3MP5 | Genus

Total Genus 102

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	102
sequence length	296
structure length	296
Chain Sequence	TLPKRVKIVEVGPMDGLQNEKNIVSTPVKIKLIDMLSEAGLSVIETTSFVSPKWVPQMGDHTEVLKGIQKFPGINYPVLTPNLKGFEAAVAAGAKEVVIFGAASELFTKKNINCSIEESFQRFDAILKAAQSANISVRGYVSCALGCPYEGKISPAKVAEVTKKFYSMGCYEISLGDTIGVGTPGIMKDMLSAVMQEVPLAALAVHCHDTYGQALANTLMALQMGVSVVDSSVAGLGGCPYAQGASGNLATEDLVYMLEGLGIHTGVNLQKLLEAGNFICQALNRKTSSKVAQATC

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__668478336142754__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__668478336142754__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3MP5/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__668478336142754__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"668478336142754","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3MP5/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__668478336142754__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Functional insights into human HMG-CoA lyase from structures of Acyl-CoA-containing ternary complexes. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Hydroxymethylglutaryl-CoA lyase
total genus	102
structure length	296
sequence length	296
chains with identical sequence	B, C, D, E, F
ec nomenclature	ec 4.1.3.4: Hydroxymethylglutaryl-CoA lyase.
pdb deposition date	2010-04-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00682	HMGL-like	HMGL-like

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3mp5A00

3CIXA 3P67A 1QO5A 5E1QA 3HGRA 3N2MA 2QCCA 2HMCA 3NPVA 3W7QA 2Y85A 1JQXA 1KM3A 4S2CA 5G1YA 5K4ZA 2ABBA 4OBTA 2CLKA 1LOLA 2C14A 1UASA 3LBCA 3P80A 4I9AA 2H8ZA 5FF4A 3LRMA 3QF0A 3W2KA 4JXCA 1ZAJA 1VRDA 1Z42A 3TJXA 3HGJA 1I2NA 4MYXA 3FJ6A 3C8FA 5KSWA 3G0SA 1DJQA 1KTNA 3OVQA 3C2FA 3QH2A 4JTKA 1GVQA 3U8GA 1XKYA 1VCVA 1TTIA 3MI2A 1QMLA 4JX6A 4JYDA 3IGUA 3CU2A 4PFMA 2JK2A 5HULA 1G4TA 2E6DA 1EUNA 3HF3A 3H55A 2TRSA 4TR9A 2FFCA 3VCRA 3TCEA 3ZR4A 2G5WA 3DKLA 4A2SA 2HSAA 3MO7A 4IQLA 3LHYA 4LV9A 2ZRXA 5HMSA 4DO5A 4CNOA 2YW4A 3K30A 5LNUA 1OFRA 1SSGA 3BLFA 2O7SA 1EWDA 4Y9AA 4O19A 2NUYA 3FFSA 3GNNA 3FYPA 2Y6ZA 5KZDA 5D09A 3NQEA 1W3IA 3W84A 3UY7A 2GJLA 1L6SA 4MPQA 3NNTA 3IIOA 3O05A 3KX6A 1K8ZA 1DQWA 2E77A 1TCDA 3NQGA 3CIWA 1TPVA 3UD6A 3NQDA 1V7YA 4O1CA 3A22A 5F1UA 3KHJA 4QJ1A 1TPB1 1W54A 5K9XA 3EXRA 4UTUA 1H7OA 2NLIA 1H51A 2Y7DA 1JCMP 4OV4A 3W1UA 4JDBA 4IOTA 4JN6A 4JR5A 1LBMA 4BI5A 3SGUA 4FNPA 3IIXA 2GVGA 1K8YA 5D02A 4GC4A 1S3HA 4LW7A 1G67A 3LTPA 5CSSA 4Z08A 3IVUA 4EIVA 5KZEA 1KLYA 1LCOA 2A2IA 1K7EA 4A3UA 3NZ1A 3ATYA 3N14A 3P74A 1PV8A 2ZZ6A 3GK0A 3W7CA 4MYAA 4QNWA 3T44A 4ALDA 2VXNA 1H62A 5CPMA 3MHGA 4LU0A 2NWRA 3CEUA 1AG1O 1LLWA 2BX7A 3TK7A 4Y96A 1H5YA 3MHUA 2J6XA 2J9ZA 4O4VA 3QM3A 4N9CA 1D9EA 4JTUA 5AHFA 5KTLA 1XUUA 3NM3A 1WYIA 4DF0A 1XI3A 3P60A 1F6KA 1FWRA 2G97A 3NQ7A 2ZRYA 1FXQA 4MUZA 4QQ3A 2CLOA 2ATSA 2ABAA 1GTEA 3TMLA 1JCXA 3W75A 2ISWA 1FDYA 4S2BA 5AHNA 2PRMA 3UWVA 3CWOX 3UNDA 1FWWA 3W2LA 5HWMA 5K2ZA 3LI0A 4TMBA 1WXJA 4R7JA 3A21A 4X9SA 5I3JA 1FCQA 4HPXA 4N9BA 2QCDB 1WAUA 3W86A 2YPIA 4ZQCA 1A5SA 4LV4A 3DU0A 4JTEA 1KV5A 1IXNA 2CLIA 1W5QA 1EX5A 3HQ1A 3ABOA 2PCQA 3WJXA 3ELFA 3W72A 2PRHA 3M5XA 1OVDA 3HIJA 1UCWA 4X22A 3I7SA 2E5CA 1PCWA 3A9IA 1DORA 1R46A 1OFAA 2ZTJA 3C2EA 3PWAA 2C6QA 2ZZ2A 3E9AA 5C55A 2VOMA 1KW1A 3EX4A 4FIRA 3S42A 3LV5A 1FUYA 3DXIA 4LVAA 3WK2A 4Z0JA 3EWYA 3M5VA 1QPOA 1OK4A 1YXCA 2I1OA 3HG3A 3QQ1A 3R12A 4Y6GA 1X1OA 3N9SA 4O54A 4C1KA 1I45A 1R30A 3TQVA 5I3GA 2HS8A 5HUPA 2VFFA 3IVTA 2FB3A 3IVSA 1GZGA 2WPBA 4JD4A 3OA3A 1VR6A 2YYUA 4NJGA 1EP3A 3QW3A 3N9RA 3NPXA 4UFHA 1YADA 4ZQPA 4FNUA 4JX5A 2VC6A 3DFQA 5HUOA 4OE7A 1BWLA 1O95A 3A23A 1VHCA 2DP3A 2E1DA 1W31A 1YDVA 1M6JA 3BW3A 1GTHA 3MP4A 1UUOA 4LUJA 5D03A 1Q6RA 2YSWA 3DFNA 3LCGA 3SY5A 3PUDA 4XTIA 1E51A 1VZWA 5DY3A 1ZCOA 1QNVA 4GWEA 4NUWA 4A21A 2R14A 1I2RA 5D37A 4JGDA 2E5DA 1WA3A 1KA9F 1I2OA 2CW6A 2B0MA 2WV8A 5DN1A 3NZRA 3LHUA 1A5AA 2V2HA 3TX9A 1B4KA 4Z1CA 4IMDA 3DENA 3G8RA 5EYWA 3WJYA 3EKLA 1T99A 4BWLA 1TSIA 3NOEA 3C2RA 1GVSA 2XN0A 1JUKA 3NAVA 5U4NA 4WJEA 1F2JA 1ZNNA 4RKAA 3QZEA 1LP6A 3ABSA 1QR7A 1XUZA 1SO4A 4FF7A 2QKFA 1ZAHA 5CZSA 1LTDA 1P5BA 4LVDA 4UCGA 2A1YA 5TBOA 4O13A 4Z1BA 3THQA 1XBVA 1QDSA 2PC4A 1A50A 3S5OA 3LCWA 1EB3A 3LCXA 4KFPA 3CM4A 2C19A 4O1BA 1K3UA 3RF9A 2X2GA 2X16A 2NXHA 2RDWA 1FBAA 2E5BA 3NQCA 3W85A 5TQLA 6ALDA 5FF2A 3LXCA 3PC0A 3PAJA 2FLIA 3O8AA 1ZJIA 3EWUA 2CZDA 2CZEA 3SJ3A 3Q37A 2CLHA 3O15A 2DU2A 4FX7A 3HG4A 4GUHA 3GNDA 3E12A 2A0NA 2C0AA 3P62A 5LNWA 3W73A 2Q3RA 3CHVA 4GUGA 4EF9A 3PVFA 1YTEA 3MBDA 4BR1A 2GUUA 3TXZA 2CLMA 5LGZA 4UR7A 1UBSA 4Z0SA 3GIYA 4M6QA 1Y0EA 4I7VA 4A2RA 3BG9A 1PIIA 5AC8A 1OFDA 5CKSA 1TV7A 4MVAA 3LRKA 2ZZ4A 3DFOA 1KM2A 4UTLA 1KFEA 2H6RA 3LLFA 3E02A 4UR8A 3P7YA 1SQ7A 5IM51 1H7WA 4NJHA 4BI6A 4BFAA 3NDOA 3W2JA 3L67A 4TIMA 3RK8A 1IIGA 1GQNA 1AW2A 2CLEA 1BWKA 1QAPA 3SI9A 2H8XA 2R94A 3OBKA 4NNAA 5F1VA 3UPBA 1GYLA 4Q33A 3V1PA 5J5DA 1OFQA 1VPXA 5LSMA 2WJZA 1LZOA 1YXDA 1MSSA 2FPYA 4PODA 1NFBA 3RLUA 4LY8A 5HQEA 2QCLA 3PY2A 1UB3A 4LRTA 4GUJA 4GE8A 1OJXA 3L5LA 3QMTA 4PL2A 3MYOA 2JGYA 3O06A 3TXVA 4WX2A 2ZZ5A 4OWGA 1LROA 5LNRA 1F76A 3MYPA 1SZGA 3LB0A 4UFJA 3HOJA 4R53A 3V75A 1WV2A 2WNQA 2YFNA 3TE9A 1OK6A 1TPFA 2NZLA 2Y62A 2V8ZA 4DQWA 4UTHA 3QMSA 4QITA 1ALDA 3PG9A 3P84A 4ADTA 3BLEA 1FCVA 4MY8A 3W7LA 3G0XA 3R8RA 1QWGA 1H1YA 2Q8ZA 1RQEA 3LXBA 1W3NA 3TW7A 2EGZA 5AHIA 2DZSA 3M0ZA 1T96A 4RZ5A 2X1TA 1W37A 4O53A 3JRKA 2QAPA 2YW3A 4O10A 3HGSA 4UMBA 2ZQ0A 1ME9A 4N02A 2A6NA 3PS7A 3NL3A 2B7OA 3W2UA 1SW0A 2QUVA 5AB3A 3G3MA 2FPVA 3BG3A 1SU5A 3EB2A 5FEXA 3R89A 1PE1A 2FB2A 2FPTA 1TV8A 1R2RA 2XN2A 5FF3A 1JJKA 3UQNA 4AWTA 4QSHA 3L21A 1YXYA 3W70A 4Y8FA 3TROA 1Z48A 1N8FA 1PCKA 1ZALA 4O11A 3NQAA 2PURA 2ZRUA 1F74A 1R2SA 4HNVA 1H7RA 1A53A 3UZJA 5EY5A 1H60A 1XM3A 4LVFA 2P10A 3LERA 2W0UA 3W71A 5AFDA 4XTDA 3HPZA 1MEWA 3NA8A 2GQAA 3S8HA 2QCMA 1MXSA 4MLJA 1GPWA 3OHIA 5I3FA 1S5TA 1KM0A 3PBUA 2YXGA 1GG0A 5D2TA 3O6DA 3VE7A 2VKZG 4DEFA 1Z41A 3MMTA 5E93A 4Y90A 1GVFA 3SECA 4K37A 2C13A 3B04A 4DO4A 3M9YA 1G7VA 4UTWA 1K8XA 3N2XA 1ZHAA 4PTNA 4UTTC 3M41A 4OV9A 3O1NA 3PBYA 4O18A 1PHWA 3ABQA 1TPH1 4NJJA 1H63A 4AXKA 4WXYA 3WFAA 4QIUA 3LM7A 1JULA 4ZQMA 3TFXA 3FA5A 3SFKA 1TPEA 1K7FA 3MI3A 4K36A 5D2XA 1HFBA 4LS0A 2HTMA 5AYXA 4M7SA 5HR6A 1LM1A 1G7UA 3KVLA 1TIMA 2E6AA 4O28A 2ZRVA 1S5VA 1C29A 1F5ZA 1OFOA 3LRLA 4FEZA 2YZRA 5AHLA 1B9BA 1ADOA 3W7EA 3NG3A 1QO2A 3KVJA 2JKAA 3NYZA 4L4MA 3SGZA 3W3OA 1GVOA 1KFKA 1LOQA 3W7HA 1QPNA 3DFPA 3C56A 4JYFA 3DZ1A 3SIZA 4B5NA 4E0CA 2J9YA 2TSYA 3IV3A 2C16A 1SO5A 1XDLA 3W23A 3M6YA 2X1UA 5G4EA 3W1TA 3N73A 3B0UX 4O0ZA 1PVNA 3EWWA 1GVRA 1SZEA 5LHEA 4RJEA 5EMUA 2C1HA 4WUIA 4H3DA 4DPQA 1DVJA 5AHMA 4GBUA 3GDKA 5C2XA 4ONVA 1OYCA 4KWWA 5IBXA 1X6UA 5D38A 3BG5A 5D2WA 2RKXA 3HMJG 3HJZA 1EPXA 2EKCA 4UUIA 3TDFA 2OMAA 1X8FA 1WBHA 1KFLA 2QCEA 2V5BA 3TSMA 3MW7A 4N2YA 1QFEA 3S6DA 3UWQA 3M5YA 1OX4A 1D3HA 4EOUA 2UV8G 3EWXA 3DHFA 1JR1A 3PUOA 1YTKA 3NO5A 1SPQA 4MJZA 3MP5A 3PBVA 3UWYA 1W3TA 3PULA 5J5RA 2ZFAA 4UIOA 1VYSX 1TQJA 1FCUA 1I4NA 1QPQA 3GVGA 2VFIA 3S5NA 4NZJA 3CLMA 5DXYA 3PB0A 4U4MA 1DKWA 1N7KA 3STCA 4PEKA 2JKPA 4UFLA 2CLFA 1ME8A 1W8SA 2Y61A 1OABA 4QISA 3STEA 4UNKA 3EX3A 2YCEA 4X3ZA 3W7MA 3T55A 3PG8A 3DKJA 2Y7FA 4O50A 3Q58A 1XC4A 3B0VC 5T26A 5LZLA 4NQ1A 3PSVA 4KFOA 5F4WA 1HG3A 1VH7A 4JTIA 2JGQA 1SW3A 2TYSA 2ZZ3A 1GT8A 1L9WA 2VEPA 3OIXA 4IX0A 4O1DA 3GR7A 3RLVA 1VC4A 1XL9A 2B7QA 1TO3A 4HNNA 2DORA 5C6MA 5C54A 2ZA1A 4O52A 2PE4A 4MIMA 3DI1A 3F4NA 1T0OA 3W7JA 1TTJA 4XBKA 2VELA 5FF7A 2OCZA 1FQ0A 3CT7A 4HSNA 3LBMA 3P61A 5HJLA 3F03K 3W76A 2RDTA 3QC3A 1SUXA 2V5LA 4DXVA 1VYRA 1F73A 3G1YA 4AWUA 3NPUA 5HR7A 1KFJA 3L5MA 1G69A 2V81A 4KFNA 4R33A 3TR2A 2W79A 3GKAA 5SWUA 3C0JA 3DFTA 4FXRA 3MJYA 1K02A 1X7FA 3HO8A 3HGOA 3W1XA 4LWWA 4GXMA 4XKYB 5L6UA 4BF9A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3CIV A;  3WD1 A;  1OX5 A;  3W87 A;  1FH9 A;  3VND A;  5AZ1 A;  2C1I A;  3LCL A;  4UMA A;  1OIF A;  3A9B A;  1SFS A;  2WO5 A;  1UP2 A;  1BFN A;  3ARO A;  1CDG A;  3BW2 A;  3GG7 A;  1H50 A;  4GGB A;  1HJX A;  1MZH A;  2AMX A;  2P50 A;  2Z1K A;  1C9W A;  3LY0 A;  4FK9 A;  1E0X A;  1LUC A;  1OFB A;  3P5Z A;  1TG7 A;  4IUG A;  4IGN A;  5LXE A;  1F6P A;  1VFT A;  5CZJ A;  5D32 A;  4F2B A;  3EOU A;  4Q8O A;  3NGJ A;  4POC A;  1V6U A;  2O56 A;  1H7X A;  2ACR A;  2Y89 A;  4JAW A;  2PEV A;  4UTM A;  1WBJ A;  2ZE0 A;  2NQH A;  2EQD A;  5G5I A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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