3NPVA

Optimization of the in silico designed kemp eliminase ke70 by computational design and directed evolution
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
DLKASSLRALKLMHLATANDDDTDEKVIALCHQAKTPVGTTDAIYIYPRFIPIARKTLKEQGTPEIRIWTSTNFPHGNDDIDIALAETRAAIAYGADGVAVVFPYRALMAGNEQVGFDLVKACKEACAAANVLLSVIIETGELKDEALIRKASEISIKAGADHIVTSTGKVAVGATPESARIMMEVIRDMGVEKTVGFIPAGGVRTAEDAQKYLAIADELFGADWADARHYAFGASSLLASLLKALGHG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title Optimization of the in-silico-designed kemp eliminase KE70 by computational design and directed evolution
pubmed doi rcsb
molecule keywords deoxyribose phosphate aldolase
total genus 100
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-06-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3npvA00
3IGXA 3W9ZA 3WK0A 4MFEA 1GYNA 1LLWA 3TC7A 5I3HA 3EWZA 1I4NA 3IEBA 4JGDA 1ALDA 5HWMA 4AWSA 5BW6A 2W79A 3W70A 4FF7A 1LBFA 4M5PA 3MHGA 3P62A 5CKSA 2Z1BA 3WJWA 5SWUA 2EGZA 4QITA 3UD6A 1K7FA 3MHFA 5I3KA 3MI2A 1O95A 5J5DA 4AMAA 1JCYA 3UXAA 1ME9A 1VHCA 1ZNNA 3NQ7A 1B57A 1XC4A 4FNPA 3PSVA 3Q94A 4OGZA 2BSLA 4UUIA 4MY9A 5HNRA 3WFAA 5AOUA 3KHJA 3SGZA 1WOAA 4K8HA 1T8XA 3FS2A 5G1TA 5DELA 3G8RA 2G97A 4YXGA 2Q8LA 1CI1A 1H1YA 1KBIA 2YX0A 2DJLA 4DF2A 7TIMA 1QNVA 2ZBTA 4POCA 3N73A 4KFNA 1Z42A 2NUWA 3W7DA 5LNSA 4NVTA 4XKYB 3UQNA 1KFEA 3MW7A 1I2NA 2V5LA 1I2OA 1A50A 3A23A 2WSRA 5F2GA 3M5YA 5D2XA 5K2ZA 1OVDA 3C3NA 3BPWA 4FHAA 1TPC1 1RQEA 2G96A 4UTWC 1UASA 3NAVA 4HIBA 4HHPA 4AH7A 1MEIA 4PEKA 1OFQA 5LGXA 1TSIA 4WY0A 3RMJA 1JUBA 2QDGA 4O14A 2YZRA 5HQEA 2E68A 3P60A 3W73A 3NL3A 3W7NA 3E0IA 3B05A 4DEFA 1H7PA 3EX1A 5FF4A 4HT3A 2Z6JA 1DQXA 1TPH1 4IPJA 3L67A 2X2GA 4ONVA 4OWGA 5H2ZA 3IIZA 2QAPA 2DZTA 4JTHA 3G0XA 5G2WA 1YPIA 3DXIA 2DZWA 1HL2A 1XBZA 1ZALA 5D02A 2C19A 3IIPA 3C2RA 2BWGA 1IXNA 4PL1A 5G1YA 4QNEA 3L0KA 3PBVA 3W76A 1AG1O 3MMTA 4MUZA 2GQ9A 3NM3A 1KM6A 4ZL1A 1SO6A 1W56A 3ABSA 1HG3A 3W7KA 1TPB1 3FYPA 3NO5A 5TQLA 4EVZA 1I8JA 3HG4A 2RDWA 1RVGA 2QCDB 1BTMA 3B06A 4AVFA 2GQAA 4HPJA 2PURA 1OYCA 3OIXA 2ABBA 4GBUA 4O1BA 5F4XA 2WSYA 3W83A 4BWLA 3RF9A 4ZZ9A 2FPTA 3I6RA 1VCFA 1ZAJA 3NGJA 2B0MA 4JX4A 4MZ8A 5AC8A 5FI8A 6TIMA 2YYUA 4PCFA 4RV8A 4CNPA 3SFKA 3N2XA 2Y6ZA 3BVJA 1TREA 3OG3A 3LXAA 1PIIA 4JTIA 4XTDA 5DLCA 3DKJA 3KVKA 4AHPA 1UB3A 2TSYA 5A5WA 3V75A 2FJKA 1GVRA 3PWAA 1KFKA 5C5YA 1YDOA 2E6YA 4JTTA 2BXVA 3LCGA 5BRBA 3LCLA 2JKAA 1LOQA 3DHDA 5FF3A 2YYTA 1OHLA 2CLKA 1Q3NA 5HR7A 1H5YA 3NXFA 1EX5A 4KWWA 1P0KA 1TO3A 5CZJA 3E12A 2ZRWA 3NR0A 3A5FA 4LVAA 2WV8A 3PUDA 5AYYA 2GQ8A 3BG5A 4WUIA 4JTSA 1XFBA 3DHFA 1J4EA 4O1DA 4Q32A 1SO4A 4XWUA 1DQWA 1A5SA 1QR7A 3O15A 3W85A 3MP3A 3W7EA 1TJPA 3BLIA 4K37A 3LTYA 3P5YA 1KFLA 4AHOA 1LOSA 4AF0A 2YSWA 1KLYA 1UUMA 3QMRA 3W84A 3NYZA 4O28A 5A8GA 3ABRA 1X1ZA 1GPWA 4BI5A 2V9DA 4UMAA 4JEQA 3IV3A 1WXJA 3HF3A 5G4WA 4AB4A 2CZ5A 1JCLA 5F1VA 4ADSA 4JYFA 2V5BA 2V30A 4LV4A 4CQ8A 4NJJA 1GG0A 3UWUA 1AMKA 5CSSA 1JQVA 3BO9A 2F7FA 2QCMA 5MHBA 3WJZA 2ZYFA 1P0NA 2EPHA 1YTDA 5E1QA 4MZ1A 3FJ6A 4U4MA 1RV8A 3TXVA 4ZQOA 3ZWTA 3V1PA 1DORA 4TX9A 1D3HA 2CLEA 3QF0A 4R34A 3G1FA 3IRDA 1B4KA 3B04A 1U83A 4MPQA 4UTLA 1K02A 2GVGA 3QZEA 4QIUA 4Y9AA 2V81A 3T55A 3QC3A 3MI6A 2EF9A 3CEUA 3DKLA 2QKFA 1A5CA 3H55A 5CGQA 4QISA 4GJ1A 4WY0B 2HTMA 3LI0A 3NQMA 4NNCA 3W7RA 2YXGA 1N55A 1F05A 1QPRA 3B8DA 1GEQA 1BWKA 1H7WA 1O4UA 1ZFJA 1FXPA 4Z1CA 5AFDA 3FA5A 1M5WA 5G5IA 5DY3A 2CWNA 1TJRA 2HS8A 3PS7A 4DELA 1GWJA 2DU2A 2OZ0A 4DF0A 2C16A 2Y63A 3GXTA 1OF8A 2GJLA 4X3ZA 4MKNA 4O53A 3CPRA 3CT7A 5KMYA 2VFDA 1R47A 1X7FA 3NQ2A 5HR6A 2E1DA 4O15A 4NX0A 4UTJA 5EPDA 2ZFAA 4N02A 2PE4A 3OA3A 4JXCA 3N2MA 3INPA 4UFIA 1VLWA 1U5JA 4GUJA 4DF1A 3O6YX 1H61A 4MJZA 4KKXA 5K7JA 2GJNA 1IIHA 4Y6GA 3TNOA 2BX7A 3W2LA 2J88A 4FIQA 4AWUA 4MJMA 5I3JA 2QCEA 3BW2A 3NQCA 1VH7A 1R46A 5DXYA 1HTIA 3B0UX 1O94A 2A7RA 4DPQA 1SSGA 1WDWA 5BMXA 4CCDA 3R2GA 3PSWA 4MYXA 4XBKA 4K39A 4FX7A 3JR2A 2FB2A 3M6YA 4NJIA 3W1XA 4JTGA 3U2OA 3OHIA 2ZRYA 4CQ9A 1H62A 1SR9A 4IQLA 3EX2A 1LROA 3LERA 2OX1A 3CWOX 3GAKA 3PC0A 3HPXA 3GYEA 1SQ7A 1VCVA 3FKKA 4NJKA 3PM6A 3W7IA 1ADOA 2NX1A 5L9FA 4XQ6A 3EWBX 2C1HA 4LWWA 3NQ8A 2VELA 3TR2A 3LCXA 3ABQA 4QAIA 2XN1A 3EX4A 4MLRA 4O10A 1NF7A 8TIMA 3DENA 3QQ1A 2Q8ZA 1F6PA 4M6PA 3HGJA 3WK2A 1OFOA 1VYSX 1KFJA 4K6AA 4E0CA 3HG3A 4UC5A 1H7NA 1JQXA 5HMSA 3UPWA 5BMWA 1F73A 3K30A 4UTTA 1WBJA 3F03K 3TK7A 1S5WA 1ZY9A 4MZYA 3RLUA 3Q2DA 3IVTA 2QCLA 3IVUA 4DXVA 4RXGA 1SZNA 4JD4A 3BGGA 5T26A 1FWNA 3L5AA 1WOBA 1GVSA 1JJKA 2ZZ1A 3HBLA 1FCBA 3W3OA 3W2KA 1G4SA 2E6AA 4BWLC 4A3UA 1W8SA 3G8EA 2Y7FA 4UFKA 1DV7A 1L6WA 4JTEA 3LCHA 4OT7A 4DBEA 4IPIA 3MJYA 4N9DA 1QOQA 4DPPA 3VFLA 1TQJA 5LNUA 1SPQA 4NJHA 4JDBA 2WNQA 1ZENA 3GB6A 1SU5A 1HFBA 2FPYA 5ABTA 2Y89A 3KRSA 4Z0SA 3UYCA 4R33A 5F2MA 1XDLA 1VRDA 2WPBA 2YDAA 3CTLA 2J9YA 1KA9F 4RXFA 1KFBA 1TQXA 4K7YA 5D2VA 5HUPA 2EHHA 1KTCA 5D33A 1EP3A 1JCNA 1OK6A 1FDZA 1LZOA 3NZRA 3W1MA 4UMBA 1MZHA 2Y85A 1P5BA 1WYIA 5F2IA 2PCQA 3C2FA 3DFSA 1YADA 4K8EA 4U28A 2WNNA 1OX6A 3DH7A 3N19B 4QM1A 2ZZ3A 1O60A 1RQHA 2I14A 3NPVA 3DI1A 1KTNA 4YCPA 2DORA 3F1QA 5EL1A 4I7VA 3TAKA 3RNDA 3EEGA 4UTKA 2ZRVA 4LVBA 3CIWA 4HNNA 5IBXC 2ZZ5A 3FEMA 4G1KA 1XL9A 1GQNA 3BLFA 1PVNA 3HJZA 1W5OA 3SSJA 1FCUA 3N3MA 4GUGA 2ZZ6A 4UFHA 4NZJA 1WV2A 1L9WA 2V82A 3W1QA 5AN7A 4S2BA 1IGSA 1PL9A 3THAA 2D73A 4JTKA 3LV5A 4IMFA 3O6DA 1XBYA 4LRSA 4TMBA 2QAFA 4XTIA 4A22A 2NUXA 3S8HA 2A85A 2YW4A 2EKCA 4HNVA 1TV7A 3M5VA 1W5MA 3O16A 1VLIA 1PHQA 3GDKA 1LRTA 3QQ0A 4WOQA 1FQ0A 4WD0A 3DU0A 4X9SA 2Y62A 1FUYA 2QJHA 4B5NA 1B4EA 3FYOA 4DQWA 1K3UA 3PBYA 3TDFA 4ZMGA 3LX9A 3M47A 1YXCA 3NA8A 3QSTA 5D2YA 1LBLA 4RCXA 1H60A 3TX9A 4NNAA 1VYPX 5CZ0A 2VFEA 2ZQ0A 3LTSA 3TH6A 2E09A 4NJGA 3HGOA 4NXKA 3CM4A 1AK5A 1SZFA 3PF3A 2KZHA 1RR2A 1ME7A 1JCXA 1ZCOA 3EX3A 3QJAA 5AYXA 3TQ0A 1OABA 1A5AA 5EY5A 5DXXA 1DVJA 2QCCA 3TAOA 1WAUA 1T99A 5AHMA 3TKFA 3FFSA 4UTHA 2QCFA 4UTUA 4JTFA 1F76A 2JGQA 3ABOA 2H3BA 2QF7A 4GC4A 3UWVA 4FX6M 3GNNA 1EP1A 2ISVA 3P7YA 2ATMA 1KM4A 3KFTA 2A1YA 2PRHA 1G7VA 2NX9A 5CPMA 4LC6A 1KFCA 4GUHA 4LRTA 4NQ1A 4A2SA 3S0CA 1V5XA 5EYWA 1TPUA 3W2JA 3L0NA 2G5WA 2ZA1A 1I2QA 3W7CA 2VXNA 5D05A 3QPZA 3RLVA 3PVFA 3W23A 1OFEA 3PG8A 3AO0A 4N9BA 2B7OA 2JK2A 3QH2A 3M9YA 2A7NA 5HINA 4BK9A 3E96A 2C14A 3LI1A 2CZFA 3BW3A 2FTPA 2P1FA 5AC7A 3W75A 3S5OA 3S1VA 5I3FA 1K8YA 3W1AA 2YR1A 2QR6A 5CPLA 3R5EA 5LHEA 2TYSA 1LYXA 3EWXA 2DZVA 4UFMA 4FNUA 3OBKA 1O5XA 3I7SA 2YPIA 1F6KA 2QDHA 1JCJA 1A53A 2ZZ4A 3UWYA 4CCCA 2V2DA 1YXDA 3QFEA 2E5BA 1PCKA 4X22A 4FXRA 3F4WA 2W0UA 3NPWA 2VOMA 3DFTA 4ORIA 1W5NA 3O06A 5FEZA 2EAWA 2C0AA 5FF0A 4Z1DA 3L9CA 1VCGA 5HJLA 3P74A 3TV8A 1GG1A 3P8IA 3W7JA 5LKYA 2VFGA 1TPFA 2Y88A 5DBUA 3H54A 3NQ6A 5AYZA 1UBSA 2X16A 3G1XA 3S1XA 3ZS4A 4CLMA 5K3VA 1DOSA 4DO6A 1EP2A 5IM51 1SW3A 4JTJA 5D04C 5I3IA 1YYAA 2A2IA 2A21A 1L2UA 2FQIA 4IX0A 4IMGA 4J9JA 4LTSA 5LNVA 3IVSA 3U8GA 4KWVA 4QJ1A 4S1FA 4UTTC 1WQ5A 2VEIA 3WK3A 2CLOA 3O1NA 4M6VA 1ML1A 4EF8A 3T78A 2A5HA 4RZ6A 3ZR4A 5AC6A 5LGZA 3W7QA 1JR1A 1TTQA 3EKZA 4NX5A 5E93A 3LXCA 2NUYA 4OBTA 3UY8A 1K03A 2BZNA 1TV8A 2DZXA 5AHFA 4CNOA 4JYEA 4RJEA 2BLEA 4UMCA 3L5MA 1EEPA 4OHQA 1SFJA 1QFEA 1W3IA 2NWRA 5DY2A 1CX9A 1YDVA 4D2JA 4FIRA 1TPDA 1XCFA 4LS1A 4HN4A 5IBXA 3O05A 3S6DA 1Q6OA 1SO5A 1EUAA 3G1VA 1F5ZA 2CW6A 4M7SA 1SO3A 1LCOA 4FNSA 1T0OA 4N4QA 1SW0A 4BF9A 3W2MA 2CLHA 2X1SA 3M5ZA 3M0ZA 3EX6A 1OF6A 1Y0EA 2BTMA 1GTEA 4O54A 4Y96A 2RH9A 2H90A 3GXPA 3L68A 3CHVA 2E77A 3W1LA 4A29A 2NV2A 1BKSA 4UNLA 1TIMA 3W1PA 3KAOA 5D37A 4TIMA 3QW4B 4EWND 3QRHA 4GUFA 1KM0A 2ZRZA 5F4WA 4UTMA 4Z08A 1E51A 5D38A 2GUUA 3M5XA 1JULA 1W0MA 4C1LA 4RK8A 3LCIA 4E2DA 1JUKA 1TTIA 2Z6IA 3A24A 2ZTKA 3HPZA 3DZ1A 3A22A 4JTUA 5FESA 1KM1A 3W07A 3HMJG 3HO8A 3QSRA 4LY8A 2RFGA 2R94A 2QEZA 3C4UA 3IGUA 3G1AA 1FBAA 4TR9A 1W5QA 3TUUA 2ATSA 2FFCA 2GVJA 3G1YA 5EKYA 3R13A 4Q4KA 2H6RA 3N9SA 1QDSA 4GNJA 4Y90A 4O17A 1GVQA 4LT9A 3PUEA 1RZMA 4PFMA 2W6RA 1UJPA 4UXDA 4HKPA 1IXQA 2Z2UA 4FNTA 1TTJA 1UCWA 3UWQA 3NL5A 1EIXA 4LVFA 1H1ZA 4HNTA 2NWSA 4PODA 3NQGA 4YCOA 1XUUA 4O52A 2VFFA 4BI6A 3W88A 1Z41A 5D30A 4EOUA 1BEUA 4GE8A 3KRUA 3NQVA 1AL7A 1TMHA 3TROA 1GOXA 1EPXA 2WQPA 4LC8A 3CQ0A 3FIGA 3CC1A 1YTEA 2CLIA 3R12A 3DAQA 3STCA 1QPNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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