3OEXA

Crystal structure of type i 3-dehydroquinate dehydratase (arod) from salmonella typhimurium with close loop conformation.
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
251
structure length
251
Chain Sequence
KTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPKIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKKASAPGQISVADLRTVLTILHQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A conserved surface loop in type I dehydroquinate dehydratases positions an active site arginine and functions in substrate binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
molecule tags Lyase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 94
structure length 251
sequence length 251
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2010-08-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3oexA00
4HNUA 1K7XA 3P80A 3W7IA 4WOZA 1VYRA 5BMWA 4IGHA 3H53A 1Z41A 1ZAJA 3PUEA 4WXZA 3USBA 2WSQA 3W2NA 3QJAA 1H7NA 3M43A 4QAIA 3I65A 4GUIA 1UBSA 3NA8A 2B7OA 1BWLA 1W54A 4ADTA 3W2UA 1SZFA 3EX3A 1R30A 3GDRA 3IRDA 4UMAA 3FKRA 1R2RA 3DKLA 4UFIA 3TSBA 4DBEA 1EUNA 4CQAA 3TXVA 4LVFA 5LGZA 4WQ6A 4NJHA 3W23A 4GUFA 3MW7A 4RCXA 1OYAA 4JGDA 1PS9A 1LDCA 4NXKA 3CEUA 3BO9A 1G7VA 1OFEA 1NVMA 3P5ZA 3P61A 3QC3A 3RLUA 2V5BA 5HUOA 3HB9A 4U28A 2WQPA 4AB4A 1G4SA 3FIGA 3P5YA 5K9XA 1V5XA 4LWWA 2Q8ZA 2GVJA 3MHGA 1TTIA 4WD0A 2JBMA 3GK0A 4IMFA 1H5YA 3B03A 1X1ZA 6ALDA 3W7GA 2B7QA 5LHFA 1A53A 4AWSA 4GUJA 1X1OA 5DCDA 4ZQMA 1WQ5A 3IEBA 1OABA 3O06A 3TQKA 4ADUA 5G4WA 4Z1AA 4O17A 5F4XA 1KTNA 2R94A 5A8GA 3WJSA 4RK8A 3E0IA 1MZHA 3L65A 3CIWA 3W3OA 4RR4A 3NQ8A 3OA3A 5CPOA 4NZFA 3MMTA 2BXVA 1KW1A 3O07A 3U2OA 3HG4A 2PRLA 1HO1A 4ADSA 4AHOA 1PE1A 4O1DA 5K3VA 3Q94A 4O53A 1UCWA 2Y63A 4JR5A 4FNSA 5I3FA 1QPOA 2DZVA 5D2YA 1NSJA 2WNNA 1KV8A 4ML9A 3ZR4A 1P0KA 3VI2A 2V0TA 3DXIA 2W0UA 3W22A 4L4LA 4E2DA 1Y0EA 4M7TA 3W76A 4CNPA 2VEIA 1JUBA 1U83A 5E1QA 1W1ZA 3GXNA 4O18A 2V81A 1B4EA 2A5HA 5CSRA 3TU9A 1Z42A 1LROA 1GVOA 1SFJA 3DH7A 4NNBA 4HNTA 4PODA 2E6DA 4UFKA 1B57A 1OK4A 4MJZA 2P1FA 3WJYA 3B8DA 4BWLA 4LNYA 3LBCA 3SI9A 1YADA 2NUXA 3KFTA 4XBSA 1ICSA 2ABAA 3IGXA 3NL2A 1SW0A 2ZBTA 4DO4A 4K7YA 3LHYA 2CZDA 3EX2A 1B3OA 2NLIA 3DGRA 4UTHA 3M47A 4TMCA 2CLFA 1Q45A 3NQ2A 1B4KA 5D03A 3PSWA 4O15A 3TC7A 3M5XA 1XXXA 1B9BA 1DOSA 4MPQA 3L67A 4LVBA 5CZSA 4TIMA 3STGA 4OV9A 4QISA 1QWGA 3MJYA 1QPQA 3MI3A 3IIXA 3L5AA 4UTTA 3OBKA 4ALDA 4Y8FA 3IVSA 3G1FA 3KVMA 1FBAA 3W6YA 5GVJA 4JIQA 1S5TA 2WSYA 5AYXA 1WBHA 3LCGA 4DF0A 4YLWA 1TCDA 2GVGA 4MUZA 2WOQA 3TSDA 2HS6A 1I45A 1T8XA 4JTUA 4XTIA 1T0OA 1XI3A 2BLEA 1LRTA 3HJZA 1WYIA 1QCWA 2TRSA 3PR2A 1HTIA 3GXPA 3S1XA 3F4NA 2CLLA 3LHTA 3C8FA 4JTEA 1YDOA 3EX1A 2HSAA 3G1XA 4MJMA 5C5YA 5CKSA 4MY9A 3JS3A 4LY8A 4BR1A 4Z1DA 3BPWA 5DLCA 5HR7A 5AN7A 4KWWA 3M16A 3CIXA 1VHCA 1K7EA 2QCLA 1ZENA 4JX4A 1DQWA 3S5OA 5C54A 2GJNA 1JCYA 1KM5A 4H4IA 1W5MA 3QW3A 3W1PA 4XBKA 3NM3A 1OFDA 4NX5A 5KZMA 4ZQPA 3DHFA 3LTYA 2V30A 3OHIA 1TYGA 4P61A 3T40A 2RHGA 3NAVA 2TMDA 1SZNA 1G4EA 4LOCA 4UXDA 1WOBA 2PURA 3R5EA 4OQVA 3QW4B 4JYEA 3PSVA 3TUUA 1H1YA 1EIXA 2ZFAA 3CQ0A 3RFAA 5LKYA 2W6RA 3V75A 1UUOA 2Y7EA 3TIMA 1XKYA 3W1UA 3G1YA 1H7WA 3C61A 3RU6A 5DBUA 3T4CA 4ZZ9A 3QQ1A 4NNCA 3NL3A 1VPXA 2Z1BA 3TSMA 2X1UA 3O63A 3HPZA 3UWWA 4HNVA 3UXDA 1W3IA 3CU2A 4Y6GA 1OHLA 4N9BA 4MY1A 3L0NA 1LRNA 2NV2A 1TJPA 5F2GA 2YW3A 2GJLA 4QITA 1RQBA 4BFAA 5AC6A 2NX1A 2CFFA 4E2BA 2A21A 1YXDA 4JX6A 5D2WA 4LRSA 1W0MA 2QJIA 4LS2A 3Q37A 5AYYA 4UMBA 1H60A 1XFBA 3SW6A 1RZMA 3H54A 3LERA 5G2IA 5K7JA 1W3TA 4WXYA 4AF0A 3VFLA 1JUKA 3W84A 3NL6A 5L9FA 2NZLA 4DBDA 3SZ8A 1F05A 2A6NA 1GG1A 1WX0A 1YDNA 1J4EA 3GR7A 2R8WA 1ICPA 3C2FA 1GZGA 2CLOA 1FWNA 1SPQA 4Q4KA 3S0CA 3M5YA 3PBYA 4JICA 2C6QA 3TNOA 4NUWA 3R2GA 3PY2A 4O1BA 4UTKA 1I2PA 2ZZ6A 5J5DA 1QPRA 2QCEA 5U4NA 1L6WA 3HIJA 3F1QA 3W1XA 1DJQA 3GVGA 3HBLA 2FDSA 1VRDA 3PVFA 3MUXA 3IIVA 1M7OA 4DXVA 5F4SA 3PG8A 2I9EA 1TV8A 5I3GA 4IUOA 3BV4A 3QRHA 3PULA 3TJLA 3NXFA 5DCBA 3T44A 2YCEA 4GE8A 3M9YA 3W7HA 2DP3A 4UNKA 4M6PA 1ME8A 3TR2A 1JULA 2QEZA 4CCCA 2WNQA 1GYNA 2RH9A 2RDWA 3W07A 1KBIA 2A6LA 1YPIA 3N2XA 3LLDA 3VE9A 4S1FA 1JRBA 2OT0A 1VC4A 3C6CA 2ZQ0A 1SQ7A 2BX7A 1IGSA 5LNRA 1IF2A 4LUJA 4IQLA 1GVQA 2VOMA 3SGZA 1XBYA 3DFSA 1JVNA 1OYBA 2X1RA 1ML1A 2NV1A 2ZA3A 1RQEA 1ONRA 1NF7A 4MY8A 4JY9A 5K9DA 1RD5A 1KM6A 1OF8A 2Y7DA 2E5DA 2ZRVA 1SO5A 1O95A 2G5WA 3O6CA 1F76A 4DELA 1LLZA 2EPHA 1F74A 1FXQA 6TIMA 5K9CA 2GQ8A 1J5TA 4IMEA 1FQ0A 1EP3A 4DQWA 1FWSA 4JEQA 4TO8A 3EKLA 3EX6A 4CLMA 1M5WA 3C2OA 4WY0B 1IXOA 1TREA 4WX2A 1G69A 5D04C 1IXNA 3CB8A 5HNRA 4FNQA 3L66A 2C18A 1DL3A 3UD6A 4UTLA 4RXFA 3W7LA 2E5CA 1SO4A 1A5CA 2DZSA 3W2KA 1YLVA 1TPDA 3W7EA 3PM6A 4EF8A 2DJXA 2RFGA 4A21A 3NYZA 4JDYA 1QPNA 5AOUA 4RXGA 1NAL1 1AL7A 1KLYA 4NJJA 5EKYA 4FX8A 1TPB1 1KTCA 2WO5A 1VH7A 3A22A 1GVRA 4IOTA 3DI0A 2UV8G 3LCXA 3OVPA 4WJEA 1DVJA 3GKFA 3N19B 3MO7A 4JXCA 3UZ5A 1SZEA 4MVAA 4IX2A 3UPBA 1K8ZA 4N9CA 3DU0A 3EWZA 1IIGA 4PA8A 4PCFA 3TA6A 4IMDA 5DBTA 2PE4A 1WAUA 4OU1A 4EOUA 3C52A 2NX9A 4NVTA 3NPUA 1LBMA 3W7JA 4FNRA 1FY6A 5DN1A 1SO6A 1G4PA 4PFMA 3W7NA 3HGSA 1K8XA 1GG0A 2ZZ4A 3OIXA 3W1QA 3CT7A 3O8AA 5EA9A 2J88A 4CNOA 1F2JA 1G4TA 3A5VA 3IGSA 2J27A 3I7QA 3W7QA 4LTSA 3BLEA 1L6YA 4HPJA 4UTJA 1R2TA 2C15A 1KFBA 4HSOA 5FEWA 5G2WA 5AFDA 2G95A 1HFBA 5KTLA 2CW6A 1PHWA 4X2RA 1OF6A 3EWUA 1VCGA 3BLFA 2TPSA 3KVLA 3G3DA 2QCFA 3HPSA 3THAA 4KWVA 2C19A 2QCGA 4GBUA 1AK5A 1R47A 2PC4A 2YZRA 3KRSA 2E1DA 3FA5A 3P8JA 3STEA 1PIIA 3BG5A 4S2CA 4N9EA 3MI6A 3PG9A 4MLRA 5AC7A 3F4WA 2QCDA 5TQLA 4I7VA 1TV5A 2JK2A 3DFPA 1W56A 4Z1CA 1JUEA 5F2LA 4AH7A 4GNJA 1OYCA 4GWEA 2XN2A 4ORIA 1TV7A 2RDTA 1ZAHA 5AHMA 2HS8A 2B4GA 1SSDA 3P62A 1OX5A 2J9XA 3UNDA 4K38A 1XBXA 3ZWTA 1F73A 1XBZA 2QAPA 3LGEA 3LLFA 3W83A 3ABRA 3C4UA 4LUIA 3G18A 3GZ3A 5D2TA 1JCXA 3LX9A 1TPWA 3WFAA 3B04A 5A5WA 1YTEA 3TC6A 4JTSA 3QPZA 2ATMA 4UFJA 3S5NA 1TMHA 2CZ5A 3E9AA 3W7RA 3CTLA 2BSLA 3OEXA 2QR6A 2GQAA 3W1TA 1H63A 2FIQA 2VENA 3PB2A 3EWWA 3KHJA 5CZ0A 5EPDA 3LHVA 4N9DA 4K8EA 1GTHA 3FYOA 5KZEA 1XUZA 1SW7A 4FF7A 1AL8A 2OZ0A 5K4ZA 3Q2DA 4O54A 1C9DA 1R2SA 3MYOA 1KM1A 4P2VA 2E6FA 1QO2A 1OFRA 2JKPA 3NQEA 4HKPA 2QCMA 3DFTA 2VFFA 4UR7A 2A7PA 5FF7A 2V8ZA 4LV9A 4UTWC 4H6KA 5J5RA 3VKJA 3UXAA 4AMAA 2GPTA 4EWND 4JTIA 3O6YX 4LVAA 4IXHA 4DO6A 2CU0A 4K36A 5KITA 3PBUA 1E51A 3W71A 3L0KA 5HWNA 1VJIA 3SFKA 3P60A 2JGYA 2KZHA 3QM3A 1H7XA 1Q6LA 3M0ZA 1DQXA 1TQXA 3L2IA 4HNNA 2A4AA 3VCRA 1WDWA 4L4MA 1KM0A 2ABBA 5IM51 3A5FA 2X1SA 1EP1A 1SFLA 4OHQA 1KFJA 5F4WA 3NQVA 1W31A 4ORMA 3R12A 3M5ZA 1ALDA 4LU0A 4JTKA 1N8FA 4WZHA 2VEKA 2Y6ZA 2Z2UA 3UY7A 4DPPA 3M44A 3NQ7A 5E93A 4ZQRA 3IVUA 3C56A 4OV4A 5HR6A 1FWWA 1R46A 3Q58A 5FEZA 2YW4A 3QFEA 1N7KA 3C2VA 2HMCA 3E49A 5CG7A 3W75A 2ZRUA 1KLZA 2YGYA 4JTHA 2YFOA 4QIUA 3ZWSA 4NZJA 2ZZ2A 3EWBX 3W9ZA 5LZLA 4O1CA 3W2JA 3WJZA 4JTTA 1GWJA 4R53A 3JR2A 3GDLA 4GC4A 1NFBA 4I7WA 4JNMA 2Q8LA 2QUUA 3IIOA 1HG3A 2EAWA 4BI5A 2QJGA 4MOZA 2Q3OA 4MFEA 5G4EA 5FEPA 3AO0A 2DJLA 3MHFA 1XCFA 5CPMA 3MI2A 1CX9A 3GR8A 1DHPA 3TROA 2R91A 2Y85A 1NF0A 2YYTA 3TAKA 2Y88A 2J9ZA 3TCEA 4BF9A 4Y9AA 4K8HA 4UUIA 4DF1A 1AMKA 1VYSX 4WY0F 4O8RA 2CZFA 1OVDA 3LCWA 3LXAA 4AWUA 1GT8A 1W8SA 3QEZA 2C14A 3O1NA 5KINA 2VFEA 1KM4A 3S6DA 2YX0A 3BK0A 1MEWA 2P0OA 3M1ZA 3R13A 1IIHA 3L5MA 4ZQOA 1G7UA 2E68A 3W7PA 1O94A 5G1TA 2ISSA 1M6JA 4KFPA 2FTPA 1OFOA 4WUIA 2Z6JA 4O10A 1GOXA 5D32A 4JD4A 4XUGA 2X30A 3T7VA 1KFLA 3CWOX 1SU5A 1LBLA 3M7WA 1TRIA 2DZUA 4R34A 1OFBA 2IQTA 1MXSA 1K02A 3MP3A 3W1NA 4NU7A 2VEPA 1A50A 4Z08A 1K3UA 2Z6IA 1W5NA 4MZYA 5AHLA 3EXRA 5FEXA 4JYFA 5DELA 1WA3A 4HIBA 3GAYA 4CCEA 2RKXA 3ZFHA 3N2MA 3GNNA 4A2RA 2WKJA 5HWMA 3LV6A 1UUMA 5LSMA 4O1AA 1YXYA 1H1ZA 3GB6A 3TDFA 1BKSA 1KTBA 2VXNA 2X1TA 3G1AA 3W87A 3UWQA 3I7SA 3NPVA 1S5VA 4QQ3A 4ONVA 3NZ1A 3GXTA 3DZ1A 4AVFA 4CQ8A 2H3DA 4O16A 3TMQA 3B05A 2C3ZA 5ABTA 3NL5A 2VKZG 1K8YA 1VGAA 4BI7A 3RLVA 2QCCA 1OFQA 3N14A 1KM3A 2Y7FA 3W1MA 3SIZA 3GIYA 1D3HA 3G8RA 2QF7A 3ANYA 4TU1A 3FJ6A 4M5PA 5IBXC 4FNTA 5LNWA 3CWNA 4IWWA 4UTIA 3W70A 4N02A 4MZ1A 5C6MA 1QNVA 1OFPA 4NNAA 5DXYA 2ZCGA 3DAQA 2EF9A 1FCQA 1XDLA 5AHFA 2O7SA 5KZDA 4AF0B 1EPXA 1EB3A 1FDZA 5TBOA 3NQMA 5MHBA 2D73A 1T96A 3NZRA 4ZVJA 3DFOA 3PC0A 1GVSA 3V1PA 4POCA 4GFSA 1D3GA 2ZRXA 5D33A 2PCQA 3K30A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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