3P61A

Crystal structure of the mutant r160a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTAPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanobacterium thermoautotrophicum
total genus 80
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3p61A00
4Y8FA 5I3HA 3S1XA 2ZZ7A 1VCVA 3F03K 1SPQA 1XDLA 4OU1A 1RV8A 4N4QA 2ZRXA 1QPNA 4UMCA 3E96A 1HL2A 4ZQPA 1T96A 4WY0F 3BLFA 4MJZA 4JNMA 3NM3A 2B7OA 1FWSA 2E1DA 5FF0A 2O7QA 1DVJA 1KA9F 1SU5A 2W6RA 4LVGA 2EHHA 3EB2A 3LLDA 3PBUA 3OG3A 2YSWA 4Y6GA 1AMKA 3TK7A 3STCA 3UPWA 2OT0A 4K8HA 2Z0IA 3CU2A 1F05A 2DJLA 3P84A 2X2GA 4GE8A 4MKNA 3TU9A 3P74A 5C54A 2FFCA 3CPRA 2GQ8A 4L4MA 1GG1A 1H7NA 3NQ8A 4UTTC 4NJIA 4JIPA 4XWUA 1WQ5A 2DZVA 1NEYA 1LLZA 4ZMGA 3CWOX 3Q2DA 3MMTA 2NUYA 4BFAA 2FB2A 1J4EA 4PC8A 2CWNA 3ZFHA 3M9YA 2NX3A 1G4EA 1F7BA 1TJRA 5AHFA 3EWZA 3V75A 3E49A 4IMGA 2Z6JA 2J88A 4KFOA 3W70A 1NF7A 4BWLA 4QJ1A 4JDYA 4UFHA 3EXRA 1N7KA 2V2HA 3BGJA 5DN1A 2R94A 1O4UA 1MEWA 2DZWA 1FQ0A 4LVAA 4X9SA 4IPJA 3QQ0A 2OX1A 3NR0A 5J5RA 2XN2A 2ZRWA 3HMJG 1OFPA 5F1VA 3UYCA 3HPXA 1LRQA 3CHVA 3R5EA 4PH6A 1G7UA 3LI0A 4N9BA 3LTPA 5IBXA 4UTJA 4GRSA 2ZZ1A 1XC4A 3O6DA 4ICNA 4IPIA 3SJ3A 1AW1A 1IXPA 1O95A 2PRMA 3EWBX 3QC3A 3UXAA 4O1DA 4ZQOA 3KVMA 2YGYA 5D04C 1O94A 3LDVA 4IJBA 2ZZ5A 1OX5A 3SZ8A 3IIOA 3O15A 4N02A 4O12A 4YCOA 3SI9A 5EL1A 4FNQA 3C2FA 4Z0JA 2XN0A 1OHLA 3HB9A 4LUIA 1J2WA 3GYEA 1IGSA 4OQVA 4BK9A 1DHPA 3WJXA 3P7YA 2X1TA 2WQPA 5G4WA 5D05A 1PHQA 4GBUA 1JJKA 3O6CA 1KM6A 3L0NA 4UTUA 4UTLA 4XUGA 3W7PA 3W2JA 2QCDA 2TRSA 4I7VA 3DZ1A 3W6YA 2CLOA 3NQ7A 4PODA 3KHJA 1VPXA 3I68A 2WO5A 3NQVA 4MJMA 1ZHAA 4M6QA 1P0KA 3GKAA 4GUGA 2JBMA 4BF9A 1XUZA 1FY6A 4A3UA 4CCEA 4LV9A 3PM6A 3SGUA 1CX9A 1ICSA 5DLCA 2F7FA 1FDZA 4JTTA 1LTDA 5AYXA 4MPQA 1S3HA 2CW6A 2G96A 1MSSA 3LBCA 3TUUA 3LTYA 4JS3A 3GB6A 1IIHA 4O50A 3LHWA 4GJ1A 3W7CA 5FEZA 2X1UA 3W2MA 1U83A 1XFBA 4CCDA 2WPBA 3EWXA 5LNSA 3NXFA 1ZALA 4RV8A 1EA0A 1XUUA 4O1AA 3CWNA 3S6DA 1TB3A 2C6QA 4MOZA 5D09A 2G5WA 3HG2A 1QPQA 3MJYA 3GLCA 1LOLA 1I2NA 1FWTA 3EKLA 3L9CA 4WX2A 4PL1A 4EF8A 1K8ZA 1W3TA 3M43A 4H3DA 1SO6A 2CZDA 2WSQA 4IUOA 1Z48A 1YXCA 3I7QA 4BR1A 2GJLA 3HPZA 5BOOA 2WSRA 1K8YA 3GKFA 3LCHA 3E0IA 3DAQA 1XKYA 1L6SA 1W5QA 1TPUA 1LROA 4R34A 3ZS4A 5I3KA 5TQLA 2GVLA 2AGKA 1EB3A 4KKXA 1OABA 5A5WA 4KFPA 3LV6A 2FDSA 1C8VA 4M19A 2WOQA 3UWYA 3QSTA 1VYSX 5D33A 3DI0A 2W0UA 4LRTA 4EWND 2Y7GA 3GVGA 3HOJA 1SZFA 2Y61A 2PRLA 2B0MA 4RK8A 3LGEA 2WNNA 1TV7A 1YTDA 3A24A 3TDFA 4MIMA 4IX2A 1SO5A 4CLMA 3I7RA 1W3IA 1VHCA 3UD6A 2Y7EA 1JUKA 3PSWA 1JUEA 1TREA 4PTNA 2H8ZA 2E09A 1OFEA 4BI5A 4YLWA 5DCBA 4RZ6A 2I1OA 5J5DA 3LCWA 5G5IA 3LCLA 5EKYA 1HFBA 4O14A 1FXQA 3T7VA 3QF0A 3W76A 2PC4A 5K2ZA 1K7XA 1F76A 1G7VA 3W07A 4MY1A 1KFBA 1QAPA 4TR9A 2BWGA 1VCGA 4YCPA 5CZTA 2QCLA 1JVNA 4NT0A 2NZLA 4FHAA 3UNDA 5BNKA 4JTUA 2V2DA 3G0XA 4TX9A 4CQAA 2RFGA 1EIXA 2ZRYA 3A5FA 1ME8A 3S1UA 5KINA 4O8RA 4TIMA 2H3BA 1KFEA 1OFBA 4IOTA 3VCRA 3DBPA 3ZWTA 3IGXA 1H7WA 4NXSA 1YDOA 4O28A 3QRHA 3PB0A 2HTMA 1Q6QA 3NO5A 2CLHA 4GC4A 3GXNA 4AH7A 4JTEA 4TMCA 4AF0A 3FLUA 1ZAIA 3MBDA 1W8SA 1PS9A 3LHUA 4TMBA 1F6KA 1T8XA 3A21A 4O52A 3S5OA 4Z1DA 1W3NA 5F2LA 3NEVA 3G1XA 3O1NA 1H50A 3NPUA 2ALDA 3WJWA 2AQWA 3INPA 3PVFA 2Q3OA 1D3GA 5SWUA 5FF4A 2BX7A 3H53A 4C1KA 2VKZG 1H7PA 3MP3A 1GWJA 1ME9A 3FKRA 3M1ZA 3UY7A 1OFDA 3DGRA 1TYGA 4RX0A 3PSVA 2J6XA 3TFXA 3LRKA 3OVPA 3L21A 3WFAA 1EEPA 1ZCOA 1WYIA 3TAOA 3LXAA 4QISA 3O07A 2H8XA 3FA5A 3CT7A 2VEKA 3W87A 3S5YA 3MI2A 3BARA 3NQFA 5CZSA 1FCUA 2X1SA 4LTSA 3HGOA 1F2JA 3DH7A 3EX6A 4WJEA 3U6WA 4ALDA 4DO4A 1H60A 2NXIA 3M7WA 5HJLA 1KTNA 5HMSA 4RKAA 4B5NA 4ADUA 1SW3A 3L67A 2VFEA 4JEQA 3OBKA 2VFDA 4UR7A 4JY8A 3W2NA 5F2MA 4DF0A 4JTKA 3NVTA 3W7IA 1KM0A 1DL3A 5K9XA 3BLIA 2QCNA 4JIQA 2ZZ2A 3LXCA 1DOSA 1Q3NA 3SGZA 4FNUA 4FXSA 4IQLA 1SSGA 3PBVA 1LOQA 1RQHA 4UFLA 2CZ5A 1GYNA 5I3GA 4ORMA 2NUXA 3W7KA 4NNBA 3OA3A 1PVNA 4HN4A 4LWWA 1EPXA 2YR1A 1AG1O 5G2IA 5BW6A 2QUTA 5IM51 3TW6A 2Z1BA 1TRIA 3W71A 3DHDA 3GIYA 4N6FA 3NQMA 3MBFA 4MUZA 4IMFA 2EPHA 4O54A 1JCMP 4MZ8A 2QJGA 1N8FA 3M5VA 4RXGA 2QCFA 3D0CA 3PAJA 5F2IA 1R2TA 3PULA 1ONRA 1LBLA 3GR7A 4JYFA 5LNRA 1UB3A 2CZEA 3QYQA 3L5LA 3G18A 2TPSA 5AN7A 1J5TA 2TYSA 4X3ZA 5TBOA 5HR6A 1VC4A 4JD4A 3TR2A 1ML1A 4ADTA 4PCFA 4G1KA 4DF2A 4POCA 2NXGA 4O15A 4O11A 4JGDA 2YZRA 3I7SA 4Z1AA 5AC6A 3S42A 4IXHA 2A6LA 1LRNA 2ISWA 1G4PA 4JTJA 3AO0A 3C6CA 1GYLA 4FXRA 4JYDA 2V5LA 4WD0A 3A5VA 5CZJA 4N2YA 1BKSA 1XM3A 3R8RA 1W5OA 3IGSA 4Y9AA 4TO8A 4M6PA 3R12A 2ISVA 3MYPA 4NQ1A 4JDBA 2H3DA 4H6KA 4O1CA 4O18A 3KVJA 4DF1A 2A6NA 1FDYA 2FLIA 4D2JA 4UFIA 3TCEA 3MHGA 2C3ZA 5EBUA 1F74A 5AHLA 3LCGA 4FX6M 3S5ZA 4NZJA 1AW5A 2RDUA 3TIMA 4RZ4A 2E6FA 1HTIA 3NGJA 4IXXA 1TPFA 4PFMA 4XQ6A 3R89A 3WK2A 4WY0B 1Q6RA 3NQCA 3GDKA 4FNTA 4ZQMA 1DKWA 1ME7A 3MUXA 4LC6A 4AWSA 4S2CA 1UBSA 4DEFA 3TNOA 1BWLA 2JKPA 1TPC1 1OK6A 1TV8A 1MXSA 4MLJA 4DPPA 1KM1A 2QCMA 4UNLA 4HKPA 4JTHA 3W1XA 1SSDA 4NXKA 3L0KA 4P2VA 1DV7A 3IVSA 5FEXA 1I2QA 2V5BA 3QM3A 1SO4A 4UIOA 1UCWA 3CIXA 5H2ZA 1JCXA 4K36A 4WQ6A 5D2XA 1SW7A 5E93A 2ZCGA 3TFCA 1IIGA 4N6EA 1VS1A 5CGQA 3SSJA 3B4UA 1XDMA 2DP3A 5D2YA 5AFDA 2QR6A 4EVZA 1IXOA 2QKFA 3NPVA 3VNDA 2C18A 2QCCA 1DQXA 2D73A 3M41A 1I8JA 3MI3A 1FDJA 3TJLA 3STFA 4GUIA 3FIGA 3ATZA 1DJQA 4LOCA 3UWVA 1GEQA 5D2TA 1IF2A 1VLIA 4QNWA 1JRCA 1X8FA 3HGSA 4GFSA 1DORA 1YADA 1I45A 3P81A 4JY9A 4O13A 1S5TA 3N2XA 1KFLA 3C4UA 4PA8A 1L6YA 3S8HA 1GT8A 3ZR4A 1GJPA 3OVRA 1W5MA 3G8RA 2FPVA 2IQTA 3ABSA 3L0GA 4JTIA 3HIJA 3T44A 3W7EA 1QOPA 3I65A 3P80A 2V9DA 4S2BA 2EF9A 1ZAJA 1LP6A 4ZZ9A 3O06A 2ATSA 2C14A 2J9YA 2X30A 4HT3A 3KAOA 4NJJA 4ADSA 1ZY9A 4DXVA 3EXSA 1W1ZA 3TAKA 2E5BA 3GX9A 3ABRA 4QIUA 1KM3A 3N2MA 2C15A 1I4NA 4MVAA 4OV9A 3W7RA 3WK3A 4FB7A 2V30A 4CNPA 4YWIA 3TW7A 3M47A 5AHNA 2VOMA 3EX4A 4JYEA 1N55A 1LCOA 5CPMA 4JTGA 5FF2A 4YL2A 5E0KA 1W5PA 1KV8A 5K4XA 3KOFA 4JTSA 2Q8ZA 3A22A 4UC5A 1TTQA 2J24A 4O19A 4U28A 3W22A 4XTDA 1UASA 3DKLA 3G3MA 2QUUA 1FUYA 2ISSA 2WNQA 2RDWA 4Z08A 3RNDA 1EUAA 3W1UA 4MZYA 4LY8A 1JCLA 6TIMA 1PHWA 1KM5A 2Y7DA 1QMLA 1TPDA 3QMTA 3W1PA 2FIQA 3IGUA 1T0OA 4ZVJA 2ZA2A 3G1YA 3EKZA 2R14A 1AL7A 5K9CA 2RKXA 3P61A 3IEBA 3CEUA 3RLVA 2QCHA 1E51A 3OHIA 2A1YA 2J27A 4HNVA 1B4KA 2E5DA 2VEIA 4XBSA 5C2XA 1TPH1 3E12A 1GQNA 2NV2A 2YCEA 1WBHA 3BG9A 2PCQA 1OX4B 1H62A 3TA6A 1OG0A 1ZENA 4RZ5A 3TXVA 4H4IA 2ATMA 2NUWA 5D02A 3EWWA 5LHEA 3HF3A 5G2HA 3NDOA 4ZQRA 2FB3A 3NPWA 2H6RA 4PEKA 2NXHA 3H54A 3BW4A 3P60A 1OF8A 3NL3A 4W9TA 3QMSA 3JRKA 4J9JA 3ELFA 1YDVA 2FTPA 4A29A 4AAJA 1V7YA 1JCJA 1FCVA 3GDTA 3TXZA 1H61A 4FNPA 4HSNA 4LUJA 2WV8A 3W3OA 2YYTA 3C2RA 3GNNA 5K9DA 3N9RA 1WV2A 2GQAA 3HG3A 3IV3A 3W1LA 2XN1A 4OHQA 1NFBA 4IX0A 4UFKA 1QNVA 2Y70A 1O5KA 1W31A 4UTTA 2DZXA 1TPEA 1QO2A 3Q58A 2PURA 1U5JA 3RK8A 3DU0A 2C1HA 1B9BA 1GVOA 1NAL1 4RCXA 3LXBA 3S9YA 4GUHA 3O6YX 1Z42A 1FWRA 1QFEA 1OX6A 4WOQA 3S1WA 3ZWSA 5AHEA 3B05A 1LBFA 1D3HA 3MP4A 3WK1A 3IRDA 3P8IA 3U2OA 4WZHA 2FPYA 3IIPA 1C9DA 3L5AA 3W2KA 3F4WA 1KM2A 4K37A 1SR9A 3KX6A 2HS6A 3K30A 1YYAA 3RLUA 4UNKA 4KWVA 4CNNA 1MO0A 1OFRA 4NVTA 2P1FA 2ZTKA 4WXYA 5HR7A 1PIIA 3LERA 3SW6A 3N19B 2CFFA 2HSAA 1GVRA 2ZYFA 3W83A 3UZ5A 3NYZA 1NVMA 3P5ZA 5HWJA 5KZMA 1LRTA 2A2IA 1H7XA 2DZTA 4UR8A 3BO9A 3F4NA 3B8DA 3PG9A 3F1QA 4GNJA 3G0UA 3KRUA 1SZNA 3W75A 2A5HA 5LNWA 1S5VA 1A5SA 1W0MA 1QCWA 1YTEA 4OGZA 1VYRA 4GXMA 1KW1A 1WDWA 1A5BA 3CTLA 4Q4KA 3FJLA 4QSHA 1KV5A 4UTWA 5LKYA 4OV4A 3DKJA 3BG5A 5HUOA 1WOAA 1G4TA 1EWEA 1GVFA 4AWTA 4AVFA 4ZQCA 1QPRA 4DO6A 3W86A 3KFTA 3S1VA 3TROA 3LHYA 5HULA 4WXZA 2QDHA 4MY9A 3NQGA 4NZFA 3Q94A 4ORIA 5HUPA 1EX5A 1LYXA 2RDTA 3GAYA 2CLIA 3CQ0A 3W7QA 2A7NA 3NL2A 3W7GA 3DFTA 2E68A 3TC6A 3LTSA 3PB2A 4YXGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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