3NQD | Genus

Total Genus 85

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	219
structure length	219
Chain Sequence	VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAITVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__912563270744683__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__912563270744683__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3NQD/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__912563270744683__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"912563270744683","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3NQD/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__912563270744683__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cffb2ccbae43ffd6a4412c2/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cffb2ccbae43ffd6a4412c2/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cffb2ccbae43ffd6a4412c2/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cffb2ccbae43ffd6a4412c2/pdb.gz): 267 ms

reading 219 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

219 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:218});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title	Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	85
structure length	219
sequence length	219
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-06-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3nqdA00

1BTMA 3E9AA 3HO8A 1FX6A 4MJZA 4DF2A 3LBCA 3NEVA 3QRHA 5U7SA 5MHBA 3TC7A 2VEKA 1QPQA 4ZL1A 4HT3A 5CPOA 3BLFA 2B0MA 3DGRA 2Y70A 2V81A 1TQJA 2H90A 2ZZ1A 1H7OA 5L6UA 3F1QA 1H1YA 1RQBA 1DVJA 3STCA 4UFIA 3KVLA 1THFD 1DJNA 4RZ4A 2JKPA 1ZAIA 4NX5A 1XBVA 1KV5A 2YGYA 1AMKA 1JVNA 2F7FA 4ZQCA 4NZFA 3P8JA 3NGJA 5FEWA 5K4XA 1TV7A 4UTTA 2GQ9A 1YTKA 3W2LA 4O1CA 4AB4A 4FX6M 4RXGA 1VRDA 1XM3A 4H3DA 1SO4A 4LVAA 2Y63A 1M5WA 1TMHA 1F74A 1VQTA 2W79A 1H51A 4JXCA 1W37A 4ALDA 4NXSA 4Y96A 2AQWA 4K6AA 4O19A 1HTIA 5KMYA 4KKXA 3LLDA 1XDLA 4O14A 1TYGA 1LCOA 1MEWA 2YYTA 1KV8A 4NJIA 4QSHA 2DJLA 1Z44A 2FIQA 3PBVA 2XFWA 1ME9A 4U4MA 1WYIA 4UC5A 1NSJA 2Q3RA 2V82A 4MLJA 4MUZA 3ZR4A 3NXFA 2V30A 3N14A 4DELA 1FBAA 5CPMA 2TSYA 1FXQA 4O17A 3GDMA 1F7BA 1FDJA 2C3ZA 2WV8A 2ZYFA 1QOPA 4N02A 4CNPA 4CLMA 4OE7A 4YMZA 1JCYA 3A21A 4IWWA 5KZEA 1V7YA 4UTKA 3IGXA 3Q94A 2C18A 3VNDA 6ALDA 4DO6A 3P61A 3WJYA 5TIMA 1KM4A 1XXXA 4IPJA 1ALDA 1W5MA 1TPH1 3CT7A 2CW6A 2NUXA 4IJBA 3W7LA 3GB6A 3L68A 3QMTA 3DHDA 5BMXA 1A5CA 1F76A 3SW6A 5C6MA 1K8YA 5DELA 4JTHA 3P67A 3USBA 2OMAA 5E1QA 2XN1A 3THAA 4UXDA 1KFCA 3QMRA 1ZCOA 2WQPA 1TSIA 3NNTA 1Y0EA 1ICSA 2CWNA 5AHMA 3PULA 1YTDA 3S1UA 2J88A 5DXXA 2V5LA 3ZS4A 5IBXC 1FUYA 1ME8A 1W3NA 4O1AA 3R5EA 1KBIA 4WZHA 3QPZA 2FB2A 5LHFA 3UWZA 3W1UA 2E5BA 1AL8A 2DU2A 5LSMA 4O0ZA 5L9FA 4M6QA 4FX8A 2Y7EA 1QO5A 4MY8A 4MZYA 3EXRA 3C52A 3WK3A 3ATYA 3U6WA 1FWWA 1YTEA 3F4WA 2FLIA 2H3BA 1GYLA 4GXMA 3NO5A 2E5CA 3RLVA 3JRKA 1LROA 4NX0A 1IXPA 4LU0A 1KM3A 3GXNA 4WXZA 5LKYA 4OHQA 4JYDA 3TCEA 3HQ1A 3P84A 3L67A 3R2GA 3FOKA 3DHFA 1A5AA 3A5VA 4AHOA 5G5IA 3GDRA 5EL1A 1AW5A 1O60A 4IMGA 3NPXA 4PODA 3W7KA 1PE1A 3W71A 4JS3A 3W83A 2JKAA 4Z08A 3GR7A 2ZZ6A 1K7FA 2TPSA 5CKSA 3W70A 3F4NA 3PBUA 3HJZA 5F1VA 4E2BA 3G3DA 3T55A 4XWUA 3G0SA 3SECA 4U28A 2V5BA 5I3GA 1B3OA 1Q6QA 2BX7A 1G4SA 4XUGA 3T40A 3PB2A 5G2WA 1JUBA 3N2MA 4ADUA 4GUGA 5H91A 2G95A 4E38A 3KRZA 3LXCA 3FIGA 3W88A 3WJWA 4Z0JA 2A6NA 2VFHA 3DFNA 1TPUA 5AC6A 1L9WA 1RPXA 4UNLA 2C14A 3UPBA 4AMAA 4N9EA 1VYPX 1F2JA 3DI0A 1GVQA 3OHIA 3FEMA 4RCXA 5FEXA 3CEUA 4MLRA 5LNWA 1W56A 4UTHA 1VS1A 5TQLA 4N9CA 1RZMA 2QDGA 2X2GA 3GKFA 2WSQA 3QMSA 1SO3A 2R14A 1D3GA 2GJLA 2Y6ZA 1Z48A 3DENA 3P5YA 3PF3A 3QM3A 2E6FA 2YXGA 1O4UA 1F05A 3GNDA 4E2DA 3IIXA 3TR2A 1DHPA 3TQKA 1Z42A 2RDTA 1R30A 5D2TA 4X9SA 3W7RA 4LTSA 5A8GA 3EX2A 1EPXA 4JYEA 5D2VA 3LHVA 3OG3A 5TBOA 4MZ1A 4IQLA 1WBJA 4EVZA 3S5NA 3M41A 3VE9A 4N4QA 1LOQA 3FJLA 2ISVA 1OYAA 4LVBA 2ISWA 3TSDA 1JUKA 3QW4B 1B4KA 1S5WA 5AC7A 3M44A 1ZAJA 5CPLA 1SPQA 2D73A 2CFFA 1FY6A 3G24A 3W1LA 5F2IA 1LLWA 3T44A 3V1PA 4ZQOA 5C2XA 1TPDA 4JTUA 3N9RA 3SZ8A 1SFJA 2C0AA 3ABOA 3B04A 4R53A 2Y85A 3TXZA 4IPIA 3UYCA 2TMDA 4M5PA 2GVLA 3OEXA 5AHEA 1OABA 1ICQA 3DH7A 5I3HA 2GVGA 3OVRA 1SO5A 1B9BA 1O5XA 1W5NA 3BLEA 3W2KA 1JUEA 5F4SA 2ALDA 1LBFA 3Q37A 1MXSA 4LY8A 3DFTA 2NWRA 2QCHA 4IMDA 4HPJA 2CLLA 4AHQA 3Q2DA 3KFTA 3QSRA 1GVOA 3BGJA 4R34A 4AWUA 2QCFA 3LCFA 3W22A 2OJPA 2EAWA 4XBSA 4UFKA 1KLYA 1JCNA 2CLOA 3IRDA 3NOEA 1GT8A 4CQAA 4O57A 3W1MA 1TJPA 5HMSA 1OK6A 1SZGA 5KITA 4JY9A 1X8FA 1KM2A 4S2CA 2HTMA 2RFGA 5KINA 3LCWA 5AYXA 4PL2A 2JGQA 2ZCGA 2Y7DA 1Q3NA 3W7QA 3G1YA 4JX6A 1KW1A 5LGXA 1D9EA 1EX5A 3QJAA 4LV9A 4TMBA 1QOQA 2H3DA 5D03A 1OFEA 4UMBA 1I8JA 3PR2A 3LRMA 3NQAA 1ME7A 4QAIA 1TPWA 2GJNA 4HKPA 1UUMA 1VJIA 1RQHA 2TRSA 1I2NA 2ZBTA 1X7FA 3LDVA 4UMAA 3W1RA 4IMCA 1QPRA 5AFDA 2CZ5A 1YDVA 1UASA 1A5BA 2C13A 4ORIA 1W8SA 4N9DA 4ML9A 3EWUA 3W7GA 2JBMA 3EX1A 3NQVA 3KRUA 4O15A 3S1WA 5EKYA 1VR6A 4JTEA 1XBXA 3O6YX 3E02A 2YSWA 1MSSA 3LM7A 4WD0A 4KFOA 1H7RA 3SSJA 3SI9A 3EX4A 2A1YA 1LOLA 3PUEA 1G67A 3W3OA 3TFXA 1EEPA 3W7DA 3MO7A 1WA3A 4LS1A 3KRSA 1QAPA 3EX3A 3HBLA 4L4LA 2WO5A 3MP5A 3MP4A 3IEBA 3W84A 3TC6A 2PRHA 1WV2A 3L2IA 3EXTA 1K7XA 3LI0A 1AW2A 3UNDA 2GOUA 4YWIA 1N8FA 1G69A 1X6UA 1H60A 1ZNNA 4OGZA 3QPYA 3N19B 3LV5A 1J2WA 3W74A 4IGHA 5HWMA 3HGOA 4N9BA 3TW7A 3NDOA 1QPNA 3TX9A 1JQVA 5F2GA 3DBPA 4JDBA 4BFAA 6TIMA 3GIYA 3LXBA 4IXXA 3LV6A 1SQ7A 3CU2A 3FYPA 5AYZA 3EWYA 3TU9A 3WK1A 3O07A 2ZZ2A 3MHUA 3NM3A 3KOFA 2X1UA 3H55A 2YCEA 2ZTJA 3NL2A 3G1DA 5HJLA 3DFQA 2BLEA 2FPVA 5AHLA 1YXDA 3DFSA 4UTIA 3TSBA 3VCRA 3NM1A 3HPSA 5FEPA 2WNZA 2QCNA 3W1QA 1TTJA 2NUYA 4YCOA 1KTCA 3PUDA 5CZ0A 4DO5A 2VFIA 3IVUA 3WJZA 4LT9A 3QZEA 3EWWA 5DBTA 1KM0A 4OU1A 4A3UA 4JNMA 1G6CA 1WOBA 4ICNA 3SIZA 3PVFA 5D33A 3W87A 5C55A 3R13A 5G1YA 1BKSA 1W3IA 1ZALA 2A85A 3L66A 3NPUA 3IGUA 1JCXA 4XTDA 1UB3A 1G7VA 3E49A 3MI2A 3BW4A 3EEGA 1DQWA 1DJQA 5CSSA 1GVSA 4FIQA 3BW2A 2J6XA 4K7VA 4K8HA 1FDYA 3CB8A 5IBXA 1U83A 4DXVA 1WDWA 1PS9A 5A5WA 1Q45A 5HWJA 3I7QA 3BG9A 4ADSA 1PHQA 4Y8FA 5E93A 1LOSA 3OVPA 2B7OA 2VEMA 4O18A 5FI8A 1LRNA 1EP3A 3W73A 2VFFA 3N34A 2QCGA 4X22A 5HWNA 1K02A 4Y90A 4JY8A 2A5HA 2PE4A 2ZQ0A 1XCFA 1R2RA 2QJHA 2GPTA 5K2ZA 3UY7A 3NQGA 4POCA 3MYOA 3TJXA 4YXGA 2AGKA 3IIVA 4LVGA 1KBJA 2YW3A 4GUJA 1B57A 2F84A 4KWWA 2ZZ7A 4DQWA 1TV8A 4NNCA 1FCVA 1GPWA 1NF0A 1Q6RA 1EWEA 5FF7A 1IIGA 5I3KA 2E6DA 3N2XA 1UUOA 4RKAA 5AB3A 4O1DA 4Q32A 1YADA 4FNTA 1E51A 2IQTA 3B4UA 2CLEA 1KLZA 2QEZA 4QIUA 4MJMA 4K37A 4XQ6A 3L0GA 1Z41A 1PIIA 1WAUA 3CWOX 4CNOA 5BW6A 3UWYA 5AN7A 2A0NA 1TO3A 3NL5A 4UR7A 2GQAA 1HO4A 2VFDA 5AHNA 3S5YA 1GJPA 4HIBA 3LCLA 4TU1A 5EYWA 1TJRA 3L5MA 4UIOA 3GDKA 3LHTA 1I45A 3T7VA 3CHVA 2W0UA 4PL1A 5LNUA 3ABQA 3W1AA 3KXQA 2EKCA 3C3NA 3B06A 1I2RA 3M5XA 2C6QA 3O05A 5EA9A 1ADOA 2WNQA 3W7MA 2OT0A 1LTDA 3CPRA 1KTBA 1YDOA 1OG0A 4ZQRA 4K38A 4PC8A 1FCBA 1S5VA 3BLIA 3HG2A 3L65A 1PL9A 1HUVA 2JGYA 4OQVA 2QUTA 1FWTA 4A29A 1TTQA 2JKEA 4JTIA 1G4PA 1GOXA 1TPFA 4JYFA 3AO0A 1XL9A 4BR1A 3C2EA 4PTNA 1UJPA 3TQVA 1M6JA 1OX5A 3NPWA 5BRBA 2QCEA 5D2YA 1PCKA 1Q6OA 3GXTA 3R12A 2NWSA 4H6KA 4P61A 5K7JA 1GVRA 1IXNA 1OX4A 3MMTA 4GNJA 3MI6A 2J9YA 1KFJA 5D2WA 3G3MA 5KZDA 1DV7A 1KTNA 1I4NA 2V2CA 4GJ1A 3B03A 5EPDA 3GAYA 3DFOA 4NNAA 1SFLA 1OK4A 5HQEA 5EY5A 4N6EA 4TX9A 2Q8LA 5HINA 5DN1A 2QAFA 3TQ0A 3SJ3A 3C2OA 1W3TA 4L4MA 3L9CA 3QSTA 3M1ZA 1OFDA 2GQ8A 4DO4A 3W75A 3SY5A 1L6YA 1P1XA 1G7UA 2I1OA 4LRTA 3TAKA 3GNNA 3MW7A 4WXYA 1PHWA 1W31A 1ML1A 5DCDA 5G4WA 4RX0A 3TH6A 3P62A 1A5SA 1ZAHA 3LCXA 1LP6A 1WOAA 2Z6JA 2NXHA 4RXFA 3LRLA 4UTTC 2JK2A 4MOZA 1XBZA 1H62A 1OX6A 5K4ZA 3THQA 3G1FA 1DQXA 1O5KA 3BVJA 1TPVA 1UBSA 4UCGA 3B0PA 3LLFA 4CCEA 4RJEA 2NLIA 4IOTA 5I3JA 1P0KA 2RKXA 5IM51 2HMCA 5J5RA 2CLKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2BOF X;  4HZ8 A;  2I16 A;  2V3F A;  4RR4 A;  1NAL 1;  4AF0 B;  5FF3 A;  3CTL A;  5ABH A;  4M80 A;  2VP8 A;  4JKM A;  3A4X A;  3QOK A;  3TW6 A;  3FGC A;  4ZGY A;  4CCZ A;  2Y89 A;  1WKD A;  3ORW A;  4EPE C;  1UCW A;  1JYW A;  1SW3 A;  2VCA A;  3NSM A;  2HNE A;  1K6A A;  3BPW A;  2D0F A;  2WK2 A;  4TVD A;  1GKR A;  1YPF A;  1MRQ A;  4A35 A;  1KQY A;  1IXO A;  4J3Z A;  4WJE A;  3CUZ A;  4QM1 A;  3VIM A;  2WHL A;  1UJQ A;  3CT2 A;  4QJ4 B;  4B9Z A;  4HZ7 A;  2ZAD A;  3LER A;  3S42 A;  1CZ1 A;  3WY1 A;  4HA0 A;  4GGB A;  4Q4S A;  1XP3 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3NQDA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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