3O07 | Genus

Total Genus 84

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	84
sequence length	259
structure length	259
Chain Sequence	LKGGVIMDVVTPEQAKIAEKSGACAVMALESIPADMRKSGKVCRMSDPKMIKDIMNSVSIPVMAKVRIGHFVEAQIIEALEVDYIDESEVLTPADWTHHIEKDKFKVPFVCGAKDLGEALRRINEGAAMIRTKGEAGTGDVSEAVKHIRRITEEIKACQQLKSEDDIAKVAEEMRVPVSLLKDVLEKGKLPVVNFAAGGVATPADAALLMQLGCDGVFVGSGIFKSSNPVRLATAVVEATTHFDNPSKLLEVSSDLGEL

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__10402562797306__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__10402562797306__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3O07/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__10402562797306__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"10402562797306","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3O07/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__10402562797306__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Biosynthetic protein
source organism	Saccharomyces cerevisiae
publication title	Structural insights into the catalytic mechanism of the yeast pyridoxal 5-phosphate synthase Snz1 pubmed doi rcsb
molecule keywords	Pyridoxine biosynthesis protein SNZ1
total genus	84
structure length	259
sequence length	259
chains with identical sequence	B, C
ec nomenclature	ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date	2010-07-19

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3o07A00

1OF8A 3A5FA 5CZJA 5F2LA 3ATZA 2YR1A 1M5WA 1HFBA 3I6RA 2PRMA 2QCDB 4MJMA 4Z1CA 3QSRA 4IMCA 4K8EA 5F4WA 3W7GA 1DKWA 1Z48A 3W1PA 5LNWA 2WPBA 1KM0A 3O1NA 2A1YA 3TFXA 1ZAJA 1EWEA 3B0VC 1PS9A 3HPXA 1SSDA 4NJHA 3NL3A 4O19A 2RKXA 1LZOA 3P74A 3NQAA 3G0UA 2BWGA 4ZQCA 2XN0A 4UFKA 3W2JA 3GXNA 5I3HA 4LS0A 1FDJA 2F84A 4NZJA 3EX3A 5HWNA 5CGQA 5D02A 5HWMA 2QR6A 3A9IA 3I65A 2DZPA 3GB6A 3CM4A 3E49A 2QCLA 3QYQA 1GTEA 2RDUA 4CCCA 1WDWA 5DCBA 3ZR4A 3GDMA 3EWWA 3DHFA 3O8AA 1HO1A 3CPRA 3GKAA 4K37A 4LC6A 1N7KA 3LHVA 4M5PA 3O15A 2YW4A 3M9YA 3QMTA 5G2IA 1JUKA 1ZFJA 2QCCA 3GLCA 4DBEA 3SIZA 2DJLA 2AQWA 1W5OA 1G4PA 4UNLA 2QDHA 4OU1A 1H5YA 1XXXA 3STGA 3S1XA 3QPZA 1F2JA 2Y7EA 4IXHA 2FPYA 1L2UA 4POCA 5EA9A 5F4XA 3UPBA 3I7QA 2NWRA 1SW7A 4Q4KA 1W3TA 2I14A 4FNTA 5C54A 2CFFA 1FWWA 2BLEA 3UWYA 3O6YX 1BWLA 3KX6A 1FBAA 3O06A 1SO3A 3TROA 5K4XA 1S5TA 4JR5A 1SZGA 3P84A 4ONVA 4GJ1A 1BKSA 3W2UA 4UTMA 1OFPA 4YL2A 5AHMA 3S6DA 3A24A 3T40A 4JTUA 3NYZA 3T44A 1TV8A 3TK7A 1ME9A 1TPC1 3TAOA 3STFA 1Q45A 4GUJA 3N2MA 2CWNA 1TJPA 4IOTA 4BWLA 5TBOA 1KM1A 3W85A 3N19B 3CLMA 1A5CA 4CCDA 1PHQA 3HPSA 3CWOX 3LCWA 1TYGA 1RV8A 3CB8A 5G5IA 3NZ1A 3PG8A 4GUFA 1ZALA 1YYAA 3W87A 4WX2A 1JCMP 3MMTA 2GJLA 4U4MA 4JTSA 1SZEA 4UMCA 4FNUA 3R89A 3W7JA 1TPH1 1Q3NA 2CZEA 4H6KA 1Q6LA 2PC4A 4N9EA 3BW2A 1LP6A 4JIQA 4FHAA 3LDVA 3TCEA 1Z44A 3L5MA 3UPWA 1AMKA 1OX4B 4EF9A 3C56A 3P8JA 4NUWA 3P5ZA 4JS3A 3SR7A 2NUXA 5D2YA 2ABAA 4EWND 3L0NA 1NF0A 4CQAA 4LVDA 3QRHA 3DFTA 3G1SA 5AHLA 3W1LA 1UB3A 3W74A 1SU5A 1ZENA 4UFHA 4O1BA 5AHNA 1ZJIA 3H55A 5D2VA 4RCXA 2WNQA 3W23A 2A2IA 3TIMA 3NGJA 1A5AA 1I2PA 3CC1A 1VCGA 1VHNA 1XUUA 1TRIA 4ZVJA 3W86A 3QSTA 3W7EA 4AH7A 4HNUA 3LHTA 3E02A 1W8SA 2GVGA 3BK0A 1MZHA 1EPXA 1HG3A 4AF0B 4LC8A 4BK9A 3T4CA 1XM3A 1LLZA 3NM1A 5G2WA 3MW7A 3ABOA 2QDGA 4Y96A 4JTHA 3DGRA 4E38A 3W84A 1VLWA 3BV4A 3TW7A 3HGOA 4GE8A 1G4EA 3CEUA 3GX9A 1H7PA 1W56A 1X7FA 2YDAA 1RR2A 5I3JA 5FESA 4IX0A 1SW0A 2DZSA 3A22A 2ATSA 4NNAA 4MYAA 5DN1A 3UXDA 2V82A 1NEYA 3W7PA 4JY9A 1XL9A 4NXKA 1RQEA 3LERA 1N55A 3PR2A 1FWNA 4LV9A 3WK1A 4AHPA 2P1FA 3V75A 4MZ8A 3LCHA 4LVFA 3IGSA 1AK5A 3TDFA 1LRTA 1RZMA 2QJGA 4QAIA 1TQJA 2I9EA 1M7PA 3UY8A 1LROA 5IM51 3FYPA 4UTJA 1XUZA 2FTPA 4QITA 1SPQA 2VFGA 3HG4A 5FF0A 4I7WA 5U7SA 4AAJA 4QNEA 3N2XA 1KFKA 2GVLA 1SQ7A 3PBUA 2E5DA 4LS2A 3IIPA 4XQ6A 5E1QA 2OCZA 5FEZA 4O13A 1ICQA 2ATMA 3QM3A 1VHCA 3O07A 4O57A 1KV8A 1JCXA 1G7UA 3EKLA 4Q33A 1Q6OA 2DZUA 1LOQA 4N4QA 1KFJA 2RDWA 5FF7A 1TTIA 1W1ZA 3W73A 3IGXA 3PUDA 3MBFA 4UTIA 1R2RA 3RFAA 3NNTA 5F4SA 3Q58A 5DLCA 1OYAA 1ALDA 3MP4A 1MEHA 4LVAA 1QPQA 4JDYA 1G7VA 3RLVA 4PL1A 1O4UA 4WJEA 4XBKA 2ISWA 4NX5A 1TMHA 2VFIA 5F1UA 2DU2A 4KWWA 4E2BA 2AGKA 4KFPA 1KM3A 5BW6A 3CQ0A 3OBKA 1GOXA 3N9RA 3P80A 3FJLA 5KZDA 3BGGA 1ME7A 4UFMA 4X2RA 4JX6A 4BWLC 4LT9A 2H8XA 4L4MA 1M7OA 3N34A 4JEQA 4O11A 1R2TA 5AFDA 4WY0B 2C1HA 4K6AA 3TR2A 2X1RA 1SZFA 1F6PA 2J24A 4O54A 1P4CA 2Y7FA 3WJYA 3W2KA 3Q94A 2V0TA 3TQVA 4WQ6A 4JYDA 4UTWA 1SO5A 2C15A 1R46A 3LTYA 4EVZA 1ML1A 5HINA 3C2VA 3PUOA 3IIXA 1SW3A 3QQ1A 4XTIA 1OHLA 2C18A 5G1TA 5K7JA 1UCWA 4P61A 4RR4A 4XZ9A 1K02A 1FXQA 3NQGA 2X16A 4CQ9A 4O0ZA 3P8IA 4MJZA 3M5YA 1IXOA 4UMAA 3WJXA 1GTHA 3MO7A 3MWAA 3DH7A 4MZ1A 2QUTA 3W2MA 3CT7A 3QJAA 4ZL1A 2ISVA 4HN4A 4BF9A 3B0UX 2BSLA 2CZFA 1FCBA 2WSYA 3O6CA 1TTQA 4FNSA 4N9DA 3NL6A 3R2GA 2NWSA 2C3ZA 3MHUA 1F7BA 2OT1A 4GRSA 2Y88A 2YGYA 3G1VA 4HHPA 4UXDA 2WQPA 4O0KA 1W0MA 5FEXA 3L5LA 3EWZA 2ZRWA 1BWKA 3T55A 1F74A 2Y89A 3IRDA 4GWEA 3TJXA 3TSBA 4N2YA 4JGDA 1L6WA 4H4IA 3G24A 1WV2A 3W6YA 2V5LA 3MUXA 5LNUA 3NAVA 2Z1BA 4JDBA 2G95A 1QCWA 4OT7A 2VOMA 5CPLA 2FB2A 1I2RA 1K03A 4HPXA 2R14A 3OEXA 3PS7A 5L9FA 4FNRA 1VR6A 4LWWA 4CNOA 2GQ8A 3B06A 3PB0A 2DP3A 3TMLA 2Y85A 3OIXA 2G97A 3LI0A 4O10A 5AYXA 1FCUA 2RH9A 2WNZA 3B05A 3IGUA 3S8HA 2ZRVA 3TQKA 4TU1A 3VKJA 1JR1A 2Y70A 4UTLA 3LBMA 4Z1BA 3TJLA 3GZ3A 3BGJA 3I7RA 3UWVA 4DO6A 3NQVA 2P0OA 3UWWA 5D37A 1R2SA 1DORA 4DO5A 1FX6A 1LRNA 2YZRA 3YPIA 4O16A 4ZZ9A 4FEZA 3DU0A 3P67A 5F2IA 3MHGA 4JXCA 4KKXA 1DBTA 2QCEA 1UUMA 3C2EA 3LHUA 1XDLA 4K38A 4X22A 3W07A 2GUUA 2FB3A 3M16A 4JTEA 3UWZA 2E6FA 4PEKA 1OK6A 3C2FA 3MHFA 1ICSA 5DY3A 4GXMA 1AW5A 4LY8A 5H2ZA 4FB7A 3NO5A 4XTDA 3GXPA 2E6YA 4YCOA 2QCGA 2XN1A 3ZWSA 5D03A 4LS1A 4WXYA 3TA6A 4GUGA 1I2NA 5C5YA 1UASA 4FX6M 3EWXA 4QJ1A 4M6VA 5DCEA 2I1OA 3FFSA 2CZ5A 3PSVA 4JTFA 1MEWA 1YXDA 1OFRA 3GDKA 4RX0A 3GNNA 3EXSA 2X1UA 5A5WA 2GQ9A 2H3BA 1HL2A 2E5BA 4PCFA 4DBDA 4IQLA 3TSDA 1VC4A 1QDSA 3HGSA 2X1SA 2OT0A 2ALDA 2NX3A 5LSMA 3R12A 3TXZA 3PUEA 1EUAA 3O63A 3RNDA 4RXGA 2FPVA 3TH6A 4R7JA 4UIOA 1W5MA 4FNPA 2ZZ7A 1B57A 4O52A 4UTWC 3WFAA 4C1KA 2F7FA 3AJXA 2VEMA 1XC4A 3QW4B 1JRBA 3GK0A 3SW6A 1FDZA 4AVFA 4O17A 3M0ZA 4O4VA 2J9YA 1EA0A 3KVMA 3L65A 3TAKA 4FXSA 3GAYA 3LXCA 3GVGA 1GYNA 3G0SA 1ADOA 3I7SA 1KM5A 3PSWA 2DJXA 1OFDA 1WYIA 3HMJG 2BXVA 1NFBA 3NQ8A 5DCDA 3WK2A 1Q6RA 5K4ZA 1QOPA 1OG0A 2ZZ5A 1K7FA 5T26A 3FKRA 2B7OA 3UYCA 1OFBA 1LRQA 3VFLA 3F4NA 3KFTA 1E51A 1YDOA 3MJYA 2Y7DA 4OBTA 2EAWA 5AYZA 1O94A 4ML9A 1QPNA 1JCNA 1OYCA 1TV7A 3C4UA 2V2CA 3TUUA 4LUIA 4ADTA 2VXNA 1QPRA 2WV8A 3M47A 1H61A 4GC4A 2Q8LA 3CHVA 1W5NA 3L9CA 1WAUA 1ONRA 3R13A 3UWUA 3TX9A 3P61A 1Z42A 1H50A 1CX9A 1IGSA 2TSYA 3NA8A 2FDSA 4RJEA 2A7PA 2VFEA 3KRZA 1IIHA 4DXVA 5AHFA 1QPOA 1KFCA 3BLFA 4IGHA 3LHZA 2VELA 4JY8A 3PBYA 2O7SA 1TQXA 4HPJA 1TPFA 4OGZA 2NXIA 1XKYA 3EKZA 4JTIA 3CIWA 4U28A 2KZHA 4HNNA 2A6LA 1SUXA 5F1VA 2HS8A 4FIQA 2C19A 3W7DA 3LB0A 4S2CA 2EHHA 2XN2A 2HMCA 5CPMA 1LOLA 4PC8A 1P0KA 5DBUA 1LM1A 3W9ZA 4NZFA 4H3DA 1YPIA 1F6KA 2NV2A 1FUYA 1VPXA 1EX5A 5D32A 3NR0A 1K7EA 1RQHA 3UY7A 2A7NA 3QMSA 4A21A 3LI1A 3L5AA 2QCDA 1PCWA 2EPHA 3DFNA 3SGUA 2CZDA 4N9BA 5AC7A 3INPA 1AW2A 3CU2A 4WOZA 4NJKA 1KM6A 4N6EA 1TV5A 3RF9A 4GUHA 4MVAA 1EEPA 1F05A 1W3IA 3FYOA 1DL3A 1FCQA 3L0KA 4LU0A 3MI2A 4N4PA 1QWGA 3M5VA 3N14A 1SR9A 4LRSA 4ZQNA 3DAQA 1G6CA 3ZWTA 3DKLA 4FIRA 1GVSA 1IXQA 1TRDA 4WD0A 1TTJA 1RD5A 2ZDRA 1GQNA 2Y61A 1B4KA 1K8XA 1ZAIA 3PB2A 3OVQA 5HUOA 5CG7A 4UCGA 3G22A 4ZQPA 4MLRA 4WUIA 3M41A 1LBLA 3R5EA 2ZRXA 2FPTA 5BMWA 1KV5A 4IMGA 3OVRA 2NZLA 2JBMA 2JKPA 2E1DA 3M1ZA 4O12A 5CSSA 2ZZ6A 2J9XA 5D04C 4G1KA 2PRHA 5LZLA 5EBUA 4AHQA 3MYOA 4UTTC 5FI8A 4UFJA 4OWGA 5K9DA 2CLMA 4O8RA 3W1QA 1KTBA 3W22A 5HJLA 4GFSA 1EIXA 1XBZA 2QEZA 3W7QA 5GVJA 4K7YA 4MPQA 2ZA1A 2Q3OA 1FQ0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3O07A

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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