3NDYA

The structure of the catalytic and carbohydrate binding domain of endoglucanase d from clostridium cellulovorans
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
345
structure length
345
Chain Sequence
STAFTGVRDVPAQQIVNEMKVGWNLGNTMDAIGGETNWGNPMTTHAMINKIKEAGFNTLRLPVTWDGHMGAAPEYTIDQTWMKRVEEIANYAFDNDMYVIINLHHENEWLKPFYANEAQVKAQLTKVWTQIANNFKKYGDHLIFETMNEPRPVGASLQWTGGSYENREVVNRYNLTAVNAIRATGGNNATRYIMVPTLAASAMSTTINDLVIPNNDSKVIVSLHMYSPYFFAMDINGTSSWGSDYDKSSLDSEFDAVYNKFVKNGRAVVIGEMGSINKNNTAARVTHAEYYAKSAKARGLTPIWWDNGYSVAGKAETFGIFNRSNLTWDAPEVMKAFIKGIGGSS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structure of the catalytic and carbohydrate binding domain of endoglucanase D
rcsb
molecule keywords Endoglucanase D
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium cellulovorans
total genus 147
structure length 345
sequence length 345
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date 2010-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3ndyA00
3EDEA 1GCYA 3WD2A 1R7AA 2PWHA 2XSAA 3K8KA 3AI0A 1JD7A 1TA3B 3A6OA 5CG0A 4UFLA 1JF5A 1NWTA 4P7QA 5CGTA 1F4AA 2VZSA 4AD4A 1WCGA 3RM4A 3A3HA 3MUY1 3AMGA 3AJ7A 2G8ZA 4DUVA 4F66A 1CXKA 8A3HA 4HOWA 4A3HA 2QMKA 1JYXA 1JF6A 5FOOA 3BCDA 1K6AA 3ZR5A 3HJEA 1XSIA 1H5VA 1ESWA 1XYFA 3AHTA 4JFTA 4DM1A 3PZGA 2VX6A 3VOCA 3N12A 1JZ6A 1TR1A 1WDSA 1W3LA 4JL2A 1FFQA 1QBAA 1GOWA 2YDSA 4UQAA 2WB5A 3DYOA 3K4AA 5C8BB 1XSKA 3WNOA 5BRPA 2G41A 3CIVA 4PMDA 1HXJA 1KGXA 3OBAA 2DT0A 4AIEA 4CKQA 1CIUA 4P7OA 1TZ7A 3G6MA 4H7VA 1NOUA 3IAQA 2FGLA 4HA3A 2CCRA 2XG9A 1B3YA 3D5HA 3VU2A 4QAWA 3WKZA 5M5DA 4D1IA 2HISA 4XZWA 3W37A 4KWUA 4UFMA 2XIIA 3KL0A 1ZS2A 4B9YA 2DGAA 2XM1A 2CBIA 4AZGA 3VIOA 3CUHA 2OYKA 2AOSA 4JKMA 4MPKA 4W8LA 2BVDA 3B9AA 2WHMA 1W1YA 4MNMA 5GPRA 3MSDA 4OOZA 2UY3A 1KCKA 4ATDA 3ZQ9A 1NARA 3AZSA 2WVTA 3PTKA 2Z1SA 3BAIA 1J0YA 1UWRA 2V38A 4ZENA 2CXGA 4F8XA 2GVYA 2WVVA 5FCZA 2UWFA 1M7XA 3EMCA 1E6SM 2BV9A 4ZXLA 5A6KA 1HN1A 1B2YA 4AZ5A 1JNEA 3CO4A 1GQJA 1BG4A 1SMAA 3UR7A 3IK2A 5HPOA 1GQIA 1V6UA 3L2LA 5IXEA 1V02A 3J7HA 4PMNA 4AD0A 1AQHA 4UQEA 1ECEA 2YA1A 2DSUA 3BAJA 3KWXA 2JE8A 1J0KA 5A95A 4EANA 1AMYA 3CHFA 3MMWA 3PTQA 1BYBA 3U5UA 5CZKA 2DSKA 1PZ2A 2WZHA 4FLOA 4M82A 4U31A 4JFWA 4P8WA 1PX3A 3WUGA 3WD0A 4S3JA 4N42A 2GJXA 4MNKA 3JUGA 5CSYA 1BSIA 5FKYA 3RPMA 2BY3A 1BYCA 3MUAA 2CEQA 4IM4A 2EJ1A 9CGTA 4UOJA 1PPIA 2VZOA 2WNWA 5JBFA 1E1FA 3UERA 3QHNA 1LG1A 4QCEA 3PZNA 1PZ3A 1GORA 1VFMA 1QVBA 3M6DA 4X0NA 4CVUA 4WKAA 5I24A 1RD6A 3CUFA 5EB8A 3WH9A 1DWGM 4BF7A 2D22A 1WE5A 1OSEA 4HMDA 4WKFA 2FGZA 5HNNA 4GI6A 3VGEA 2A3AA 4MDOA 3WH5A 1E5NA 1GJUA 3CZGA 5F7UA 1MXGA 3KL3A 5A6SA 4GQQA 5LYRA 4P8XA 4J7RA 1A3HA 4GPNA 1B3ZA 1BVZA 4QLLA 2EPMX 2UY4A 3GXFA 4GI9A 3GXIA 1BLIA 1M53A 4W87A 2Y2WA 5AC4A 2J7EA 1KCLA 1JYVA 3VUPA 2ZX5A 2DPEA 3KE0A 4UFIA 3OLGA 3ARUA 3NJ3A 4BQ3A 2BY1A 2ZXDA 4AW7A 3VD5A 1GVYA 2J7BA 1KXQA 1TMQA 1FA2A 1Q4NX 3CPUA 2DEPA 4PN2A 4JFUA 5E09A 3AOFA 4E8DA 4UQCA 2VZUA 2JEQA 1JZ4A 1QBBA 2J75A 3W4RA 1E4LA 3AQUA 1D3CA 3L4WA 4E2OA 1JAEA 1X6NA 1W9VA 2OSWA 3CLWA 2FHFA 1HF6A 2VQTA 3THDA 2O9TA 1JG9A 4EK7A 3AIVA 4CUCA 1B0IA 3EDDA 1JXJA 2D24A 4NI3A 1H0GA 2OWCA 1QPKA 1VIWA 1E0XA 2O92A 2GJRA 3T09A 1E0WA 1WZMA 5C70A 3GYCA 3N9KA 5BWFA 1E72M 2VX5A 1J12A 1VEPA 4HOXA 2DH2A 3W6MA 5CGMA 4TX6A 1WZKA 2DT2A 3FY1A 1V3JA 5A6JA 3M07A 1JI2A 1BGAA 5E9AA 4PTWA 4AWEA 2WVUA 4OUEA 2WPGA 4PCSA 3PZOA 4AIOA 1VAHA 3N18A 2ZUWA 1GJWA 3MV11 1NWSA 1EOKA 5AYBA 2WBKA 2ZX9A 4EE9A 2J4GA 1TE1A 2WCSA 2J7DA 4CU6A 5IDIA 4CD6A 5CPTA 3ZO9A 1TUXA 4CD5A 2JIEA 2DT1A 2BHZA 4FLRA 2WMIA 4XX6A 3WF4A 1VEOA 2VC9A 1W9XA 4OZOA 4WIWA 5AC5A 4WJXA 4W7UA 2CKRA 5E0CA 2CHOA 1EHNA 1ISVA 2D0HA 1KQYA 2F2HA 3K1DA 4Y7EA 1DWFM 3WNKA 1OGGA 2WC4A 5HDRA 5ABFB 3WN6A 2ZUSA 1G9HA 3WD1A 1EO7A 4NZCA 2XVKA 1DP0A 1GOQA 2WW5A 3TP4A 4ACYA 4HU8A 1WZAA 2MANA 1CLVA 4DWSC 1E6QM 4GI8A 1GOMA 2XYLA 3VMPA 1LG2A 2XGBA 3S2CA 2VX7A 1E4NA 1SMDA 1QI4A 4MB1A 3LPPA 4W7VA 2W91A 2WVVB 5EMYA 2GSJA 3ECQA 3CZJA 2WK2A 1E6XM 1UR0A 4JCLA 1Q6EA 4F9DA 3ZR6A 4UFHA 3MS8A 1EDQA 1O7AA 4J3WA 4AZ6A 2OWWA 1G1YA 4GIAA 3MKKA 5HOSA 4UQ9A 3B8SA 3EMQA 4DWSA 1PBGA 3WMBA 1QNQA 1QW9A 1CGXA 1EDTA 3F5KA 1V6XA 1KR0A 5M17A 1G01A 5A2AA 2ESCA 3HU7A 5M3WA 2NSXA 1CTNA 1W2PA 1ODZA 2G3IA 1B90A 2V3EA 1OD8A 6TAAA 1E9LA 4LQ1A 3VIPA 3ARXA 5D9PA 5AYIA 4D6IA 1J10A 4H8HA 5A2CA 1R86A 2WMGA 1UD2A 4D6EA 4ZEPA 2BY0A 3N04A 1UD6A 4KRUA 1V02E 2PBOA 3KZSA 2QF8A 2RGMA 3PBGA 4D6FA 3BH4A 4KRTA 3BLKA 1JGIA 1QNRA 3POHA 3LPGA 4UFKA 1CXFA 3FHQA 3EDKA 3AS3A 4JL1A 4BQ2A 1QHZA 3WEMA 3MO4A 1GUVA 4RE4A 1HX0A 2ZXQA 4RE3A 1CGVA 2OYMA 1G94A 3BSHA 3QOKA 4PTXA 4B15A 3PZMA 4HU0A 1FP8A 5EBAA 1UR4A 1QW8A 3POCA 3PTMA 1JDDA 4HPGA 3WH6A 1UWUA 3VILA 1C91A 3F5LA 3AIEA 3WNNA 2OWXA 3B9EA 3WFZA 4J3VA 3AXHA 3W38A 4CU8A 1H3GA 4MJ4A 1US3A 1JDAA 2PF0A 3CZLA 4MTVA 1ISZA 1OIFA 2W92A 1US2A 1HKKA 1UWTA 4KGLA 1GOKA 1LJYA 2J47A 2Y8KA 2E9MA 4J3SA 3GZAA 4M81A 2FDMA 1KQZA 3WNLA 1L0PA 4AD3A 3EMZA 1H49A 2BXZA 4ACZA 1UH4A 4B3LA 1NP0A 3VM7A 2J7GA 2WKLA 3G6LA 2VCAA 4IISA 3W6LA 3WEZA 4TTUA 5I79A 3U7BA 4WF7A 3ZJ7A 4HMEA 3TONA 8CGTA 1H11A 1GW1A 3WUEA 3E1F1 4W8AA 1QOXA 1UH2A 1UHVA 3OZPA 3PHAA 2VTFA 3VINA 1XCXA 4J27A 1EA9C 1C7SA 1WB0A 2GJPA 1MFVA 3PZTA 1TG7A 3HN3A 4GINA 1JYWA 1ODUA 4MNLA 2CITA 4AIUA 2QPSA 4W84A 2VMFA 2ZXAA 4UFJA 1DWHM 1E4MM 1E6PA 1CBGA 4H41A 4PMUA 1IZKA 2ZX7A 2OYLA 4M56A 3L4VA 3VIJA 1CDGA 3WELA 2ZWZA 4WSKA 1OGSA 2DSWA 3GDBA 2JEPA 4OOUA 3VNZA 2E9BA 4D6GA 2XVLA 5CPQA 1UQYA 3GNOA 3S6TA 5FIPA 1EIBA 3MUIA 4Z2GA 5GNZA 3M46A 1OWQA 2BVYA 1Q6CA 5DO8A 4MB3A 5CLWA 4A4AA 3TTOA 1KXHA 3PZ9A 4QLKA 3DYMA 3W26A 1PX8A 1M04A 1MXDA 1UOKA 1TFVA 3VGHA 1GONA 2J78A 4PRWA 2VRQA 1DHKA 4IPLA 4L4OA 2YA0A 2WZEA 1HJQA 3AIWA 3K4DA 2J77A 2YLLA 3IJ7A 4W89A 3O6AA 5E0FA 1XV8A 1U2YA 2ZWYA 1EHAA 1KBKA 2A3EA 4PBGA 3L4XA 1JNDA 1NOWA 1BAGA 3BAYA 4N0RA 1J18A 2CYGA 3MU7A 4PMXA 3SCPA 1C93A 1GQKA 2XHYA 2WSPA 1JAKA 2X1IA 2WMKA 1VENA 3L4UA 3I3EA 1XYZA 3WNMA 3N15A 3BMVA 4M29A 4W86A 4W8BA 1UA3A 5BRQA 3U57A 5LA2A 3DYPA 1CYGA 4CN6A 3DECA 4FK9A 4UZSA 3GNRA 2V3GA 1CWYA 3BMWA 1UZ1A 3TTYA 3RCNA 3WH7A 1KWKA 3FNDA 1E43A 1UD3A 3AHVA 2YIHA 4GQRA 3WF0A 1EQPA 4D72A 1ZB5A 1KGWA 1C90A 2GDVA 4B9ZA 3GBDA 1E5JA 3APGA 1EO5A 1QHOA 4FLSA 4AEFA 4DWSB 4HTYA 3AYSA 1H4PA 2D0GA 4PUEA 4AZBA 1WDRA 4GO9A 3VDAA 1PIFA 1GOOA 1TVNA 3PZIA 2A3CA 2DSZA 3SEPA 1BTCA 2EPLX 2WHKA 6CGTA 2CIPA 4U3AA 2BY2A 2CNCA 3WF3A 1BPLB 5JIPA 1E56A 4XZBA 1AVAA 2E8YA 2XPKA 4XV0A 3NYDA 3ZJ8A 5I5RA 1JL8A 2Q8XA 5E6ZA 2ZUTA 2J8GA 1R7OA 3NIYA 3W0KA 1QI0A 4UZUA 1H09A 1Q6DA 2YA2A 5D9NA 5FL0A 4HA4A 4CGTA 3VMNA 3NSMA 1E40A 3WDQA 1EXPA 4WLCA 3WF1A 1JZ3A 2NT0A 3EYPA 4AXNA 1HJSA 2WMFA 4FF5A 2GK1A 4Q22A 2B31A 2WMJA 1KFWA 1WO2A 2QMJA 4KMQA 1KXTA 2VOTA 1UKTA 2FHCA 3WDJA 4P7NA 3MMUA 3SCOA 1RPKA 1R8LA 3SUSA 1FH9A 4GZEA 1B3VA 5A6AA 2WAGA 3ZSTA 4PSRA 3SCVA 2BVTA 5LA1A 2ZUVA 4BA0A 1K9FA 3RO8A 1ZJBA 3QGVA 3ZJKA 4NSBA 1H1NA 5CQ1A 3ARRA 3BCFA 1XHGA 1S46A 1BFNA 2VZTA 4KGJA 2X8RA 4Z2JA 1LL4A 1Q6FA 1G5AA 1XCWA 1V0MA 4OBSA 4W5UA 3BGAA 2W66A 1CGTA 3RMEA 2ZICA 2D0FA 1QI2A 1XD0A 3W24A 1SR0A 3EDJA 4ACZB 2WXDM 4NRSA 1PAMA 4MB5A 3RM9A 5KZ6A 5A8QA 1HJUA 5BCAA 3AIBA 3AHZA 3GH4A 3T08A 5I23A 1UWSA 2OSXA 3WQ8A 5D4YA 3GXMA 2X09A 4CCEA 3K8MA 1WDQA 3ZIZA 2PWEA 3OGSA 2V3FA 2VL4A 1GNXA 3I3DA 5I6SA 3CHDA 3M7SA 1JYNA 3QHMA 5ABEA 5FD0A 3VGDA 2YDRA 4BCEA 2ZE0A 1PIGA 5D8WA 5DF0A 3O9NA 1CENA 2UY5A 1FH7A 1VB9A 4AMCA 2G4FA 4OIFA 1VF8A 4TVCA 4AY1A 1V08A 1HKIA 5BXPA 1PX4A 3AIQA 3UG3A 4AISA 1LF1A 3W81A 3VM5A 2ZIDA 5A2BA 4JFSA 2CBVA 3ARPA 2VRJA 1OBAA 3VGGA 4IPNB 3WD3A 2BHUA 1HJXA 3ARZA 2W62A 1GZJA 3ARQA 1ITXA 2GUYA 2TAAA 2YKKA 1UWQA 1OT2A 3T2OA 3ZM8A 5I77A 4UNIA 3WF2A 1J11A 4MB4A 1VFFA 2D3NA 5CJ5A 4C7FA 1KR1A 3VIGA 2YOCA 3VIKA 3PZUA 3CZEA 1UR9A 1N82A 5EFDA 2VX4A 5A3HA 2CKSA 1UR2A 1WKYA 4H8VA 3SIMA 2VT0A 2YLAA 4Z2HA 4U2ZA 1NQ6A 4HZ8A 4ATLA 3UESA 1W3HA 4TVDA 5BROA 1D2KA 1GOIA 2CERA 1LL6A 1OB0A 2XM2A 4BQ5A 2IXVA 4PMYA 5C71A 3WH8A 3GNPA 1CEOA 3NSXA 1CXLA 4PYSA 1WDPA 2WWDA 3SCWA 1LQ0A 3WDHA 4PMRA 2YDQA 5CLTA 1EDGA 4V27A 1NWUA 2CPUA 3AMDA 5ECUA 4DUWA 2WANA 3THCA 3NDYA 3KL5A 2G3MA 1DEDA 4E8CA 3ARYA 4RL3A 4IUGA 4LPCA 4X9YA 1ZBCA 1CLXA 2DSVA 2OLHA 3SURA 1FHLA 3ALGA 2VO5A 1UD5A 4JKLA 3BXWA 3VDCA 2ZX6A 1ITCA 2EPNA 4PEEA 4H8UA 1HKJA 2C8NA 1JZ8A 4DWSD 1UUQA 3T0DA 1ISYA 2V3DA 4J3XA 2DH3A 4AZCA 1W91A 4S3KA 2W5FA 5GQBA 3WL0A 4R27A 4PMOA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EDE A;  1GCY A;  3WD2 A;  1R7A A;  2PWH A;  2XSA A;  3K8K A;  3AI0 A;  1JD7 A;  1TA3 B;  3A6O A;  5CG0 A;  4UFL A;  1JF5 A;  1NWT A;  4P7Q A;  5CGT A;  1F4A A;  2VZS A;  4AD4 A;  1WCG A;  3RM4 A;  3A3H A;  3MUY 1;  3AMG A;  3AJ7 A;  2G8Z A;  4DUV A;  4F66 A;  1CXK A;  8A3H A;  4HOW A;  4A3H A;  2QMK A;  1JYX A;  1JF6 A;  5FOO A;  3BCD A;  1K6A A;  3ZR5 A;  3HJE A;  1XSI A;  1H5V A;  1ESW A;  1XYF A;  3AHT A;  4JFT A;  4DM1 A;  3PZG A;  2VX6 A;  3VOC A;  3N12 A;  1JZ6 A;  1TR1 A;  1WDS A;  1W3L A;  4JL2 A;  1FFQ A;  1QBA A;  1GOW A;  2YDS A;  4UQA A;  2WB5 A;  3DYO A;  3K4A A;  5C8B B;  1XSK A;  3WNO A;  5BRP A;  2G41 A;  3CIV A;  4PMD A;  1HXJ A;  1KGX A;  3OBA A;  2DT0 A;  4AIE A;  4CKQ A;  1CIU A;  4P7O A;  1TZ7 A;  3G6M A;  4H7V A;  1NOU A;  3IAQ A;  2FGL A;  4HA3 A;  2CCR A;  2XG9 A;  1B3Y A;  3D5H A;  3VU2 A;  4QAW A;  3WKZ A;  5M5D A;  4D1I A;  2HIS A;  4XZW A;  3W37 A;  4KWU A;  4UFM A;  2XII A;  3KL0 A;  1ZS2 A;  4B9Y A;  2DGA A;  2XM1 A;  2CBI A;  4AZG A;  3VIO A;  3CUH A;  2OYK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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