3NQ8A

Optimization of the in silico designed kemp eliminase ke70 by computational design and directed evolution r4 8/5a
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
247
structure length
246
Chain Sequence
LKASSLRALKLMHLATSANDDTDENVIALCHQAKTPVGTTDAIFIYPRFIPIARKTLKEQGTPEIRICTSTNFPHGNDDIDIALAETRAAIAYGADGVAVVFPYRALMAGNEQVGFDLVKACKEACAAANVLLSVIIETGELKDEALIRKASEISIKAGADYIVTSTGKVAVGATPESARIMMEVIRDMGVENTVGFIPVGGVRTAEDAQKYLAIADELFGADWADARHYAFGASGSLLASLLKAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Optimization of the in-silico-designed kemp eliminase KE70 by computational design and directed evolution
pubmed doi rcsb
molecule keywords deoxyribose phosphate aldolase
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 99
structure length 246
sequence length 247
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-06-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3nq8A00
4PTNA 3G1HA 3MUXA 3BPWA 5G1TA 4TIMA 1VLWA 4MFDA 2NXGA 1JCXA 4HT3A 3MYOA 4FB7A 1H7RA 2I1OA 1LORA 3TMQA 3SFKA 3RF9A 3WK2A 2NX3A 1SFLA 5D2YA 1JCLA 3MP3A 3GX9A 3PB0A 1YLVA 2QCGA 4JY9A 3G1AA 3PUOA 3QZEA 3VCRA 1Q3NA 1HO1A 1SUXA 2PURA 4MZ1A 3BGJA 2WSYA 4JS3A 4DXVA 5HULA 3C8FA 1CX9A 2G97A 4I7WA 4AHOA 4OHQA 4LWWA 3JRKA 4RK8A 1A5AA 2ZZ2A 4AMAA 1H62A 4UTWC 4FXRA 5F4XA 2TSYA 1HO4A 2DZUA 2XN2A 3TSDA 3NZ1A 4Q4KA 2YSWA 3C52A 1P5BA 2Y7EA 4CLMA 1H1YA 1EX5A 2CLKA 1GTEA 1TTIA 1W5PA 1I4NA 3KOFA 2VC6A 1XDLA 1OFBA 1KBIA 2PRMA 4TR9A 2DP3A 2H8ZA 2J9ZA 3W86A 1ZFJA 1JCJA 2HSAA 1ICSA 1ALDA 4JIQA 1M7OA 3P8IA 2YFOA 1OK4A 4RZ5A 1VRDA 2PE4A 1XCFA 1WAUA 1TPVA 3DHFA 3KVJA 4FX7A 3STFA 2ZRWA 3W2MA 3PG9A 2X16A 2O7SA 2WNNA 4UR8A 1VC4A 2E68A 3UD6A 3HG3A 1XUZA 1SR9A 3NVTA 3C4UA 3GNDA 2I14A 1K8ZA 1MEHA 3FEMA 3NNTA 4YL2A 3MI3A 3W7KA 3A23A 3G3MA 3OVRA 1SQ7A 3NPWA 1EEPA 3OVPA 1RVGA 1H7NA 2YPIA 4LV4A 1W0MA 4TMCA 4KWWA 2VFIA 2O7QA 2XFWA 3O16A 4HN4A 4WD0A 2GJLA 1D3HA 3GB6A 2ZA2A 2ZRZA 3S5NA 3C2OA 4IGHA 3LOTA 1VJIA 5I3IA 5AOUA 3O8AA 1YTDA 1RR2A 1F05A 2G95A 2WNZA 4Z1AA 1TV7A 3LI1A 4GFSA 2NZLA 2A7RA 2WO5A 2OT1A 1JULA 1OX4B 1QPQA 4Q32A 1W1ZA 4AHQA 3A5FA 3GXPA 3G1VA 1DJNA 4PL1A 5HR7A 4RLIA 3QYQA 2B4GA 2DJXA 1TPDA 3STCA 2EF9A 1U83A 3EXRA 2NX1A 2DZTA 4LTSA 1UASA 3NQ7A 2ZA3A 1W54A 2R91A 4HPXA 4K6AA 3RMJA 4UTIA 1SO6A 5LNSA 5DXXA 1NF7A 5I3KA 2JBMA 4GXMA 1J5TA 3C6CA 3SJ3A 1KTNA 2C15A 2YR1A 3P81A 3S1WA 4R7JA 4LOCA 4NJJA 3N9RA 4NX5A 4OV9A 5D30A 2YXGA 1QFEA 1XM3A 3S5OA 2Y88A 1WBHA 4MPQA 1SO5A 2CLHA 4O4VA 4OE7A 3CWNA 1EP3A 2C14A 2JK2A 2VELA 3SGUA 1GG0A 4Y6GA 1PE1A 2WNQA 3LXBA 3EEGA 1FDZA 1VH7A 3LI0A 4N6FA 3PB2A 1FWNA 4UFMA 5CPLA 3THAA 3NQCA 3BW2A 3DFOA 4JDYA 1Y0EA 5A5WA 1EIXA 1SZNA 5I3GA 5DN1A 4K8EA 2FLIA 4X22A 4TMBA 2X1UA 1IXQA 1BTMA 4FHAA 1BWKA 1DQXA 4XUGA 3RLVA 1OG0A 3S1UA 3GDRA 3TQVA 1EA0A 3LM7A 1I2RA 4UTJA 1D9EA 4MYAA 3HJZA 3GLCA 1GVRA 5D37A 1KFJA 3I65A 1PHWA 2QCFA 1M7PA 4NUWA 4LY8A 1OFEA 2H6RA 4O12A 1OFRA 3IV3A 1VYRA 5L6UA 3SSJA 4LV9A 1KLZA 4IWWA 4HNVA 3W1LA 2J88A 1H1ZA 1AW2A 4UTTC 4MLRA 3TXZA 2V30A 3W2KA 1LM1A 2J9YA 1Q6RA 2YW3A 1OX5A 4CNOA 1UJPA 2Q3OA 4IJBA 4DO4A 3BG5A 1FCQA 4K8HA 5KTLA 2CLFA 1M5WA 5SWUA 3QQ1A 2GVGA 3HG4A 1QO5A 4MVAA 5C5YA 3W1AA 4QNWA 2CLLA 3W1XA 1MEIA 5C54A 1SFJA 2NXHA 5CSSA 4O0KA 3B05A 4R34A 1ZJIA 3M16A 5KINA 4AEOA 1OVDA 4DPPA 3W7PA 5LNVA 4LC8A 2WKJA 2PRHA 1FWTA 4KFOA 4UTMA 3SR7A 1C9DA 2A2IA 4JTEA 4RXFA 4ZL1A 4O10A 4E2BA 1VCFA 5LSMA 1UBSA 2Z6IA 3WK3A 1SSGA 4WXYA 4QJ1A 2ZRVA 5G2HA 5D33A 4P2VA 1F2JA 1Q6OA 1LP6A 1QDSA 1EWEA 3OG3A 5AN7A 3NM1A 1FBAA 3L2IA 2X1TA 1FXQA 1GPWA 3GK0A 4ORIA 3VNDA 3N73A 4AVFA 1B3OA 1KTCA 3GKFA 3DXIA 4HNNA 1JCYA 2ISVA 3E9AA 3WJYA 2ZZ7A 3ANYA 3M41A 4PC8A 3LX9A 3TNOA 2QAFA 5F1VA 5FESA 4IMCA 3W7OA 3DFNA 5DCBA 3LCLA 4HPJA 1OYBA 4O54A 1PCWA 3EX1A 3NL5A 2WJZA 2FDSA 4LS0A 3LRLA 1DV7A 2NV1A 1TTQA 5K9DA 4XKYB 1K7FA 2ABBA 1Q45A 4Z0SA 3BGGA 3DI1A 3ZR4A 4LT9A 3GZ3A 4JX4A 4PA8A 3P67A 1A5BA 3O05A 2DORA 4M6VA 1A50A 5FI8A 3UWQA 3PC0A 4ML9A 4UTWA 4EIVA 3IIOA 3W7QA 4KFNA 5EMUA 1P1XA 3QW3A 4DBEA 1SSDA 5HQEA 5F2MA 3SW6A 2XN1A 3O6YX 4A21A 4O1DA 4M5PA 3CT7A 3VE9A 1H7XA 4CCEA 1F5ZA 2JKEA 4NJGA 4PFMA 3EWBX 4Y9AA 4LS2A 2V2CA 3QEZA 1GYNA 3E96A 1SO4A 4DO5A 2FQIA 3OBKA 5C55A 4TU1A 1TPUA 1K8YA 4K38A 1B4KA 1TTJA 4LS1A 4GUGA 2FFCA 5D2VA 2E1DA 3N34A 3VKJA 3GDMA 3BV4A 2VXNA 1FWSA 2X1SA 4GRSA 2NXIA 5D2WA 1EUAA 5C2XA 1Z41A 3EB2A 4NU7A 4UMAA 5DBUA 3DFQA 3TSMA 1XBZA 6ALDA 4OV4A 4XWUA 3ABRA 3U2OA 2V5BA 4H3DA 3W07A 2X1RA 4N6EA 3UQNA 2NUWA 3S5ZA 5A8GA 2B7QA 1QOQA 1ZHAA 4UMCA 3B03A 1I2OA 5BW6A 4O19A 1H61A 3W7LA 2RKXA 4R53A 6TIMA 5TBOA 3UWVA 4IMGA 1YPIA 2ZCGA 4NJIA 2AGKA 1H7WA 2YFNA 3LHZA 3NPXA 3W7EA 3LCIA 4RKAA 5I3JA 1SZEA 2G96A 4N9CA 4FNUA 3P61A 4DELA 2GVJA 5H2ZA 4ZQMA 2ZZ4A 4IOTA 2A85A 1NAL1 2CW6A 1K8XA 4O13A 4MLJA 2YZRA 4HKPA 1KM4A 1BWLA 1B57A 4BI5A 1TMHA 1S5WA 1QCWA 1O5KA 2Y7DA 3QFEA 3O07A 3MHUA 3FLUA 3L68A 2B7OA 2ZRXA 3MI6A 1LBFA 2YYUA 1KV8A 4JXCA 2RFGA 5CPMA 1QPRA 3UNDA 2YX0A 2CLEA 3WFAA 1O5XA 1W5NA 4N4PA 4WOQA 3NL3A 3T44A 1AG1O 1KA9F 1ME8A 1GJPA 4WX2A 3MYPA 2VFFA 3NQEA 4M7TA 1XBVA 3TC7A 1V7YA 5AC7A 1TPWA 1LBMA 2Q8ZA 2ZRYA 3R12A 1VLIA 3FIGA 3CEUA 2RDUA 3LCXA 2ISWA 4FNTA 1DHPA 2NUXA 1OFAA 1KFEA 2B7NA 3PWAA 3HG2A 5EL1A 1WQ5A 3NR0A 4WOZA 5AHLA 3HPSA 1FUYA 2E77A 2TPSA 3L65A 4LRSA 4JTUA 1XC4A 1KFKA 4O1BA 1KM0A 3NQDA 3B0VC 4GNJA 4O15A 4B5NA 3RFAA 1QO2A 1R30A 2AQWA 1AW5A 4MZ8A 4DBDA 3IVUA 4J9JA 5AHEA 5EKYA 1HFBA 1QPOA 3LCHA 4LVDA 5DLCA 3A9IA 2J6XA 1W5MA 3OA3A 5K9XA 4O11A 1RQHA 3HPZA 5CZTA 1FDJA 1T96A 3BW4A 2ZZ6A 3NOEA 2QUUA 1GVSA 5BRBA 4GWEA 1SU5A 3C3NA 3L0GA 3W84A 1H63A 1Z48A 5HWJA 1KFLA 5K2ZA 3NGJA 4JN6A 2Y7FA 5BMXA 2QDHA 5DXYA 2EAWA 3KRSA 4ADTA 4IPJA 3W2NA 1JCMP 3QSRA 2E5DA 5LNUA 4EOUA 4CQAA 4MFEA 3MWAA 4LVBA 4LVFA 4G1KA 5D02A 2GQ8A 2RDTA 2QCCA 2V0TA 3W7RA 1ZAIA 2J9XA 3KRZA 2Y61A 2TRSA 3W7GA 4XBSA 3UZ5A 3WK1A 2OT0A 2Y63A 3MBFA 3QMTA 1NSJA 3BVJA 3PBYA 2NWRA 1GG1A 4LVAA 1TTPA 1W5OA 3I7SA 5AYYA 1GT8A 1ZNNA 2QCEA 4O16A 2E5BA 3M5XA 4YXGA 1N8FA 2ZZ5A 3B0UX 5G4WA 3KHJA 2H8XA 3L5LA 2G5WA 3NPVA 1HUVA 3R13A 1OX4A 1I45A 2H90A 3F1QA 2FTPA 2VENA 5G5IA 3HGOA 3PVFA 1UB3A 4YCOA 1G69A 5CKSA 5HUPA 2QCHA 3TROA 1SW0A 2C1HA 3O6DA 3LERA 1YTKA 1JUBA 3L5AA 1FWWA 2BWGA 3C2EA 2ZBTA 3NAVA 3A5VA 5D2XA 5AC6A 1OYAA 1TJPA 4UFIA 4EVZA 4JEQA 3EX2A 4EWND 1AL7A 3NDOA 1EP2A 2QKFA 4L4LA 3DENA 3PULA 1XFBA 4XQ6A 4BFAA 3DGRA 3T78A 2GVLA 4FO4A 1IXOA 4BWLA 1RV8A 2C18A 3EWWA 3TFCA 4XZ9A 2ZDRA 3UXDA 5AYXA 1I2PA 2DZXA 4LRTA 3WJZA 3I7QA 1K02A 2AAMA 1BEUA 2HS6A 2DZWA 2J27A 3NO5A 3R8RA 2A7NA 3HGRA 1XKYA 2BXVA 1YDOA 1DOSA 3S8HA 3HGJA 3W2JA 3W7NA 3PUDA 3V1PA 2ZTJA 3TH6A 3N2XA 2QJGA 1DORA 3NQFA 1O94A 1G4PA 4WZHA 1FCUA 2BTMA 3CHVA 2FIQA 3TU9A 3LXCA 3LV5A 3NQAA 2PCQA 3W72A 5ABTA 1YDVA 2DZVA 1FXPA 1QWGA 4JTLA 3IGSA 4UMBA 3GR7A 3KVMA 1KFCA 4NJHA 5TIMA 1KLYA 3EXSA 4GUFA 2QAPA 3I7RA 3HBLA 1W5QA 3NEVA 4YLWA 4AHPA 3GNNA 4WQ6A 1NVMA 1G4EA 1Z42A 2WSQA 3EXTA 4UIOA 4UFHA 3GAYA 4JR5A 3ZS4A 1FQ0A 1XI3A 2JGQA 2BZNA 2PC4A 1LZOA 3QMSA 4UTKA 4U28A 3IIVA 3W7JA 1MO0A 2EGZA 4C1KA 4GC4A 4K36A 4DPQA 1WOAA 1V5XA 1GVFA 1PCKA 3TX9A 4MZYA 2Z0IA 4FX6M 1FWRA 1RZMA 5CZJA 5FEWA 5U7SA 1ME7A 1LBLA 4UXDA 4I7VA 2QJIA 2YDAA 5IBXC 3G18A 4S1FA 1T0OA 3U8GA 4JDBA 4O14A 4E38A 1OFQA 1YXYA 5FEXA 3C61A 3TCEA 2NUYA 1N55A 1TPC1 3FJLA 3TAKA 1OABA 1LOQA 3W83A 1PVNA 3QW4B 5AHFA 1SZFA 3A24A 4RV8A 4K7VA 1Q6LA 4Z1BA 3D0CA 5H91A 1WBJA 3B4UA 3B06A 5TQLA 3TKFA 1W3NA 1IF2A 2F84A 4RZ4A 2QUTA 4ADSA 3VI2A 4ALDA 4BR1A 5EY5A 3R89A 3W7IA 3LHWA 1X7FA 3TMLA 1I8JA 1LOSA 3LGEA 1TREA 4BK9A 4O53A 3W1UA 5BNKA 3BLFA 2Q3RA 4CQ9A 3M43A 4N9BA 2A6LA 4HHPA 1G4TA 2YCEA 5KMYA 5KZMA 3BK0A 2Z6JA 4NZJA 1P4CA 4A22A 3I6RA 1EWDA 3FKRA 4UUIA 1A53A 3GDLA 4Z0JA 1GEQA 1JR1A 4PODA 4JY8A 1P0KA 4JYDA 1UCWA 2WOQA 1ZY9A 5I3HA 5J5DA 5FF7A 1KM1A 1OX6A 3BO9A 2J24A 4DF2A 4YCPA 1C8VA 3NG3A 3QMRA 3W74A 1BKSA 3TAOA 3WJWA 2Y89A 3QM3A 5K3VA 3PF3A 4JYEA 1KFBA 1F6PA 2V81A 3LTYA 4A2SA 1RPXA 1FCVA 2E6YA 1PHQA 5LKYA 2W0UA 3ATZA 2ATSA 1OHLA 4O52A 3EKZA 5D05A 4QSHA 1S5TA 4FNSA 2I9EA 3DAQA 4MUZA 4NNBA 3G0UA 4PH6A 3EWXA 4L4MA 3PM6A 3R5EA 3DFTA 5CPOA 4NJKA 1WX0A 4JTGA 1LYXA 4NT0A 3L0KA 2V2DA 3N19B 1VZWA 3O1NA 1PS9A 3NZRA 4AAJA 2EHHA 4S2CA 5F1UA 4K7YA 4HNTA 2YYTA 4E2DA 3LXAA 2NX9A 2Y85A 2Y70A 3LV6A 3HGSA 3L66A 1XBXA 1I2NA 3ABSA 5AHIA 3STGA 3A21A 3BARA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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