3PBV | Genus

Total Genus 87

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	87
sequence length	219
structure length	219
Chain Sequence	VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAITVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
molecule tags	Lyase
source organism	Methanobacterium thermoautotrophicum
total genus	87
structure length	219
sequence length	219
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-10-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3pbvA00

4K37A 4WOQA 1O94A 4RXGA 2C1HA 1I2QA 1P0KA 4BWLC 1QNVA 1FWWA 2FPVA 3WK0A 1VH7A 1EX5A 3N3MA 3E9AA 1QWGA 3IEBA 1D3GA 4U4MA 1OJXA 3TK7A 1FCUA 1KFBA 3M47A 4X9SA 3W1UA 3IIVA 3HBLA 3HMJG 2QAFA 3M6YA 3PBWA 2OCZA 4ZQRA 2E09A 4KWWA 3NAVA 4UR7A 2B0MA 4UFMA 3WK3A 2C19A 5AFDA 3QW4B 2EF9A 1G7VA 3S0CA 1A5BA 1RD5A 2CLEA 2QCDB 2P0OA 6ALDA 3PSWA 2ZA2A 3UNDA 5LNRA 1LORA 1JCLA 4K36A 2ZYFA 5IBXC 3OBKA 4MLRA 3Q37A 2VFGA 3TXZA 4NNCA 5DLCA 3PBUA 5DXYA 1GZGA 4ZZ9A 5D2XA 2Y61A 1H7XA 4LV9A 2ZQ0A 1W8SA 3SIZA 4JTEA 3PBVA 3NXFA 1B57A 4OGZA 5E93A 4N02A 3G0SA 3LI1A 4NJKA 2WNZA 3PR2A 2HS8A 2ABBA 3S5ZA 1KLZA 1TPUA 2Q8LA 4H6KA 3BW4A 3TQ0A 3EB2A 3UWUA 1AMKA 2PRHA 4IXHA 4XKYB 1BKSA 1OX5A 2ATSA 2J6XA 4Y8FA 3FJ6A 4R34A 4ADSA 3TMQA 4LWWA 1F7BA 2ISSA 3KHJA 2ZFAA 3W1TA 3QRHA 3HPSA 1QCWA 3G0UA 2QEZA 2YGYA 1VGAA 4Y6GA 3G0XA 4S2CA 1TO3A 3OG3A 3WK1A 2B7OA 4YL2A 4FNSA 3LX9A 1TQJA 3NG3A 1PCWA 3W7GA 3W2JA 3W70A 5BRBA 1TV8A 3PWAA 2FPYA 5HR6A 2X1TA 1OG0A 3C4UA 3CU2A 2ZRYA 3NM1A 3TUUA 4XBKA 4LTSA 1YTDA 5KITA 4BI6A 4JXCA 3NPWA 3TC6A 1TB3A 1V7YA 5DY2A 2OT1A 8TIMA 2E77A 3W3OA 3P81A 2QUUA 3EX6A 1WV2A 3VI2A 3STGA 1OFEA 2Y7DA 5C54A 3AO0A 1DV7A 3C0JA 4WY0B 3USBA 4C1LA 1B3OA 1SU5A 3S6DA 1G6CA 3GNDA 4M6PA 5EY5A 3W9ZA 4IQLA 3P8IA 4UFJA 3HQ1A 4OWGA 2X1UA 5BW6A 4MZ1A 5LHFA 4IJBA 3CIWA 3GLCA 1S3HA 2CLHA 2NV1A 4Q4KA 1TJPA 5F4SA 4OHQA 5L9FA 1AL8A 3MMTA 3G8EA 3FA5A 5EMUA 5K4ZA 3A5FA 3W86A 3NM3A 1DL3A 4NXSA 5AC6A 3OVRA 1NEYA 3NEVA 3LHZA 2HMCA 4UTIA 3G24A 3SZ8A 4LVAA 2EGZA 1SSGA 2TMDA 1L6WA 1ZHAA 3U8GA 2ALDA 3C2FA 2V0TA 1Q45A 4P61A 2V5BA 3TSMA 4NJIA 4QSHA 1VHCA 5BMXA 4AHOA 4UIOA 1GJPA 4NJGA 1VC4A 3NQEA 4HPJA 1GVOA 4TMCA 4PTNA 1Z48A 3RNDA 4OE7A 1JCYA 3MHUA 4UTUA 5HR7A 4OT7A 5J5DA 1E51A 1MXSA 1ZENA 3N2XA 2C16A 1D9EA 1M7PA 4M6QA 3LTSA 2ZCGA 3FLUA 3OIXA 1A5SA 1FUYA 1PCKA 2BTMA 2YSWA 3W73A 4OBTA 3HGJA 3KFTA 1H1ZA 2H3BA 3MUXA 3NA8A 4UTKA 1EP3A 1OK4A 3L65A 3B03A 2NLIA 3W1XA 3JS3A 1KV5A 4FXRA 4D2JA 3C6CA 5E0KA 3EWUA 3G1AA 3V75A 3H54A 3W7DA 4JTTA 4ADUA 4ZQPA 3DH7A 3R89A 1UUOA 3C3NA 1DVJA 2XN2A 4GJ1A 3DZ1A 3PC0A 4YLWA 3SGZA 3VNDA 4FIQA 1K03A 3W1RA 1NF7A 4CNOA 4DF0A 1M5WA 3C2EA 3M1ZA 2CZDA 1DHPA 1H63A 2GQ8A 1NFBA 5CG7A 4UXDA 4MFDA 2F84A 4MIMA 3PF3A 3QSRA 1TTPA 2JK2A 5DXXA 2B7NA 2WNNA 1YPFA 4N2YA 4YXGA 5BOOA 3DBPA 1TPH1 5TBOA 3TA6A 3KVMA 5A8GA 3KAOA 2NX3A 2GVLA 4RJEA 3DI0A 4IMDA 1EWEA 2YZRA 3E96A 4LUIA 3MYPA 4XZ9A 3N73A 1F6KA 4BI5A 4N6FA 4ONVA 3ABQA 3QW3A 1PHQA 2RKXA 1A5CA 4JTGA 4IOTA 5CZJA 5KINA 4CNNA 1ZAHA 4RZ5A 3ABSA 2E6DA 2CU0A 4FO4A 2BZNA 3NL2A 1VR6A 3W07A 1SR9A 4UFKA 2YXGA 1EA0A 2WV8A 3GDLA 3P62A 3ABRA 4UTTA 5BMWA 1GTEA 4XQ6A 4TO8A 5FF2A 1NAL1 1UCWA 2OT0A 1KM4A 1ICQA 5FF7A 4QQ3A 4RZ4A 4UFIA 4O1DA 2NXHA 1PL9A 3KVKA 3W1QA 2C14A 2Z1BA 3A23A 3P5ZA 2OZ0A 5CPOA 4O4WA 3QC3A 5LHEA 1XDLA 2Y62A 4MYXA 3DHDA 4JX5A 3LTYA 3STEA 3KRSA 5I3GA 2X30A 1KFCA 1XXXA 4LC6A 3W7QA 3D0CA 5D38A 5C5YA 2NX9A 2RHGA 4WY0F 5EBUA 4NXKA 3DFSA 3MHFA 1XCFA 3S5NA 4GUIA 4JICA 4TX9A 4S1FA 4UFHA 3HG4A 4MFEA 3M5VA 4O8RA 1C9DA 1DJNA 3I65A 3E49A 2Y63A 1U5JA 2Y89A 3LHTA 3O07A 4AH7A 3W83A 2YDAA 1LDCA 2CLIA 3SFKA 3EX4A 4FNRA 1K8XA 3N19B 1RQEA 5FF3A 2YW3A 1W0MA 3L2IA 4GFSA 2NUYA 1P4CA 1O5XA 3NL6A 3TV8A 2PRLA 2C15A 1M6JA 3PY2A 1OK6A 2ZBTA 5G4WA 4IMFA 4Q32A 3W1AA 1DKWA 4UMBA 3QQ1A 4RCXA 4OV4A 4TR9A 2NWSA 3LHVA 4UTWC 4JTFA 3TIMA 2E68A 4KFOA 3FYPA 1YDVA 2H3DA 4IX2A 1TCDA 3W7OA 2CZEA 1RQBA 1TJRA 3B04A 4ZVJA 1G4TA 4AF0A 3INPA 1XL9A 1SFJA 1THFD 1VYSX 4JEQA 1H7NA 4GWEA 5CGQA 3S5YA 3U2OA 3W87A 3M0ZA 1HUVA 2QDHA 2ZZ6A 4XTDA 1H5YA 2VEMA 1J4EA 3UWQA 3IIZA 1GG1A 5LGZA 3GDMA 1X8FA 1TV7A 5AHFA 3BG9A 3O63A 5CZ0A 2Z6JA 3GAYA 1KBJA 1KFKA 4LC8A 1SZEA 5CPLA 5U7SA 2BLEA 4X2RA 2VXNA 5D30A 3BW2A 2QCGA 3T55A 1HTIA 4RK8A 3F1QA 3BO9A 2RDWA 2RH9A 3PM6A 1K3UA 1R2RA 1ONRA 1EP1A 3EXTA 4O0ZA 1AW5A 3MP5A 2CLMA 3STCA 5T26A 3GX9A 3L68A 7TIMA 5DY3A 2Y70A 4QITA 2PRMA 3W2UA 4O13A 3B05A 4E38A 1GYNA 1SW0A 4CNPA 1H7WA 4K8EA 5MHBA 1BEUA 1PS9A 3BGGA 4R7JA 5SWUA 3THQA 3EX2A 3DI1A 2DZWA 3OA3A 1JUBA 5I3KA 3W7EA 4O54A 3NQ8A 3NQFA 4A22A 2X1RA 4N9EA 2I14A 4M7TA 4QNWA 2DZXA 3O8AA 1JULA 3IGUA 3DAQA 3HJZA 2LLEA 5D37A 3PULA 4X22A 2B7QA 2C6QA 4AWSA 3W2NA 3G3MA 1VCVA 4FX6M 4JTUA 3NQVA 4PL2A 1WBJA 4DPPA 1TPB1 3G1VA 2R94A 3G3DA 4FHAA 1Z42A 3IVTA 4MY9A 1XBVA 4KWVA 4RKAA 1TQXA 3B0PA 4HNNA 1O60A 3I7SA 4JTKA 1UB3A 2QF7A 2ZZ1A 4CLMA 2NX1A 5K9DA 1RVGA 3EX3A 3DENA 1I2NA 4OV9A 1I2PA 1G7UA 5DBTA 5HNRA 1AW2A 1M7OA 1PVNA 3C61A 4O50A 3QH2A 1TTJA 3NL5A 4JR5A 4QNEA 1F6PA 4QIUA 2JKEA 3TAKA 2A6NA 5D09A 4N9BA 2X16A 2NZLA 5K9CA 1WXJA 3MP3A 3DFNA 5EYWA 4DQWA 4IMEA 2TSYA 5C55A 2R14A 1LTDA 5D2TA 3C56A 3GDTA 3M7WA 5AYZA 4E2BA 3LRKA 5G2WA 2D73A 3LCFA 1K02A 5FESA 4HPXA 1VQTA 3EKZA 2GPTA 1LLWA 1OABA 3W7NA 2A7NA 2GUUA 1LLZA 1YADA 4UTMA 3B0UX 4FNQA 3P5YA 2GJLA 4GC4A 1G69A 4JIQA 1KM1A 4NU7A 5G1TA 5DCDA 2J24A 3GKFA 4HNTA 2CLLA 2DZPA 2WPBA 4JDYA 4EF8A 4LVFA 2TYSA 3W2LA 3ZWTA 4GUFA 2E5CA 3K30A 4TU1A 4AMAA 3W74A 2PE4A 3FYOA 3WJWA 3Q58A 1SZNA 5AHLA 3S1XA 1F76A 1SUXA 2ZZ4A 3NPXA 1C8VA 1IXQA 2YW4A 4DO5A 3MWAA 2ZRUA 3NPUA 1CW2A 4K38A 1ME9A 2QCMA 3GXTA 3VKJA 1TV5A 1FBAA 3H53A 1FXPA 3P74A 1LP6A 2X2GA 1ICSA 1A50A 3ANYA 2Y85A 1W56A 1NVMA 3IGSA 1FCBA 1S5WA 3E02A 1JJKA 3QZEA 4O4VA 4FX8A 3W1MA 4GUGA 3C2OA 2H6RA 5LGXA 3L5LA 3LDVA 3W7MA 1O95A 1QAPA 5G4EA 1RR2A 3ATYA 4N6EA 4L4LA 3S8HA 3LRMA 3FKRA 1RPXA 2EHHA 3C2VA 3TQVA 1ZNNA 2QR6A 4Z1DA 3QPYA 3W7RA 2J9XA 2VENA 4LS1A 4AXKA 1VPXA 2XN1A 5EA9A 4O57A 3NQMA 2H8XA 4JN6A 1HFBA 2QKFA 3UY8A 5IBXA 1QOQA 3W1LA 2A85A 2NV2A 4UTLA 1KFEA 5AN7A 3GVGA 3CWNA 4UNLA 3I68A 1OYAA 3NZRA 3W23A 2CLKA 4E2DA 3GDKA 1YDOA 3W1PA 2I1OA 1R30A 2A1YA 4KFNA 5H2ZA 1OFAA 3THAA 4NZJA 1BWKA 1W5PA 2VFHA 4JY8A 1F05A 4ZL1A 1W3TA 4Z1CA 5CPMA 4LW7A 3Q2DA 4ZQNA 3RU6A 3W75A 3F4WA 5EKYA 2WSYA 3LOTA 1ADOA 1AL7A 3RMJA 2AGKA 3O05A 5K3VA 3QFEA 1WDWA 4UR8A 2CWNA 1EP2A 4HN4A 3CM4A 4LVBA 3HGOA 3NYZA 3EWZA 2E1DA 4RV8A 4K7VA 3BV4A 3NNTA 2G96A 4S2BA 2F7FA 2ZZ3A 4XBSA 1AG1O 3FIGA 1SO6A 1DBTA 3VE7A 3NZ1A 1ALDA 3GR7A 3R8RA 2CFFA 1QFEA 3EWYA 5HUOA 4JX6A 2PC4A 1VYRA 3M5XA 3GDRA 4FX7A 4HNVA 2GQ9A 1WYIA 3N14A 4LS2A 3MI6A 5LNWA 2ISWA 4DPQA 1ZAJA 2BX7A 3NR0A 2NXGA 1XI3A 1XBXA 2W79A 3O16A 2Z0IA 4YCPA 1EIXA 3NQ7A 5LNVA 3DHFA 2V2HA 3TROA 3T78A 1LRQA 5HQEA 2G97A 4O0KA 5K7JA 2BXVA 2VEKA 5TQLA 3AJXA 1KM3A 2ZZ7A 4O28A 1GVQA 1H51A 2NUXA 4A3UA 2CLOA 5AHNA 2FB3A 3W7JA 5F1VA 3TSDA 2E6AA 5KMYA 1OF6A 1R47A 1I8JA 3W72A 3SGUA 1XFBA 2E6FA 2Q3RA 3EWBX 3HO8A 4PA8A 4H3DA 5AB3A 2Y7GA 5E1QA 4MOZA 4NVTA 3LB0A 4IX0A 1QO5A 2V9DA 3BGJA 3UWZA 3BARA 1GWJA 1ZFJA 3QMTA 3A21A 4YCOA 1ZCOA 5FI8A 1YYAA 1Z44A 4DO6A 1GVRA 4MJMA 1XDMA 1JRBA 3EWXA 4Z1AA 3SI9A 4O17A 4AHQA 4M7SA 4UTTC 1QPOA 1W54A 1UUMA 1FWNA 5G5IA 2XN0A 2OX1A 1HG3A 2H8ZA 2V2CA 2QDGA 5D03A 3BVJA 5CZTA 1PE1A 3M16A 3NQDA 1JUKA 4ZMGA 3LLDA 3WJZA 1JCJA 1OFDA 2FPTA 4POCA 3ZS4A 4GRSA 2OMAA 1WA3A 2O7QA 4WUIA 5D2WA 4FNPA 1MZHA 3S9YA 1B9BA 2VFIA 3UZ5A 3W7CA 3N9SA 3FEMA 5IM51 2NWRA 3F03K 3LHUA 4P2VA 3RF9A 3G1SA 2DP3A 2FQIA 3GZ3A 4Y90A 3TJLA 1N7KA 3EEGA 3W6YA 5KZMA 4RXFA 1Z41A 3CEPA 3UPWA 4MZ8A 1FXQA 5F4XA 5D32A 2YYUA 4QAIA 3PUEA 3HGRA 2VC6A 1I45A 4AHPA 1LCOA 3LBMA 2ABAA 1YXYA 1JVNA 3A24A 3S42A 4UC5A 4Q33A 1H62A 1FX6A 2TRSA 3M9YA 1L9WA 2QCCA 2FTPA 4ORIA 1TSIA 4LV4A 4KFPA 1MSSA 1X7FA 1H1YA 3CB8A 3NQAA 4HSNA 4IUOA 4ZQCA 1JCMP 3G1HA 4AF0B 2WKJA 1F73A 2C3ZA 2CW6A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3PBVA

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