3MSDA

Enzyme-substrate interactions of ixt6, the intracellular xylanase of g. stearothermophilus.
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
NSSLPSLRDVFANDFRIGAAVNPVTIEMQKQLLIDHVNSITAENHMKFEHLQPEEGKFTFQEADRIVDFACSHRMAVRGHTLVWHNQTPDWVFQDGQGHFVSRDVLLERMKCHISTVVRRYKGKIYCWDVINEAVADEGNELLRPSKWRQIIGDDFMEQAFLYAYEADPDALLFYNDYNECFPEKREKIFALVKSLRDKGIPIHGIGMQAHWSLTRPSLDEIRAAIERYASLGVVLHITELDVSMFEFHDRRTDLAAPTSEMIERQAERYGQIFALFKEYRDVIQSVTFWGIADDHTWLDNFPVHGRKNWPLLFDEQHKPKPAFWRAVSV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Enzyme-Substrate interactions of IXT6, the intracellular xylanase of G. stearothermophilus.
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Geobacillus stearothermophilus
molecule keywords Intra-cellular xylanase ixt6
total genus 134
structure length 330
sequence length 330
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2010-04-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3msdA00
1PZ3A 1WDQA 1PX8A 3RCNA 1QI2A 5F7UA 1OCQA 3SCSA 1H3GA 4WSKA 1BPLB 5I78A 1Q6CA 3CGTA 5CZKA 1US3A 1SYTA 3WFLA 5LA0A 1OBAA 1H2JA 3ZIZA 5DFAA 1NWTA 2W5FA 1MW3A 5A94A 5JIPA 1CGUA 1CXEA 3W24A 1V0LA 2J7EA 3OGRA 1OIMA 1B1YA 4YPJA 5AC5A 1UD3A 1V3JA 3ZT5A 1CGWA 4PMXA 1C8QA 2QMJA 5ECUA 1X1NA 1Y7VA 4Q22A 3AFBA 1E5NA 4R27A 2BV9A 2J77A 4V27A 4UFMA 2DT1A 4M80A 1LWJA 3GXMA 4GPNA 2CHOA 1E43A 1VFUA 3TOPA 3PZTA 4J3TA 3OGVA 4AIEA 3ZOAA 3SUUA 4HA3A 1WNOA 2GJPA 2E8YA 1JDDA 1J0HA 2WPGA 1E3ZA 1J0YA 4PBGA 2FH6A 1WAWA 2VZOA 1WCGA 5A2AA 1KXHA 2FHFA 4HP5A 1HX0A 2Y8KA 3OBAA 1UWSA 5GNYA 3PZGA 3VGHA 4KWUA 5A6SA 3AHZA 2D0HA 3L4WA 4CN6A 1KWKA 4ZXLA 1C91A 4PCTA 2WC4A 4D1IA 1E6RA 1OIFA 1AMYA 1E73M 2C0HA 5BWFA 1PAMA 3CUIA 2ZX6A 4LPCA 2DGAA 5KZ6A 1JAKA 1UR9A 3CIVA 3DHUA 2BVTA 1QNOA 4GI8A 7A3HA 4EKJA 2ZX5A 5A69A 3APGA 2W63A 3QOKA 2Z1KA 2D0FA 2ZUTA 4W84A 3N11A 1ECEA 3N12A 3K8KA 4PUDA 3BAIA 4OBSA 2E3ZA 3E1F1 4FF5A 4LYQA 2X05A 2EJ1A 3VIMA 1CGVA 4D6JA 3TTYA 3ZR5A 3ALGA 9CGTA 2YDSA 2ZOXA 1KCKA 2YBUA 3SCRA 4CD6A 3AJ7A 4CKQA 1IT0A 4W87A 5JBEA 3OG2A 3RO8A 3ZM8A 1DEDA 1V6VA 1W9DM 2IXUA 3ZQ9A 5BXRA 3ZJ6A 1HJQA 2WMKA 3BLPX 3HN3A 2O9OA 3CZGA 1PPIA 3CHCA 1W9UA 1E40A 1GONA 3OLEA 1XRVA 4HPGA 4JIEA 4UFLA 2CHNA 4U2YA 1QHPA 1CGTA 2J7HA 3F4VA 4D6GA 5AYBA 4RE2A 4LYRA 1XSKA 2D0GA 1J0ZA 1ISYA 3EYPA 3VMOA 1KQYA 4D71A 3K8LA 1V6UA 2XFYA 4NI3A 4V2XA 2BVDA 3A4WA 4DUVA 4AXNA 4UFHA 1CPUA 1E4IA 3GBDA 4J3UA 1XYFA 3N04A 3L4VA 3GXFA 4M1RA 5A8OA 5JUVA 2ZXBA 3PHAA 1NH6A 1JI1A 2AMGA 4JKLA 3AS0A 1KQZA 3BAJA 1CEOA 3CBWA 2JF7A 2QV4A 3NSXA 4HTYA 4HZ8A 4GXPA 4CU6A 4P8VA 3I3BA 1ODUA 1LL6A 3MSDA 4E4PA 1QI0A 4GO8A 3NSMA 3S2CA 3CHFA 3J7HA 1QW9A 2RGMA 1I1WA 1B3ZA 1S46A 4DWSB 4AEEA 2BY3A 3PZ9A 3MS8A 1UH4A 3VILA 1XD1A 2J7DA 2VRQA 2X09A 4U31A 2C7FA 4YHGA 1J0JA 2ZXDA 5LA2A 3VPLA 2EPLX 3GH7A 4JCLA 3WH7A 1H1NA 4RL3A 4CD4A 1E6PA 1EDGA 5I23A 4B15A 1TCMA 4UZUA 3AS1A 4NZCA 2BXZA 1WZKA 2A3BA 4CD7A 5CPQA 3VGEA 3UETA 5GNZA 3WELA 1XH2A 1FH7A 2CPUA 1W9VA 4AWEA 5GPRA 1W1YA 3WD4A 1JGIA 3L4UA 2YA2A 1TA3B 1V3LA 5BXSA 5E9AA 3WENA 4OZOA 2DSUA 4AZIA 1GJUA 1FP8A 5C8BB 4IISA 1JI2A 1LG1A 2PI6A 2GVYA 2PBOA 3KEHA 3GTNA 4CD8A 3K46A 1F4AA 3RPMA 4M82A 3OGSA 3VIKA 3TONA 3VIHA 1YHTA 1UWUA 4N0RA 3AQUA 3PZOA 3I3DA 3FXYA 5FCZA 4H8VA 1TE1A 3G6MA 1VEOA 1HKJA 1V3HA 4UQDA 3WFZA 1GNXA 1K6AA 3UEQA 2ZUMA 1MVYA 4PYSA 3BMWA 3ZSTA 4Z2KA 1C7TA 2QLYA 2QHAA 1BYBA 2WYSA 2WCSA 3DYMA 2BHUA 4Z2LA 2ZUUA 1JG9A 2G3IA 4M56A 4E8DA 2PWEA 3WN6A 2J62A 3WDQA 2VTFA 2PF0A 1UQYA 4TTGA 3WDHA 3UR7A 3WEMA 2DT3A 1IV8A 3MANA 2XJ7A 4DWSC 4DWSD 4UFJA 4UQCA 2BXYA 5A6BD 3VUPA 3MO4A 2BNJA 1JYNA 3CZKA 4W7VA 2E8ZA 3VM7A 3MUZ1 4U2ZA 1GOKA 3CHEA 3VD9A 1YQ2A 1K9DA 1NWUA 2UY2A 4Z2HA 4UZSA 4E2OA 2FHBA 2J8FA 1UG6A 5C71A 2W66A 1CGYA 3WSUA 4ZXOA 4B16A 1ISWA 6CGTA 3I3EA 4GO9A 2VZUA 2GK1B 4W89A 5FKYA 3WDPP 4P7LA 1CLVA 4OKDA 1GOMA 3ZT6A 3VGFA 2OYKA 2WZEA 3PTMA 5CG0A 5ABFA 1N82A 1UWQA 1VFMA 7TAAA 4DM1A 4W7WA 4HZ7A 3AICA 2UY5A 2J78A 1UA7A 5BRQA 3AMKA 3W29A 3T2OA 3OZPA 4HPHA 1XD0A 4BQ2A 3AIVA 2WMJA 5I2UA 3ZJ8A 2VZSA 2VCAA 3WIJA 4U3CA 1SMDA 5A2BA 3B9DA 3WD0A 1GJWA 4PMQA 3ARZA 3ZJKA 3THCA 2F61A 5IHSA 4BF7A 2GFTA 1LWHA 2D1ZA 3WQ8A 2CETA 4BCEA 4F9JA 1GOOA 3B9EA 4KH2A 3TP4A 3RM4A 1WZAA 2OSWA 4ZE5A 4MB4A 1E5JA 1JDCA 4WIWA 1W9PA 2WSPA 1QBAA 3FAWA 1B3WA 3ECQA 2WKGA 1JYXA 3VDHA 1KFWA 1VEMA 3OIHA 3GBEA 2XFRA 3II1A 2TAAA 1UWIA 1CYGA 5IHRA 2BHZA 2WWDA 3QHOA 1VJSA 5I79A 1J9YA 5KEZA 4PMYA 3W81A 2YLLA 3L4ZA 4MADA 3W38A 2XVGA 1E4NA 1JYWA 4NRSA 1HL8A 5ABHA 4QFUA 3EDJA 4UQEA 4AZ6A 3VOCA 4LYPA 2VURA 2WC7A 4C7FA 3CZLA 1UKQA 1BF2A 2J7GA 2EQDA 5FIPA 3WNOA 2GDVA 1GQJA 1H5VA 5D9OA 3WY1A 3WF3A 4Z2JA 1OM0A 2C8NA 2OWXA 1DP0A 1C8XA 5I77A 1DWGM 4H41A 5D8ZA 1RPKA 2D3NA 2DSVA 1OWQA 4PMDA 1JF6A 1BSIA 3MMWA 1UD6A 4GQQA 3VGDA 2OYLA 2J79A 3QR3A 3UG4A 1BYAA 1QOXA 6A3HA 1SR0A 1M03A 5CPTA 1DWJM 4HOWA 4D6IA 1MQPA 4PMRA 1FHDA 4FLOA 3VIOA 5FL1A 3TTSA 3W0KA 4ZENA 3WQ5A 3VNZA 3W6MA 1XHGA 4WK9A 1XC6A 1NP2A 3O6AA 3PBGA 1W1TA 4CU8A 1MW2A 3WUFA 3ZO9A 1JZ6A 2VZTA 5BRPA 4MJ4A 4EAMA 2VNCA 1PIFA 4NSBA 5M5DA 2VL4A 4GZIA 3U7BA 3LPPA 3T0AA 3EDKA 3VTRA 4BQ3A 2WM0A 2ZUVA 3FW6A 4GIAA 3MUIA 1JFHA 2JE8A 3ARTA 3MU7A 2WZIA 2WVTA 2EO7A 3GM8A 2XIIA 1R8LA 3IK2A 1G94A 3EMCA 3POHA 2W92A 3SCTA 1CIUA 3VIGA 6TAAA 4Q7NA 3WD3A 3AIRA 1VJZA 3UCQA 4XV0A 3N13A 4U33A 2W62A 4L4PA 2AAAA 1KCLA 2JEPA 4CN1A 1UKTA 1W91A 4UTFA 1K9FA 2J7FA 3GH4A 4LX4A 2O9PA 1BVNP 4D6CA 5EFDA 1G5AA 2ZICA 3THDA 1K9EA 3WMCA 4AYSA 1UD5A 3SCVA 1QHZA 3WF1A 4P7NA 1FHLA 1WDRA 4W8AA 3FAXA 2DT0A 1D7FA 5CLWA 3WNNA 1JZ5A 1BQCA 1ZS2A 1BAGA 1NQ6A 1V0KA 3K8MA 3SUSA 3T2QA 4IUGA 3GXIA 3CPUA 3WDRA 3PZUA 4QCEA 3W25A 3BCFA 3N18A 1OD8A 2OYMA 3VIFA 3AMGA 4CN4A 2EXOA 1QBBA 3EMQA 2FGLA 1ISVA 5I6SA 2D3LA 3U5YA 4R5EA 3AHTA 1HP5A 1AVAA 2BY2A 1H4PA 1PBGA 1VRXA 1UUQA 3TTOA 1E0WA 4UR9A 1U30A 4TX8A 4PMNA 2PWHA 5A1AA 3AIUA 3NCOA 3SCUA 2E4TA 4UFIA 3VDAA 1FFRA 3AHYA 4AZ5A 1JXJA 2A3EA 1PJ9A 1DWHM 2JIEA 5A6LA 3OA5A 3WF2A 1BYDA 3F5JA 4QCFA 4J3WA 4D72A 3EMZA 1Q6EA 1XCXA 1W3LA 3BC9A 3RJXA 2WHKA 4W86A 4P8UA 2WNWA 2QMKA 4FLQA 2VQUA 1A47A 3WL0A 2XVNA 4C7GA 4CD5A 1XV8A 5JIWA 1EIBA 3AZSA 3HMCA 4HA4A 5DO8A 2HVMA 2YJQA 2YA1A 2CKRA 2XHYA 4UQAA 4AZCB 2GSJA 2NSXA 1E4MM 1J01A 4RE3A 5AYIA 3QHNA 1LLOA 4BA0A 3AIWA 3GZAA 3A4AA 1V6WA 1JZ3A 2Y24A 1MWOA 3WUGA 1GVYA 1ZBCA 1D3CA 4GZJA 5D8WA 1W1PA 2EPMX 5LYRA 1UKOA 1UD8A 2XUCA 2J74A 3M6DA 4GQRA 3WH5A 3BH4A 3WD1A 4AISA 2YKKA 4GKLA 1OGGA 2J8GA 4GINA 2WVVA 5FOOA 4WKHA 4L4OA 1AQ0A 3CZJA 1W32A 2A3CA 4B9ZA 4EANA 4U5IA 3WF0A 4HOZA 5E6YA 3PZNA 1HVQA 3MMDA 2GJXB 1TZ7A 1KWGA 2W91A 1E4LA 1JIBA 4CU7A 5EMYA 3U5UA 2XM1A 1AQHA 1G9HA 4AD0A 2W67A 3RJYA 1BLIA 1TR1A 3NYDA 2PWFA 3SUVA 3A4XA 1W2PA 2VVSA 1OGSA 1EDQA 1V6XA 1CXIA 5CJ5A 3N17A 3KL5A 2F2HA 3EBVA 4EK7A 1QI4A 1H11A 2E9LA 1HJVA 3CTTA 1MYRA 5FL0A 4AZGA 1L0PA 3SCNA 3WD2A 1UR1A 2WMFA 2WLYA 5IFPA 4ZEPA 3K4DA 3OLGA 1SMAA 1CXLA 4W5UA 3L4TA 4E8CA 3W82A 2QPUA 3MUY1 1H49A 4MAZA 1QPKA 2XWEA 1ZU8A 1GORA 2J25A 3KE0A 1MFVA 3WL1A 1CNVA 1KR0A 4PN2A 5DT7A 3DYPA 1VFOA 3GH5A 2BVYA 4OOZA 3WEZA 2X0YA 1MFUA 2VX7A 3FY1A 1CWYA 3WEOA 5CSUA 1R85A 3BMVA 4MTVA 4H8UA 3CMGA 4OUEA 5ABGA 3CUJA 1KGWA 3VIIA 3EDEA 1HXJA 1V3KA 2EPNA 2O9RA 3FHQA 3ZT7A 4PEEA 1CTNA 3DC0A 4WJXA 2JFEX 1JNEA 3OLIA 4PTVA 1J0IA 1HVXA 2WHLA 1GHRA 3QHMA 1NWRA 2YDRA 1QNQA 1PIGA 3IAPA 4PSPA 1VF8A 1LJYA 2XG9A 1UH3A 4JFWA 1WDPA 2VT0A 3WDJA 2CITA 2DQXA 1TVPA 1LL7A 1WZMA 1O7AA 1R86A 4HU0A 3IAQA 1VAHA 5I0DA 1BGAA 2D24A 2VCCA 2ESCA 2EPOA 3BAYA 3IJ7A 2QF8A 1ZBVA 1JD7A 5DEZA 1HKMA 3IJ8A 1C92A 4BQ5A 3SURA 1I1XA 1GHSA 2ZWYA 4JL1A 1G01A 3O2LA 4WF7A 1XH1A 3UG3A 1CGXA 1TFVA 4MDOA 4W8BA 1AQMA 4CCDA 1F4HA 1P6WA 3VD4A 2EBNA 3VIPA 3HU7A 4A3HA 3LMYA 2BFGA 3D3AA 5BYWA 1E71M 2W61A 1Q6GA 4CVWA 2J7CA 4FLSA 3D5HA 1BGGA 2XGIA 4TVDA 3DECA 2WXDM 1Q4NX 3M46A 3G6LA 1FH8A 3UG5A 1PEZA 4H2CA 3VU2A 1BVZA 4AMCA 4LQ1A 3ARQA 3FNDA 2XWDA 2A3AA 1C8YA 3PZIA 3LPOA 1E70M 4W8LA 5HPOA 3U57A 1KXQA 2D23A 1JZ4A 2DT2A 3CZ8A 1ZL1A 2DSWA 2UY3A 1ISZA 3MSGA 2Y8VA 2Y2WA 1KXVA 2QPSA 4P8XA 4Z2IA 1LF1A 4S3JA 3W28A 4QLJA 1QI5A 3VX0A 2YA0A 1VENA 4TUFA 2XIBA 3BAKA 2DSZA 1CECA 4MB1A 3BXWA 1BFNA 4HU8A 1KXTA 4IPLA 5A8QA 2Z1SA 3RILA 1GQIA 3TA9A 1ZJBA 4PRWA 3BSGA 2NT0A 2PWDA 1JZ8A 4PTWA 3MV11 3W6LA 5BXPA 2YLAA 2YIHA 2J7BA 1UR4A 5E6ZA 3QOMA 4X0VA 5A8PA 2DDXA 2PBGA 2WAGA 4D6EA 1B90A 3AYSA 4W88A 1XCWA 1JDAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1PZ3 A;  1WDQ A;  1PX8 A;  3RCN A;  1QI2 A;  5F7U A;  1OCQ A;  3SCS A;  1H3G A;  4WSK A;  1BPL B;  5I78 A;  1Q6C A;  3CGT A;  5CZK A;  1US3 A;  1SYT A;  3WFL A;  5LA0 A;  1OBA A;  1H2J A;  3ZIZ A;  5DFA A;  1NWT A;  2W5F A;  1MW3 A;  5A94 A;  5JIP A;  1CGU A;  1CXE A;  3W24 A;  1V0L A;  2J7E A;  3OGR A;  1OIM A;  1B1Y A;  4YPJ A;  5AC5 A;  1UD3 A;  1V3J A;  3ZT5 A;  1CGW A;  4PMX A;  1C8Q A;  2QMJ A;  5ECU A;  1X1N A;  1Y7V A;  4Q22 A;  3AFB A;  1E5N A;  4R27 A;  2BV9 A;  2J77 A;  4V27 A;  4UFM A;  2DT1 A;  4M80 A;  1LWJ A;  3GXM A;  4GPN A;  2CHO A;  1E43 A;  1VFU A;  3TOP A;  3PZT A;  4J3T A;  3OGV A;  4AIE A;  3ZOA A;  3SUU A;  4HA3 A;  1WNO A;  2GJP A;  2E8Y A;  1JDD A;  1J0H A;  2WPG A;  1E3Z A;  1J0Y A;  4PBG A;  2FH6 A;  1WAW A;  2VZO A;  1WCG A;  5A2A A;  1KXH A;  2FHF A;  4HP5 A;  1HX0 A;  2Y8K A;  3OBA A;  1UWS A;  5GNY A;  3PZG A;  3VGH A;  4KWU A;  5A6S A;  3AHZ A;  2D0H A;  3L4W A;  4CN6 A;  1KWK A;  4ZXL A;  1C91 A;  4PCT A;  2WC4 A;  4D1I A;  1E6R A;  1OIF A;  1AMY A;  1E73 M; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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