3O06A

Crystal structure of yeast pyridoxal 5-phosphate synthase snz1
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
LKGGVIMDVVTPEQAKIAEKSGACAVMALESIPADMRKSGKVCRMSDPKMIKDIMNSVSIPVMAKVRIGHFVEAQIIEALEVDYIDESEVLTPADWTHHIEKDKFKVPFVCGAKDLGEALRRINEGAAMIRTKGEAGTGDVSEAVKHIRRITEEIKACQQLKSEDDIAKVAEEMRVPVSLLKDVLEKGKLPVVNFAAGGVATPADAALLMQLGCDGVFVGSGIFKSSNPVRLATAVVEATTHFDNPSKLLEVSSDLGE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Biosynthetic protein
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Structural insights into the catalytic mechanism of the yeast pyridoxal 5-phosphate synthase Snz1
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pyridoxine biosynthesis protein SNZ1
total genus 81
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2010-07-19
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3o06A00
3NQEA 3DKLA 3WJZA 3UWUA 4K8EA 5AC6A 3CIXA 2GVGA 1Z44A 2FPVA 3S1UA 4Z1DA 3KAOA 3SI9A 4LU0A 3LHVA 1AW2A 4O50A 2QCDA 1FCBA 4QNEA 3HF3A 3GB6A 4MIMA 3LCWA 3TV8A 3USBA 1QWGA 2A5HA 3GKFA 3L66A 5DCDA 1H51A 4UIOA 3YPIA 2NXHA 3M7WA 4JDYA 4AHOA 1WYIA 3LI1A 4XBKA 1T96A 1PVNA 3LB0A 3NYZA 3NVTA 4M6VA 4Y90A 1QOQA 4NXKA 2CZFA 3QC3A 1R2RA 3MP3A 5HWJA 3LBMA 4JTLA 1KV8A 5DELA 1N55A 3SSJA 4IX2A 4BR1A 1FY6A 3C52A 1WA3A 3NL5A 5KMYA 4FHAA 5D04C 3NGJA 3I68A 1OABA 3I7RA 4YL2A 4AAJA 1F73A 5I3FA 5LSMA 4EWND 2A21A 4O1BA 4IUOA 1OFPA 2Z6IA 1RPXA 1HO1A 1DJQA 4DEFA 2PRMA 2OCZA 4A22A 2RKXA 2NX3A 1I2QA 3BVJA 4N6EA 3LX9A 5SWUA 3U2OA 1YDVA 2TRSA 2JBMA 5KZDA 4O18A 3NXFA 2ZA2A 5G2HA 2A6LA 1ZAHA 2B7PA 4K36A 1TPDA 1C29A 1O60A 1LM1A 3ATYA 2FB3A 1EUAA 4WJEA 3LRKA 2RDWA 4Q33A 4MYXA 4N9DA 2ZRWA 3W7LA 2VFFA 3P81A 3C2EA 3PC0A 5LNSA 3W7JA 1KM5A 2H90A 2Z1BA 3QYQA 4O12A 1WAUA 2H3DA 3O8AA 2TMDA 4MLRA 3L5MA 5C54A 5K4ZA 2V9DA 1MZHA 3KFTA 2V5LA 2CLFA 1B4KA 1DORA 4O52A 4UMAA 2C1HA 3ZFHA 4O4VA 3M44A 4AMAA 1AW5A 2WO5A 2V0TA 4NJJA 3B06A 4LV9A 3NM1A 4C1KA 1D9EA 3QRHA 3EWYA 3BARA 3FFSA 2FDSA 1L6YA 3C2OA 3GVGA 4MPQA 5FF4A 3W73A 3F1QA 1HO4A 1KM6A 1FQ0A 5E1QA 4MFEA 1XUUA 3NPVA 3FYOA 4GUGA 1KTBA 2RH9A 3W7IA 3TAOA 5IM51 3CU2A 4WX2A 4OE7A 2PRLA 3W74A 1VQTA 5D03A 3GXPA 1G4SA 1CX9A 1FCQA 3DH7A 1AL8A 1EPXA 4N6FA 4BI7A 4AWUA 4DBDA 4MY8A 1RV8A 1M5WA 3NQFA 1EEPA 4EOUA 5LKYA 4FNPA 4O16A 3OIXA 4MY1A 2X1TA 3KRZA 1A53A 5KINA 2LLEA 3TXVA 4IMCA 4WD0A 4QQ3A 4NZFA 1B9BA 4UUIA 5BMWA 3DAQA 3CB8A 4OWGA 2R14A 3TAKA 5CZJA 5D32A 1QCWA 4BI5A 3OHIA 1VCVA 2Q8ZA 4YCOA 5CSRA 4ZZ9A 2V5BA 4JGDA 4IGHA 4NJKA 1JCLA 3KOFA 2ZRUA 3NQ8A 5K4XA 3MO7A 3LLFA 4XZ9A 4NX0A 2VFHA 4WXZA 3E96A 4HPXA 2WSYA 1QR7A 2VFIA 4XKYA 4FXRA 5CPLA 3QFEA 2DJLA 2QDHA 4IMFA 4LWWA 5CPOA 3NQMA 4LT9A 4CCEA 4IWWA 3W1LA 3W2UA 2YZRA 3V1PA 3OA3A 4YCPA 1GPWA 1M7OA 3KHJA 1OX6A 1ZHAA 3PSVA 3ZR4A 5T26A 4EVZA 1C8VA 1X1OA 3FEMA 1W3TA 2C3ZA 3NQ7A 4QM1A 5F2LA 3W7QA 3N34A 4R34A 3A21A 3PBUA 3UNDA 3A5FA 1TYGA 3W1RA 1KFEA 1JCJA 3ZS4A 1W3IA 3I6RA 2E1DA 4Z1CA 1ALDA 1VPXA 4IXHA 3HGRA 2DZXA 4L4LA 1LOQA 1JCNA 1LOLA 2CLOA 4IPIA 3L2IA 1H7WA 1YXDA 4M19A 3W72A 2XN1A 2Y7FA 4ZQMA 4O54A 1S5VA 3O6YX 3LHZA 1WV2A 4OT7A 2A7NA 4UTKA 5BW6A 1W5PA 1F6PA 1UUOA 1IXOA 1GQNA 3TC7A 4LVBA 1H1YA 2VENA 1YTEA 2C14A 3IGSA 3M0ZA 1PV8A 3EWUA 5HWMA 2V81A 4NU7A 1G4EA 4R33A 1GVRA 2G95A 1JCMP 1SW7A 4ZQPA 5BNKA 1WBJA 2B7OA 1TTIA 3HMJG 3Q58A 3S5OA 3LHWA 1LDCA 1FWSA 5LGXA 2VXNA 4ONVA 4NNCA 3LXAA 3S1WA 1LLZA 3ZWTA 5G1TA 1FDYA 4ML9A 4DPPA 4NQ1A 2QF7A 1WQ5A 4JX5A 1XBZA 1ZCOA 4CNOA 5I3JA 3W7HA 1NFBA 3RMJA 3BG9A 5U4NA 2YR1A 1LRTA 5CSSA 1I2PA 1OFQA 4JYFA 2WPBA 1GOXA 4IJBA 4LS1A 2ZZ2A 4RR4A 4K39A 5BOOA 2OX1A 4BF9A 5MHBA 3GZ3A 4EIVA 5DXXA 3BV4A 2VEMA 3MI3A 1SZNA 3G1DA 4Z0SA 4YLWA 2ALDA 4FIRA 2A4AA 2VEKA 3W1XA 4WUIA 2ZBTA 1VC4A 4IMEA 1GEQA 3FJLA 4XQ6A 3ATZA 3LLDA 5K2ZA 3U8GA 4UXDA 4X3ZA 2CU0A 2E6AA 1ZAJA 3EX2A 5EYWA 4KFOA 3R13A 3BW4A 3C3NA 3R2GA 3JRKA 2PCQA 2CLEA 3W7DA 1S5WA 4M6QA 1IIHA 1R46A 1W56A 4BFAA 5IBXC 5HR7A 3N9RA 1G7VA 1ICPA 4WXYA 1VS1A 1W37A 5FF0A 3HB9A 5KZMA 5CPNA 4NNAA 3W70A 1F76A 2E5BA 2UV8G 3PBYA 1W8SA 1KV5A 3INPA 3EB2A 2Y62A 1TJPA 2A1YA 3M6YA 2PRHA 3W9ZA 2CLHA 4QSHA 3JR2A 2CZEA 4UR8A 5A8GA 3VNDA 3W85A 1EB3A 4JS3A 3GAYA 4UTTC 2ZCGA 3W1PA 3W2MA 1RQBA 4QIUA 1AW1A 3EWXA 4KWVA 1ME8A 3H55A 2YPIA 1JR1A 4GUFA 3W23A 3QEZA 3MUXA 4S1FA 3DFPA 1KW1A 5F4SA 1TPB1 4JTGA 3P84A 1JJKA 1GVOA 1ONRA 2Y70A 4FB7A 1X6UA 1Q6RA 5DN1A 1OJXA 3R12A 3NL3A 3LM7A 1SFJA 3RK8A 3LRMA 4LVDA 2QCHA 3OVRA 3TJXA 1F7BA 2Y7EA 3CTLA 3QPZA 3DHFA 3QSRA 3G0SA 3NQ2A 3TFXA 4Q4KA 3W1UA 1L9WA 4LV4A 4RZ5A 3ABRA 3NZ1A 3MMTA 2Y61A 3ABQA 1Z48A 3HG4A 1PE1A 3S6DA 2FB2A 2QAFA 1SZGA 2DZWA 1RVGA 1ZENA 3A23A 3BW2A 4I7WA 1K02A 4TMCA 3B0VC 6TIMA 1KA9F 3G1HA 1SFLA 1KM1A 5TIMA 4PC8A 3FOKA 7TIMA 2FTPA 3IVSA 3NL6A 1MO0A 2CZDA 5KTLA 1TPC1 4D2JA 4RK8A 3HPXA 1JRCA 3C2FA 3DFSA 4LY8A 1B57A 3PY2A 5F2GA 3NEVA 2GJLA 1W1ZA 1UASA 1LBMA 1WBHA 4HNNA 1OFRA 2JK2A 3BLIA 2C13A 1SUXA 4O1AA 1XBVA 4CCDA 2V30A 3TA6A 4O4WA 4LW7A 3KRSA 3CQ0A 1EWEA 2ZTJA 2H3BA 3B8DA 3NQCA 5D2VA 4AF0A 4MUZA 2QCLA 1PHQA 5EBUA 1RQHA 2E6YA 3MYPA 4OBTA 4ZQCA 1P1XA 3NM3A 2X1UA 3S5NA 3GYEA 4ADTA 2RFGA 2XN0A 4IMGA 3IIZA 3CPRA 3W22A 5IBXA 3R8RA 1P4CA 4UR7A 1EA0A 3L21A 1LLWA 3FKKA 3BLFA 5HUOA 1YPIA 3UD6A 4O1DA 3S5YA 2NV1A 4GFSA 2OZ0A 4GNJA 1WX0A 2ISSA 1R30A 1I45A 3LXBA 3TQKA 3LCFA 3QW3A 2Z2UA 3P74A 5FF2A 4X2RA 2JKEA 5K9XA 4PL1A 4WOZA 3LOTA 3BO9A 4WQ6A 3TDFA 1L6WA 1DKWA 1QNVA 3EWBX 1VR6A 1DOSA 3UXDA 2ZRYA 3SZ8A 4O57A 4AEOA 1KM3A 1KTNA 2CLMA 1SZEA 1YLVA 3A22A 1ML1A 4O0KA 3B0PA 3GK0A 3LCIA 3LTSA 4AHQA 3S9YA 2NWRA 3KXQA 2OT0A 1YTKA 3P82A 3EX4A 2QCFA 5AHMA 1FWWA 2WNNA 2QJGA 5D02A 2V2HA 3W2NA 2PC4A 4UMBA 1K7FA 3PUOA 3BPWA 1A5BA 5F1VA 3N2XA 4UNLA 1ME7A 4FNQA 2YW4A 2QR6A 3GDLA 4Q32A 2BZNA 3W2LA 2YSWA 4DF1A 5H2ZA 2ATMA 3OBKA 4UTWA 3P80A 4WY0F 4Y8FA 1MEWA 4RKAA 1HG3A 1GJPA 1DL3A 3EXSA 4I7UA 1VYRA 3W7OA 1NAL1 4FX7A 3BGGA 1GT8A 1KTCA 3TQ0A 1T0OA 3WK3A 4LNYA 3EEGA 2PURA 4N9CA 2WJZA 4TMBA 5HULA 3P62A 1Q45A 4X9SA 2FIQA 2C16A 1EP3A 1DJNA 2GUUA 1H63A 4JTUA 3STEA 3ABOA 5AHIA 3TSBA 3P61A 1F6KA 2Y88A 4ZVJA 4H6KA 1PCKA 1P5BA 4LVFA 1GG0A 1UUMA 3MI6A 4X22A 4JEQA 2C0AA 3NQAA 4L4MA 2Q3OA 5I3IA 1OYCA 3LV6A 2VELA 1DHPA 1KM4A 3NPUA 1V7YA 3SIZA 3EX3A 3CEUA 3HJZA 3UZJA 2AAMA 1IXQA 1Q3NA 3C8FA 2NUXA 3D0CA 3WJSA 1O95A 3LI0A 4JR5A 1S3HA 3O15A 3E9AA 1R47A 2IQTA 4CQAA 1SPQA 1J5TA 1UBSA 1W3NA 5GVJA 1EWDA 3E49A 3GDRA 3HPZA 3EX1A 3SR7A 1XKYA 1ADOA 5BRBA 1I2RA 4A2SA 5G2IA 1TPH1 1IGSA 4O17A 4GUJA 4IX0A 3R89A 3TX9A 4ADUA 3BW3A 5HNRA 3TXZA 1SW3A 2DZTA 1EX5A 1H62A 3N2MA 4MLJA 1M7PA 3RU6A 2VC6A 3BLEA 2EKCA 1A50A 5D37A 4Y96A 3QMTA 5KZEA 2DP3A 5F4WA 4AWTA 5AOUA 5DBUA 4MKNA 3GDMA 3UY8A 1TB3A 2D73A 1D3HA 2QDGA 2G96A 3N19B 1E51A 1OF6A 1OF8A 1TSIA 3C56A 3HOJA 4UTJA 1TRIA 3LDVA 4CQ9A 3TQVA 4I9AA 1YDOA 3Q2DA 4K38A 5CG7A 1A5CA 2JGQA 1QO5A 1ZFJA 5C5YA 1GWJA 3WJXA 2GVJA 4Y9AA 1W5QA 3P8JA 2DZVA 4JYEA 4H4IA 3DHDA 1X1ZA 4B5NA 5AFDA 4HPJA 2DZUA 5I3HA 3TC6A 1TQJA 1G67A 2WKJA 4Y6GA 5DCEA 3R5EA 5F2MA 5F2IA 2B7NA 4OHQA 4UC5A 3W88A 1TCDA 1K3UA 1KFLA 4DPQA 4RXGA 1OX4B 3PBWA 1PHWA 1VH7A 4E2BA 1L2UA 1YXCA 2DORA 3LV5A 3TJLA 3M41A 1VHNA 3T7VA 3MBDA 2B4GA 3LTYA 1KLZA 1FXQA 1FBAA 1KFBA 5AB3A 3NQDA 1FWRA 5ABTA 2O7SA 3NA8A 4GC4A 4MVAA 3IVUA 1BEUA 3W86A 1K8ZA 3TMQA 3LRLA 1AG1O 1JQVA 4S2BA 3B03A 3W7MA 1VLIA 4N9BA 4JICA 1KFKA 3L0GA 4MJMA 1LROA 2VEPA 3UWZA 3DFQA 1U83A 5LGZA 2VEIA 3M5YA 1DBTA 4PL2A 4ICNA 3W7EA 1WOBA 3UPWA 4XTIA 2BWGA 3MP4A 4Z1AA 1JQXA 1K7EA 4UCGA 4DQWA 3ANYA 2G97A 4O13A 4MZ8A 2FQIA 1QPOA 4OV9A 2V8ZA 3W3OA 3GDKA 3GR7A 4HT3A 2AGKA 1JUEA 4DO4A 4FNRA 3QW4B 4NVTA 2J9ZA 4WY0A 2FJKA 3ELFA 2CLLA 1N8FA 4PCFA 5L6UA 1VLWA 3VE7A 3THAA 5H91A 2I9EA 1G7UA 5FEXA 4GE8A 2WNZA 1W31A 4HNUA 4NX5A 2YCEA 4AHPA 3QF0A 8TIMA 1DVJA 3TH6A 1FDJA 3W76A 3GNDA 3DENA 5AYZA 4RLIA 3N14A 5K9CA 3W2KA 5D2TA 3NO5A 3QM3A 2ZRXA 2GVLA 4JTJA 5EA9A 1EP2A 1SSGA 3FKRA 2P1FA 3LCGA 4Z08A 4IXXA 4GBUA 1SO5A 3DZ1A 1Q6OA 1TV5A 2R91A 1NVMA 4LRTA 5DBTA 3IGUA 1GVFA 1O4UA 4TR9A 1I2OA 3E12A 4NZJA 2ZYFA 3IIPA 5I3KA 3GDTA 1FXPA 4ALDA 1HL2A 1XBXA 3GLCA 1KLYA 4O19A 5CZ0A 5AHNA 1TPEA 4U4MA 2ZTKA 3OVPA 2RDUA 4O10A 4GUHA 2C18A 4UTUA 3W1AA 4HSNA 1VHCA 3UQNA 1LP6A 4OGZA 2QAPA 1TPFA 3S1VA 1W54A 3HGSA 4FNTA 2J24A 2CZ5A 2FFCA 3STGA 1S5TA 3GR8A 2I1OA 5G5IA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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