3O07A

Crystal structure of yeast pyridoxal 5-phosphate synthase snz1 complexed with substrate g3p
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
259
structure length
259
Chain Sequence
LKGGVIMDVVTPEQAKIAEKSGACAVMALESIPADMRKSGKVCRMSDPKMIKDIMNSVSIPVMAKVRIGHFVEAQIIEALEVDYIDESEVLTPADWTHHIEKDKFKVPFVCGAKDLGEALRRINEGAAMIRTKGEAGTGDVSEAVKHIRRITEEIKACQQLKSEDDIAKVAEEMRVPVSLLKDVLEKGKLPVVNFAAGGVATPADAALLMQLGCDGVFVGSGIFKSSNPVRLATAVVEATTHFDNPSKLLEVSSDLGEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural insights into the catalytic mechanism of the yeast pyridoxal 5-phosphate synthase Snz1
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pyridoxine biosynthesis protein SNZ1
molecule tags Biosynthetic protein
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 84
structure length 259
sequence length 259
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2010-07-19
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3o07A00
2H90A 4ZVJA 3TFCA 4ZZ9A 1KM4A 1DORA 3BV4A 4ADUA 1XM3A 1T0OA 5K4XA 4NUWA 1FY6A 1GEQA 3KRUA 4PTNA 5DCBA 5LGZA 4CLMA 3NNTA 4UTWC 3BVJA 2A6NA 1QPQA 2C3ZA 1GVOA 3N2MA 4MY8A 3DKJA 3G8EA 3B05A 4LRTA 4RXFA 3W6YA 4N9EA 1CI1A 4BF9A 3NAVA 2RDWA 4I7VA 4M7SA 3L0KA 4A29A 4DPPA 3EWYA 2ZZ3A 2ZRVA 1TPVA 5F2GA 4HNNA 3SGZA 2E77A 3CB8A 3W1TA 2HS6A 4CNNA 1IF2A 3KHJA 1JCMP 4FNPA 1KLZA 1FDYA 1MZHA 1B4EA 2BZNA 3TU9A 5A8GA 2YPIA 3OVPA 3HJZA 2RFGA 2VENA 3K30A 2HTMA 4XUGA 3VNDA 1XFBA 4EF9A 2WNQA 1ICQA 2XN0A 1XBVA 4DBDA 4QQ3A 3BK0A 4UIOA 3T4CA 1ZHAA 4CQ8A 4OQVA 3N14A 3NQCA 3AJXA 4O0KA 2R14A 3C8FA 3IVUA 2ATMA 4TIMA 2YXGA 4RV8A 1K7FA 4O50A 4UFJA 3TX9A 4UTWA 1S5WA 3B0VC 4X22A 4BI7A 4AF0B 2E1DA 3W7PA 4QM1A 3DAQA 2ABBA 4UTJA 4N2YA 1KV8A 2E5CA 3DH7A 4LS2A 1KTNA 1NVMA 2QAPA 3S1VA 2X2GA 1TTJA 1ZFJA 2G97A 3EKLA 3S5YA 1PS9A 4YCPA 2V5BA 4JIPA 1H60A 3E9AA 3GKFA 3C2RA 3DFSA 3W86A 3VI2A 2RDTA 2V0TA 3NOEA 2O7QA 3FA5A 3BW4A 3THQA 3UWYA 4WUIA 3H54A 6ALDA 5FF0A 3BW3A 4QJ1A 2C19A 2JKPA 1I8JA 3P8JA 1D9EA 1KM5A 4JEQA 3PAJA 3QRHA 5AN7A 3E12A 1VRDA 4JS3A 3HGRA 3SIZA 4IXXA 4WXZA 1JRBA 4M7TA 4E38A 2I1OA 1GTHA 1GVQA 3IIZA 4X9SA 3EXSA 4FIQA 3W70A 2B7PA 4K7VA 3MW7A 3R2GA 2W6RA 4JTUA 1TV7A 1TPB1 1LCOA 3SFKA 2X1UA 1LBFA 5K4ZA 1VLWA 3TH6A 1LTDA 1FQ0A 3RMJA 3GNDA 1AG1O 1FWWA 4O11A 5HNRA 1YXCA 2VFHA 4QISA 5D2VA 1TTQA 2V9DA 3M16A 3BLEA 2V8ZA 3NGJA 3VKJA 1JQVA 2W79A 5KZEA 3QM3A 4AHQA 2G96A 1QOQA 1RZMA 2J24A 1P1XA 4NX0A 4XTDA 1OX4A 1IXPA 2E6YA 2F7FA 3H53A 3TQ0A 4MFEA 3M0ZA 3FYPA 3U6WA 4YLWA 2ZTJA 4GBUA 1AW5A 2PURA 1VYPX 1QR7A 3TJLA 2A85A 3GIYA 1Z44A 3GLCA 2CLMA 4AVFA 1ZAJA 3GYEA 3P5YA 3PUDA 3O15A 4BR1A 1XUZA 5BMXA 2AAMA 1IGSA 3MI2A 3MYOA 4MZ8A 2JGYA 4UFHA 3TJXA 1VGAA 1A5SA 4JNMA 2ZA1A 1DV7A 5DBUA 2DZPA 2QCCA 1JUKA 1X8FA 4O1BA 3QMSA 3IGSA 1C29A 3KOFA 4MUZA 3WK3A 4HNVA 4DEFA 1DJNA 3MP5A 3UZ5A 2OJPA 3CC1A 4CNPA 3DENA 4Z1CA 3W1UA 4I7WA 3QZEA 5BW6A 1K8ZA 5D02A 5LHEA 4P2VA 2Y7FA 3MBDA 5D32A 3CQ0A 1KBIA 1OX5A 1G7VA 4M6PA 4C1LA 3U8GA 3KVKA 5HWMA 1IIHA 1ME7A 8TIMA 1ZY9A 4LV9A 4S2BA 3W22A 4UNKA 2C1HA 3NO5A 3VFLA 2P0OA 4RLIA 3GDTA 1H7PA 4TX9A 5LHFA 1F5ZA 1TB3A 3QC3A 1JQXA 1FDJA 4UMAA 3C52A 1ALDA 2A1YA 1EP2A 1OFOA 1KV5A 1ONRA 3TNOA 2ZA2A 4JDYA 3HG4A 1EPXA 2C6QA 4S2CA 3P82A 4QNWA 5AHLA 1ME9A 3IGUA 4K7YA 5EPDA 2XN2A 3QJAA 5D2WA 4OBTA 2OMAA 4IPJA 1LYXA 2O7SA 3S1XA 2Y88A 3TA6A 4PL1A 3LCLA 4AB4A 1EP3A 5KZDA 3UXAA 4E2BA 1G67A 3NPUA 1JRCA 4A2RA 3TSMA 3HPZA 4Z0SA 3FIGA 3O05A 5AHFA 1G4EA 1ZNNA 3TE9A 1G4SA 4MZ1A 1K8XA 3TSBA 4HNTA 2RH9A 5FF7A 4IOTA 5I3JA 3DFPA 1E51A 3W2NA 3S5NA 3W88A 2F84A 4O53A 4LW7A 1TPUA 4LVFA 3ABOA 3NQAA 4JTIA 1SW3A 2C0AA 1U5JA 3LV6A 4U28A 3LDVA 5I3KA 1O5XA 4Z1DA 2X16A 1H7NA 2NUYA 1FXQA 2JK2A 3UWWA 4GJ1A 4OHQA 3QPZA 4O1AA 3WK2A 1H7OA 5FEZA 1DQXA 5T26A 2XFWA 4Y6GA 3MI6A 1FCVA 3NQEA 3HGJA 2WSRA 4XKYB 2WSYA 5J5RA 4LRSA 3P62A 1QFEA 2E5DA 3BO9A 3GR8A 2Y62A 4UTTC 4WOQA 3KFTA 2GJNA 4RZ4A 5D09A 5IBXC 4ADTA 1M7OA 2AQWA 4LT9A 3W1QA 1TRDA 1GVRA 3B0PA 2DZUA 3A23A 3NL2A 1RQBA 5G2IA 1Z42A 1TRIA 1W54A 1F7BA 4MIMA 1F6PA 2QCDB 4OV9A 4NJHA 1PHWA 1GVSA 5HMSA 1G7UA 2QCLA 1UASA 2TPSA 5K3VA 4NZJA 5AYXA 3S1WA 1TTIA 1EP1A 2ZTKA 3MBFA 3NM1A 4QITA 2CLFA 3M43A 4N4QA 3QW3A 2FPTA 1XL9A 1VYRA 3SZ8A 3HF3A 4AXKA 1FWSA 5F1UA 3STGA 1W56A 1FCUA 1M5WA 1B4KA 1ICPA 3DI1A 1DBTA 1YLVA 3C2VA 2JGQA 4GNJA 2V2DA 5G4EA 3PSWA 4IMDA 5AB3A 2GQ8A 2VELA 4HPXA 5LNVA 2J6XA 2ZRUA 1LRQA 2FPVA 2J27A 1KTCA 4UTTA 1P4CA 4K38A 2Q8LA 1T99A 3ZS4A 3I7SA 3FKRA 2QF7A 3W7JA 1VCVA 2QKFA 3NQFA 2CZ5A 1VPXA 3NZ1A 5IBXA 3D0CA 1F76A 2ZZ7A 3IGXA 4WX2A 1EX5A 1XBZA 3W7QA 3KRSA 4S1FA 5F2IA 4K36A 5AYYA 1OFQA 1H5YA 1H63A 3G22A 3P84A 2V81A 3I7RA 1C9DA 1LOQA 2BTMA 3DKLA 2HMCA 3W7IA 5CPNA 1W8SA 3S1UA 4PCFA 5C6MA 3TROA 2GQ9A 4Q4KA 5I3FA 4W9TA 2YGYA 1SZGA 3C56A 3W72A 3LBMA 3BG5A 1ZALA 2Y6ZA 5HWNA 4GC4A 1GJPA 2YW4A 1Z48A 4Z1AA 4JGDA 2B0MA 3NL5A 3UNDA 2J88A 4IQLA 1T96A 3ABSA 3L68A 4LVGA 4NU7A 3TMLA 4O1CA 1TPH1 1JCNA 2NX9A 4I7UA 3ATYA 4IMCA 3SSJA 3LERA 4XBSA 3GNNA 4Y96A 3QSTA 3IVTA 4UFKA 1NF0A 5AHIA 5K9XA 3T55A 5DY3A 5KSWA 4MVAA 4ICNA 3CEPA 3EWXA 3O06A 3HMJG 1WBJA 3N19B 1W3NA 3NL3A 3WJSA 1O5KA 4U4MA 4UFIA 3DHFA 3L5AA 1H7XA 4ZQRA 3N9RA 1XBYA 3FS2A 3GB6A 5HUPA 4AWUA 5H2ZA 4HSOA 4FB7A 3LM7A 3N34A 5HINA 4Y90A 1OFEA 3I6RA 2DJLA 4MPQA 4MFDA 1FCBA 3G18A 4FNQA 3PBWA 1P0KA 4UTUA 3W7GA 1F74A 3B4UA 3P74A 3S0CA 1H7WA 4DF2A 5TIMA 4B5NA 3ELFA 3TKFA 2WJZA 3KAOA 1K7EA 1GG1A 1VCFA 3L2IA 3P80A 4JXCA 1OK4A 5AHNA 3NQ7A 4WOZA 1K7XA 1SO4A 3LRLA 4LNYA 2Z6JA 5FF3A 3IV3A 1VS1A 1RPXA 1RQHA 4JICA 1W3TA 2CZFA 3M47A 3BG9A 5DY2A 1TREA 3LCGA 1LZOA 3NR0A 4A21A 2B7OA 2VEPA 4KFOA 1JCXA 3W1LA 4RJEA 4BFAA 1ZAHA 4NQ1A 1KM6A 2E09A 1VHNA 1FDZA 5LZLA 1J2WA 2BSLA 3M1ZA 4LUJA 1YYAA 2H8ZA 2VXNA 4PL2A 1BTMA 3G0UA 3E02A 3IIPA 5FEPA 4FX6M 1FUYA 1XDLA 3G1FA 2V5LA 3G1DA 2CFFA 2FFCA 1WQ5A 1SFLA 5F1VA 2ABAA 1YDOA 1I4NA 5U4NA 3EWUA 3CWNA 1W5QA 2NX1A 2A4AA 2NWSA 5AHEA 2Z2UA 4NJGA 4MZYA 4NNAA 4UXDA 2VOMA 2A5HA 4XQ6A 1R46A 2CLOA 4NXKA 1YXYA 4JTEA 4PFMA 4MLRA 5H91A 2YX0A 3N2XA 3HG2A 2ZZ6A 4JTJA 1DL3A 4JD4A 1V7YA 2WSQA 3BG3A 4RK8A 4WQ6A 3JR2A 1GG0A 3DXIA 3LLDA 4DELA 3G24A 4ORIA 3UXDA 3HGOA 2Y7GA 1TIMA 2QCMA 1J5TA 2H3BA 4MLJA 3MWAA 1KLYA 1TPC1 1XC4A 3FFSA 5CG7A 5LNWA 3A5VA 3PVFA 4Q33A 4L4LA 1OX6A 5EY5A 3PS7A 1G4PA 1GQNA 4M6QA 3NZRA 3MHUA 4TMCA 3INPA 1GWJA 1SSGA 1R2TA 1W5PA 4JY8A 3CTLA 1SUXA 4UFMA 4N4PA 4Z1BA 3DZ1A 1NAL1 4FXSA 3Q94A 3G1AA 1C8VA 4JTFA 4XTIA 1HFBA 2BXVA 5IM51 2H3DA 4GFSA 4N9DA 1U83A 3NPWA 3PSVA 4UTLA 4OE7A 1YADA 1KFKA 4AH7A 3T44A 1PIIA 1PE1A 2C16A 4O18A 3R8RA 4FIRA 4ML9A 1Q6OA 4IMEA 3G0XA 1BEUA 4O4VA 1KM3A 2QDHA 4LS1A 2E6DA 5K9DA 2GVLA 3G3DA 3W9ZA 4OT7A 2YCEA 2GOUA 2V82A 3NQ2A 2Z6IA 4LOCA 2ZFAA 3IEBA 2B7NA 1XCFA 2RKXA 4LVBA 7TIMA 4R34A 4TU1A 4DO5A 3MP4A 1SZEA 1SQ7A 4YMZA 5EA9A 3W7EA 2Q3OA 1ZCOA 2NWRA 4O10A 3GAYA 3GZ3A 5AFDA 2I14A 2EAWA 5F4SA 4IUOA 1G4TA 1XUUA 2ISVA 4JY9A 3W7OA 2Y7EA 4JTLA 1RD5A 5EKYA 1TYGA 3DI0A 1W37A 4HN4A 4LTSA 3EXTA 2XN1A 1PVNA 4YXGA 2QEZA 1OYBA 1DKWA 1I2NA 4OU1A 5D30A 3FYOA 1UBSA 1SR9A 4LVAA 4WY0A 2ATSA 3EXRA 3S5OA 3HG3A 3SJ3A 3QQ0A 1VYSX 3S42A 3V1PA 4ORMA 3QPYA 5CGQA 3W7HA 1H50A 2BLEA 3RF9A 3T40A 3OA3A 4JDBA 3GXTA 3L65A 3OEXA 1FWTA 5K9CA 1EUAA 1JUBA 2VEIA 3HIJA 4OWGA 2ZBTA 3L5MA 5FF2A 1VZWA 5HR7A 3VE9A 1KBJA 4RXGA 1YTDA 3S6DA 1MEHA 3MJYA 3CLMA 2FDSA 3T78A 3F4WA 4PA8A 1JCJA 2FLIA 1QAPA 3L66A 5D04C 2YR1A 4XZ9A 1JCYA 3W23A 5KTLA 5MHBA 3CPRA 4IXHA 1KM2A 2ZRXA 2QUTA 3M41A 1N8FA 1HL2A 4N6EA 4H3DA 3TC6A 3W76A 5I3GA 5LNSA 1R47A 2NUWA 4ZQMA 3ANYA 5BMWA 1GPWA 3IVSA 1A5BA 1OFDA 3EWBX 5SWUA 4UTHA 1M6JA 5HULA 1HO1A 4QNEA 4MOZA 3UPBA 4CCCA 4Q32A 3C2OA 1N7KA 3MYPA 3PULA 3KVMA 1SU5A 1W3IA 1A5CA 1G6CA 1MXSA 1DQWA 4N9CA 3HBLA 2VEMA 2YYUA 3QMRA 3F03K 1A50A 1W31A 3UWQA 2Y7DA 5CPOA 4JR5A 4Y9AA 2VFFA 1JVNA 5D2TA 3UWVA 1K02A 2CU0A 5F4WA 3IIOA 5A5WA 1B3OA 5C54A 3C4UA 3NQ8A 3MO7A 4MJZA 3TDFA 2YW3A 2E68A 4JIQA 4UUIA 3LRKA 3M6YA 5LNUA 1TQJA 3FJLA 1IIGA 2TRSA 3S8HA 4RX0A 3GDLA 3CU2A 1HUVA 3HB9A 4TO8A 3NYZA 1AMKA 1TPDA 4O16A 4RR4A 1LLZA 3W2KA 1PHQA 1PCKA 3QFEA 1NF7A 4P61A 1OJXA 2X30A 5D05A 1QOPA 1TQXA 1WDWA 1WOBA 3G1VA 4AF0A 4PODA 3EWZA 1WOAA 3W75A 4WJEA 1TTPA 3MMTA 3G1SA 5EL1A 1JR1A 5EMUA 3LHUA 4RZ6A 2QCFA 3TMQA 4JTTA 5L9FA 1VLIA 1YTKA 2TMDA 3QF0A 1I2RA 2EPHA 5DXYA 1ZAIA 4BK9A 1SPQA 3B06A 1OHLA 1VC4A 1F73A 1OFBA 2JBMA 1KFBA 3L9CA 1VCGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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