3NPVA

Optimization of the in silico designed kemp eliminase ke70 by computational design and directed evolution
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
DLKASSLRALKLMHLATANDDDTDEKVIALCHQAKTPVGTTDAIYIYPRFIPIARKTLKEQGTPEIRIWTSTNFPHGNDDIDIALAETRAAIAYGADGVAVVFPYRALMAGNEQVGFDLVKACKEACAAANVLLSVIIETGELKDEALIRKASEISIKAGADHIVTSTGKVAVGATPESARIMMEVIRDMGVEKTVGFIPAGGVRTAEDAQKYLAIADELFGADWADARHYAFGASSLLASLLKALGHG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Optimization of the in-silico-designed kemp eliminase KE70 by computational design and directed evolution
pubmed doi rcsb
molecule keywords deoxyribose phosphate aldolase
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 100
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-06-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3npvA00
1P1XA 1ZAIA 3W70A 3TFCA 1Z41A 3P82A 1YDOA 3IIPA 2YW3A 1N55A 1WDWA 3HPXA 1YXCA 4NNCA 3LHYA 3NAVA 4MZ8A 3TC6A 3NL5A 3TJXA 3ELFA 3QC3A 5DN1A 3TXVA 1YDNA 3L5AA 3L9CA 1VRDA 1TTPA 2YYTA 3LERA 2CZ5A 4LT9A 5C55A 3W87A 4E2DA 2CLFA 1J2WA 3UNDA 4XKYB 3EXRA 4UTTA 1S5WA 2Y89A 4HT3A 3GKFA 2NXIA 2RDTA 5CZ0A 4JTKA 1LOSA 3SJ3A 1W31A 1YXDA 4JNMA 2ZQ0A 3LCHA 5IBXA 1L6WA 4FIRA 4JTLA 4JY8A 4O1DA 3MBFA 1H7PA 1TPWA 4O16A 3QSRA 3R89A 3A9IA 3CLMA 2FPTA 5I3IA 1YXYA 1OYCA 4UTTC 5IM51 3I7RA 3H55A 2C0AA 4Z0JA 5DCEA 4NXSA 2E77A 1H62A 1W56A 3DI0A 3O1NA 3SECA 4QJ1A 3C6CA 3RLVA 3GZ3A 3BW2A 5IBXC 3A22A 4EF8A 1GT8A 2RDUA 3OIXA 4AHOA 1RQBA 5HWJA 3M5ZA 2VC6A 3GDLA 1TV5A 4CCDA 2NWRA 4LS1A 3PULA 1I2NA 2CLLA 1H7XA 1YTKA 4O0ZA 3B8DA 5KZMA 3W7JA 3Q2DA 3WK0A 1AMKA 1WYIA 4H4IA 4UMCA 5EBUA 1DJNA 5LNVA 3GXPA 3QMTA 1YTDA 3SI9A 1DBTA 5FF7A 3DHFA 4NJIA 2CLOA 3S0CA 1QR7A 3PSVA 4IJBA 4FHAA 5D09A 4XWUA 1G4TA 4GUFA 1MO0A 3MUXA 2VEKA 4IX0A 5C2XA 3PWAA 1TJPA 1GJPA 3W76A 3S8HA 4JYFA 4K8EA 3RF9A 3HGRA 3TNOA 3CEPA 2C1HA 1ME7A 3IEBA 1JUKA 3NPXA 4OV9A 3EWXA 2NX3A 1TIMA 1FWTA 1TB3A 2QJGA 3W6YA 5D2VA 1OFRA 3UPWA 2QR6A 4I7WA 5G2IA 3G0SA 5LKYA 2GVLA 2YGYA 1GYLA 4O57A 4XQ6A 5EA9A 1WAUA 1FDJA 1L6YA 2XN0A 3PBUA 4HNNA 3RMJA 5J5DA 3DU0A 1HG3A 3ABRA 1PV8A 4Q33A 1H7WA 1OYAA 3F4WA 2GJLA 3EB2A 2DP3A 3GXTA 3QF0A 2QEZA 1HTIA 4BWLA 3W84A 4UTHA 3M6YA 1I4NA 1SFLA 4LC8A 5D32A 5HUOA 3KVLA 2J9XA 3N19B 2C3ZA 1JVNA 5EPDA 3O16A 4Y9AA 4AHPA 3W7RA 1MEIA 4PC8A 3ABOA 2NXHA 3LBCA 1RV8A 3M43A 3W7IA 1JUBA 2FB3A 4J9JA 4Y6GA 4BWLC 4HNVA 4JTEA 4YCPA 3FIGA 1KM2A 3TIMA 2ALDA 4TX9A 2GPTA 4NX0A 1TV8A 4IMDA 3SSJA 2B7OA 1O95A 1QPQA 3PUOA 2Y88A 5K7JA 2A7NA 3C8FA 4OV4A 1T99A 2QCNA 3C2EA 4LWWA 2Z1BA 2E5BA 5TIMA 1TPVA 3O07A 1KM4A 4LC6A 4HNUA 4N6FA 4RK8A 2H90A 1HUVA 3T7VA 2OZ0A 1QPOA 1XC4A 4GUJA 3DFNA 4O4VA 1PS9A 1F76A 4Q32A 4JX6A 1FY6A 3QPZA 4GFSA 3BG9A 1R30A 3L0GA 4QNWA 2E6AA 3PF3A 1GVSA 4JX5A 4JDBA 3BLEA 3LTYA 2X2GA 1W3NA 3QH2A 2O7QA 1K7XA 3THAA 4OT7A 4UFJA 3BARA 3P74A 1G4EA 5F1UA 1U83A 3G1XA 4TMCA 1UASA 1O5KA 2TYSA 3QM3A 1UUMA 2ZRYA 3S42A 4LVGA 2VOMA 1PCKA 3RK8A 4FO4A 4O1AA 1KLYA 2X1SA 4FNSA 3I65A 3G22A 1DV7A 3TH6A 3MI6A 1TRIA 2LLEA 4U28A 3P80A 2CLMA 4E0CA 2OT1A 2E6DA 2ZDRA 1SW0A 2R8WA 3KFTA 4AMAA 3L5LA 2JKAA 4L4LA 5EY5A 5G2WA 3SGUA 1FWSA 4MYAA 4IXXA 1GVFA 1HO1A 1BTMA 2W79A 2ZZ6A 4GBUA 1Q6QA 3EXTA 3IIVA 4NZJA 1KM1A 2J9YA 2Q3OA 4K7VA 5DCBA 1Q6RA 5AYYA 2XN2A 4P2VA 1NAL1 3N9SA 3QRHA 1DVJA 4MJZA 4YMZA 3QQ1A 4JIPA 3OVPA 2QCDA 1D3HA 2Y70A 3A23A 1TPEA 3LX9A 4FIQA 1W1ZA 3W7GA 4ZMGA 4Y90A 1NF0A 2WV8A 4UFKA 1M6JA 4LRTA 3IGUA 4OGZA 4AWTA 3FLUA 2F7FA 4WOQA 5HWNA 3EXSA 3I7QA 2WOQA 2DORA 2H6RA 2OX1A 5F2IA 1LLZA 2QUUA 3Q37A 3W1TA 1OK6A 2ZA2A 1A5AA 2RFGA 1GWJA 3B03A 5AHIA 2NWSA 1Q6OA 3FA5A 3GR7A 3LCIA 3LOTA 1NEYA 3Q58A 1M5WA 4YXGA 2VFGA 1VCFA 3CTLA 1L9WA 2OCZA 1DKWA 1KBIA 3GNDA 1W5PA 1KV8A 1GPWA 1TO3A 1A53A 2DZXA 5LNWA 3TV8A 5FF4A 4DPPA 1ALDA 4FXRA 1JRCA 2G5WA 2P0OA 2F84A 3W07A 5ABTA 4WX2A 2B7QA 1YLVA 1H60A 2NZLA 3HMJG 5K2ZA 1WA3A 3FJLA 3W72A 1Z44A 3G24A 3LM7A 3KRSA 3PB0A 2FDSA 4JYDA 4K36A 5D2XA 3VE9A 4C1LA 1E51A 4POCA 3IV3A 5AHFA 3SIZA 4PTNA 4FNTA 3TQVA 4QAIA 3DKLA 3MHFA 1K7FA 1RQEA 1YPIA 2E6FA 2JK2A 5CPOA 5AN7A 2V5BA 2ATMA 4JIQA 5K3VA 2C14A 3PC0A 4XKYA 1CX9A 2OT0A 2PRMA 5F2LA 3TSMA 2OMAA 3EKZA 1VH7A 4MVAA 1MZHA 2WO5A 1G67A 3SR7A 1LBLA 3W2MA 3W7LA 1FDYA 2DJXA 3TR2A 4O11A 1MEWA 3CM4A 1OFPA 1F74A 1LRQA 2FJKA 1HL2A 3PUDA 2QJIA 2Y61A 3W2UA 1RZMA 1TQXA 3WJWA 5CZTA 5AHEA 1K8ZA 2YSWA 3TK7A 3OG3A 4AWSA 3TDFA 3UZ5A 4DO4A 1VS1A 4O14A 4FNQA 3C61A 1JJKA 2Y62A 1TYGA 1OF6A 1KW1A 1ICSA 2C6QA 4DXVA 4CCCA 1H50A 2Y85A 4UTUA 2A1YA 4N6EA 2J88A 4KWVA 3O06A 1BWLA 5HUPA 4EOUA 3M47A 1NF7A 3B0VC 3TA6A 1Q6LA 4K39A 3FJ6A 4O12A 2JGQA 5U7SA 3W2JA 3C3NA 5CPNA 4QM1A 1G4PA 2CFFA 2NV2A 3FFSA 1S5VA 2BLEA 3GAYA 4RZ4A 3NQDA 3W88A 1A5BA 4FXSA 4K37A 3TU9A 3C4UA 1GG0A 2ISVA 4AEOA 5HULA 4WUIA 3M5YA 4A22A 1GVOA 3S1WA 3R2GA 3QZEA 1W37A 1ZAJA 3BLIA 1EEPA 1FCUA 2A7RA 3TQKA 1K02A 2PC4A 4AF0B 3NQ2A 2R94A 3W9ZA 2ZZ4A 4O54A 3D0CA 2J6XA 1EIXA 1AW2A 3IVTA 1T0OA 4O0KA 3LI0A 1ZNNA 2I14A 3OEXA 3USBA 1VC4A 4L4MA 1ICQA 3G18A 2CLIA 2HS6A 2PCQA 2GQAA 2BZNA 2I1OA 1ZY9A 3MJYA 3PVFA 1GYNA 3O6DA 1HO4A 2VEPA 3NQAA 3W1QA 1FWNA 3C2FA 3M0ZA 1XBZA 2GQ8A 4CNPA 3N2MA 5U4NA 4LV9A 1KTBA 1M7PA 2W0UA 1N7KA 3NA8A 3PAJA 1R46A 1I2RA 4IGHA 1BKSA 3UXDA 3HQ1A 3PR2A 1GG1A 3MP5A 1QPNA 2E5CA 3P62A 3T55A 4IQLA 3W71A 4JD4A 4KKXA 1F5ZA 3LHWA 2D73A 3VNDA 3DENA 5T26A 3STEA 3O8AA 3LXAA 3MHUA 4WY0B 2X30A 4M6QA 3S5NA 1CW2A 4MIMA 1JUEA 2A6LA 2QUTA 1IF2A 3UD6A 4FF7A 4AAJA 3PBWA 4O1CA 3WJZA 2X1TA 3NZRA 3EX6A 4C1KA 1B3OA 3BGJA 1OFBA 1THFD 3LRMA 3ZFHA 4ZVJA 3DXIA 4XTIA 3GAKA 4FX6M 1EP1A 3EWYA 5FF0A 1SZFA 1VLWA 3LDVA 1FUYA 2C15A 3A24A 1SZNA 4NT0A 2FQIA 3BO9A 2CLHA 3QQ0A 4ORIA 1W5NA 5EL1A 1QAPA 3IIXA 3W73A 1W3IA 5KITA 2IQTA 4TIMA 3W7DA 5C6MA 2QCMA 3L0NA 3BG5A 4RKAA 4O19A 3MP3A 5I3KA 3AJXA 4EWND 2QJHA 3OVQA 4Q4KA 3NPUA 1PHWA 1TPUA 1EUAA 3H54A 4PEKA 4R7JA 1DORA 1WBHA 5K4ZA 5KZDA 3GK0A 2QCCA 3N14A 3O05A 5H91A 3DFQA 5DELA 3W2LA 3N73A 4FNRA 1EWDA 3G1FA 3MBDA 4LW7A 4EF9A 3S5OA 5K9DA 4XTDA 1RD5A 3M7WA 3M9YA 4NXKA 3HPSA 3MW7A 4RZ5A 3NQ8A 5DLCA 4ALDA 1B4KA 3W1UA 3IGXA 2V30A 1TTJA 2RKXA 2VKZG 5FF2A 3W1NA 3YPIA 2BSLA 3W75A 3ATZA 3W1RA 1XBVA 1AG1O 2A4AA 3TFXA 1XBYA 4RCXA 1FWWA 3QPYA 1P4CA 3NPWA 4JY9A 4UR7A 1YYAA 2JKEA 3EWWA 3O6YX 2H8ZA 3S5YA 2YFNA 4WOZA 3HGOA 2VFEA 2VFDA 2V82A 4NU7A 3JRKA 2GUUA 2Z6JA 4AXKA 2EHHA 2FFCA 4XBSA 5K4XA 7TIMA 2G96A 3W1LA 3LCGA 3LCWA 1W5QA 3DFSA 3UZJA 3C2OA 5AOUA 1VCGA 4TR9A 2O7SA 2EKCA 5AHLA 1W5OA 5HINA 4IMCA 5I3FA 5H2ZA 2AGKA 1KTCA 1OX4B 1X6UA 1JCMP 4IMGA 3L68A 1XUUA 3GDTA 4AVFA 2ABAA 1C29A 1QMLA 1LLWA 3NQCA 3T44A 1TTIA 2VELA 3LHUA 4IUOA 3GDMA 3W23A 4IX2A 3GDKA 4NNAA 4XBKA 2NV1A 3MWAA 4S2CA 3G1VA 5D33A 4R53A 3C52A 2GVGA 1VLIA 2C16A 4IPJA 1VYSX 4M19A 4N02A 3GYEA 5F4XA 1FWRA 5LHEA 1IIHA 3EEGA 4PL2A 2V81A 1R2RA 2KZHA 3M41A 5FEPA 4HKPA 1D9EA 5D2TA 4LVAA 2J24A 3DFOA 1JQVA 1R2SA 4N4PA 5CZJA 1U5JA 3E02A 5K9CA 5DXXA 2G97A 5TQLA 3UWQA 4HNTA 3CU2A 2QCEA 4Z1DA 3FS2A 2DZUA 4JTHA 2ZYFA 3ABSA 3UY8A 1VYPX 1MSSA 1ZALA 4O15A 1F6PA 3LB0A 1GTHA 2ISWA 1F05A 1WXJA 1IXQA 3I7SA 2DZPA 3UPBA 1TRDA 4NJGA 2X16A 1SO5A 4X2RA 5CKSA 3HIJA 4ZQPA 1PIIA 1XFBA 3A5FA 1SUXA 4UFLA 3S1UA 6TIMA 3L5MA 2VFHA 1XL9A 4X22A 4TMBA 1LOLA 5DCDA 2FLIA 3DH7A 1ZJIA 1SZGA 4GNJA 1YTEA 4MLJA 1EPXA 4M6PA 4JGDA 1YDVA 1PL9A 3PB2A 1I45A 1KFLA 4IXHA 4LY8A 5BRBA 2CU0A 1N8FA 1TJRA 1P5BA 2DU2A 3HBLA 4PODA 1O60A 3S6DA 4YL2A 1RPXA 1IGSA 4OU1A 1X8FA 1F7BA 4UXDA 4ZQMA 5G4EA 1K3UA 1NFBA 5K9XA 2JKPA 2FPYA 1SSDA 2YZRA 5AHMA 5D30A 2UV8G 1O4UA 4UIOA 2J27A 4HIBA 4O17A 3QYQA 4ADTA 4PL1A 4QNEA 3I68A 4QITA 3NQEA 3STCA 4O28A 4RJEA 2A6NA 1IXNA 1J4EA 3TXZA 1VQTA 3W83A 1VYRA 4JTTA 4DF2A 3F4NA 4A21A 3QMRA 3DKJA 4I7VA 3NDOA 5BOOA 1WQ5A 1OX5A 3UYCA 1QCWA 5D2YA 2ZBTA 5DXYA 5LHFA 3CQ0A 3W2KA 3GXNA 1X7FA 2Q8LA 4O52A 5BNKA 1TQJA 1WX0A 2DZTA 2GJNA 3OHIA 1QOPA 4UR8A 3W2NA 1A5SA 1OFQA 2I9EA 2R91A 3HB9A 1H51A 1PCWA 3W7HA 3L67A 5I3GA 3DI1A 4JTFA 4LRSA 1OF8A 1RVGA 2A85A 2QDHA 2WSQA 3F03K 2YCEA 3L2IA 3R8RA 4BFAA 4DELA 3STFA 3NQMA 3TX9A 3TJLA 4K6AA 4AF0A 3BLFA 2ZZ7A 5A8GA 3A5VA 4RR4A 3PG9A 1JQXA 5I3JA 4MY8A 2TRSA 1XUZA 5HMSA 1MEHA 1TPDA 4XUGA 2C19A 3W74A 4CNNA 3ATYA 4QIUA 5E1QA 1JR1A 4PFMA 3NXFA 3G1DA 1SPQA 1W8SA 1GTEA 4DO5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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