3P62A

Wild-type pentaerythritol tetranitrate reductase containing a c-terminal 8-histidine tag
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
364
structure length
364
Chain Sequence
EKLFTPLKVGAVTAPNRVFMAPLTRLRSIEPGDIPTPLMGEYYRQRASAGLIISEATQISAQAKGYAGAPGLHSPEQIAAWKKITAGVHAEDGRIAVQLWHTGRISHSSIQPGGQAPVSASALNANTRTSLRDENGNAIRVDTTTPRALELDEIPGIVNDFRQAVANAREAGFDLVELHSAHGYLLHQFLSPSSNQRTDQYGGSVENRARLVLEVVDAVCNEWSADRIGIRVSPIGTFQNVDNGPNEEADALYLIEELAKRGIAYLHMSETDLAGGKPYSEAFRQKVRERFHGVIIGAGAYTAEKAEDLIGKGLIDAVAFGRDYIANPDLVARLQKKAELNPQRPESFYGGGAEGYTDYPSLHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Focused Directed Evolution of Pentaerythritol Tetranitrate Reductase by Using Automated Anaerobic Kinetic Screening of Site-Saturated Libraries
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pentaerythritol tetranitrate reductase
molecule tags Oxidoreductase
source organism Enterobacter cloacae
total genus 138
structure length 364
sequence length 364
ec nomenclature ec 1.6.99.1: NADPH dehydrogenase.
pdb deposition date 2010-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3p62A00
3FIGA 4O4VA 1OABA 2Y7EA 4YL2A 3WK2A 3N3MA 3QW4B 1XC4A 3NQGA 1OFRA 2BXVA 3HG4A 3I65A 4QSHA 4K39A 3TIMA 1A50A 4JX5A 3A24A 4IMDA 2X30A 3UWVA 3CB8A 3W23A 3W1XA 4RXGA 2EF9A 2OJPA 3EWWA 3ATYA 3OA3A 3P8IA 4MYXA 3BK0A 1LOSA 4UFIA 5DCEA 1FCBA 2YPIA 4GUHA 2B7OA 3PBVA 4Z1BA 4WD0A 3FKKA 1FCVA 1EX5A 4FEZA 2V81A 3EWZA 1N8FA 1OX6A 1JRCA 2OX1A 8TIMA 1LBFA 1G7VA 3GDMA 2CLLA 1LDCA 3SECA 1O60A 1UBSA 5DLCA 5CGQA 1KM1A 1C29A 2J9XA 2QJGA 3GKAA 1X1ZA 4GNJA 1CI1A 3ZR4A 1HUVA 6ALDA 4JTJA 3L68A 1EIXA 1IF2A 4MIMA 2ZRWA 3LI0A 3N73A 4ZMGA 2WQPA 4JNMA 3NL5A 2ZTJA 3U8GA 3W71A 3S1WA 4EVZA 3S9YA 1IIHA 2E5DA 5E0KA 2QUTA 4NXSA 2C16A 3EXRA 4LTSA 4NVTA 3W1UA 1VRDA 4U28A 3TSMA 4UTWC 5EYWA 3EWUA 4UTHA 1TQXA 2GJNA 4LOCA 5A5WA 1SPQA 2PRHA 4KFPA 1OFBA 2PRMA 3PR2A 1RVGA 3GIYA 3LERA 2TMDA 3THQA 4IQLA 2WSYA 5BNKA 3PULA 3BW2A 3SZ8A 1SR9A 3W7HA 5J5RA 4AHOA 1P4CA 4YLWA 1NAL1 3MO7A 3M16A 2QCHA 3H53A 3HGRA 3IVUA 1RD5A 4Q32A 1VYRA 3TX9A 2J88A 2Z6IA 4UUIA 4UC5A 3LCXA 5F2MA 2EGZA 4ZQPA 4MFEA 1TRDA 3DHDA 4MFDA 4HT3A 1TPUA 4GJ1A 4MOZA 3F4NA 2A21A 4RZ5A 2FPVA 4A2SA 2R91A 2G5WA 3L0NA 4DEFA 5FF0A 3QJAA 1KBIA 3VI2A 4AMAA 1T8XA 1W31A 3TR2A 4OU1A 4ZQCA 1YTEA 5K3VA 2OCZA 1L9WA 2Y88A 1GOXA 3HPXA 4NT0A 3W1TA 3MP4A 3RNDA 3GNNA 4YCPA 1SO4A 4AWSA 3BLIA 4UMBA 3LXBA 1DL3A 5I3KA 2RKXA 1H60A 3ABRA 1M5WA 3C8FA 4N9DA 3SGUA 1FQ0A 3W07A 5AC8A 1H5YA 4ZL1A 4HNUA 2ZRXA 1W54A 5E1QA 4O12A 2DORA 5FEPA 4FNPA 1EUNA 3PVFA 2ABAA 4K7YA 3I6RA 1KFBA 3W1QA 1L2UA 4E38A 2YYTA 3OIXA 3UZJA 5G1YA 2C6QA 4IWWA 3M5ZA 3TCEA 3P61A 3W1RA 4JYDA 4O13A 4UTTC 1YXDA 1GVOA 4NNCA 4NNBA 3DI0A 1ONRA 4LV4A 4TX9A 2PC4A 1TTJA 2V5LA 3CM4A 1SZGA 3N2XA 4O19A 3FLUA 3GVGA 1HO4A 1BTMA 3N9SA 1VCVA 4PTNA 3VKJA 3HG3A 3VFLA 4HIBA 2VEIA 1QR7A 3G3DA 3I7RA 1B57A 4IMEA 1ZALA 4O11A 1FWNA 4DF1A 4JTHA 4N6EA 3PBUA 2V9DA 1K8XA 3NL6A 4PEKA 4YMZA 1TYGA 4XWUA 3L5LA 3IEBA 1DJQA 3C3NA 5EBUA 2QUVA 4X22A 3HGJA 3UWQA 3LCHA 4BWLC 1RQBA 2ZZ7A 3QMTA 2DJLA 5D2VA 5F1UA 4PODA 3QYQA 4X9SA 2V2DA 4KWVA 5G4WA 3ATZA 3TQKA 3DENA 3W88A 3GAYA 3WJYA 1WYIA 3W6YA 2FJKA 2E6FA 1W37A 1FDYA 2QCNA 2VEKA 4GUJA 3UZ5A 4LUJA 2VFHA 1UJPA 1GTHA 5I3FA 4O18A 3TQ0A 1SFJA 2R94A 2QR6A 1PIIA 4JX6A 4A29A 4M19A 1W3NA 3I68A 3W7KA 3FYOA 2ZDRA 1F5ZA 1XL9A 1OYCA 4PL2A 4UR7A 2C13A 5DXXA 3TROA 4ONVA 3ZFHA 4CQ8A 1H7NA 2QJIA 4WQ6A 4HNTA 4ORMA 3BPWA 4MUZA 2OZ0A 3RU6A 2ALDA 2J27A 1O95A 3W7EA 2OT0A 1UB3A 3FJ6A 3QW3A 1YLVA 3HOJA 3O06A 3M41A 3MJYA 3TXZA 3NG3A 1YYAA 3G1XA 1FCQA 4JX4A 3QPYA 2ZRYA 1TRIA 5FI8A 3T78A 4K8HA 2BLEA 1Q6QA 1AW2A 2C3ZA 4MJMA 2DZSA 4I7UA 1W5MA 1WV2A 3GR8A 2CFFA 3NQDA 3CQ0A 2BTMA 2X1TA 4PH6A 3C0JA 4JDBA 3NAVA 3TE9A 1PCWA 5G2WA 2EPHA 3PUOA 3TUUA 3ABOA 2R8WA 4GFSA 3PUEA 4D2JA 1FY6A 4CCDA 3NXFA 4A22A 2LLEA 2VFFA 5IM51 2ZQ0A 4FXRA 1OHLA 3LCLA 4IOTA 2DU2A 3YPIA 3B0PA 1PCKA 2EAWA 3O63A 4AWTA 4OQVA 2C19A 4O53A 1I2RA 3OG3A 4MPQA 1OYBA 2A5HA 4O16A 1F73A 1EP2A 3PSVA 1S5WA 3W7PA 1X6UA 3HGOA 1SFLA 3NOEA 3Q37A 4RK8A 2CLKA 1TV8A 3WJSA 3NR0A 1ZAHA 5DN1A 1PS9A 3UXDA 2H3BA 3W9ZA 3S42A 1MEHA 3C4UA 1SO5A 1SSGA 1DVJA 1I2PA 3DXIA 1F76A 3NQAA 4JTSA 3E02A 5LNUA 2C14A 4PC8A 1G7UA 1LOLA 3EWXA 1FDJA 2HS8A 3M6YA 3NZRA 2DJXA 1W5NA 3R89A 1KM4A 3PB2A 1V5XA 2FPTA 3HJZA 3W7JA 2F7FA 5FESA 3ELFA 1DKWA 2CLIA 3W74A 3W1MA 4AHPA 2B7QA 4ADTA 1H50A 4E2BA 1DBTA 2TSYA 4LC6A 4IMFA 3RLUA 3GKFA 2E09A 4O54A 4FO4A 4UTJA 5J5DA 3NL2A 4C1LA 4S2BA 3GX9A 1T96A 1GTEA 3G1SA 1KFJA 2ZA2A 2DZTA 3PBYA 2WJZA 4R34A 3LHZA 3STEA 3R5EA 3KXQA 1GVSA 3GAKA 5GVJA 1TB3A 1JVNA 2TYSA 3QFEA 1JCXA 3DGRA 4B5NA 1FXQA 4A3UA 3BG9A 1AL8A 4O0ZA 1I2QA 1JCMP 5CPNA 3CTLA 3Q94A 3L9CA 1K3UA 4XTIA 3VCRA 5D09A 5K9CA 2E68A 3N14A 5LNVA 1OJXA 1LP6A 4BI7A 1M7PA 1SZNA 3E96A 2W79A 3IGXA 1LLWA 4FF7A 3W2KA 3LI1A 1ICSA 3B06A 1OFOA 1TV5A 5C6MA 1DOSA 3STFA 4QAIA 3S1XA 5C55A 5HR6A 1O94A 4WY0F 3INPA 4QIUA 1IXQA 2Y63A 1I2OA 1X8FA 4JY8A 2BWGA 2B7PA 1XFBA 1K02A 3L0KA 1UUMA 4K8EA 1A53A 5BOOA 1OF8A 3TSDA 2JGQA 1TPEA 4FNTA 1R46A 1WXJA 5HULA 1O5XA 3IIPA 1UASA 3UY7A 3K30A 2Y85A 3KAOA 3LCGA 4FXSA 5D33A 2DZVA 4WXYA 1PVNA 2YW3A 4QJ1A 2PCQA 2CZ5A 1JCYA 1EPXA 5K9XA 1YPIA 2CLMA 1XBXA 1G4TA 4DBDA 3NGJA 3PG8A 4BR1A 1M7OA 2CLOA 3WFAA 4GUIA 1WA3A 3W72A 1S3HA 3LHUA 1AMKA 4M5PA 3KVMA 5FEXA 4AWUA 5CZTA 5ABTA 1OK4A 3EX2A 2H8ZA 3H54A 3M47A 4FNRA 4XBSA 3AO0A 3LB0A 3GDTA 3NPUA 3CLMA 4OBTA 4XBKA 2ZZ3A 4RJEA 4P2VA 4FNUA 2BX7A 4GC4A 4FX8A 3NEVA 1G69A 5U4NA 4WUIA 4LVDA 4NJHA 5TIMA 1VC4A 3NPWA 3L5AA 1XUZA 2A85A 4FIRA 4NZJA 2QAFA 3W2LA 5F4WA 3CC1A 1BWLA 3FEMA 3GLCA 2I1OA 3IVTA 4UNLA 4E0CA 3LRKA 1KW1A 5FF3A 1H51A 4UTLA 3P84A 3TW7A 2YDAA 2E6AA 1H1ZA 3W1PA 3OVRA 5HMSA 3C2EA 4MJZA 3KRUA 1A5CA 2GVLA 1GWJA 3LTYA 2H6RA 1Q6RA 1T99A 4RCXA 3S1VA 5KZDA 4UTWA 2G97A 5D04C 3D0CA 5BMWA 3HIJA 2QAPA 4JIPA 3DKLA 4AHQA 1QFEA 3OHIA 5IBXA 4Y8FA 3W76A 3LXCA 4JY9A 1QPNA 2JKPA 2GVJA 4Y6GA 3STGA 4IX0A 3B0UX 3T55A 1KLZA 5AYXA 4ALDA 2Z1BA 3GXPA 4GUGA 4AEOA 2X16A 2DZUA 3KRZA 2ZZ4A 3W7CA 3UPBA 3WK1A 4AF0A 5G2IA 3FJLA 1VR6A 2NLIA 4CNNA 4BI5A 3V75A 4YCOA 2CLEA 4BFAA 5D2YA 5EPDA 4Z08A 3MHUA 4O17A 1KM3A 1KV8A 4MY1A 3QF0A 3QPZA 4IMCA 3T7VA 3LTSA 1XCFA 3A9IA 3GR7A 3O05A 1FWRA 3MI2A 3UY8A 1R2TA 2YFOA 5D38A 4L4LA 4FIQA 4O0KA 3L5MA 4RV8A 1Z41A 3T40A 5DBTA 2A7PA 5G5IA 2VEPA 3EX1A 1ICQA 1PL9A 3LCWA 3LRLA 1SQ7A 4RKAA 2HTMA 4H6KA 4DO6A 1TPVA 3PSWA 1XDMA 2UV8G 1TPWA 5HUOA 4HSOA 1N55A 5CPMA 1VLIA 5MHBA 3R12A 2CLFA 5EL1A 3RK8A 3DFOA 3G1AA 4YWIA 2ZA1A 1FWSA 3UWWA 1JUBA 1P0KA 3TV8A 4WOQA 2NZLA 4ZQMA 3L0GA 4I7VA 4CCEA 3SW6A 1LLZA 1EUAA 3RMJA 4UTTA 3W75A 5HQEA 3NQ8A 4IUOA 3JRKA 3TJLA 1EWEA 3G8RA 4KKXA 5TQLA 2WSRA 2VC6A 1XM3A 2E1DA 2CZDA 2DZWA 2ISVA 1LOQA 3LRMA 4W9TA 1M6JA 2XN1A 3LBMA 1TMHA 5F2GA 3ABQA 2VFDA 1U83A 3IRDA 3M5XA 4N4QA 4UTIA 1I45A 4JGDA 3MHFA 1VHNA 5F4SA 2YCEA 3KVKA 5KZEA 1X7FA 1IIGA 2FIQA 4AB4A 5BW6A 4CQ9A 2FTPA 1XDLA 2I9EA 4R53A 4R7JA 2JBMA 2Z0IA 4L4MA 3F1QA 4ZVJA 4CNOA 2QCLA 3SI9A 4MYAA 3V1PA 2ABBA 2VFGA 1VHCA 2WNQA 2X1RA 1OX4A 3NO5A 1EEPA 2OT1A 4GBUA 5HWJA 1MXSA 4CCCA 4GWEA 1G6CA 1K8YA 4UFJA 4QNEA 3TC6A 4NXKA 5G4EA 2Q8LA 3B03A 3R13A 5A8GA 2QDHA 4MY9A 3S5ZA 2VOMA 3BLEA 3A5FA 2RDWA 1SO6A 4TMCA 1ME9A 3C56A 3TNOA 1Q6OA 4TR9A 3PG9A 3OBKA 1Z42A 3DFSA 4GE8A 1QOPA 1W8SA 3B05A 5D30A 4GXMA 5LHFA 1FWWA 1KBJA 4Z0JA 2P10A 1QMLA 3G8EA 5LGZA 2J6XA 1QPOA 5AN7A 2A7RA 5AOUA 2VXNA 1QAPA 1RQHA 3O6DA 5DELA 3QSRA 4U4MA 3O07A 7TIMA 4LVFA 4XTDA 5KSWA 3KRSA 3PY2A 4LVBA 3T4CA 2J9YA 5CG7A 3PB0A 3WJWA 4FB7A 4M7TA 3LV5A 4LS2A 3FYPA 1L6SA 3M9YA 5AHLA 3HPZA 2NX9A 2PURA 5LNRA 3LXAA 3E9AA 4HSNA 4LVAA 4ORIA 3TAKA 3MI3A 2PE4A 2Z2UA 3C2FA 5I3GA 3NPVA 1N7KA 2NX1A 5BRBA 5AHEA 4RZ6A 1W3TA 5AYYA 1YDOA 4IXHA 3DKJA 3QMSA 4AVFA 4MVAA 3UD6A 1RR2A 3LLFA 1FCUA 1OVDA 3DH7A 3W83A 4UIOA 4TIMA 2A0NA 1H7WA 3DFQA 3P82A 4A21A 4JEQA 1JQVA 1YTDA 2RDTA 4XKYA 1DQWA 3QMRA 2D73A 3EX6A 4O1CA 5CZSA 5EMUA 3CU2A 1S5VA 1YPFA 3ZS4A 1NFBA 1LBLA 3LTPA 1L6YA 2CU0A 1GVRA 2XN0A 5AHFA 2ISWA 2V8ZA 1ZHAA 1R2SA 3BGGA 2G96A 1GYLA 1XBZA 2KZHA 2A6LA 1SZFA 1LRTA 4DF2A 1ZJIA 4HKPA 1KM6A 5K7JA 3QH2A 4OE7A 1IGSA 3N9RA 3W7DA 2X2GA 3QQ1A 3GDRA 3TH6A 3S0CA 1K8ZA 2E5CA 4N4PA 4K37A 3TW6A 1HO1A 4OWGA 4DO5A 3E0IA 1QWGA 5HWMA 3KOFA 2X1UA 1VCGA 2QF7A 1VH7A 2VELA 3CWOX 3W84A 4Z0SA 2AQWA 4AF0B 3W85A 2V2CA 3DAQA 2ATMA 5DXYA 3ZWTA 3VE7A 2OMAA 1TTIA 4O1AA 1JULA 1Z44A 1GG1A 1KTBA 1EA0A 1BEUA 3FKRA 4AAJA 3DZ1A 3P80A 1NF7A 1LRQA 4UMCA 2NUYA 3LCFA 3TK7A 5CZ0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2PU0 A;  5HQM A;  3FIG A;  4O4V A;  1EGM A;  1FP8 A;  2Y7E A;  4EX4 A;  3WK2 A;  1MW1 A;  4QDM A;  3V36 A;  1V0L A;  3QW4 B;  3HTW A;  1TV3 A;  4YTR A;  4K39 A;  4PUL A;  4JX5 A;  2X30 A;  1E71 M;  1RCX B;  2YCL A;  4L1W A;  4A8I A;  1BQG A;  4RW5 A;  3W1X A;  3LPG A;  4U2Y A;  3ATY A;  2PDB A;  2PDN A;  3Q45 A;  3H2N A;  1FCB A;  3HU7 A;  3ITG A;  4HCD A;  4GYP C;  1Y65 A;  3AIR A;  1LUC A;  8TIM A;  2F6U A;  3TP4 A;  3KCJ A;  1ZJA A;  1X96 A;  1PTD A;  1UBS A;  1KM1 A;  1C29 A;  2J9X A;  2QJG A;  1X1Z A;  4OBR A;  1ISZ A;  4HYV A;  2Z2A A;  3H6O A;  3TTO A;  1QI5 A;  1QNQ A;  3L4Z A;  2VOT A;  4JNM A;  1RCO B;  3W71 A;  2QZR A;  3S9Y A;  2E5D A;  1PWM A;  2BXZ A;  4GGH A;  3WLT A;  1X98 A;  3QYS A;  2OVL A;  1V02 A;  4NVT A;  1VRD A;  1HJS A;  1XPY A;  5DMY A;  1J0K A;  3MU7 A;  1FHV A;  1M41 A;  2VEG A;  2GJN A;  3CQH A;  1SPQ A;  1OFB A;  3PR2 A;  3MMD A;  3GO2 A;  1RVG A;  3VDH A;  3AIS A;  4QRN A;  2QXW A;  4IQL A;  4W93 A;  4K1G A;  5M2F X;  3SCV A;  4Y9M A;  4ZCW A;  2ZVI A;  4AHO A; 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