3OVRA

Crystal structure of hrpe and d-xylulose 5-phosphate complex
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
221
structure length
221
Chain Sequence
GCKIGPSILNSDLANLGAECLRMLDSGADYLHLDVMDGHFVPNITFGHPVVESLRKQLGQDPFFDMHMMVSKPEQWVKPMAVAGANQYTFHLEATENPGALIKDIRENGMKVGLAIKPGTSVEYLAPWANQIDMALVMTVEPGFGGQKFMEDMMPKVHWLRTQFPSLDIEVDGGVGPDTVHKCAEAGANMIVSGSAIMRSEDPRSVINLLRNVCSEAAQKR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Conversion of D-ribulose 5-phosphate to D-xylulose 5-phosphate: new insights from structural and biochemical studies on human RPE
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribulose-phosphate 3-epimerase
molecule tags Isomerase
source organism Homo sapiens
total genus 80
structure length 221
sequence length 221
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.1.3.1: Ribulose-phosphate 3-epimerase.
pdb deposition date 2010-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00834 Ribul_P_3_epim Ribulose-phosphate 3 epimerase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3ovrA00
2Z6IA 3QPYA 3EWBX 1TPVA 3EWZA 1GG0A 2AGKA 2G5WA 4Z1DA 5LZLA 5BMWA 4HPJA 3W83A 1RV8A 1XBYA 3NOEA 2B4GA 3ABOA 4TO8A 4UNLA 2JK2A 2OMAA 4JDBA 4W9TA 3GNDA 1DJQA 1UCWA 1PE1A 2WKJA 3FKKA 4O13A 1TTQA 3KVMA 3TQKA 1H51A 3M5VA 3GR8A 4R33A 4UFJA 5LGXA 3L21A 2B7OA 1KFLA 3TSDA 1M7PA 3C2VA 1GVRA 3C2FA 3LRMA 1O5KA 3OVQA 1QPRA 1OFBA 4UTLA 1KFEA 3E12A 3F03K 2ZA3A 3V75A 4GRSA 3PBVA 4AAJA 2Y7FA 4JIQA 2A5HA 1AW1A 4JTHA 2C1HA 3W7GA 2DJLA 4MLJA 4HT3A 4S1FA 2VELA 2QCDB 2C18A 1JUBA 5K9DA 5I3HA 5KTLA 4WOZA 3QEZA 3GR7A 3W71A 4KFPA 4GUFA 2QDGA 3PM6A 5LHFA 3N19B 2JGYA 2QUTA 2J24A 3S5NA 2G95A 1LOLA 5EA9A 1Z42A 1SPQA 2W79A 1H62A 3ANYA 3WFAA 1HO4A 4GE8A 5DLCA 2LLEA 5FF7A 5KMYA 2QEZA 3W1RA 4J9JA 3CQ0A 2NWRA 2QCHA 3DENA 1MO0A 5D2VA 1XDLA 1RVGA 3C6CA 4FIRA 1A50A 4LY8A 5I3JA 3PF3A 4MY8A 3TCEA 3NZ1A 2ZFAA 2ZRXA 5ABTA 1LROA 2C19A 5MHBA 3ELFA 2GQ8A 2Y63A 1C29A 1AG1O 4TIMA 3M6YA 3HGOA 1XBZA 3M1ZA 3I7SA 1P4CA 2B7PA 2R14A 4JS3A 1ALDA 2VFIA 3TW6A 1EB3A 3QW4B 3BW2A 4FNTA 4RKAA 4AVFA 5CPMA 4IPIA 4FX8A 5FEPA 4XZ9A 4JY8A 4O4WA 1KBIA 3KX6A 2V2CA 4D2JA 3HPZA 2CLHA 4UFLA 5AN7A 1TO3A 5G1YA 1G4EA 1WBJA 2DP3A 3BW4A 1QPQA 4LUJA 4ONVA 4MYXA 3LM7A 2QCGA 2ZDRA 1FQ0A 4XUGA 2RDWA 5D03A 3BG9A 4N6EA 3VFLA 4HSOA 2Y7GA 2Y6ZA 3ATZA 2X1RA 1GTHA 4UC5A 3HB9A 4MKNA 2GJNA 4UTWC 4NJIA 2TPSA 2DZSA 1YTEA 2ZZ3A 4LTSA 3SSJA 2P1FA 3DFSA 3EX1A 1JRBA 3OVPA 4HPXA 2R8WA 5BOOA 1PL9A 2XN2A 5EMUA 1W3IA 2C13A 5HNRA 4JIPA 3GKFA 3IVUA 5AHNA 5LNUA 3EXTA 1KM4A 3KHJA 3NPUA 3R89A 2EAWA 3O6YX 4JD4A 3FKRA 4XBKA 3NM1A 1TQXA 3PSWA 1IGSA 4EVZA 3NQAA 3MI6A 1H1ZA 3HMJG 1LOSA 3LXBA 1C8VA 4UR7A 3G1XA 3MYOA 3C4UA 3SIZA 1LLWA 3W74A 2YGYA 4O14A 3M0ZA 3TU9A 4I9AA 1KM1A 4RXFA 1TMHA 3C61A 5J5DA 2NX3A 1KLYA 2PRMA 3W7NA 3E49A 1WDWA 4RK8A 3GAKA 2E1DA 2ISWA 1KW1A 3BVJA 4K8HA 3IIOA 1HUVA 1JQXA 5U4NA 1TTPA 3CIXA 1ZY9A 1H7XA 4O28A 5CPOA 3BLIA 2FJKA 1O4UA 1OFOA 4LU0A 2Z0IA 5D37A 2PRHA 3FIGA 4YMZA 5IM51 5EBUA 4CLMA 3EWXA 4RJEA 3E9AA 2ZZ6A 3R12A 1XXXA 5D2XA 1GVOA 3F1QA 3PBYA 4JTIA 4IX2A 5H2ZA 1XUUA 3QMRA 5F4SA 3L2IA 4MOZA 2NXHA 3HPXA 5AHLA 2OCZA 3H55A 2PE4A 1VCFA 4E0CA 4RLIA 1X8FA 3LRLA 1ZFJA 2X1TA 2B7NA 3TXVA 4LW7A 4BF9A 3SW6A 1P1XA 5AYYA 5D33A 4QAIA 3QW3A 3R2GA 5C55A 1F76A 2YYUA 4S2CA 5FF2A 4AMAA 3PC0A 3TROA 1OK4A 4DO6A 4ICNA 3MP5A 3P62A 4KFNA 1TYGA 4QJ1A 5TBOA 1VH7A 3E0IA 1SR9A 1WOBA 1L6SA 3C2EA 1FDZA 4JX5A 3IIVA 1QPNA 4P2VA 3T4CA 4ZVJA 3G24A 3FOKA 3OVRA 1Q6QA 1ZAIA 2HSAA 4DF1A 1O94A 1BWLA 4PH6A 4XTDA 1K7XA 2ZZ4A 1FWNA 1MEHA 2O7SA 1G4PA 3O8AA 1TPC1 4Y8FA 4AEOA 5D2TA 1D3HA 4JR5A 4P61A 1BKSA 3W7LA 2BLEA 3O15A 4GC4A 1TTJA 2RHGA 1VQTA 2QUUA 5G2HA 1UUMA 3FJLA 3USBA 4JTFA 3B04A 3BV4A 4IQLA 1ZCOA 1JCXA 3LHYA 4FB7A 2C16A 2QAFA 2ZZ7A 1LRTA 3A23A 3N2MA 3QMTA 1DQXA 1I2PA 3I7QA 3GIYA 1GPWA 4AB4A 4IMFA 1ONRA 1ME9A 1Q6LA 3M9YA 4G1KA 2ZRWA 2CLKA 1P0NA 1HG3A 1JUEA 4FIQA 4TMCA 4MIMA 2V5BA 2TRSA 1G7UA 1SW0A 3GAYA 1ME7A 2VEPA 4MPQA 4LRSA 1FCUA 4WXZA 2WNZA 1YXCA 2ZBTA 4A2RA 3B03A 3R5EA 4FX7A 3F4NA 3KVKA 1FWRA 1FUYA 5K2ZA 3HG3A 5DXYA 4DQWA 4UTKA 1GOXA 1KM6A 2H8XA 2E5BA 4JYEA 4JX6A 3GKAA 2RDTA 2WOQA 3W1NA 4MY1A 3N3MA 2PCQA 3VE7A 3W1XA 1B4KA 3EX3A 1J2WA 1A5SA 1W3NA 1ZAHA 2BWGA 2V30A 1XCFA 4UMCA 4R34A 3HPSA 3G1HA 1LBFA 3FYPA 5D09A 1K3UA 2GVGA 1AL7A 3G1FA 4JTKA 1M6JA 3EB2A 4FNPA 3DFOA 3KFTA 4O15A 1OFRA 4O18A 3UWQA 1JCNA 5L9FA 4O1CA 3NG3A 1I8JA 4UTWA 2UV8G 4AWSA 1VHNA 4ORIA 3NL2A 5J5RA 1HL2A 5EPDA 1I2OA 4BI5A 4RR4A 2X16A 3NQVA 1S5WA 4JTLA 1OX5A 4CNPA 5KZEA 1FY6A 1RPXA 4LVBA 2DORA 1OHLA 5DCEA 3ATYA 3H53A 3L0GA 1YTKA 4O1DA 5AHEA 3PG9A 3DAQA 2WNQA 1KV8A 3CPRA 1W5QA 3VI2A 3UWWA 1TPEA 3W72A 1VCVA 3JRKA 3MHFA 4CQ8A 3G0XA 1OVDA 4M19A 1GG1A 3TR2A 1DQWA 4LWWA 1FDYA 1VHCA 1I2NA 3G1SA 4U28A 2ZA1A 1P0KA 3TSBA 2CLIA 2J9ZA 2Y85A 3FLUA 3EWUA 2H90A 2VEKA 4LRTA 3WK1A 1SZNA 1ZAJA 1LOQA 4HNUA 2HTMA 3NQCA 3DFNA 4UCGA 1VPXA 2CU0A 3G0UA 3P5YA 3S5ZA 3DI1A 2H8ZA 1GJPA 4JXCA 4IJBA 2DU2A 3NQDA 3LDVA 4K8EA 1TPDA 3PBWA 4QNEA 2ZTKA 5U7SA 3W3OA 4E38A 4MY9A 3TC7A 4ZQMA 5CKSA 2E6FA 1KA9F 2JKPA 1VLWA 2QCCA 4DF2A 2DJXA 5AHMA 3FEMA 1NEYA 4O53A 3W1PA 3FFSA 5SWUA 3MYPA 5AHFA 5CZSA 1K8ZA 1WAUA 4UMAA 4DF0A 2VOMA 1JR1A 3SI9A 4GFSA 4QNWA 1DJNA 1XI3A 4PL1A 1MZHA 3G1DA 4JEQA 4OT7A 3DXIA 3OEXA 4DELA 3W7HA 1W8SA 1H7OA 3NQGA 3SGZA 3I65A 2B7QA 4O17A 3WJYA 2A4AA 1FX6A 2AAMA 1YDNA 4DPPA 1LP6A 2F84A 4MVAA 2PURA 3BLFA 3W76A 1NSJA 5C54A 2FTPA 4MFDA 3PBUA 4BWLC 3STGA 2HS8A 5CZJA 3M44A 2WO5A 4OBTA 1C9DA 4LVGA 1I2RA 2IQTA 1AK5A 1FCQA 4UFIA 2Z6JA 2WPBA 4AH7A 3S1UA 5E0KA 3UWZA 4NJHA 2BTMA 2VXNA 3G3MA 5G1TA 2CZ5A 2WQPA 3EX2A 3TH6A 4CCEA 4Z1CA 1BWKA 2QJGA 3NXFA 3B06A 3O07A 3NO5A 2D73A 4YXGA 1RD5A 2F7FA 3W2JA 1D3GA 5K9XA 1QR7A 4QSHA 1D9EA 4ALDA 4UXDA 1WYIA 4K7VA 4BFAA 4X9SA 4CCCA 3NPVA 5KITA 4X22A 4Z0SA 4WUIA 1LLZA 5TQLA 2ABAA 3LCXA 2R91A 1SSGA 1XM3A 4ZQOA 5HINA 3O6CA 5C6MA 1UJPA 2ZZ2A 4LS2A 4DO4A 1EP3A 1G69A 3MP3A 4O1BA 1YXYA 4NX0A 3GXTA 1B3OA 1JRCA 1XKYA 4N9DA 1ZENA 4O1AA 3INPA 3WK2A 4NNBA 4PTNA 3HOJA 4ZMGA 1X1OA 1VC4A 2C6QA 1KFKA 3LX9A 1WOAA 3VKJA 5G4EA 1YDVA 3SY5A 3E96A 2Z1BA 2A0NA 3W73A 3CHVA 4MLRA 4UFKA 3LHUA 3N34A 2Y7EA 1W3TA 4DO5A 3S8HA 1ZHAA 3W07A 1R2TA 4CCDA 1KLZA 2VC6A 1RQEA 4LVDA 4K37A 2VENA 3QQ0A 2Q8LA 1A5CA 1JCLA 3W23A 3TMQA 4FXRA 5BNKA 1LBMA 3CT7A 3W1QA 5LKYA 3CM4A 4RV8A 3C3NA 2NUXA 4I7VA 4NJGA 3MBDA 3W7DA 2DZPA 2X1SA 4LT9A 1JCYA 3W7RA 1EX5A 4N02A 5DBUA 4HHPA 1V7YA 1QOQA 1OFQA 1T8XA 3BO9A 3RFAA 5KINA 2VEIA 2YXGA 4YL2A 1TJPA 2YCEA 1QFEA 3O05A 4OV9A 2CLFA 4ZQPA 4DXVA 1PIIA 4Z1AA 2FFCA 4IPJA 2Q3OA 1GYLA 3BGGA 1A53A 4XQ6A 5D38A 1W31A 4WY0B 5BW6A 3LHZA 3FS2A 3MWAA 2RH9A 4IXXA 3W86A 2VFFA 4H6KA 3P82A 4X2RA 2VKZG 1MEIA 8TIMA 3N9SA 4RCXA 3UXAA 5HJLA 2G97A 4UUIA 1R2RA 5D2YA 1CX9A 5C5YA 2J9XA 3MO7A 5FF0A 3TFXA 1EPXA 5I3GA 4YLWA 2DZXA 2J27A 3C2RA 2A85A 3CEUA 3STCA 3LHWA 4H4IA 2OJPA 4NNAA 2X1UA 1Q45A 3TAKA 1YPIA 5DN1A 1ADOA 2YW4A 3EXRA 3EKLA 5FI8A 2C0AA 3LLDA 4K7YA 2CW6A 4IMCA 3G8RA 3W2KA 3W7PA 3P80A 1SZFA 3LCWA 3GB6A 1LRQA 3TUUA 3IRDA 3PAJA 1I45A 2FQIA 3NPXA 1F6PA 2RKXA 3W1UA 3A22A 3W2LA 1L9WA 1G4SA 1RQHA 2FPTA 1SO6A 2YZRA 5HUOA 5KZDA 2FPYA 2QCLA 3TAOA 3UZJA 2H3DA 4POCA 4U4MA 2V5LA 1K7FA 4O19A 1XL9A 2VFHA 4CNNA 3W7JA 3TE9A 2YR1A 1OF6A 3B4UA 1WXJA 1L6YA 4AXKA 4Y9AA 3W7IA 1TJRA 3P67A 4JTSA 4PEKA 3NVTA 4UTUA 1GVQA 2J9YA 1VR6A 3QFEA 3GZ3A 1S5TA 3SJ3A 3OG3A 4PFMA 1H5YA 2Y70A 3A9IA 3L68A 3P8IA 4FNQA 1JJKA 1SZEA 5CGQA 1ICQA 3QSRA 1EUNA 3G8EA 1OX4B 5HQEA 4N9EA 2H3BA 4O4VA 3NQEA 2XN0A 1DKWA 4A22A 5CZ0A 4BR1A 4BWLA 1PVNA 4UFMA 1LTDA 4K36A 3LI1A 1FWSA 1JULA 1QAPA 4TX9A 3RLVA 4B5NA 4UTTC 1QO2A 1TPH1 3QF0A 3NEVA 1ICSA 2R94A 5HWJA 4ZQCA 1PS9A 5CSSA 3MJYA 5TIMA 1TIMA 4ZQNA 1KFCA 4AWUA 3QSTA 1GTEA 2V81A 2FLIA 3O1NA 4XWUA 3R8RA 4FNRA 5LNVA 2TYSA 1OFEA 1AW2A 3WJWA 4NX5A 4RZ5A 3W85A 4AF0A 2YFOA 2ZZ5A 5DCDA 2QCFA 3WK0A 3UPWA 4LV4A 4FNUA 4GJ1A 1GVSA 3NQMA 6TIMA 5AB3A 5K7JA 3TQVA 3HQ1A 2GVLA 2TMDA 4RZ6A 2ZRUA 4GUJA 3PB0A 2NX1A 3UNDA 2WNNA 3HGJA 3IGUA 3LOTA 3KVLA 1VYRA 2GQAA 5D32A 3W1TA 1HFBA 2CLEA 1K7EA 1GEQA 2JGQA 3PULA 3LCHA 4GNJA 4GBUA 3QZEA 4TR9A 1KFJA 1PHWA 4KWVA 3PUOA 1K8XA 1KV5A 3SECA 2CFFA 4Z1BA 1A5AA 3LHVA 4ZL1A 5I3IA 1A5BA 2VEMA 3L0KA 3P7YA 4IWWA 3M5ZA 1KM2A 1F7BA 3CTLA 1JCMP 1UASA 1Z48A 3HG5A 4O57A 4NXSA 4LS1A 3NAVA 3NQFA 4WY0F 4O12A 1N7KA 1N55A 3UYCA 2NXIA 5G4WA 3DBPA 3E02A 1Q3NA 3L0NA 4UIOA 1T96A 4MZ1A 3M41A 3I6RA 3HGRA 5FEWA 3A21A 1T0OA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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