3PC0 | Genus

Total Genus 85

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	219
structure length	219
Chain Sequence	VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYSGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
molecule tags	Lyase
source organism	Methanobacterium thermoautotrophicum
total genus	85
structure length	219
sequence length	219
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-10-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3pc0A00

3P62A 3BW2A 3C61A 3W7QA 3LGEA 5SWUA 4DPQA 2DZTA 3TW6A 3FJ6A 5CSRA 1OYCA 4DF2A 2ZZ6A 1W8SA 2GJNA 4HKPA 1LLZA 1Q3NA 3M5YA 4UC5A 5DY3A 3ZFHA 1JUEA 3KXQA 5BMWA 3IIVA 4KKXA 1W5OA 2I9EA 4NX0A 4OQVA 1GPWA 2GQ9A 4N4QA 1PS9A 4JTHA 3K30A 1NF0A 3PG9A 1W56A 3G1SA 1GVSA 1R47A 4FB7A 3C3NA 4JTKA 1K03A 3UXAA 3BW4A 2TPSA 4OE7A 5I3HA 2ABAA 3PBWA 1SZFA 3JRKA 1FWRA 5HR7A 1SO6A 1VR6A 3C0JA 5EBUA 3FYOA 1CW2A 3AJXA 3HPSA 1W5QA 1PE1A 1ZY9A 2I14A 4O11A 4UNLA 1KM1A 3PY2A 3Q37A 4HNVA 3TIMA 2Q8ZA 3QW4B 3NYZA 4GE8A 4HPXA 4HNNA 5A5WA 2DORA 3S5YA 3B05A 2Z6IA 5CGQA 3OEXA 1F6KA 1QPOA 1SFJA 3W1QA 1OHLA 3QSRA 1ME8A 3V75A 1VCFA 2Y7EA 3ABRA 1LDCA 4NJJA 1A53A 5LNSA 1KM4A 3R12A 3C4UA 5E1QA 3GDRA 3WJWA 5U4NA 3QRHA 2NUWA 2J9YA 3W1MA 3GKFA 4QAIA 2PRHA 2A85A 4NJGA 3GZ3A 2BX7A 3Q58A 4XBKA 5LNWA 3RFAA 5HWNA 3LHWA 4UMBA 3FYPA 3HF3A 1OFAA 5BRBA 4IQLA 3C6CA 3TXVA 2YW4A 3A5VA 3YPIA 1X7FA 4ZZ9A 4CNOA 1TPB1 2ATSA 1EUAA 4MZYA 3S5ZA 2WNNA 1B9BA 2RKXA 3MI6A 5F1UA 3F03K 3LCIA 1K7XA 5AYXA 1TPC1 5F4SA 4O19A 2FJKA 1I2OA 4ZQRA 4AWTA 2X1SA 2ZDRA 1Q6RA 1PHQA 3MP3A 4IX0A 4CQ9A 3UD6A 1GQNA 2ZRWA 3S5OA 2E77A 2H8ZA 2I1OA 4DQWA 4EF9A 5CZSA 5KMYA 2VFEA 1TPEA 1LOLA 1ZALA 3NZRA 2CLOA 2YGYA 4S1FA 1TV8A 3G0UA 1YLVA 2JKEA 5DBTA 4BI6A 5DN1A 2Y89A 3PUEA 4TIMA 1M7OA 1GVFA 1K8ZA 4ADTA 1VCGA 3W84A 4JYDA 3LI1A 2XN0A 1XBYA 4YCPA 5FF4A 4JR5A 1XI3A 3B04A 4UTUA 2YW3A 3UWWA 2ZRYA 3NOEA 4UTKA 4MUZA 1U5JA 2OMAA 5D37A 5EA9A 4NZFA 4WOZA 4WXYA 3M5XA 3ABQA 1AG1O 5I3FA 2NV2A 1YTDA 3W86A 1VLIA 3EWYA 4FX8A 2VFHA 3NQCA 3LI0A 4RZ4A 3UWVA 1SR9A 3N73A 4O13A 3G3MA 2C14A 5KZMA 1MXSA 3S5NA 1W3TA 3STEA 3BARA 3GXTA 3PB0A 5CZJA 4JTEA 2C15A 5F2MA 1YYAA 2G5WA 3W70A 3EWBX 4E2DA 1L6SA 3NEVA 1I4NA 1L6WA 3FKRA 4UFIA 4YWIA 5IM51 4XBSA 5I3JA 4AWSA 1W0MA 3NQ8A 4NUWA 4U4MA 6ALDA 4FNRA 4DEFA 1O5XA 1MEIA 2NX1A 3N3MA 3S6DA 3G8EA 3CLMA 3USBA 4AAJA 2J6XA 2CZEA 3G0SA 4NX5A 3TC6A 2RDUA 1GT8A 5KSWA 4JEQA 4IMGA 4UR7A 1GWJA 3PF3A 3TSBA 1GVRA 1TREA 1OF8A 4M7SA 3LXCA 1FBAA 3GVGA 2C18A 3W2LA 3LBMA 5HULA 4MYAA 3EX6A 1JCLA 4O12A 2XFWA 1MO0A 1QPRA 2A21A 1SFLA 3C2RA 1B4KA 1WX0A 1K3UA 2Y85A 2Z0IA 3HPXA 1UCWA 2VENA 5IBXC 1VYRA 1IXPA 2X2GA 5EKYA 4DF0A 3FOKA 4WJEA 4UMCA 3W74A 1Y0EA 3G22A 3VI2A 4BK9A 5F4XA 2QCDB 4O14A 4FXRA 3GDKA 2ZA3A 5FI8A 2CLMA 5D2TA 4G1KA 4O50A 1I2QA 3G24A 1O4UA 1FCQA 3PBYA 2JGQA 1Q6OA 2YPIA 1WA3A 1ZAHA 3BG3A 4DO6A 4FNPA 2NX9A 4ZQCA 1RQEA 1OX5A 2NX3A 3IVSA 2J88A 4LVGA 5D03A 1R2RA 1N8FA 1VC4A 3WK0A 1EPXA 3QMTA 3TFXA 3ZS4A 3DU0A 2E5DA 4X3ZA 1UASA 1H7PA 4J9JA 1TPVA 2GJLA 4FF7A 5BOOA 2FPTA 1WXJA 2RHGA 1CI1A 1YDOA 1XM3A 3B4UA 1FCVA 1T0OA 2ISSA 2GOUA 3S1UA 1T96A 3BO9A 3UY7A 2C0AA 3G3DA 3EX3A 3W7DA 4JICA 3S0CA 4TMCA 1QPQA 1PIIA 3NQ2A 1ZJIA 2NUXA 4PTNA 2WNQA 3NQEA 1FY6A 1VQTA 1RR2A 3ZWTA 3F4NA 2PC4A 2GPTA 3MO7A 2NXHA 3SIZA 2XN1A 1QO5A 1H60A 1OK4A 4FO4A 1FDYA 3GX9A 4O16A 3TROA 4AWUA 3MP4A 4NQ1A 5LHEA 2OZ0A 1KTBA 2J9ZA 3UPWA 1A50A 2Y70A 3L65A 1JRBA 2VXNA 3G1DA 4RKAA 3STGA 2WSQA 3LLDA 4H6KA 1O60A 4MZ1A 2C3ZA 2FLIA 1IXQA 3C2FA 4A3UA 1UB3A 4LNYA 5T26A 1B4EA 3DI0A 4OGZA 3EKLA 3LV6A 2DZUA 3W07A 4RJEA 1ADOA 4AXKA 1G67A 1G6CA 2Y7DA 3MWAA 3M43A 2YR1A 4LVFA 3S42A 3W9ZA 2V2DA 4M6QA 2QCEA 3W1AA 4NJIA 3WK2A 1DVJA 2PRLA 3DKJA 2A7PA 3M16A 2EHHA 2ISWA 1HUVA 2JK2A 4O4WA 3UZ5A 4MJZA 2CZ5A 4K8HA 1X1OA 2NZLA 2B0MA 4R34A 3G1YA 3C56A 3HGOA 3HPZA 1E51A 4K36A 1OFQA 1XKYA 2EKCA 5AHEA 4Z0SA 1KW1A 1ZCOA 3NPVA 3TE9A 1YXCA 4ZMGA 4JTGA 2X1UA 4GFSA 1H1YA 3A5FA 3LERA 3IVUA 4LTSA 1IXNA 5D05A 5AYYA 4K7YA 3OVPA 3MBFA 3LCXA 1KBJA 3DFOA 4FXSA 4JGDA 4JXCA 4MYXA 3ZWSA 1B3OA 5IBXA 1OX4A 1KBIA 2ZZ7A 1WDWA 3IGUA 4JD4A 1Z48A 2JBMA 4D2JA 3LRKA 5KINA 3MHUA 3N9RA 4O10A 1A5BA 1IIHA 3P8JA 5C55A 5CPOA 1F6PA 1PCWA 4LUJA 5K7JA 4C1LA 3MP5A 5FF7A 1H7OA 2EPHA 2C6QA 4ICNA 4HPJA 4PL2A 2ZRVA 3IIOA 3HGJA 3CB8A 3O6DA 2QJGA 3MI2A 4X2RA 4GBUA 1H62A 1XC4A 2R94A 3IV3A 4K38A 2Q8LA 5HUPA 3MYPA 3JS3A 4FIQA 4XTDA 1PVNA 3DBPA 3NA8A 5AHFA 1TTIA 3LCWA 3D0CA 1YXDA 4E0CA 4O53A 4IX2A 4OT7A 2WKJA 4LC8A 4UFLA 2QAFA 3OA3A 4UUIA 1SZNA 1WAUA 3LCFA 3RLUA 3HMJG 3G18A 2B7QA 2V30A 4RCXA 1TMHA 4QISA 3O07A 1VHCA 4XWUA 3PSVA 1KM5A 4MJMA 3QW3A 2ZZ2A 1FUYA 3NQGA 1JQXA 3GDMA 1AL8A 2V5BA 2PCQA 4JX5A 3IVTA 2P1FA 5C2XA 2OCZA 2QCFA 3P67A 3UXDA 3UWUA 1KM2A 4MFEA 4LY8A 1VJIA 2QDHA 2FQIA 3M9YA 3TK7A 4GUHA 3BLFA 3O15A 1RQHA 5LGXA 1Z42A 1DOSA 3HGSA 3HG3A 2CU0A 4QNWA 4O1AA 4MLRA 1JCNA 3PUOA 3FJLA 3LOTA 2Y7FA 5HMSA 1RVGA 3P8IA 2C19A 5D33A 1FDZA 4S2CA 1OFRA 2NUYA 1LTDA 2Z1BA 1TRIA 4RR4A 3OG3A 4YLWA 3TSMA 4MY1A 2DZVA 2VFIA 3LHZA 3KVKA 3W76A 1QCWA 2E68A 1OJXA 4K39A 3IIPA 5CPLA 4LW7A 4IMFA 1LBLA 1FWNA 4LVAA 4UTMA 2HMCA 1W3NA 2CFFA 3VCRA 3PG8A 3LV5A 3WJSA 4TX9A 3SJ3A 3L66A 2Q3OA 5TBOA 2OX1A 1LOQA 1HO4A 3NQ6A 4BWLC 1S5TA 4PC8A 1TTPA 3ANYA 2VKZG 1V5XA 4GUIA 2QUVA 3B0VC 1DJQA 1QWGA 2QF7A 4O15A 3W2NA 4WZHA 3I7QA 3MI3A 1SW3A 4PL1A 3Q2DA 3W2JA 5DELA 3MUXA 2ATMA 5BNKA 1J5TA 3N34A 3P82A 3HBLA 4A22A 1YXYA 1XFBA 3CC1A 3N2XA 4AF0A 4I7UA 3NR0A 4FNQA 1EP2A 1OF6A 3CPRA 1AL7A 4JTFA 1FWSA 2YCEA 1SW7A 1SZEA 4NNAA 2VELA 3KRZA 2VEMA 4Y96A 5G1TA 1TIMA 4AH7A 1KTCA 1FX6A 3VKJA 3W7MA 1QR7A 5L6UA 4DELA 3A24A 3W1NA 3SGUA 5K4ZA 3LM7A 5AFDA 1BWKA 4GRSA 1I45A 4C1KA 4UTIA 4UFJA 3M44A 4O1BA 4Z1DA 3NPXA 1F05A 4JTIA 4O57A 4LS2A 1B57A 4JIPA 1I8JA 3I7SA 2ZZ4A 2ZRXA 5EYWA 3W7HA 2ALDA 3B06A 2ZZ1A 2R91A 1YADA 3HG4A 3CEUA 4LU0A 4LUIA 2AAMA 2Y6ZA 4N9BA 3L67A 5CZTA 3STFA 3GDLA 4AVFA 1WOBA 5K2ZA 2DP3A 4HIBA 1IF2A 2DZSA 3RMJA 2B7NA 8TIMA 2BSLA 3CU2A 3W7EA 5HINA 4M7TA 1GOXA 3PB2A 4X22A 5FEPA 1I2PA 4YXGA 3BGGA 1LP6A 3PAJA 1VPXA 2VEPA 5A8GA 5AB3A 2YDAA 1LROA 3NVTA 3R2GA 4ZL1A 3O63A 3P61A 5LKYA 4IXXA 2A5HA 4CCCA 5BMXA 4UTLA 5C54A 1ZHAA 4M5PA 4AF0B 2GQ8A 5D04C 5CZ0A 1OFBA 1EWDA 3O06A 1ZAIA 1KV5A 3CTLA 6TIMA 1OX6A 4N02A 3LXAA 1TYGA 2HS8A 1LRNA 2C1HA 2YSWA 2E6AA 2GVGA 2ZRUA 3QH2A 4WD0A 5KTLA 3TV8A 1I2RA 2EGZA 4JN6A 3M1ZA 1VLWA 5AHNA 1SZGA 3U8GA 3FFSA 4OHQA 1Q6QA 3IIXA 3KRUA 2Q3RA 3CHVA 1GVOA 2TRSA 3LTPA 1Q45A 4CQAA 3NPWA 5H91A 1OK6A 1FCUA 2FDSA 3HGRA 4JS3A 4RZ6A 5AC8A 1EP1A 1QFEA 4O4VA 3E9AA 1NVMA 2G96A 4GNJA 3S1VA 3VFLA 4H4IA 1K7EA 4GWEA 2YYUA 5L9FA 2VFDA 3BPWA 1TPFA 2FB2A 2E6YA 3QMRA 3NQAA 3PSWA 4BWLA 3QQ1A 4JYEA 5I3KA 3FS2A 3N2MA 2FPVA 4UTJA 3OBKA 3DGRA 3U2OA 1H51A 4LWWA 1EX5A 2UV8G 1PCKA 2NLIA 3U6WA 3R89A 2QKFA 4LVDA 3DFNA 2A6NA 3T40A 4O17A 4N9CA 1IIGA 3TMQA 3GAYA 4JY9A 2ZQ0A 4Y6GA 5KZEA 1KFKA 2WOQA 4IGHA 4PCFA 1RQBA 3OVQA 1GG1A 4O54A 3GK0A 4NXKA 3MHGA 1JCJA 2QCGA 4XKYA 2YYTA 3A22A 2HS6A 3EWXA 4I9AA 3W71A 1ZENA 3PS7A 3LLFA 1GYNA 3W7NA 1P0KA 2V2HA 3W88A 3LHVA 2LLEA 4JIQA 4OWGA 5K4XA 5D02A 3KRSA 3LTYA 1HTIA 4O1CA 3C2VA 2A6LA 4M19A 4JYFA 2A1YA 1VCVA 1F5ZA 4LOCA 1H1ZA 2WJZA 4DBEA 1XUUA 3EXTA 1A5AA 3L5LA 3DZ1A 1TCDA 1X6UA 3BLEA 3W6YA 4ONVA 2YFOA 2NV1A 3S9YA 1AW2A 3W75A 3N19B 4UXDA 3L0NA 3TMLA 4WXZA 1JCMP 3CWOX 1XXXA 1QDSA 3LBCA 4MIMA 5AN7A 3CIWA 4LS0A 2X1TA 1F7BA 1R46A 3BK0A 2TMDA 5HJLA 1WBHA 4Z1BA 3TH6A 5AC7A 2C13A 3UY8A 1SSDA 3W87A 4NXSA 1AW5A 1G4TA 3LRLA 2AQWA 4RZ5A 4A21A 1OFPA 2ZTKA 3R13A 1I2NA 3E02A 2WV8A 1TJPA 2QCNA 3LHTA 1VS1A 3I7RA 3P7YA 5F4WA 3O6CA 3EWZA 3MJYA 1DJNA 1P0NA 2ISVA 3O8AA 3W7PA 2ZBTA 4LV9A 2ZYFA 4AHPA 1TJRA 1ME9A 2VEKA 3EWWA 3F1QA 3THAA 3GR7A 1X8FA 1GYLA 1QNVA 4ORIA 4PEKA 3PBVA 3N14A 1BWLA 3H53A 4UFKA 4IMCA 4ZVJA 4NZJA 4CNNA 1OYAA 2NXIA 3EXRA 4WY0A 3LRMA 4YMZA 4E38A 1F2JA 3T4CA 4B5NA 1SSGA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3PC0A

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