3NEVA

Crystal structure of yage, a prophage protein from e. coli k12 in complex with kdgal
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
298
structure length
298
Chain Sequence
ALFTGIIPPVSTIFTADGQLDKPGTAALIDDLIKAGVDGLFFLGSGGEFSQLGAEERKAIARFAIDHVDRRVPVLIGTGGTNARETIELSQHAQQAGADGIVVINPYYWKVSEANLIRYFEQVADSVTLPVMLYNFPALTGQDLTPALVKTLADSRSNIIGIKDTIDSVAHLRSMIHTVKGAHPHFTVLCGYDDHLFNTLLLGGDGAISASGNFAPQVSVNLLKAWRDGDVAKAAGYHQTLLQIPQMYQLDTPFVNVIKEAIVLCGRPVSTHVLPPASPLDEPRKAQLKTLLQQLKLC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Identification of biochemical and putative biological role of a xenolog from Escherichia coli using structural analysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Uncharacterized protein yagE
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 109
structure length 298
sequence length 298
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.2.28: 2-dehydro-3-deoxy-D-pentonate aldolase.
pdb deposition date 2010-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3nevA00
4UCGA 3HO8A 1OFOA 5HR6A 1LTDA 3S5OA 3P61A 3W7HA 2C14A 4UFIA 3B06A 5EY5A 3EEGA 3IIZA 1AW5A 1IGSA 3P80A 1R30A 4NJHA 3TW6A 3NZ1A 5H91A 3RLUA 1MEHA 3G0SA 3W76A 1TQXA 3BW2A 2A4AA 2V30A 5IBXC 2W0UA 3LM7A 1TIMA 1EP2A 1PV8A 1GT8A 4QM1A 4JGDA 3FKRA 1SW0A 3S1XA 3UZJA 4LS1A 3CTLA 1LRTA 4AVFA 1AL7A 2CLMA 4I7WA 4MY9A 3ZFHA 2NUWA 3TR2A 3QH2A 4UTKA 2WNZA 3MW7A 2ABBA 3PY2A 4JN6A 1TPH1 1EWDA 1LBMA 4LRTA 1NAL1 3LHZA 4UFKA 1T8XA 3M16A 2G95A 1FWWA 3PBYA 1EB3A 1QDSA 4XKYB 3M5ZA 5G2HA 1EA0A 4WY0B 3IV3A 3W7OA 1P4CA 1OVDA 2YR1A 3W1QA 8TIMA 2XN0A 2WSRA 3NQCA 3N19B 2YFOA 1QCWA 1ICQA 4A21A 1H50A 3RU6A 4ZQOA 3A23A 1L6YA 2NZLA 3L9CA 1VYPX 1S5VA 3QM3A 4K37A 4MYXA 3KRZA 5AC6A 2FJKA 4DF1A 3LBMA 1EP3A 4NJGA 3TQKA 2PCQA 1OHLA 3OG3A 2A5HA 4HSNA 1G6CA 2A0NA 2NV1A 3STFA 3WK3A 4M6PA 3LOTA 3O6DA 4M6VA 2NWSA 2I1OA 1XI3A 3GDRA 5FF3A 2NX9A 4MZYA 4LNYA 1QNVA 2VELA 5I3KA 2GJLA 3R8RA 2GOUA 5D04C 3G8EA 5E1QA 3FYOA 3UWUA 4IPJA 3DI1A 1JCXA 4O1DA 2Y63A 5TBOA 4JTLA 1FUYA 4N9CA 4EF8A 1H7OA 2E5CA 3HB9A 4LC8A 4E2BA 4R34A 4NUWA 4ZQPA 4OE7A 1JULA 3DGRA 1SSDA 2QCDA 1UJPA 1XKYA 4XTIA 3TFCA 3W2UA 2EKCA 4GNJA 2QF7A 3N34A 3UNDA 3DENA 5CGQA 4Y96A 3F4NA 2X2GA 5L6UA 3PUOA 3MO7A 1FCBA 4GFSA 2PURA 2R14A 4ADTA 1H7WA 1TPVA 2VEPA 4LTSA 3KVJA 5D2TA 3BO9A 1XC4A 3Q58A 1Z44A 4JICA 2E09A 3LHWA 2TRSA 4NNAA 1H60A 4YLWA 1VGAA 4NX0A 2HTMA 1TRIA 2IQTA 4MYAA 4DEFA 5F2LA 3QEZA 4UNLA 5HQEA 1Z41A 1GZGA 1TO3A 1TSIA 3C52A 1M7PA 3LERA 4WQ6A 3GAYA 1R47A 1XBVA 3JS3A 1AL8A 1IXOA 4LS2A 1ME7A 3W2JA 4N4QA 4FXRA 3G1YA 4AWTA 3S6DA 4JTFA 4WD0A 3O05A 1Q3NA 5LNVA 4MY8A 3T78A 2QDHA 4LU0A 2CZDA 5J5RA 5DY2A 4PH6A 1H1YA 4DBEA 3HMJG 1P0NA 4UUIA 5FEPA 4K8EA 3PSWA 4M7TA 1VYRA 3TSDA 3LCFA 4QSHA 3NR0A 1SR9A 1RQBA 3OIXA 4FF7A 4QQ3A 3P5ZA 1NF7A 1FDZA 4UTHA 5LHEA 1QOQA 1I4NA 2RFGA 3TXZA 1FBAA 1NF0A 4O1CA 3RK8A 4KKXA 4XKYA 4LWWA 4UR7A 4P2VA 5C54A 1JJKA 1I2QA 4GBUA 2CWNA 3NL5A 3W72A 5E93A 4ZQRA 1MXSA 1YYAA 2DORA 4X2RA 1VCGA 4N9DA 3NQ7A 1LP6A 1Q45A 2Y7DA 1ME9A 1Q6OA 3IIPA 3EWUA 4ZQCA 3HOJA 4M5PA 5F4WA 4UXDA 5J5DA 2NUXA 3I7SA 4D2JA 3WFAA 1KBJA 3T44A 2BWGA 1JRCA 1RV8A 1UBSA 1BWKA 2VEMA 4AEOA 4KWVA 3HPZA 4OGZA 3A9IA 4JS3A 4OBTA 2R94A 4LY8A 3W83A 1KV5A 4AHOA 3M5YA 4IMFA 3NPXA 2QCGA 1XDLA 3E96A 3TUUA 1IXQA 2QEZA 4WY0F 3TA6A 1RR2A 3LI0A 1PCKA 2ABAA 4O10A 1TTPA 4NNCA 1HL2A 3UZ5A 4UTMA 1TV7A 3V75A 5FEWA 1J2WA 4POCA 2PE4A 1QOPA 3TAOA 4IUOA 1SZNA 2JKPA 4O11A 1G4TA 2ZZ4A 5DXYA 2NWRA 2FFCA 3PBWA 4Z1BA 2Y88A 4CCEA 5HWNA 4DO6A 3W23A 1OYBA 2Z6JA 2CLLA 2Z0IA 3HJZA 1O4UA 1VCVA 4PL1A 2J9XA 1MO0A 3EXTA 3HQ1A 2OJPA 4WZHA 2E77A 1RVGA 3W2LA 3GXNA 2C16A 3MJYA 5MHBA 2FPTA 3NL6A 1UCWA 2V5BA 5D30A 2C1HA 1E51A 4QNWA 1JRBA 1RD5A 3UD6A 3GAKA 1KM5A 3STGA 2WSQA 1DJNA 1IXNA 1VQTA 4HPXA 3SIZA 4GRSA 1EUNA 4NT0A 3W7PA 3Q94A 1AW2A 4XBSA 3WK2A 2ZRYA 4U28A 3T7VA 1HO4A 3N3MA 4BK9A 4EVZA 2F7FA 1OX6A 3W2NA 1FWSA 4KFNA 4LW7A 5K4ZA 1B4KA 3UWVA 3P8IA 1BTMA 1S5TA 3VNDA 3NPWA 1WQ5A 5G1TA 4PFMA 1IIHA 4A3UA 3G3MA 3FS2A 4AB4A 3SI9A 2ZA1A 1A5SA 3DKLA 4QJ1A 3TH6A 5A8GA 3DU0A 1KLZA 3SGUA 1ZALA 4GUHA 5HNRA 1BEUA 1DKWA 3IVSA 1OK6A 4M6QA 3TKFA 3ZR4A 1L2UA 4IOTA 1R2SA 2YCEA 2Z2UA 3W1XA 5SWUA 4N2YA 4JTTA 3TJLA 2QCHA 1OJXA 1VS1A 2RHGA 4BR1A 2E1DA 2RKXA 3M41A 5AN7A 2B0MA 1XCFA 2C3ZA 4RXFA 3PSVA 1WOBA 3INPA 3UQNA 4NQ1A 1R46A 7TIMA 4HIBA 1PE1A 2Z1BA 1W56A 3PUEA 3QSTA 1H51A 5FI8A 3PF3A 3C4UA 4MVAA 1EX5A 1XBXA 4LV4A 3G0XA 1QFEA 1O60A 4KFPA 5HR7A 1V7YA 1XDMA 1UASA 4O14A 3O63A 5K9DA 2CLIA 3SR7A 3O8AA 3PBVA 1J5TA 2QUVA 2V82A 5HUPA 3UPWA 1NVMA 4IQLA 2FB3A 4GE8A 3W2MA 2VFHA 2GJNA 4MFDA 4YWIA 1GWJA 3NAVA 5CZTA 3S42A 3EXRA 4CCDA 2ZA2A 1LCOA 4FNRA 1SSGA 2YW3A 3G0UA 1P0KA 5C55A 1B3OA 5KSWA 4HPJA 4I9AA 1DORA 4IGHA 1PCWA 5BW6A 3CB8A 3EXSA 1SO6A 3W70A 4HNUA 5H2ZA 4RZ4A 4QIUA 4I7VA 4Y6GA 1DJQA 2XFWA 2NUYA 2OT0A 2B4GA 2QUUA 3BVJA 3QSRA 3B0VC 4UTUA 2YPIA 5K9XA 2V8ZA 2CLEA 4DXVA 3R5EA 3F1QA 3NM1A 4YCPA 5DXXA 3CU2A 3LTYA 4O8RA 2J9ZA 3VFLA 4MJMA 5CSSA 4H4IA 1YADA 2Y89A 3DXIA 3M43A 4FEZA 3W85A 4GXMA 4TMBA 1LORA 3BGGA 3QMSA 1IIGA 1GG0A 3GXPA 3W75A 4R33A 5EPDA 2CZ5A 1W8SA 2Y61A 1QR7A 2A7NA 3KAOA 5EA9A 1O95A 1YXYA 4ZQMA 1CW2A 1O5XA 5FEZA 2DZSA 3PS7A 4O0ZA 3S1WA 3Q37A 1YXCA 2WOQA 3HGSA 1QWGA 1YDNA 1UUMA 5CZ0A 2QUTA 2ISWA 4JEQA 4K6AA 1LRNA 1KM1A 2E6FA 4XQ6A 2BZNA 4UC5A 1JCNA 1VZWA 3MMTA 1WOAA 3GIYA 3W74A 1G7VA 5DLCA 3M6YA 5L9FA 4JYDA 4MJZA 2Y62A 2GVJA 2V81A 3ATYA 4NJJA 4N9EA 2WKJA 3TXVA 2A7PA 1VJIA 5LHFA 1K8XA 1VLIA 3SW6A 4Y9AA 3AO0A 2H8XA 3MHFA 4RXGA 5AC7A 3EX4A 2C18A 2E5DA 3MBDA 4L4LA 3W7KA 3A22A 5DBTA 5K7JA 3B03A 4RV8A 5C2XA 5BNKA 4GUJA 2PC4A 3V1PA 4JDBA 1RQHA 1OYCA 1FWTA 3L66A 4OWGA 5EKYA 3CWNA 1ADOA 3NQ6A 1L6SA 3R2GA 2VFDA 2X1RA 2ZRVA 5F1UA 3FJLA 4RCXA 1KFEA 4O1BA 3TU9A 4O12A 5CPLA 4JDYA 2ZA3A 3LCWA 1YTKA 5AYZA 1DQWA 3OHIA 3ZS4A 1EP1A 1RPXA 3W1MA 3WJZA 4GUGA 1KTNA 1HFBA 4LVDA 3UXDA 4A2RA 5TIMA 3C8FA 1H1ZA 1GYLA 2FQIA 1JR1A 1I2RA 2ZZ6A 3O16A 3S5YA 1SFLA 3N9SA 4JIPA 1ZENA 3DFSA 3QQ1A 2VFIA 4QISA 5K9CA 4C1LA 2X16A 1ICSA 5F4XA 1LOQA 3B4UA 4QNEA 4A29A 4RZ6A 1SQ7A 1X1OA 5I3GA 4K38A 4RX0A 3P60A 1P1XA 3G1FA 4NJKA 1OFAA 3O06A 3L21A 3L5MA 1FXPA 5D03A 2Y6ZA 1ZJIA 1TPC1 3HGRA 1LBFA 1PHWA 5G4EA 3IGXA 1TQJA 1W5PA 1Q6RA 3PC0A 1FY6A 5EYWA 1QMLA 2H6RA 4HT3A 3GVGA 1S5WA 4NZJA 3GX9A 2YYUA 4MPQA 5AC8A 1WXJA 4LOCA 4WUIA 3FOKA 4JNMA 4JTSA 1N55A 4AXKA 3G1AA 5U7SA 1GJPA 1XFBA 4PTNA 2JGQA 2FIQA 3STEA 1TTIA 5CZJA 5AHIA 4O15A 5D2XA 3GZ3A 3IGUA 3ABQA 3CEPA 1N8FA 4IJBA 3EX1A 2VC6A 2QCLA 2RDTA 1W31A 4UIOA 3SZ8A 3TNOA 4G1KA 4Y8FA 3H55A 3UWYA 2DJLA 2GVGA 3S9YA 4N4PA 1OFEA 1F7BA 1LRQA 3IEBA 3UYCA 2R8WA 4DO4A 4NNBA 4IMCA 1KFJA 1XUUA 1X6UA 3IVUA 5KZDA 2JGYA 2ZTKA 2X30A 3EWBX 1KTBA 3FIGA 4AWSA 2HS8A 1KFKA 1XM3A 3N14A 1N7KA 2OT1A 4LUIA 3GDKA 3TIMA 1FX6A 3M47A 4UTTA 2Q8LA 1YDOA 3OVPA 4LVAA 4DPQA 4FO4A 3W87A 1F05A 1YLVA 2FDSA 4WJEA 3CHVA 2V9DA 3L65A 4YMZA 1QPOA 1ZCOA 2FPYA 5AHMA 3LV5A 3HG4A 1WA3A 1A50A 1TPFA 3W1PA 1DL3A 1W0MA 2E6AA 1F76A 4HHPA 4O53A 4KFOA 3GR8A 4IPIA 1JCYA 1X1ZA 1TPDA 1K7EA 1QPRA 4EOUA 3BW3A 1ME8A 2G96A 2Y7EA 3TCEA 3W3OA 4FNTA 3DFQA 4MLRA 5AYXA 4JY8A 3C2EA 1KM6A 1ZAIA 3HG2A 3E12A 3U8GA 1HTIA 1I2OA 3SSJA 3L0KA 4Q32A 1KBIA 2QCNA 4ML9A 5LNRA 1KM3A 4UFJA 3GLCA 3LRKA 2YDAA 1M7OA 1WAUA 3TC7A 5EMUA 2EGZA 1A5AA 1A53A 3GB6A 2PRMA 4QAIA 5D09A 4BWLC 1DOSA 2V2DA 4EIVA 2ZRZA 4LVBA 2CZFA 4FHAA 4OV4A 4WOZA 5AHFA 3NZRA 3EKZA 3P8JA 3QZEA 4O28A 4U4MA 5AB3A 2CU0A 3M9YA 4L4MA 3P74A 3I65A 2VOMA 4AMAA 5KZEA 4O4VA 1I2PA 3HF3A 3TDFA 1HUVA 4AAJA 3ELFA 1GYNA 4LUJA 3K30A 1C29A 4LT9A 2VFFA 3UWWA 5BMXA 4N9BA 3TK7A 3W2KA 3QMTA 4K39A 2ZYFA 1MZHA 3W7GA 3G18A 3ABRA 2BLEA 4B5NA 2WPBA 3LBCA 3QF0A 4E0CA 1K03A 3BG5A 3NNTA 3W73A 3R13A 3E0IA 5K4XA 4JR5A 2ATMA 1O94A 4RK8A 4RR4A 3I6RA 1OYAA 2A6NA 4O19A 5LNUA 1FQ0A 3BG3A 2GVLA 1TPB1 1W5OA 3SY5A 4O4WA 1JQXA 4X3ZA 1T99A 1U5JA 1OG0A 3C2VA 3P62A 2WV8A 3DBPA 3ZWTA 1YTEA 1LZOA 2C6QA 4Z1DA 3C6CA 1WBHA 4AH7A 3BPWA 1EWEA 3PUDA 2J24A 3HG5A 3FFSA 3CQ0A 1JQVA 5FF4A 1Q6LA 2TSYA 3MWAA 3FKKA 3BLEA 3MHUA 2J9YA 4K7VA 3LDVA 1X8FA 3TV8A 4UMCA 3EX3A 5FF2A 1OF6A 1C8VA 3NDOA 3M7WA 2Y70A 2Q3RA 3QW4B 2FTPA 1DV7A 4GUIA 3VE9A 3DFNA 4WXZA 1VC4A 3KX6A 4Z08A 1YTDA 3LXAA 4O18A 4H3DA 5LNWA 3QMRA 3CLMA 2Q3OA 3I68A 3L0GA 4Z1AA 5CG7A 4FNSA 3MI2A 4UTIA 5LZLA 1FDJA 1F5ZA 2AGKA 2QJIA 3CWOX 2KZHA 4UFLA 3G1SA 4DO5A 2X1TA 3BGJA 4S1FA 2XN1A 1XUZA 2WSYA 3C2OA 1FWNA 3W07A 4FX6M 3F03K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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