3NA8A

Crystal structure of a putative dihydrodipicolinate synthetase from pseudomonas aeruginosa
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
291
structure length
290
Chain Sequence
ASIHGIIGYTITPFAADGGLDLPALGRSIERLIDGGVHAIAPLGSTGEGAYLSDPEWDEVVDFTLKTVAHRVPTIVSVSDLTTAKTVRRAQFAESLGAEAVMVLPISYWKLNEAEVFQHYRAVGEAIGVPVMLYNNPGTSGIDMSVELILRIVREVDNVTMVKESTGDIQRMHKLRLLGEGRVPFYNGNPLALEAFVAGAKGWCSAAPNLIPTLNGQLYQAVLDGDLEKARALFYRQLPLLDFILRRGLPTTIKAGLGLSGLEVGAPRLPVQALDTEGCRYLQGLLEELR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of a putative dihydrodipicolinate synthetase from Pseudomonas aeruginosa
rcsb
molecule keywords putative dihydrodipicolinate synthetase
molecule tags Lyase
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 102
structure length 290
sequence length 291
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date 2010-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3na8A00
2PRHA 4U28A 3U6WA 1DQWA 4ZQPA 2ZQ0A 1EP2A 3O1NA 4JTEA 4HNVA 2X2GA 4HNTA 4JYEA 3C8FA 3GNNA 4JY9A 4LOCA 1A5BA 2VC6A 3GDRA 3NO5A 3QJAA 1FCVA 4E38A 5K9XA 4GE8A 1W5PA 1G4TA 4WX2A 1JCLA 1C8VA 1Q6QA 2G96A 3S5ZA 1SO5A 3I7RA 3O15A 3G0XA 4JS3A 2FTPA 1X1OA 1Z48A 2O7QA 1F76A 4YMZA 1HO4A 4TX9A 1WYIA 2Z2UA 4AWSA 1GYLA 5D37A 2CU0A 4DF2A 4LVGA 3FLUA 5MHBA 3LB0A 1UUMA 3L67A 1RQHA 4ZZ9A 2ABAA 5KMYA 3OG3A 1TIMA 4N9DA 1ZCOA 3W7KA 4AAJA 3EWBX 4ZQCA 3GXNA 5FEPA 1RR2A 2YW3A 1O5KA 3FS2A 1LRQA 1G4SA 5I3IA 3NPVA 1TREA 4Z1CA 1TTIA 3QMSA 4LU0A 4GJ1A 3STEA 5BNKA 2PRLA 3WJYA 4UFMA 1BEUA 1EP3A 1GT8A 1H1ZA 2Y85A 1UUOA 4HIBA 2ZYFA 3CB8A 2EAWA 3W2KA 3S9YA 1LORA 2VFHA 1VH7A 1I2OA 1G4PA 3EWZA 4NJIA 1W5NA 5D04C 3UWUA 2CZFA 1XBZA 1NEYA 3B0UX 5T26A 2R91A 1VLIA 1NFBA 2FIQA 1SQ7A 3GXPA 2OX1A 4ZQNA 2CZEA 3W7JA 2E6FA 3HBLA 5HINA 5U7SA 4S2CA 4HNNA 1TPFA 4NXSA 3NR0A 3TA6A 1AL8A 3L68A 3NA8A 1OF6A 3WJWA 3TW7A 3QMRA 1LROA 1SU5A 1YADA 5D09A 1YXDA 3M16A 1H51A 1X7FA 2X1RA 1OX5A 1R2TA 4OBTA 2HTMA 4CCDA 1K7XA 4RXGA 3IVSA 3M1ZA 4X3ZA 1X1ZA 1YXYA 1UB3A 4QQ3A 4OT7A 1DJQA 1JUBA 1PCKA 1H7OA 1XDMA 4FEZA 2NLIA 4M6QA 5KITA 1FWTA 2AAMA 3S8HA 3GKFA 3GDTA 5FF0A 4DPPA 4QM1A 4YLWA 2ISSA 5HNRA 2B7PA 4DO6A 3GDLA 4UXDA 2ZZ2A 3TXZA 6TIMA 2H8ZA 2HSAA 3DBPA 4E2DA 1MEIA 3L0NA 5AFDA 3PBVA 5AC6A 3P84A 2C15A 1N55A 5D03A 3TH6A 3QEZA 3R12A 2G5WA 4C1KA 1LLWA 3LERA 4RR4A 4GUFA 1TPB1 1W54A 1K7EA 1QPQA 1PHWA 1I45A 1AL7A 2NV2A 5H91A 2DU2A 1KBJA 2OT1A 4R7JA 1P0KA 1DHPA 2FPVA 2FLIA 4Y6GA 3O6CA 4N9EA 3ABSA 3P8IA 1Y0EA 4AWTA 1PCWA 4UFHA 5AHNA 3NXFA 4O16A 1SUXA 4ZMGA 3L9CA 4QIUA 3E0IA 4QSHA 3M47A 1NF7A 2E09A 3R89A 2AGKA 4HT3A 4FF7A 3CIWA 4LWWA 2EPHA 1N7KA 4HPXA 3SGUA 3T55A 1VRDA 5K4XA 4ZL1A 1THFD 5K4ZA 4UTHA 2VOMA 3DGRA 1SO4A 3DKJA 3VFLA 1VC4A 2KZHA 4MUZA 3NNTA 4K38A 1ZAHA 1O94A 3GZ3A 1HTIA 4EF8A 5K3VA 1X6UA 1ME7A 4AMAA 3LLFA 3RNDA 1J5TA 1SZFA 3PBUA 3G1XA 1GVQA 3EXSA 3IVUA 1XUZA 2O7SA 3MWAA 1WA3A 1O5XA 4IOTA 5CZ0A 3UNDA 4JTLA 3LTPA 4ADSA 1GG0A 3LBCA 2CFFA 3W7EA 4EF9A 3PB0A 2E6DA 4MPQA 2QDHA 4XQ6A 4M7TA 3CU2A 1K3UA 5LSMA 2JGYA 1VJIA 3A22A 3RMJA 3OVRA 2BZNA 3RFAA 4IXXA 1I8JA 1VCFA 3CM4A 4O57A 4BWLA 2V8ZA 3LX9A 4GNJA 1XCFA 3TQKA 1YTDA 1VHNA 3Q94A 4NJGA 1MO0A 2W0UA 1XL9A 2Y62A 2Z1BA 1FBAA 1KTBA 1TPWA 2RHGA 4CQ8A 1SO3A 3N9SA 4IMFA 1KFKA 1UCWA 3UWVA 4K6AA 2WNQA 1TRDA 2CLHA 3KHJA 2QKFA 4BF9A 3QRHA 4OQVA 1GWJA 4O12A 1R46A 2YCEA 4BR1A 2H3DA 4LS0A 3HGOA 3W7LA 4FO4A 1KFEA 3EWXA 3NQ7A 4NJJA 4DELA 2V2HA 3NPUA 3FIGA 5F4SA 2QEZA 1WQ5A 1SW0A 4EVZA 5EMUA 2QAFA 3MHUA 3UZ5A 3W7OA 2D73A 3HB9A 1KM2A 3TJXA 1KV8A 4JD4A 4MZ1A 4OV9A 4H6KA 1GQNA 1GVOA 1W0MA 4LC8A 4N6FA 3DHDA 4ONVA 2W79A 3W2JA 1SW7A 2XN1A 3EX3A 1XDLA 3HIJA 1G6CA 2RH9A 3L5LA 2TYSA 5EYWA 1ME8A 2WJZA 3LTSA 4WXYA 3S5OA 1SPQA 5LHEA 2FJKA 1OYCA 3M5XA 4UTMA 3PF3A 5CKSA 3BGGA 2QJGA 3G1SA 5C5YA 2BXVA 1ICSA 3FOKA 5AN7A 3HG3A 4FNQA 1WBJA 5F2LA 4Z1AA 2B7QA 1XI3A 1FDJA 1H63A 3G3DA 2H6RA 2V0TA 4MYAA 5EL1A 4FXSA 4PA8A 3Q2DA 3A24A 3BLFA 3G22A 4M7SA 5CZTA 5LHFA 4JICA 3G1YA 4IMGA 1FDZA 4OU1A 2XN0A 1O4UA 5DELA 3OEXA 4PL1A 4UTUA 1Z42A 3ZWSA 4DF1A 3W7PA 1KBIA 2X30A 3NZRA 4RX0A 4WY0F 4A21A 2WV8A 3QSTA 4XKYB 3A5FA 1YTKA 1BTMA 1KFBA 1AW5A 1WV2A 3PSWA 2CLMA 3O6DA 1UJPA 1K8YA 2E77A 4OWGA 1TRIA 3PUOA 1LYXA 3C2EA 1PE1A 1ME9A 2DJLA 3DAQA 1EUNA 2JKPA 1GPWA 4Y96A 1GVFA 3D0CA 4Z1BA 2G95A 1I2RA 2HMCA 3HGRA 3IGSA 3DI0A 5AHLA 4UUIA 3HPSA 2V5LA 4K7YA 3KRZA 5G2WA 2QJIA 3T7VA 3G3MA 4O1DA 3USBA 3U8GA 5BOOA 3TQ0A 3UWQA 4UTKA 1GVSA 2YDAA 4ORMA 1TB3A 1GG1A 4MFEA 3S42A 5A8GA 2VKZG 2TSYA 4O1BA 4WQ6A 1F7BA 2OZ0A 3LOTA 3EKLA 1OFOA 1A5AA 3AO0A 5F4XA 4AWUA 3WJSA 3EXRA 1KTCA 2VEKA 2XFWA 4POCA 4H4IA 3NQ6A 5LZLA 3W70A 5FI8A 3NL2A 5LKYA 2OCZA 4JN6A 5D32A 2XN2A 1JUEA 3SY5A 3NZ1A 2ZA2A 2RKXA 5F2IA 1LOSA 4P61A 3FEMA 3MJYA 4LY8A 3M5ZA 1LP6A 4JTTA 1JULA 1TO3A 3LXBA 1FDYA 4WOZA 2YW4A 3W1AA 1O60A 1VPXA 4XKYA 2VEIA 2YR1A 4KWVA 1QMLA 1TV5A 4JX4A 2J24A 3GDMA 1L9WA 2ZRZA 3HOJA 3BG5A 5D30A 4JTFA 1W31A 3E49A 1T99A 1XC4A 1FQ0A 1TYGA 4KWWA 2A5HA 3QYQA 3BW4A 3THQA 1H5YA 2CZ5A 3IIPA 3QF0A 3PS7A 1KM3A 1DVJA 4UTWA 4R53A 1WXJA 3FJ6A 1ICPA 4RZ6A 3DU0A 3OVQA 3KRUA 1R2RA 3MO7A 1UASA 4Q32A 5AHMA 5F1VA 2QAPA 4UTJA 3AJXA 3NQDA 2A2IA 3UWYA 5G4WA 1DOSA 2QUTA 3V75A 4LW7A 4M6VA 1M7PA 1XBXA 4IMCA 4I7WA 3DH7A 1MXSA 3ATYA 1LBLA 3TX9A 5CZJA 1JQVA 4AXKA 2ZRVA 2I14A 3VI2A 3IVTA 3NEVA 2DZVA 5LGZA 4E2BA 5K7JA 5K9DA 2H8XA 3I7QA 5FF3A 3TQVA 3N34A 2GUUA 3GR8A 3LI0A 6ALDA 3I68A 1QOQA 2ZDRA 4GBUA 3W7MA 4AHPA 5AYXA 1N8FA 3L2IA 2EKCA 1OYBA 2QR6A 2E5DA 3W86A 4S1FA 4NX5A 2ZZ7A 2ABBA 1B4EA 1EB3A 2TPSA 1RQBA 1ALDA 1PVNA 4O1AA 5LGXA 1L6WA 1OABA 8TIMA 4AB4A 2QDGA 3HGSA 3P61A 3PUDA 5CG7A 5EA9A 4JTKA 4DBDA 2QCCA 5F1UA 1EIXA 2EHHA 3BGJA 4MZ8A 3SR7A 5HMSA 4O19A 3O63A 1K03A 3BK0A 4AVFA 4XTDA 1LOQA 1PS9A 1H7NA 5AYYA 1RQEA 3HPZA 2Q8ZA 3QW4B 3GX9A 1LZOA 3QFEA 4PTNA 1W56A 3NPWA 3GK0A 3O06A 3LRKA 3C2FA 3WJXA 1QDSA 3P80A 5FF2A 1S5WA 3EKZA 3IIZA 1GJPA 4I7VA 2QUUA 3UPWA 3FJLA 1T96A 3W87A 1DQXA 5EBUA 3SIZA 5DN1A 4JDBA 4MIMA 1XKYA 5E1QA 5HUPA 1KV5A 4O17A 1F74A 1GTHA 3F03K 4NVTA 3GYEA 1B57A 4O28A 5I3HA 1ZFJA 4P2VA 3W3OA 4MVAA 4FB7A 1KFLA 5TIMA 1RVGA 1W37A 1IGSA 4JNMA 4LV4A 4GUHA 1HO1A 3TSMA 2A21A 3QQ1A 4JTGA 3LV6A 2Y7EA 2WNZA 3W9ZA 4OV4A 1AK5A 4UFKA 4IPJA 2VENA 1OX6A 2ZZ6A 3W2MA 3L0GA 1WOBA 4CQAA 4ORIA 1SZNA 1YLVA 1OG0A 2C13A 3G8RA 4MZYA 2F7FA 4KKXA 1KW1A 3CEUA 5EKYA 4A22A 5I3JA 3DENA 3L5MA 4QNWA 1IXOA 3MHFA 1X8FA 1A53A 3W83A 1E51A 1M5WA 1C9DA 1D3GA 3PBWA 1FCBA 2YXGA 4R33A 3P74A 2QCMA 3B8DA 4TO8A 1K8XA 1BWKA 1SR9A 3B0PA 3W2LA 5CPOA 2V2DA 3W1PA 3IGUA 2IQTA 3A21A 1MZHA 3Q58A 1AW2A 3HF3A 5U4NA 1G69A 4ZQMA 3EWUA 4O1CA 3G24A 1QO5A 3LCGA 1FWWA 2RDTA 3JRKA 1TPC1 3GKAA 3I6RA 4UTTA 3TAOA 4TR9A 1TCDA 3F1QA 3CTLA 2A85A 4O8RA 3INPA 5CPNA 1TPDA 2ZZ5A 5FESA 3DFSA 1LDCA 2X1TA 5K9CA 2WKJA 3C2OA 4Y90A 4X22A 3G1FA 4Y8FA 3NQAA 1W5OA 4FNTA 5HWNA 1IXQA 3HPXA 3STFA 3LHTA 2GVGA 2CW6A 3R8RA 4XTIA 3W6YA 2J88A 5LNVA 4O0KA 4AH7A 5KZDA 2X16A 4A29A 3A9IA 2R14A 3PBYA 4UTWC 4K39A 2A1YA 2V81A 2FQIA 1K7FA 1W8SA 3LBMA 3TCEA 5I3KA 2ZZ1A 3W7RA 4XZ9A 2X1UA 1TV8A 2QCNA 3TE9A 5LNRA 5C2XA 1W5MA 4O50A 3CT7A 3BG3A 3PSVA 1EEPA 3VNDA 3WJZA 3W1XA 3MI3A 4GWEA 3NQVA 4DO4A 3A23A 3CQ0A 3STGA 4RXFA 1PIIA 3TJLA 4IXHA 3GLCA 4FXRA 4FIQA 2NX3A 3KOFA 1JQXA 3DFQA 3GDKA 3FYPA 3M44A 3EXTA 3RK8A 3G8EA 1KFJA 4K8EA 3CLMA 4GUJA 2VFDA 3BVJA 1YTEA 2BX7A 3DXIA 3TR2A 2Z6JA 5D2VA 1MSSA 2YZRA 1NSJA 1RPXA 3SFKA 3UXDA 2EGZA 2ZRUA 3UY8A 3C61A 4JEQA 4W9TA 2A7RA 4HSOA 3MYOA 4AF0B 1TPUA 2Y7DA 3MBDA 1ZAJA 4YWIA 2Z0IA 3TU9A 1TJRA 3TKFA 2YPIA 3YPIA 1K8ZA 2Z6IA 4PH6A 1FCQA 4JY8A 2FPYA 3UWWA 1DORA 5LNWA 1IF2A 1PV8A 2CLIA 4E0CA 2QCEA 4XUGA 4RJEA 4HPJA 3C2VA 2X1SA 5E93A 2WOQA 3EWWA 3DHFA 1V7YA 1VGAA 4KFOA 3OVPA 4O53A 5FF4A 1B3OA 5IM51 1QOPA 2QJHA 3V1PA 3S0CA 4X9SA 2VELA 2J27A 4ALDA 5G1YA 3BLEA 3R2GA 4WZHA 1JVNA 3BLIA 3EEGA 1KTNA 3LRLA 1TPH1 1OYAA 4NZJA 4LVAA 4ZVJA 3LV5A 2V5BA 1Z41A 1S5VA 3KRSA 4IUOA 1CI1A 3NQMA 1XBYA 5BW6A 1HFBA 3S1WA 3P5YA 3LCWA 1FWNA 3E12A 1Z44A 3NPXA 3SGZA 2BWGA 4UR8A 2NV1A 1TTQA 3QH2A 1NVMA 1Q6RA 3PWAA 4RZ4A 5G4EA 4TMCA 1QNVA 1ZHAA 3WK0A 5D33A 1VYRA 1SSGA 4ML9A 3S1XA 3LXCA 2PCQA 3P62A 1H60A 4HSNA 4L4LA 3M43A 3FKRA 1YYAA 4UC5A 4QAIA 3W1LA 2NZLA 1IXNA 1RV8A 2GJNA 5EPDA 3WK3A 4MY9A 1OFEA 1JUKA 1TSIA 2C16A 1AMKA 3TAKA 4AF0A 1KLZA 3C0JA 1ZY9A 1F6PA 1OVDA 1KM6A 4WJEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3U6W A;  2D20 A;  3MSG A;  3MPG A;  4DBW A;  4PMV A;  4MKV A;  4HNV A;  4HNT A;  1OCQ A;  4JY9 A;  2VC6 A;  3VX1 A;  5K9X A;  4C6P A;  3B9E A;  4WX2 A;  1F8M A;  1W9D M;  3BQ6 A;  4V15 A;  2G96 A;  3H23 A;  3O15 A;  2YIH A;  4JHM A;  4W85 A;  1SVD A;  1Z48 A;  1F76 A;  2PD5 A;  2BOE X;  2V3F A;  3BMV A;  2NSO A;  1HN1 A;  4HTY A;  4IG2 A;  3IJ8 A;  3UG3 A;  2GL5 A;  3SRD A;  1BF2 A;  4DF2 A;  4XAZ A;  1DXF A;  2ZUS A;  1RQH A;  4ZZ9 A;  4ZOC A;  4EXA A;  3EWB X;  4ZQC A;  2XGZ A;  5FEP A;  1O5K A;  3FS2 A;  5I3I A;  2CXE A;  3IUD A;  4S3J A;  2CKR A;  1ZP4 A;  4LU0 A;  3STE A;  5BNK A;  3VKD A;  3NJ3 A;  1E43 A;  3I4E A;  1H1Z A;  1UUO A;  4QEH A;  1EBG A;  5C9W A;  2GWN A;  2VWS A;  4H8V A;  1KXQ A;  2VFH A;  3UWU A;  2CES A;  2R91 A;  1VLI A;  4CVW A;  2R9R A;  1SQ7 A;  3GXP A;  1RSC A;  4ZQN A;  1KQZ A;  3E6E A;  1HXJ A;  3HBL A;  1U22 A;  3CUF A;  2O4Q A;  3A64 A;  5FL1 A;  4LCS A;  4UNI A;  3NA8 A;  5A6K A;  5FJT A;  1TZ9 A;  1HJX A;  1R3W A;  5JIW A;  4AST A;  1UD6 A;  3M1Z A;  4X3Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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