3NQVA

Optimization of the in silico designed kemp eliminase ke70 by computational design and directed evolution r5 7/4a
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
249
structure length
246
Chain Sequence
LKASSLRALKLMHLATDDTDENVIALCHQAKTPVGNTDAIFIYPRFIPIARKTLKEQGTPEIRICTSTNFPHGNDDIDIALAETRAAIAYGADSVAVVFPYRALMAGNEQVGFDLVKACKEACAAANVLLAVIIETGELKDEALIRKASEISIKAGADNIVTSTPGKVAEGATPESARIMMEVIRDMGVEKTVGFIPVGGVRTAEDAQKYLAIADELFGADWADSRHYAFGASSSLLASLLKALGH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title Optimization of the in-silico-designed kemp eliminase KE70 by computational design and directed evolution
pubmed doi rcsb
molecule keywords deoxyribose phosphate aldolase
total genus 96
structure length 246
sequence length 249
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-06-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3nqvA00
3M43A 1WYIA 4MFDA 2B7PA 3BLEA 4CQ8A 4LVDA 3O6DA 3W1UA 2E6AA 1VCGA 3NPUA 4IMDA 3PUEA 1T0OA 3TFXA 3L68A 1AK5A 4QM1A 2QCDB 1KBIA 3MO7A 1W5QA 2ZA1A 1P5BA 4BFAA 3IGSA 3UWWA 3UD6A 3GXNA 3PULA 2YFNA 5D2YA 4BR1A 2YSWA 1WX0A 4S2CA 1ICPA 3NQEA 2CFFA 4JTKA 4O28A 4GBUA 2Y85A 1S3HA 1HO1A 4N9DA 3HIJA 3M7WA 4XBSA 1K02A 5TIMA 3TU9A 3Q37A 1TSIA 2QUUA 3PB0A 2XN2A 1YXCA 3EXTA 1CW2A 4FEZA 4JIQA 4XZ9A 4DO6A 3W2KA 2HSAA 2NX9A 3LB0A 3GK0A 4BWLC 1DBTA 3HGOA 4O15A 4LV4A 2OT0A 4CCCA 5G4EA 3EX3A 5KINA 2V9DA 3OVQA 2FPVA 1OF8A 3NZ1A 4ADUA 4FO4A 4LU0A 2QAPA 3KRUA 4XKYB 1LBMA 3HOJA 4IPJA 2WSQA 5F2LA 1N55A 6TIMA 2Y88A 3LI0A 4Q4KA 4YXGA 3LHTA 1KLYA 2WOQA 3LRMA 3DFTA 4Y96A 3PWAA 4JR5A 1QPQA 1P0NA 3BO9A 3EWXA 4HPXA 5DY2A 2A7RA 2ZYFA 4PFMA 4HNTA 2GUUA 1QOPA 3C4UA 5F2MA 4DPPA 1O5KA 3CB8A 3IIPA 1ZALA 1BKSA 5AOUA 3TC7A 4DEFA 1YADA 2TRSA 1GYLA 4ORMA 4UTMA 4RZ4A 1DV7A 3R5EA 1ZAHA 1MEIA 4PL1A 2NUWA 4R33A 1X1ZA 3R13A 4O53A 3TFCA 3FA5A 2X1SA 2PC4A 3TA6A 3TXVA 3MUXA 1B3OA 4E38A 1FWNA 5D32A 1W5NA 1JUEA 1SZEA 4XTDA 3ZS4A 3EWBX 3I7RA 4IWWA 3TXZA 3OVRA 4HNNA 1K8YA 1TTPA 3TSMA 3CU2A 3QYQA 3SZ8A 3NYZA 1VRDA 5CZSA 4JTFA 1W31A 1EUNA 5I3GA 2UV8G 4DELA 5CPNA 4ZQOA 2WNZA 3GDTA 3C2VA 2DORA 5CZ0A 4MVAA 1OX4B 4JTTA 1SR9A 3PS7A 3CC1A 3LTYA 1UASA 2G97A 4AWUA 3QPYA 4UTKA 3CEPA 1Q6LA 5G5IA 3T44A 3S1WA 1SSGA 4XUGA 3ABRA 2VFDA 4LS0A 2QJGA 2Y63A 2R94A 3EWYA 1BTMA 4GUIA 3C0JA 1UBSA 3B06A 4D2JA 2WKJA 1H1YA 1RPXA 2RDWA 3LHYA 4AF0B 2E6FA 4UTTC 2EF9A 2WSRA 5EL1A 1ZHAA 1I45A 2ZTJA 4JTJA 2YDAA 5BMXA 2QKFA 2IQTA 2X16A 3TNOA 3EX1A 2BXVA 2AAMA 3G0XA 1OX5A 4LUJA 3DH7A 4YL2A 2WSYA 4JX6A 2HS6A 3HF3A 3A5FA 4TO8A 2E6YA 3L21A 3P81A 1L2UA 3L5LA 3TE9A 1T96A 3LHUA 1SFJA 3NXFA 1XKYA 3S6DA 1G4SA 4WUIA 3I7SA 4EVZA 2W0UA 2FPYA 3DGRA 3U8GA 4DO5A 4QNEA 3UPWA 3SJ3A 4JDBA 3CWNA 4N4QA 5AFDA 2Y7GA 3A23A 5CG7A 2J9XA 3LCHA 4RLIA 3UNDA 2YCEA 4K8EA 3DFPA 1YTEA 3LXAA 1B4KA 1PE1A 2FB2A 2V0TA 2DZPA 4UFMA 3TDFA 1G67A 5K9XA 4BWLA 4KFNA 3GYEA 3PSWA 3NA8A 1O94A 1W37A 1SPQA 3GDMA 1QAPA 3NQAA 5EPDA 4MPQA 1HG3A 1MEWA 2LLEA 3QQ1A 3W7PA 4UC5A 5HNRA 5E93A 2HTMA 2PRMA 1XDMA 1TB3A 1R2TA 3FEMA 1N7KA 4AB4A 4LVBA 2CW6A 4O16A 5D03A 3G24A 4JX4A 4AHQA 2VEPA 1GTHA 1W5PA 1XUUA 3P7YA 3OEXA 1KLZA 1XXXA 1C8VA 4N4PA 4UXDA 4AAJA 3PBUA 1TPWA 4UTHA 1S5WA 4NNAA 1I2NA 3DENA 3M5VA 2Z6IA 5FEPA 1F6KA 5I3KA 2RDUA 1AG1O 4O13A 4Q32A 3BV4A 4EOUA 3TV8A 2E09A 4Z0JA 2VEKA 3B03A 1JCXA 1XI3A 4FNSA 3SW6A 2G5WA 3E9AA 1TPH1 2JGQA 5CPLA 3LBCA 3I65A 3KHJA 3C6CA 2CZEA 4DF2A 1LRQA 1TV5A 2ATMA 4WXYA 2JKPA 2AGKA 5H91A 3T55A 3LV6A 1HL2A 1J5TA 1L6WA 2JBMA 2QUVA 5LNSA 3WK1A 4BK9A 1OFQA 3OVPA 3GDKA 2A21A 2VFHA 4M6VA 3I68A 1ZY9A 2Y7DA 4YLWA 4ADTA 4GRSA 2V5LA 4UTWC 5ABTA 3HBLA 4UFLA 2XFWA 2ZRUA 3RF9A 3DKJA 5LHFA 4TU1A 4M6PA 3UWZA 3S8HA 3S1XA 5CPMA 4QNWA 3B0VC 4JTHA 5G1TA 4MJMA 2F84A 1TPB1 1NF0A 2B0MA 3V1PA 4UTIA 5FEXA 1OHLA 5SWUA 4QIUA 2VOMA 3PR2A 2A2IA 1LOSA 2BSLA 3W9ZA 3EX4A 2W79A 3UYCA 4U4MA 2V81A 3E0IA 3JR2A 3DFOA 1TRIA 1JCYA 1I8JA 1KFEA 3HG5A 4JIPA 3GNDA 3ZR4A 1HO4A 2ABAA 2A1YA 1YXYA 1LLWA 2NV1A 4FNPA 2ZRYA 1DJQA 2FFCA 3L5AA 4A22A 3BW4A 3TK7A 4X9SA 1H60A 1FY6A 4NU7A 4GC4A 5I3JA 4UTTA 4AVFA 2GJLA 2GPTA 5AYZA 3SGZA 3PAJA 2QCGA 3W7RA 3G1VA 1GTEA 4M5PA 4MY1A 1O95A 4O4VA 1KW1A 4DXVA 4JNMA 3NQFA 2JGYA 4MLRA 3TAKA 5K9CA 3HPSA 2JK2A 4RX0A 3EKLA 4O50A 4FHAA 4JN6A 3C2RA 2A0NA 4LWWA 4YCPA 4FXSA 3WJXA 4ZQCA 3FS2A 3L9CA 3THAA 1ADOA 3TH6A 3CHVA 1H7PA 4ZZ9A 2JKAA 3DU0A 1OFBA 1F6PA 5AHIA 3W88A 3W70A 3O06A 4MY8A 1OYBA 2J27A 4MKNA 5DXYA 1SSDA 3INPA 5HR6A 4MYXA 4NXSA 4Z1BA 2HS8A 2CLLA 1H7NA 4W9TA 5AC7A 2XN0A 3IVTA 4NJGA 3KOFA 3UQNA 5HINA 5DCEA 4ALDA 3GAYA 4LT9A 2ZZ4A 1O60A 1W3TA 5FI8A 4WX2A 4FX6M 2YW4A 3LGEA 4O17A 3MP3A 4TIMA 4GUGA 4LY8A 2B7QA 1TPDA 3G1XA 2J9ZA 4IQLA 3MP5A 1A5SA 4C1LA 1V7YA 3NQGA 5K7JA 4Z08A 5EYWA 2AQWA 1SZGA 2DJLA 3W85A 1OFRA 1I2OA 3W1XA 3Q2DA 3M5XA 3NQCA 1QMLA 1THFD 5D2VA 3UXAA 5LNWA 3HMJG 1JCLA 1LBLA 4AWTA 1SUXA 5EA9A 5D37A 3HGRA 1SO3A 1OX6A 1LOQA 4PODA 1ZFJA 1IIHA 4HSNA 4K7YA 4MY9A 3U6WA 4R53A 4K37A 4K7VA 1OK6A 2ZZ5A 3N19B 4AWSA 4LNYA 4CNPA 4OT7A 3YPIA 4XQ6A 3W7JA 1LROA 2F7FA 2G96A 3S5ZA 3LTSA 4O0KA 1H51A 3S1UA 3T7VA 3W86A 1K03A 1KTBA 3HPXA 1LZOA 4UFHA 5HJLA 4IOTA 3W73A 5LNVA 1QFEA 3FLUA 1TPFA 2ZFAA 3DHFA 2QCEA 3CQ0A 1VYPX 2WO5A 1EA0A 3E12A 2Y7FA 3EWUA 4MYAA 2D73A 2VKZG 1QO5A 3QM3A 3O8AA 3L67A 4J9JA 3MI3A 3RK8A 3SGUA 1NVMA 1NFBA 3KVKA 4UTWA 1EB3A 1YPFA 3LXCA 1DQXA 1G7VA 4O52A 4Z1CA 3KFTA 2EKCA 4TMBA 3CIXA 1FXQA 2QCNA 1JCJA 4MIMA 3FYPA 4QQ3A 5AYXA 2E5DA 2FTPA 2O7SA 3VFLA 3NNTA 1PIIA 5DBUA 1Q6RA 1DKWA 2WPBA 3ATYA 1BEUA 1NAL1 3GB6A 1H7RA 4CCEA 5T26A 3A24A 3N9SA 1QO2A 5E0KA 5MHBA 3P82A 1VPXA 3C2EA 2NZLA 3O16A 4KKXA 5DELA 2QCHA 1HTIA 4EF9A 3O07A 3E02A 2RH9A 3QH2A 7TIMA 4JY8A 2E77A 1RQEA 3G3MA 4MUZA 1UCWA 2RFGA 3P5ZA 1JQVA 4OU1A 3BGGA 4MZ8A 2A6LA 3TKFA 5BOOA 1FCVA 3F03K 2VFEA 2H8ZA 3AJXA 3DFSA 1MXSA 4CNOA 5LHEA 3M9YA 1S5VA 3PBWA 2PRHA 3PF3A 2R91A 3NPVA 3WJSA 2QCDA 1NEYA 3NQVA 5J5DA 2KZHA 5D2XA 3VE9A 3TW6A 1FQ0A 3QZEA 3DZ1A 1XBYA 1F2JA 4AHOA 5J5RA 4LVGA 3UWUA 5K2ZA 2Q3OA 1FXPA 3DHDA 3GXTA 2TSYA 4JTGA 4NJIA 1AMKA 3R89A 3WJZA 1X8FA 5CZTA 2OZ0A 1OVDA 3G8RA 3W2LA 1X6UA 3NDOA 3W3OA 1XM3A 3B0UX 1F76A 2YW3A 4ONVA 1QR7A 3STFA 5A5WA 2I14A 1F5ZA 4IMGA 3D0CA 1G4TA 4Z0SA 3W1MA 2A4AA 1TMHA 3IGUA 3NGJA 1Z41A 5K9DA 3LCIA 1LM1A 1VYSX 2A6NA 3LRKA 3PM6A 5BRBA 3IIVA 1O5XA 1U5JA 3QW4B 3HGJA 1P1XA 4HN4A 5AN7A 4FIQA 1H5YA 4O11A 4XKYA 4JYEA 3DKLA 1KM0A 1IGSA 3KX6A 3QF0A 5KZMA 2QJIA 2VELA 2NV2A 1EWEA 3OHIA 2Y61A 1IXPA 1O4UA 5KTLA 3HG2A 3GDLA 4ZQPA 1TV7A 1Z44A 3O05A 1CX9A 1H63A 1U83A 3QFEA 1FCQA 5EKYA 1SO5A 5C6MA 5DBTA 4QAIA 1SO4A 2R14A 3W7GA 5EBUA 3BGJA 1KA9F 4GFSA 1SW0A 2A7NA 4OGZA 3A9IA 1MEHA 3CTLA 3I7QA 3NL3A 3LCFA 3TMQA 3W83A 2J9YA 2QF7A 3H55A 1H7OA 3TJXA 1JR1A 3N2MA 1JQXA 3W7OA 1D9EA 3PG9A 1ZENA 3FIGA 3KAOA 1OJXA 4Y8FA 1P0KA 4POCA 1FDJA 5BW6A 2A5HA 1VGAA 1IF2A 3P8IA 4O8RA 1ALDA 3W2MA 2I9EA 3LI1A 1DJNA 2CZFA 4A3UA 3M44A 2CLMA 3LCLA 3W2NA 2ZZ3A 2YYUA 1UUMA 2EPHA 4BI5A 4MJZA 3L0KA 4IX0A 1W5MA 2FQIA 1AL8A 4ML9A 4NNCA 5D30A 1ONRA 2FJKA 3FJ6A 4N9EA 4UCGA 1DL3A 3O63A 1OFOA 3B04A 1LRTA 4UMCA 2ZZ6A 3NZRA 1KM6A 2CWNA 3UPBA 3NL5A 4GXMA 3SFKA 3UXDA 4TR9A 2P0OA 5F4SA 3W2UA 5HQEA 1OFDA 2QCCA 3GLCA 4DF1A 1OK4A 1YDOA 2J88A 1OX4A 2J24A 3Q94A 3B0PA 4DF0A 3HJZA 5LKYA 1SZNA 1RZMA 3MHGA 2Q8ZA 3ABQA 2YFOA 4IXHA 1DVJA 3LCWA 1TJRA 3BG5A 2DU2A 3EX2A 3WJYA 3TAOA 1SFLA 3IIZA 1KFJA 2X1UA 1GOXA 3NG3A 1YLVA 3FYOA 4S1FA 4AF0A 1B57A 2VFIA 1R46A 2V2HA 3DI0A 3IIXA 2FDSA 4MOZA 2H3BA 2C1HA 4E0CA 1ZAJA 4FB7A 3EXRA 1J2WA 3DBPA 1ICQA 4UNKA 3MWAA 2OMAA 3QSTA 3KRZA 4IX2A 4N6FA 1KV8A 2NXIA 1AL7A 2WNNA 1JVNA 3BARA 3EXSA 4MFEA 4JTUA 1KFCA 1L6SA 3GAKA 5F1UA 2H8XA 2E5BA 2CLIA 3M0ZA 2Y70A 4UTLA 1AW2A 4UNLA 1OG0A 4IJBA 2FIQA 3BW3A 3C56A 3CM4A 2WV8A 3NAVA 4ZQMA 4HT3A 5C54A 2C14A 3EKZA 3KXQA 1TO3A 3R12A 4IMFA 5AYYA 4AXKA 3GDRA 3LRLA 1TPVA 3W6YA 1SZFA 1IXNA 4L4MA 2Y6ZA 3A21A 4N9CA 1PV8A 2FLIA 4JEQA 3NPWA 3TQKA 3SI9A 1WBHA 3PB2A 5HUPA 4JICA 3KVJA 4UFIA 3W07A 2JKEA 2ZTKA 1G4EA 3W84A 3ANYA 4TMCA 4AH7A 4UFKA 2YX0A 3C8FA 2EAWA 1KFBA 5HWJA 2NWRA 1YTKA 3IVUA 3MJYA 3GZ3A 3K30A 3NO5A 4WY0B 3TR2A 3HQ1A 1YTDA 5C5YA 1IXQA 1HFBA 4O1BA 3WFAA 1CI1A 3FJLA 4OV4A 1W0MA 3NPXA 3ATZA 1W8SA 4O18A 3RFAA 1ME7A 1I2PA 5FESA 3GXPA 1IIGA 1ZAIA 5AHEA 4DPQA 1LCOA 1TQXA 5DCDA 3E49A 4RXGA 3N73A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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