3NGJ | Genus

Total Genus 79

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
sequence length	218
structure length	218
Chain Sequence	MDKATLAKYIDHTLLKADATEEQIRKLCSEAAEYKFASVCVNPTWVPLCAELLKGTGVKVCTVIGFPLGATPSEVKAYETKVAVEQGAEEVDMVINIGMVKAKKYDDVEKDVKAVVDASGKALTKVIIECCYLTNEEKVEVCKRCVAAGAEYVKTSTGFGTHGATPEDVKLMKDTVGDKALVKAAGGIRTFDDAMKMINNGASRIGASAGIAILNGIH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of a putative deoxyribose-phosphate aldolase from Entamoeba histolytica rcsb
molecule keywords	Deoxyribose-phosphate aldolase
molecule tags	Lyase
source organism	Entamoeba histolytica
total genus	79
structure length	218
sequence length	218
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date	2010-06-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01791	DeoC	DeoC/LacD family aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3ngjA00

5BMWA 1LOQA 3O16A 1LM1A 1YTDA 4JTHA 3S5ZA 3QSRA 2A6NA 1PHWA 4UFJA 2E5DA 4GUIA 3A21A 5KTLA 2GVJA 2JK2A 4UTLA 2GJNA 4LNYA 3UZ5A 4YXGA 2BSLA 4O50A 4ADTA 3CQ0A 5D05A 5D04C 2JGYA 3PM6A 4ORMA 4PA8A 3SW6A 4QAIA 3WJWA 1SFJA 4O1CA 1KW1A 1YPIA 2X16A 5H91A 2QJHA 4CQAA 2J9ZA 3LLDA 4LY8A 5DCDA 1KTCA 1G69A 2Z2UA 3B8DA 3YPIA 1YTKA 1F5ZA 4H3DA 4DXVA 4AXKA 3TKFA 3W7IA 2YYTA 2DJLA 1IIHA 2Y6ZA 1TMHA 2DU2A 2QEZA 5HUPA 2H90A 3FEMA 3DFTA 5L9FA 4NU7A 3PR2A 4LVFA 1SO6A 2FIQA 1LORA 3GLCA 3LCXA 1VH7A 2ZZ3A 4O53A 5D32A 3L5AA 3UWYA 4JTFA 4O4VA 3P8IA 2NWRA 1I45A 1Z44A 2RHGA 2RDWA 4NZJA 5FEPA 1A5CA 3DENA 3TJXA 3DHFA 2RKXA 4MFDA 3EX1A 2J88A 3MMTA 4EF8A 3QC3A 2ZRVA 2CFFA 4NX0A 4MFEA 1B4EA 3L9CA 4PC8A 4JIQA 1SU5A 5AC8A 1IXOA 4GE8A 2E1DA 3AO0A 5FF2A 4DPQA 1DJQA 3R12A 4JX5A 3EXSA 3MP3A 3QRHA 3VKJA 3P82A 5A5WA 4MLJA 1KM1A 3S5YA 3NM1A 4BR1A 1U5JA 4UTIA 2VFGA 3HG2A 2XFWA 3S5OA 2DP3A 4XKYA 4E2BA 1LOSA 2YDAA 3M43A 1FCVA 3KVKA 5AYYA 2WJZA 3TSBA 1AK5A 3KXQA 1BWLA 3G18A 4MY8A 1B4KA 1M5WA 3STFA 3PBUA 3ZWTA 2G5WA 3P67A 3IIZA 4WY0F 2NV2A 4PODA 5FEXA 4AH7A 2IQTA 3IIOA 4FNSA 4HKPA 4UR8A 3NQAA 2AQWA 3UNDA 3LV5A 2Z1BA 4O1BA 1G4TA 3QF0A 5EL1A 4BFAA 1VYRA 1U83A 2ZZ2A 1DVJA 2WSQA 1IXNA 3B05A 1K7EA 3TQVA 3LCGA 5FF7A 2Q3RA 3QPYA 4O52A 3H54A 4JTKA 4GUJA 5K2ZA 5HUOA 5LSMA 1WBHA 4Q33A 1S5WA 1GEQA 3T7VA 3W1AA 4BWLC 3MYOA 3QPZA 4LT9A 3L65A 1LLZA 3LHZA 4GWEA 1Z41A 4LU0A 2Y89A 2P1FA 4S2BA 4IX0A 1H1YA 4U28A 2V9DA 2YZRA 1EWEA 3OVQA 5E1QA 2WOQA 3LM7A 3PBWA 4GRSA 2E6AA 4LS2A 2Q3OA 3UD6A 3TC7A 1VHNA 1OFOA 1KFJA 4GUFA 3EX2A 1X1ZA 3KFTA 2ISWA 4XTDA 2RFGA 5MHBA 3BG3A 3BG9A 3DKJA 4MPQA 1WQ5A 3IGUA 3EXTA 3PULA 1H50A 1F73A 1G67A 4ZL1A 1B9BA 4GXMA 5DN1A 2JKAA 4H6KA 3PS7A 4FNTA 2HSAA 4MLRA 4XZ9A 5F2MA 3DBPA 1EEPA 3STCA 3W7JA 2A1YA 5LKYA 1XL9A 2C18A 2CWNA 4MUZA 1TJRA 2FTPA 4LTSA 3TU9A 4R7JA 4A29A 1MEHA 3W9ZA 1TPEA 3I7SA 2EPHA 3WJSA 3OEXA 1QPOA 2PURA 3S8HA 1SO3A 5EKYA 4I9AA 4UTUA 1GG1A 3NQFA 1TV8A 1VCFA 1NFBA 2NLIA 3TAOA 3BW4A 1M7OA 5DY3A 4DF0A 2Y7EA 4TX9A 1RZMA 4S1FA 3IV3A 5U4NA 5D2XA 1H7RA 4POCA 1WOBA 2YX0A 4KKXA 5BW6A 1OF6A 3PY2A 4P2VA 4PFMA 2Y7GA 4ML9A 3LB0A 1PS9A 7TIMA 4UTHA 5C54A 3GB6A 3THAA 1KA9F 1SFLA 2E6DA 1G4PA 2Y88A 4AMAA 4RR4A 5FF0A 5LGXA 3M9YA 4JDYA 5K9XA 3UPWA 1QCWA 3QFEA 2PCQA 3PG8A 4O17A 1WA3A 1V7YA 5D09A 5I3IA 2A2IA 1I2PA 1KM6A 4MYAA 4AHQA 2Q8ZA 1FDYA 2VEMA 3BLFA 3CT7A 5I3JA 1TIMA 2B7QA 4K8EA 3ABRA 4FHAA 3JS3A 3RF9A 5K9DA 4K7VA 3W7HA 1J4EA 4UXDA 2C15A 3DFNA 4MY1A 4A3UA 3P5ZA 2ZBTA 5K7JA 4K37A 3PG9A 2YYUA 1A50A 3MBDA 1TPB1 4NQ1A 3P81A 2Z0IA 3KVMA 4JY8A 4Z08A 3W76A 3O06A 1ICPA 3C0JA 4WQ6A 5LHFA 1TTQA 2AGKA 4UFMA 2PRLA 3PAJA 4ZQCA 1OFDA 2YSWA 3ZS4A 2CLKA 1K03A 4M7TA 1W37A 2ZQ0A 3BV4A 4WZHA 1XBXA 4XKYB 4X2RA 1SZEA 4HT3A 2TSYA 4JR5A 3CB8A 2HMCA 3MI6A 3BK0A 4WJEA 2OT1A 3STEA 2DZWA 3GDKA 3MYPA 3S9YA 1OABA 3KRSA 3PC0A 4UR7A 2QJGA 4RZ6A 1W5PA 4JTSA 3LI1A 3IRDA 3UWUA 1AL8A 4DBEA 3P8JA 3L5MA 4GUHA 3W2MA 4HNNA 2QCEA 4IJBA 4HN4A 5DLCA 2C13A 3LHUA 3FJLA 3S6DA 3M41A 3W84A 5D03A 5CSSA 2P10A 5D2VA 2GJLA 5HR7A 1OJXA 2H6RA 1ICSA 4IUOA 1F74A 3GR7A 4RXFA 1QO5A 1LZOA 1RQBA 5AB3A 1TTIA 3W1LA 3AJXA 3GXPA 3FKRA 3NEVA 5AHNA 2YFOA 1FY6A 4LRSA 3N9RA 3W2NA 1JVNA 1R2SA 4NXKA 5BMXA 2NXGA 5EA9A 4WOZA 2A0NA 1M7PA 3WK0A 2V82A 1LDCA 3B03A 3M5XA 3KVLA 1LRTA 1QPQA 1XC4A 3MUXA 4IXXA 4L4MA 3F4WA 2WV8A 4A21A 1JCMP 3G8RA 2ZZ4A 1SZFA 3C2OA 3VCRA 5G2HA 5CZJA 3QZEA 1S3HA 4AVFA 4N2YA 1F6PA 2VFHA 2FB3A 3FS2A 1VGAA 4BWLA 1F6KA 3BW2A 1EWDA 3IIPA 2CW6A 4OHQA 2TRSA 4U4MA 1DORA 1UCWA 2H3DA 3FYOA 4OU1A 2NWSA 2CZFA 3UWWA 1OVDA 1KM0A 5IBXC 4RKAA 2J24A 2CZEA 1OFAA 3A5VA 1RQEA 5G5IA 1DBTA 4ZQNA 3OG3A 4LS0A 1X7FA 4JX4A 4LUJA 2V5BA 1L2UA 1EUNA 3PBVA 3W86A 2QCDA 4DO6A 4JTTA 3S1XA 1Q6QA 3W75A 2DZXA 2OCZA 4Y9AA 3TR2A 3PBYA 3C2EA 1DOSA 1P0NA 3NZ1A 2I1OA 2B4GA 3W7LA 5AC6A 4M6QA 2FPYA 4YL2A 3P74A 5D2WA 2OMAA 3QYQA 1VQTA 3IVUA 3W1UA 1KFBA 4P61A 5AYZA 4O11A 1G7VA 1Q6OA 4BK9A 1H7PA 4ZQPA 4DO5A 2YW4A 5AN7A 1OG0A 5I3GA 1SSDA 3G1DA 3RK8A 1VC4A 3NNTA 3CIXA 1YPFA 4NJJA 2Y7FA 1TPVA 3QJAA 5C6MA 1RVGA 1X1OA 5E93A 1KBIA 3GXTA 5BNKA 3HG4A 4NNBA 4WUIA 1XUUA 3ABQA 4HPJA 4MVAA 4ZQRA 2J6XA 1KV8A 5EPDA 5FF4A 3NM3A 1YTEA 3PSVA 4OE7A 3KRUA 4FXRA 2WPBA 1MZHA 3G22A 6ALDA 3WK1A 3G1YA 2PRHA 4NNCA 5HNRA 3PB2A 1H7XA 3W1PA 4IGHA 5HR6A 3M6YA 3QW3A 3W1NA 3TFXA 1I2NA 3W7CA 2GVLA 3QQ1A 2NUWA 2X1UA 2ISSA 2Q8LA 2VFFA 1MEIA 3P60A 2CLHA 3IIVA 2NX1A 2ZZ5A 3LCLA 3TC6A 4AHOA 1JCXA 5EY5A 4C1KA 5HINA 3MBFA 3U8GA 5CG7A 1LRNA 1EP3A 3QH2A 4NJIA 2VFIA 3LXCA 1ZNNA 2C14A 2ZA1A 1GTHA 4RXGA 3Q94A 2R8WA 3STGA 5C2XA 3HPZA 3NG3A 3C2FA 2VXNA 3W7GA 1DHPA 1VPXA 5D38A 6TIMA 3W7MA 4UTMA 3ANYA 3WJYA 4JTJA 5DCEA 2CZDA 4NJGA 1FDJA 1X8FA 3GAKA 3OIXA 1M6JA 1XM3A 3L0NA 1TPWA 4LV9A 1VRDA 3H55A 1OYBA 4NT0A 1KFEA 4ICNA 4LC6A 4O1DA 3GDTA 4R53A 2QCHA 5G1TA 2HTMA 4MY9A 3T40A 4N9CA 1JCNA 1LP6A 3MP4A 2FJKA 2DZUA 4IPIA 3M44A 3RU6A 3W1RA 4JTGA 1RV8A 3QM3A 1UASA 4LV4A 1FCBA 3ABOA 4B5NA 2V2CA 3HO8A 5I3HA 2O7QA 3U6WA 1AW5A 4IMCA 1T99A 1PHQA 2GQ8A 4X22A 3W07A 5EYWA 1QFEA 3C8FA 3CC1A 4JYEA 4JTLA 3ATYA 4N6EA 3UWZA 3A23A 1O95A 2H3BA 2QF7A 4I7WA 3W7OA 1NF0A 3O6CA 3DH7A 1TQXA 5KSWA 1EP2A 4HSOA 2NUXA 1P4CA 3N34A 3FOKA 3M0ZA 4ORIA 3ELFA 2CLLA 2G96A 4A2SA 3BG5A 3DGRA 1SZGA 3G1AA 1HG3A 1W5QA 4Z1CA 3EEGA 1O60A 4NZFA 4CCEA 1ZHAA 2CZ5A 2RDUA 2V81A 4YCPA 3N14A 4N4QA 4GUGA 3INPA 1VCVA 3M16A 4HSNA 3M7WA 1B3OA 3W70A 4JTEA 4XUGA 1B57A 4KWVA 4O0ZA 4OQVA 1I8JA 5C5YA 1S5VA 5DXYA 4LVAA 1WX0A 5KITA 4Z0JA 2ZCGA 1TO3A 5FF3A 2RH9A 2CLOA 3W3OA 1L6SA 1ICQA 1F05A 3BO9A 2WSYA 3L67A 1JUEA 3F1QA 4O14A 3N3MA 3LTYA 1LOLA 1KBJA 2E6YA 5LNRA 2QCDB 1ZY9A 1JQVA 1UBSA 2XN0A 2KZHA 2WSRA 1UUMA 1KV5A 3MI2A 2V2HA 2TYSA 2ABBA 8TIMA 4UTKA 3EX4A 1H63A 3W2KA 4K38A 3HG5A 5DBUA 3LGEA 4N4PA 1QMLA 3MWAA 3T78A 3C3NA 3M47A 3DAQA 3HPSA 3LCFA 5AHFA 2YW3A 3EB2A 1W5MA 4QJ1A 1BKSA 1DJNA 2HS6A 5IBXA 5SWUA 3LHWA 1BTMA 1YDNA 3C2RA 5KZDA 3R8RA 3PSWA 1UB3A 4JY9A 3S0CA 3W7QA 3BLIA 3TDFA 1WAUA 1YXCA 5D33A 1KTBA 3W73A 1TRIA 1A5BA 4MJMA 3QQ0A 1EP1A 1WDWA 2FPTA 1GVSA 3CWNA 3HJZA 4AWSA 1G4SA 1GVFA 4XWUA 3GDMA 3BW3A 3NO5A 3S1VA 3LX9A 3TK7A 2PE4A 3BGGA 3JR2A 3DFPA 3TQKA 3LOTA 4Q32A 2ATMA 1JR1A 3CM4A 2OT0A 1R30A 2OX1A 3G24A 2V2DA 5G4EA 3LRKA 1GYLA 3OVRA 3G8EA 1A53A 4BI5A 2V5LA 3WJXA 2XN1A 3GIYA 4JS3A 3USBA 4FO4A 4O15A 1F7BA 1QAPA 1FUYA 1PCWA 3RNDA 1DV7A 4LUIA 1TPH1 1GG0A 2DZSA 1C9DA 3DKLA 3C61A 3NQEA 3SR7A 3WK3A 3Q2DA 4OBTA 5DBTA 5CKSA 2GVGA 3N9SA 2ZA3A 2X1SA 2R94A 3FKKA 4CNOA 2GPTA 4AWTA 1LBMA 1QOPA 3IIXA 3I7QA 4IMGA 1MSSA 3LXBA 4LOCA 1W3NA 1L6YA 2ATSA 1TREA 4IQLA 1R2TA 3SSJA 4AAJA 2QR6A 2NZLA 5L6UA 3T55A 4XTIA 4IXHA 3UPBA 4H4IA 1ONRA 4RK8A 3W2JA 1TV7A 1Z42A 4Y96A 5DXXA 3MO7A 3TQ0A 3TCEA 3VNDA 4TO8A 1VYSX 1H61A 1LTDA 3BPWA 4OT7A 1TPDA 1FWNA 5EMUA 1TJPA 2I14A 1SO4A 3B4UA 4UUIA 4CNNA 1SR9A 3TSMA 3NGJA 3LCHA 3M1ZA 3OBKA 5I3KA 4IMFA 2ZRUA 1LRQA 3NPXA 3DFQA 3NQGA 4O57A 3D0CA 2Y63A 5J5RA 2GOUA 2X1TA 2ZRXA 1ZAHA 4LWWA 4JEQA 4WOQA 1RQHA 1W3TA 2E68A 3W2LA 2X1RA 3EX3A 4M19A 5CPMA 1ZJIA 1XCFA 3OVPA 5CPLA 4AHPA 3BVJA 3WJZA 3CLMA 4EF9A 1Q3NA 4TU1A 3R5EA 3I65A 2D73A 4JIPA 1YDOA 2AAMA 5AFDA 3TXZA 4CCCA 1XBZA 3KHJA 3W74A 3C52A 1JCYA 4KFPA 4I7VA 2C19A 3TA6A 1XFBA 2Y7DA 4M6PA 5CZ0A 3NPVA 2QCLA 3IEBA 1GVQA 3KRZA 4IPJA 1GPWA 1XDLA 4QIUA 1AW1A 1YXDA 3LXAA 2JBMA 3G3DA 3MP5A 4WY0A 5HWNA 4O8RA 1W31A 4ADUA 1SW0A 3TE9A 3VE9A 3TROA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3NGJA

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