3NA8A

Crystal structure of a putative dihydrodipicolinate synthetase from pseudomonas aeruginosa
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
291
structure length
290
Chain Sequence
ASIHGIIGYTITPFAADGGLDLPALGRSIERLIDGGVHAIAPLGSTGEGAYLSDPEWDEVVDFTLKTVAHRVPTIVSVSDLTTAKTVRRAQFAESLGAEAVMVLPISYWKLNEAEVFQHYRAVGEAIGVPVMLYNNPGTSGIDMSVELILRIVREVDNVTMVKESTGDIQRMHKLRLLGEGRVPFYNGNPLALEAFVAGAKGWCSAAPNLIPTLNGQLYQAVLDGDLEKARALFYRQLPLLDFILRRGLPTTIKAGLGLSGLEVGAPRLPVQALDTEGCRYLQGLLEELR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of a putative dihydrodipicolinate synthetase from Pseudomonas aeruginosa
rcsb
molecule keywords putative dihydrodipicolinate synthetase
molecule tags Lyase
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 102
structure length 290
sequence length 291
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date 2010-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3na8A00
4GXMA 1CX9A 3BLFA 5HWNA 4U28A 4WOZA 1OFPA 3INPA 3VKJA 1DQXA 2VFGA 3R12A 5L9FA 3W88A 3GKFA 4O50A 2FIQA 4Y6GA 3S5OA 3CB8A 5C55A 3HG5A 1RQHA 4Z1AA 3LI1A 4FEZA 3B06A 4JX4A 3W1AA 3VNDA 4WD0A 1G4SA 3PBYA 4QITA 3TA6A 3LTYA 2WJZA 2YX0A 1GWJA 3E12A 1DKWA 1Q6OA 4JDYA 1LRQA 3G8EA 3QH2A 1N55A 3CT7A 4GC4A 1TPB1 1NFBA 4YL2A 4MUZA 4K6AA 3TNOA 2YDAA 1SZEA 1EP2A 3C0JA 4O11A 1VH7A 3C2RA 1ADOA 1EIXA 4XKYB 3CM4A 4NNAA 5FF2A 4JR5A 2Y85A 1RV8A 1G69A 5HNRA 4JX6A 5I3IA 3TUUA 3W07A 1V5XA 2Y62A 5I3HA 2FDSA 3IIVA 1XL9A 3PUOA 1VR6A 5D09A 1EUNA 2DZPA 4RR4A 3VCRA 3EXTA 3HPXA 1KFLA 3L67A 2HS6A 4LVFA 2V30A 1ZENA 1YTKA 4A2RA 1RD5A 4D2JA 3EX2A 2WSYA 3G1YA 4WOQA 1W37A 1G4PA 1ZNNA 1NVMA 2CLLA 3G1DA 4HKPA 4ADSA 5AHIA 1OJXA 4JTKA 2VXNA 1SW3A 1XI3A 2CU0A 1UB3A 4M5PA 1SQ7A 1GOXA 4WJEA 5EPDA 2RDTA 1VQTA 2CZDA 3TK7A 3QQ0A 4FIQA 1U83A 5BMWA 4I7UA 4NJHA 3H53A 3W3OA 4M7SA 4EWND 3W74A 1AG1O 1GG0A 3CEUA 4U4MA 3NQCA 4ICNA 4DO5A 3C2EA 4IMEA 4DQWA 2DZXA 1TRIA 2DU2A 1KTNA 4LV9A 2QJIA 4N4PA 5F2IA 2EAWA 2A21A 4NNBA 1FWSA 4ONVA 2YSWA 3TV8A 1W31A 1IXQA 1K7EA 2NUXA 4NQ1A 3BV4A 3W7DA 2RDUA 5FESA 3LM7A 3SW6A 4NJJA 1EP3A 4GUHA 5A5WA 3FS2A 4N6EA 1FXPA 1K7XA 1T8XA 4ML9A 4I7VA 2CLFA 5K9DA 1IIGA 1GVOA 1KM2A 4JNMA 4O1DA 6ALDA 1S5WA 4WXZA 5HUPA 1O5KA 3A5FA 1F2JA 2H3DA 1ZAHA 4AWSA 1YDVA 1GYLA 3LBCA 1GVFA 1YDOA 1XM3A 1OFQA 3M43A 5F1UA 3KHJA 4HN4A 1XDMA 2Z1BA 3W71A 1B3OA 1G6CA 5KZEA 2B4GA 1SSDA 3UPBA 4FNSA 2TYSA 1BTMA 4FX8A 1H1ZA 1SO5A 1G4TA 3S1VA 1EP1A 4O1AA 4UMBA 1O5XA 1XUZA 4IJBA 4TX9A 4FNPA 3C4UA 1LOLA 4NUWA 2ISSA 2YCEA 4JTGA 1EWEA 5KZDA 3T7VA 4OT7A 4WZHA 4S1FA 2GUUA 1XBXA 1TPFA 1GTEA 1OK6A 1QPOA 4FO4A 5AC8A 4LUIA 1JULA 3OA3A 3W7QA 3QPYA 1I2RA 3I6RA 4OV4A 3NGJA 3DI1A 4YMZA 3GVGA 3MHUA 2E6YA 4C1LA 1B4KA 3ZWSA 5F4XA 1KLYA 2FTPA 1WV2A 3L5AA 5CZJA 1I2OA 2BTMA 4OWGA 3O15A 3VE9A 3PSWA 1A5CA 1ZAIA 3L66A 3SGZA 3LCWA 5I3JA 4X3ZA 5J5DA 4RXGA 3TR2A 4CNNA 4Z1CA 2QCCA 3NXFA 3A23A 3AJXA 2V2HA 3QW4B 4QNEA 3W23A 5MHBA 3FA5A 3MUXA 3N9SA 5HULA 1H61A 3MI6A 4HNUA 4H4IA 3W1NA 4TR9A 2BX7A 4FX7A 3G8RA 3QFEA 3VE7A 4GUFA 3OHIA 3CEPA 1UCWA 4XZ9A 1M7OA 4K39A 3MP3A 1JCYA 4UTLA 2YPIA 3ZR4A 4KFPA 2QDGA 4XBKA 3GX9A 2I1OA 2W6RA 3ABOA 3DFSA 1FCVA 2VFHA 4NZFA 1KBIA 4QM1A 2QUUA 3HB9A 1AL7A 3N3MA 2AAMA 4AXKA 1ZHAA 2ZA3A 4O13A 5HINA 3NPVA 3CC1A 1JCNA 2B7QA 3S6DA 4EF9A 4DEFA 4LOCA 1JCLA 3NA8A 1WBJA 3A24A 3MP4A 3TW6A 4O19A 3L9CA 5I3KA 4YLWA 5D37A 3P82A 4PODA 1VGAA 4XQ6A 1VYPX 1H51A 2FQIA 1EX5A 2E77A 3NPXA 2Y7FA 3QSRA 3NEVA 3P74A 3WK0A 3FLUA 1FWNA 3N73A 3NOEA 3GNNA 3G18A 2FB3A 5AB3A 4BK9A 4N6FA 4FX6M 4OU1A 2ALDA 3NO5A 2J6XA 4GNJA 1TYGA 4IUOA 4Z1DA 2DJXA 1SPQA 3W7CA 4X22A 4A21A 3VI2A 2V2CA 3MO7A 3O63A 1A5AA 3P8JA 4E0CA 3BW3A 2GQAA 5G5IA 1JUBA 4NX0A 4M6QA 5AOUA 5AFDA 3LCFA 2ZBTA 5CZSA 3TC7A 2VFFA 4AF0B 3LLFA 3BG5A 3W22A 2FPVA 3P80A 4K8EA 4MZYA 1VYRA 2J27A 5F4WA 3WFAA 2JBMA 3FEMA 3EEGA 1TPUA 2AQWA 3W1MA 3B8DA 3WJYA 2FJKA 4MLRA 1SO6A 3P81A 1OYCA 1YADA 5KZMA 2G96A 1UJPA 5EMUA 2DZVA 3N2XA 3W7LA 1JJKA 2B7NA 1E51A 2C3ZA 4X9SA 2TRSA 3BG9A 4O17A 3FJ6A 3M41A 3R89A 2Q8ZA 3UWQA 3LRMA 4MFEA 3L65A 3W1PA 1Q45A 4LU0A 2PCQA 4JIQA 4IXXA 4Z08A 2ZZ7A 4JY9A 3TMQA 4O52A 4LVBA 1SZGA 3QMTA 1SW0A 3CLMA 5AHEA 1WA3A 1MSSA 3W9ZA 3OVQA 2WNQA 1VCVA 3E9AA 5SWUA 5BRBA 3B0PA 4B5NA 3IGXA 1TRDA 4ZVJA 4UNKA 1LDCA 4R53A 3F1QA 4YWIA 2B7PA 3I68A 3WK3A 2ZYFA 3B03A 1SW7A 2QCGA 3EKZA 4RKAA 3RU6A 3THQA 4Y9AA 3CPRA 2H3BA 3O1NA 1MEIA 1JRCA 4PA8A 1F7BA 4QAIA 3FKKA 3M5XA 1A53A 4DELA 2VFDA 3NDOA 1QR7A 3I7SA 5LNWA 3HO8A 2GOUA 3SJ3A 2OT1A 5D05A 4N9BA 5D2VA 4K38A 4A3UA 2ZRWA 3IIZA 5KITA 2A6NA 4M7TA 2YFOA 3MHGA 1XBVA 3W72A 3V75A 1THFD 2YW4A 4HIBA 1B4EA 1RQEA 4UMAA 2GQ8A 3SY5A 3DKJA 2EF9A 1VC4A 2XFWA 2QCFA 5D2YA 3BGGA 3A9IA 3DI0A 1RR2A 5EBUA 2E5DA 3EX4A 1GYNA 1W3TA 3S0CA 2JK2A 3SFKA 3IIXA 2C19A 4A22A 1OYAA 4L4LA 4PC8A 3DHFA 1L6SA 2D73A 3W70A 6TIMA 3W7KA 1MO0A 3LXCA 1KM3A 2Y63A 3QW3A 1J5TA 1PCKA 3LXBA 3P5YA 3HBLA 5LGZA 2HTMA 1OK4A 2GVGA 2R8WA 1JCJA 3THAA 5HJLA 3TXVA 2Y70A 2C1HA 1I4NA 3N19B 2VENA 5DCBA 3DH7A 1D9EA 3PB0A 3BLIA 1H5YA 3MYOA 3LTPA 3RNDA 2A7PA 4EF8A 4HNVA 4K36A 4Y8FA 2YGYA 1PHQA 2NUWA 3UXAA 4P2VA 4UFMA 3M9YA 5KINA 1AK5A 3GB6A 5F2MA 4JTUA 3QQ1A 2H6RA 3G3MA 3G0UA 3GDRA 3LX9A 4O1BA 5F2LA 1NF0A 3NQVA 1F73A 2FB2A 2RHGA 4KWWA 1OF8A 3NQ7A 1GG1A 4O28A 5D03A 2BLEA 4QISA 4RX0A 3P62A 5E1QA 2CW6A 4EIVA 4WXYA 3T44A 1SZNA 2GQ9A 2A85A 2V5LA 2CZEA 4BFAA 3PBVA 4IWWA 4O54A 1OX4B 1P5BA 3NQAA 1MZHA 2CLHA 5CPLA 5HQEA 2YYTA 1VLIA 3UWWA 3TE9A 1BKSA 3CWNA 5EYWA 4CNOA 3TX9A 5L6UA 3G1AA 3FJLA 3QZEA 1WDWA 2Q8LA 3A5VA 1F6KA 7TIMA 3M5ZA 3MW7A 1FDYA 4JD4A 3UZ5A 2EGZA 3O05A 3PF3A 3FOKA 3G1VA 1GJPA 3O6DA 4YCPA 2GJLA 1IXNA 4UNLA 4P61A 2ZZ4A 4O10A 1W5PA 4JTSA 3LCXA 3KXQA 5LGXA 1HO1A 1YLVA 2OZ0A 3UWUA 2E5BA 2X2GA 3TAKA 3KAOA 4DBDA 1TREA 4ADTA 2CWNA 2ZA2A 3W86A 1TPVA 3EXSA 1JCXA 1NSJA 1SZFA 4ORIA 3ANYA 3SGUA 3SI9A 3NR0A 3CTLA 5DELA 4M6VA 4M6PA 4XUGA 5D2XA 1AMKA 1GT8A 3DENA 3NQEA 1O4UA 1KM5A 3W2MA 4A29A 2YZRA 1N7KA 1KV8A 3LI0A 5BNKA 1VS1A 4H3DA 2E6DA 4PTNA 3S5YA 4AAJA 1TMHA 1CW2A 3EWWA 1DV7A 1W3IA 3NG3A 3DHDA 4I7WA 3LHUA 3KRZA 1EWDA 2B7OA 5TIMA 2OMAA 4MZ1A 1C8VA 2TSYA 1I2PA 3HPZA 2QEZA 3PVFA 3GYEA 3M0ZA 1A50A 2HSAA 1TV5A 5EL1A 3L21A 3HG4A 5IBXC 1XKYA 4GE8A 2B0MA 5EKYA 4NT0A 1GZGA 3LBMA 3T40A 5K7JA 5G2IA 4K7YA 4RCXA 3G3DA 1HL2A 1YXDA 1W5MA 3PG8A 4TO8A 5CPOA 5TBOA 2JKEA 4HPXA 2R91A 1OFEA 4JTLA 3TMLA 1RQBA 3LOTA 2OJPA 2YR1A 3NPUA 1Q6LA 2O7QA 3ABRA 3NYZA 4ZZ9A 4EOUA 1QPNA 3ZFHA 4Z0SA 3UWYA 1YPIA 2C13A 4JXCA 4NZJA 1L6YA 4AB4A 2E68A 3HF3A 2KZHA 1X8FA 4N4QA 1Z44A 4JIPA 5K4XA 3W7OA 3W7GA 1F74A 4GUIA 5DN1A 1R2RA 1A5SA 3MBFA 3PR2A 1LZOA 2QDHA 4RLIA 3JS3A 1S5VA 1ME8A 3H55A 3RF9A 3ABQA 1KM6A 1C9DA 2YXGA 1LP6A 3DFOA 3G1XA 3G22A 3PAJA 3GR8A 4JTJA 5FEPA 1KV5A 4LVDA 3L0NA 1B9BA 4TMCA 5J5RA 1FWRA 1TTQA 3W7MA 3LHYA 1XCFA 3TW7A 1TQXA 2PE4A 1J2WA 3GDLA 3RLUA 3BGJA 2OCZA 3KVJA 1LBMA 3C61A 5TQLA 5H2ZA 2J9YA 4RV8A 4ZQCA 3IGUA 3P7YA 3OEXA 4OQVA 3G1SA 3PUEA 5K4ZA 5E93A 2P0OA 1R30A 3HGJA 3NZ1A 2EPHA 1H7RA 1N8FA 2R14A 3NQFA 1W3NA 4JN6A 4N9CA 3TAOA 3UPWA 5DBTA 3O16A 2CLOA 3EWXA 1LCOA 3LRKA 4ZQRA 1QOPA 1O95A 3U2OA 2UV8G 4QIUA 2F7FA 1AL8A 4MFDA 1VCGA 3TDFA 1I8JA 1TJRA 4FF7A 4UR7A 3SECA 1TPDA 3FIGA 3TKFA 4O18A 1ICPA 2QCHA 1LOQA 3LCHA 4UTUA 1MEWA 4LC6A 1UUOA 4NX5A 3WJWA 4IPJA 4O4WA 5C6MA 3LCIA 3QRHA 3D0CA 3EB2A 4Q33A 4AHQA 1L2UA 2NZLA 3GIYA 5C2XA 2A5HA 1P1XA 1L6WA 4JICA 5HMSA 2ZRYA 3R13A 4AHPA 4ZQNA 2VFEA 1FCBA 3IRDA 5LNRA 1K8YA 4FNQA 1Q6RA 4UXDA 4PCFA 3UWZA 1WXJA 4NXSA 3SR7A 2BWGA 4KFOA 4E2BA 4IPIA 4POCA 3GDMA 3W75A 3A21A 3RK8A 2BZNA 3BO9A 1DJQA 4UTWC 4CNPA 2J9ZA 3KOFA 2BSLA 4GUJA 2FLIA 1FY6A 5AYXA 3DKLA 2WKJA 3W2KA 3P8IA 4KFNA 2CLEA 3KVKA 3MP5A 3M5VA 3LHTA 3STFA 4MY8A 3PUDA 1EB3A 4ORMA 3W2NA 1NEYA 2JGYA 4Y96A 4MVAA 4Q32A 1W54A 5I3FA 3IIPA 5DLCA 4LY8A 2ABBA 3TQKA 2NV2A 1OFBA 2Y88A 3NPWA 2J24A 5FF7A 3QEZA 5CSRA 4NVTA 2ZFAA 2J88A 3W6YA 4N9EA 3BARA 2ZZ2A 5AC7A 5BOOA 1SO4A 2ZTJA 5CPNA 3VFLA 1FWWA 4JYEA 3STCA 5I3GA 3M1ZA 4CCDA 3HJZA 1ZAJA 1F76A 3Q37A 1R2TA 1FDZA 3TH6A 4E38A 4UUIA 3UD6A 1GPWA 1D3HA 3W2JA 1VJIA 3C2FA 4GBUA 1P0NA 1WQ5A 4DO4A 1FUYA 4S2BA 4BWLC 1SFJA 5LZLA 3DZ1A 4OBTA 2X30A 3TC6A 4RZ6A 5FEZA 4DPPA 2E6FA 3BVJA 3TIMA 1ALDA 4CLMA 3UZJA 5D2TA 5AYYA 3W1RA 1WAUA 5IBXA 1OX5A 3TSMA 3OBKA 1ME9A 2OX1A 3KRSA 3LCGA 1PHWA 1TV7A 2EHHA 5F4SA 1KFEA 1LYXA 4OHQA 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 4NJK A;  1VZW A;  4QNW A;  4UTK A;  1P4C A;  2Y7G A;  1XC4 A;  2WNN A;  8TIM A;  4FXR A;  5G1Y A;  3QMS A;  4GUG A;  1OX4 A;  4MY1 A;  4K37 A;  2NWR A;  2DZS A;  2X1R A;  5FF3 A;  4UCG A;  3GDK A;  3RMJ A;  4BI7 A;  3NL6 A;  3LTS A;  4R33 A;  1LBF A;  3GXN A;  1QO5 A;  1D3G A;  3IVU A;  4MJM A;  1XBZ A;  2LLE A;  3U6W A;  4AH7 A;  3W73 A;  4KKX A;  4LW7 A;  1CI1 A;  2A1Y A;  3FYO A;  4NJG A;  5BW6 A;  1M5W A;  1KA9 F;  1W8S A;  2A2I A;  3WK2 A;  4WQ6 A;  1FDJ A;  1BWL A;  1XBY A;  1G7U A;  5K9C A;  2E5C A;  3U8G A;  3P60 A;  3UYC A;  2V8Z A;  1TSI A;  5FEX A;  1JCM P;  4O53 A;  4CQ8 A;  5DCD A;  3NQ2 A;  1Y0E A;  4AVF A;  3FKR A;  3TSD A;  5AC6 A;  2VEI A;  3MMT A;  1H50 A;  4FB7 A;  2ZRX A;  3O6Y X;  4JTI A;  5LHF A;  1TPC 1;  4MKN A;  4AWU A;  3CIW A;  2V81 A;  1IGS A;  5FEW A;  3PSV A;  2Q3R A;  2ZQ0 A;  3S8H A;  2PRM A;  4FXS A;  5D38 A;  3STE A;  1LOS A;  2Y61 A;  5ABT A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4GXM A;  3BLF A;  5HWN A;  3WLP A;  2BP1 A;  4QHR A;  2PWU A;  1QI3 A;  3T6C A;  3O7U A;  3GKF A;  4KEV A;  1E4N A;  4DBW A;  5C55 A;  2FH6 A;  3ISI X;  3B06 A;  4JX4 A;  1G4S A;  3PBY A;  4NZ3 A;  4QIT A;  3IJD A;  2WJZ A;  3W25 A;  1DKW A;  4JFW A;  4IJC A;  1E56 A;  3UA4 A;  4M6U A;  4HCL A;  1Q7M A;  3GH7 A;  4K6A A;  5B7Z A;  4J40 A;  3S46 A;  1EO7 A;  4B2D A;  5CCZ A;  1EIX A;  1OGB A;  1TWI A;  1MZR A;  2UY4 A;  2UY2 A;  1J6O A;  1F9C A;  1V6T A;  3ZXW A;  3ANU A;  5HNR A;  1V5X A;  3GSM A;  4UQA A;  4H6R A;  1UR0 A;  2E9B A;  1VFT A;  2VQT A;  2DZP A;  5D09 A;  4PRR A;  1UH3 A;  4RR4 A;  4XZW A;  3TLL A;  1YX1 A;  3VZY A;  1LJY A;  1MNS A;  4HK7 A;  3L67 A;  1HJW A;  2A3L A;  2D2H A;  1E0U A;  2V30 A;  4GX9 A;  1ZEN A;  4EPK A;  2HWG A;  1RD5 A;  1XQK A;  2YDQ A;  4DJE D;  5M17 A;  2YA0 A;  3CHE A;  3CZK A;  2QVN A;  2CLL A;  3G1D A;  2EPO A;  3VUP A;  1OJX A;  3PNZ A;  1XIF A;  3W81 A;  4HU3 A;  2GK1 A;  3HZ3 A;  1CXH A;  4WJE A;  5EPD A;  2RDT A;  2VTF A;  3HQN A;  4FIQ A;  1XFC A; 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