3NPXA

Optimization of the in silico designed kemp eliminase ke70 by computational design and directed evolution
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
DLKASSLRALKLMHLATANGDDTDEKVIALCHQAKTPVGTTDAIFIYPRFIPIARKTLKEQGTPEIRIWTSTNFPHGNDDIDIALAETRAAIAYGADGVAVVFPYRALMAGNEQVGFDLVKACKEACAAANVLLSVIIETGELKDEALIRKASEISIKAGADHIVTSTGKVAVGATPESARIMMEVIRDMGVEKTVGFIPAGGVRTAEEAQKYLAIADELFGADWADARHYAFGASSLLASLLKALGYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Optimization of the in-silico-designed kemp eliminase KE70 by computational design and directed evolution
pubmed doi rcsb
molecule keywords deoxyribose phosphate aldolase
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 98
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-06-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3npxA00
2V82A 4Z0JA 2PRLA 5I3KA 2CZ5A 3RU6A 5IM51 4Q32A 3YPIA 4MVAA 3CHVA 3UWVA 2QAPA 1HO1A 3I68A 3PUDA 3OEXA 3GDRA 3FIGA 1FQ0A 3PAJA 3L5MA 3S1UA 3OHIA 3KFTA 5T26A 2H6RA 1ZJIA 3PVFA 2ZZ4A 4DBEA 1R46A 4K8EA 5LNSA 3U8GA 1OFDA 3SGZA 1AW1A 2J9YA 1Y0EA 4QITA 1DL3A 1SZGA 3EKLA 2FQIA 1I2RA 2DJXA 4PA8A 3TW7A 1O94A 3O6YX 2AAMA 2VC6A 3BW4A 1XBVA 2A4AA 3LCLA 5BMXA 4DEFA 2DZPA 4KFNA 5DLCA 4DXVA 4JN6A 1VLIA 3NR0A 3OVQA 1LBMA 3MHUA 3DHDA 3B0VC 1M7OA 2YSWA 4C1LA 1VZWA 3W71A 2QJHA 3NEVA 5C2XA 4DQWA 4JTIA 3QMTA 3NQ8A 3AJXA 4YWIA 1WOBA 5HR7A 2H3BA 2B0MA 3S5NA 3SR7A 3W88A 1AW5A 2JKEA 1L9WA 2ZZ2A 3U6WA 2ZA3A 4NZFA 3TK7A 3W1XA 3TA6A 4JTSA 3W7PA 3KXQA 3P81A 3FKKA 4Y90A 3TKFA 4A22A 3LCIA 3W7RA 4HNUA 2FJKA 5CZTA 3HGRA 4CQAA 4ZL1A 1KM5A 5H91A 1XBYA 3C2RA 1XKYA 3UWWA 1ONRA 4XZ9A 4H6KA 1D3HA 1VLWA 1XL9A 4A2RA 2YW3A 3INPA 1OF6A 2QF7A 3W1RA 3W74A 1OFQA 3TFXA 5K9DA 5A5WA 4UTMA 1OX4A 2RH9A 2Y85A 3HO8A 4BR1A 5C54A 3O1NA 4K6AA 4N9BA 2ISWA 4ZQMA 5F2LA 2E6DA 3O06A 5CSRA 1IF2A 3DFNA 3C52A 3UY7A 3EXTA 1XBZA 1DBTA 1F6PA 1W1ZA 1YTKA 2NLIA 5LZLA 3GR7A 1YXDA 3TROA 4LV4A 5DXYA 3MWAA 4IMCA 3W73A 3ZFHA 3NPVA 1Z41A 5U7SA 4OT7A 5F1UA 5ABTA 4UTWC 3EX2A 1J4EA 1SR9A 2E6AA 4NQ1A 4JTLA 1LTDA 2GVGA 1GYNA 1K8ZA 4TU1A 2Q3OA 5CPOA 5KZDA 1PE1A 4MIMA 4PL2A 1LOLA 1ADOA 2C19A 3B8DA 3MUXA 3T78A 3S1VA 1TYGA 3E9AA 3MI6A 4JNMA 1T8XA 4IXXA 4LW7A 1T0OA 1GWJA 4LNYA 1RV8A 4K39A 4HKPA 1TTJA 3LRMA 1TV8A 4O4VA 3W7GA 3PM6A 1QO5A 4GUHA 1BTMA 1H61A 4O13A 4MKNA 5K9CA 3UYCA 3MW7A 4UTIA 3TAKA 3TE9A 3GDLA 1W3TA 4PODA 1Q6OA 4LS2A 4HNVA 1G7UA 2ZCGA 3KVLA 2B4GA 4RR4A 2ZQ0A 2NWSA 3GX9A 1SZFA 5D2XA 1UUMA 2DZSA 4NU7A 1LCOA 1FCUA 1EP1A 3OVRA 4O0KA 3PWAA 3C2EA 2QKFA 3FS2A 1L6YA 4WX2A 3GVGA 1W5MA 4MJMA 3BW3A 1LOQA 1FY6A 1I2QA 3TC6A 3Q2DA 4PCFA 2E6YA 5AN7A 4FB7A 1GYLA 3IV3A 4GXMA 3W2JA 1ICQA 3MYOA 3NZ1A 2VENA 4Z1CA 5C55A 3DFOA 1KM1A 4NJHA 3TJXA 5E1QA 4O1AA 5AB3A 3L0NA 3M1ZA 3F4WA 3LBMA 4AMAA 3CWNA 2VFDA 4O18A 2EGZA 4IGHA 3STCA 4GBUA 3RK8A 3BGJA 3HQ1A 4Z08A 3R2GA 4B5NA 1L2UA 3P61A 3PBYA 2J9XA 3O05A 1KFKA 2KZHA 4WY0F 2C0AA 1XUZA 4JYEA 5LKYA 3HPSA 4ICNA 3W3OA 4XBKA 3UD6A 3SSJA 2ZTJA 3MP5A 3WK2A 5J5RA 1ME8A 5L9FA 1B9BA 1V5XA 3QM3A 3TV8A 3EEGA 4FNPA 4RCXA 3TXZA 2Y63A 3DBPA 4N6EA 1OX4B 3PUEA 4UTUA 4NXKA 1RPXA 1IXQA 4FX6M 4QAIA 5TIMA 1FXPA 3STGA 1LZOA 3HG4A 1VCGA 1PCKA 3LHVA 1A53A 3E96A 4O54A 4JTGA 2A85A 1SFJA 3Q58A 1PVNA 1SZNA 2Y7EA 1LBLA 4GC4A 3NL2A 3M44A 5SWUA 2P0OA 4BFAA 3L5LA 1JCMP 3PULA 2EPHA 1LM1A 2Z6JA 3LERA 3LV6A 4E0CA 2FB3A 4IMEA 4FNQA 1HTIA 3BV4A 1F6KA 3SY5A 3W2LA 4UTTA 5IBXC 1Q6RA 4UTTC 1X1ZA 2YZRA 1YPFA 1UBSA 3T4CA 2GPTA 1JCXA 5DCBA 2BX7A 2I9EA 1X8FA 4JR5A 1ZAJA 4ZQNA 2YW4A 2Y6ZA 2QAFA 2A7RA 2PE4A 3LV5A 4ADTA 1DV7A 5CZ0A 1GG1A 1E51A 1O5XA 2V2CA 4UFHA 4WD0A 1KFJA 2H3DA 3GXTA 3NL5A 3H53A 5TQLA 4FEZA 4O50A 1JUBA 4GWEA 3CM4A 3N9SA 3LTPA 1EUAA 2ZZ5A 1QR7A 1FCVA 1JUEA 4FXRA 3E49A 3G22A 1JCJA 3O07A 1I2PA 1NFBA 3D0CA 3R13A 3NM1A 3HGJA 1UCWA 4M6QA 4TMCA 3TSMA 3IIXA 5G2IA 1K8YA 1YDVA 1L6SA 3L21A 3W7OA 2G96A 1G69A 1I2NA 1TV5A 2DZTA 4DO5A 1ZHAA 2HSAA 1NF7A 4JEQA 4FX8A 3QYQA 3HGOA 2A2IA 5D32A 1XXXA 4MY1A 4RX0A 1MZHA 2Q8ZA 2GVJA 4NUWA 5D2TA 3V75A 1PIIA 1TPDA 2AQWA 4OWGA 4Z1DA 2GUUA 2C1HA 3LHWA 3W1PA 2BSLA 3LXAA 3IVSA 4AHQA 4UUIA 3EKZA 5F2IA 3S9YA 3R89A 4IWWA 4LOCA 3LTYA 1OF8A 4CNPA 3NZRA 4D2JA 3OVPA 3HJZA 3QQ0A 2RKXA 3TDFA 2B7PA 4ORIA 1ZAIA 4ZQRA 4S1FA 5U4NA 2GJNA 2ZFAA 2YCEA 1JUKA 4UFMA 4C1KA 4NNBA 1RQEA 1C9DA 1JCNA 1LLZA 2X2GA 4IMFA 2QCDA 1RQHA 4RZ6A 5BNKA 1F73A 4UTJA 1VJIA 1TQXA 1KV5A 4MPQA 4QM1A 4JDYA 1ML1A 4A21A 3FJ6A 4RXFA 1A5AA 1D3GA 4JTJA 1THFD 4QNEA 1SO4A 4I7VA 2Y88A 4LRTA 1FCBA 3GKAA 3RLVA 3NOEA 2PRMA 3MHFA 2O7SA 4MFEA 1SU5A 1VHNA 1Q45A 1YDOA 3TJLA 4HIBA 2WQPA 1H7OA 1OX6A 1KA9F 3FKRA 2ZRZA 5LGXA 2G97A 1DJQA 3NQVA 3GK0A 4XWUA 3RFAA 3L2IA 4IQLA 3NPUA 2O7QA 1SSGA 2X30A 3C2FA 3PG9A 4KWVA 3M16A 2TRSA 1TPWA 2TPSA 3H54A 3QFEA 1W54A 1Z42A 3WK1A 3KHJA 2ABAA 2A1YA 2FIQA 5FEWA 4MLRA 1KFBA 4NXSA 4HPXA 2CZEA 4BF9A 2RFGA 4E2BA 5LNRA 3WFAA 1F76A 5LSMA 3C56A 1G6CA 3FLUA 3STEA 3P62A 4O15A 1TRDA 4LY8A 1BKSA 4LVBA 1DOSA 4AAJA 4KFPA 4BWLA 1YXYA 3FJLA 3P84A 1F7BA 8TIMA 1VQTA 4O19A 3TC7A 3NQMA 5CPMA 1OHLA 2CLIA 2VEMA 3S8HA 5DBUA 3P82A 3G1VA 3BPWA 1W8SA 3T40A 2F84A 3MHGA 3ATYA 4I7WA 4AH7A 2ZZ6A 4X22A 3P80A 3NG3A 3HOJA 1OX5A 2ZRUA 3UNDA 4S2CA 1R47A 1PV8A 3W22A 3CLMA 4NNAA 1XC4A 4FNRA 3CT7A 3G1SA 3P7YA 4AWUA 2OCZA 4CNNA 4LC8A 2YFOA 2R91A 2WNQA 1TIMA 2E1DA 2RDWA 3UQNA 4RK8A 5FEXA 4MY9A 4AHOA 3UPWA 4LVGA 3G24A 3FEMA 3QMSA 3WJXA 3B4UA 2WSQA 2QCFA 1O4UA 5LNWA 3SFKA 3N34A 2EKCA 1TPH1 4Q33A 1OK6A 4UFLA 3EWBX 3WJYA 1K8XA 1K02A 3BK0A 4QISA 2X1RA 4Z1BA 5EA9A 3C4UA 3O16A 4UR8A 5K9XA 3OIXA 2P10A 3G8RA 3KVMA 3W7IA 5K3VA 4BK9A 1JRBA 3EX1A 3EWZA 3LCXA 3SJ3A 1S5TA 4CCEA 3CEPA 1OK4A 2DU2A 4TMBA 4K7VA 1B57A 3HPXA 3IIVA 2Y70A 1IGSA 5TBOA 5F4WA 5C6MA 3F03K 5K2ZA 5KSWA 1RZMA 2UV8G 1OFPA 4DBDA 4NT0A 5LNVA 3L0GA 3GB6A 3T7VA 2ATSA 3LXBA 4AF0A 3W2NA 1KTNA 3G1HA 1GVOA 3BG5A 5HUOA 3HBLA 1EP3A 4ZQPA 4JX6A 3W2MA 1KV8A 2CFFA 1ME9A 1AL7A 2NXHA 4RV8A 1JCLA 1ME7A 4ZZ9A 2TSYA 3QZEA 5LNUA 1OABA 5CKSA 1YTEA 3M5VA 4RZ5A 4WXZA 2C3ZA 2QDHA 2QDGA 3M5YA 4O16A 4K36A 3LM7A 5E93A 3CIWA 2WV8A 1W56A 1U83A 2JKPA 1G7VA 1WQ5A 3FFSA 1KM2A 3W23A 5I3JA 4IPJA 3GZ3A 3Q94A 4UR7A 2Y62A 5AHFA 4WUIA 5C5YA 1SPQA 3N3MA 3MBFA 4H3DA 3TU9A 3PSVA 3P8JA 2ISSA 3EWWA 3NGJA 2ZRWA 2V8ZA 1TTIA 2OT1A 2CLEA 3PBVA 4RKAA 3UZJA 4JXCA 4L4MA 3HG5A 1GVSA 3GIYA 1W31A 4EOUA 4Y96A 2CZDA 4JTHA 4M7SA 2X1UA 3W1NA 4HNTA 2WNZA 3WJZA 3LI1A 2FPYA 3V1PA 1GVRA 3Q37A 1W37A 2GQ9A 5KZEA 2X1SA 4WQ6A 1FBAA 2BWGA 4UFKA 4LUIA 3LRKA 1TCDA 4K38A 4UTWA 4U28A 3RLUA 2ATMA 4BI6A 2FLIA 3CTLA 1WBHA 3NQCA 1DQWA 5K4ZA 1CX9A 2WO5A 3PC0A 4JIQA 1R2RA 4NVTA 1KM0A 2C13A 4WOQA 3C0JA 3TXVA 2JK2A 1VYPX 3R12A 1Z44A 3CEUA 2YR1A 1VR6A 1HO4A 5EL1A 3STFA 3W1QA 3LB0A 1N55A 3F1QA 3LHTA 4JX4A 2Y7FA 1U5JA 1JULA 1H51A 2QUTA 4YLWA 5G5IA 5D05A 3M5ZA 2GVLA 4YCOA 4FO4A 2Z0IA 5L6UA 4MY8A 2XN1A 3SZ8A 1I8JA 2ZZ1A 3M5XA 5HWJA 4OV4A 1XUUA 2CLMA 2C18A 2PC4A 3W75A 1PS9A 4U4MA 3BW2A 1DHPA 3WK0A 1H63A 2JGQA 4E2DA 1QPQA 2EF9A 3W6YA 5D2WA 1ICSA 4KKXA 1H1YA 3IIZA 4UCGA 4LS0A 3DFSA 4AVFA 2ZZ7A 1K3UA 1YYAA 2NV2A 2CZFA 1S3HA 2JBMA 3DFTA 4PEKA 1GOXA 5CZJA 5F2MA 4MJZA 5FF4A 2NX9A 3W07A 1ZALA 3CPRA 4XTDA 4DF1A 4AF0B 4O1CA 1YPIA 5FI8A 1KFLA 4KFOA 5LGZA 3LX9A 1Q3NA 3UWYA 3LGEA 1SQ7A 3DGRA 3C6CA 3THQA 2H8XA 1ZY9A 2GQAA 3LXCA 4A3UA 2VFIA 5BMWA 4HSOA 4JTFA 4XTIA 5D38A 3GAYA 2E5BA 1KFEA 4X3ZA 1OFRA 2H8ZA 5AOUA 3HMJG 3TSBA 2VFGA 2Y7DA 5AC6A 1OJXA 2XFWA 3T55A 3MJYA 4Q4KA 3O63A 5CSSA 3T44A 1FDZA 3E12A 2VOMA 2C16A 3DFQA 3ATZA 3QMRA 2E77A 3NM3A 2QJIA 3G0SA 4P2VA 2ZBTA 1VGAA 1I45A 3P74A 3RNDA 5DELA 4A2SA 1G4PA 1T96A 2R14A 5DCEA 3ABRA 2NZLA 4EF8A 5AHEA 2DZVA 2RDTA 5LHEA 3S6DA 3HG3A 1OYBA 3NQAA 3ELFA 3C3NA 1W5OA 5CG7A 3NQ6A 1FWRA 1DQXA 1H7XA 2A7PA 3TQ0A 4K8HA 5DBTA 4GNJA 1YXCA 1FX6A 1NVMA 3FOKA 1BEUA 1TJRA 4OHQA 4ADSA 1GTHA 4LV9A 4UFIA 5HR6A 3L0KA 1SW7A 3BGGA 2QUVA 1RD5A 1AMKA 5F2GA 2ZRVA 4O28A 2QEZA 5IBXA 2QR6A 2WOQA 3HGSA 2QJGA 2A5HA 1XM3A 1NEYA 3GR8A 4M7TA 3G8EA 2VEKA 3UZ5A 4GJ1A 3QJAA 1C8VA 5D2VA 4HN4A 1AK5A 3C2OA 3LCHA 4UTLA 3I7SA 1TQJA 1TRIA 3CC1A 4ZQCA 1FWTA 5I3GA 4FX7A 3IRDA 2VFFA 5HWNA 2VFEA 1TMHA 1R2TA 4N9DA 1SW0A 3ABSA 2WNNA 3N73A 2I1OA 3W72A 4IMGA 1L6WA 1OG0A 3M9YA 4M6PA 4GE8A 4QSHA 3PUOA 3A5VA 3MMTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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