3OVPA

Crystal structure of hrpe
Total Genus 80

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
221
structure length
221
Chain Sequence
GCKIGPSILNSDLANLGAECLRMLDSGADYLHLDVMDGHFVPNITFGHPVVESLRKQLGQDPFFDMHMMVSKPEQWVKPMAVAGANQYTFHLEATENPGALIKDIRENGMKVGLAIKPGTSVEYLAPWANQIDMALVMTVEPGFGGQKFMEDMMPKVHWLRTQFPSLDIEVDGGVGPDTVHKCAEAGANMIVSGSAIMRSEDPRSVINLLRNVCSEAAQKR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (19-29)EMPTYS1 (6-9)S2 (34-40)S9 (193-196)TI1 (11-14)TI2 (15-18)AH7 (198-202)TIV8 (203-206)S3 (47-48)AH2 (51-61)AH3 (79-86)S4 (67-72)S5 (90-94)TIV4 (73-76)3H1 (76-78)TI3 (94-97)AH4 (101-111)TI5 (120-123)TI4 (95-98)3H3 (129-131)TI6 (131-134)S6 (114-119)S7 (137-141)3H4 (154-156)3H2 (125-127)TI8 (167-170)AH5 (157-166)AH6 (182-189)S8 (171-175)TI9 (179-182)AH8 (206-223)TVIII1 (42-45)TVIII2 (98-101)TI7 (132-135)TIV7 (175-178)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Isomerase
source organism Homo sapiens
publication title Conversion of D-ribulose 5-phosphate to D-xylulose 5-phosphate: new insights from structural and biochemical studies on human RPE
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribulose-phosphate 3-epimerase
total genus 80
structure length 221
sequence length 221
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.1.3.1: Ribulose-phosphate 3-epimerase.
pdb deposition date 2010-09-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00834 Ribul_P_3_epim Ribulose-phosphate 3 epimerase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3ovpA00
1BTMA 1UCWA 1O94A 1TQXA 3NOEA 2E68A 4DEFA 4IMEA 4UMCA 2ZRUA 3VNDA 3O05A 3P5ZA 5J5DA 3UXAA 1IXOA 2YW3A 2A1YA 3WK0A 1RQEA 1PE1A 3Q94A 3A23A 2B7PA 4NUWA 3NM3A 5L9FA 3UZJA 4Z1BA 3W2UA 4IMGA 1AK5A 3L5MA 3T55A 4AB4A 3LCFA 1F5ZA 1GTEA 3TW7A 4YWIA 3B0VC 1RVGA 4RKAA 2QDGA 5FF2A 1XBVA 3JS3A 3HGRA 4MVAA 2E6FA 1OFAA 4MY1A 3M43A 1F7BA 4JICA 1N8FA 1W5QA 1GPWA 4WX2A 3OG3A 2DORA 3O6CA 5BNKA 5GVJA 5AHNA 1YXDA 3YPIA 2RHGA 1P4CA 2ZZ1A 5I3IA 3W1AA 2C6QA 4CNPA 2NUXA 2A6LA 2P10A 3G0XA 4RJEA 4MUZA 3SGUA 5CPNA 2FDSA 3W7QA 2F84A 3MHGA 4JX4A 4G1KA 4HT3A 3UWZA 1IXQA 2O7SA 3NA8A 4OBTA 5AHIA 1JUKA 3B06A 3M6YA 3THAA 4AMAA 1SW7A 1XDLA 4PFMA 3DI0A 3O63A 5AFDA 3NZRA 4OQVA 5F1UA 3S8HA 1R2TA 2RH9A 3ANYA 4UTKA 1SQ7A 3DH7A 1QPRA 4Q4KA 1VHCA 3LBMA 4CCCA 5L6UA 1PS9A 2X1UA 4O12A 1ONRA 2E5DA 4DO5A 2FB3A 3TW6A 3DAQA 2Z6JA 5H91A 1KBIA 3RLVA 1KA9F 3KOFA 3FS2A 5HINA 1JUEA 4MLJA 3RU6A 1EEPA 5LNUA 5KINA 6ALDA 4EF8A 2QCDA 2X30A 3EX1A 4PH6A 4X2RA 1W54A 4N6FA 2QJIA 4ORIA 3S1UA 1EP3A 1QO2A 2X16A 3SSJA 1Q6LA 2P1FA 4IMFA 2X1TA 2Y7GA 3CM4A 1I2NA 4FHAA 2DP3A 1W5PA 3DZ1A 4GUGA 3HG2A 4RLIA 5C54A 2OMAA 3G1HA 3M9YA 2ZRZA 1JJKA 3NQEA 3N2MA 3NPXA 4UTWC 4WD0A 4UIOA 4M6QA 3W2MA 2C13A 4AAJA 4E2DA 3HJZA 5CG7A 1K8ZA 3M5XA 4MYAA 1BWLA 1KM3A 1LLWA 1ZJIA 4MZ8A 1H5YA 4R34A 4O18A 4TU1A 4DXVA 3W9ZA 4O11A 3P60A 5BRBA 2WJZA 3B05A 2BTMA 2ZZ3A 1E51A 2G5WA 2V9DA 2CWNA 2VFEA 4IUOA 1TPFA 5I3GA 4QSHA 3VE9A 4NXKA 1AW5A 1LCOA 4ZMGA 5LNRA 3DFTA 3PB2A 5FI8A 2WQPA 4S1FA 3MWAA 2B4GA 3H55A 1F2JA 5DN1A 5CZTA 4WY0B 1HO1A 1FUYA 1O5XA 2XN1A 4NZFA 3GXPA 2A0NA 3W1NA 4JDBA 3W7JA 4O19A 3R8RA 2Y88A 1L9WA 5FESA 3G1FA 3GAYA 1FWNA 5DLCA 5HR7A 3LI1A 3C3NA 3BGJA 4N9EA 4AVFA 4GE8A 2YYUA 4LNYA 1LBFA 2B7NA 2FPTA 3GXNA 5F2GA 1P0NA 3N73A 3PB0A 3EXRA 4IMDA 4BFAA 1WV2A 3UWVA 1XUZA 3A22A 1ICQA 3CIXA 1UUOA 3HB9A 1TV5A 2H3DA 2A85A 3INPA 4O53A 4HSNA 3UWWA 5EBUA 4BK9A 3KFTA 3TQVA 1P1XA 1UASA 3EX2A 1LOLA 1SR9A 4ZQPA 1L2UA 4IJBA 1ME7A 1OX4B 3HPZA 4UFMA 3DXIA 2NUYA 5AC6A 5C2XA 1ZCOA 1XUUA 3BW2A 5G2WA 4MKNA 4WOZA 4JY9A 3TQ0A 1QPNA 3H54A 4JTKA 3TFXA 2QCCA 5G2IA 5BW6A 3TIMA 3F4NA 4L4LA 1N55A 2H6RA 4K38A 3W7OA 4A2RA 2PRMA 2H8XA 2BZNA 1WA3A 2TMDA 1FCUA 4OE7A 3B4UA 4WXZA 2CU0A 1PVNA 3KVKA 1G7UA 4O54A 2C3ZA 1N7KA 3RNDA 3O15A 4AF0B 5K2ZA 1SFJA 4Y6GA 1AL7A 3NPVA 5AC7A 4UFIA 4GNJA 4I7VA 1VHNA 3A5VA 1P5BA 1VCFA 1NF0A 4NNAA 4RZ6A 3RF9A 2VC6A 3PM6A 1XI3A 3BV4A 2NWSA 4JTEA 1KM4A 4UTUA 1PHQA 3C56A 1DJNA 4N9DA 4GXMA 3W2NA 1G7VA 3B0PA 4FEZA 1CI1A 2QAPA 3EXTA 1QWGA 3A21A 3EKLA 4FO4A 4IX2A 1GVOA 2D73A 4ICNA 4NJIA 1SW3A 5KMYA 2W0UA 1ME8A 4K37A 2VFGA 4MZYA 5G4WA 2V81A 5HQEA 3PBWA 2NLIA 4O1AA 2NX3A 3PBUA 3W1LA 2RKXA 2ZZ2A 4L4MA 1TTQA 1OHLA 3DKLA 2ZZ4A 3NQ7A 3UXDA 1PCKA 3BLIA 4E0CA 3TV8A 2FB2A 4DF1A 3CWNA 4M7TA 5HUOA 3L66A 2G95A 3IGUA 5D38A 1F76A 4GUIA 1PIIA 3WJYA 1WQ5A 4K7YA 5DBTA 3KX6A 3HQ1A 3IGSA 2PCQA 3NQAA 3M44A 1KM5A 2YR1A 2GQ8A 4W9TA 3EWUA 1DHPA 3TUUA 3WJXA 1OF6A 2QCGA 3E02A 3SGZA 4WY0A 2A2IA 2O7QA 3O8AA 2CW6A 5AHMA 1TTJA 3S5NA 4KWWA 3CC1A 1IGSA 5HWMA 3ATYA 4O0ZA 3E0IA 2PRLA 1FDJA 1GVFA 4XBKA 1EWDA 4OT7A 3E96A 4O1CA 2CZDA 3L5AA 3HOJA 5FEPA 2X1SA 3ZFHA 3PUDA 2I1OA 2ATMA 1VGAA 1Y0EA 1TCDA 2QJHA 4WUIA 1R46A 4QNWA 1SO4A 2QCLA 2JKPA 5AYYA 2Q3RA 1GTHA 4XTDA 3N19B 3OEXA 4Y9AA 2KZHA 5LNVA 4E2BA 3HPXA 3EEGA 4CLMA 3LXBA 2A21A 3QEZA 2WO5A 3GK0A 3BG9A 4MJMA 5DCEA 3I7RA 2YFOA 1JCMP 3HGOA 3QMSA 2I14A 1SW0A 3TC6A 2QKFA 1LRNA 3W71A 3BG3A 4ZL1A 1V5XA 5D33A 3W70A 2JGQA 1FWTA 1OX4A 3ABQA 4MJZA 5CSRA 3LOTA 3P7YA 4HN4A 4HPJA 2HS8A 1WBJA 4JX5A 4QM1A 5DCBA 3P5YA 2RDUA 1XBZA 1O60A 2VEMA 3FYOA 3S42A 4I9AA 4JXCA 1LBMA 1GVQA 4Z0JA 1YTDA 3T4CA 1WYIA 1IXNA 2FQIA 1K7FA 1I2PA 2NXIA 1VCVA 1DVJA 1DJQA 1OFBA 3LRKA 4NZJA 4JR5A 3W7PA 4M5PA 4AXKA 2ZA3A 3W7CA 2HS6A 4PC8A 1ICSA 1W8SA 1TTIA 3DFPA 2XN2A 3P74A 4NX0A 4X3ZA 3SI9A 2Y7FA 1H60A 1O95A 1EX5A 4UFKA 3TJXA 1JULA 1U83A 2VEIA 3QSRA 1K3UA 3PVFA 1JUBA 4NJKA 2VFIA 5KZDA 4JYEA 3TU9A 4HPXA 2GPTA 2J24A 1W31A 3NL6A 4JD4A 5HWNA 1WAUA 1S5VA 4NT0A 3W76A 3GLCA 2V8ZA 1P0KA 1YDVA 1ZHAA 4OV4A 2H90A 3SIZA 3EWBX 4CNOA 1LBLA 1FCQA 5D05A 3S6DA 1LRQA 4GRSA 3BW4A 3W7RA 1XCFA 1MXSA 4LUIA 3EX4A 3HIJA 4XTIA 2YX0A 4DELA 4K39A 3CWOX 3T44A 2YFNA 2GQAA 1ICPA 3G8RA 1RQBA 3M5ZA 3WK3A 3LHZA 5HJLA 3W84A 5D09A 3BLEA 4HSOA 4XUGA 3GDKA 1EP1A 3NZ1A 3IEBA 1S5TA 1LDCA 3FYPA 1QPQA 1SUXA 3LTSA 2DZVA 4TO8A 1LP6A 3LXAA 4FX7A 1VH7A 1XC4A 5CKSA 3NDOA 3EWXA 4KKXA 2C1HA 3ZWTA 3TH6A 1QO5A 5H2ZA 3UWYA 5K4ZA 5HR6A 3EWYA 4DBEA 4B5NA 3MYPA 4Z1DA 3EXSA 2V5BA 4FNPA 4O17A 3NG3A 1ADOA 1Q6RA 2WV8A 4HHPA 3MMTA 3H53A 1W5OA 2E5CA 1H62A 2EAWA 3W7GA 1AW2A 4S2BA 3WJSA 1IIHA 3TC7A 3W1XA 1LTDA 5LKYA 4UTTA 5AHEA 2TPSA 2WPBA 1D9EA 4TR9A 1M7PA 3SY5A 4QQ3A 3W2KA 3BLFA 1SZFA 1W3TA 5KSWA 3W85A 3DENA 2GJNA 4O1DA 1S3HA 2FIQA 1H51A 2EHHA 2ISSA 1GWJA 3QJAA 2BWGA 3LGEA 3NL3A 1G4PA 5D2TA 1FQ0A 4AWTA 4LS1A 3FIGA 1G6CA 5F2MA 1DKWA 3BW3A 1LRTA 2QDHA 1M5WA 3VI2A 4XQ6A 1SFLA 4YMZA 2F7FA 4ZQOA 4M7SA 3W1TA 2CLKA 5G1TA 4Q33A 3L65A 2G96A 3AJXA 3OA3A 4N02A 4RK8A 1YYAA 1QMLA 2GQ9A 4R33A 4TMBA 1DQXA 1JCNA 4UUIA 1JQXA 3CIWA 2ZRVA 4YCOA 5D2WA 1T99A 3W2LA 3B03A 1MSSA 1XKYA 4JDYA 2W6RA 2ZCGA 3G18A 4FX8A 1NEYA 5D2VA 3LLFA 2NV2A 3O6DA 3NAVA 4QAIA 4M19A 3BO9A 2C16A 3HG4A 3TROA 5D2XA 3NYZA 2ISVA 4R7JA 1A5AA 1HTIA 4DPPA 4DQWA 2CLFA 1MO0A 1LZOA 3GZ3A 3PWAA 3OVQA 4LV4A 1FXQA 4PCFA 1JQVA 3QYQA 2DJXA 3OBKA 3GXTA 1TPWA 3R2GA 1IF2A 1KV5A 3W1UA 3I6RA 3W2JA 1ZFJA 1I45A 3W73A 3P61A 5K9CA 3LHTA 3M41A 4DO6A 3GKFA 4NJJA 3W1QA 3S1WA 2QEZA 4AWSA 3RFAA 4JEQA 2R94A 2ISWA 1EB3A 2CLHA 2V0TA 4GBUA 4ZQMA 3STGA 3TAKA 3DU0A 2CZ5A 3EX6A 4JX6A 1EPXA 4EVZA 1NAL1 2Y62A 3GIYA 3KAOA 3UPWA 3UY8A 3TKFA 2CZFA 1W5NA 1JRCA 1WBHA 1KTNA 3L0GA 4EWND 1W56A 3PUEA 5D04C 4JIQA 2OJPA 4N9BA 1HL2A 1R30A 2HTMA 3I65A 1LROA 3NQ2A 3LHUA 3P8IA 3TXZA 2EPHA 2DJLA 3O6YX 2B7OA 1RQHA 1GVRA 2WNZA 1M6JA 4UTTC 2FFCA 4MIMA 2NX1A 2JGYA 4M6PA 2ZA1A 3GR8A 2QCHA 3S1VA 4TMCA 3LB0A 5KZEA 1OK4A 3Q2DA 4IXHA 1XFBA 1W3IA 3C52A 3G8EA 4LW7A 2CZEA 3GAKA 4H3DA 4LU0A 3KVLA 1VLIA 4LV9A 4UFHA 5KZMA 2YPIA 2YDAA 5A5WA 4RXGA 5DBUA 1KFCA 3CQ0A 3G1YA 1B9BA 4ADSA 1I2OA 4LVDA 1AMKA 2XFWA 1X1OA 3EKZA 4LC8A 3PBYA 5F4WA 3CHVA 1SO6A 3G24A 1SZEA 3GNNA 1Z41A 2C19A 4UTJA 1X8FA 2QCNA 4BF9A 4HNVA 1KM6A 2NZLA 3STFA 5HULA 4OU1A 2OX1A 5FEWA 4X22A 5BOOA 1VRDA 5EMUA 3B0UX 3G1VA 1HO4A 3FKRA 3LDVA 3E12A 3DHDA 1OYCA 1YADA 3OVPA 1OFDA 2ZQ0A 3IIXA 3TSDA 2Z1BA 1VCGA 3CLMA 2BSLA 2WSRA 3P80A 3QPZA 4GFSA 3U6WA 4AHOA 3TSBA 3FJLA 3L0KA 3R12A 1F6PA 3LCWA 3C2RA 2CLIA 3K30A 1QFEA 2VFDA 3SFKA 1VQTA 5DXYA 2C15A 2ZZ5A 1YLVA 4JTFA 5AB3A 2PURA 2FJKA 1TPB1 4PL2A 3W7EA 4PODA 4O57A 1ZNNA 4LY8A 1OYBA 3NNTA 4FX6M 5CGQA 4UCGA 1DL3A 2BX7A 2NXGA 3W22A 4J9JA 2ZTKA 4UC5A 5J5RA 3IVTA 3HBLA 1VR6A 3MI2A 2ZRXA 1QAPA 1EWEA 4IOTA 3DKJA 4RX0A 4JTLA 3IV3A 3D0CA 4YLWA 1GYLA 3ABRA 1EUAA 3C6CA 3KRZA 3TFCA 4CQAA 3DFQA 4MZ1A 5LGXA 4MOZA 1XBYA 2RDWA 3LV5A 5CPLA 1J4EA 4AH7A 2Y70A 3IIPA 4UTMA 2ZRWA 1MEHA 1VJIA 5T26A 3LBCA 3O06A 3TR2A 5KITA 1PV8A 4GUHA 2H3BA 1TPEA 1Z44A 5CZ0A 4LRSA 3T7VA 3W7DA 4RXFA 1I2QA 3E9AA 3I68A 1MZHA 3W88A 1JRBA 2ABAA 1BWKA 2RDTA 1GOXA 4OV9A 3CT7A 3P82A 4IMCA 4OGZA 4K36A 3P8JA 1B57A 4MY9A 1Z48A 1OX6A 3NGJA 1LYXA 2ZRYA 1B4KA 1WXJA 2ZDRA 3RMJA 2A6NA 3G0UA 4O16A 4A2SA 5LHEA 5CSSA 3QZEA 2ZYFA 3GR7A 4TX9A 1QOPA 3W7HA 1K02A 3W83A 4RR4A 1TIMA 3O07A 1EA0A 1G69A 4JTUA 4N6EA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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