZA 4RKAA 4FNRA 2CZDA 1TV8A 3N19B 1JUEA 2DZUA 4MJMA 1XBZA 3G18A 4MVAA 1OJXA 1IXNA 2Y85A 3QRHA 4OV4A 2G95A 3NQMA 2EPHA 2A7RA 2J9XA 3LERA 2C0AA 1R2TA 1VLWA 1RQHA 4JY8A 2GOUA 1H7WA 3SZ8A 2ISSA 4IOTA 4S2BA 3C2FA 1JUBA 1H62A 4AEOA 2DP3A 2HS8A 3L9CA 3LRLA 1GYLA 2HMCA 1ZJIA 3Q2DA 2E77A 1SUXA 1QFEA 3ELFA 4I9AA 2QJIA 1B4KA 3P5ZA 1TRDA 2NX1A 3PG8A 3KAOA 1Q45A 3GIYA 4QISA 3RLUA 1SFLA 3W7PA 1FXPA 4PL1A 4O13A 1P0KA 3W22A 1Y0EA 3P84A 2C19A 2EHHA 4X9SA 3SJ3A 5CZTA 1VRDA 4AMAA 3KVKA 3LV6A 5CSSA 2Z1BA 1KFJA 3GDRA 3QMRA 3MHGA 3P60A 1IGSA 1H61A 3AJXA 3N14A 3W1PA 1J5TA 4WY0F 3W2NA 1KFLA 3S1UA 1JQXA 1LROA 1LLWA 1C9DA 3CIWA 3EX2A 3WK3A 1GOXA 1WYIA 1TRIA 3EWUA 5H2ZA 3QFEA 1B4EA 1NAL1 3QH2A 3A5FA 1KA9F 3WK0A 2PCQA 2CU0A 4JTIA 3EXRA 1OK6A 1DQWA 2YXGA 4N02A 2RDTA 1LOSA 1TYGA 3E9AA 3R12A 1KM1A 2CLEA 2E6YA 3DENA 3G1SA 2ZTKA 2DZXA 3E02A 3NQFA 1RR2A 3B05A 5C5YA 1FCVA 1H1ZA 3NM3A 2BLEA 4JTUA 5GVJA 3KVJA 4ADUA 5CPLA 4AB4A 1YDVA 3EWXA 2VEIA 5D33A 3O16A 1LM1A 5K7JA 3I7RA 3P74A 5J5DA 3EB2A 4UNKA 4O53A 1TIMA 1J4EA 2Q8ZA 3B4UA 3BGJA 4BWLA 4OQVA 3E96A 2G97A 1ME8A 1TPC1 3WJYA 2G96A 1P1XA 4TX9A 4PH6A 1HUVA 3BG5A 2WSQA 3FJ6A 4IMCA 1GVQA 2CLHA 3G1AA 1TPVA 1UASA 4Z0JA 1A5SA 2CLMA 3EWBX 5HWNA 3EWZA 1TREA 5AB3A 5G1TA 4O0ZA 1XUZA 4UTTC 3L5MA 1IXOA 1OYAA 1WOBA 3EX3A 3HJZA 3N34A 1H1YA 5EMUA 3NGJA 5D32A 4CCCA 3C2RA 3LCHA 1K8ZA 1Z42A 1LOLA 2BWGA 3WJXA 3NM1A 4HIBA 1DORA 2Z6JA 3W70A 4O54A 4JYDA 1VH7A 1KFKA 3RMJA 3LB0A 3TJXA 1TTJA 2Y61A 2VEKA 1IIHA 1AG1O 4LVFA 4UR7A 5LGZA 1DV7A 1O5KA 2OX1A 3MYOA 1V7YA 1OFQA 3LCFA 3M16A 3U2OA 3W2JA 5HNRA 1DL3A 3MO7A 3PUOA 5CZJA 2ZRWA 3ABSA 4XWUA 5SWUA 3UXAA 4JTKA 1DHPA 2QCHA 2OJPA 2H3BA 3NPWA 4WY0B 3UZJA 2V8ZA 1KTCA 3N2XA 3T4CA 1JRBA 1OFRA 4O4WA 3DFSA 3TAOA 2ZA3A 3O6CA 2YFNA 3L68A 2Q8LA 4R34A 3LCIA 3W2KA 5D38A 3DFPA 3DZ1A 3I7QA 1UB3A 3R5EA 1ME9A 3SGUA 2VFHA 3M5VA 3NO5A 3S5ZA 4AHPA 1NF7A 1KBJA 3LI0A 1YDNA 3WJWA 1P5BA 4MZ8A 4FNUA 1ZFJA 2NXIA 3L5AA 2QAPA 1FDZA 4HPXA 1GVSA 4JTTA 5D2XA 4JNMA 1W1ZA 1R2SA 5LKYA 1QO5A 4GUJA 1HO1A 1TQJA 3PUEA 2ZRYA 4O52A 3SSJA 3B0PA 5LHFA 4UFLA 1PV8A 3IIZA 4ZVJA 3C6CA 4FNSA 4NJIA 4YCOA 4C1KA 4UFMA 2JK2A 2R94A 3LBMA 3Q58A 3DKLA 4AHQA 1BEUA 4O0KA 4JDBA 5DN1A 4UTWA 3W1AA 1L9WA 2DZPA 4UTUA 3T40A 1GJPA 4AWUA 1KM2A 1Q6LA 1JCMP 1Q6RA 4O11A 4MY8A 2V2DA 3C3NA 3HO8A 5FF3A 3MWAA 1EA0A 1FXQA 2B7OA 3NVTA 4YL2A 4A29A 2C18A 1I4NA 2ZDRA 3NQ6A 3RLVA 1E51A 2NWRA 1D3HA 3CTLA 3M6YA 2QKFA 2Y63A 1SFJA 1KTNA 2OMAA 4DO4A 2TRSA 4L4LA 2WNZA 4KKXA 5BMXA 4XTIA 1SW0A 3L5LA 3LDVA 3EWYA 4ONVA 5CPOA 1PCWA 2QCNA 4Y6GA 3LXAA 4HPJA 2TYSA 3TQKA 1QO2A 3PWAA 2FB3A 1YPIA 2FB2A 3M5ZA 1A5AA 3PVFA 1N55A 3HQ1A 4Z1BA 2AGKA 3Q37A 1OX4B 1U5JA 1RZMA 1I2RA 2J88A 3VKJA 2J9ZA 4PC8A 3HGRA 4MLRA 1X6UA 2Q3OA 4RXGA 5AC6A 1IF2A 5ABTA 2YZRA 1AW1A 3HOJA 2DJLA 4WD0A 1DJQA 2ISVA 2G5WA 5AHEA 4JTGA 2J27A 4M7SA 4LVBA 3D0CA 1I8JA 3C2VA 1LBMA 4Z08A 5FF0A 5LNVA 3IIXA 1WV2A 1KM6A 2ZZ1A 4LUJA 3EKLA 4O16A 2B7NA 2QDGA 3HG2A 2E1DA 2UV8G 3O06A 1SZNA 1S5VA 3LCGA 4NJHA 1LBLA 1GYNA 2F84A 4LVDA 2E5BA 4Z1DA 1OHLA 1LRQA 1YTKA 3L67A 3RF9A 3N73A 5AYYA 5HJLA 3NQVA 2KZHA 5L6UA 4FF7A 1PS9A 3PR2A 2HS6A 1CI1A 1PCKA 3MYPA 4DO6A 3GLCA 2VEMA 3MI6A 4UTHA 2Z2UA 1OYCA 1RD5A 2C6QA 3L65A 4XBKA 4B5NA 2VELA 4EWND 3NPVA 5D30A 3GYEA 3G1DA 3CU2A 1H63A 4PTNA 5H91A 1VGAA 1F2JA 3MP4A 2W79A 3QM3A 2QCMA 4Q33A 3U6WA 2X30A 1XI3A 1LOQA 3G1HA 3BGGA 4ICNA 1AK5A 4JICA 1R46A 5AHFA 3GB6A 1FDJA 1XDLA 4HHPA 1YLVA 3YPIA 4MOZA 1JCNA 1I45A 4K7VA 3P67A 3S8HA 1J2WA 3GR8A 4NVTA 3PS7A 3CLMA 4NUWA 5IBXC 4IXXA 2GJLA 1ONRA 2WV8A 5FI8A 3W2LA 3PY2A 4LV4A 4E2BA 2FJKA 3G24A 1W54A 2YSWA 5LNWA 4ZL1A 4Y8FA 1W3NA 3S0CA 2PRMA 1P0NA 3TFCA 5CZSA 1PE1A 5CZ0A 3DU0A 4FX7A 3M47A 3L21A 1TTPA 4IMFA 3RFAA 3NL5A 3HGSA 1ZHAA 4IGHA 3LM7A 3ZS4A 4GRSA 5AN7A 1TB3A 4DQWA 2DZTA 4DF1A 3UPBA 1MEIA 1QPQA 2PRLA 3DFTA 4HNNA 1XUUA 3FYOA 3B0VC 2QCEA 4XBSA 3SECA 1NFBA 2ZRZA 1FUYA 3GDTA 1W3TA 5I3FA 1X1OA 4JN6A 5CSRA 1QOPA 3I6RA 2J9YA 1VR6A 4N9CA 5I3JA 1VPXA 5KINA 1VYSX 1KW1A 1Z41A 3BV4A 1QCWA 3LHZA 1O5XA 5BOOA 4HNUA 3OVQA 3HGJA 1W5OA 1VHNA 1TMHA 1MO0A 4IWWA 4RLIA 1OF8A 4GE8A 3QEZA 3ZWSA 4UTKA 4RZ4A 3UWQA 4DBDA 5DXYA 2W6RA 3NQEA 1H7OA 2ATSA 2XN0A 1VYRA 2VXNA 4DF0A 5I3KA 4ZMGA 4OHQA 2PE4A 3M43A 1YXYA 2Y7FA 3G8EA 4XKYB 1FDYA 4LU0A 1QPOA 3PSVA 1SO3A 3QC3A 3KRSA 1K7EA 3G3MA 4JX4A 4BK9A 4IMGA 3MUXA 2A7NA 2GVGA 3VI2A 3U8GA 1G4SA 1H7PA 1YPFA 3FKKA 4Y96A 4R7JA 2V30A 1GQNA 3TFXA 5CGQA 1FWTA 4M19A 4EF8A 4JYEA 1LDCA 1OX4A 1Q6QA 5CKSA 4EF9A 1HFBA 4CNOA 3DI1A 1KM4A 2FPVA 4Q4KA 1YYAA 3ABRA 1ALDA 2FDSA 1JRCA 4HSOA 1RQBA 4CNNA 2E6DA 4Z1AA 4UFIA 3C8FA 1LYXA 2WOQA 1L2UA 3HGOA 3LLFA 4R53A 3JS3A 3G1FA 1SPQA 3M1ZA 4GUIA 1QNVA 4ORIA 4LS0A 3QPZA 4PEKA 4C1LA 4S2CA 3UWVA 2ZZ2A 3H55A 1OX5A 4RX0A 5KZMA 2PURA 4E2DA 5HWMA 1G67A 3EXSA 3Q94A 4BR1A 2JKAA 1C8VA 4YLWA 1I2NA 3CWOX 3SFKA 4O12A 3CT7A 5C2XA 3UWUA 3G1XA 1NSJA 2JKPA 1SO6A 4K39A 3CIXA 5C6MA 4UTLA 4JXCA 1TJPA 3UWWA 5LHEA 2H8XA 3GVGA 1M7OA 3S1XA 3NR0A 3W83A 4HN4A 5CPNA 3TW6A 1BWKA 1IIGA 4UFHA 1H7RA 1OFBA 4Q32A 4DXVA 3NQCA 4KWVA 3SIZA 2WNNA 1AL8A 4LUIA 2O7SA 4MYXA 1OABA 3T7VA 4OE7A 2ZQ0A 3EX4A 1JR1A 2ZZ4A 3TNOA 1JCJA 3FIGA 3OBKA 3S1WA 1JVNA 1SZEA 3KHJA 3W73A 1AW2A 4ALDA 4HSNA 5D09A 3FLUA 3NNTA 5KTLA 3TW7A 3W86A 2GVLA 3MHUA 1ZY9A 1HO4A 2H6RA 1S5TA 3I68A 2FPTA 1B57A 2NX9A 3A9IA 3LGEA 5KZDA 5FF7A 2E6FA 3TUUA 1LTDA 1ICQA 2DJXA 4YWIA 1PL9A 3S1VA 4YCPA 2DZSA 3W7GA 3DFQA 5C55A 4PODA 5AOUA 1BWLA 2HTMA 1R30A 3E12A 3P61A 3B8DA 1M6JA 1VCGA 2VEPA 4NZJA 4BF9A 3HG4A 2QJHA 1B9BA 4CCDA 3PBUA 3MBFA 3W3OA 1QDSA 4UFKA 2BXVA 5DCBA 1SZFA 4N6FA 4QM1A 3W87A 4O10A 1GEQA 1LRNA 3NQDA 3SI9A 3W2MA 3P8JA 1FWWA 3KXQA 2ZTJA 3ANYA 4D2JA 4DBEA 4NJJA 2WQPA 5HWJA 4U28A 4BFAA 2ZBTA 4ML9A 3TE9A 1XDMA 4J9JA 2ATMA 3IIVA 3NQGA 4O1AA 1EUNA 3GR7A 1EEPA 1TQXA 3NXFA 4P61A 3UQNA 3CEUA 4XKYA 2V5BA 3B06A 3FOKA 3BVJA 4LVGA 1G7VA 3KVLA 3THAA 3LRMA 3TC7A 1GG0A 1G6CA 3STCA 2FFCA 1XL9A 2RFGA 1LP6A 3BW3A 4O1BA 3QMTA 1EX5A 2V9DA 1RVGA 1KM5A 4O15A 1IXQA 3EXTA 5D02A 3TXZA 1K03A 2TSYA 4M7TA 1GVFA 1VJIA 3W71A 4O8RA 3F1QA 4N9DA 3ABOA 1PIIA 3W7RA 2CZFA 1KFEA 4LS1A 2E5CA 5DCDA 1AL7A 1YDOA 1VLIA 3ZR4A 3LHWA 4HKPA 3CC1A 4MYAA 5FF4A 4LC8A 4NU7A 2QCCA 5D04C 4QNEA 1TPB1 4XTDA 1KBIA 1LLZA 3O07A 3QYQA 2CLKA 4NNCA 3M5XA 1GG1A 1ICSA 4CQAA 1D9EA 2NUYA 3RU6A 1KLYA 3W7LA 4O1CA 3HBLA 2AQWA 4JEQA 3DI0A 4NXKA 1EP2A 1TV7A 3CM4A 4DELA 4LW7A 3TSDA 1V5XA 2A1YA 2H3DA 5TBOA 1KM0A 3QMSA 4W9TA 4LT9A 4O18A 3W1QA 4H6KA 7TIMA 2QCFA 3HIJA 5G2HA 3TK7A 2VFFA 1MZHA 5KSWA 3WJZA 4AVFA 4NXSA 3HPXA 4K6AA 4UR8A 1DOSA 2DORA 6TIMA 3H54A 3W7KA 4BI6A 4L4MA 3EWWA 4X22A 1YTDA 3MP5A 2YFOA 3NL6A 4R33A 3P82A 4LRSA 1GVOA 2FTPA 4O17A 2FQIA 1UCWA 3PSWA 2CZ5A 3HPZA 1K02A 1CW2A 3GDMA 3IVUA 4GJ1A 2YW4A 3W1TA 2VOMA 3LCXA 4MY1A 2CFFA 5F2GA 3BPWA 1W5NA 1JCXA 3E49A 3RNDA 3MI3A 5LZLA 1KFBA 4JIQA 3QW4B 2VFGA 3TC6A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4D6G A;  4QSH A;  4FX6 M;  3VIM A;  4LPC A;  4LYR A;  5HR6 A;  1B9Z A;  3AFB A;  3QHM A;  4XSL A;  2VC6 A;  2OQY A;  4F9J A;  2PZN A;  4O1D A;  2YXX A;  3RJX A;  1O1Z A;  1ECE A;  5AHI A;  2DZV A;  4RZB A;  2XN2 A;  2D24 A;  5EY5 A;  1RK5 A;  4I9J A;  2OGJ A;  3EX6 A;  2GQ8 A;  1CGX A;  2GPT A;  4J27 A;  3I3B A;  3WQC A;  2ZA1 A;  1MQP A;  1KKO A;  2WMH A;  2OQL A;  3KL5 A;  4NZ1 A;  4YMZ A;  2BY2 A;  1JCL A;  1KXH A;  3QY7 A;  3GC4 A;  4H2C A;  3N19 B;  1JUE A;  1U1H A;  1EXP A;  3M07 A;  2W92 A;  1XBZ A;  2PDC A;  2BP1 A;  2Y85 A;  3QRH A;  2X42 A;  4E5T A;  2G95 A;  5C9X A;  1HW6 A;  2J9X A;  4YTT A;  4C6E A;  3AWO A;  1VEN A;  1UKQ A;  2GOU A;  3A4X A;  4GJJ A;  4CVU A;  4IOT A;  4B3L A;  3C2F A;  3VC5 A;  1JUB A;  3ANV A;  1H62 A;  2Q02 A;  2DP3 A;  1ONX A;  3LRL A;  4EXA A;  4QDW A;  3UCC A;  1GYL A;  2HMC A;  1ZJI A;  3Q2D A;  1DXI A;  2ZUT A;  3QFW A;  4PBG A;  1SUX A;  2OX4 A;  1XRS A;  5DQP A;  1NEL A;  5M1T A;  4ZOA A;  2NX1 A;  2IQD A;  1S46 A;  1VFL A;  3RLU A;  3W7P A;  1FXP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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