3NEVA

Crystal structure of yage, a prophage protein from e. coli k12 in complex with kdgal
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
298
structure length
298
Chain Sequence
ALFTGIIPPVSTIFTADGQLDKPGTAALIDDLIKAGVDGLFFLGSGGEFSQLGAEERKAIARFAIDHVDRRVPVLIGTGGTNARETIELSQHAQQAGADGIVVINPYYWKVSEANLIRYFEQVADSVTLPVMLYNFPALTGQDLTPALVKTLADSRSNIIGIKDTIDSVAHLRSMIHTVKGAHPHFTVLCGYDDHLFNTLLLGGDGAISASGNFAPQVSVNLLKAWRDGDVAKAAGYHQTLLQIPQMYQLDTPFVNVIKEAIVLCGRPVSTHVLPPASPLDEPRKAQLKTLLQQLKLC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Identification of biochemical and putative biological role of a xenolog from Escherichia coli using structural analysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Uncharacterized protein yagE
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 109
structure length 298
sequence length 298
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.2.28: 2-dehydro-3-deoxy-D-pentonate aldolase.
pdb deposition date 2010-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3nevA00
3LV5A 1DV7A 1YDNA 1DKWA 4ALDA 5CGQA 5CSRA 1BTMA 1X1ZA 1H50A 2XN2A 3T44A 2JK2A 4FHAA 2WNQA 3W7HA 2I1OA 3P74A 4NZJA 5I3JA 1THFD 3W70A 3OVRA 3W1PA 1F74A 2CWNA 4RZ5A 3CIWA 4WY0A 1TPC1 3QEZA 1M5WA 1GVSA 1LLWA 3EX2A 1J4EA 1GVFA 1R2RA 3BK0A 1ZAJA 4GWEA 4IX0A 3HB9A 2YX0A 3N9RA 2Z1BA 4LW7A 3W74A 5CPNA 5HQEA 5K4ZA 3CTLA 5ABTA 5AHFA 3A21A 2ISVA 3Q37A 1F6PA 4O52A 3S8HA 1OG0A 4FIRA 4UMAA 5I3KA 3FIGA 4UFHA 1YXCA 2QCMA 3M1ZA 4AH7A 1ME8A 4UNLA 5FEWA 1W3NA 2GQAA 3OA3A 3BLFA 3KRUA 1KLYA 1G4EA 4O1AA 2YW3A 4GUHA 2WSYA 3NO5A 2AQWA 4RXGA 3VE9A 1TTJA 3P8IA 3LBMA 3WK1A 5CZSA 5LKYA 3ABRA 1K8YA 5AYZA 3F4NA 5BRBA 3GAKA 3LHYA 2HSAA 4RV8A 2EKCA 1OF6A 4LUIA 1E51A 4XQ6A 5CZTA 5DBUA 1QPNA 2JKAA 3FKRA 4NQ1A 4IJBA 3EWUA 1JCLA 4BK9A 5LNRA 3CPRA 1VRDA 2CZEA 3NGJA 3UQNA 2E77A 1H1ZA 4UMBA 3NQAA 3P5ZA 3LBCA 2CZDA 1XC4A 1YTEA 3R5EA 2B4GA 3DGRA 3IRDA 4TU1A 3UD6A 1LCOA 4BI6A 1OFBA 1KM0A 3G1HA 3EWBX 3EKZA 4BWLA 2FQIA 3QH2A 5KTLA 3PVFA 3HOJA 4NJGA 4POCA 3HGOA 1QMLA 2CLMA 4JYEA 1F05A 4M6VA 2ATSA 2E5DA 4JX6A 5HNRA 3TJLA 1FBAA 3PBUA 3ZFHA 3NDOA 5HUOA 1QOPA 1SO3A 3MI3A 3TSBA 1B3OA 2TSYA 1NVMA 1GQNA 1VHCA 3GDLA 1I4NA 3DI1A 1VQTA 1VPXA 3EWWA 3PM6A 5FF2A 3R8RA 3HJZA 1TRDA 5FF0A 5K9CA 1I2OA 4OBTA 2CLFA 4LVAA 1Q6OA 3A23A 4UTLA 3SIZA 2V2CA 3BGJA 2Y62A 4A29A 1SSDA 1SO4A 4NXSA 1TPWA 1FDZA 2FFCA 3IGSA 4YMZA 1YXDA 4LS0A 4JDBA 1TJRA 3GDRA 5DCBA 1GYNA 1G7UA 1AMKA 1JULA 2VKZG 5D04C 1WQ5A 2C13A 1ME9A 3NAVA 4B5NA 3C4UA 4UTWC 3I68A 5LSMA 2FDSA 4N02A 5KSWA 1UBSA 4K7VA 2R91A 1LOLA 3LXBA 4DPQA 2QCGA 1G6CA 2B7OA 5D03A 4QIUA 3MP5A 3BW2A 2ZCGA 3TMLA 4LRSA 5J5RA 2RDWA 4N9BA 1XUZA 3ABSA 4IGHA 3UWYA 3B4UA 1G4PA 2DZPA 4UFKA 1KM2A 1AG1O 3L0NA 3BG5A 2Y88A 4NX5A 3W07A 1OK6A 2J9XA 3DHDA 4YL2A 5EPDA 4LVFA 3QRHA 5L6UA 2E6AA 3P67A 4IQLA 1W0MA 3TDFA 3UWZA 4K8HA 4IXXA 2Z6IA 1AW5A 2ISWA 5FI8A 4IMFA 4IPIA 2QJHA 4WOZA 5LGZA 4IWWA 3GDKA 4JX4A 4FB7A 3M5YA 1ZFJA 3T7VA 1T99A 4KWVA 3S1UA 1S5WA 3BLIA 2A7NA 3MBFA 3P80A 3KX6A 2B7NA 1KA9F 5LHFA 4MOZA 2A0NA 1JJKA 1FWWA 1B9BA 2DZTA 3QMRA 2C19A 4YLWA 4DBDA 3P84A 1FWTA 4K6AA 2Q8LA 1XBXA 3W7PA 1FUYA 1MXSA 2C14A 1GZGA 1ZJIA 1RQBA 3E0IA 4FNTA 4NNCA 2QUTA 1AK5A 3ZWTA 2DP3A 2YCEA 5K3VA 2Y61A 1PCWA 4DEFA 4WY0F 4UUIA 3FA5A 3O15A 3W9ZA 1GTHA 3UPBA 1EA0A 5MHBA 2D73A 3G3DA 3O6YX 4N6FA 3W7OA 3S5YA 4A21A 4OHQA 5D32A 3GDTA 2C18A 3W7MA 1Q6RA 1ZAIA 4BR1A 3USBA 1DJNA 1XDMA 3GR7A 3ZS4A 2O7QA 2OX1A 1TTIA 3TMQA 3TA6A 1LBLA 3L66A 1ZCOA 1H7OA 3KVKA 3DAQA 4Q4KA 1P1XA 3MP3A 5CPLA 3FYOA 4O14A 2EPHA 1I2RA 4PL1A 3VE7A 2WNZA 4N4QA 4FEZA 3T78A 2BSLA 2HS8A 3PSVA 3G1VA 1Q3NA 2YR1A 5IBXA 3U8GA 3NL3A 1TPUA 3LGEA 5SWUA 5CSSA 3IVTA 3O8AA 3EX6A 4AVFA 4HN4A 2PURA 4HKPA 3CQ0A 4LVDA 1TTPA 1OABA 1IXQA 1K02A 5AHIA 3PS7A 4GXMA 1XM3A 3PF3A 3B04A 3LHWA 4LRTA 3S9YA 5D09A 3EXSA 1R47A 3LCXA 3JRKA 3QSRA 3TU9A 3C52A 3TROA 3NQMA 5K4XA 4FNSA 2X2GA 1GVQA 1YYAA 3NPXA 1LTDA 1GJPA 3E02A 3LCGA 2Y7EA 3L2IA 1OFOA 4DO5A 1I45A 3KOFA 3Q94A 1F7BA 3NQ2A 5D2YA 1KLZA 3KVJA 4EOUA 2NWSA 4QITA 1VYRA 2J6XA 4QQ3A 3N9SA 4MKNA 1BEUA 5F4WA 4RKAA 4UNKA 4NNBA 4CQ9A 1C9DA 3L65A 2B7QA 1RZMA 4HHPA 3G1SA 5I3FA 2VFDA 3IV3A 4KWWA 4Z0JA 2E6DA 1QPOA 1O5KA 2Y7GA 1QPRA 1FXPA 2NXGA 2QAFA 4E38A 1VLIA 4DO6A 3C8FA 1JQVA 4FNQA 4MY8A 1L9WA 3GVGA 3OEXA 3IIVA 2X16A 5G2HA 4LOCA 2NX1A 3NR0A 4NJJA 1B57A 4NU7A 4E2DA 3G0SA 1KFBA 2DZVA 2C15A 1GG1A 1Z42A 2A6NA 3A22A 4WXYA 4ORMA 2WJZA 1EB3A 1W5OA 2Z0IA 4LTSA 2YFNA 2CLKA 1W5NA 1KM5A 1SSGA 3FJLA 3DFQA 5HMSA 2W79A 2Y7DA 1QAPA 3NZ1A 3R89A 4CNOA 2QCCA 1TMHA 1XKYA 3TQ0A 3N19B 1M7PA 4IXHA 1OX6A 2KZHA 3HGSA 5DXXA 3CT7A 4IMCA 5H91A 4A2RA 1GTEA 4Y6GA 4LU0A 3W1TA 4DQWA 1QNVA 4RZ4A 3SECA 4O11A 1TYGA 2VFFA 4QAIA 2CFFA 3C2OA 3OHIA 5F2GA 4LS2A 4U4MA 1Q6QA 3TXVA 3HQ1A 2P0OA 2DZXA 2G97A 2QCDB 2Y7FA 3LCLA 4AF0B 3MHGA 2YXGA 2HTMA 4JS3A 6ALDA 2RFGA 5EA9A 2V82A 3O16A 4JYFA 1A5CA 2ZZ7A 2LLEA 5BMWA 3FLUA 3DFSA 3M7WA 3NOEA 3G1FA 4UTIA 4AHQA 2RDUA 2WSRA 3W1LA 3NL5A 3HPSA 4Z1BA 4ZL1A 1EUAA 4AEOA 4WD0A 3EXTA 2X1RA 4UFJA 1A5BA 2NXHA 3C3NA 2GQ9A 5CZ0A 3NL6A 3CWNA 4PA8A 1TQJA 3W7RA 1ZHAA 3Q58A 4MJZA 5FEXA 5G1TA 3FS2A 4ZZ9A 1JCYA 1LRTA 3T55A 4FXSA 2EHHA 1YDOA 3EKLA 1G4SA 4DF2A 3G3MA 3O6CA 3S42A 4GUFA 4JEQA 3LV6A 3RLVA 2H3DA 4JTJA 4CQ8A 3PC0A 4MLRA 2H8ZA 2A21A 3OG3A 5T26A 3IGUA 4O18A 1TPVA 3N2XA 1DORA 1LLZA 5G2WA 3L5LA 3P5YA 4UTUA 3UY8A 3NQDA 1PL9A 1GEQA 3R2GA 1VS1A 5CPOA 3T40A 3NQVA 2E5CA 2DJXA 3SGZA 2H8XA 3DZ1A 3CU2A 2E5BA 3CEPA 4O57A 5EL1A 1O5XA 3WJZA 4EWND 4UIOA 4MJMA 4OGZA 4BI7A 1PIIA 4K38A 2FB2A 5D38A 3MWAA 4HIBA 3IIZA 3LHZA 2A5HA 4AHOA 4O53A 1UASA 5AYXA 3BVJA 1O94A 3HO8A 4Z1AA 4TR9A 1I8JA 5HULA 3M5XA 3TXZA 3GXNA 3PUOA 4UFMA 3TUUA 4CNNA 3W76A 2QF7A 3LI1A 2ZRVA 3BV4A 3TC7A 4HNTA 2VELA 1WA3A 1VZWA 2X1SA 4JIQA 2BXVA 3EWZA 3GNDA 3O07A 1YXYA 3QF0A 2WV8A 3QSTA 5FESA 3Q2DA 5KITA 1AW2A 2FB3A 2RKXA 2XN0A 3RK8A 3FKKA 1KTNA 3IIXA 3W1XA 3A24A 1W5PA 1W56A 1IXOA 1WOBA 4WY0B 5D2WA 1TV7A 3QYQA 4KFPA 4TIMA 3W7KA 2BX7A 4KKXA 1SO5A 3M5ZA 2HMCA 4XKYA 2XN1A 1PV8A 3RFAA 2TYSA 1UUOA 3M9YA 1TRIA 5GVJA 1V5XA 3C61A 1HG3A 1RV8A 2A4AA 2OMAA 5D02A 3I6RA 2ALDA 1K8XA 3S5ZA 5F1UA 3PUEA 4TO8A 4DF1A 4ADSA 2ZTKA 5AHMA 2H6RA 3HG4A 2FPTA 2JKPA 1U83A 4MZYA 1P5BA 1X7FA 3LXAA 1W5QA 3TH6A 1TPB1 2ZRZA 1JVNA 1M6JA 2Y89A 3PR2A 3OVQA 2Q8ZA 4XBSA 2RH9A 3IVSA 1O4UA 1W31A 3S6DA 5G4WA 3ZWSA 4PFMA 4P61A 4YCPA 4WQ6A 3HF3A 1VCVA 4H4IA 3LERA 4FX8A 4K36A 3C2RA 3NPWA 4KFNA 1T0OA 3RNDA 3W1MA 3IVUA 3EX3A 4IPJA 4FNPA 2OT1A 1EUNA 3MHUA 3W7EA 3MI6A 4N9EA 1B4EA 4O50A 5EKYA 2V2HA 5D2VA 3PUDA 2Y63A 3DHFA 2NLIA 3HG2A 4MFDA 4ZQNA 3G8EA 3GKAA 4UTWA 1EWEA 3HGRA 3CB8A 4XUGA 1JUEA 5D2XA 3N14A 1N55A 3HMJG 3NM1A 1LBFA 3B0UX 4JTGA 4NXKA 4AWTA 3WFAA 3STEA 1EX5A 4X2RA 3TJXA 2DZWA 2J24A 5HUPA 4OV4A 4FXRA 3I7RA 3G0UA 4Z08A 1GOXA 2RDTA 3A5FA 5F4XA 3P62A 1KM4A 1P0KA 5G2IA 5U7SA 1TV8A 5AHEA 5AC6A 1FWRA 3NQFA 2QJIA 2F7FA 5HR7A 4HNVA 4WUIA 3W88A 3EWXA 1UB3A 3GIYA 3WJWA 1W8SA 3PG8A 4HSOA 1ZALA 2UV8G 1HUVA 1DBTA 1JCNA 4JTTA 2A1YA 3BW4A 1W1ZA 3C2EA 4RLIA 3W72A 3LLDA 1WV2A 2BWGA 2VEMA 3SSJA 3P60A 3W1NA 3WK3A 3GXPA 1BKSA 5AOUA 3YPIA 5DXYA 1TPEA 2NUYA 4Y8FA 2OT0A 1G67A 3MI2A 1PCKA 2FIQA 4U28A 1WBHA 3W7LA 1XFBA 1IXNA 1PHQA 2V8ZA 3MUXA 2ZA1A 2J9ZA 4O16A 1PE1A 5A5WA 1OF8A 4NNAA 3STGA 1TPDA 4R53A 3W71A 3TE9A 5F2MA 5KMYA 1VCGA 4NUWA 3B0PA 1R2TA 5A8GA 5DCDA 4LY8A 1KFLA 1QR7A 5K7JA 4TX9A 1DHPA 4NT0A 2FPYA 3QFEA 3LCWA 3PBWA 5FEZA 2V81A 1RQHA 3VI2A 2C1HA 5CKSA 4LWWA 1I2QA 3QQ1A 5BW6A 1QDSA 3IIOA 5HWMA 3KHJA 1F73A 3PAJA 2VFIA 3F4WA 4MYXA 3TAKA 3N73A 1HFBA 1FCQA 3GYEA 1SW7A 3E9AA 4DELA 3ATZA 3LCFA 2PRHA 5DBTA 4ZMGA 1MO0A 1FDJA 3FFSA 2BZNA 2IQTA 4A3UA 3L68A 5G4EA 1FQ0A 1Q6LA 1QOQA 4NJHA 4JY8A 1OX5A 4HPJA 3VKJA 2V0TA 5HINA 1KTBA 2QCFA 1S5TA 1SO6A 1XDLA 3HPXA 1PVNA 4K8EA 3W1QA 2O7SA 5LNSA 4H6KA 4M5PA 6TIMA 4AAJA 4S2BA 3VNDA 1KFJA 3NZRA 3H55A 3ANYA 5FF4A 2VFHA 4M19A 1TQXA 3NL2A 3E49A 3QMTA 1TB3A 3L0GA 1F2JA 2F84A 1U5JA 3L5AA 1W37A 4DF0A 3W7GA 3WJSA 2PRLA 3F03K 1W3IA 1I2PA 2X1TA 4O1CA 5HWNA 3PG9A 4PCFA 4MY1A 4GNJA 3GK0A 3W2KA 2NXIA 1SZNA 1FY6A 3E12A 3P7YA 2QEZA 2V5BA 4N4PA 2GVLA 4EF8A 1XL9A 1T8XA 3BLEA 4N6EA 1H62A 2I14A 3FEMA 4JNMA 1N8FA 2YFOA 4Z0SA 4E2BA 2OCZA 2HS6A 4O54A 5FEPA 4FIQA 2QCHA 3ELFA 4PODA 1L6WA 4DBEA 1DJQA 4AB4A 4RXFA 4FX7A 1WBJA 1SFJA 1GYLA 4QSHA 2C6QA 2R14A 3W1AA 2Q3RA 3WK0A 1TV5A 1PS9A 3LB0A 5EBUA 2QCEA 1OHLA 3THAA 4NZFA 2QUVA 2DU2A 4OQVA 4IMDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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