3NQVA

Optimization of the in silico designed kemp eliminase ke70 by computational design and directed evolution r5 7/4a
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
249
structure length
246
Chain Sequence
LKASSLRALKLMHLATDDTDENVIALCHQAKTPVGNTDAIFIYPRFIPIARKTLKEQGTPEIRICTSTNFPHGNDDIDIALAETRAAIAYGADSVAVVFPYRALMAGNEQVGFDLVKACKEACAAANVLLAVIIETGELKDEALIRKASEISIKAGADNIVTSTPGKVAEGATPESARIMMEVIRDMGVEKTVGFIPVGGVRTAEDAQKYLAIADELFGADWADSRHYAFGASSSLLASLLKALGH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title Optimization of the in-silico-designed kemp eliminase KE70 by computational design and directed evolution
pubmed doi rcsb
molecule keywords deoxyribose phosphate aldolase
total genus 96
structure length 246
sequence length 249
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-06-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3nqvA00
5KSWA 1K7XA 1O60A 5EA9A 5F1VA 4WY0A 1OHLA 5FEWA 2YYUA 4MVAA 1O4UA 4ZQRA 1W8SA 4UTIA 4PTNA 1C29A 4E2DA 2E6FA 2FDSA 3P61A 4MLRA 4AF0B 3WJSA 1YXYA 3FS2A 5BNKA 3DKJA 2E6DA 4GUIA 3OEXA 1ICQA 3T78A 1JQVA 3DENA 4LW7A 5BRBA 3C0JA 3MHGA 2JGYA 3GLCA 4IMFA 3HO8A 2V2DA 3BGGA 1RR2A 2J88A 4C1LA 3QH2A 1LM1A 1JCJA 3FLUA 5DBTA 4CCDA 5HULA 2WSYA 3C61A 4GUHA 2VELA 1VRDA 2GQAA 3T4CA 2C15A 2FFCA 1O94A 5AHIA 1A53A 3TX9A 4XBKA 2QCCA 4M6PA 5DN1A 4RZ5A 1OABA 3C2VA 1KFLA 1ZY9A 2CLFA 3W2UA 3W1XA 1DV7A 4A29A 4JTFA 3WK2A 4YXGA 2G5WA 3SY5A 4EF8A 5D05A 4K6AA 4GWEA 5CPMA 3V1PA 4S1FA 1FWSA 3HJZA 1AK5A 3TW7A 3KVMA 5CGQA 1XUZA 2GQ9A 5DXYA 1LROA 3L5AA 1L6SA 3QSRA 3LTPA 1SZEA 4YMZA 1W31A 5I3GA 1VLWA 1LRQA 3DKLA 2OT0A 1GG0A 3EKLA 5FEZA 5FF2A 4JDYA 4DF0A 2PRLA 4JTHA 2H8ZA 4A2SA 1N55A 2QKFA 3L9CA 3CTLA 3G0UA 2X2GA 1CI1A 4N9CA 4K8HA 3HPXA 3PF3A 3MYOA 4XWUA 3USBA 2UV8G 4JTEA 2ATMA 4CNNA 1PS9A 4ZQOA 1R30A 3SJ3A 4Z1AA 4MYXA 1PVNA 3HGOA 3C6CA 3NL2A 5D04C 4JTKA 5HR7A 2ZZ6A 3U2OA 4O18A 1BKSA 3LERA 3M6YA 5CZ0A 3TR2A 3OVQA 1G6CA 4I9AA 3W7QA 2TMDA 1SO5A 3KRZA 1Q6RA 1SFLA 1S5WA 3LTSA 2QJIA 1Y0EA 4EVZA 3GDRA 2C1HA 2NWSA 3DFSA 1K3UA 4N02A 1Z42A 1SZNA 1H1YA 4TR9A 4OWGA 2AAMA 3NQDA 3W7GA 4WOQA 2BSLA 2ZRWA 4NNCA 3LCIA 1OJXA 2BZNA 3L68A 3UXDA 3MBDA 3WJZA 4AEOA 3HIJA 4IPIA 1IXQA 1KV8A 4LOCA 4NJKA 3THQA 5L9FA 3LBMA 1QO5A 2X30A 4O54A 5DCDA 2EAWA 5AC6A 4PA8A 3LHUA 2V30A 3MJYA 2H8XA 5G4WA 3W2MA 4TMCA 4JY8A 4QISA 3B4UA 1ICPA 3RFAA 3NQVA 3QW4B 3ATZA 1XBYA 3CEPA 3B0UX 3M9YA 3VE9A 4JICA 3L66A 4FXSA 3O15A 1RVGA 3LCHA 4OV4A 4TMBA 3UPWA 5CSSA 3E0IA 4A22A 2PRHA 2E68A 1WOBA 1TQXA 1J4EA 5FESA 2A6NA 3ABQA 3TUUA 2E6AA 5LHFA 1QNVA 1KM4A 5AC8A 2A0NA 3FIGA 3WFAA 4NNAA 3WJXA 4JS3A 2WJZA 1JR1A 3W1TA 1OX5A 4IQLA 3K30A 4HSOA 1K03A 4UTTC 3QJAA 4AMAA 4KFPA 3GIYA 4MZ1A 1A5SA 2CLOA 3PUEA 3TDFA 1DVJA 1L6WA 4S2BA 4A3UA 3A5FA 2JKAA 4LVDA 2A2IA 3W7CA 5CZJA 3W87A 2ZBTA 2C6QA 3Q58A 3MI2A 3LI1A 4H4IA 3WJWA 2R14A 3W74A 5F2MA 3CM4A 1B57A 1ADOA 3UYCA 3CLMA 4K36A 3LCGA 4IXXA 3FEMA 4H3DA 5FF0A 2CZ5A 3N73A 3SI9A 1XBZA 3GNNA 4WQ6A 5C54A 1G67A 1FWWA 2JGQA 4WY0B 3W1RA 5AHEA 3LHZA 2ZFAA 2XN0A 1TV5A 1P0NA 1U5JA 1FWTA 2H90A 1VS1A 3NPVA 1A5AA 1NF7A 3DXIA 3CHVA 1AL8A 4FNUA 5SWUA 2NX9A 2Y7GA 1TJRA 1Z44A 2WNZA 3PM6A 1OFRA 4GJ1A 1JUKA 3TIMA 3FYPA 5GVJA 5D2VA 5KTLA 1WA3A 2DU2A 3W7IA 3R12A 2A7PA 2X1RA 1X1ZA 4GUJA 4Q32A 3STEA 4IXHA 1VPXA 1W0MA 1EP1A 4CQ9A 3QYQA 5K9CA 4MZYA 3GDTA 3QM3A 1LLZA 3W7JA 2ZRYA 3NDOA 3ANYA 3EWZA 3TFCA 4N9DA 1SR9A 2HS8A 3P8JA 3N9SA 4NNBA 5EY5A 2WQPA 4OBTA 1FBAA 3Q2DA 1H50A 2BXVA 1KV5A 5AYXA 4O10A 4YL2A 2J24A 6TIMA 4M6QA 4K7YA 1OK4A 2Z6IA 1HG3A 2NUWA 2NWRA 4JX6A 4R7JA 1QDSA 1QAPA 3GAYA 2A4AA 4O52A 2P10A 1UJPA 1TTJA 4YLWA 3ZFHA 4JTJA 1UASA 4Q33A 3C2RA 3IIPA 3PSWA 3TSDA 2CFFA 3CB8A 4O13A 1H63A 1WBHA 4CNPA 4CQAA 3LM7A 3I65A 1TPDA 4IUOA 1FDZA 2QCNA 4DELA 1K8ZA 4EWND 4RLIA 3GXNA 4DEFA 4JX4A 3LXAA 2QCMA 3DHFA 3GR8A 3UWYA 4Z08A 3QC3A 5G5IA 1TPVA 3HQ1A 1BWKA 4IMEA 1PHQA 4JIPA 3DHDA 3CPRA 4PFMA 1YPFA 1ZALA 1F5ZA 3RMJA 1K02A 4DF2A 3I6RA 1OFDA 3TAKA 1BWLA 3LXBA 1I2RA 3HMJG 4JN6A 2B7NA 4PEKA 3W83A 5AOUA 4KWVA 3EXSA 1Q6OA 1RD5A 3TSMA 1LRTA 1UUOA 3GXTA 3W76A 3NAVA 3KAOA 4KKXA 1SUXA 3PY2A 1FWRA 2BTMA 2HTMA 1YLVA 3BV4A 1MEHA 4RV8A 5CZSA 4L4LA 2YZRA 2WV8A 4NUWA 4TU1A 5KINA 3KRSA 1KM2A 1ZCOA 3ZR4A 1M5WA 2GVLA 3IV3A 1GPWA 1LZOA 3W2KA 4XBSA 1M7OA 1W5PA 3G8EA 3NNTA 2VENA 1QPNA 1RQHA 3TV8A 3NG3A 4N6EA 1CX9A 4H6KA 3R89A 5I3JA 1PV8A 3L65A 4BFAA 2QCGA 3GKFA 4WXZA 3L0GA 5K9XA 1VR6A 4M7TA 2OJPA 1F6KA 1W3TA 1SW7A 1SW3A 5BW6A 5LNUA 3A24A 4DPQA 1W1ZA 5J5RA 3F4NA 1F7BA 5LKYA 3LLFA 1A5BA 3KOFA 3HGJA 1GOXA 1JCXA 4W9TA 2R8WA 3SFKA 4UCGA 1SU5A 3THAA 1I8JA 3TC7A 3HG4A 3STFA 4FEZA 5L6UA 2Y7FA 4LC6A 3S0CA 2NX3A 4O1CA 1ZAIA 3UPBA 4ZZ9A 4TO8A 4ZVJA 3W2LA 1KLYA 3W1MA 2GUUA 2HSAA 3JS3A 2B0MA 2J9XA 1K7FA 4O28A 3W75A 2E1DA 3DFPA 3LRMA 1OFAA 3NR0A 3EX2A 5D32A 2B7QA 2AQWA 2NV2A 2Q3RA 1I2NA 2RFGA 3LV6A 4XZ9A 3G3MA 3PBYA 5K9DA 2FPVA 4WXYA 1OFEA 3W1UA 1XL9A 2Y85A 1AW1A 3UY8A 3P74A 1N7KA 1KBJA 4O50A 3O1NA 4UFLA 1YXCA 1MEWA 4WJEA 3G1XA 3NA8A 6ALDA 1Q45A 3IEBA 1KFKA 1OVDA 2DJLA 2EGZA 3FKRA 3NGJA 5HR6A 2X1UA 2FJKA 3MI6A 4LU0A 1OFOA 8TIMA 5K7JA 1OK6A 4QAIA 3P80A 4DBDA 4N6FA 4QNWA 4Z1BA 1W5QA 3GVGA 1W3NA 2Y88A 1FCVA 4K38A 1F05A 3L5MA 3W84A 3O63A 3NL5A 5DELA 1I2PA 3P60A 3PULA 1EP2A 2QUTA 2D73A 4DO4A 3R8RA 1ZENA 2GVGA 3KVJA 1C8VA 2C19A 2QUUA 4E0CA 4UNKA 3WK1A 3NEVA 1IIHA 1OF6A 1QO2A 1WDWA 1I45A 4JTLA 1K8YA 4AHQA 3CIXA 1M7PA 3FYOA 2R94A 3TCEA 4UR7A 5E1QA 4QM1A 3GXPA 4RJEA 5HNRA 3G1FA 4Y9AA 4JTTA 1JCLA 3B0PA 1MSSA 3TQ0A 1WAUA 3W73A 4NJHA 3PB0A 3CC1A 1H5YA 3TFXA 1UBSA 3BG9A 4JTSA 1I2QA 2WSQA 3WK0A 4UTWC 3G1HA 3CIWA 5C55A 3NQCA 2ZZ4A 3IVSA 2C14A 4Z0SA 3M7WA 3LCFA 5LGZA 1YTKA 2QJHA 1T99A 1EX5A 1RPXA 2WKJA 5EKYA 4DBEA 3I68A 2ZRXA 4GBUA 1H7XA 4OT7A 1LCOA 1IXNA 2TPSA 3G1AA 2ISVA 1X1OA 1HUVA 1XCFA 1DOSA 2NZLA 4DXVA 1XI3A 1LBLA 4ZMGA 1XDLA 2CZFA 3KXQA 5H2ZA 4FNTA 4U4MA 4JIQA 2FPYA 4IMGA 2VXNA 3G22A 1G4PA 3HGRA 1RV8A 1SSDA 2RKXA 3N3MA 5K4ZA 1EB3A 1DJQA 4Y6GA 1QFEA 4UTHA 1BEUA 1W56A 4E2BA 4YWIA 2A85A 2EHHA 4RR4A 3EWYA 1H7NA 1W37A 3VCRA 4WZHA 3W6YA 2BX7A 2NXHA 5TQLA 2YW4A 2OZ0A 5EL1A 3MUXA 2FQIA 3TW6A 4GE8A 2A1YA 3H55A 4O0KA 3QQ1A 4HN4A 3M5XA 1FCUA 4O1BA 3E96A 1IGSA 3W7NA 4HPJA 3TJXA 5D2TA 3LBCA 1TMHA 5HMSA 2NXIA 1FDJA 4WY0F 5EMUA 1DJNA 1LP6A 3CWNA 1D9EA 3R5EA 1O5KA 3LGEA 4MFEA 3MHFA 1LOQA 3LOTA 2DP3A 4FB7A 4NXSA 2KZHA 2Q8ZA 2V0TA 4MJMA 4GFSA 4MJZA 1H7RA 1QR7A 3QSTA 3MP3A 1ONRA 4LS1A 4UTWA 1SO3A 4HSNA 3JRKA 2G97A 4MOZA 3SGZA 4XKYB 3ZWTA 2VFDA 2QCLA 1GTHA 3S1WA 5I3FA 1GYNA 5DLCA 4FIQA 2PRMA 3TQKA 5G4EA 2CLIA 1H7OA 2EF9A 3LRLA 2V5LA 5IBXA 2E6YA 4LRSA 3EX1A 1ZAHA 1TPWA 1GJPA 3OG3A 1NVMA 4UFKA 1SZGA 1U83A 3DH7A 3PB2A 4BI7A 3EX3A 2ZZ5A 3TMQA 2VEPA 3W7DA 3TSBA 3G1YA 1FX6A 1IXPA 5AFDA 3TNOA 3NPWA 2QEZA 3IGSA 1FUYA 1D3GA 2QR6A 2V2HA 5HUOA 4UR8A 4LVGA 4FIRA 2E09A 5DY2A 3I7RA 1VGAA 2B4GA 4Z0JA 3D0CA 3DI0A 1JCNA 1R47A 3KX6A 5CPNA 1CW2A 4BR1A 2GOUA 4HHPA 4ONVA 4MY8A 1ALDA 3PSVA 4A21A 3NXFA 3PG8A 1PL9A 1Q3NA 3VE7A 1EIXA 4JYDA 4RK8A 3IGUA 2Z6JA 3GDMA 4FF7A 4AH7A 2A5HA 2Q8LA 2ZZ3A 3LV5A 5AYYA 3W22A 3GDKA 3TE9A 1HO1A 1KFCA 4NZFA 4PL1A 2EKCA 1TTIA 4EF9A 5CSRA 4Z1CA 1B3OA 3M0ZA 2QUVA 1VZWA 1VQTA 3O8AA 3PAJA 1RQEA 1P0KA 2WO5A 2YXGA 3BLFA 3G0XA 4FXRA 2P1FA 5A8GA 1KM6A 1GWJA 3DI1A 1P5BA 3A5VA 1FXQA 5CPOA 2VKZG 4N4QA 4HNUA 4IX0A 5HWJA 4ALDA 1OX4A 5CPLA 4WUIA 1OFQA 4GUFA 3KVLA 4FNSA 2ZQ0A 4HPXA 4RX0A 1L9WA 2X1TA 3NL3A 4DO6A 1QOPA 3VFLA 4UFMA 2PURA 4IGHA 3MBFA 4O16A 4O57A 4ML9A 1G4EA 1Q6LA 1YDOA 3M5ZA 4K39A 2ZTJA 2EPHA 3W7HA 4AHOA 3HG3A 1SSGA 2V82A 4MZ8A 1H7PA 4AF0A 1D3HA 4UUIA 5DXXA 3EWBX 5CZTA 4ORMA 1YDVA 1DKWA 1KFEA 4U28A 4DO5A 1AW2A 3EX4A 4AB4A 1KM5A 1QCWA 3C2FA 1OX6A 2Z0IA 1JUBA 2YR1A 4WX2A 4P2VA 4JR5A 5G1YA 4ZQNA 2C16A 3F4WA 1XFBA 3FFSA 1YDNA 3B03A 2NX1A 1TSIA 2GJNA 1EUNA 4LVBA 1LLWA 3QMRA 4UTKA 3INPA 3KFTA 3EEGA 2QAFA 3LTYA 2DZSA 4K7VA 1SW0A 4AXKA 1VCVA 3M5VA 3SGUA 5EBUA 1P1XA 5DCBA 2PC4A 4UXDA 1VLIA 3GR7A 4KWWA 4LVFA 3M43A 1TV7A 2A21A 3O05A 4FX6M 2WNNA 1YPIA 1VCFA 1XKYA 3NZRA 1ML1A 1WXJA 1K7EA 2ZDRA 2GQ8A 5TIMA 3NL6A 2YW3A 4O11A 3T55A 2C18A 3L21A 3O07A 1C9DA 1DQWA 3IVTA 1SPQA 4UFHA 4JDBA 1ZAJA 3UWQA 5K3VA 2OMAA 3LXCA 3PBUA 4PH6A 1X8FA 3N34A 3P82A 3T7VA 3NQMA 3MI3A 5I3IA 3Q37A 3W07A 1L2UA 4NJIA 3UY7A 4O53A 5AHNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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