3MSDA

Enzyme-substrate interactions of ixt6, the intracellular xylanase of g. stearothermophilus.
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
NSSLPSLRDVFANDFRIGAAVNPVTIEMQKQLLIDHVNSITAENHMKFEHLQPEEGKFTFQEADRIVDFACSHRMAVRGHTLVWHNQTPDWVFQDGQGHFVSRDVLLERMKCHISTVVRRYKGKIYCWDVINEAVADEGNELLRPSKWRQIIGDDFMEQAFLYAYEADPDALLFYNDYNECFPEKREKIFALVKSLRDKGIPIHGIGMQAHWSLTRPSLDEIRAAIERYASLGVVLHITELDVSMFEFHDRRTDLAAPTSEMIERQAERYGQIFALFKEYRDVIQSVTFWGIADDHTWLDNFPVHGRKNWPLLFDEQHKPKPAFWRAVSV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Enzyme-Substrate interactions of IXT6, the intracellular xylanase of G. stearothermophilus.
rcsb
molecule keywords Intra-cellular xylanase ixt6
molecule tags Hydrolase
source organism Geobacillus stearothermophilus
total genus 134
structure length 330
sequence length 330
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2010-04-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3msdA00
2ZIDA 4D6HA 1UD6A 3KEHA 1WZKA 3AYSA 5JIWA 3W82A 1G01A 2D0FA 1FHLA 2UY3A 2VQTA 2WMKA 1FP9A 1UHVA 3BSGA 3VIJA 1B3ZA 1HP4A 1BHGA 3PZNA 4UTFA 2EQDA 4GPNA 3SCQA 4MB4A 2WMIA 2VCCA 2YL8A 1GOOA 4X9YA 1WZLA 1N82A 4XZWA 7CGTA 3POCA 4JL2A 4D6DA 1B31A 3ZT6A 1ZJAA 5DMYA 1GOWA 5AC4A 1QI0A 4GO8A 3BGAA 2D3NA 2GK1A 1ZU8A 3F5LA 3GXIA 5BROA 1QHOA 4JCLA 1QI5A 1UOKA 3T0DA 5CG0A 1FHDA 1H2JA 1JZ6A 3VNZA 2XGIA 4KH2A 1H09A 3CIVA 1A3HA 5JBEA 4PTWA 3SUWA 1ZJBA 4E4PA 4QLJA 5A8QA 1QOXA 1GW1A 1C3FA 2GK1B 3WFLA 3ARZA 2WZEA 3VDHA 5M5DA 3WQ4A 5I5RA 1JD9A 4FMVA 2BY3A 3N15A 3WDRA 2E0PA 2D0GA 2YOCA 3WEMA 1J9YA 4QLKA 2V38A 3WQWA 1W9PA 4ZXOA 2CIPA 1GORA 2XFFA 4URIA 4GINA 4CN6A 1U30A 5A6KA 4LXFA 4X0VA 4D72A 5ABGA 1NP2A 3VTRA 3SUUA 4U5IA 5C71A 4YN5A 3MU7A 3WD4A 2CPUA 2E9LA 4PMOA 3VPLA 2GSJA 5BCAA 3CH9A 2XGBA 4UZSA 3RCNA 2ZX9A 3SUSA 4JAWA 1TE1A 2DIEA 3WDPP 2WWDA 4J3UA 5DEZA 3OBAA 5A6MA 1GJUA 2V3DA 5AYBA 3ZT7A 4MB1A 5I2UA 4GQRA 4UR9A 1V6XA 3ARTA 1CXLA 1EQCA 4JL1A 3WNLA 1BYAA 1BYDA 2PWGA 4Z2LA 3PTMA 1E6PA 1HJSA 3EYPA 5A6AA 3AIUA 3D3AA 2VRKA 3ZJ6A 2VX7A 3ZR6A 2FHFA 1GQIA 2WHKA 1SFSA 1Z32X 2DDXA 5EFFA 1E5NA 4MNMA 4CCCA 4PRWA 4TX6A 4UFLA 3KZSA 1BYBA 1VRXA 1UYQA 4ZEPA 2GJRA 3WDHA 1BVZA 3GTNA 2JIWA 1PX8A 3SUTA 1V3LA 1HF6A 4PSRA 2W62A 3OZOA 4AIEA 4RE4A 1GQLA 1PEZA 1GPFA 3PZMA 5EB8A 1JAKA 4CU7A 3SURA 1JL8A 4HA4A 3WDJA 3LPOA 2CNCA 3VIKA 1LL4A 1E6QM 3WENA 3MV11 3WEZA 4WLCA 1JG9A 1FH9A 1CGVA 4MAZA 2WVSA 4WKHA 2VX4A 3BMWA 1E3ZA 2CYGA 2XIBA 2XVNA 2XVGA 1J12A 3SCNA 3BAYA 3AZSA 4BS0A 4HPGA 1I1WA 1UH4A 2VZOA 3IAPA 2J79A 4KMQA 3OG2A 2X05A 4A3YA 1F4AA 1RH9A 3T0AA 2D1ZA 3GNRA 1MW0A 1CGYA 1G5AA 4PUEA 2PWHA 1WB0A 1OD0A 4Z2HA 2VVNA 3BXWA 3N9KA 1NWRA 5I6SA 2VVSA 4TTGA 4U3AA 5CZKA 4QCEA 3WNNA 1LL7A 2O9RA 3ARYA 3RPMA 2DPEA 1UG6A 1V02A 4PTVA 4WKFA 4CVUA 1C92A 2E40A 2ZUNA 4W7WA 2VCBA 3WSUA 2DEPA 1E71M 4PMDA 2W4XA 4PMUA 3SCUA 1GZJA 2BHZA 5IHRA 5I23A 4FLRA 1R86A 3EDDA 1NWSA 2VX6A 1GOKA 4AZHA 3L4UA 1WPCA 2HISA 3NCOA 1BG4A 3AISA 4B3KA 4E8CA 2HVMA 4CCEA 5EMYA 2G3NA 5CSUA 4D6EA 1VFUA 8A3HA 1PIFA 2ZXQA 2WKLA 4H04A 4AXNA 5JBFA 1AQHA 4AD5A 5HPCA 3G6LA 5HDRA 4WKAA 1GCYA 3ALGA 4Q22A 1WDSA 3N18A 5A2BA 2XM2A 2BY2A 4L4OA 3SCSA 1JYVA 3WFZA 2TAAA 3CZKA 1BLIA 2Y8VA 5ABFA 4V2XA 5M3WA 4CCDA 4W84A 5D8WA 1PBGA 3O2LA 3QHOA 1JFXA 1YHTA 4FK9A 3OLEA 5HNNA 1FA2A 4WF7A 2JF6A 2A3CA 3ARQA 1JI1A 2QPSA 1TUXA 4N42A 4AD2A 1HKIA 2BY1A 4D71A 3CUHA 2WMJA 3TP4A 3T2QA 1ISVA 5D8ZA 1W91A 3W38A 2WLYA 1U2YA 1E15A 1AQMA 1EHAA 2DT0A 4TUFA 3BLKA 2EPLX 4HMDA 1E4MM 4QFUA 5BXPA 4ATLA 3HU7A 1HVXA 1HP5A 2YL9A 3OLDA 4P8XA 5A6BD 5I3DA 1OSEA 2VQUA 3ARPA 1W2PA 2YKKA 2EPNA 1RP9A 3VINA 2V5DA 3DHUA 4UCFA 2VT0A 1B90A 3NUKA 2MANA 3NSNA 1ITCA 1WDQA 4HZ7A 2V3GA 1W9UA 1CXIA 5JUVA 1V6WA 4B15A 3VDBA 1CEOA 2WVUA 1UKOA 4AD1A 4CVWA 3A47A 4MPKA 3ZQ9A 3AZTA 2J74A 1QNOA 3LPPA 4W88A 2D0HA 4GZEA 3WBEA 4UZUA 1JYXA 3NSXA 4UQBA 3GBEA 4BQ4A 3ARRA 1LL6A 3GXFA 2WAGA 4Q7NA 3VNYA 1KQYA 3AICA 3AI0A 2GFTA 4Z2KA 1KCKA 3ARVA 2DSUA 3AHTA 3MMDA 1VIWA 1JZ5A 4W85A 3B8SA 4AIOA 5FD0A 3CZJA 1NH6A 4FLOA 4HTYA 2ZUUA 5BRQA 3QHMA 1V02E 5FL1A 4H41A 1ECEA 1OT2A 1TMQA 1UKSA 2PBGA 1E56A 3SEPA 1ZBCA 3BSHA 1NP0A 3NDYA 2J7BA 3FHAA 3A4XA 4W7UA 2J8FA 2XFYA 2Y2WA 5CGMA 3FW6A 1D7FA 4W5ZA 4LQ1A 1XRVA 3GM8A 2A3EA 4DUVA 3POHA 4BQ5A 4D1JA 4PYSA 1UWIA 3VD4A 4GI9A 4W89A 1LQ0A 3THCA 4AZ7A 3QOKA 4LPCA 1MW3A 1ODUA 2ZX8A 2D22A 1HNYA 2UY5A 4L4PA 1TR1A 2FGLA 1F4HA 1Q6FA 4WIWA 4GI6A 3L4TA 3WH5A 1DHKA 3AZRA 3GZAA 4EAMA 2WC7A 3IANA 4AISA 4R27A 3MSDA 3AS1A 5DFAA 2VZVA 2FGZA 1B3YA 4TXEA 1C8XA 2EPKX 3MUAA 4BA0A 2IUZA 1H49A 3MANA 1EIBA 4LYPA 1VJZA 4PN2A 1W9DM 1E1EA 1SR0A 3HN3A 2CERA 1DP0A 4M29A 1E6ZA 1PX3A 1QI2A 4GIAA 1HJXA 1FP8A 1VFOA 4HZ6A 1MW1A 1PX4A 3WUFA 3PZTA 4PEEA 1VEMA 3VU2A 1H3GA 4AZBA 3AS3A 1QBAA 4B9YA 1J11A 3O9NA 4MNKA 2CHOA 1QNSA 3T2PA 3W27A 5FL0A 1W32A 5CLWA 1GOIA 1TZ7A 1EOKA 3I3EA 1LG2A 3L4WA 2O92A 2JFEX 4WSJA 3RM9A 3F4VA 3CTTA 4M8UA 2ZUVA 4W8BA 4AZCA 4MADA 1TG7A 4E2OA 2WMHA 4MB3A 1YQ2A 4M80A 1XGZA 1KXHA 5A3HA 1CNVA 4OOUA 2EEXA 2EXOA 2GJPA 4YPJA 5EFDA 4IUGA 1CXKA 4AZCB 2PF0A 1NOUA 3CGTA 1XSKA 3U7VA 2J7EA 2BHYA 1KXQA 3IJ8A 1OWQA 3WL1A 3WF1A 3GDBA 3QHNA 1QNPA 1EOMA 5I0DA 1Q6GA 1HKMA 4D6FA 1HL9A 4U3CA 1ISYA 2J7CA 2VUYA 1ZBKA 4PSPA 1XC6A 5A8OA 3MMUA 3W26A 4H8HA 2D20A 1G1YA 3UR8A 2OYKA 1E9LA 1EDGA 3CHEA 4ACYA 1L8NA 1MFVA 2F61A 4OJYA 3ZM8A 4JFUA 4Z2IA 5ABHA 3AYRA 3II1A 2WB5A 2PBOA 1CLVA 4BF7A 2QMJA 1KR1A 2FHCA 1J0IA 3DYPA 1WDPA 2JEQA 3UG5A 3KWXA 1QW8A 2JEPA 3GH7A 3EMCA 4JFVA 1VFFA 3AMLA 1C8YA 1MYRA 1VENA 2JALA 4W7VA 2J75A 2E8YA 3GH4A 1OGBA 2ZWZA 1KGUA 1V3HA 2EO7A 3AS2A 1JXKA 2BY0A 5I79A 2XUCA 4FF5A 3W25A 5E6ZA 1UR9A 3FNDA 7A3HA 2F2HA 1V0NA 1ISZA 2WVTA 2X09A 1UH2A 1WP6A 1WE5A 4J3SA 4CU6A 2CBIA 3T0BA 2J25A 3K4AA 3FN9A 3WH9A 4AZGA 3B9EA 3RIKA 4BZYA 1UR1A 3AS0A 2WZIA 4W86A 4QAWA 1J10A 4S3KA 4D1IA 3OGRA 5DT7A 2XJ7A 2GVYA 4DWSC 4ZFMA 1W1VA 4CN4A 2XIIA 2WNWA 1LJYA 2J62A 2XWDA 4P7LA 5A6SA 1Q6DA 1V6UA 1L0PA 1OT1A 4WJXA 1WCGA 1UZ1A 2OLHA 3AIQA 2DSWA 3PTQA 4BCEA 2WWCA 1W2VA 1Q6CA 3ECQA 3OGSA 1QHZA 1V3KA 2D23A 1CBGA 1GQKA 4D6IA 1CENA 3AHXA 1BPLB 1W9XA 3WMCA 3WH6A 1W9BM 4CN1A 5A2CA 4ZE4A 4P8WA 7TAAA 4JFTA 2X0HA 1BQCA 4U33A 4IPLA 3VX1A 5A69A 2UY2A 4HOXA 1JXJA 3KE0A 2A3HA 4NF7A 1MQPA 2J7GA 3WD1A 4M1RA 1C91A 1MFUA 3AQUA 2DGAA 1I1XA 4PMXA 2XPKA 1V3JA 2WK2A 2WMFA 3VIGA 2F8QA 2WLZA 3MUIA 3NDZA 2UWFA 2WANA 1D2KA 3WQ6A 3IJ7A 4NI3A 4AD4A 2RGLA 3CHDA 3ZR5A 1VBRA 2G3MA 2J7HA 2VC9A 4YHGA 3RM4A 1X1NA 1AVAA 1UKPA 2J7DA 1MQQA 3WD3A 4D6CA 3WD0A 2PB1A 4FLQA 3IAQA 1BSIA 3T09A 1NM9A 1V03A 3FHQA 1E3XA 3KL0A 1DTUA 2Q8XA 1C90A 2O9OA 2X0YA 4J3TA 1W1TA 3BAXA 3W28A 3LMYA 4QCFA 3K8LA 4R5EA 1GVIA 1ZB5A 2Y5EA 3VMNA 1E6XM 1JDCA 3PZIA 1NQ6A 5F7UA 1J18A 1RPKA 1JF6A 2VR5A 4XB3A 5I78A 1VF8A 3M7SA 3BLPX 1E55A 3I3BA 5LA1A 1CGWA 2ZUTA 5JIPA 3W6LA 1CWYA 5GNYA 3SCTA 5BYWA 1B9ZA 3SCRA 1TA3A 1HN1A 3VDCA 2G8ZA 3WN6A 2ZOXA 5D9OA 3WEOA 4PTMA 2OYMA 3AMDA 1G0CA 3SIMA 2PWEA 1CYGA 2VR4A 1R85A 4F9JA 6CGTA 4B9ZA 1HX0A 1TA3B 3CZGA 1FFQA 3GYCA 3UESA 5HOSA 2RGMA 3UERA 1MXGA 2CCRA 5KEZA 4UFMA 4UQAA 2BHUA 2O9PA 6TAAA 1JNEA 1J0JA 2ESCA 1CZ1A 5GPRA 1O7AA 3RDKA 5IFPA 1JAEA 3VIOA 2VZTA 3VDAA 5GQBA 1KWKA 2NT1A 4GO9A 3MKKA 3VM7A 5FOOA 2PWDA 2EJ1A 1ZBVA 2Z1SA 1PIGA 2ZXAA 4F66A 1V0MA 1OD8A 3J7HA 3M6DA 1OIMA 4PCTA 2WKGA 1HJQA 2CESA 4UOJA 2DSZA 4H7VA 1GQJA 4XV0A 3SCOA 3TTYA 1HVQA 4PMZA 3FY1A 3WUEA 3WF0A 3ALFA 4DUWA 5BRPA 1KCLA 1E40A 2CBVA 5CQ1A 1E5JA 2XTKA 1JF5A 3MUY1 5A6JA 2VZSA 3BCDA 1AMYA 1PPIA 3K8KA 3KL3A 3W6MA 1SMAA 2WCAA 3WNKA 3BAWA 4J28A 2OYLA 4QP0A 3HMCA 3AXXA 2G41A 3VIPA 1QNRA 1EGZA 4JHOA 1M04A 1D3CA 3WNPA 4KWUA 4AD3A 4U2YA 1UD3A 3VUPA 3VGHA 4HMCA 3WUBA 3UETA 4C7DA 4H8UA 1KBBA 2W91A 1VB9A 4OBSA 2E9BA 2ZWYA 3TOPA 1UA3A 1DWIM 3TTOA 1EH9A 1LF1A 2D2OA 1I75A 4H8VA 2CETA 3N04A 2X1IA 3CBWA 1XSIA 1GOQA 4MTVA 2WBKA 1CXHA 3AHYA 5CJ5A 1BF2A 4AIUA 4GI8A 1FH7A 2JF7A 4F79A 3AXHA 2W66A 3UEQA 2YIHA 4BQ2A 4P7RA 2WHJA 4KGLA 5I77A 3W81A 3GXMA 3AIRA 3PZGA 3WKZA 1UUQA 2IXVA 3N13A 4HOZA 2GJXA 3GXDA 4W8AA 1E1FA 1MVYA 2G4FA 1XYZA 3RJXA 2FH8A 2DQXA 2EPOA 3HJEA 1CXFA 1ITXA 1OINA 2W61A 1ZS2A 1TVNA 5A8MA 2VOTA 3WDIA 1R7AA 5D4YA 3S2CA 5BXRA 1US3A 3VIFA 2QMKA 4U31A 3MO4A 2YA2A 4V27A 2GJXB 1DWAM 3DHPA 3D5HA 1UKTA 3EDEA 4ZENA 3ARWA 1KXVA 1EDTA 2WPGA 3U57A 3ZMRA 1QBBA 1NOWA 3VM5A 3L4XA 2V3FA 4PMRA 3ARSA 1K9DA 1K9FA 3CMGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZID A;  4D6H A;  1UD6 A;  3KEH A;  1WZK A;  3AYS A;  5JIW A;  3W82 A;  1G01 A;  2D0F A;  1FHL A;  2UY3 A;  2VQT A;  2WMK A;  1FP9 A;  1UHV A;  3BSG A;  3VIJ A;  1B3Z A;  1HP4 A;  1BHG A;  3PZN A;  4UTF A;  2EQD A;  4GPN A;  3SCQ A;  4MB4 A;  2WMI A;  2VCC A;  2YL8 A;  1GOO A;  4X9Y A;  1WZL A;  1N82 A;  4XZW A;  7CGT A;  3POC A;  4JL2 A;  4D6D A;  1B31 A;  3ZT6 A;  1ZJA A;  5DMY A;  1GOW A;  5AC4 A;  1QI0 A;  4GO8 A;  3BGA A;  2D3N A;  2GK1 A;  1ZU8 A;  3F5L A;  3GXI A;  5BRO A;  1QHO A;  4JCL A;  1QI5 A;  1UOK A;  3T0D A;  5CG0 A;  1FHD A;  1H2J A;  1JZ6 A;  3VNZ A;  2XGI A;  4KH2 A;  1H09 A;  3CIV A;  1A3H A;  5JBE A;  4PTW A;  3SUW A;  1ZJB A;  4E4P A;  4QLJ A;  5A8Q A;  1QOX A;  1GW1 A;  1C3F A;  2GK1 B;  3WFL A;  3ARZ A;  2WZE A;  3VDH A;  5M5D A;  3WQ4 A;  5I5R A;  1JD9 A;  4FMV A;  2BY3 A;  3N15 A;  3WDR A;  2E0P A;  2D0G A;  2YOC A;  3WEM A;  1J9Y A;  4QLK A;  2V38 A;  3WQW A;  1W9P A;  4ZXO A;  2CIP A;  1GOR A;  2XFF A;  4URI A;  4GIN A;  4CN6 A;  1U30 A;  5A6K A;  4LXF A;  4X0V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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