3N1A | Genus

Total Genus 113

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	113
sequence length	327
structure length	327
Chain Sequence	NLGSKLLVGYWHNFDNGTGIIKLKDVSPKWDVINVSFGETGGDRSTVEFSPVYGTDADFKSDISYLKSKGKKVVLSIGGQNGVVLLPDNAAKDRFINSIQSLIDKYGFDGIDIDLGSGIYLNGNDTNFKNPTTPQIVNLISAIRTISDHYGPDFLLSMAPETAYVQGGYSAYGSIWGAYLPIIYGVKDKLTYIHVQHFNAGSGIGMDGNNYNQGTADYEVAMADMLLHGFPVGGNANNIFPALRSDQVMIGLPAAPAAAPSGGYISPTEMKKALNYIIKGVPFGGKYKLSNQSGYPAFRGLMSWSINWDAKNNFEFSNNYRTYFDGL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__44096621052438945__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__44096621052438945__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3N1A/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__44096621052438945__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"44096621052438945","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3N1A/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__44096621052438945__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cff9bdd0d0768f53743d48f/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cff9bdd0d0768f53743d48f/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cff9bdd0d0768f53743d48f/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cff9bdd0d0768f53743d48f/pdb.gz): 84 ms

reading 327 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

327 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:326});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacillus cereus
publication title	Crystal structures of bacillus cereus NCTU2 chitinase complexes with chitooligomers reveal novel substrate binding for catalysis: a chitinase without chitin-binding and insertion domains pubmed doi rcsb
molecule keywords	Chitinase A
total genus	113
structure length	327
sequence length	327
ec nomenclature	ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date	2010-05-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3n1aA00

3GXIA 2E9MA 3IK2A 1JIBA 3O6AA 2V3DA 3M6DA 3MV11 4UFMA 3VIJA 1MXDA 1VEOA 4L4PA 3VX0A 4W93A 3VD7A 1W1TA 2Z1SA 4AD0A 2Y4SA 1B3XA 1F4AA 1Z32X 3MS8A 3EMZA 3WL0A 2DEPA 1ITCA 3ALFA 3PZTA 1BFNA 3EDFA 1TZ7A 3WBAA 2DSVA 4XV0A 4Z2LA 3MMDA 1ISWA 4AD5A 1JZ2A 3VGGA 4L4OA 4W7UA 2WSKA 2JIEA 1JAEA 4Z2JA 1KB3A 4AZBA 3BCDA 4JKLA 1ITXA 2E0PA 2ZXQA 5CQ1A 3GNPA 1CXIA 5C71A 3AIQA 4M1RA 1GOQA 1RH9A 1YQ2A 3N11A 3WEOA 2EBNA 3AMKA 5A8MA 3ZJ7A 5D9PA 2ESCA 1CXHA 1ESWA 5BXTA 4NRSA 4ZXOA 4B15A 1HL9A 2NT0A 2GDVA 4XZWA 2GUYA 1EOKA 1E0XA 2VR5A 3NDZA 3BXWA 3N13A 4P7RA 4W85A 1HN1A 1DP0A 4M29A 1GJUA 3GNOA 4JL2A 3ZJ8A 5CSUA 1E6SM 2J7FA 4PMOA 2PBGA 3CLWA 3CZEA 4UZUA 1VBRA 2JF7A 3BGAA 4A3HA 3ZSTA 1KWKA 2FGZA 2JF6A 4P8UA 1KFWA 3AYSA 2AAAA 1SMAA 4M81A 5KEZA 1BGGA 3WF0A 3EDKA 2WVVB 3ZT6A 2A3AA 1C92A 1EOMA 1BYAA 3BSHA 4AD2A 2BS9A 3HJEA 3OLEA 5IFPA 2UY2A 5A2AA 4IM4A 1QI0A 4PUEA 1KCLA 1C8YA 2DH2A 1UG6A 1C7TA 4R27A 3VD9A 5F7UA 2YDSA 3WH8A 3VGBA 4GO8A 4AZ6A 5IDIA 2V5CA 2RGMA 1C91A 3T09A 1TMQA 2J75A 1V3LA 1XH2A 4YPJA 3VNYA 4WJXA 5BXPA 4JFUA 3K1DA 2XUCA 2PWHA 1JYWA 4UOZA 3MUAA 4V2XA 2UWFA 4ATWA 5M5DA 4MNMA 2ZXBA 3IAPA 4E8CA 2WBKA 3AS2A 3I3DA 2PF0A 4HZ8A 4AZCA 1UWQA 3FY1A 3RM4A 3DHUA 5EB8A 1FP8A 2DT3A 1BLIA 1B3WA 2VRJA 1WE5A 1MFVA 3GDBA 3BC9A 1OD0A 4WIWA 1EIBA 3OZOA 4U3AA 1H11A 1VEPA 3QHMA 3SCUA 1Q6CA 4AZGA 1B3YA 5A1AA 4TX6A 3OLGA 2FHCA 2E9LA 1KCKA 4GZEA 4PCSA 2QHAA 3CUGA 3VGFA 3N18A 2CXGA 2W67A 4GZIA 1J0JA 4XB3A 2QLYA 3TP4A 5ABHA 5FL0A 1AQMA 4PCTA 2EEXA 1B90A 1EQCA 1J0IA 3N12A 2WMHA 3AHTA 3BMWA 3VPLA 2A3EA 5FD0A 3VIFA 3A4AA 4XX6A 2Y5EA 1R7AA 2EXOA 2VZOA 1TCMA 2WHLA 4CN6A 1PZ3A 1QI2A 3QR3A 1TUXA 2XIIA 1KXTA 4FMVA 4XUYA 5A6BD 2VQTA 1WDPA 2J8FA 1XC6A 1KXHA 2VCBA 2ZXDA 3NSXA 4CKQA 3APGA 5I2UA 4HMDA 1ODUA 3ARZA 3WMSA 1B9ZA 3WBEA 4F9JA 3W53A 2A3BA 1H49A 3F5JA 4RE3A 3UESA 4MB4A 3WH9A 1G9HA 1ISXA 4D72A 1G94A 1WDQA 2J7GA 1E55A 4MB1A 2D3LA 3HN3A 4FF5A 3D3AA 2WHMA 3WDQA 4QCFA 4UTFA 4AW7A 1WZKA 3KWXA 2VO5A 2G3IA 4PEEA 3AIRA 1D2KA 2WSPA 3N9KA 3NCOA 4CN4A 3AMDA 3SCQA 2IUZA 4TVDA 5C8BB 4HA3A 4MDOA 4U2ZA 5HXMA 5DT7A 1B30A 3U57A 1ZBVA 5HPCA 5I23A 1BSIA 2WXDM 1H09A 3AXHA 4H2CA 4DUVA 5JBDA 3NUKA 2V38A 3WF2A 4F79A 1XV8A 1D7FA 1I1XA 4XZBA 1UWRA 2PWFA 3W25A 3KE0A 4AXNA 2VZVA 3L4WA 1HJXA 1OINA 1UZ1A 3OBAA 1TE1A 1UH3A 2YKKA 3VIHA 2WKGA 3CUIA 4N0RA 1GW1A 2WB5A 4TVCA 4KMQA 2WLZA 3CO4A 4E4PA 3T2PA 4AD3A 1OIFA 4H7VA 1KGUA 4U5IA 3VGDA 2PBOA 3ZR5A 2VJXA 4X0VA 1GHRA 2YL8A 3FAWA 4DUXA 1JF5A 3N04A 3CHFA 1UUQA 1XHGA 4PMRA 4P7LA 3WUBA 1CEOA 1KR1A 3BCFA 1V0MA 4KH2A 2XIBA 1LWHA 3AIBA 3MUY1 4HA4A 5FL1A 1E6RA 2YL9A 4J3WA 4TTGA 1JDCA 1FP9A 4UQAA 2EPLX 1WZLA 5JUVA 1US2A 4OJYA 4X9YA 5A6JA 2WVUA 3W38A 5A6AA 4NZCA 3CZ8A 3UERA 1G1YA 1CXLA 3W26A 1BYDA 3SUVA 3WDPP 3ZR6A 3MUIA 2ZUUA 4Z2GA 3A4XA 3WNKA 4P8XA 2WMJA 1AMYA 4AEFA 1KGWA 1B3ZA 1JNEA 2VNCA 4H8HA 4UNIA 4GQQA 3AROA 1NWRA 2HISA 2PC8A 3T08A 1JZ3A 4MJ2A 2OWCA 2X0YA 3MSGA 1XGZA 2VMFA 4CD6A 4D6EA 2OSXA 1MQPA 2ZE0A 1H1NA 1ZJAA 1CXKA 1V0LA 4W5UA 3FAXA 1E6NA 5A95A 1B1YA 2WK2A 2YDQA 2X09A 1PX8A 3ZT5A 2WMGA 3WENA 5LA1A 1HT6A 3L2LA 6CGTA 2CIPA 1RPKA 1UWSA 1UD6A 1UR4A 4CGTA 1J0YA 3VNZA 3VOCA 4BF7A 3RCNA 3G6MA 3EMCA 5I77A 1RD6A 5IHRA 2XGIA 3THCA 4EKJA 4D6GA 2WVTA 1EGZA 4AISA 2E40A 3SURA 3VDBA 2E4TA 4D1IA 4WKAA 2D2OA 1CTNA 1U33A 4QLLA 4UFJA 3WUFA 2VRQA 3PZ9A 2OWXA 1J11A 5BRQA 1E6XM 3W28A 4FLRA 5I5RA 2QV4A 2ZXAA 2Y8VA 2YL6A 1LF1A 5D9OA 4UQBA 2GK1B 3IANA 5HDRA 1US3A 1JYXA 1C8QA 1Y7VA 1C90A 1CENA 1E72M 2EJ1A 2O9OA 4MB3A 1I75A 2CKSA 2D0GA 5D8ZA 1QNRA 3SCVA 3AJ7A 2OYLA 2VQUA 3WFZA 4NI3A 1WKYA 3NSNA 3ZT7A 5E9AA 1MQRA 4S3KA 2G3JA 3SCNA 3WH7A 1M53A 1QI4A 1HKJA 4FLQA 1WCGA 2UY5A 3VMOA 2J4GA 2WM0A 4AYSA 1K9TA 2YIHA 2BHZA 3ZOAA 1UQZA 4ML4A 4E8DA 1SMDA 3VIGA 2WC3A 4ATDA 1VRXA 3QOMA 1W9UA 2BVDA 1QNQA 2WZIA 2VZUA 1LQ0A 3ARSA 3L4ZA 4UQ9A 1V02E 1NM9A 1E6ZA 3L4VA 4LYPA 5I6SA 5GNZA 4P7NA 2VX4A 1LG2A 4BZYA 2YLAA 2VX5A 1E4NA 4W8LA 3L4YA 5A3HA 4M82A 1E56A 2J7BA 1JFHA 3II1A 2O9TA 4GZJA 3WQ8A 1FH9A 3VINA 2CKRA 1JDAA 1PAMA 5AY7A 4J28A 2VZSA 1UWTA 2VI0A 3A3HA 3WUGA 5A69A 1UR9A 5A6BA 5IHSA 3CPUA 1QHPA 1J18A 1ZL1A 3BLPX 1VEMA 7TAAA 1M7XA 3HU7A 2CBJA 5LA0A 1E9LA 3CZJA 4PMNA 3QHOA 1WDSA 2XHYA 3VMPA 3VD5A 3FN9A 1PX3A 2BHYA 2XG9A 1TA3B 1JGIA 2GJXA 2DH3A 3F5KA 4TXEA 2GVYA 6A3HA 2D0HA 4MNLA 1BG9A 1KXQA 2QPSA 2YL5A 3DYPA 2XPKA 3WF3A 1H5VA 3VD4A 1M03A 4CCDA 6TAAA 5E0FA 1WP6A 3NJ3A 3WD3A 1GCYA 3CHCA 4LPCA 1SYTA 2WAGA 1VFOA 4HMEA 3MMUA 2WMKA 1JG9A 3VIPA 1QHOA 5A8QA 4KGJA 3AS3A 4C7FA 4UFLA 3UR8A 5M03A 5DEZA 2W91A 3SUTA 1L0PA 1LJYA 2XSBA 3ZSSA 1BGAA 1KQYA 3TONA 4PTMA 1E6QM 4W87A 4EE9A 2DT0A 2CEQA 1CECA 4M8UA 4Q22A 2VOTA 1BG4A 3WNPA 2FH6A 4J3XA 2Y2WA 1Q4NX 4MDPA 4W8BA 1J9YA 1BYBA 5ABFB 3AIWA 3MMWA 1E3XA 3POCA 3AOFA 3W27A 3QOKA 4OIFA 3WNLA 3AXIA 4F66A 1CXFA 1QBBA 2DPEA 4MAZA 2W62A 4UQDA 5FKYA 3W4RA 1W3LA 3TTYA 4RE2A 2DSUA 5A8NA 2GJPA 1EQPA 2VX7A 1XH1A 4DWSC 4QAWA 3WDJA 4JHOA 4CD4A 4PTXA 5EBAA 2XFFA 3SUSA 8CGTA 4U2YA 1WZMA 2VUYA 1CDGA 1QHZA 1GUVA 2QF8A 4QP0A 5CGTA 4MB5A 1B2YA 1VJZA 4GPNA 5BCAA 4JFVA 1XCWA 4JFTA 4QDMA 2WHKA 1JAKA 1H3GA 5CPSA 1PZ2A 1V3KA 3BMVA 3UCQA 4WK9A 3OG2A 4DWSD 2ZWZA 4MAVA 4CD8A 3K46A 3OGSA 4PMQA 1QNSA 2PWGA 1CGWA 1IT0A 4W86A 1W9BM 4TOQA 4A4AA 3NDYA 4UZSA 4NRRA 1PIFA 1GOMA 1L8NA 2C8NA 1CBGA 1H41A 3RJYA 4K68A 5BWFA 1GQKA 2J77A 1E43A 5E09A 1J0KA 3ARVA 1WZAA 2GJRA 5IFTA 4PN2A 1E15A 3VM5A 2F61A 3AHXA 1ECEA 1HVXA 1DWGM 4YN5A 1XSIA 4EAMA 2E9BA 3UEQA 2J74A 1DEDA 2XTKA 3ARUA 3BAWA 2DSKA 4CCCA 2X2YA 1HF6A 2E8YA 2VTFA 3WNOA 4F9DA 1C3FA 2CYGA 1C7SA 2WVSA 2J7CA 2YJQA 4ZEPA 1WAWA 4N42A 1V3JA 3B9EA 5A2CA 1VAHA 1VJSA 4QCEA 2W92A 4H8UA 1KXVA 1UWUA 3SUUA 4P7QA 3VIOA 1JI1A 4BQ2A 2O9PA 1LL4A 1UKPA 4HZ7A 4HPGA 5CJ5A 2NT1A 1U2YA 4OOUA 2V3FA 4W8AA 2C7FA 2Z1KA 3CZGA 2IXVA 5M3WA 5BXRA 3OZPA 1XYFA 4YHGA 3AQUA 3I3BA 3VDAA 4AIUA 2DIJA 3VIKA 1OGBA 3PHAA 3RM8A 5I3DA 2CCRA 1BPLB 3PZOA 2YA2A 2J25A 4LXFA 4GQRA 4IPNB 4HZ6A 1WB0A 2UY4A 4AZ5A 4WF7A 2D1ZA 3FXYA 3W82A 1UD3A 2DT2A 3FHAA 1XRVA 1UR2A 3POHA 1PPIA 1VB9A 4A3YA 2WMIA 1ISZA 2W63A 2ZICA 3KL5A 2PI6A 2F8QA 1E4MM 1UD8A 2CBUA 4KGLA 1E0WA 1OT1A 3CHEA 1K9DA 4Z2KA 1KQZA 2X8RA 3W29A 3GYCA 4GKLA 5CPTA 1GOKA 2IXUA 3PZQA 3MV01 1W1PA 2JFEX 5BRPA 4V28A 3AI0A 1V3HA 1W1YA 4PRWA 1AQ0A 1A3HA 3WQWA 1N82A 1FOBA 3I3EA 2BFGA 3OGVA 3SIMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3N1AA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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