3NQF | Genus

Total Genus 85

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	219
structure length	219
Chain Sequence	VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLSTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__988532846877013__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__988532846877013__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3NQF/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__988532846877013__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"988532846877013","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3NQF/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__988532846877013__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cffb294a42de1b05d61f5e7/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cffb294a42de1b05d61f5e7/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title	Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	85
structure length	219
sequence length	219
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-06-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3nqfA00

3KFTA 4NNCA 4ZQOA 5D30A 2WNQA 4K7YA 4XKYB 3IEBA 5FF3A 3NM1A 4ORIA 3V1PA 4K38A 1UCWA 2PC4A 4JNMA 2QR6A 4QSHA 4Z1DA 3GX9A 3TSBA 1WBJA 5DXYA 5HWJA 2YZRA 3DHDA 4O19A 1VLWA 3TFCA 3OVQA 4CNPA 4TMCA 3CM4A 1EP1A 1K02A 1EWEA 1D3GA 4KFPA 4PC8A 2VEMA 3LBMA 4NU7A 5DCDA 2EF9A 3OEXA 3MI2A 6ALDA 1I2NA 3G8EA 3LXBA 2E6AA 2QCFA 4GNJA 3IVTA 3C0JA 3B0PA 2YDAA 3HB9A 1W37A 4A2RA 4N9BA 2ZA1A 3W23A 4IMFA 3ZWSA 1G4SA 3LBCA 1VHNA 5DY2A 1W5PA 3W83A 3E0IA 2WPBA 5D03A 3TROA 2PE4A 3W2JA 3PF3A 3SGZA 4WQ6A 5FF4A 4HIBA 3LDVA 2ALDA 1EX5A 2Z6JA 1TV7A 1WOAA 3GDRA 2X2GA 1YADA 4K39A 3T7VA 2BXVA 5LGZA 4I7WA 1ZAHA 1JUKA 3PG9A 5LHEA 4JTIA 1FBAA 3GIYA 3THQA 5BW6A 1TTIA 3G18A 1EWDA 1YDOA 3EXTA 3S5NA 3W2UA 3WK0A 2PURA 3A5FA 1TIMA 3K30A 1K8XA 2ZZ3A 4LS0A 4NJKA 5KITA 3IRDA 2BWGA 3GAKA 1NEYA 1GZGA 3BLIA 2WNNA 2OJPA 2A4AA 2Y62A 3W7EA 2NX1A 4TIMA 2E77A 2QAFA 3FKKA 1UJPA 3FJLA 2ZRVA 4NJGA 1OX4B 2A85A 4FIRA 4Z1AA 5H2ZA 2FFCA 1NVMA 2JGYA 3TDFA 4DBDA 5AOUA 4FX8A 1VPXA 1L6WA 4U4MA 4MFEA 1OYCA 2VC6A 5I3HA 4E2DA 4Q32A 1WOBA 3IIOA 2KZHA 2V9DA 3G1SA 3HGSA 4O16A 3EXSA 4TX9A 3NQAA 3PVFA 4AHOA 2VXNA 1MZHA 3IV3A 3MP3A 1QFEA 1B4KA 3HG4A 1ALDA 1AG1O 2QKFA 3CC1A 3OVPA 1G6CA 3NYZA 1Z48A 1YPFA 4O52A 4LW7A 5AHNA 3CU2A 3TQVA 1W5OA 1W3NA 4JY8A 2B7QA 2ZA3A 3N9RA 3SJ3A 1YTKA 5E1QA 3ABQA 1TREA 3CIWA 4GUGA 4XBKA 5KINA 4PODA 3BO9A 4PL2A 4QQ3A 5HR6A 3P67A 1GG0A 1ZCOA 4HPJA 4N02A 1P1XA 1JJKA 1VYSX 2Y85A 4MOZA 4DO4A 3NGJA 2CZ5A 4IPJA 1H50A 1SO6A 2J24A 1VYRA 2C6QA 3LXAA 1V5XA 2GUUA 3LCIA 2WNZA 3W73A 2ZZ5A 4DF0A 3T55A 1TPVA 3EXRA 2VFHA 4BI5A 5I3IA 3S9YA 3NDOA 2QF7A 4BF9A 1SW3A 2G95A 4MFDA 2A7NA 3GDTA 1P0NA 1K7FA 1L6YA 1LCOA 2OZ0A 1QCWA 3ZS4A 5CG7A 3IVSA 2C14A 3BGGA 2A0NA 4NVTA 1P5BA 1VLIA 5EL1A 1MEHA 2DORA 3WJSA 2UV8G 4JYFA 3A21A 3UXDA 3ATYA 5A8GA 3KOFA 2NV2A 5AHEA 2QCNA 1CX9A 3QSTA 5C54A 1IXNA 1WA3A 2V0TA 2V8ZA 1YTEA 4E2BA 4ZQRA 1I2QA 2QAPA 4ONVA 3CEPA 3RNDA 4FO4A 3DI1A 2WO5A 3TAKA 1W54A 1VQTA 1U5JA 3NXFA 3L21A 1KLZA 1RQBA 3C61A 4RK8A 3PUDA 1A5BA 3C2EA 4IMCA 4RZ5A 4BWLC 3HBLA 5HR7A 3LCLA 4BI7A 2FTPA 5FI8A 3A23A 2QCGA 5T26A 1GYLA 2PCQA 1LBFA 3S8HA 1M7OA 1SR9A 4XZ9A 1W3TA 2E68A 4KWVA 3V75A 5G1YA 1EA0A 3LLDA 5CZSA 4CNOA 2ZRYA 4NX5A 3PB0A 3LERA 5ABTA 4LC6A 1G4TA 4JDBA 3RK8A 4LRSA 3CLMA 1GJPA 2PRHA 3W7CA 1TQJA 3G3MA 3JS3A 2ZQ0A 2V82A 5G2IA 1X7FA 1MO0A 2ZCGA 4M5PA 4WY0A 4UTJA 4DO5A 1WQ5A 4DXVA 4LV9A 2FDSA 1A50A 3WJZA 1I2RA 3MI6A 3O63A 4GBUA 3UNDA 1M6JA 3DBPA 1J5TA 5F4SA 2AGKA 4Y6GA 5H91A 3W7OA 1XL9A 4M6QA 2HS8A 2LLEA 4RX0A 5CZ0A 1QOQA 5AC7A 4AWUA 1ZAJA 4IXXA 5CKSA 3TIMA 1LBMA 2A7RA 3N14A 3PULA 2NUYA 3P5YA 3EWWA 3GLCA 5D2WA 1EUNA 4MZYA 3BG3A 4KFNA 4DF2A 5CSSA 2WSRA 4D2JA 5HMSA 3VKJA 3DENA 5FEZA 2EGZA 3HPZA 5HUOA 1VC4A 4KWWA 3W2NA 1XI3A 3QPYA 1L2UA 2CU0A 4ZMGA 4GWEA 3NQDA 3U2OA 4BK9A 1W5MA 3ABSA 4IXHA 5U4NA 3W9ZA 3S6DA 3HMJG 1S5WA 4UTMA 3QW3A 4WOZA 1F76A 1YYAA 4LRTA 4JS3A 4FNSA 1TCDA 2GQ8A 2Y7GA 3QM3A 4FF7A 2TSYA 1FCBA 2Z2UA 2Y7EA 1TQXA 4O17A 4P61A 1S5VA 1DQXA 4YWIA 5K9XA 4OBTA 2Z6IA 4UMCA 3BPWA 2IQTA 3LCFA 4LWWA 1JCJA 3LX9A 2Y88A 2AQWA 2FLIA 3DGRA 1WX0A 2Y7DA 1PCWA 3B04A 3ABOA 4K36A 1YXDA 2GOUA 1YXYA 3PUOA 4XBSA 3G1AA 1XBXA 4MZ8A 3PWAA 3O15A 5EPDA 3I65A 3M5ZA 5CZTA 3SW6A 3F4NA 3NQ8A 1PV8A 2QUUA 3F03K 2XN1A 1GOXA 3NAVA 2TPSA 5KZEA 3MHUA 4JX4A 1JRCA 4EOUA 3SFKA 5J5RA 3LRKA 4LTSA 3W1TA 3GDKA 2X1TA 3SIZA 5DBUA 5FEPA 3TCEA 2ZA2A 4N9EA 2O7SA 3TH6A 1ME9A 3LHVA 5BMXA 2J88A 4N4QA 3NZ1A 4HHPA 1FWTA 5CGQA 3NOEA 3HJZA 1DJNA 1TTPA 3L66A 1AMKA 4UTTA 3H54A 3PBUA 3TR2A 1XXXA 1IF2A 2V2CA 3QYQA 2CLHA 3O6CA 3VI2A 4NX0A 4H3DA 3R12A 1IIHA 2YFNA 5FEXA 4RR4A 5AYXA 3P60A 3DHFA 4WOQA 1GVFA 3TMLA 3IIVA 4MY9A 1K03A 2GQ9A 1L6SA 1H1YA 3O1NA 1LM1A 3QC3A 3N3MA 4Z08A 2BSLA 2C15A 3M44A 2Q8ZA 4Y90A 1VZWA 3RMJA 4IJBA 2OX1A 4LVBA 5AHLA 3LM7A 3OA3A 4O1AA 3W7PA 3FEMA 4FIQA 4UR8A 2J9ZA 5IBXA 4O53A 3ZFHA 2GVGA 5D2YA 4JY9A 3LHTA 4UTWC 5AC8A 3PG8A 4JTUA 5LNRA 3W7KA 2OT1A 1FY6A 2NZLA 1SU5A 3W71A 1C29A 4PL1A 1H60A 4QITA 3S1VA 2H90A 3M7WA 3W7RA 2QJGA 4K8EA 3NL5A 4M6PA 5D2TA 1IXOA 1QMLA 4IMDA 4CQAA 1OX5A 3GXNA 3I6RA 5CZJA 4HNTA 4GC4A 1QPNA 3BLEA 3QMRA 4Y9AA 1JCLA 4LVGA 3PR2A 2DU2A 1GVQA 1TO3A 4GUHA 1BWLA 2NXHA 4PCFA 5U7SA 2OMAA 1WBHA 2ZYFA 3NQCA 5AN7A 5AHMA 2CWNA 1TPH1 4JGDA 2BZNA 3QMSA 3USBA 1KFCA 4UFKA 5FEWA 1J4EA 1P0KA 4N9CA 2QCMA 5EMUA 2RH9A 4IMEA 3A22A 1G4PA 2Y70A 3C2RA 1VRDA 5D37A 4UCGA 1XUZA 4GUIA 3NQEA 3WK2A 3TQ0A 2C3ZA 3LTPA 1DJQA 4TR9A 1O94A 3E9AA 5DCEA 1EP3A 3LI0A 2CLLA 4XUGA 2TMDA 3G0SA 5KMYA 3LGEA 1EPXA 1ME8A 1VCVA 1RZMA 1DOSA 5D33A 3KX6A 3BG9A 1VCFA 1F73A 4C1KA 1LRNA 1GYNA 5K4XA 3O16A 1BKSA 3A9IA 1U83A 3GXPA 3TXZA 3VNDA 1QNVA 4FXRA 1LYXA 1EEPA 2QJHA 4PA8A 3L2IA 1ZFJA 2E5DA 1TTJA 2J27A 1QO2A 1RVGA 3UWYA 3FYOA 1H51A 4QM1A 1FXQA 4QAIA 2WOQA 2B7NA 2FJKA 1IGSA 3TA6A 3NPWA 1OFOA 2D73A 3KRSA 1JCYA 3L5LA 1TJPA 2ZRWA 4ALDA 3SECA 3HF3A 3TNOA 3N2XA 2Q3OA 1UBSA 3MBDA 3C8FA 3TXVA 4M6VA 5FF7A 2XN2A 1KV8A 4JTTA 2RKXA 1X1ZA 3B05A 2DZSA 4UMBA 5HINA 3C56A 4DBEA 3HQ1A 4GFSA 1T0OA 3SY5A 4N4PA 3UWQA 3MI3A 2V30A 1O4UA 4Q33A 4MJZA 3O6DA 4FHAA 3W7GA 5L9FA 1H1ZA 4X3ZA 3TC7A 2QJIA 3G1DA 2Y61A 5G5IA 5LHFA 4WZHA 1ICQA 5TIMA 3BARA 2QUVA 1I4NA 1MEWA 3B8DA 1TMHA 3W1PA 1L9WA 3GK0A 3M16A 4WD0A 3STCA 4JICA 3QPZA 3G1FA 2CLEA 1LDCA 1LOLA 2E6YA 3GNNA 3PC0A 5HULA 2Y7FA 3H55A 3CWNA 1TPEA 1Z41A 1VCGA 3IIZA 4GRSA 3W2KA 4Q4KA 4A21A 4XTIA 3L9CA 3EWYA 2DZUA 4MZ1A 5FF2A 4IOTA 1D3HA 1LOSA 3EX2A 1AL7A 1X8FA 3VE9A 5EYWA 4AWSA 2YYTA 3DXIA 3YPIA 4E0CA 4AWTA 1B9BA 1IXQA 4YLWA 4ZQCA 1O5XA 1H7WA 4O4VA 3M9YA 3A5VA 1TPUA 1N8FA 2GJLA 3LTYA 3P8JA 4WJEA 1KTNA 2PRLA 4O0KA 2ABAA 2FB2A 1C8VA 2VFFA 3M41A 4EIVA 3S1UA 2BLEA 4ZZ9A 3TK7A 1Q6LA 1F74A 3STGA 2O7QA 2X1RA 1FQ0A 5HNRA 3PSVA 1SZEA 3LRLA 3W7MA 1RD5A 4OHQA 3G0XA 4HNUA 1TV5A 1X1OA 2Z1BA 1XBYA 2VELA 1RV8A 1G69A 3VFLA 3S5ZA 4YCPA 4JTKA 1R46A 1PL9A 1T99A 2YXGA 3O07A 3VE7A 3GYEA 1TTQA 1CW2A 3HPXA 4JYDA 5DELA 3IVUA 4UNKA 4HNNA 4YCOA 1RQHA 2HMCA 8TIMA 2E6DA 3MBFA 2YCEA 3N19B 1O95A 1ZENA 4EWND 3GVGA 3PBYA 1EIXA 4RJEA 3SGUA 3GAYA 2A6LA 1H7RA 1QR7A 4UC5A 2CZFA 1G4EA 5HUPA 1OF6A 1LRTA 4JTJA 3NQGA 1UUMA 4FXSA 5I3GA 3DFPA 3EWBX 3GR8A 2RFGA 3C3NA 1X6UA 4IWWA 1DKWA 3G22A 4ML9A 4M7SA 3W1MA 3C2VA 5DLCA 3O8AA 1VYPX 4X9SA 3UXAA 3Q37A 4BWLA 1AK5A 2J9XA 4LC8A 3FKRA 3EKZA 4Z0JA 2NV1A 3S0CA 2OT0A 1OK6A 2F7FA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3NQFA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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