3NJ3A

Crystal structure of xylanase 10b from thermotoga petrophila rku-1 in complex with xylobiose
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
327
structure length
327
Chain Sequence
GHMQNVSLRELAEKLNIYIGFAAINNFWSLSDEEKYMEVARREFNILTPENQMKWDTIHPERDRYNFTPAEKHVEFAEENNMIVHGHTLVWHNQLPGWITGREWTKEELLNVLEDHIKTVVSHFKGRVKIWDVVNEAVSDSGTYRESVWYKTIGPEYIEKAFRWTKEADPDAILIYNDYSIEEINAKSNFVYNMIKELKEKGVPVDGIGFQMHIDYRGLNYDSFRRNLERFAKLGLQIYITEMDVRIPLSGSEDYYLKKQAEICAKIFDICLDNPAVKAIQFWGFTDKYSWVPGFFKGYGKALLFDENYNPKPCYYAIKEVLEKKIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Thermal-induced conformational changes in the product release area drive the enzymatic activity of xylanases 10B: Crystal structure, conformational stability and functional characterization of the xylanase 10B from Thermotoga petrophila RKU-1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endo-1,4-beta-xylanase
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga petrophila rku-1
total genus 136
structure length 327
sequence length 327
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2010-06-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3nj3A00
1JF6A 1R85A 7CGTA 3PTQA 2DIEA 3T09A 4HOZA 1YQ2A 5HNNA 1RD6A 1W2VA 1P6WA 1UD6A 4UQDA 1CLXA 2DSZA 2JF6A 2QV4A 3THCA 1OD8A 1CGVA 4C7FA 2EPKX 4LXFA 2WBGA 2BY3A 1HVQA 1UD4A 4B3KA 3WBEA 4D6CA 1ISWA 3WNOA 3RJYA 1O6IA 1ISZA 3F5LA 2V3GA 3TTOA 1M53A 2VUYA 1LLOA 5E0FA 3TONA 3VIFA 2D3NA 3FHAA 5CZKA 2PB1A 3FAWA 4GI9A 5BXSA 3VIGA 4FLQA 3VD4A 3WH6A 5CJ5A 1GJWA 1XH1A 4CD5A 3CZJA 5I0DA 2DSWA 1G01A 3AHTA 3T2PA 4AZ6A 2WMFA 2OLHA 5IXEA 4U2ZA 4QCEA 1X6NA 2CEQA 4IUGA 2WMHA 2QPUA 1HKMA 2DH2A 4MJ4A 1S46A 3MU7A 2ZX8A 2D1ZA 4UFHA 1HJQA 2BVTA 2C8NA 1ZB5A 3SCOA 3PZNA 1JD7A 4AD5A 3W81A 5JBDA 3E1F1 4W8AA 2BFGA 2CYGA 5GPRA 1CLVA 2VC9A 1MFVA 2X1IA 3SCVA 3O2LA 1ITCA 3BAXA 1H3GA 3SCPA 1QHOA 1UZ4A 4NI3A 4A4AA 1HJVA 1TR1A 4LX4A 2WVVA 1GOQA 4F79A 1J18A 4TX6A 4AZGA 4W7WA 2J47A 2VX4A 3VD9A 3WD2A 4AMCA 1XH2A 4MPKA 1CEOA 2CITA 4JKLA 5LA1A 2BY2A 4WKFA 3PZTA 1WCGA 4JZ5A 2DQXA 2OSXA 1JIBA 2BS9A 2XHYA 3DHPA 2D23A 3OLEA 1DTUA 1PAMA 4E8CA 4DWSC 2O92A 4RE3A 3GM8A 1UYQA 2ZWZA 1GONA 1DWFM 3ZJKA 1DEDA 2J77A 2AAAA 4AEEA 1WNOA 3GXIA 2IXUA 4FK9A 2JEQA 3EYPA 2BHUA 2JE8A 4J3TA 3WEZA 3I3DA 5KZ6A 1Z32X 3BAIA 1QBAA 2DSVA 1W1PA 4Z2IA 4DWSA 1V02A 3WUFA 2J8FA 1WDPA 4PMVA 2E8YA 4MAZA 1TE1A 3RJXA 5JUVA 1GQJA 1PJ9A 1M03A 3AYSA 1GVIA 1NWRA 4WSKA 1NM9A 4XV0A 3W29A 3KL5A 2WMIA 5CPQA 3VGGA 3WH7A 3FXYA 1E0VA 5BXPA 3SCWA 5E0CA 4Y7EA 2QPSA 1B90A 1FFRA 3DYPA 3CGTA 1KXVA 2X8RA 1HP4A 1HJUA 1E4LA 1NP2A 2J7HA 4HZ8A 1W9XA 1LWJA 3UEQA 3VM5A 1R86A 4C7GA 2YBTA 2EO7A 3UETA 1E0WA 4J3VA 3VD5A 1H09A 3GNOA 3CUIA 1V6VA 2XIBA 2F61A 2XVNA 5CSYA 5CPTA 4S3JA 4WIWA 1V0KA 1UD3A 1WKYA 4RL3A 1KCLA 3OA5A 2CBJA 2NSXA 4K68A 4HOXA 4W85A 1KB3A 4P8VA 2VURA 1J9YA 2F8QA 5CQ1A 2YJQA 1E71M 1Q6GA 4DWSD 2EJ1A 2W66A 4N42A 3ARXA 1EDQA 1QI0A 1G5AA 1VEPA 1B3VA 1ZU8A 4PMXA 3GYCA 4AXNA 3N17A 3VIOA 3VOCA 5GNYA 4HP5A 5D4YA 4AZBA 1PX3A 3NIYA 1XYFA 3PHAA 4HA1A 3NDYA 4MDOA 4AEFA 2WZHA 1QI2A 4PSRA 3KEHA 2J7EA 2DIJA 3MUZ1 3LPOA 2UY5A 3AMKA 5A6SA 3GTNA 3L4XA 3AOFA 4L4OA 5BCAA 2GVYA 1EH9A 1A47A 3ZT5A 3WQ4A 1OSEA 2EEXA 4PMNA 3AHZA 3EDFA 3I3EA 4HTYA 1CGUA 1QOXA 5HPOA 4GI8A 4QCFA 4F9DA 4EANA 4BA0A 3IK2A 1GVYA 3VINA 4W93A 4QP0A 4U5KA 3BGAA 1VENA 5A6LA 2YBUA 3AHVA 1SYTA 2ZX5A 4BQ4A 2G3MA 3PTKA 5EBAA 5I23A 2WNWA 1HT6A 3POCA 2QLYA 1CIUA 5ABHA 2NT0A 2DH3A 4TVDA 3OBAA 2DT3A 2E8ZA 2G8ZA 1DP0A 3A4XA 1UWUA 1E15A 4PN2A 4AZ5A 2V5CA 4CD7A 2NW0A 2CPUA 1CXIA 2YL5A 4GKLA 2O9TA 4FMVA 5JIWA 1XD1A 3ARRA 4Z2GA 2VT0A 2V3EA 1ZBKA 4HMCA 2GJRA 4PTVA 4QAWA 3VGDA 5JIPA 5I78A 4XZWA 7TAAA 2J62A 1BQCA 3II1A 5FIPA 2XM2A 3ZSTA 4TTGA 4KH2A 2ZX6A 2WZEA 1E70M 3CUGA 4DUXA 1BYCA 1OCQA 2E4TA 1WB0A 1C7SA 3BCDA 2D0HA 3VX0A 1BGAA 1DWIM 1W9PA 2WVTA 2GSJA 4MNJA 3RPMA 3OLIA 5FL0A 5CGTA 1WZKA 4JFUA 3BAYA 3SEPA 4P8XA 4CD4A 1C91A 2WAGA 1H11A 4JFWA 3A4WA 4W5ZA 4AIUA 1VFMA 5IHRA 3VO0A 4R27A 5BRPA 2HISA 4AIEA 1BFNA 1UWQA 1KFWA 3VDCA 2YL8A 3SCNA 3AIBA 5E9AA 3I3BA 2J79A 3AI0A 4W5UA 1JXJA 2DDXA 3IAQA 5ABFA 3T2OA 3WELA 3AXXA 1KXHA 1E5JA 2V3DA 4GO9A 4MAVA 1KXTA 3ARWA 1O7AA 1FH9A 2E40A 2YL9A 3NYDA 5E09A 2WMKA 1ISXA 4MB1A 2A3CA 1CGYA 3EMCA 3U7BA 4H8UA 4ACZA 2WHKA 1JG9A 3QHNA 4D6DA 3A3HA 4CU6A 2WVSA 1ITXA 2O9PA 1V0LA 1UHVA 3DC0A 3L4TA 3ARUA 1LJYA 3FHQA 3CMJA 3CHDA 2PBGA 1CGTA 4KMQA 3MSGA 1JZ8A 4HA3A 1MVYA 1BVNP 3WH9A 4TUFA 1HKKA 3A4AA 3WNNA 1QNOA 2DEPA 5FL1A 2CHOA 3U5YA 3CIVA 2W67A 2ZUMA 5IFTA 1JZ5A 1VFOA 5D8ZA 1TMQA 3EDDA 2FHCA 2YKKA 1FOBA 3FY1A 1UKSA 3VIMA 1G9HA 2G3JA 1NOFA 3VDAA 3QOKA 5HXMA 3WF0A 4WKHA 1E3ZA 1QW8A 3MMWA 3UR8A 5AC4A 2OWCA 1Q4NX 1GUVA 3GNPA 1AVAA 1I1WA 5CG0A 4JKKA 4UOJA 4UQBA 1XYZA 4MDPA 4PTMA 3D5HA 2PWEA 1CDGA 4AZCA 1CENA 4PUEA 1EGZA 3ZR6A 2WLZA 2OWXA 2OSYA 4E4PA 3WQVA 3BAJA 4HOWA 1QNQA 1V0NA 1XV8A 3T0BA 1W9VA 3WDQA 3ZOAA 2WK2A 1FHDA 3IJ9A 4JIEA 5HOSA 2CESA 1E6PA 1OD0A 3NSXA 4D6EA 5GNZA 1R8LA 2IXVA 3AROA 5M17A 3AISA 3PBGA 5A69A 3AZRA 1V3HA 1W3LA 1NH6A 1VEMA 3KE0A 3UESA 3VNZA 2WM0A 4WK9A 5F7UA 1ESWA 2YA0A 2VNCA 1EQCA 1JDDA 4AD1A 5GQBA 2PWGA 2VMFA 1BF2A 3PN8A 3LPPA 1QI5A 1V6XA 2VQUA 3AIUA 1QI3A 3TTSA 2UY3A 2W63A 2CKSA 3QGVA 2XM1A 1RP9A 2WBKA 2YA1A 1JZ4A 3GXMA 4P7OA 1WZLA 4A3YA 4ML4A 3HMCA 3W6LA 2WHLA 1G1YA 1LG1A 1XCXA 1J01A 3WIJA 3EMQA 4JHZA 3WD3A 1B0IA 2PWHA 5C71A 1AQMA 3JUGA 3W26A 2XSAA 2XVGA 3AMCA 2EPNA 2GK1A 4PEEA 3AICA 3SUSA 1JDCA 3UCQA 3A6OA 4AZHA 3G6MA 1UKQA 1MW2A 3ZJ8A 1E4IA 4UQCA 4AD4A 2E0PA 1ISVA 2WYSA 1M01A 2CXGA 2VRKA 4V27A 1CGXA 4X0NA 1HIZA 4V28A 3VX1A 1GW1A 1CXFA 2BHYA 1H5VA 2XFYA 1E6ZA 4ATWA 1EIBA 4R5EA 3RM8A 4J3SA 1UWRA 4OZOA 2BY0A 5DFAA 2VVNA 1OGGA 1TZ7A 3N13A 2J7BA 4AZIA 3WQ6A 2XYLA 2ZUTA 1FP8A 3CHFA 1KWKA 1V3MA 4D72A 2VRJA 3UG3A 3EDKA 1KWGA 1X6LA 1GOOA 2VX6A 5I79A 3WMCA 2Y24A 1OIMA 4CN6A 3F5KA 1UWIA 4OIFA 4D6JA 1L0PA 4JKMA 2ZX9A 3PZMA 4Q7NA 2EPLX 4M80A 3CZLA 2WMJA 4J3UA 9CGTA 1HKIA 4KGLA 1PX4A 1EDGA 3QHOA 4CD6A 1CXLA 4GINA 4FLSA 5FOOA 1QHPA 2WW5A 5M3WA 5I6SA 4PCSA 1R7AA 3THDA 5DT5A 3O9NA 2XWEA 3KL0A 1E4MM 4CN4A 5I2UA 2YOCA 2CNCA 1WPCA 3W53A 5ABEA 1E0XA 1UKOA 2CCRA 1B3YA 1I1XA 1E6SM 2GDVA 3AHXA 1EHAA 2V3FA 3T08A 1C3FA 1UD8A 3B9AA 3ARTA 5ECUA 4BF7A 2GJXB 3L4UA 4M82A 1KQZA 5LA0A 1HN1A 2VRQA 3VDHA 4AZ7A 1V02E 1E5NA 2W92A 3F5JA 4P8WA 4DUVA 1GCYA 1GORA 4UFMA 1JDAA 3NSNA 2ZIDA 3OZOA 5AYIA 4TTUA 2WC7A 2ZUVA 1EDTA 1EO7A 5A8OA 4HU0A 1K9TA 3PZVA 1ODZA 3CHEA 3AZSA 3N04A 1J0YA 4HMEA 2WSKA 2E9MA 4OUEA 1MYRA 3CLWA 2PBOA 5C8BB 2FH6A 1DWGM 4HZ7A 3ZSSA 2OYMA 2D3LA 1W9DM 3D3AA 3AS2A 3SCUA 4JCLA 4LYRA 1F4AA 4CN1A 3B8SA 1XD0A 3DECA 4CCCA 1W2PA 1TVPA 4ZENA 4UFLA 1H4PA 4JAWA 1WAWA 3WMBA 4AISA 2A3HA 1VBRA 1IV8A 1TA3A 1UWTA 2V38A 1G94A 2Y4SA 5EMYA 2ZE0A 3SUWA 4AIOA 2CERA 1E9LA 4F9JA 3AIEA 1US2A 3AYRA 3BMWA 3AS1A 5A2BA 4M8UA 4JHOA 3HN3A 4CU7A 1CGWA 3K4AA 1OINA 2BVDA 4J3XA 4TVCA 2VR4A 1KGXA 1VBUA 3VKKA 1FHLA 4UZUA 1U2YA 3VMOA 3WNMA 4UTFA 4W7UA 3ECQA 4W84A 1V3JA 4XZBA 1MQPA 1JYVA 1HJSA 1M7XA 1Y7VA 3WUGA 3WF4A 3GH4A 3WD4A 3WDJA 4CCEA 4M56A 3W25A 4ACYA 1B3WA 3VDBA 1TUXA 1XSIA 2WANA 2E9BA 3ZJ7A 3WEMA 2XGBA 2EXOA 4OBRA 2CIPA 1GOWA 1UR8A 1HP5A 3BAWA 3WD1A 2G4FA 2WMGA 2XFRA 3VGHA 1NWSA 2EBNA 2UWFA 1MFUA 4AC1X 3VD7A 4ATDA 4YN5A 1GZJA 4JCMA 2VO5A 4XB3A 1B9ZA 1JD9A 2A3EA 2DT0A 3OG2A 5BXTA 2XUCA 4D6GA 4W86A 3LPFA 2DT1A 1ECEA 2FGZA 2Z1KA 4M24A 3ZT6A 3RM4A 3TA9A 2FHBA 1J0KA 2XTKA 4J3WA 3ZJ6A 5I24A 2B31A 3F4VA 3LPGA 1PZ2A 2X2YA 4GPNA 3W37A 2DT2A 3SURA 5FD0A 3N12A 1VRXA 2VOTA 1PEZA 1HX0A 1V3IA 5A6JA 3BSHA 4OJYA 2D0GA 3TTYA 4MB4A 3UERA 1BYDA 2J4GA 1GOKA 2YL6A 1TG7A 4UZSA 4ATLA 1BYBA 2DSKA 4P7NA 2Z1SA 2WVVB 2XSBA 3TP4A 2TAAA 3WH8A 1ZBCA 5A6MA 1UOKA 1KCKA 3TTQA 3OGRA 2D22A 4OBSA 2QMJA 2PI6A 1VB9A 3AZTA 4Z2HA 3PTMA 3BLKA 4BS0A 3K8KA 2ZUSA 1FH7A 1PX8A 1V6WA 3OLGA 3L2MA 4HPGA 1TFVA 3MO4A 3OB8A 1W1YA 2YIHA 1GQIA 1UD2A 1JYWA 4GXPA 1BHGA 1LL6A 3MKKA 4PCTA 1CECA 5A3HA 4UFKA 3O6AA 1CYGA 1GPFA 1GHSA 5FCZA 1J12A 5E70A 1J0IA 4ZE5A 4DWSB 1E43A 4HA4A 4F66A 4S3KA 2CETA 3MV01 1J10A 4AD2A 1XSKA 4BQ3A 4D6FA 3SCQA 4GQQA 3EDEA 5A8PA 4EKJA 4UNIA 4GZIA 3VMPA 7A3HA 3J7HA 2VR5A 4HMDA 3CZEA 2VI0A 1UG6A 2WMIB 1H0GA 2WB5A 4H7VA 3WBAA 1EOMA 4CCDA 4TOQA 1W3KA 1PIGA 1LWHA 3WF1A 3ZR5A 1Q6DA 1VJZA 5A2AA 3SCSA 5D9NA 1BG9A 3IAPA 3L4YA 4ZFMA 5IDIA 1B31A 2WHJA 1E55A 1MXGA 2WHMA 3WL0A 2J74A 1IZKA 5EFDA 1QVBA 3SCTA 1D7FA 3AJ7A 1JAEA 1UZ1A 1J0ZA 3PZIA 4X0VA 3PZGA 1BAGA 4WKAA 1J0JA 4V2XA 3QHMA 1JZ7A 1PPIA 5IFPA 2PF0A 4RE2A 1WDSA 1VJSA 1XCWA 1W9UA 3ARZA 3DYOA 4H2CA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JF6 A;  1R85 A;  7CGT A;  3PTQ A;  2DIE A;  3T09 A;  4HOZ A;  1YQ2 A;  5HNN A;  1RD6 A;  1W2V A;  1P6W A;  1UD6 A;  4UQD A;  1CLX A;  2DSZ A;  2JF6 A;  2QV4 A;  3THC A;  1OD8 A;  1CGV A;  4C7F A;  2EPK X;  4LXF A;  2WBG A;  2BY3 A;  1HVQ A;  1UD4 A;  4B3K A;  3WBE A;  4D6C A;  1ISW A;  3WNO A;  3RJY A;  1O6I A;  1ISZ A;  3F5L A;  2V3G A;  3TTO A;  1M53 A;  2VUY A;  1LLO A;  5E0F A;  3TON A;  3VIF A;  2D3N A;  3FHA A;  5CZK A;  2PB1 A;  3FAW A;  4GI9 A;  5BXS A;  3VIG A;  4FLQ A;  3VD4 A;  3WH6 A;  5CJ5 A;  1GJW A;  1XH1 A;  4CD5 A;  3CZJ A;  5I0D A;  2DSW A;  1G01 A;  3AHT A;  3T2P A;  4AZ6 A;  2WMF A;  2OLH A;  5IXE A;  4U2Z A;  4QCE A;  1X6N A;  2CEQ A;  4IUG A;  2WMH A;  2QPU A;  1HKM A;  2DH2 A;  4MJ4 A;  1S46 A;  3MU7 A;  2ZX8 A;  2D1Z A;  4UFH A;  1HJQ A;  2BVT A;  2C8N A;  1ZB5 A;  3SCO A;  3PZN A;  1JD7 A;  4AD5 A;  3W81 A;  5JBD A;  3E1F 1;  4W8A A;  2BFG A;  2CYG A;  5GPR A;  1CLV A;  2VC9 A;  1MFV A;  2X1I A;  3SCV A;  3O2L A;  1ITC A;  3BAX A;  1H3G A;  3SCP A;  1QHO A;  1UZ4 A; 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 1NP2 A;  2J7H A;  4HZ8 A;  1W9X A;  1LWJ A;  3UEQ A;  3VM5 A;  1R86 A;  4C7G A;  2YBT A;  2EO7 A;  3UET A;  1E0W A;  4J3V A;  3VD5 A;  1H09 A;  3GNO A;  3CUI A;  1V6V A;  2XIB A;  2F61 A;  2XVN A;  5CSY A;  5CPT A;  4S3J A;  4WIW A;  1V0K A;  1UD3 A;  1WKY A;  4RL3 A;  1KCL A;  3OA5 A;  2CBJ A;  2NSX A;  4K68 A;  4HOX A;  4W85 A;  1KB3 A;  4P8V A;  2VUR A;  1J9Y A;  2F8Q A;  5CQ1 A;  2YJQ A;  1E71 M;  1Q6G A;  4DWS D;  2EJ1 A;  2W66 A;  4N42 A;  3ARX A;  1EDQ A;  1QI0 A;  1G5A A;  1VEP A;  1B3V A;  1ZU8 A;  4PMX A;  3GYC A;  4AXN A;  3N17 A;  3VIO A;  3VOC A;  5GNY A;  4HP5 A;  5D4Y A;  4AZB A;  1PX3 A;  3NIY A;  1XYF A;  3PHA A;  4HA1 A;  3NDY A;  4MDO A;  4AEF A;  2WZH A;  1QI2 A;  4PSR A;  3KEH A;  2J7E A;  2DIJ A;  3MUZ 1;  3LPO A;  2UY5 A;  3AMK A;  5A6S A;  3GTN A;  3L4X A;  3AOF A;  4L4O A;  5BCA A;  2GVY A;  1EH9 A;  1A47 A;  3ZT5 A;  3WQ4 A;  1OSE A;  2EEX A;  4PMN A;  3AHZ A;  3EDF A;  3I3E A;  4HTY A;  1CGU A;  1QOX A;  5HPO A;  4GI8 A;  4QCF A;  4F9D A;  4EAN A;  4BA0 A;  3IK2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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