3O07A

Crystal structure of yeast pyridoxal 5-phosphate synthase snz1 complexed with substrate g3p
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
259
structure length
259
Chain Sequence
LKGGVIMDVVTPEQAKIAEKSGACAVMALESIPADMRKSGKVCRMSDPKMIKDIMNSVSIPVMAKVRIGHFVEAQIIEALEVDYIDESEVLTPADWTHHIEKDKFKVPFVCGAKDLGEALRRINEGAAMIRTKGEAGTGDVSEAVKHIRRITEEIKACQQLKSEDDIAKVAEEMRVPVSLLKDVLEKGKLPVVNFAAGGVATPADAALLMQLGCDGVFVGSGIFKSSNPVRLATAVVEATTHFDNPSKLLEVSSDLGEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural insights into the catalytic mechanism of the yeast pyridoxal 5-phosphate synthase Snz1
pubmed doi rcsb
molecule tags Biosynthetic protein
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords Pyridoxine biosynthesis protein SNZ1
total genus 84
structure length 259
sequence length 259
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2010-07-19
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3o07A00
3GR7A 4A29A 2OT1A 2A7PA 4TR9A 1L6SA 3RLVA 1EX5A 4MJMA 1QPQA 3NZ1A 1TPB1 3W74A 3QFEA 1TTJA 1X8FA 1VLIA 3MHUA 3O05A 5DY2A 5F2LA 3H54A 3CIWA 3UYCA 3G0XA 2W0UA 3MWAA 3IIXA 1GVFA 1VS1A 3V75A 1T99A 2CZ5A 1O94A 1LOSA 3M44A 4UMAA 5DXYA 4NUWA 1RPXA 4IX0A 1F74A 2J24A 3F4WA 4BI7A 2Z2UA 3T7VA 1TPUA 4IMGA 4K38A 3SSJA 3LCHA 3G1SA 4QAIA 4N4PA 1WBHA 2WSYA 2PURA 3DU0A 2P1FA 1G6CA 1ICQA 3L5AA 5K3VA 4NXSA 4CCCA 1SW7A 2NX1A 4A3UA 1OK4A 2FIQA 1LDCA 2F84A 5E1QA 5AHFA 1HL2A 3R8RA 2ZA1A 2EGZA 3FFSA 5BOOA 3NL5A 5CPLA 1VZWA 2B7PA 3C6CA 8TIMA 3BVJA 1I4NA 3B0UX 2CZFA 2ZZ3A 3SR7A 3A9IA 3WJSA 1LRNA 4AEOA 3TV8A 2H8ZA 2AAMA 2F7FA 3NM1A 1K7EA 1KFEA 4O15A 3MP3A 2J9YA 1TV7A 1I45A 4AWSA 2QJHA 2QJIA 3DFOA 3G24A 3L21A 2H6RA 3NGJA 1TPWA 4RR4A 4LVBA 1IXNA 4TO8A 4JR5A 5HJLA 4JTJA 3BARA 4IQLA 1QAPA 3NXFA 3ATZA 3GYEA 3LCGA 4X22A 1H1ZA 3B4UA 3O1NA 1VH7A 1X7FA 1Z48A 2YCEA 5FF7A 2DZTA 3W1TA 4JYEA 4O14A 5D2YA 1PVNA 1B57A 1YADA 4PEKA 4RZ4A 4M6VA 2NUWA 1K8XA 3QMRA 4ZQOA 2C14A 1IF2A 2FJKA 3P5YA 3HPXA 3W1NA 3L2IA 1H1YA 3W84A 3P74A 4NU7A 1QO5A 5D05A 1OFQA 1GT8A 1XBYA 2GJLA 3HGOA 3B0VC 3WJWA 1EWDA 2B4GA 3BPWA 5F2MA 3O06A 3OVRA 1XFBA 3MI6A 3JS3A 1M6JA 4UC5A 2A2IA 1H63A 1QO2A 1O5KA 3G1AA 3N14A 4NJIA 4CLMA 3STEA 2W6RA 1IIHA 4DO5A 5I3HA 1H61A 3IV3A 3UY7A 3L9CA 4N2YA 4A2SA 4MUZA 2WKJA 4UFJA 1XDMA 3LHUA 3VFLA 3R89A 4JICA 4NZJA 3UD6A 3TAKA 3MI2A 4AMAA 3ZR4A 5TQLA 4GC4A 1FDYA 4G1KA 3IGSA 1YLVA 2V9DA 3GXNA 3M9YA 3DAQA 4N02A 1J5TA 1KBJA 1SSDA 4WY0A 5CZTA 2NXHA 3NO5A 1JCYA 1UBSA 1I2QA 2J9XA 5D03A 3EWYA 5AHMA 2QCDB 2WNZA 4ZQCA 3W7EA 2C6QA 4XUGA 1ZNNA 3L0GA 1F05A 1BKSA 3PSVA 3NVTA 1ZALA 2GVJA 1JVNA 1TPDA 5KZDA 1U5JA 4WOZA 5D30A 1NF7A 4FNTA 5G1TA 3EKZA 1P1XA 2ZBTA 1VR6A 1X1OA 4LVDA 5CZJA 4JX6A 4LRSA 2E09A 1ZAIA 3RU6A 4P2VA 1GZGA 1ME9A 2E77A 4UXDA 2QAPA 3S5YA 2DZXA 2CW6A 3HG5A 3UXDA 2ZZ4A 4NT0A 3UPBA 3T55A 4IMFA 1M7PA 4AHQA 4UTTC 3TSMA 4DELA 4LU0A 1G4TA 2Z0IA 3HGJA 5LSMA 3W1PA 1SFJA 3C2OA 4DQWA 4GBUA 2HS8A 1B4KA 3S1WA 4JTKA 1O95A 3AO0A 1SR9A 4QISA 2GJNA 3IEBA 3W73A 1H7RA 2C3ZA 1T8XA 1DKWA 4DPQA 1YTEA 2WSRA 4DO6A 2OT0A 3ABQA 1C8VA 4K8HA 4Y90A 3LI0A 1ICSA 2NUYA 3BW3A 2QCMA 3CM4A 3QSTA 4FNQA 1RZMA 2E1DA 2CZDA 4GUJA 3C0JA 1QNVA 1X1ZA 5AHLA 3SY5A 1NSJA 3LCFA 3P80A 1F5ZA 2HSAA 5AC8A 3FYPA 2E5CA 3MO7A 5D2WA 3HB9A 4A22A 4W9TA 4S1FA 5CPNA 4E2BA 3NDOA 3F4NA 1EB3A 1BEUA 1WV2A 2VFDA 1IXQA 3TQVA 4EOUA 2E6FA 1KM1A 2NX3A 2ZCGA 3IVTA 4OE7A 3K30A 4GUHA 4E38A 5G2WA 2I1OA 2BZNA 3FS2A 2VKZG 1W37A 5D2TA 1EIXA 3EX3A 3LM7A 3W7QA 5FEWA 2OZ0A 1VYPX 4I9AA 3M5YA 4FB7A 3NQVA 3PR2A 4UTHA 2QCFA 1Z41A 4TMBA 2CLEA 1ZCOA 4IPIA 4UFHA 5EL1A 3Q94A 5HUOA 1LROA 3W23A 2PRLA 4B5NA 2Q3OA 1D9EA 3PB2A 4MZ8A 2PE4A 3UNDA 3W1XA 1CX9A 3LDVA 5CG7A 1I2PA 3N9RA 3LV6A 5DBUA 1OF8A 4NZFA 3R5EA 1NF0A 1VCFA 4YL2A 1OYBA 4O57A 3SGZA 1DL3A 1LZOA 3SGUA 4O1BA 3N2MA 5BMWA 1TPEA 2TMDA 2LLEA 3W7JA 3FJ6A 3IRDA 3NEVA 3DFTA 1R46A 1JR1A 3GK0A 3HBLA 4N6EA 1W0MA 1K8ZA 3TUUA 1JULA 3W1LA 4MZYA 1PIIA 2I9EA 2B7OA 3R13A 4LV9A 1VHCA 3QF0A 3TROA 1RQHA 3SECA 4Z1CA 1FY6A 1OF6A 1GTHA 4NJHA 4JTLA 5FF4A 5U7SA 4IX2A 2QF7A 4WXYA 1F6PA 4QM1A 1PHQA 2WV8A 4O4WA 5D2VA 5K4ZA 3TJLA 5HR6A 4CCDA 2C13A 2V8ZA 1YYAA 3TNOA 3VNDA 1FCBA 3E12A 2YSWA 4CNOA 4AHOA 1JQXA 4EF9A 3M1ZA 3TC7A 2VEPA 4JDYA 5G4EA 4UTWC 3UWWA 1ME8A 2JKAA 3M43A 2H8XA 1MEIA 2ALDA 2H3DA 4JS3A 4NX0A 4DEFA 1AK5A 4GFSA 3ABRA 4JNMA 5CZ0A 4QIUA 3HF3A 1S5TA 3C2EA 3UWZA 1FWTA 1WAUA 3A21A 3DKJA 4DF1A 1QCWA 1TB3A 2FFCA 2KZHA 2Z6JA 3P8JA 4HIBA 1DOSA 1SW0A 4UMCA 3W7CA 6TIMA 4JIPA 3VE9A 1XXXA 3DGRA 1KFLA 4Z0SA 4UTTA 1VC4A 3T4CA 4PL1A 4N9EA 4U4MA 1P0NA 5CSRA 3NQMA 5G1YA 2JGQA 1GPWA 2YGYA 4X2RA 2UV8G 2ZFAA 5DCDA 4N9BA 4HNVA 1YXDA 1R2TA 3PBUA 2VEIA 4JX4A 4AB4A 3TMLA 3LTSA 3S8HA 4UTIA 2ZTJA 1LYXA 1PV8A 1ZJIA 1OX5A 4O1CA 1O4UA 1V7YA 1WYIA 3QM3A 2DZSA 1FCQA 1TTPA 3MMTA 5L9FA 4WZHA 4ZZ9A 4OBTA 1SZFA 4FF7A 1S3HA 2CLKA 1YTKA 2ZRXA 3MBFA 1FWNA 4MY8A 3NPWA 4JYDA 3G8EA 3W88A 1UB3A 3GNDA 2ZA3A 1DJNA 2OJPA 5HQEA 3FEMA 2ZZ7A 4FHAA 4S2CA 1GVQA 3U6WA 4YXGA 4LV4A 4HPXA 2C15A 5CPMA 3E49A 1OX4A 2IQTA 4K7VA 2V2HA 2B7NA 3PBYA 4TIMA 3LI1A 1KM4A 4J9JA 3W2UA 1VLWA 5KSWA 5FEPA 3CEUA 3KHJA 2NWRA 1IGSA 3BW4A 3ZFHA 1ZY9A 2ATSA 5D02A 2RFGA 2YZRA 1EP3A 4AHPA 3OEXA 2VFEA 2E6YA 1RR2A 1GOXA 5J5RA 3INPA 4PTNA 3LGEA 3O6DA 4K36A 4UFKA 1Q6RA 4ZQMA 5ABTA 1VCGA 3GKFA 4FNUA 3TA6A 1MSSA 3L0KA 2X16A 3O16A 4JYFA 3NR0A 2QCCA 3IIPA 1P5BA 3B0PA 2V82A 4JIQA 4FIRA 1LRQA 2R8WA 3W2KA 4O28A 1VGAA 3TE9A 3G1FA 1GEQA 1FBAA 3W71A 2BTMA 5AC7A 3RLUA 4N9CA 4ZQNA 5C6MA 3DXIA 4DXVA 7TIMA 2QR6A 4MYAA 3PVFA 2WPBA 1HTIA 4WD0A 3E9AA 4HKPA 1FDZA 3QZEA 1C9DA 2YFNA 3LLFA 5A8GA 2YYUA 1SW3A 2CLMA 3GDRA 4O4VA 3B8DA 1AW5A 3BK0A 5CPOA 4UTLA 3N3MA 1W31A 3I6RA 3UWUA 3NL2A 2QCNA 3STGA 3BLEA 3CU2A 3TXZA 3CLMA 4JGDA 1QOPA 3W70A 4LTSA 4UTWA 5EBUA 5DN1A 5K4XA 3MJYA 3P7YA 2DZPA 5DCBA 3TQ0A 4DBDA 3GX9A 1VYRA 3W83A 5HNRA 5L6UA 3M6YA 3LTPA 3LBMA 4UUIA 4P61A 2FDSA 5HUPA 4JDBA 3KXQA 3I65A 3ANYA 3BG3A 4BWLA 1H60A 5I3GA 2NXGA 4MPQA 3TK7A 2P10A 5AHIA 1XUZA 1QDSA 1F7BA 1O5XA 1UJPA 3IIZA 1N7KA 1K03A 3PULA 4FXRA 1RV8A 1JCMP 4K6AA 4ORMA 3NQDA 5U4NA 5LNUA 2EPHA 3MBDA 3ABOA 1OFPA 4XKYA 1SFLA 4R53A 1G7VA 1K02A 2Y7EA 3BGGA 1SPQA 2V81A 3CPRA 1CW2A 5LNWA 3L67A 1HO1A 3IGXA 1WX0A 3F03K 2H3BA 3FOKA 4UMBA 5I3JA 1OFRA 2B7QA 1W3NA 1WOAA 3QMTA 1FWWA 2RH9A 5LNSA 3P61A 1XC4A 1B4EA 3TMQA 2E5DA 4BF9A 5E93A 3U2OA 2Y61A 2ZRVA 5CGQA 1W3IA 3LHTA 3G1YA 1J2WA 2GPTA 1ZFJA 2TPSA 3W76A 3HQ1A 4LUJA 2JBMA 1OHLA 1L6YA 3KVKA 3JR2A 2RDTA 4I7UA 2ZQ0A 4OHQA 1KTNA 1NAL1 4MLRA 4O54A 3E0IA 3KOFA 5C54A 5AYXA 3KX6A 3OVQA 1O60A 3M16A 3LCWA 3VE7A 1DBTA 1S5VA 3TQKA 5DXXA 3BO9A 2DJLA 4QITA 3W9ZA 3EWWA 4ADUA 1TPC1 1JUEA 5G2IA 2CLIA 1KA9F 3L65A 2J88A 1D3HA 5J5DA 3NQFA 4O1AA 2RDWA 2X1RA 3IGUA 4EVZA 1I8JA 5C5YA 1SUXA 1WQ5A 4O0ZA 4Y8FA 1GYLA 1U83A 3N34A 5EYWA 1W5MA 5D2XA 1TQJA 1N55A 4Z1BA 3LTYA 1GJPA 1TJPA 1OG0A 3T44A 3G1DA 3UWVA 2J6XA 4EWND 2QUVA 1QFEA 3BG5A 2V30A 3L66A 1PL9A 5F4XA 3W7KA 1OYCA 2CZEA 2EF9A 4XBKA 4JTFA 1YDOA 1KFKA 3C56A 2G5WA 4U28A 4LVGA 5FF0A 3M0ZA 1SO4A 2GQ9A 1H7PA 4LS0A 3NA8A 5LGXA 4K37A 1SU5A 3PSWA 4AH7A 3W7OA 3LLDA 1K7XA 4JTIA 1JRCA 1FCUA 3UY8A 1TMHA 1TSIA 2ABAA 2Z1BA 4GJ1A 3EWXA 3F1QA 2VFIA 2X1UA 3G18A 3CHVA 3W7LA 4PODA 3W6YA 1JUBA 4BK9A 3QW3A 4XZ9A 2A4AA 3TU9A 5AB3A 4O12A 3VI2A 4MFDA 2VFFA 1YDVA 2HTMA 3STCA 3VCRA 1FX6A 2FQIA 3NPXA 4IJBA 1A5SA 4PH6A 4E2DA 1XBZA 3G1XA 3PBVA 4ONVA 4RZ6A 2ZZ2A 3CWOX 3FA5A 1GQNA 2ABBA 1H7NA 4KFOA 5D04C 1XCFA 1OX6A 5K2ZA 4CCEA 3LB0A 1V5XA 1TV8A 3LCLA 3GNNA 3W7GA 4NXKA 3NM3A 4MY1A 4LUIA 4CNPA 1OFBA 1DJQA 3D0CA 5EKYA 3QRHA 4IGHA 2HMCA 1TO3A 5I3FA 4Z0JA 5F1VA 3N9SA 2NV2A 4Y9AA 4IMEA 5HINA 3LOTA 1Q6OA 4LC8A 4MJZA 4O0KA 3RNDA 3EWZA 2GQ8A 1AG1O 2DZVA 1G7UA 4MYXA 5F4WA 3LRLA 1YDNA 4HNUA 1TV5A 4JTUA 1H62A 2NZLA 1GYNA 2QJGA 2ZRUA 3EXTA 3W1AA 1OJXA 4LW7A 4YLWA 4K7YA 3G3DA 4JTGA 4POCA 5D37A 1KLYA 4TX9A 4HNTA 2R91A 4FX8A 5FI8A 3EEGA 4CQ9A 1TJRA 2A21A 5AC6A 5I3IA 1BTMA 3QMSA 4MIMA 3S42A 3NQGA 2EHHA 1HO4A 2BLEA 2W79A 1R47A 3GDMA 2I14A 5E0KA 3NQ8A 3B04A 1SZNA 4LOCA 4O16A 4KKXA 1NFBA 2VFHA 4TMCA 3N19B 4NX5A 3TH6A 5HWNA 1FWSA 3KRZA 2Y85A 1YXYA 1TPVA 4WY0F 5C2XA 4DBEA 4M19A 5K9XA 5DCEA 3GVGA 3QW4B 5EA9A 3HIJA 1JUKA 3A23A 3LHVA 3LX9A 4I7VA 2R94A 3HJZA 3IIVA 1A5AA 1H7XA 3PC0A 1X6UA 5FEZA 3W2MA 2DP3A 1W5QA 3ATYA 3AJXA 4MKNA 1OVDA 2Y7DA 4UTMA 1AL7A 2NX9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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