3N34 | Genus

Total Genus 124

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	124
sequence length	327
structure length	327
Chain Sequence	GLVPRGSMGFKVKLEKRRNAINTCLCIGLDPDEKDIENFMKNEKENNYNNIKKNLKEKYINNVSIKKDILLKAPDNIIREEKSEEFFYFFNHFCFYIINETNKYALTFKMNFAFYIPYGSVGIDVLKNVFDYLYELNIPTILDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTVNIYMGTNMLKDICYDEEKNKYYSAFVLVKTTNPDSAIFQKNLSLDNKQAYVIMAQEALNMSSYLNLEQNNEFIGFVVGANSYDEMNYIRTYFPNCYILSPGIGAQNGDLHKTLTNGYHKSYEKILINIGRAITKNPYPQKAAQMYYDQINAILKQN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of Plasmodium falciparum orotidine 5'-monophosphate decarboxylase complexed with 5-fluoro-6-amino-UMP, produced from 5-fluoro-6-azido-UMP rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags	Lyase
source organism	Plasmodium falciparum
total genus	124
structure length	327
sequence length	327
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-05-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3n34A00

3C0JA 3A5FA 1VCVA 4AHQA 1A50A 1FUYA 1QDSA 3YPIA 2J9ZA 3OBKA 5D2TA 2W0UA 1O95A 3RF9A 2E09A 4ZQRA 3B8DA 4AF0B 4A21A 4LRSA 2QJHA 2NV2A 3A24A 2VFHA 5LZLA 4LS1A 5C54A 4FO4A 1W5NA 4UFIA 3THAA 2JGYA 3PVFA 4WZHA 1R2SA 5DXXA 3LCWA 3W7QA 1C8VA 1FQ0A 4B5NA 1OVDA 4IJBA 1TQXA 3S1VA 2G5WA 2CLOA 1NVMA 2ISWA 1OFDA 4XWUA 5K9XA 2F84A 5LGZA 2DORA 4DF0A 5CPMA 2QCLA 5CPLA 3H54A 2CZEA 3CU2A 1FDJA 4RR4A 4QISA 2Y7GA 2RH9A 3GDTA 3FEMA 1SZGA 3GYEA 5FEWA 3MHUA 1A53A 5AHLA 1DL3A 3C2EA 1ZALA 1YXYA 2R91A 4O8RA 3L66A 4BI5A 2PRMA 2B4GA 4K39A 4FB7A 4N9EA 3L0KA 4EVZA 3Q2DA 4E2BA 3GR7A 1KM0A 3G1YA 1EUNA 2CLFA 4O4VA 1RQHA 4IOTA 1TPFA 1OX6A 3H53A 4O1AA 4PL1A 2NLIA 1WQ5A 4LVAA 2ZZ4A 3TROA 2RKXA 2YFOA 2FPYA 4JN6A 1SFLA 4DBEA 2IQTA 1SU5A 5G1TA 1AW5A 4FNTA 1TRDA 1OX5A 3QF0A 3WK1A 3DENA 3LRLA 4E2DA 2WOQA 4GUFA 1FX6A 5BMWA 4CCCA 3N73A 3MP3A 3UXAA 4JTJA 2CLIA 1GVOA 1H60A 5BNKA 3NXFA 2ZCGA 1AG1O 2E77A 2ZA2A 4CNPA 1N8FA 2JGQA 4PL2A 3NR0A 3QH2A 1GVRA 2OCZA 5D02A 3ATZA 4K38A 4RZ5A 3C52A 2ZZ7A 1EWEA 3W2UA 1T99A 4LRTA 2A21A 4M6VA 3R13A 3DFTA 4AXKA 2NWSA 1ONRA 3KX6A 3ABQA 3IIXA 3NGJA 3MBDA 4AVFA 2RDUA 4ZZ9A 3L5LA 4LWWA 5I3IA 1L9WA 1TYGA 1SZEA 1G4TA 3WJZA 4OV4A 3VKJA 5AN7A 3W86A 1EP3A 2P0OA 1PHWA 3TC7A 5MHBA 4A22A 3BVJA 1AL8A 4HIBA 3W83A 1JQVA 5CZ0A 1I45A 4FNQA 5IBXA 3LBMA 3LV5A 1YXDA 3M44A 5HUOA 4JXCA 1EEPA 3L68A 3L21A 4Z0SA 1OFAA 3DHDA 4AH7A 1KLYA 1X8FA 1KFCA 2C6QA 3W85A 3UZJA 1XBXA 3G1AA 1GG0A 3BW4A 4AF0A 1RQBA 5L9FA 3QSTA 3LBCA 2QCCA 4FNRA 1L6YA 2YX0A 2X1SA 4MY9A 3EX3A 3EKZA 3W7OA 3G1VA 3PS7A 1DQXA 3RNDA 3LHWA 1LRNA 3B05A 3NQEA 4N9CA 1NF7A 3QMTA 2PC4A 4C1KA 1I2PA 1XM3A 3LCIA 5F1UA 2UV8G 1GJPA 1FXQA 3QW3A 2DZWA 1F74A 4K8HA 4S1FA 2E68A 2BSLA 2H8XA 4I7VA 4CNOA 1BTMA 2NWRA 3KXQA 1QR7A 3TC6A 2CZFA 5BW6A 1I2OA 4HSOA 2A5HA 2FPVA 2E5CA 1DJNA 3G1FA 1F2JA 3DGRA 3OEXA 4JTUA 1VCGA 4NX0A 4ML9A 4XBKA 4N4QA 3B03A 3W1AA 2VKZG 4O57A 2NUYA 1KV8A 3L5MA 1SW0A 4WXZA 2YSWA 4Z08A 2PRLA 3MMTA 2NZLA 1OG0A 2CLMA 3KHJA 1OFOA 5K7JA 3UY8A 4DF2A 4ZVJA 2FPTA 1H62A 3V1PA 1L6WA 1THFD 5AYXA 3CEUA 4O28A 1GQNA 2ABAA 3LHYA 3HGSA 4HKPA 4M7TA 4RKAA 5TBOA 3LRMA 3FJ6A 1FCQA 2HMCA 1QPOA 1JRCA 4YWIA 3M0ZA 4GFSA 3F4WA 3NQDA 1OF8A 2V2HA 3DKJA 4IXXA 2GVLA 1JCLA 2A2IA 4FXSA 1DVJA 1FXPA 2BLEA 4JNMA 1TB3A 3GKAA 3P82A 4H6KA 3PUOA 2C15A 1W1ZA 3PBWA 2ZTJA 1LM1A 3NQ8A 1JR1A 1ZHAA 5L6UA 4R34A 3GDMA 4UTJA 5J5DA 1WBJA 3P61A 5FF4A 2A6NA 2A1YA 5T26A 3TK7A 5I3JA 1K8XA 3W1LA 1W5MA 3MJYA 1TJRA 1UASA 3PC0A 5KZEA 1WYIA 2E6AA 4IXHA 2TPSA 1UUMA 4AWSA 4LV9A 1SZFA 4WJEA 3T4CA 1KTCA 2VXNA 1MEIA 2ZYFA 3NPUA 2ISVA 1QAPA 3LCHA 3WJXA 3OVQA 2FQIA 1YXCA 2PRHA 3BG5A 5HWNA 1I8JA 2QCGA 4YLWA 5E0KA 2GQ8A 3Q58A 3TXZA 3NOEA 3NL6A 2GQAA 4NNCA 4NZFA 5HQEA 4LT9A 4Z1AA 3KVLA 2QJGA 1Q6OA 3D0CA 4Y6GA 1GEQA 2H3BA 4GXMA 3O8AA 1JCNA 1X1OA 4IX0A 2A7PA 3CB8A 5D37A 3ATYA 1X1ZA 3QFEA 3NPWA 1K7FA 3QQ0A 1QOPA 5HULA 2QCFA 1F05A 1SR9A 3EKLA 4NUWA 4UNLA 4PCFA 3G8EA 3NEVA 3LXBA 5U7SA 3SGZA 4TMCA 4QNEA 1KFLA 4LOCA 3KRSA 4WUIA 3CC1A 3F03K 3MP4A 4UC5A 5G1YA 3GKFA 5CZTA 5CPOA 4PFMA 1XKYA 4TMBA 5TIMA 2V9DA 1LCOA 4UXDA 2O7QA 3F1QA 1ME7A 4UTTA 1FBAA 3TSBA 2VFGA 3EXTA 4IMEA 5AYZA 4DQWA 1LOQA 3P80A 1W5QA 2Q8LA 3LXCA 3PBYA 3TCEA 1P5BA 1E51A 3GDKA 4MPQA 2CLHA 2WKJA 1H7OA 3HQ1A 4WY0F 4ZQCA 2ISSA 4JY9A 1ALDA 1XXXA 3NYZA 1PIIA 1IXPA 4D2JA 1PVNA 4JX4A 1H5YA 3W7PA 1LP6A 2J9YA 1G69A 2A0NA 4JDBA 4BI6A 4BR1A 5K4XA 3KVJA 3O6DA 1C29A 4JEQA 4JIQA 3PSVA 2YR1A 2ZRYA 1SQ7A 2GJNA 4LVGA 4XKYA 1MSSA 1OK4A 3NZRA 1LORA 5D33A 2XFWA 3ELFA 4L4MA 4NJHA 3LHVA 5F4WA 3S42A 2VEIA 2OJPA 3W7MA 2B7PA 4UNKA 3TMLA 1BWKA 1JVNA 2ZZ2A 3MW7A 3EWWA 4LY8A 5FF0A 2VFIA 3BG3A 1HO4A 5HJLA 3CIXA 2C0AA 2W79A 3W1XA 3PSWA 3OIXA 1TPH1 1B4KA 2JBMA 4Z1BA 1O5KA 1PV8A 3QZEA 4FX8A 3KRZA 1P0KA 3NQMA 3BLIA 3P67A 2HS8A 3W2JA 5U4NA 1XUZA 3BO9A 4CNNA 4YXGA 4O11A 5AHNA 3RLUA 3NNTA 4IPJA 1K7XA 1EPXA 4JY8A 3W1RA 4CQ9A 1KBJA 4GJ1A 2G96A 3TAKA 2TYSA 1RVGA 1SW3A 3KVKA 4ONVA 1VR6A 1WDWA 3DXIA 3UPBA 5G2WA 4DELA 2V2DA 3S1WA 2ZRVA 4JTHA 4WOQA 1VYSX 4JYEA 3RMJA 2ATSA 2ZZ5A 3GK0A 4MY8A 1OJXA 4KWVA 3STFA 1TTIA 3DBPA 3GR8A 4ZMGA 3PG8A 5LSMA 3GDRA 2QCDA 1W3TA 1Q6LA 3GXTA 3S8HA 2A6LA 1WOBA 4XUGA 3WJYA 3ZR4A 2XN2A 2WSQA 3LCXA 1OYCA 2F7FA 3TFXA 1LBFA 4HSNA 1H7NA 2C18A 1HG3A 4NXKA 3G0XA 3BV4A 2V2CA 1H63A 1GTEA 1BWLA 2ZA1A 1K02A 2QF7A 3NQ7A 3S6DA 5DN1A 1FY6A 2ZRZA 1QOQA 4WXYA 1W54A 3TJXA 4MUZA 3N19B 2WQPA 3SW6A 4K6AA 5E1QA 1UJPA 1DV7A 1KTBA 3FS2A 3OVRA 5GVJA 3N2XA 3CT7A 5A8GA 3PB2A 3LDVA 3VFLA 2ZBTA 5LGXA 1SO3A 1ZENA 3LTPA 3S5YA 5EMUA 4JGDA 1NF0A 3T55A 1TV8A 5K4ZA 5DCBA 1YDOA 3NQCA 2Y6ZA 2NUXA 4JTIA 4UTWC 4AEOA 4RK8A 3HPZA 4FX6M 3PULA 4RLIA 3W3OA 1OFRA 2Z0IA 3JRKA 5DXYA 5CG7A 3UWVA 2QKFA 3DFSA 2PCQA 4RZ6A 4UFHA 2VFDA 2YDAA 3SFKA 1VZWA 3B06A 4K36A 1F7BA 2Y7EA 3G24A 1TPVA 3EWUA 1XCFA 1EUAA 3TQ0A 3O05A 1W3NA 4QNWA 1FWRA 4UFMA 3M5ZA 4A2SA 3K30A 4KFOA 5EPDA 2ZRWA 3P7YA 2QJIA 3M5YA 4EWND 1ZJIA 1O60A 4O54A 3SZ8A 3CLMA 5KZDA 5D2XA 3UNDA 3W7RA 3A5VA 1H51A 3NQVA 2B7QA 4TX9A 5EY5A 3SI9A 5C6MA 4RJEA 3WK3A 3MI3A 3O06A 2ZA3A 3QW4B 2HTMA 3WJWA 4O14A 3TU9A 3MUXA 1WV2A 2G95A 4MZ1A 4MZ8A 2C19A 3N2MA 1LBMA 1ML1A 1GZGA 4H3DA 1LYXA 3VE7A 4NX5A 5K2ZA 3G1XA 1UUOA 1VHNA 1H7XA 1YTEA 3NPVA 1VS1A 6TIMA 1IIGA 3IVUA 4H4IA 3PAJA 5F2GA 3WK0A 4JX5A 2YW4A 5CZSA 1OYAA 3IIZA 3NQAA 1EWDA 5HWJA 2WV8A 1FCUA 3UD6A 3M41A 3L9CA 5AYYA 3S0CA 3HG3A 3L5AA 3STGA 3PY2A 2GOUA 3NA8A 1IXNA 1VYRA 3PG9A 5FF7A 3TSDA 1GG1A 2AQWA 5C2XA 3AO0A 4K7VA 4UTUA 1TO3A 5I3GA 4DEFA 4KKXA 1F76A 1FCBA 2X1UA 2B7OA 3ABSA 4IMGA 3IRDA 5SWUA 1MZHA 3LX9A 2YFNA 2QCEA 1QCWA 3KRUA 1K3UA 3IIOA 4N6EA 4E0CA 1SFJA 4OU1A 4NJIA 1X7FA 3LHUA 1ICPA 3TW7A 1F6PA 2ZZ3A 4JTGA 3U6WA 1GVSA 3W7HA 1P4CA 2NX9A 3UWYA 1VCFA 2H3DA 3JR2A 4DPPA 3Q94A 2DU2A 2V0TA 4HPJA 1HTIA 2NXIA 3FIGA 4ZQOA 4PC8A 3LTYA 4GBUA 5F4SA 1AL7A 2V5LA 4O0KA 1KV5A 5D2YA 3QM3A 4UIOA 1HO1A 2Q3RA 3LCLA 4BWLC 1ICSA 2Y7DA 4O1BA 4IMCA 1ZAHA 3ZWTA 2FFCA 4FX7A 1PCKA 1RD5A 3NG3A 3PBVA 3BLFA 1V5XA 3HIJA 6ALDA 3NO5A 3EXRA 4NVTA 4W9TA 1SW7A 3PB0A 5I3HA 2EKCA 3UZ5A 3S5OA 1WAUA 3W1TA 1KM1A 3OHIA 1MXSA 5I3FA 1XI3A 3MHGA 2YXGA 1S3HA 3HF3A 3W9ZA 4JICA 1TTJA 3FYPA 2OX1A 4FIRA 2YGYA 4L4LA 3MWAA 4LTSA 5K9CA 2JK2A 5D38A 2E1DA 3QQ1A 2ZRXA 1D3GA 1U5JA 1YYAA 3WFAA 1QWGA 1VLIA 2VFEA 5CKSA 3DAQA 2QAPA 5F4XA 3NQ2A 4M6PA 4S2BA 1ZCOA 1T96A 4O52A 1SO4A 2Y89A 2YYUA 3VNDA 1WXJA 3I7SA 3SECA 5KSWA 4BK9A 1C9DA 3SGUA 3JS3A 4K37A 4R33A 1JCMP 3TR2A 3STEA 3C2RA 3M47A 1MO0A 3V75A 1IXOA 1DHPA 3RLVA 4M5PA 3FJLA 1G4SA 2RDTA 5HWMA 3QSRA 4MYXA 3GZ3A 1OABA 2ZDRA 3M7WA 3RK8A 1KA9F 1TPEA 3PF3A 3NPXA 4ZQPA 3TQKA 1ME9A 1KFBA 2QEZA 1OFPA 1TCDA 2X16A 4LU0A 3O6CA 2X1TA 1Z48A 1W3IA 1ZNNA 2NX3A 2R8WA 2DJLA 3NVTA 4JX6A 3ZFHA 5H2ZA 3P8IA 1LOSA 1TPUA 4XTDA 3NAVA 2EPHA 1Q6RA 3TXVA 4LC6A 1R2TA 1AMKA 3LI1A 3LOTA 3P84A 2AAMA 3GNDA 3TFCA 2C1HA 3R5EA 5F1VA 3SR7A 3PUEA 3W07A 4J9JA 2J24A 5H91A 2BWGA 4JTKA 3EX1A 1JUKA 5AC6A 4N9BA 4CCDA 1D3HA 2W6RA 3BGJA 4IQLA 4RX0A 1I4NA 2CLKA 2YYTA 3GAKA 4GUIA 2ZTKA 3G3DA 4S2CA 2X2GA 1SZNA 3GX9A 3QPZA 4POCA 2A7NA 1VC4A 1OFQA 5K9DA 2Q3OA 2CZDA 1F73A 2GJLA 4UMCA 1AW2A 1SUXA 4PEKA 5D03A 2I9EA 1QNVA 3L2IA 4GNJA 3UWWA 3IV3A 1KTNA 4YMZA 3BLEA 4LS2A 1GPWA 3M6YA 3L0NA 4AWUA 3LV6A 4R7JA 2XN1A 1OF6A 4MLRA 1TQJA 2YW3A 4AHPA 3E02A 3LCGA 4ADSA 1KFKA 3G1SA 3IVSA 4ICNA 1S5VA 3I65A 2RDWA 1J2WA 4NJGA 4EOUA 3W7DA 2HS6A 3NM3A 4UFJA 4WY0B 1HUVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3N34A

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