3O07A

Crystal structure of yeast pyridoxal 5-phosphate synthase snz1 complexed with substrate g3p
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
259
structure length
259
Chain Sequence
LKGGVIMDVVTPEQAKIAEKSGACAVMALESIPADMRKSGKVCRMSDPKMIKDIMNSVSIPVMAKVRIGHFVEAQIIEALEVDYIDESEVLTPADWTHHIEKDKFKVPFVCGAKDLGEALRRINEGAAMIRTKGEAGTGDVSEAVKHIRRITEEIKACQQLKSEDDIAKVAEEMRVPVSLLKDVLEKGKLPVVNFAAGGVATPADAALLMQLGCDGVFVGSGIFKSSNPVRLATAVVEATTHFDNPSKLLEVSSDLGEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Biosynthetic protein
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Structural insights into the catalytic mechanism of the yeast pyridoxal 5-phosphate synthase Snz1
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pyridoxine biosynthesis protein SNZ1
total genus 84
structure length 259
sequence length 259
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2010-07-19
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3o07A00
4Q4KA 2QCHA 1TV7A 3B05A 4LUJA 3HJZA 2QCGA 2Z6JA 3A23A 1OFPA 2HS6A 3A21A 4MVAA 4DF0A 1GZGA 3PB2A 5HWJA 1I4NA 4ORMA 4ZQPA 2AQWA 4DBEA 1KLYA 5DLCA 3V75A 5D2VA 4QM1A 4IMCA 1BWKA 1FWSA 2R91A 3QMRA 1X6UA 1OFOA 4O14A 4O15A 1PCWA 2YW3A 2ZZ1A 1OFEA 3EX2A 5EA9A 1YADA 3Q94A 4JTIA 4YL2A 5F4SA 1H62A 3W1TA 5DN1A 4J9JA 5F2GA 4MJZA 5D05A 4DO6A 1KW1A 3QSRA 3W7EA 5AYZA 1YXYA 3VE7A 2OZ0A 1JUKA 3GB6A 1F74A 2D73A 1XXXA 3PG9A 3B0UX 4MKNA 1KBIA 4Z08A 1FXQA 4IXXA 3E02A 2DZVA 3PR2A 4HKPA 1X7FA 4N6EA 3L67A 4UTMA 3TIMA 5DCDA 3L9CA 4BFAA 1N55A 3LTSA 2Q3RA 3BV4A 1TRDA 3L0GA 2GPTA 4MOZA 1KTCA 1K7EA 1VZWA 4P2VA 3EX6A 1TTJA 3WK1A 1O94A 4RXGA 4YXGA 4CQAA 5FEWA 4MZYA 2QCDB 2ZQ0A 1W5MA 2ZDRA 4LRSA 4JTHA 2C14A 1LYXA 4JN6A 3UPWA 1NFBA 2NXIA 1TO3A 5AC6A 2A6LA 1KM1A 5K9CA 2QCMA 5KSWA 4QAIA 1YTEA 3PY2A 4ORIA 3NL2A 5D02A 2GQAA 4KKXA 1HO4A 5A8GA 1A5SA 4HIBA 3EEGA 2HTMA 2YXGA 3L65A 1Q3NA 1H7OA 3NQ7A 4DBDA 2P1FA 4NNBA 4E0CA 3ABRA 4AWSA 3KFTA 4JXCA 1FWRA 3W2LA 5HR7A 1ZY9A 3P74A 5FF7A 2VEPA 1KLZA 3W70A 2QJIA 3S1VA 3LDVA 1F2JA 1WBHA 4EWND 3PAJA 5E0KA 1VCFA 1V7YA 1DQWA 4O1CA 3LHUA 4ADTA 1J2WA 1JJKA 2YYTA 4EIVA 4OHQA 3GDMA 4H4IA 1QPOA 1NEYA 3C6CA 2OCZA 3U2OA 1AL7A 4YCOA 1H5YA 3M16A 3S5OA 5CPNA 4UCGA 3QYQA 5CPMA 1FCUA 2BZNA 5CSRA 1I2QA 4O0KA 4HPJA 4UXDA 5KZDA 4FNUA 2QAPA 3UPBA 4MLRA 1VGAA 4RR4A 5F1UA 2V81A 1VLIA 4ZVJA 3CIXA 3W1XA 1FCVA 2G95A 2NV1A 2GJNA 3G22A 4Q32A 4AEOA 3OHIA 1HUVA 3S5NA 4G1KA 1S5VA 1SUXA 3HGOA 1UB3A 1Q6QA 1YLVA 3INPA 1FDYA 4WY0F 3DFOA 4GFSA 5IM51 4LUIA 1UASA 3MP5A 4JNMA 4A22A 4MZ1A 3EKLA 5FEZA 3HGJA 2VXNA 3G24A 5EMUA 1IGSA 3PUOA 2EGZA 3N2MA 5CZ0A 1T96A 2ZZ2A 3P82A 3HPZA 4M6QA 3NQFA 3TSDA 2VEMA 5DBUA 3PSVA 1JULA 4UFIA 3DFPA 4GUHA 3JRKA 1G6CA 2ZZ5A 4OU1A 1U5JA 1FDJA 3HQ1A 3LI1A 4ZQCA 3QPYA 3LRMA 5HUPA 2DJLA 3P81A 3QRHA 4A2SA 3EWBX 1NF0A 2X1RA 3B0VC 1RQBA 5CZTA 3LV5A 1ICQA 3N9RA 1VR6A 3DZ1A 3M1ZA 3OA3A 4AHQA 2ATMA 2ZA3A 4JTKA 4OGZA 3BG9A 3W9ZA 1G4TA 3EXTA 4JTEA 1IIHA 4LU0A 5HJLA 3GIYA 4UTUA 3MMTA 1LTDA 5FEXA 1FUYA 4FIRA 3P7YA 4XUGA 3R2GA 3IIPA 3K30A 1TSIA 1W56A 4E38A 2JGYA 5AC8A 2B7PA 2NUYA 5H91A 1WXJA 1JCLA 2ABBA 4QNWA 1JQXA 3NOEA 2RH9A 1PCKA 1TV8A 3IIOA 1QAPA 3ELFA 3DU0A 5TBOA 2J88A 3LRKA 1OHLA 3I7RA 4CNPA 1I8JA 3CU2A 3S5YA 4O11A 4TMCA 6ALDA 3H54A 2QCLA 4OBTA 1WX0A 1EEPA 1W3TA 1QFEA 4UTWC 4EVZA 4JX6A 5L6UA 1ICPA 7TIMA 5D2YA 3CB8A 5BMWA 2ZYFA 1XDMA 2YDAA 1QWGA 1FCQA 4IQLA 3QF0A 2EAWA 3A24A 1AW2A 1W0MA 2A7NA 3UWYA 3E49A 4ZQOA 3C61A 4I9AA 1Q6LA 2J9YA 3TSMA 3P5YA 1LRQA 2J24A 3W74A 4AHPA 1B9BA 4Z1AA 1GPWA 3S0CA 3S1XA 4FIQA 4JYEA 5EKYA 3R13A 3EWZA 1JRCA 3BLFA 3CHVA 4LTSA 2NZLA 3HO8A 3KX6A 5SWUA 1SZGA 3UWQA 3C3NA 4C1LA 2DORA 1ICSA 1VYSX 3L5LA 3QZEA 5LNWA 1UJPA 1GTEA 4PL2A 1IIGA 1EX5A 3LLDA 3IVTA 2RHGA 4U28A 3SECA 2ABAA 4BK9A 2Z6IA 2IQTA 3TXZA 2C18A 3KVLA 1OABA 3ZWTA 4BI5A 1K8ZA 3FEMA 2WO5A 1QPRA 1R2TA 3UZ5A 1P0NA 3UY7A 2VKZG 1SW3A 3FA5A 4LV4A 3EWUA 4A29A 1VH7A 3PBUA 3DKLA 4JX4A 1Q45A 1ZAHA 1B4KA 4K6AA 4NZJA 3H55A 2NV2A 4IMDA 3NR0A 4JTSA 2VEKA 1R30A 4FXRA 3W88A 4UFHA 1MXSA 4Z1BA 3C2OA 3C4UA 5I3IA 4ADSA 1XUUA 4TIMA 1JVNA 1OFQA 4LS2A 4UTWA 5LHFA 3CPRA 3T7VA 3O1NA 1P1XA 4JDBA 3W75A 1M5WA 3GLCA 4K38A 1UUMA 3B06A 4NVTA 1KM6A 5G4EA 3NL5A 2FB2A 2GUUA 3DFTA 3WK3A 1TTIA 1MEIA 2O7SA 3C2VA 4IMEA 4IXHA 2QR6A 3NXFA 3T40A 4KWVA 5DELA 3DI1A 1YDNA 1N8FA 4S1FA 1X1ZA 3UWVA 1F6PA 5LKYA 2JK2A 4RV8A 3QSTA 3TQVA 4UTHA 3G1YA 1OYAA 4O10A 4LVDA 3VI2A 4MZ8A 5EYWA 1OF6A 3HG2A 4HHPA 1G4PA 1LROA 1EPXA 3TFCA 1FY6A 5EBUA 4LV9A 3CWOX 2CLIA 1OFDA 2GJLA 3C56A 1L6WA 4DPQA 2OX1A 3EKZA 3W1AA 1DBTA 3AO0A 3TE9A 2RFGA 3IGXA 3KOFA 5C5YA 1H61A 4PH6A 1WAUA 4CNOA 3FJLA 3M7WA 5CGQA 1SW7A 1O60A 1ONRA 2BX7A 1GVFA 3LHZA 3MWAA 3ZFHA 2B7QA 2CZEA 5DY2A 1K03A 1ML1A 3UWUA 2CLKA 2G5WA 2DZSA 4N4QA 3LCLA 2QJHA 4S2CA 1ME8A 3GZ3A 2BTMA 3GYEA 2C15A 1JR1A 2ALDA 4N2YA 1ZAJA 5IBXC 4NX5A 3QM3A 2GQ9A 1CX9A 2XFWA 5J5DA 1OX4A 3E0IA 3W7GA 3GAKA 4B5NA 1LZOA 3NEVA 5CZJA 3EWXA 3GXPA 3I65A 3W7NA 1AG1O 3M6YA 1JCNA 1EP1A 1KV5A 3HPXA 1VYPX 1LM1A 3UNDA 4PTNA 3NQVA 4YLWA 4UTKA 1YXDA 4M6PA 4UFLA 1LLWA 3RLUA 5AFDA 4ONVA 5HUOA 4X2RA 2F7FA 4GWEA 3NA8A 4FX8A 5AYXA 2H90A 3H53A 2B7OA 4YMZA 5G1YA 1TPVA 2WKJA 4W9TA 3DAQA 2Z0IA 2A4AA 4O4VA 2ZRVA 5G2HA 3UQNA 1V5XA 2ZTJA 4IX0A 4XBSA 5K7JA 1G69A 3PM6A 4TO8A 3STCA 4JTJA 4HPXA 3F03K 2EF9A 5F4XA 2Q8ZA 4GUGA 1YXCA 3G3MA 3I68A 4GBUA 3NL3A 4JTFA 4IX2A 4A2RA 1TTPA 2F84A 3SGUA 3SZ8A 1D3GA 2V2CA 4GUIA 5ABTA 3ATZA 3TMLA 1TJPA 3GNDA 4UMBA 4S2BA 4AHOA 3NVTA 3TX9A 4N02A 2Q3OA 1DQXA 1L2UA 1W5NA 5EPDA 1BKSA 3LRLA 3TSBA 1VHCA 2ZFAA 4Z0SA 2W0UA 3CM4A 3L5MA 4MY8A 3BGGA 1LORA 4JY8A 3PBYA 1VCVA 4LY8A 4QQ3A 3ATYA 1LRTA 3G18A 5IBXA 2BWGA 1GYLA 2H8XA 4O54A 5I3FA 4Y96A 4NJGA 3YPIA 4PODA 4WD0A 1RV8A 5AYYA 3M5YA 3MP4A 1SFLA 3EXSA 2DJXA 5DXYA 4WOQA 4JGDA 3BLIA 4DEFA 4LVBA 5K9DA 1S5WA 1THFD 4GNJA 3W85A 4FB7A 1ME7A 1QO2A 3C2EA 1P5BA 4X3ZA 1H51A 4NNAA 1EUNA 2CLMA 4JYDA 5G4WA 3DFNA 3WJSA 1F05A 4JR5A 3HG5A 4BI6A 5HMSA 1J5TA 3R89A 4FF7A 4XZ9A 2YCEA 1Z48A 1TPEA 1JUEA 3NQMA 2ZRUA 1ME9A 3JS3A 4DXVA 1XDLA 1OG0A 3MYPA 4AWUA 3O6YX 1JRBA 5KZMA 2ZBTA 3HF3A 3DH7A 1TPWA 4DO5A 1OJXA 3TR2A 2Y7GA 3WJXA 2TMDA 3GXNA 1RQEA 1ZCOA 1MSSA 2JBMA 4M5PA 3QQ0A 5I3HA 1QNVA 2VC6A 2EKCA 3TROA 5LNSA 5DCBA 4KFPA 4RX0A 4GUJA 2CFFA 3C2FA 1LLZA 4RK8A 4FX7A 3NDOA 1F5ZA 2E1DA 1JQVA 4HT3A 4M19A 4WX2A 1RVGA 3GDTA 3QPZA 3DKJA 3B04A 4KFNA 2C6QA 1PE1A 5CPLA 3USBA 4CNNA 3TKFA 3P60A 4O1AA 4WXZA 2J27A 1M7PA 1DORA 3W7CA 1T8XA 4JIPA 1UUOA 1ZHAA 1XBYA 2WNQA 1SZEA 1Q6RA 1MEWA 1SR9A 3MYOA 3CLMA 1EWEA 3W07A 3O07A 1I2PA 4NNCA 3THQA 5LNVA 3VCRA 1KFLA 4K7YA 3DGRA 3MBFA 2NLIA 4X22A 2CLFA 2YZRA 3N14A 5MHBA 1WA3A 2X1SA 3UZJA 1MZHA 3GDRA 1VPXA 1O5XA 1IXOA 4UTLA 4C1KA 1TTQA 4QNEA 1QPNA 2GQ8A 4I7WA 5AB3A 5FF2A 3HGSA 1LOQA 3HMJG 1X1OA 1JCJA 3FKRA 2ZRZA 4CCDA 3LLFA 2WSRA 3UWZA 1SSDA 5D30A 1O95A 3DI0A 3STGA 2YX0A 1DJQA 1P4CA 1N7KA 1NF7A 4UNLA 4WZHA 3PSWA 3HB9A 4QIUA 4QSHA 1SPQA 3W2UA 3NZRA 3G8RA 3W1UA 1W3IA 5CKSA 3LOTA 5K4ZA 1XFBA 5CG7A 1YTKA 1WOBA 3NQEA 4BR1A 2Y70A 2QEZA 3UY8A 3W7OA 1QR7A 1TREA 4NJJA 3NZ1A 1KM0A 1H1ZA 2RKXA 3PG8A 2E5CA 3QMTA 2WNZA 1BWLA 5H2ZA 1EUAA 2E09A 2E5BA 1TCDA 1NVMA 2RDWA 1G4EA 3JR2A 4ZMGA 2WNNA 4BI7A 1FBAA 1TV5A 3P5ZA 3O16A 5F2IA 2WQPA 4WXYA 5E1QA 4K7VA 1OX6A 4PCFA 4O1DA 1HG3A 2ISVA 3I7QA 4NXSA 4UUIA 4I7VA 1KFCA 3M47A 3W1RA 2YSWA 3W7RA 2ZRXA 5G2WA 4Y9AA 3IGUA 1OFBA 3SJ3A 3LX9A 3LCFA 4OQVA 2A2IA 1R2SA 2C19A 3NNTA 5AHLA 3PUEA 2Y89A 3BG5A 3MHUA 3OVRA 5AHIA 1Z42A 2DZUA 1GOXA 4JTGA 3ABSA 2CZDA 4JX5A 4RXFA 3MI2A 3QFEA 4N9CA 2Y7DA 3NPUA 4NJIA 2VFHA 3W76A 1OFRA 2TRSA 4AWTA 2QDHA 2G96A 2OJPA 5F2LA 4DELA 1F73A 1VCGA 1GQNA 2FB3A 2DZWA 3G8EA 1GVOA 2PC4A 4MY1A 2WPBA 1MEHA 2HS8A 2QKFA 1SO6A 2QDGA 3GDKA 2Y62A 5FF3A 2Y63A 3L68A 4O50A 4GE8A 2C13A 4LC8A 2X16A 3T78A 2PURA 4AH7A 4L4LA 3TDFA 4MYAA 2NX3A 3P62A 5C6MA 5F1VA 2A5HA 3KAOA 4LOCA 5CZSA 2HMCA 2ISWA 3PS7A 5I3GA 5KINA 4XKYA 3IIXA 2GVJA 3LM7A 5I3KA 1OYBA 2I14A 2H3BA 3CIWA 1HTIA 4PC8A 4N9EA 3GVGA 3MI6A 4HNUA 1NAL1 4FNPA 1ZNNA 5BW6A 1VYRA 3LBCA 5D33A 4IWWA 4WY0A 2C3ZA 5DBTA 2Y61A 2DU2A 5LSMA 1RPXA 1H1YA 5LGXA 3G0SA 1XBVA 4PA8A 3RMJA 1YYAA 1FDZA 1EWDA 1Q6OA 1T0OA 2ZZ6A 3HOJA 4AF0A 3U8GA 1RD5A 1VLWA 5BRBA 5BOOA 3EXRA 3OG3A 4FNTA 5DCEA 2PE4A 1E51A 3UWWA 4BF9A 1ALDA 4BWLC 4YCPA 3PVFA 1EIXA 1KV8A 3W73A 1FWNA 3ANYA 3CWNA 2E77A 4DF2A 2V5LA 3TCEA 4UFKA 1PHQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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