3NPXA

Optimization of the in silico designed kemp eliminase ke70 by computational design and directed evolution
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
DLKASSLRALKLMHLATANGDDTDEKVIALCHQAKTPVGTTDAIFIYPRFIPIARKTLKEQGTPEIRIWTSTNFPHGNDDIDIALAETRAAIAYGADGVAVVFPYRALMAGNEQVGFDLVKACKEACAAANVLLSVIIETGELKDEALIRKASEISIKAGADHIVTSTGKVAVGATPESARIMMEVIRDMGVEKTVGFIPAGGVRTAEEAQKYLAIADELFGADWADARHYAFGASSLLASLLKALGYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Optimization of the in-silico-designed kemp eliminase KE70 by computational design and directed evolution
pubmed doi rcsb
molecule keywords deoxyribose phosphate aldolase
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 98
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-06-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3npxA00
4MZYA 4LOCA 4RXGA 1XUUA 1VYPX 3LGEA 3RK8A 3ATYA 2Q8ZA 1KM6A 1RV8A 3W7MA 4IMGA 3QW4B 3G1VA 3W7IA 4TR9A 3UY8A 2QDGA 3SSJA 5TIMA 4XTDA 1RD5A 4UTIA 4Y8FA 5HQEA 3GDRA 3DFNA 2A21A 5LNUA 5G2IA 4AB4A 1OG0A 2QJGA 3R2GA 1F74A 1TRDA 3M41A 4OE7A 4WJEA 2TRSA 3CIXA 2Y7FA 3N2MA 1W5QA 1WDWA 1XDMA 4PFMA 3FJ6A 3PWAA 1RR2A 3A5VA 3RF9A 1PL9A 1ZJIA 3TC7A 1VCVA 5D04C 5FF7A 1H62A 1O94A 1LRQA 1TPC1 3TMQA 4DEFA 4OQVA 4N9CA 2QCDB 3QMSA 2GVJA 2Y7GA 5SWUA 4ORIA 1XXXA 3GXNA 1D3HA 1SZFA 2ISWA 3CLMA 1W56A 4PODA 2QCCA 5FF3A 3LI0A 1VHCA 5CPMA 2VENA 4K6AA 3S5ZA 1XI3A 4NJGA 4LVAA 2E77A 3EWUA 3W2KA 2V30A 2GQ8A 3ABQA 1F6PA 2V9DA 1EIXA 1H60A 4AWTA 3YPIA 1LOQA 5E1QA 3KRSA 3PS7A 1O95A 1JRBA 3IVSA 3O16A 1XKYA 3QF0A 4P2VA 1LROA 3NDOA 3A22A 4NNAA 3CM4A 1ZAJA 2ZYFA 2ZA2A 4HSNA 4JN6A 4RZ4A 2VFFA 3MO7A 1PV8A 2YPIA 3DHDA 4AAJA 3W2LA 3FKKA 5I3KA 3H54A 1KBJA 4OV9A 5J5RA 2G5WA 3NNTA 1DQWA 1M5WA 4HPJA 2FPVA 5EPDA 4CNPA 4XZ9A 3LTYA 5AHIA 2CWNA 2BXVA 3W7LA 3S1VA 3G3MA 3W1LA 1UCWA 4I7VA 5IM51 1OYAA 4UTJA 4NXSA 2ABAA 1TTQA 4A22A 3I6RA 1NAL1 3S8HA 3S9YA 5G4WA 5K9DA 3PC0A 3HF3A 2J24A 1MZHA 2E5DA 1OX4A 3G1HA 3PY2A 1BEUA 2CLFA 2CLEA 3W2UA 3B06A 3O1NA 1JUKA 4GE8A 5FEWA 3QQ0A 3DAQA 1FY6A 2OZ0A 3AO0A 3HGOA 1M6JA 2NV1A 2CZFA 1AG1O 3C2VA 2G95A 1K7EA 1C8VA 1I2PA 2CW6A 2HS6A 3O15A 3LTSA 3NQ7A 5G1TA 3NYZA 1ALDA 4R34A 3L67A 3M5YA 1TV8A 2C16A 3PUDA 1G67A 1HL2A 3WJZA 3FS2A 4KWVA 5AFDA 4NNCA 4NQ1A 1AW5A 1ME9A 4O1BA 1KW1A 3GVGA 2EHHA 4GNJA 1WX0A 4UNKA 1YXCA 5K2ZA 5D38A 3L9CA 2Y89A 4WOQA 2NXHA 5DCEA 1HFBA 5EY5A 1O60A 5AHNA 4OBTA 1KM0A 3W3OA 3LV5A 3S1XA 4DELA 1YADA 4HSOA 4UTWA 3TSDA 2NZLA 2QAPA 4UTTC 2OMAA 2YYTA 4UR8A 3T4CA 2QEZA 4AH7A 3GDMA 4MPQA 4EVZA 3SGZA 3TV8A 3MP4A 3W87A 5AHLA 3EXRA 3ABSA 4L4MA 2FPTA 2ZRWA 3LLDA 5HR7A 3QPYA 4XBKA 4O1AA 4JIPA 4Y9AA 3TW7A 4AHPA 3O06A 4JICA 2LLEA 5HUPA 2VFEA 3UNDA 3HO8A 2P10A 2ZBTA 4TX9A 2ABBA 3PULA 1EB3A 4LS0A 1N55A 1I4NA 2B7NA 5LGXA 4K7VA 3C3NA 2Z2UA 1QPRA 2GQ9A 1TTIA 3W7RA 3NL6A 4WXYA 1TB3A 4ONVA 5C2XA 2WNQA 4H4IA 1IIHA 4AF0A 2NUXA 4BWLA 1FCQA 3CC1A 2JGQA 1FWNA 1FWRA 3TSBA 3B05A 2VFIA 4FO4A 3JRKA 2VEPA 2VXNA 3TQ0A 4ADTA 1QWGA 5F2LA 1KM1A 1GYNA 1GYLA 2R14A 3HG2A 1FUYA 2V2DA 4GBUA 5GVJA 3IIPA 1TPEA 1K3UA 1X7FA 1EEPA 4R7JA 4OT7A 4UNLA 4O19A 3GXTA 3B03A 3W83A 3OEXA 4YLWA 3UPBA 1H5YA 1OYCA 1DKWA 4IGHA 2VEKA 1W1ZA 2NX9A 4UR7A 3LHYA 4IMDA 4MY8A 1LBMA 1H1ZA 2JBMA 2X16A 3LHVA 2WSYA 3BLIA 2H3BA 4ML9A 3N2XA 5L6UA 2QCHA 4GWEA 3M44A 3OBKA 5BMWA 4CNOA 3A23A 2ZTJA 4LVDA 1H1YA 5DXYA 1N7KA 1JRCA 2Y7DA 1SO3A 3FA5A 5BRBA 2ZZ2A 4KWWA 3KVJA 3TMLA 2PURA 3UWZA 3E12A 4RX0A 4MJZA 3HPZA 3W75A 4PC8A 3NR0A 4LVBA 1UUMA 4JDBA 5IBXA 5KZDA 3TJXA 3CTLA 3KFTA 1Q3NA 3L0GA 1CX9A 3BARA 5DLCA 3PBWA 1AW1A 3EWBX 4DPQA 3PBVA 1K02A 4JIQA 2FB2A 3NQCA 3NQGA 4A2SA 1TTJA 1G4PA 4J9JA 1X1ZA 1EUNA 2NLIA 5HUOA 3CHVA 3W7GA 2E5BA 2GVGA 3Q58A 4NX0A 1ZNNA 1XBVA 4C1KA 3EKZA 3KX6A 3L66A 4N4QA 3OVQA 2E1DA 4O54A 3KRZA 2OJPA 2GQAA 3U2OA 3LCIA 4IJBA 1VZWA 3LCLA 1QO2A 4AWUA 4GUHA 4OHQA 1B57A 3I7QA 4JTSA 3QPZA 3TQVA 2AAMA 1W5OA 3NPUA 3W2MA 4U28A 1TPVA 4JTTA 3LHTA 3LHUA 2B7QA 5DN1A 4NVTA 2RH9A 3FFSA 1EPXA 3PR2A 1H63A 3NG3A 4N02A 5D2VA 2H6RA 4W9TA 5HULA 3HB9A 3LOTA 3NQ8A 4TMBA 2GJLA 5LNVA 3KAOA 1ZY9A 1WXJA 1RQHA 1O4UA 1VCGA 3NM1A 4O4WA 1LBLA 4AVFA 1IGSA 2DZPA 2VFHA 2X30A 4I7WA 1OFEA 3NZRA 2DZTA 4AWSA 2ALDA 3F4WA 3M0ZA 4QISA 3FOKA 3SR7A 2CZEA 3OHIA 4HNUA 3L0NA 3NQAA 4TO8A 3EB2A 3F1QA 1DOSA 3ZS4A 3STGA 5FF0A 1UASA 3LCGA 5L9FA 4K39A 3T55A 4O14A 2QCGA 2WNZA 2ZA1A 5C54A 3GNNA 3P5ZA 1OFBA 5CG7A 2TPSA 4IPJA 5I3JA 4X3ZA 5EKYA 2PRHA 4UFLA 4L4LA 3PG8A 4O4VA 3RMJA 3C2FA 2J6XA 4O1CA 3G3DA 2DZUA 1AL8A 2YYUA 5AC7A 1S3HA 4Y96A 1A5AA 5FF4A 1LOLA 5D2YA 4DO4A 1HUVA 5AHEA 5LNRA 3M6YA 1SO5A 3W71A 3R13A 2QKFA 2TMDA 4GUFA 4E2DA 4ZL1A 4QM1A 1W5NA 2FJKA 4WD0A 1YPFA 3O6YX 1KLZA 3RNDA 1N8FA 4JR5A 1TREA 1RZMA 4MLRA 2NUYA 3UXDA 1MEWA 3C52A 1A5CA 4X2RA 3VI2A 2Y85A 2VKZG 3N9RA 4HN4A 3LV6A 3VKJA 3P7YA 3FEMA 4YWIA 2BTMA 2J27A 2A7PA 5C5YA 1MO0A 1QPNA 3KRUA 4UTUA 2E6AA 1OX6A 2P0OA 3WK2A 1I2QA 1JR1A 3S5NA 3MWAA 2ZRUA 4EOUA 1JUBA 3ZFHA 4OWGA 5TQLA 3DU0A 4QSHA 2ZTKA 1WAUA 5KSWA 1VGAA 2JK2A 2A6LA 4O1DA 2YFNA 3L5AA 3W22A 5BNKA 3W7PA 3GYEA 1SU5A 1YDVA 4LW7A 3FKRA 4N9DA 4FIQA 4RR4A 1Z42A 1VRDA 2ZZ6A 3TK7A 3DHFA 3G24A 3LERA 3G1AA 4IXHA 3W7CA 3DGRA 1EUAA 2WV8A 5HWNA 1T99A 1PCKA 1KFBA 2C18A 4A21A 1K8YA 2A85A 4NX5A 1H7WA 5FEPA 5AHMA 4UIOA 4DBDA 2DZVA 1HO1A 2V5LA 1TPFA 1SFJA 1H50A 3SECA 3QM3A 4GFSA 3ZR4A 5F1VA 1TCDA 3G8EA 2E5CA 2GVLA 1K7XA 3NPVA 2Z6IA 5BW6A 7TIMA 5ABTA 2Q3OA 3NOEA 1NSJA 5FI8A 1PCWA 2CLKA 3GNDA 2HTMA 2RFGA 1ME8A 1XBXA 1QO5A 4XKYB 4O0ZA 2Y70A 3A9IA 1HG3A 1OFRA 1ZALA 3IEBA 5DCDA 1R30A 2GOUA 2RDUA 4O52A 4CLMA 1XCFA 4PCFA 1KFKA 3KXQA 3DKJA 2ZZ1A 3M1ZA 4UTTA 2CLOA 1IXQA 2RDWA 5EA9A 3SGUA 2YDAA 2R94A 2YW3A 2A7NA 1JQXA 1BTMA 4BFAA 1I8JA 3SJ3A 4O18A 1SSDA 1BWLA 2NXGA 3MHFA 3LCFA 4I9AA 3MI2A 3SZ8A 3W9ZA 2QJHA 4N6EA 3W1UA 4LC6A 5HJLA 1VLIA 1BWKA 4FX7A 2YX0A 2WSQA 5EL1A 3N14A 1QMLA 2FQIA 4ZQPA 3W1RA 3M43A 3WJWA 5AYXA 4BR1A 3B8DA 4GUJA 2CLIA 1KBIA 5I3GA 3ATZA 2ZZ7A 3BGGA 1CW2A 4XTIA 3ABOA 2D73A 1ZAIA 3NQMA 1OF8A 3DI0A 1GPWA 4FXRA 1P1XA 3IIOA 4WY0F 1RQEA 4O50A 4M7TA 6TIMA 4H6KA 4JYFA 2FPYA 1SW3A 2YW4A 3I65A 3M5VA 3MYOA 4RJEA 1LTDA 1ME7A 3UWUA 2UV8G 2R91A 3W7DA 1LM1A 2I1OA 3TDFA 5I3FA 4LVGA 2QCMA 3B4UA 1OYBA 3EX6A 1JCLA 3M5XA 3LLFA 3W7OA 3TR2A 5J5DA 3GKFA 2HS8A 1KM3A 1OFQA 5AC6A 4QJ1A 4E38A 3EXTA 1QR7A 3L0KA 4YCPA 4LC8A 3EX2A 3WK0A 1L6WA 1DV7A 3TX9A 3C61A 3C56A 1TQXA 4IX0A 3HIJA 4CQAA 1TPUA 2A5HA 3MUXA 4JTIA 4MOZA 1WA3A 1AW2A 3HPXA 1H7PA 2V81A 4S2CA 5LZLA 1MSSA 4R53A 4AMAA 3VE7A 1YYAA 4ADSA 4MKNA 3TKFA 2F7FA 2ZFAA 1ML1A 5I3HA 4QIUA 4Y6GA 3UWWA 3W7HA 4NZJA 3DI1A 4IOTA 4A3UA 4GUIA 3T44A 1EP2A 3CU2A 3W7KA 5AYYA 1LZOA 3FJLA 5DCBA 2W79A 1WYIA 3W07A 1GVFA 3IVUA 3BW2A 5CKSA 4YXGA 1ICPA 2QUUA 4X9SA 2J88A 3MP5A 1QAPA 3L5MA 2YR1A 1J4EA 1YXYA 3NZ1A 3W86A 2FB3A 2H90A 2DZWA 3TW6A 4GUGA 1MEIA 4XQ6A 3OVRA 4AHOA 1OX4B 2WJZA 4CNNA 3N3MA 3PUEA 1P0KA 3ZWSA 1G7UA 3S6DA 5HNRA 1B4EA 1LLWA 2Z0IA 4ZVJA 4MZ8A 4FIRA 4GXMA 3TH6A 1XM3A 1Q6RA 4FNQA 3L65A 1KV5A 4CQ9A 4E0CA 2BZNA 3BW3A 3MHGA 3NEVA 3P74A 1P4CA 3P84A 2R8WA 1VYSX 4LY8A 1F76A 1GTHA 1Q45A 2I14A 2OT0A 3THAA 4JS3A 4UC5A 4KKXA 4RK8A 5LNSA 2GPTA 2DU2A 3WFAA 3IIZA 1H61A 3NL3A 2ZRZA 3R12A 5T26A 1FQ0A 3EWZA 3LB0A 5EYWA 5DXXA 1FCBA 2X1SA 2E6YA 4NZFA 2A7RA 2QUTA 3GXPA 3THQA 1X1OA 3O07A 5KTLA 2C1HA 4TIMA 4XBSA 3ABRA 1S5VA 1TO3A 4M6PA 4YMZA 4IMEA 1KTCA 3P5YA 3LCWA 1TJRA 1DL3A 3LHWA 4NNBA 1SUXA 3EWWA 5CSRA 5KINA 1DORA 2J9ZA 3M16A 4ICNA 5KITA 2H3DA 1KM5A 1GQNA 2Y7EA 2BX7A 3GDKA 3GX9A 3KOFA 1W5PA 3H55A 1JULA 3C2OA 5D09A 3EX4A 4Z1DA 2WNNA 2NUWA 2Z1BA 1LP6A 4PH6A 2V2HA 1I2RA 1G69A 1KFEA 2QJIA 3L21A 3W73A 3DFPA 2JKAA 2CLLA 2RDTA 1KTNA 4HPXA 4Z08A 4CCCA 1VC4A 5G5IA 1C29A 5EBUA 4Q4KA 1HO4A 4HIBA 1PHQA 4Q32A 4WY0A 2BWGA 4JTJA 3PAJA 1KFCA 2FLIA 2ZDRA 3GDTA 5D03A 3F4NA 4WX2A 5A8GA 3W6YA 1EP1A 1XDLA 5CSSA 4AF0B 2VELA 3CB8A 3QMRA 2C3ZA 5AN7A 1AL7A 1KTBA 3KVMA 4M7SA 3NQFA 1IIGA 1RQBA 4HKPA 5CPLA 2VEIA 2CZ5A 5FEZA 3W84A 4FHAA 1OVDA 3G1YA 2QCNA 5AHFA 4A2RA 1QOQA 3TU9A 1J2WA 3BVJA 1YTDA 4JX4A 4PA8A 5K3VA 3D0CA 1JCJA 4O16A 1R2SA 1TPB1 1W37A 4Z1BA 1H7RA 3CWOX 3MI6A 2FIQA 1UB3A 5D02A 3MMTA 1OFAA 1TPDA 4RKAA 1JQVA 1K7FA 3O8AA 4HHPA 1YLVA 2YZRA 2FTPA 3N19B 3STCA 2C0AA 3NM3A 3LBMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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