3PB2A

Characterisation of the first monomeric dihydrodipicolinate synthase variant reveals evolutionary insights
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
GIDPFTMFRGVGTAIVTPFKNGELDLESYERLVRYQLENGVNALIVLGTTGESPTVNEDEREKLVSRTLEIVDGKIPVIVGAGTNSTEKTLKLVKQAEKLGANGVLVVTPYYNKPTQEGLYQHYKYISERTDLGIVVYNVPGRTGVNVLPETAARIAADLKNVVGIKEANPDIDQIDRTVSLTKQARSDFMVWSGNDDRTFYLLCAGGDGVISVVSNVAPKQMVELCAEYFSGNLEKSAEVHAKLRPLMKALFVETNPIPVKAALNLMGFIENELRLPLVPASEKTVELLRNVLKESGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Characterization of monomeric dihydrodipicolinate synthase variant reveals the importance of substrate binding in optimizing oligomerization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
molecule tags Lyase
source organism Thermotoga maritima
total genus 127
structure length 300
sequence length 300
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2010-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3pb2A00
2CLMA 1TPB1 1JCLA 3R5EA 4ZVJA 1CX9A 1K8XA 3SGZA 3P67A 5AHNA 5AHFA 1RD5A 3QQ0A 2JKAA 2FB2A 1YXCA 4IXXA 1BWKA 1Y0EA 1N7KA 2GVJA 1VRDA 4K8HA 1MEHA 2WNNA 3PBYA 1OX4B 3KOFA 3S5OA 1WX0A 2GQ8A 1X7FA 4NNAA 3LDVA 2QKFA 3BK0A 1YYAA 3FKKA 1BTMA 2FQIA 3QQ1A 4JYEA 3WJXA 5CPOA 2DJXA 4PODA 4DXVA 2CFFA 3KVJA 5EA9A 1DKWA 1NF7A 4JTLA 4UNLA 4DF0A 4MZYA 4JTJA 1T99A 5D09A 3UWYA 2YW4A 3B0PA 1S5TA 1YPIA 1EP3A 1GG0A 1O5XA 1QPNA 6TIMA 2H3BA 3CQ0A 1KLZA 1P0KA 1Z41A 3STEA 1XI3A 3C52A 1XDMA 1M6JA 4LVAA 4N4QA 2AAMA 2A85A 2RDUA 1SZEA 4C1KA 3R2GA 3PR2A 3HGRA 1KFLA 3FLUA 3BO9A 3LTSA 1SFLA 3HPXA 4ALDA 5KZEA 1F5ZA 2ZZ4A 5CKSA 1H62A 1VHCA 5BNKA 2GVGA 5BOOA 3N73A 4XBSA 3V75A 2NZLA 4BI7A 1P5BA 2WV8A 2Y7FA 2VOMA 4Q33A 3A22A 3LCIA 3W1NA 1UCWA 5CPNA 1EIXA 4DO6A 1H7WA 3LXBA 1GYNA 3TJLA 4UTJA 3LCFA 2XN0A 5F4XA 3WJWA 3W7QA 1LLZA 1AL7A 3MMTA 4IPJA 4JTTA 1H1YA 1AMKA 3R12A 1XUUA 3A5VA 1TTQA 1K03A 3L21A 2QCEA 1UUOA 2CW6A 4ORIA 4WOZA 3GVGA 3ZR4A 1OJXA 3FJLA 4EF9A 5EMUA 4O1CA 3W2MA 1GYLA 1KM0A 4FNSA 4ZQMA 4N9EA 1C29A 3NQCA 3LRMA 4O11A 4B5NA 4MY9A 2B0MA 4UFMA 1LP6A 3DH7A 4EF8A 2ZRVA 2IQTA 3STCA 1SQ7A 3EEGA 1QOPA 3OVPA 1YDNA 1T8XA 4BI6A 2JBMA 3W85A 4UTLA 3IVSA 3HQ1A 3M6YA 2F7FA 3NPXA 3T55A 3NVTA 1E51A 3W22A 1AW1A 1QR7A 3QJAA 1O4UA 4RLIA 3S9YA 1OABA 3HOJA 5H2ZA 5J5DA 2Y7EA 3NQEA 4X22A 5BRBA 4WJEA 3NQ8A 2Y7GA 1NFBA 1W8SA 3CHVA 4M7TA 5DY2A 5G4WA 3S1XA 3WK2A 3LCXA 2DU2A 2JGQA 4S2CA 2XN1A 3P82A 1VLIA 3O16A 3DFPA 3PBUA 2Z6JA 2GJNA 2X2GA 1VCVA 1DJQA 4H6KA 4NJIA 1I45A 4NZFA 5KTLA 1IXOA 2NV2A 2ZRYA 3NR0A 4O8RA 2QCMA 3TW7A 2E6YA 4ZQRA 4OQVA 5D2VA 3S1VA 3EKLA 5AHEA 1WV2A 2NV1A 4X2RA 5FEWA 2Y85A 3LV5A 5F1UA 3BW2A 1B57A 3FKRA 1JCNA 2B4GA 2E6FA 4FEZA 1H63A 1MZHA 3TSBA 1TJPA 4FNTA 5TQLA 1SFJA 4FNQA 2FPVA 3VCRA 4MLRA 3O05A 4MYAA 3M1ZA 4O0ZA 1LRTA 3H55A 1Z48A 2WO5A 3EKZA 4LNYA 3LGEA 4Z0SA 1EPXA 4GNJA 3GK0A 1OFAA 2CZFA 1SW0A 1WAUA 3B4UA 3PF3A 3FYPA 2QCCA 4GUGA 3TC6A 3G1XA 1PS9A 4IOTA 5L9FA 1HG3A 3B0VC 1H7NA 4KWVA 1LCOA 3T7VA 2YPIA 1SO4A 2FFCA 4RZ6A 4JD4A 1XBZA 1VC4A 3QMSA 3GAKA 2H3DA 4DO4A 2VFEA 3KHJA 3NL5A 3Q2DA 5D33A 3ELFA 1P1XA 2B7NA 2JKEA 1M5WA 4AAJA 2Z6IA 1GJPA 4OE7A 1G7UA 3E49A 3OVRA 4TU1A 4XKYB 2BXVA 3CWOX 1H7PA 3FEMA 1L9WA 3MJYA 1QCWA 3NPUA 4M5PA 4QJ1A 1JQXA 3M47A 4FNPA 1KW1A 3I65A 3DZ1A 4IPIA 4JTFA 1TPC1 3HIJA 3P61A 4WXZA 1JUEA 4ZQCA 3GZ3A 3IIOA 5GVJA 3GAYA 3HPZA 1MSSA 1NVMA 5DCEA 4AHOA 4PEKA 3KVMA 3SY5A 5IBXC 2DZVA 4E38A 1EWDA 5EPDA 4LTSA 1T96A 4ML9A 1LOQA 4WY0A 5DY3A 3RNDA 1H7OA 2BSLA 3S0CA 3CB8A 3RMJA 1OFEA 1KV5A 3O06A 5TBOA 3THQA 1OFOA 2NXIA 3M44A 5EKYA 1LBLA 1G69A 1YDVA 2WSYA 1JRCA 1JCMP 3S8HA 1FWRA 4NNCA 4GC4A 4UMBA 2YGYA 2RFGA 1TSIA 4ZZ9A 4RKAA 1XM3A 5HWNA 1G4TA 1KFKA 1QO2A 2ZRZA 4LC6A 4N02A 3LI0A 4IQLA 1OFRA 1ICQA 3B03A 2FPYA 5DELA 1TTJA 1ZAJA 3QH2A 1AG1O 4TIMA 1WBHA 3ANYA 3TSMA 2NX9A 5EYWA 4XTDA 4BF9A 4UTUA 3PAJA 3MBDA 2NUXA 1KV8A 2WPBA 3N2MA 3TAOA 3I7RA 1IGSA 4BWLC 2DJLA 5CPLA 1ME9A 5CSSA 3HBLA 4L4MA 4LOCA 4CLMA 2YFNA 1TPFA 4PFMA 2A5HA 3IGUA 4EIVA 4FIRA 4E0CA 2VFDA 1K7XA 3GDRA 3W07A 1JJKA 2QCHA 3DKJA 2ISVA 1I8JA 4IWWA 1L2UA 2P0OA 4A2SA 1VPXA 4RX0A 4LV9A 2ALDA 3W3OA 4TMCA 2ZA3A 3OHIA 2C18A 5HQEA 1LBFA 2R8WA 5EY5A 2VEPA 2E5BA 1FWTA 3BV4A 4MKNA 1RQHA 3MHGA 4R33A 2J9XA 3C6CA 4GUHA 3B06A 3QEZA 4UFKA 3LV6A 1KTNA 5D32A 2HSAA 3VFLA 1DL3A 1TPDA 5LNVA 4I7WA 4LT9A 5L6UA 3TW6A 1NAL1 3TXVA 3IEBA 3C3NA 4PH6A 4NJJA 3IGSA 4A3UA 2EAWA 1W5OA 3IVTA 3WFAA 4P2VA 1NEYA 3L0NA 4N9DA 2VFHA 2E1DA 3SW6A 1MO0A 1GTEA 1VGAA 1IXPA 1YTKA 3TV8A 2QF7A 3EX3A 2VENA 4MPQA 3LHVA 3LRKA 2QJGA 1OF6A 1TB3A 5AYXA 1SU5A 3UY7A 3KRZA 4LWWA 4K7VA 4JR5A 3ZS4A 2QUVA 3JS3A 3VE7A 2BLEA 2CWNA 5C54A 5I3KA 5HINA 5LGXA 4WY0B 2BTMA 4Z0JA 2GJLA 3GDKA 1OX4A 2VELA 1PVNA 4ADSA 3UWUA 4N2YA 3SZ8A 3BGJA 1GG1A 3TQKA 4AF0B 3B8DA 4HSNA 2PC4A 4QSHA 2AGKA 4FXSA 2F84A 4NX0A 3NXFA 1TRDA 1J2WA 3NPVA 1BWLA 3NQFA 3T44A 5I3HA 3L67A 3TQ0A 1H50A 5K4ZA 3BGGA 3NM3A 1Q6LA 4LRSA 3CIXA 1MEIA 1NF0A 3LHTA 3NZRA 5AHIA 3W7CA 3VI2A 1QPRA 1F76A 3LLDA 2QCFA 2ZZ5A 3M5YA 4O15A 2NLIA 4MY1A 3EX6A 1VLWA 2GUUA 1R2SA 4O19A 3MHFA 4K6AA 1JULA 4MFEA 5AFDA 3BW3A 1KM6A 2GQAA 4IMEA 1B4KA 3UNDA 1ONRA 4AHQA 1R46A 2NX3A 3NL3A 3TK7A 3W1RA 4ZMGA 3TR2A 3L0KA 1M7OA 2DZUA 3DAQA 3W7HA 3W2KA 1W3NA 2NUWA 1ZENA 2H8ZA 5KZDA 1JUKA 4HNVA 5D03A 3DFNA 4WUIA 5G2HA 4UMAA 4RV8A 5J5RA 1TQJA 1SSDA 4A2RA 4GUFA 3C4UA 4K37A 4UTWC 2Q3RA 1G67A 3EXSA 1KFBA 5AOUA 4AWTA 4K36A 2X16A 3M7WA 1EUNA 3NEVA 1EP2A 1W3IA 1S5VA 2ZZ7A 3W7LA 4FHAA 4DF2A 1XKYA 1LRQA 3EWUA 1TPWA 1EA0A 4LS0A 3HG2A 3UPBA 3BG9A 3TDFA 4KKXA 4HNUA 1VJIA 3W6YA 2RHGA 3W7PA 4AMAA 3W75A 4LUIA 1OG0A 1NSJA 2H90A 4LVGA 4MFDA 4IGHA 1KFEA 1TPH1 5U7SA 1SUXA 3UXAA 2JGYA 4UMCA 3C2RA 4QM1A 3SJ3A 3UXDA 1ZCOA 3NQ7A 1OF8A 2A6NA 2ZZ1A 3QSRA 1DBTA 2HS6A 1FUYA 1TV5A 1VZWA 1FCUA 1U5JA 2E5DA 4JTSA 5HNRA 1D3GA 1PCKA 3EXRA 3IRDA 5K7JA 2JKPA 3PULA 3DHFA 3RF9A 4MYXA 5DBUA 3W84A 3BG5A 4AWUA 4S1FA 2ABAA 2PRMA 4HNNA 3HGOA 1HO4A 2D73A 1IXNA 4ORMA 4GE8A 4QIUA 1L6SA 3EX4A 3L65A 3DKLA 1B4EA 5DCBA 2W6RA 2KZHA 1TIMA 1TMHA 3EWYA 2C15A 2A7NA 3NYZA 4KFOA 5C5YA 2BZNA 4UFHA 5C2XA 3UWVA 3NQDA 1J4EA 1KM2A 2QUUA 1LYXA 4O13A 3WK3A 3R89A 4O14A 4MJZA 2QCGA 2WSQA 3N9SA 4UFLA 1HO1A 4PC8A 2X1RA 5AC7A 5D02A 2VXNA 3W88A 1VR6A 4MZ1A 1RQEA 5LGZA 2TYSA 2YW3A 4UTKA 1EP1A 2CZDA 3O07A 1VYRA 3UWQA 2YFOA 2G5WA 3FIGA 1SZNA 1M7PA 3UWWA 5D2YA 1FQ0A 2TSYA 3WK0A 3NO5A 4E2BA 2CLEA 4JEQA 3FA5A 1WOBA 1F6KA 1LDCA 2TMDA 4JX6A 4Z1CA 1OVDA 1FXQA 3QFEA 2Q8ZA 4WD0A 3W87A 4Z1AA 1R47A 3F1QA 3STFA 3IIVA 3ABRA 2A4AA 1GVRA 1VCGA 1XC4A 1ME7A 4XKYA 1YLVA 1XFBA 3LCLA 1IIGA 4M6QA 3ZFHA 3DBPA 3C2OA 4GUJA 3W7RA 2VFGA 3R8RA 3QMTA 3ABSA 2FIQA 3NQMA 4NXSA 3MI3A 3PUOA 2B7PA 4M6VA 6ALDA 3TX9A 3O15A 4JICA 3LHUA 1B9BA 2O7QA 4ONVA 3O6YX 3ABQA 4EWND 1W5MA 4M7SA 4FO4A 5FF3A 4GFSA 3P5YA 3A23A 1XCFA 4JTHA 3I7QA 3R13A 4TX9A 5KITA 5CSRA 4HIBA 2QCDB 3LHWA 4GUIA 1EUAA 2E6AA 3S42A 4NJGA 2OMAA 1VYSX 4MY8A 1MXSA 4RZ4A 4AH7A 1KTCA 3N2XA 4UTWA 3W7JA 3LB0A 2DZTA 2PE4A 1FBAA 2QR6A 2ZZ3A 2H8XA 5HULA 2NWSA 1F74A 1TREA 1LLWA 3G1AA 2CLLA 1TTIA 5CZSA 5LHFA 3W1QA 1ALDA 2VKZG 5LNRA 3B0UX 2E09A 4XQ6A 4MLJA 3TH6A 1JRBA 3W7MA 2XFWA 3T78A 5CG7A 3S1WA 5HUOA 4IMFA 2I14A 3PUEA 1W56A 4GJ1A 2ZFAA 3LTPA 3GKFA 3W9ZA 3G1SA 2I1OA 4PA8A 2EPHA 5K9DA 3PBWA 3U2OA 3C8FA 2EKCA 3W7OA 5G1TA 3H53A 2OZ0A 4OT7A 4MIMA 3LRLA 3P81A 3QMRA 1SO5A 4HSOA 5AN7A 1K02A 3MBFA 1K8ZA 3HG4A 4WX2A 2QUTA 1GVSA 2ZDRA 3SECA 4JNMA 3W73A 5D37A 1R2TA 3LCGA 3NDOA 1XBVA 4Z1BA 1PHWA 4YLWA 1ZFJA 3PC0A 2ISSA 3W7KA 1CW2A 2V8ZA 4HHPA 4HKPA 2V0TA 5G2WA 3L5LA 3LCWA 5MHBA 3C2FA 1H7RA 2Y62A 2YR1A 3L2IA 3PVFA 4JIPA 3S5ZA 3W7NA 3O6CA 3W1XA 3W83A 3DFTA 4EVZA 3W7GA 3DI0A 3HGSA 1DQWA 1QPQA 2A1YA 2C19A 2DP3A 1YXDA 3EX1A 4NZJA 3QYQA 1J5TA 5AYZA 2V2HA 1K7EA 5KZMA 1HUVA 5E0KA 2G96A 4N4PA 4PL2A 3BG3A 2DZXA 1TTPA 3MI6A 5FF4A 2ZA1A 3QSTA 2A21A 3W1MA 1C9DA 1HTIA 3G0UA 3OVQA 1MEWA 4Z1DA 5AHMA 2X1TA 4ZQNA 3LLFA 2VC6A 3M43A 3C2EA 3NL6A 1FY6A 4Y90A 4JYDA 4DPPA 2R94A 5HMSA 5F4SA 1WXJA 5DLCA 3NQVA 1W5NA 4FNRA 3O63A 5DBTA 4AF0A 5G2IA 1O94A 1SZFA 1JUBA 2ZTJA 5CZTA 3W7EA 1X8FA 2V2CA 3M5XA 3UD6A 3UY8A 5AHLA 3C56A 1DOSA 4TO8A 2X1UA 3RFAA 1L6WA 3LM7A 1QMLA 5DXYA 4P61A 4FB7A 4NQ1A 1F6PA 2RDTA 3L9CA 1YPFA 4JY8A 3FOKA 2ZRXA 5C6MA 4N6FA 3VE9A 1RR2A 1TPUA 4LVDA 3KRUA 1ZJIA 3SSJA 3TXZA 4O16A 4FIQA 4UC5A 1I2NA 2OX1A 3G0SA 2YDAA 3WJYA 3USBA 2A7RA 4I7UA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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