3OBKA

Crystal structure of delta-aminolevulinic acid dehydratase (porphobilinogen synthase) from toxoplasma gondii me49 in complex with the reaction product porphobilinogen
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
352
structure length
352
Chain Sequence
GPLDNNNYGEVWLPIQARPRRNRKNRAVRQLVQENLVKPSSLIYPLFVHDEETSVPIPSMPGQSRLSMEDLLKEVGEARSYGIKAFMLFPKVDDELKSVMAEESYNPDGLLPRAIMALKEAFPDVLLLADVALDPYSSMGHDGVVDEQSGKIVNDLTVHQLCKQAITLARAGADMVCPSDMMDGRVSAIRESLDMEGCTDTSILAYSCKYASSFYGPFRDALDSHMVGGTDKKTYQMDPSNSREAEREAEADASEGADMLMVKPGLPYLDVLAKIREKSKLPMVAYHVSGEYAMLKAAAEKGYISEKDTVLEVLKSFRRAGADAVATYYAKEAAKWMVEDMKGTQKFTEPCY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Toxoplasma gondii me49
publication title Crystal Structure of Toxoplasma gondii Porphobilinogen Synthase: INSIGHTS ON OCTAMERIC STRUCTURE AND PORPHOBILINOGEN FORMATION.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Delta-aminolevulinic acid dehydratase
total genus 126
structure length 352
sequence length 352
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date 2010-08-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3obkA00
1QPQA 2WKJA 3LTPA 1K8XA 3LGEA 4PL2A 5GVJA 4OT7A 2FJKA 1BTMA 5DBTA 4IMDA 3T40A 2ZZ3A 3UZ5A 4JX4A 3HQ1A 3UXAA 5J5RA 3ABOA 3I7SA 3W1XA 3KXQA 4M6PA 3DFQA 3LTSA 4QNWA 5LGXA 3QPZA 1JCXA 1ME9A 2NZLA 1F5ZA 3KHJA 1FXPA 1G67A 2FIQA 2QCDB 3L2IA 4A29A 4ONVA 1MEWA 4ZQCA 4FNRA 3PS7A 2VFDA 3GX9A 5BRBA 5C54A 4DELA 3LX9A 4JTUA 4K7YA 2A6NA 4G1KA 2NXHA 4HHPA 4YCPA 4TU1A 1KM4A 1ICPA 4J9JA 1SO3A 4XBKA 3MUXA 2QUTA 1JCNA 3L68A 1H7PA 3SSJA 1RD5A 5FEXA 3N19B 1PVNA 2XN0A 3L5MA 1EP2A 2V82A 4IMFA 4O10A 1PL9A 2RFGA 1GYLA 2VFIA 2X1RA 3LTYA 3USBA 1B4KA 2CLMA 2F7FA 2QCFA 1OFDA 3EKLA 1X7FA 3GR7A 1LRTA 2NX9A 4LC8A 3LCHA 3CHVA 3RMJA 1KM6A 2ZZ1A 2J9XA 4MYXA 4PC8A 1GVFA 3W7QA 4NXKA 1GG1A 3G18A 3HGOA 1XUZA 3QQ1A 3KVLA 2E6AA 1T99A 3WJZA 1MO0A 4HPXA 2GVLA 4IMCA 3FYPA 3PBUA 2Z6JA 4K6AA 4QQ3A 4YL2A 3FLUA 3NVTA 3NO5A 2QDHA 2FLIA 2G95A 5G1YA 2EAWA 5KZDA 1GT8A 5AC8A 1WA3A 3UXDA 1W3TA 1TPWA 2ZDRA 4MFDA 2A6LA 5K9DA 3LERA 2YYUA 4PFMA 3E96A 5ABTA 3NOEA 3T7VA 3N73A 5K7JA 4HIBA 1BEUA 4HN4A 1JQXA 5BMXA 4O54A 3GDTA 5MHBA 2C16A 2ZRYA 3A24A 3HB9A 4CNOA 4W9TA 1K8YA 3BLFA 1X1ZA 3RNDA 3EXTA 2QCMA 3FEMA 3G1XA 4JXCA 3P84A 5EA9A 5H2ZA 3KRZA 2V5LA 3LV5A 4M5PA 1IXOA 2BWGA 1NF7A 4UTIA 4FX6M 3V1PA 3ZWTA 2NX3A 2CLOA 2VXNA 2NWRA 4ZVJA 4IX2A 4JYFA 4UIOA 3VE9A 3N2MA 4KWWA 3JS3A 4HSNA 3IGXA 3WJWA 1P5BA 1O4UA 4KFNA 3L5AA 1XCFA 2BTMA 3TW7A 2A7RA 3EX6A 3WJXA 3R2GA 1XI3A 2BX7A 1CI1A 1VHNA 3GNDA 1XBYA 2B7QA 5C6MA 1ZALA 2EGZA 3QMSA 1JCMP 3G1AA 3DFPA 5HULA 5LNVA 2V30A 1KLZA 5KZEA 3DHFA 3QW4B 5FEWA 4BK9A 5KTLA 2Q8LA 1VJIA 2B7NA 2WSYA 3K30A 3NNTA 2DZUA 5FESA 1OFBA 2NUXA 5AHNA 3L9CA 1F2JA 2QUVA 2ALDA 3L0NA 3NQ7A 4UFLA 4KKXA 5AYZA 3TW6A 2XN1A 2CZFA 2RHGA 1I2QA 3PSVA 2BXVA 3I65A 1GVOA 3NPUA 3FIGA 5CZJA 4LVGA 1GPWA 4LU0A 4OWGA 1XBXA 2A4AA 1LLZA 3FS2A 4JTTA 3KAOA 5HWJA 4NU7A 1G4EA 5D38A 4MJZA 4AEOA 3BGJA 1H7NA 3CWNA 3UWYA 5DY3A 2ZZ6A 5DCBA 1PE1A 4LS0A 2C18A 2H8XA 1SR9A 1KA9F 3LM7A 2FDSA 3PUDA 3IIOA 3MP4A 2G97A 4AWSA 1FWRA 3G22A 3TAOA 2X1TA 4ADTA 4RR4A 2VEMA 2J6XA 2CZ5A 1QWGA 4DO6A 2X16A 3W1NA 2V9DA 2H6RA 4JTLA 2E1DA 1D9EA 3VKJA 4FXSA 1C29A 2C15A 1LBLA 1C8VA 3TC7A 1VYSX 2V2DA 2YDAA 4NX0A 2LLEA 2NV2A 2CZDA 1F05A 3O6YX 1ZCOA 1S5TA 4RXFA 3W7NA 1X8FA 3W2KA 3PULA 3NG3A 4Z08A 3W76A 3N9SA 1FWSA 2ZRWA 3CIXA 2JKAA 2WNQA 4BF9A 4WY0A 3W1MA 3GXTA 5DXYA 4O11A 3C52A 1B3OA 2YYTA 5HUPA 1RQHA 4E2DA 3G1YA 1FCUA 1Y0EA 2RDUA 3SJ3A 2NV1A 4I7UA 4MY1A 1OK6A 1FXQA 3ZFHA 1W5MA 3WK0A 3LHYA 2R14A 3EX3A 3TXZA 3B0PA 4UNLA 5EY5A 3G1SA 1AL8A 3CPRA 3N9RA 4A3UA 1K7EA 5HINA 2GOUA 1XL9A 5C2XA 4R33A 5HWNA 2VC6A 4ZQPA 4FNUA 1WOAA 4S2BA 3EX4A 4OV9A 2IQTA 1BKSA 4MYAA 3BG9A 1FCQA 3CU2A 2C1HA 2NWSA 5G1TA 5L9FA 3IIXA 1KLYA 3W83A 1M5WA 2A0NA 2A7NA 3QH2A 4LOCA 3TAKA 3STCA 5EMUA 4JEQA 3S5YA 3O1NA 3TDFA 1KBIA 2GQAA 3S0CA 2OZ0A 4M7TA 1KM1A 3LDVA 4JX5A 2Y88A 3T55A 4BI6A 5AHMA 3IIPA 4OV4A 5G4WA 4AHOA 3KX6A 4LS1A 1GYNA 1LROA 2DJLA 4K38A 2YW4A 2D73A 4RK8A 1S5VA 1EUNA 2NLIA 3IGUA 1V5XA 1ZAHA 3TUUA 1QFEA 3KOFA 3TC6A 4O13A 3W87A 3WK1A 1JQVA 4JS3A 1ZAIA 2VFHA 4QAIA 1H1YA 4UTWA 3GDMA 4LV9A 5FEPA 1TPH1 3ZWSA 2YGYA 1U83A 2TYSA 3QPYA 3DFNA 3W22A 4AF0B 4GBUA 3TK7A 1WOBA 3I68A 2HSAA 4PA8A 4NJIA 5E0KA 1KV8A 5F2MA 4FX8A 4Z1BA 4WQ6A 1RQBA 1VPXA 4CLMA 3S1WA 3GIYA 1SZGA 3UD6A 4Y90A 4QNEA 4K36A 4QIUA 4RKAA 2QCNA 2V81A 3HPXA 1M6JA 4UTUA 5AHFA 5D02A 3IGSA 1FWTA 5AC7A 5A5WA 5FI8A 3NXFA 5AHLA 1PCWA 2ATMA 4A21A 4BI5A 1VLWA 2QCEA 4XQ6A 1DBTA 5D03A 1Z48A 4O18A 5CPMA 4R34A 3UYCA 4FEZA 3GAKA 2P1FA 2VFEA 1LBFA 3CC1A 3QW3A 4O0KA 2FTPA 4LS2A 4UCGA 1B57A 2FPVA 4PCFA 4WD0A 4AAJA 2W6RA 3Q37A 4ZQNA 2B7PA 1TQXA 4RX0A 4BI7A 2A21A 4FF7A 3SI9A 1R2SA 2HS8A 2ZA2A 2VEPA 3AJXA 5K9XA 1FBAA 1XKYA 2GJNA 4UR8A 2JGYA 5F4SA 1TV8A 1FX6A 5TBOA 2PRMA 1TREA 5F2GA 2C19A 1RZMA 3M47A 5DY2A 1NSJA 3L66A 2GUUA 3SZ8A 1ADOA 3P7YA 4N9DA 1FDYA 1OJXA 2Q3RA 1GTEA 2WNZA 3DAQA 1OX4B 2QJIA 3HGJA 4JTEA 2QEZA 2GVJA 3B03A 1DKWA 1T96A 3CLMA 3BG5A 4GUJA 4ORMA 3GNNA 1GZGA 3TSMA 4Q32A 3RF9A 1FWWA 5DCEA 1QNVA 1B9BA 3H53A 3LXBA 4C1LA 3Q2DA 1H51A 1LLWA 3W7MA 1OYCA 1EA0A 2CFFA 1YXDA 1V7YA 1XBZA 3G24A 3W7RA 3C4UA 1W5NA 5FF3A 3LOTA 2VEIA 4RZ4A 3ZS4A 3NQFA 3T44A 5IBXA 5EKYA 2G5WA 1F76A 1WBHA 1MSSA 3JR2A 2WSRA 4JY9A 1TCDA 3TCEA 3L0GA 4JY8A 3DHDA 4LVAA 1O60A 4L4MA 3E12A 1JR1A 4GWEA 1IXNA 1T8XA 5HQEA 4Z0JA 4NJJA 5CG7A 4UUIA 3A23A 5H91A 2OCZA 3HG3A 3PWAA 2DZXA 3DKLA 1VRDA 5I3JA 2VFGA 3DU0A 3U6WA 3HG5A 1QOPA 4UTJA 1P0NA 1HUVA 3LI1A 1YXYA 3W72A 5KZMA 4YXGA 1TRDA 2I14A 2ZRZA 3L65A 3LCFA 2C3ZA 3TFCA 4ADSA 4HPJA 3LBCA 3N2XA 2ZTKA 1OG0A 1H7XA 1IIGA 4NJHA 3QF0A 4N4PA 2EPHA 5C5YA 1WV2A 3W71A 3FJ6A 3KVMA 1K02A 1XFBA 1EWDA 3QC3A 1XXXA 1TPVA 1KFJA 4O4VA 4U28A 1LDCA 4O12A 5K4XA 5CZTA 1JUKA 3PUOA 1QPOA 3LCXA 4XUGA 3TQ0A 4LV4A 2WO5A 3PY2A 4X3ZA 3S1XA 3MBDA 4IJBA 4JTHA 3DFSA 1TTQA 4EF9A 4M19A 4OU1A 4LNYA 5D05A 1PS9A 1X6UA 1AL7A 4O1BA 3R12A 4JGDA 1GVQA 3NA8A 1UUMA 5HMSA 4LTSA 3QEZA 3LCGA 3HJZA 3NM1A 1ZNNA 2B0MA 2V8ZA 4JX6A 2CZEA 3PR2A 4CQAA 3P81A 4CNPA 3HO8A 4O57A 1FCVA 1TB3A 3O16A 2DJXA 1ALDA 1H7OA 4O50A 3P5ZA 2EHHA 3NZ1A 4IGHA 1I2NA 4WXZA 3W1UA 4MOZA 1SPQA 4MY9A 4MY8A 4TO8A 1A53A 3BW3A 4AWUA 1QR7A 2FB2A 4HT3A 4JDYA 3HIJA 3QQ0A 4BR1A 3NDOA 3W07A 2ZTJA 3KRUA 3G1FA 5FF0A 1K3UA 2OX1A 4EVZA 5AHIA 3WFAA 4N02A 3NM3A 3W7IA 3GK0A 1AG1O 1OFRA 4NNCA 1DV7A 1SW0A 4IX0A 2NUYA 4MLJA 3HMJG 3F1QA 5HNRA 1M7OA 4A2SA 3E0IA 5KINA 5CPOA 3LRLA 1ZFJA 3STFA 2QDGA 2OT0A 3P82A 4N4QA 1HL2A 2AGKA 1YPIA 1G6CA 2CW6A 3UWWA 2E09A 3S5OA 2V2HA 3W7GA 5AFDA 1KFBA 3T78A 4NXSA 5F4WA 3STGA 1OF6A 1I8JA 5CPLA 1FY6A 3W1QA 4IPIA 1VYRA 3MMTA 3EWBX 4YMZA 1DQXA 4I7WA 4XKYA 2GQ9A 3UWVA 1OVDA 3W3OA 1I2RA 4JIQA 1OK4A 2QJGA 4WOQA 4N6FA 1I4NA 3MBFA 3THAA 4NQ1A 1W5OA 3W1AA 4DF1A 3B04A 4CCDA 4UFMA 1W0MA 4CCEA 4PL1A 4YWIA 2A5HA 2DZTA 5D2XA 2GPTA 2VEKA 3M16A 1AK5A 1VCGA 2EF9A 4AB4A 1OF8A 3G8EA 2Y62A 3L5LA 4IOTA 4IMEA 3TV8A 4E0CA 1RPXA 3C61A 5DN1A 2CLHA 2CU0A 1TYGA 4ORIA 4JTIA 4JTGA 3NPVA 3STEA 1RR2A 1KV5A 3CTLA 5A8GA 1W1ZA 4RV8A 5T26A 4IXHA 1LYXA 4HSOA 4LRTA 4AHQA 2C14A 1UJPA 1ICSA 1ZENA 2CLKA 3A21A 1W5QA 4UMCA 2UV8G 3GKAA 4WOZA 3TKFA 5FF2A 3S8HA 3U8GA 2W0UA 3DFTA 4IWWA 2VKZG 4MPQA 2HMCA 3W74A 2Y7EA 3NQ2A 1LRNA 4MZ8A 3P8IA 1JRBA 4K8EA 3DKJA 3M5ZA 3W2JA 5AYYA 3LHUA 4UMAA 2I1OA 3QJAA 3UWQA 3NL5A 3O07A 4I9AA 3TXVA 4HNUA 2V2CA 1I2OA 2TPSA 1G4TA 4XZ9A 3TSDA 3C2RA 3KVKA 2AQWA 5LKYA 2E6YA 3E9AA 3E49A 4UTWC 3GXNA 4WZHA 2JBMA 3PB2A 3BK0A 4WY0B 4LT9A 3EWXA 3UPWA 1JJKA 3P5YA 4ZQRA 4JIPA 1GJPA 4N9EA 3PSWA 3NQDA 3IIZA 3R13A 4L4LA 5AOUA 1KTCA 1VH7A 1R2RA 4UFHA 3DFOA 2Z6IA 4FX7A 1W54A 3KFTA 3GKFA 3WJSA 3NQ8A 2OMAA 3N3MA 3NQGA 3JRKA 1LRQA 3F03K 4EF8A 1QDSA 1D3HA 3QMTA 6TIMA 1YTEA 4EWND 4CQ9A 1K03A 3TH6A 3T4CA 3HF3A 2J24A 1Q45A 3O6DA 3VNDA 3NQVA 5D04C 2ATSA 2QCGA 3O6CA 3MYOA 2CLLA 2TMDA 4OBTA 3B0UX 3PG9A 3W9ZA 1HFBA 5F2IA 3PVFA 5DXXA 3S5NA 3TU9A 1SW7A 2CLEA 4O8RA 1OFOA 1L9WA 2ABBA 1YTKA 1I45A 2Z1BA 4GUFA 4HNNA 3SW6A 5DBUA 1UB3A 3IVUA 3R89A 3SECA 3W86A 2NXIA 4WJEA 4MKNA 4UR7A 3GDKA 3M5YA 3LHTA 5L6UA 3BW4A 5LNSA 1BWLA 1LORA 2E5BA 5TIMA 1KFEA 1KM5A 2PURA 3L67A 2ZRUA 1SSDA 2C13A 1H1ZA 1DVJA 3KVJA 2E6FA 1EIXA 1SZNA 3P74A 3E02A 3EXRA 1LTDA 4GRSA 4Y8FA 1H7WA 1OX5A 3G0XA 1H5YA 3UWUA 3W1TA 2HS6A 1KFCA 3PG8A 2E6DA 1PHQA 1KM3A 3GR8A 1C9DA 5BNKA 3G8RA 2ZA3A 4A22A 3TR2A 4OHQA 4MZYA 4DO5A 2BZNA 2ZZ5A 4RJEA 1OFQA 4JR5A 2H90A 5HR7A 1RV8A 1AMKA 1F6KA 1SO5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3IRS A;  3QXB A;  1BVZ A;  2PLM A;  1K8X A;  4Q8N A;  2NQJ A;  4C91 A;  1IZC A;  3DYM A;  2ZXD A;  5GVJ A;  1E4I A;  4R5E A;  5DBT A;  5DAN A;  2VJX A;  1P7T A;  4XVE A;  5A6B A;  5EFF A;  3UXA A;  5J5R A;  4Y9N A;  3ABO A;  3W1X A;  4J3T A;  2R24 A;  4QNW A;  1QI2 A;  1UKQ A;  5HQM A;  2WVU A;  1HL9 A;  4GGH A;  1S2V A;  1OGG A;  3KHJ A;  1FXP A;  1G67 A;  1KRA C;  4ONV A;  1MEW A;  1R87 A;  1JPI A;  2BAS A;  2QDE A;  2A6N A;  1DIE A;  5DQP A;  3W29 A;  4HHP A;  3R1Z A;  4TU1 A;  4J9J A;  3GTF A;  1UH4 A;  1ZZM A;  4XBK A;  2QUT A;  2PDW A;  4MWA D;  3SSJ A;  2AAA A;  1B0I A;  3M0X A;  2ONE A;  4IMF A;  1GYL A;  2X1R A;  1WNO A;  4M29 A;  1C92 A;  5JIW A;  4HMD A;  2BXY A;  3T8Q A;  3IJ9 A;  4C6O A;  2QVN A;  1OFD A;  1B90 A;  1X7I A;  1LRT A;  4FXJ A;  3EAU A;  2PWV A;  3CHV A;  3RM4 A;  4F0L A;  1S5M A;  2ZZ1 A;  2CET A;  4PC8 A;  1GVF A;  2PDY A;  1Q6F A;  3G18 A;  4JBR A;  3ZMR A;  1ODZ A;  2C91 A;  3TTO A;  1F4A A;  1E1C A;  3RM8 A;  3F5L A;  4IMC A;  2V6A A;  2INF A;  2GFT A;  4QQ3 A; 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