3P5YA

Crystal structure of the mutant t159a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSARPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 79
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3p5yA00
2X16A 3W1RA 3PG9A 3W7LA 2HMCA 3I65A 1LM1A 1JCJA 3CU2A 1QPRA 2E5CA 3FYOA 2DJLA 2ZFAA 2VENA 1TPFA 5KTLA 4S1FA 2NZLA 4CQ9A 2VEPA 3TMLA 1SZNA 1SW7A 4P61A 1VHNA 4IMCA 1V5XA 3L68A 5FF0A 3ABRA 1NVMA 3SI9A 2J88A 2YDAA 3R13A 4EF9A 6TIMA 4DXVA 3W1NA 1J2WA 5CSSA 1PS9A 5HMSA 1GJPA 1PV8A 2YSWA 4QNEA 1OFRA 2PRMA 3OHIA 4X3ZA 3C2VA 5CPLA 4H3DA 5D03A 3N34A 4BF9A 4DO5A 3TX9A 1KM5A 4DELA 3UNDA 4JGDA 2ZDRA 1H7PA 4Y6GA 3KAOA 1JJKA 1H50A 1ME7A 1IIGA 4CQAA 2ZQ0A 3KHJA 3LHZA 2QUUA 1WYIA 2YPIA 1ZCOA 1IXNA 3DHFA 2E5BA 3QH2A 3KRSA 2PURA 1P1XA 4JTIA 4MY9A 3W2UA 3W74A 1OFAA 4MLRA 1LORA 3CC1A 3IVSA 3L9CA 2QUTA 4A2SA 4GNJA 1A5BA 1I2RA 4FF7A 1G69A 3C8FA 5HULA 2P0OA 5C6MA 2C19A 3DKJA 3H54A 4UFKA 4AH7A 2ZRVA 4RLIA 2DZTA 4IJBA 3B0UX 5BW6A 3L5MA 4QQ3A 4O1BA 3TFXA 3IEBA 3G0UA 4NX0A 3GDTA 4CQ8A 2RKXA 4MVAA 4FX6M 5KZMA 5LHFA 3W72A 3QW3A 4RV8A 3TJLA 3MUXA 3B0PA 3GXNA 1QPQA 5AC8A 3YPIA 5K9XA 4BK9A 2CU0A 4I7UA 1KBJA 1I2NA 2GQ9A 3DU0A 4WUIA 3UWQA 1KFBA 3NQFA 4K6AA 4LS1A 3RLVA 1VCGA 2OT0A 4OU1A 1EUAA 3IIPA 3TAOA 1DBTA 3P8IA 4CCCA 1K8YA 5J5DA 5EMUA 3S42A 1FY6A 3IIZA 3KRZA 2YFOA 5G5IA 2E1DA 2GQAA 4N6FA 1XBYA 1BTMA 4O4WA 1HTIA 1UASA 4A22A 5DCBA 4K8EA 4IPIA 1C8VA 3CHVA 3TSDA 4DBDA 1OK4A 3OG3A 4LVGA 1Q6RA 1QNVA 3P5YA 3UXAA 4ML9A 2YGYA 1R30A 4EOUA 4J9JA 3T78A 3NQ8A 4QJ1A 3EX2A 4JX5A 4MZYA 1XXXA 1X8FA 3S9YA 4LWWA 4WOZA 1TPVA 1CW2A 4XKYB 1EPXA 2J9YA 4K39A 5AHLA 3EXRA 3UQNA 3L5AA 1XFBA 3OVQA 1FXPA 1DJQA 3EX1A 2V82A 3MP3A 4A3UA 1H60A 1TREA 1JUEA 3UWYA 3G8RA 1JUBA 1FCVA 1VYPX 3P5ZA 4XBSA 4NVTA 1LP6A 4WXYA 4QNWA 3BK0A 4GJ1A 4N4QA 1OK6A 4YLWA 3LERA 2A7NA 1H7XA 2BSLA 2DZVA 3F03K 2CLMA 3W87A 2ZCGA 2CLFA 2HSAA 4AXKA 3LXCA 3P8JA 5G2IA 4UTWA 3GDLA 3M44A 1KA9F 4QSHA 4IOTA 1JCMP 2LLEA 2DJXA 3FJ6A 3CIWA 4GBUA 5CPNA 3TNOA 4C1LA 1XUUA 1QMLA 2C13A 1KM2A 1YDNA 1F7BA 1X6UA 4KKXA 1S5WA 4U4MA 3SJ3A 3SECA 4HHPA 3RF9A 2YYUA 4W9TA 1GVQA 4UFHA 1XKYA 2QDGA 1O5KA 3N9RA 1FQ0A 2V5BA 1YXDA 1P0NA 4KWVA 3RK8A 1YLVA 1MXSA 3UY7A 5CZTA 2OCZA 3HPXA 2Y7GA 2ZRUA 4ORIA 1JRBA 1KTNA 4HIBA 2RHGA 4UNKA 3NQVA 2Z6JA 4NZFA 3TK7A 3BARA 5A5WA 1DKWA 3O6DA 1T99A 4YMZA 2Q3RA 3SZ8A 4NJJA 2AGKA 2YW3A 4FNUA 3DFQA 1P0KA 4JYFA 4ZQPA 4KFOA 1IGSA 1S5VA 3DFOA 1X1OA 1A5AA 5C54A 4O10A 2WJZA 5F2MA 3EX4A 2C6QA 3MHGA 2QAPA 5I3FA 3M5VA 4WXZA 1Y0EA 3O8AA 4PL2A 1V7YA 5D37A 3C2EA 1KFCA 4NX5A 3G18A 3P80A 3BW4A 2RDUA 4O50A 2Y61A 3TMQA 4WD0A 2AAMA 4ORMA 1VZWA 3S1UA 1AW2A 3TW7A 1YDVA 2A85A 5U4NA 2HS6A 3G1AA 2VEKA 1FX6A 3T55A 5LGZA 5G2WA 1KM6A 1WOAA 3DFSA 4BI6A 5C55A 4HT3A 3PBWA 3NQ6A 4WY0B 1TPEA 3LHVA 3O05A 4E38A 4O8RA 3VE7A 1TTQA 3LV5A 2QJIA 4M7SA 3INPA 1KV8A 1TV7A 1W3TA 4DF0A 3A22A 4EWND 3UPWA 4O12A 2QCHA 4FEZA 1C9DA 4TR9A 3O63A 2GUUA 4ZVJA 3A24A 1GYLA 3CPRA 5CSRA 3HOJA 4IQLA 2ZA3A 4JTTA 4NU7A 3EXSA 5KINA 4UIOA 4Y9AA 2FFCA 2RH9A 1ME8A 1OHLA 4XTDA 3MP5A 5D32A 2NXHA 4DEFA 4YXGA 2X1RA 6ALDA 4LC8A 5HWJA 4O18A 1LDCA 3TW6A 3PC0A 2EAWA 5LKYA 1F2JA 5DBTA 3NQCA 1SO6A 1WX0A 4HPXA 4OGZA 3KOFA 2FB2A 2E77A 1RV8A 3MW7A 1VCFA 3EKLA 3QSRA 5K2ZA 1RD5A 1GZGA 2NUYA 1N8FA 3NR0A 1TTIA 2A0NA 3WK0A 2O7QA 5H2ZA 1Q6OA 2ISSA 4MOZA 5EKYA 5E93A 1QR7A 4HPJA 4IXHA 5DCDA 3L2IA 4JR5A 3NQEA 2ZTJA 3W2KA 4PCFA 1TB3A 1QOPA 4M19A 3TROA 2FLIA 3MBDA 4UFIA 3ANYA 3W23A 1KM0A 3E49A 1KFJA 4PL1A 1EP1A 3EWWA 4I7VA 1NSJA 2NUWA 1VQTA 4C1KA 2Y89A 4IMDA 3CEUA 4L4LA 3W1UA 3O07A 2BTMA 4RZ4A 3RMJA 1WOBA 2V2HA 2V81A 1IF2A 2E09A 3W7JA 4ZQRA 2BWGA 4PC8A 3WFAA 3G0XA 2Y7EA 3TAKA 3OVPA 4AB4A 2X1UA 1TQXA 4X9SA 3G1XA 3CTLA 3GR8A 4MKNA 1OYCA 3GZ3A 4O16A 5D02A 4OV9A 2D73A 2H3DA 2C16A 1WBHA 4IXXA 3L0GA 2ZRWA 1HO1A 3UD6A 1YTKA 3L5LA 4ALDA 1OABA 1H7WA 3NVTA 4O0KA 1NFBA 1GOXA 2ALDA 2A1YA 4N9BA 4N6EA 5AHMA 5BMWA 3P61A 4UTKA 1QPNA 4HSOA 4QAIA 2R91A 4RCXA 3NL6A 5AB3A 1WXJA 3PUDA 2B7NA 2A5HA 3GR7A 3STFA 4LUIA 4WY0A 3P67A 3W71A 1Q6QA 3LRLA 1JRCA 1H7RA 3FKKA 5H91A 3T44A 3DI1A 4JIPA 1ZNNA 1LBLA 3SGUA 3BLEA 4Z1AA 1GG0A 4JTHA 4B5NA 2RDTA 3IGXA 2NV1A 4CNOA 3BGGA 4GUJA 3OIXA 1OX4B 1VH7A 1LZOA 2YYTA 2CLKA 5DY3A 2ATSA 4MFDA 5F2IA 4BR1A 4GWEA 5D2VA 4DPQA 4XZ9A 3LCHA 2C14A 5HINA 2GPTA 4M6PA 3TJXA 1VYRA 1KFLA 1S3HA 1XBVA 3HG2A 1W3IA 1TJRA 2VELA 3FYPA 5C5YA 1F5ZA 4NZJA 1TV5A 2QEZA 4R34A 4Y90A 3C52A 1P5BA 3P81A 3I68A 2C18A 1HO4A 2Q8LA 2GVJA 2JGYA 5MHBA 3NPXA 4X2RA 1R2RA 3ATYA 4FX8A 4JYDA 1FCBA 3CWNA 2V0TA 1UJPA 1MZHA 1F05A 3DXIA 3TH6A 4RXFA 3M5YA 4PH6A 2JKAA 2ZA1A 2FPVA 4MUZA 3TXZA 1RZMA 1OVDA 4HSNA 3MYPA 1QO2A 1Z48A 2G97A 4OE7A 2F7FA 3EXTA 1TRDA 3Q58A 2TYSA 4PEKA 4H4IA 3R5EA 3GAKA 1LOQA 4UUIA 4O14A 4UFLA 3VCRA 1L9WA 1GVFA 2KZHA 2VFDA 1F6PA 3BGJA 1GG1A 3UPBA 3NPVA 1D3GA 1O60A 1T0OA 1LCOA 2EGZA 1NF0A 5KSWA 1AMKA 3ABOA 3TC6A 2E5DA 3LLFA 4PFMA 3MO7A 2B7OA 3W07A 3QJAA 5CZSA 1I2PA 1EUNA 5F4XA 4H6KA 1EP3A 1RR2A 1M7PA 3HPZA 1EIXA 1TPH1 3IIOA 5G1YA 1I2QA 3HGJA 1L6SA 3BLIA 1ZHAA 1JUKA 2ZZ2A 5HR7A 2QKFA 1TQJA 3HG4A 1DVJA 2G95A 3LTSA 4LV4A 3PBYA 3DFTA 4LS0A 1PE1A 3G1FA 1EB3A 4GC4A 2OZ0A 3ZS4A 4JTUA 3T7VA 2WNNA 4JNMA 1PHQA 4P2VA 4LV9A 3WJXA 3SFKA 2H90A 3PR2A 5L9FA 1OF6A 3C61A 3PBUA 3QMTA 4JX6A 3FKRA 4MY1A 5CPMA 2DZWA 4I9AA 4OBTA 3VE9A 1VLWA 3MHUA 1AW5A 4ZQOA 2OMAA 5FESA 2QCLA 4D2JA 1M6JA 4NT0A 5FEXA 3TKFA 1FCQA 4S2BA 4RX0A 5AYXA 1QWGA 3TDFA 4CCDA 4OHQA 3NYZA 2BX7A 5HWMA 3B0VC 4LW7A 5KITA 1ICQA 3UY8A 3DKLA 2DZSA 3RNDA 4GUHA 2I14A 1OX4A 3NDOA 4MLJA 3PS7A 1W56A 4FNPA 2WNZA 3PSVA 3QYQA 3G3DA 3NOEA 2QUVA 3PY2A 3H55A 4ZZ9A 1FWRA 1R47A 2H8XA 4BFAA 2WNQA 1PIIA 4FO4A 1G4PA 5D2XA 1SU5A 2Z6IA 3NG3A 3SW6A 2Z0IA 3W7HA 3A21A 1B4KA 3B05A 1YTDA 3NM1A 3RLUA 1FCUA 2WPBA 5FEZA 3DAQA 3STGA 4MJZA 4MPQA 3B06A 1ME9A 1RQBA 3WJZA 1SSGA 3ZWTA 2WKJA 1I45A 4O52A 3W76A 3VKJA 3DBPA 2X30A 3JRKA 5CPOA 1MO0A 3TSMA 3GAYA 5BNKA 2VKZG 3BVJA 4ZQNA 1JCNA 2TPSA 5KMYA 2CFFA 1ZAJA 5EA9A 4K7YA 3N9SA 3LDVA 3HGOA 3BW3A 2F84A 3V75A 2E6AA 5FEWA 4K37A 5L6UA 1RVGA 3LLDA 1W31A 1VC4A 4R53A 4Z1DA 1KM3A 2X1SA 5E0KA 2YR1A 2QAFA 3H53A 4JICA 1G4TA 3SR7A 2WSQA 3GDMA 5E1QA 3QSTA 4UTMA 1O94A 2FDSA 1BEUA 4WJEA 4GUGA 5G4EA 1THFD 1G4EA 3C4UA 5D2YA 4NJKA 2GVGA 5FF4A 3C2OA 1GQNA 2YZRA 1SZGA 3IRDA 4UFJA 2GOUA 1G7VA 5FI8A 2C3ZA 2FPYA 4O11A 1Z44A 4JTFA 1XI3A 2W0UA 4E2BA 5C2XA 1KM4A 2YW4A 1SZEA 4ADSA 3M41A 4CNNA 4GRSA 2PC4A 1W1ZA 1CI1A 2ISVA 4XBKA 5CZJA 4OV4A 1D3HA 1UCWA 2V5LA 1P4CA 1XDMA 3TQVA 3NL5A 5F2LA 3WK3A 3W83A 3PWAA 1AL8A 1O5XA 3W22A 1OFQA 1VRDA 3EEGA 4UTIA 2CLOA 4ZMGA 1GWJA 1OX5A 1W5PA 1KLYA 3MI2A 1ZY9A 1LRTA 3KVMA 4OT7A 1PL9A 2A6LA 3EWBX 2WOQA 3MMTA 4AHOA 2Y6ZA 2NV2A 3I7RA 4WQ6A 1EWDA 3TR2A 4RZ6A 5DCEA 4Q32A 4BWLA 1ZALA 5U7SA 1OYBA 3DH7A 4MYAA 3NQAA 3W7IA 4MFEA 3L65A 5TIMA 1X1ZA 3OEXA 1FXQA 4DBEA 3LGEA 4GFSA 3MJYA 3W7KA 1I4NA 4AAJA 1TCDA 2XN0A 3G22A 1B9BA 3EKZA 3S5ZA 3QPZA 2CLLA 1DQXA 5I3HA 3U8GA 4CNPA 7TIMA 2E68A 2V9DA 3F4NA 4DO6A 5TQLA 4E2DA 2QCDB 3P74A 4JD4A 1JR1A 3LTYA 1KTBA 1IXPA 2I1OA 3BG5A 4S2CA 3W7QA 1TJPA 4TIMA 1H1YA 1GT8A 2NUXA 3QEZA 1XC4A 1KFKA 3UYCA 2DP3A 3M6YA 4FX7A 3UWVA 2E6DA 3M5XA 1TPB1 3LRKA 3FFSA 2ZZ7A 4AHQA 4IX2A 3IVTA 2TMDA 4IPJA 3M47A 4TMCA 2EHHA 1DQWA 4UMCA 1JCXA 3BV4A 1T96A 4WZHA 1G6CA 4NUWA 3STEA 1H61A 2TRSA 2ZTKA 4GXMA 5G1TA 2J27A 3W86A 2R94A 3TFCA 5GVJA 3A5VA 1SFLA 3L0NA 1JCYA 3NL2A 1KM1A 3S6DA 4GUIA 1O4UA 3MI6A 1UBSA 3LBMA 3KVLA 5IBXC 1H63A 5DN1A 2A7RA 2GJNA 3FLUA 4NXKA 5AN7A 3LXAA 3S1VA 4BI5A 1W8SA 1VR6A 5AYZA 3PB0A 3W7DA 4AMAA 3W1QA 1EX5A 3LI0A 3RU6A 2VFIA 2C1HA 3PF3A 3FS2A 3IIVA 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 5LNW A;  4NNB A;  1SO3 A;  2JKE A;  4E0C A;  2CLH A;  5AHI A;  3LCX A;  4RKA A;  1DOS A;  1NEY A;  2JGQ A;  2ZBT A;  1QFE A;  3CLM A;  2XN2 A;  1XM3 A;  1JQV A;  4NJG A;  3PVF A;  2TSY A;  1SR9 A;  1W54 A;  3ABQ A;  3F1Q A;  3W1T A;  2I9E A;  1OG0 A;  4JDY A;  1PHW A;  3W1P A;  2ZZ5 A;  2J9X A;  3M0Z A;  1EEP A;  2CZE A;  3M16 A;  1L2U A;  4M5P A;  3HIJ A;  3B4U A;  3G1H A;  2H8Z A;  4JEQ A;  2YXG A;  1HUV A;  4RK8 A;  1MEH A;  4LOC A;  2YCE A;  1XUZ A;  2VEM A;  5K9C A;  4Q33 A;  3KVK A;  5D2W A;  2PE4 A;  3M1Z A;  1TMH A;  2WV8 A;  1PCW A;  1SQ7 A;  4FXS A;  3EWX A;  4UTT A;  2HS8 A;  3GND A;  3VI2 A;  2A21 A;  2CZD A;  3UWU A;  1IXQ A;  1FDZ A;  1NF7 A;  3W7M A;  2R8W A;  1SFJ A;  3TA6 A;  3C0J A;  3TIM A;  5D04 C;  2VOM A;  5HQE A;  2QJG A;  2VEI A;  1VS1 A;  4O1D A;  4JTK A;  3QMS A;  1SO4 A;  4N9D A;  1D9E A;  4ONV A;  3JR2 A;  1SW0 A;  3HGR A;  4MYX A;  4NNA A;  5F4S A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4A8L A;  3W1R A;  3ENL A;  1EF3 A;  1HXJ A;  3W7L A;  1JZ8 A;  3I65 A;  1FVP A;  3GIQ A;  2VR2 A;  1QPR A;  4C91 A;  3R10 A;  2E5C A;  2ZFA A;  5KTL A;  3UZX A;  1W1A 1;  4QRO A;  4QLL A;  3GXI A;  1SW7 A;  4P61 A;  3RG6 A;  6TAA A;  3TTE A;  5E6Z A;  2YDA A;  6TIM A;  3W1N A;  1J2W A;  5A69 A;  2J8T A;  2WCG A;  1I6N A;  2YSW A;  5CGT A;  1JZ7 A;  5CPL A;  3WKZ A;  1LUC A;  3APG A;  2WWC A;  4A8N A;  4RE3 A;  2ZDR A;  2DDX A;  1H7P A;  4Y6G A;  1JJK A;  3NVD A;  5CGM A;  5HQM A;  2HV5 A;  2YPI A;  3FDK A;  5C70 A;  4LAL A;  3DC0 A;  4NY2 A;  3KRS A;  3W2U A;  3ARX A;  1OFA A;  2ODO A;  3MUA A;  4R5E A;  3NO1 A;  3CC1 A;  1AJ2 A;  1Q2S A;  3E2R A;  4FF7 A;  2J7F A;  1G69 A;  5HUL A;  4MNM A;  1NIU A;  2P0O A;  2ZUM A;  3DKJ A;  1VBU A;  4UFK A;  3GXF A;  4JKM A;  3BUV A;  4AW7 A;  2PU0 A;  3TFX A;  1E4I A;  2HPI A;  3IEB A;  3RRA A;  3WNP A;  3GG8 A;  2RKX A;  4MVA A;  4KBX A;  4RV8 A;  3WEZ A;  1BGA A;  3WX7 A;  1WXZ A;  3B0P A;  3GXN A;  5EMK A;  1Q7M A;  4G1N A;  4BK9 A;  4Q4P A;  4I7U A; 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