3OBKA

Crystal structure of delta-aminolevulinic acid dehydratase (porphobilinogen synthase) from toxoplasma gondii me49 in complex with the reaction product porphobilinogen
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
352
structure length
352
Chain Sequence
GPLDNNNYGEVWLPIQARPRRNRKNRAVRQLVQENLVKPSSLIYPLFVHDEETSVPIPSMPGQSRLSMEDLLKEVGEARSYGIKAFMLFPKVDDELKSVMAEESYNPDGLLPRAIMALKEAFPDVLLLADVALDPYSSMGHDGVVDEQSGKIVNDLTVHQLCKQAITLARAGADMVCPSDMMDGRVSAIRESLDMEGCTDTSILAYSCKYASSFYGPFRDALDSHMVGGTDKKTYQMDPSNSREAEREAEADASEGADMLMVKPGLPYLDVLAKIREKSKLPMVAYHVSGEYAMLKAAAEKGYISEKDTVLEVLKSFRRAGADAVATYYAKEAAKWMVEDMKGTQKFTEPCY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Toxoplasma gondii Porphobilinogen Synthase: INSIGHTS ON OCTAMERIC STRUCTURE AND PORPHOBILINOGEN FORMATION.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Toxoplasma gondii me49
molecule keywords Delta-aminolevulinic acid dehydratase
total genus 126
structure length 352
sequence length 352
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date 2010-08-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3obkA00
2H8ZA 1LORA 4K36A 4UFJA 3O07A 4DBEA 3LCLA 3CU2A 3DHDA 4AEOA 2ISVA 3UXDA 4Z1BA 1Z42A 4O50A 3Q94A 4LS2A 4X9SA 4JTKA 3JRKA 5CPLA 3L0NA 2BXVA 4JTIA 1IXOA 1WQ5A 3KX6A 1RD5A 1I4NA 5FI8A 2C6QA 5KZEA 5G2WA 2CLMA 4HT3A 4M6PA 3W7QA 1RR2A 3MO7A 1OYCA 1SW7A 1HFBA 4WXYA 5FF3A 5HWJA 1R30A 4DF0A 4JTUA 3W2MA 2QCDA 3LGEA 5EMUA 1NSJA 3FJ6A 3ZWTA 5LHFA 3SZ8A 1SSDA 3EWZA 3QYQA 1OX4A 4DPQA 5D2TA 1H7NA 3STFA 1XUUA 1ZAIA 1ZAHA 2V82A 3OIXA 1Q6QA 7TIMA 4LVAA 3P80A 1JCMP 4WUIA 3TK7A 3W75A 1TCDA 4JX6A 3HGJA 5AC7A 4RK8A 4GUJA 5HJLA 4TIMA 4P61A 4Y8FA 5DCEA 3FKKA 4PL2A 1F74A 5KSWA 2PRHA 3KVLA 2VFGA 4UUIA 4C1KA 2NV1A 4TX9A 4AB4A 3PBWA 3G3MA 2GQ9A 3LCXA 4HNNA 4N4QA 2VOMA 2BTMA 3HPSA 1MSSA 3L9CA 3GDRA 2ZZ7A 3B04A 1UB3A 5C6MA 3NXFA 4UFHA 1CI1A 1DJQA 1I2PA 4YL2A 1W5MA 4WX2A 2EPHA 4TU1A 3CPRA 4BK9A 3TJLA 4CNOA 2QUUA 4O10A 2QCGA 3TR2A 1H61A 4MFDA 1VQTA 3TH6A 1KV8A 1NFBA 2YGYA 2E5CA 1RQBA 2CLLA 4FIRA 4OU1A 1EP2A 2O7QA 3MUXA 4PTNA 3DH7A 3O05A 4FXSA 3O8AA 2VKZG 1KFEA 1TV8A 2YFOA 2WSYA 2J9ZA 3P5YA 2CLKA 3DHFA 1LRQA 2O7SA 3IIXA 1OYBA 1SO5A 4KFOA 4MY9A 3GLCA 1ML1A 2UV8G 3G1SA 3EB2A 4UNKA 2Y61A 3BLIA 3W87A 3THAA 1H1YA 5AC6A 3BG3A 3DZ1A 2ABBA 1R2SA 3NAVA 2GQAA 3OVPA 3SSJA 2P0OA 4R33A 5AHFA 4LVDA 3O16A 3WK0A 3UWZA 2R91A 1VPXA 2NXHA 1TQXA 1UUOA 1Z48A 1GPWA 1W0MA 3KOFA 3KVKA 3O6DA 4MLRA 4ZQOA 1VC4A 3RLVA 3L2IA 3VI2A 3CIXA 4QISA 4HN4A 4OQVA 3S1XA 3F4WA 4DBDA 2TYSA 1JUBA 4JR5A 4N6EA 3TA6A 2H3BA 2OT0A 3EKLA 1OX5A 2NWRA 1G4PA 1TMHA 5AHNA 5BMWA 4AMAA 1K8XA 3M44A 2Y6ZA 5K9XA 2DZSA 2X16A 4X22A 4R34A 4QIUA 5LGZA 3T55A 2JK2A 3NGJA 1LLZA 5D2YA 4LC8A 2DZTA 1W3IA 4I7WA 2E1DA 4LVGA 3P61A 1EEPA 4WQ6A 3Q37A 1L6SA 3W2KA 5CZJA 5FF7A 1VHCA 3MP4A 4O8RA 4MZ1A 4FB7A 2ZDRA 3SJ3A 1OFBA 4DEFA 2V0TA 4RZ6A 3STCA 4HNUA 2QKFA 4NUWA 4DF1A 5HULA 3G1AA 5CZSA 3S0CA 2YFNA 2YX0A 4QNWA 4HNTA 4NZFA 4BR1A 4JDBA 5FEPA 4N9DA 1KTBA 4K38A 4GJ1A 3LHWA 3P67A 1PCKA 3W7KA 3THQA 4ZQRA 4UTKA 2C14A 1I2OA 2H8XA 2ATMA 3LRKA 3USBA 1NF7A 1EX5A 3QSRA 1XI3A 3W7GA 2NWSA 4DF2A 2V8ZA 3PY2A 1KV5A 1A50A 1DQXA 1B9BA 2ZCGA 5K4XA 3ZS4A 2GOUA 3ZR4A 2ZQ0A 1KA9F 2VEMA 1BWKA 1TV5A 2FJKA 5AYYA 4Z0JA 1SW3A 3UWWA 5D04C 3W7DA 3W7IA 4MFEA 3QW3A 1ZJIA 1R2RA 4LS1A 3UY7A 3W3OA 3NG3A 4K39A 2CLOA 1MXSA 1WX0A 3N9SA 1O94A 3W1RA 1QWGA 3M5XA 4JX5A 2QEZA 3F03K 3N14A 2QCFA 1JRBA 3HGSA 5D38A 2A4AA 1GZGA 2WJZA 1A5AA 1TO3A 3FLUA 1EWEA 3L66A 4QAIA 2QDHA 1AL8A 3LHTA 1WOBA 2C0AA 4MYAA 4FNPA 1EIXA 1XBVA 3M41A 2VFHA 4TO8A 2YW3A 4PEKA 3OHIA 3H55A 5D2VA 3C2VA 3FS2A 4HHPA 3P60A 5CSRA 1X7FA 1Q45A 1PE1A 5FEXA 1T99A 4K8HA 2PC4A 2ZZ4A 1F5ZA 3SW6A 2PURA 3B06A 3KVMA 3RU6A 1Q3NA 2QDGA 4GUHA 1PHWA 4NJIA 3FEMA 3IGUA 1G67A 4JTHA 3YPIA 1X1ZA 4JTTA 1KM5A 1FY6A 1THFD 1K3UA 3DFNA 3IEBA 4I9AA 1M7PA 1GVFA 1K03A 1TRIA 3S1VA 1SFLA 5E0KA 1T0OA 4LV4A 4ML9A 4ZZ9A 4O1AA 4UTLA 3OBKA 1TB3A 4RLIA 3TMLA 3F1QA 2QAPA 5LNWA 1LZOA 3GYEA 4DO6A 1WXJA 4AWSA 1TIMA 3LXCA 4NX5A 1KM0A 3BLFA 5HWMA 2VXNA 3TDFA 1VH7A 1TPB1 3ELFA 4XZ9A 4IWWA 4UTJA 3S5YA 5K7JA 1GYLA 4YXGA 2PCQA 1TPEA 5F1VA 5L6UA 3UWQA 2RDUA 3IIZA 1W5PA 3O6CA 2QJHA 1EP3A 1UUMA 4S2CA 2A6LA 2I1OA 4WXZA 1DBTA 5HUOA 2AGKA 5TBOA 3C2RA 3RF9A 1ZENA 3W7HA 1GVQA 1R46A 2QJGA 4GC4A 1TSIA 3PG8A 3Q58A 3NPVA 3NQGA 5HR7A 1KFJA 4GNJA 1QNVA 3DGRA 1B57A 4RXGA 1LOQA 3M16A 2YXGA 1JUEA 2CLEA 4AWTA 3MJYA 1OFRA 2NXIA 3O6YX 4N4PA 3OVRA 5DBUA 3RLUA 1QPQA 3KAOA 2OJPA 3W7JA 3TMQA 2J88A 4O17A 3EX3A 2CWNA 2Y7GA 5T26A 3PC0A 1RQEA 3ABQA 1F6KA 2J9XA 2DZUA 4LRTA 3C2FA 4ADUA 2CFFA 2CLHA 2C13A 4NZJA 3NQCA 4UNLA 3W88A 1H62A 3NPUA 3FA5A 1SO4A 4LV9A 1IF2A 1YPFA 4O28A 1SZNA 4JTFA 1VHNA 2CZ5A 1O5KA 1UJPA 4JIQA 2TMDA 1ALDA 3LCFA 1EWDA 3GDMA 4UFMA 3NPWA 1OABA 3N2XA 4Q32A 3W1AA 4A3UA 2ZRZA 5G4WA 2ZZ3A 1LRNA 5DBTA 2ATSA 1QOQA 2CLIA 5CGQA 4UMBA 2YYTA 2NXGA 3C6CA 5KZDA 2GVLA 4CLMA 1OFQA 4NX0A 1TQJA 2FQIA 3IGXA 4FNUA 4NJHA 4IMDA 1JULA 3RFAA 2ZYFA 4AWUA 4WOZA 4IMGA 3IV3A 5K3VA 1KM4A 2D73A 1TTPA 2E6DA 3QH2A 2EAWA 2A1YA 3N73A 1WOAA 4M6QA 4RZ5A 1BEUA 2QUTA 3G0XA 5G2HA 2ABAA 1PVNA 3UY8A 1L9WA 1BKSA 2NX1A 5CPMA 2B7PA 3MI3A 3CLMA 4N9CA 1OF6A 4HSOA 2NX3A 4M7TA 4UFIA 3R89A 5F4SA 3WJYA 4O18A 3WK3A 3W7LA 1GQNA 1U5JA 4A29A 2QR6A 5BNKA 2Y7FA 3HJZA 1TPFA 1MEIA 4IXHA 3S1UA 3W1QA 3TSMA 1VZWA 3LOTA 3STEA 3OG3A 2EGZA 5ABTA 3TX9A 3QJAA 3M0ZA 1GYNA 3GR7A 5AYZA 4DQWA 5C5YA 2H90A 5KITA 3GAYA 2Y88A 3N9RA 4EF8A 3S1WA 1SPQA 3PBVA 2G95A 4O14A 3NQVA 4JIPA 4K37A 5AOUA 3LTPA 2WSQA 1W5OA 3P5ZA 4BWLA 5TQLA 2X2GA 3CQ0A 4JYFA 4XQ6A 1GTHA 3VE7A 2A7NA 3PULA 3GAKA 4JEQA 4FNQA 3W2LA 2RHGA 5AB3A 5C2XA 4Z1AA 3NQEA 1M7OA 4UMAA 4S2BA 4JTGA 1OFOA 3GKFA 2VEPA 3WJWA 1T96A 1FCVA 3E02A 3QC3A 4ORIA 4LTSA 3FKRA 3HG2A 3QEZA 4RXFA 4IUOA 1W1ZA 5FESA 1PIIA 3NL5A 1AG1O 3MP5A 2EF9A 3LBMA 2RFGA 5EL1A 4C1LA 4OWGA 4Z1CA 4JTEA 2GUUA 1KLYA 3QF0A 4OT7A 1LTDA 4JDYA 2R94A 3P84A 1A5SA 3WK1A 4EWND 5SWUA 1OJXA 1VR6A 3M1ZA 5CSSA 1JCYA 3W7NA 1K7EA 3ABSA 2A2IA 3DKLA 1E51A 3GKAA 2E6AA 3QW4B 4MIMA 4QITA 5A8GA 1GG0A 1MEHA 2CU0A 1L2UA 3C61A 1R2TA 2DP3A 3M43A 1I2NA 1O5XA 3MI6A 3UD6A 4J9JA 5LNUA 2FPTA 3HPXA 2PRLA 1W3TA 2WQPA 1SQ7A 1YTKA 3I7QA 4FXRA 3T40A 4DO4A 1VYRA 2YW4A 3LI0A 4UTMA 1ADOA 1EB3A 2FIQA 3UXAA 3S42A 4OV9A 2PE4A 1LBMA 3CWOX 4E2BA 1OK4A 2ZA2A 4KFPA 3TROA 4ZMGA 4CNNA 3NQDA 4NNCA 1DQWA 1TTQA 3TAKA 4TMBA 2Z1BA 2V5LA 2ZTKA 4OHQA 5HR6A 3W1XA 3M47A 3BLEA 3V1PA 1OX6A 4GBUA 4GE8A 3E9AA 5G4EA 1FCQA 4A2SA 3EEGA 3DI0A 3W1MA 3EX2A 4UMCA 3C4UA 2I14A 2B7QA 3G1VA 3EX6A 1ME8A 4NQ1A 3WFAA 4NJGA 4O11A 5AHMA 3B4UA 3UQNA 4K8EA 3R8RA 1NEYA 2Z6JA 3HQ1A 5J5RA 4E0CA 4PC8A 2XN1A 3QMTA 2QCLA 3NL6A 3VNDA 3M5VA 1FUYA 1J4EA 1YTDA 2A0NA 3GX9A 4FX7A 1I45A 1GOXA 3LRMA 2A7PA 3P82A 4N9EA 3NQ2A 1OVDA 4ZL1A 1R47A 4LOCA 2V30A 4S1FA 3K30A 4AXKA 3PVFA 2GVJA 3CWNA 3C3NA 1DV7A 1LDCA 3INPA 1AW2A 1KM6A 2J24A 2QCNA 5KMYA 1XBZA 1A5CA 3TE9A 1YDVA 4Y90A 2BZNA 5DY2A 3VCRA 4H4IA 4FNSA 4UFKA 1WAUA 3QMRA 3PUDA 3NQ8A 3N3MA 3S6DA 3B05A 2A21A 3RMJA 1C9DA 1O60A 1TTIA 5H91A 1VCFA 3W1NA 3HG5A 5CZ0A 3NDOA 1EPXA 2P1FA 2V2CA 3FJLA 2Q3OA 1GVSA 4FF7A 5FF2A 2GJLA 3LCIA 3NYZA 3NL2A 1KBJA 2QJIA 3NR0A 2X1TA 3N34A 4O4VA 3G1DA 5DCDA 4LVBA 3RK8A 1DKWA 2F7FA 2HS6A 3FFSA 5F2GA 2BWGA 1EP1A 3LTSA 4HPJA 1SZGA 5AHLA 3DFSA 4KKXA 5CPNA 3UWUA 3W7PA 3UZJA 3ABRA 3W07A 3KHJA 3E49A 4MUZA 3QSTA 4JN6A 4RX0A 5LNRA 1XCFA 4CQ8A 3EXSA 4Z0SA 5BMXA 4UXDA 3FOKA 3QZEA 3LLDA 1KTNA 2GPTA 1FWTA 4IOTA 1B3OA 1G7UA 3B0PA 4O4WA 1YPIA 3W74A 2RKXA 1DVJA 4HPXA 1KBIA 3I65A 2XN2A 4AF0B 2W0UA 4IXXA 3W85A 3L0KA 2E5DA 4A21A 4UTHA 4BI6A 3CB8A 3PSVA 4WY0B 1S5VA 1QAPA 3DFTA 4TMCA 4QJ1A 5BOOA 3W71A 3NZ1A 1WBJA 1ZAJA 2BSLA 3W7EA 1F76A 3TUUA 4BWLC 1SR9A 1P0KA 3L68A 3LTYA 2A6NA 3GDKA 2DJLA 4Z1DA 3C56A 2JKEA 1LBLA 1IXPA 3EWYA 2BX7A 3BW2A 5C54A 5D30A 2NX9A 3I7SA 6TIMA 3PUEA 1IIGA 1KFKA 1FDZA 2E77A 2F84A 3WJZA 1RV8A 2VENA 3M7WA 3MWAA 2XFWA 1T8XA 2HMCA 2X1SA 4M7SA 3NNTA 1RZMA 4BFAA 4UTTA 4NVTA 4O53A 1L6YA 1XBXA 2OZ0A 4X3ZA 4QQ3A 3RNDA 2Q3RA 4CCCA 5K9DA 2GQ8A 5D33A 4NXSA 1QR7A 4KWWA 1ZALA 3HMJG 2DZPA 5G1TA 2Z6IA 5G1YA 3SY5A 2J27A 3PB2A 4GFSA 2WSRA 4AVFA 3CT7A 3GDTA 1TPUA 3JS3A 1ME7A 1ONRA 1GJPA 2ZA3A 5D09A 4MY8A 1I2QA 2ZZ1A 4E2DA 3LHYA 1H7XA 3HGOA 3EWUA 5AC8A 4O57A 4YMZA 1OFDA 5DXXA 1B4KA 1W56A 4NNAA 4IX0A 3PF3A 4GUFA 3TQKA 4FEZA 4LUJA 1Z41A 4JYEA 1YXYA 2VC6A 4MKNA 3W1TA 3MHUA 5FEZA 3TXZA 3SGZA 4JGDA 3LCWA 1G7VA 3CM4A 3GIYA 3L21A 3EX4A 3QPZA 5I3IA 3D0CA 5MHBA 2NV2A 4O12A 1EUAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2VR4 A;  3S4T A;  2ZUN A;  1A5K C;  3GHS A;  4C6N A;  1OG6 A;  3CU2 A;  4AEO A;  4L80 A;  4JTK A;  5XIN A;  3JRK A;  5DML A;  4Z1Y A;  3AYR A;  3PFR A;  3WQP A;  4DJE C;  1LJY A;  1RD5 A;  5FI8 A;  5G2W A;  3W7Q A;  3CHC A;  4LFY A;  1SW7 A;  1BXN A;  4WXY A;  4AVO A;  4R3U A;  3WLR A;  1PDZ A;  5FF3 A;  5HWJ A;  4DF0 A;  4JTU A;  4GQQ A;  3ZIZ A;  5EMU A;  1JZ8 A;  2OO0 A;  1SGJ A;  1W9B M;  3UG8 A;  1WXZ A;  3ZWT A;  3WH5 A;  1BVZ A;  2VT0 A;  5E9X A;  2VUN A;  1OX4 A;  4DJD C;  5D2T A;  3EWD A;  1H7N A;  3STF A;  2HPI A;  2V82 A;  4PTM A;  1NWS A;  4WUI A;  4X0V A;  1IT7 A;  3TK7 A;  3W75 A;  1UWI A;  1UZH A;  5AC7 A;  4GUJ A;  4TIM A;  3WH8 A;  4P61 A;  1EYW A;  3WQD A;  1RCO B;  2WC3 A;  3FKK A;  1F74 A;  4PL2 A;  5A8M A;  5KSW A;  3KVL A;  2VFG A;  1OBA A;  3AU2 A;  2NV1 A;  3PBW A;  3LCX A;  2BTM A;  4AZI A;  1MSS A;  3ZST A;  1UB3 A;  3NXF A;  1DJQ A;  1I2P A;  1W5M A;  1ITU A;  4TU1 A;  3SUS A;  4JIE A;  3CPR A;  4CNO A;  1XIC A;  3TN6 A;  3TR2 A;  4CD4 A;  1H61 A;  2OFJ A;  4U3A A; 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