3MYP | Genus

Total Genus 110

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	110
sequence length	321
structure length	321
Chain Sequence	SNQKIASIEQLSNNEGIISALAFDQRGALKRMMAKHQTEEPTVAQIEQLKVLVAEELTQYASSILLDPEYGLPASDARNKDCGLLLAYEKTGYDVNAKGRLPDCLVEWSAKRLKEQGANAVKFLLYYDVDDAEEINIQKKAYIERIGSECVAEDIPFFLEVLTYDDNIPDNGSVEFAKVKPRKVNEAMKLFSEPRFNVDVLKVEVPVNMKYVEGFAEGEVVYTKEEAAQHFKDQDAATHLPYIYLSAGVSAELFQETLKFAHEAGAKFNGVLCGRATWSGAVQVYIEQGEDAAREWLRTTGFKNIDDLNKVLKDTATSWKQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structures of LacD from Staphylococcus aureus and LacD.1 from Streptococcus pyogenes: Insights into substrate specificity and virulence gene regulation pubmed doi rcsb
molecule keywords	Tagatose 1,6-diphosphate aldolase
molecule tags	Lyase
source organism	Staphylococcus aureus
total genus	110
structure length	321
sequence length	321
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.40: Tagatose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2010-05-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01791	DeoC	DeoC/LacD family aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3mypA00

1SR9A 4GUJA 2HMCA 3M6YA 3W75A 3SY5A 3IIXA 3N2MA 5BOOA 3LTSA 3UWVA 1B3OA 2DU2A 1KM4A 1VHCA 2Z1BA 5T26A 5KZMA 3F03K 4POCA 3E9AA 3GX9A 4GXMA 3UWZA 1TTJA 3FJLA 4HHPA 4IX2A 3STGA 2ZBTA 3EX6A 2XN1A 3NXFA 1O5KA 2A4AA 2GOUA 4LU0A 3EWUA 2ISVA 3M5XA 4E0CA 4AHQA 4S2CA 3GAKA 4MJZA 3UWYA 3TIMA 2Y7GA 5K3VA 3UXAA 1TREA 1VH7A 3KRZA 3QF0A 1SZFA 3UY7A 5G1TA 3G1DA 4XTIA 3QW3A 1LM1A 2Y6ZA 3G1VA 3HPZA 4UMBA 5AYXA 4OV9A 4PODA 2V82A 3A23A 3N3MA 2H3BA 5HNRA 4JYFA 4UR7A 3ABRA 4DF0A 3W72A 4UC5A 4LRSA 2QCDA 3NQEA 2ISSA 4Y9AA 5SWUA 1JRBA 3EX1A 1U83A 3LHTA 4RZ5A 5C2XA 2B0MA 2RHGA 3P8JA 4JY8A 3QQ1A 2OJPA 2OZ0A 3GDLA 1KBJA 4O17A 4N02A 5G1YA 3C52A 5G5IA 4JTSA 5AYYA 2RFGA 3W1MA 3P82A 5LZLA 4NU7A 4DF1A 1LDCA 5KITA 3MMTA 1QFEA 4JX4A 3GB6A 3DHFA 5F4SA 2Y61A 3W86A 2YGYA 1W31A 4IPJA 4O57A 3TXVA 2CLIA 1TQXA 1XC4A 2F7FA 3W1AA 3TFXA 1I2RA 3O1NA 1JR1A 1H7NA 4LS1A 4O1AA 3IRDA 4O53A 3A5VA 5G4WA 3LCIA 5DLCA 3HMJG 2ZTJA 1ZALA 4MJMA 1I2PA 4O0KA 1LCOA 1A5CA 4UNKA 3MP5A 1TPVA 3LRKA 4UTJA 3G24A 3HQ1A 4O54A 3HF3A 3TJLA 1G69A 1VYSX 4LUIA 3W7GA 4Z0JA 3EKZA 5FESA 4K36A 3LHZA 4U28A 4E2BA 4GC4A 3IVTA 1VGAA 2NXIA 4NNAA 2EPHA 4E38A 5DN1A 1H51A 4H3DA 1CW2A 2W6RA 3NQ7A 3NZ1A 1AW1A 4WUIA 1KFKA 2QCDB 3LLDA 3QMTA 1KA9F 1IIHA 3RFAA 1GG1A 4MYAA 3P80A 2FPVA 3CWOX 1KM0A 3E0IA 3UWQA 2ZQ0A 5BW6A 2C1HA 1PE1A 4LOCA 3W7EA 4ZQRA 3EWZA 4PFMA 4A29A 2ZFAA 3YPIA 3Q2DA 1A53A 1JVNA 3FKKA 3PSWA 2V8ZA 4O1CA 5A8GA 2E6YA 1AL7A 5D30A 3G3DA 3A9IA 1VZWA 2A6LA 4GE8A 1EIXA 4A3UA 4M7SA 1THFD 2JGYA 2QR6A 3PBWA 3PS7A 3B4UA 5FF0A 7TIMA 3CTLA 3IIVA 1H7PA 1F2JA 5F4XA 1I2QA 3KOFA 3W74A 4NJKA 1TRDA 1TO3A 3OIXA 3S1VA 3B0UX 1GVQA 1O94A 1EP2A 2J9ZA 3G0UA 3EWXA 3DHDA 4NNCA 3V1PA 4GRSA 3W7NA 2QAPA 3GKFA 2C15A 3B8DA 3INPA 3P61A 3MI3A 2AGKA 2AQWA 3FLUA 3M5ZA 3MYPA 3W7CA 1XBYA 3GDRA 1A50A 4TO8A 3RNDA 2ALDA 3W1PA 3LM7A 3NEVA 1H61A 5BNKA 4IXHA 1JULA 5I3GA 4ZMGA 5A5WA 3BARA 3BGGA 3LV5A 1TJPA 2FTPA 2B7PA 5AHIA 2V0TA 3ATYA 4UMAA 3G1AA 4OWGA 2BXVA 1SO5A 1VLWA 1FDYA 3S8HA 5LSMA 4J9JA 4UXDA 4OHQA 3C2VA 4LC6A 1SQ7A 1GJPA 1TYGA 3LBMA 1JQVA 5FI8A 4P2VA 3P8IA 4O13A 4JD4A 4QNEA 4A22A 1UUOA 2BTMA 3ELFA 4QSHA 4ZQCA 1L6WA 2LLEA 4OQVA 3MUXA 2YYUA 3MP4A 3P5ZA 4O50A 4FO4A 4O11A 3DFQA 1X1OA 4WOZA 1LOSA 1K03A 1QNVA 3STFA 2Y70A 3NPWA 3TA6A 1IXQA 2GJNA 1G6CA 3GNNA 3QPYA 4BI7A 1FBAA 3L0KA 3NQ6A 3A21A 1B57A 4WD0A 3T55A 3KVMA 3D0CA 4ICNA 2NV1A 1QOPA 4O10A 3TMLA 1DOSA 1U5JA 5DCDA 3QFEA 4UFIA 4S2BA 4IMEA 3DFSA 2Q8LA 5H91A 1AW5A 5E0KA 4NNBA 3PC0A 3PR2A 1FXQA 2Z6IA 2DP3A 1JUBA 2YFNA 3STCA 1EUAA 1S3HA 3GR8A 1VR6A 1W56A 3NQGA 2WV8A 4K6AA 2B4GA 3DI1A 3KVLA 4MLJA 1NVMA 4HKPA 2DZVA 4GWEA 4MPQA 3S5ZA 1EUNA 1VLIA 4XBKA 1UUMA 4GUIA 5AC7A 1H7RA 3CB8A 3LCXA 4KFNA 3CQ0A 1WOBA 3LGEA 3LHUA 1NFBA 3A22A 4N4PA 1RD5A 2W79A 1GOXA 3W7DA 4UUIA 3ZWTA 3OVPA 3PBVA 2GPTA 1QMLA 4JXCA 4PEKA 3S1WA 3S42A 4Z1DA 4UTTA 1KTBA 3EWYA 4NJHA 1QPNA 2NXGA 2QDHA 3NL3A 3NO5A 4JTJA 1QPOA 1C29A 1XFBA 2CZEA 2I1OA 1TPUA 5HINA 3M0ZA 3N19B 4NT0A 1XBXA 3HG3A 1SZEA 4NX5A 3SIZA 4ONVA 2RDTA 4RZ6A 3PBUA 3NQ2A 3W1TA 1HUVA 4CQAA 1A5SA 3I7SA 3SFKA 2VKZG 3KFTA 3T44A 4O8RA 3UWUA 3WK2A 1V5XA 3O8AA 2DZTA 4S1FA 2ISWA 2GQ8A 1AL8A 4JX6A 2PC4A 1TQJA 1NF0A 1R30A 4FXSA 1UB3A 3T7VA 3UPWA 1OX5A 1PVNA 3S5NA 3NQFA 3VE9A 3IIOA 3T40A 2YX0A 1KTCA 1TV5A 3LERA 4JYDA 3W83A 3TU9A 3KX6A 1SW0A 2XFWA 3R2GA 4YWIA 3I7RA 3OG3A 1YYAA 2WQPA 4LS2A 3U2OA 1F73A 2VFGA 1TRIA 3LLFA 1F74A 4W9TA 5G2IA 5CG7A 3W7OA 3MWAA 2CZ5A 3TK7A 2J9XA 5IBXC 1KFLA 2NX3A 5EMUA 3O6YX 3STEA 1QAPA 3THQA 4CCCA 5F1UA 3MBFA 3W23A 1OK6A 4H6KA 1LRQA 2ZZ3A 4QJ1A 2NX1A 3CU2A 1I45A 4UFJA 4DXVA 5C6MA 2ZZ5A 5U4NA 1LOLA 4RCXA 3G8RA 3LTYA 4R33A 2OCZA 4ADUA 1OYCA 4M7TA 1OFPA 4TR9A 3LCWA 3S1XA 2C3ZA 3DFPA 1TPFA 3PAJA 3TSBA 1JCLA 5LNSA 4JTGA 3UXDA 1LRTA 1TJRA 1UBSA 2R91A 1OFRA 3PWAA 3L65A 2A21A 1RQEA 3B06A 4JTEA 3G22A 3LDVA 5AOUA 3TW7A 2FPTA 1KM6A 2VFDA 2C6QA 2YR1A 3MBDA 1OX4B 1OG0A 2YCEA 1F5ZA 3L21A 4CCDA 1K3UA 5U7SA 5TBOA 3PM6A 2VC6A 4XZ9A 1SO6A 1G67A 2BSLA 1SSGA 3ABQA 4O19A 1OYBA 2CLEA 3M1ZA 1YXCA 1SO4A 4M19A 3C4UA 3W2KA 1H60A 2JKEA 4MY9A 3TC7A 2E6FA 3USBA 5FEXA 1DVJA 1KFEA 1G4EA 3WJWA 4IMFA 1GYNA 3LXBA 3NNTA 4GJ1A 1K02A 3W2MA 1CX9A 3CPRA 4GBUA 4O1BA 2NV2A 3IGUA 2DJXA 3TFCA 1H7WA 4JIPA 2AAMA 4JEQA 4WQ6A 3G0XA 1EA0A 4HT3A 3ZS4A 1RR2A 1GYLA 3ZR4A 2DZPA 4AF0A 3CIXA 1FWNA 3NVTA 4TIMA 4IJBA 4Z1CA 1VJIA 4WXYA 4LVFA 1ZENA 3L0NA 5FF2A 1DBTA 1R2TA 4R7JA 4I9AA 2R8WA 4N6EA 1G4PA 2V2DA 1J4EA 1K8YA 1HO1A 5HWNA 4AAJA 2A2IA 5EKYA 5F2IA 3H53A 1WBJA 3BPWA 3BLIA 4Z08A 1SSDA 2E1DA 3WJYA 1O4UA 3TUUA 2VXNA 4IQLA 4JTKA 3CLMA 1OFBA 1LYXA 5C5YA 5EY5A 3DXIA 3C2OA 3UQNA 4C1LA 4BI5A 4DBDA 4M6PA 3RLVA 5D2WA 1SW3A 2ZZ6A 5F4WA 5HUOA 1F6KA 3TXZA 1JCYA 3QH2A 6TIMA 2Y85A 2CLFA 2P10A 3NOEA 1ZCOA 1DORA 3O06A 4JY9A 3SZ8A 1F05A 1G7VA 1ZFJA 3BGJA 3S1UA 1LTDA 5D2VA 4X22A 3BO9A 4LNYA 3IIZA 2QCLA 2A7NA 2VFFA 3HG4A 1QPRA 2QAFA 2VEKA 1AK5A 3P74A 3NQ8A 3LI1A 4H4IA 3EXSA 1J5TA 2HTMA 2QDGA 4YCOA 2GJLA 1JUEA 3NDOA 2XN2A 4EOUA 3O07A 3CM4A 1BKSA 2GVLA 3B05A 2NZLA 5D03A 4BI6A 1WA3A 1TSIA 4NX0A 2HS8A 3S6DA 3TCEA 4R34A 1YDOA 1BWLA 3W7QA 3OVRA 2I14A 3E02A 4Q32A 2FPYA 4FNUA 2WSYA 1LLZA 4B5NA 1KFJA 3QMSA 1LROA 2D73A 1KM2A 4AVFA 4LY8A 2ZDRA 3RMJA 3W88A 4BWLA 3W2UA 1GQNA 4MZ8A 4MYXA 2R94A 1W5OA 3RF9A 2WSRA 5LNVA 1QCWA 3W3OA 3SI9A 1Q6OA 4CQ8A 1QO5A 1LLWA 2V2HA 2Q8ZA 4IMGA 1W5QA 4O4WA 3BVJA 4AB4A 5KZEA 3NGJA 3WJZA 4UTUA 2J6XA 2TRSA 1AW2A 3M9YA 3LI0A 4NZJA 3W1NA 2ZRXA 1GTEA 1S5VA 2JBMA 4MKNA 1GVFA 1I4NA 5D09A 2CLKA 2QCNA 2VEIA 3P62A 4TU1A 3WK0A 2E5BA 1YPFA 3ATZA 2ZYFA 3EXTA 4FX8A 3MI6A 3P7YA 4TX9A 4DBEA 1ONRA 3B0PA 2C19A 1FWWA 3W7JA 3DBPA 3FKRA 4UTHA 3KVJA 1SO3A 3IIPA 3KAOA 2Z2UA 4DPQA 4AWSA 4TMCA 1KFCA 2B7QA 1OFQA 3JS3A 4MZ1A 3PSVA 3UPBA 1MO0A 3SW6A 3KRSA 1XXXA 3W2JA 2NXHA 3HGOA 3W7RA 2P1FA 1WBHA 3KHJA 3OA3A 5K9CA 3DENA 1OK4A 4K8EA 3UZ5A 1W5NA 3O15A 2VEPA 1F6PA 1IF2A 2F84A 2QEZA 3PB0A 3TQ0A 4QIUA 2H90A 4ORIA 3W85A 3QMRA 1KTNA 2FLIA 3O6CA 1YDNA 3O6DA 5BRBA 3NQAA 4RR4A 3G8EA 1OFDA 3L5LA 3G1YA 2VOMA 5DY3A 1XBZA 4K39A 3ZWSA 3DKLA 2DORA 1T96A 2VFHA 1I2OA 3LRMA 3UZJA 4IMDA 5FF4A 3MO7A 1FWTA 5KSWA 4IXXA 4O16A 4Y90A 5HMSA 3C8FA 1W5PA 3LV6A 1MXSA 3GLCA 5BMXA 1TPDA 4GUGA 2IQTA 3GDKA 2O7SA 5FEZA 1EEPA 3BG9A 2Q3RA 1XL9A 3W07A 5AHLA 1K7XA 5CZ0A 1FUYA 4XWUA 5K4ZA 4UTTC 4WJEA 3H55A 2E6AA 2JK2A 3M5VA 3I65A 5F2LA 4UTIA 4Z0SA 3NR0A 1PHQA 3O63A 5LNRA 2FFCA 3L9CA 3W6YA 4N9DA 1UJPA 4PL2A 2ZZ2A 3HGRA 3L5AA 3W7KA 3W76A 1EP1A 1WYIA 4NJGA 3SECA 1JUKA 3L68A 1SFLA 4HSOA 4DO4A 3GVGA 5FF7A 3UY8A 5E1QA 3HPXA 1ME7A 1Z48A 1ICPA 3HO8A 4FNSA 8TIMA 2J88A 3FYOA 1YTDA 4OE7A 5EYWA 5DBUA 4HNUA 3S5OA 2NUXA 3HGJA 4UTMA 3JRKA 4KKXA 4RXGA 4IOTA 4LT9A 1XUZA 3G1FA 1SZNA 2CLHA 1YTEA 3E12A 1LZOA 3P81A 1H50A 1KV8A 3CEPA 2QCCA 1ZJIA 3SJ3A 5G2HA 4WOQA 3W1LA 1ZAIA 3NZRA 2DJLA 5HR7A 1H7XA 4UNLA 3R8RA 5CSSA 1ME9A 1JCXA 5I3JA 3MI2A 4UTWC 2DZWA 2NUYA 1EPXA 2NWRA 1R2SA 3N73A 4DO5A 4JGDA 3OVQA 2WNQA 5D2YA 4U4MA 3LB0A 4HNNA 3RU6A 3SGUA 5AB3A 2ZRYA 3EX2A 3IGSA 4MZYA 3VE7A 2FJKA 1M7PA 4N9CA 2Y88A 1IIGA 4AWTA 4O14A 4A21A 5J5RA 3F4WA 3LHYA 4K7VA 3G1XA 5ABTA 3EKLA 5DXYA 2BLEA 5G2WA 1VQTA 4ZQMA 3TW6A 3G18A 1FCBA 3VCRA 1MEHA 3EB2A 3N2XA 4K37A 2YW3A 3HJZA 1ME8A 2CFFA 4FX6M 1VRDA 2WSQA 4P61A 4JTTA 1KFBA 2FDSA 3DZ1A 3UYCA 1LBFA 3L2IA 3HB9A 3PY2A 1VYRA 3NL6A 3H54A 2GVJA 4EWND 5EBUA 6ALDA 4PH6A 1L6YA 1NF7A 1ZAJA 2GQ9A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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