3PFMA

Crystal structure of a eal domain of ggdef domain protein from pseudomonas fluorescens pf
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
243
structure length
243
Chain Sequence
SNADHHAWHRLLDRALSEQHFQLYFQPVVAARDTHLVLHYKVLSRLLDEQGQTIPAGRFLPWLERFGWTSRLDLLMLEQVLRQMASHEDCLALNLSAATLADPHALNRVFEILRQHSDLGPRLTLEIGEEQLPEQAMLEQLTRRLRELGFSLSLQRFGGRFSMIGNLARLGLAYLKIDGSYIRDIDQESDKRLFIEAIQRAAHSIDLPLIAERVETEGELQVIREMGLYGVQGQLFGEPAPWG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of a EAL domain of GGDEF domain protein from Pseudomonas fluorescens Pf
rcsb
molecule keywords GGDEF domain protein
molecule tags Signaling protein
source organism Pseudomonas fluorescens
total genus 69
structure length 243
sequence length 243
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00563 EAL EAL domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.450 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel EAL domain 3pfmA00
3S83A 3PFMA 4F48A 4Y9PA 3PJUA 5MKGB 4HU3A 4FOKA 4RNHA 3GG0A 4KIEA 3TLQA 4RNIA 3GFZA 4LJ3A 4RNJA 4Y9NA 3GG1A 2R6OA 4ES4A 4FOJA 4F3HA 4Y8EA 3U2EA 4FOUA 2BASA 3HV9A 3GFXA 4HU4A 3PJXA 5MKGA 5M1TA 4AFYA 3SY8A 3KZPA 4HJFA 4AG0A 3PJTA 2W27A 4J40A 4LYKA 3N3TA 4Y9MA 4RNFA 5MF5A 4Y9OA 4Q6JA 3GFYA 3PJWA 3HV8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QJHA 3PULA 5DF0A 3VMPA 4BKNA 1Z3NA 3PN8A 2PDNA 3AROA 5A2AA 1PCWA 2QCMA 2ZUWA 3T8QA 2O9TA 4C6MA 1QNVA 4RCXA 2PGRA 4AHQA 4F2TA 3A6OA 1Y8BA 1HJVA 1VEMA 4KS0A 4BQ5A 4DO6A 4Z2IA 4Q8VA 2QXWA 3HPZA 1W37A 1YRRA 2ON3A 4EAMA 4WHBA 3N4EA 4W5ZA 1KM0A 3QRHA 4K6AA 2P88A 2GSHA 1J0IA 1OQFA 3KBJA 5EB8A 1R2TA 3GNDA 1BSLA 3KOZA 1V3JA 3GAKA 4FX6M 2HE5A 4C6OA 1A80A 3BO9A 2ZXBA 2BVTA 2I9EA 2DSZA 3NVTA 3AI0A 3NEVA 4CU8A 1JVNA 5CAHA 1PTDA 3F2DA 1Q6QA 3UETA 2VQTA 3V16A 1OC7A 1QHPA 4QDMA 4MADA 1N8WA 5E6ZA 3ZLFA 3S0CA 3KS6A 4NAFB 5C9XA 2F2HA 3ARWA 3HQPA 4IG2A 1BYAA 1JZ7A 2RKXA 4JAWA 3TNOA 3HZ3A 4HGXA 1UD4A 3DH7A 4PUMA 4FXSA 3W7IA 2ZZ3A 4LV4A 4LVFA 4ILSA 1AQHA 1MW2A 3PB0A 4OOUA 3W2JA 4XVDA 1V5XA 1OIMA 4AZCA 2E4TA 4PUDA 1D9EA 4D6GA 5FKYA 5BU9A 4UIOA 1XDLA 3PY2A 5FOOA 1EO5A 3CLMA 2CLHA 3BSMA 4X2PA 3QSTA 4AWUA 3I3BA 4UFJA 1VGAA 2ZZ7A 4MMWA 1JD7A 2Q6ZA 3KL0A 1S38A 1Q7MA 4DF2A 2FFIA 1BRLA 2HZGA 1TJ0A 3TA6A 3ISIX 3OP2A 3G6LA 2J79A 3DFNA 4M1BA 3SN4A 3K4WA 5E0FA 3RDKA 2E6YA 5HA7A 4P7QA 5CZJA 4ZOCA 3QY8A 2H9AA 3KOFA 3BJFA 4MKNA 2PLMA 4WJEA 5DY3A 1OBAA 4JKMA 5I3DA 3KBNA 1LL6A 2G4FA 1D3GA 1H0IA 3O0KA 1VYRA 1W1VA 1ADDA 1X96A 1F6YA 2QCLA 3CHDA 3L5MA 3BURA 2B4GA 4Z17A 3KEHA 1UYQA 1XIMA 4K2SA 4YN5A 3WJZA 3TN4A 3IJQA 3N4FA 2UWFA 3GB6A 4XZBA 8A3HA 3VIFA 4FNPA 2VXNA 4O1BA 1TX2A 1YNYA 1WNOA 2ATSA 3AFBA 4R85A 1BGAA 3AIUA 3RHGA 2XFRA 2HNEA 1SZFA 2DGAA 2PD9A 4H8HA 3P60A 3QPEA 3ARQA 1K9FA 1W3JA 4H4IA 3S5SA 5FA5A 3CAQA 1V02E 3BARA 2Z4GA 1Z6KA 4Q7NA 1F3WA 4WX2A 2OLHA 4KQNA 2BOGX 4XSLA 4H7ZA 4R27A 4WZHA 3G0UA 3WH7A 3WD1A 4MDPA 1VIZA 1DTNA 2WQPA 1IEVA 2INZA 3FXGA 2ZICA 2OJPA 2WYSA 4WQ6A 1WQ5A 1E6ZA 3WQGA 3HFYA 3OU8A 3WBWA 1NF7A 3MO7A 3MVTA 3R94A 3M41A 3S5NA 3JUGA 3OHIA 3VGBA 4HA3A 3AMGA 4P8WA 5K9CA 3N73A 5FSDC 3QV8A 1TPH1 4S3AA 1XIHA 3SGUA 3WLHA 4RNJA 3W1RA 4LCQA 2WVVB 2Z1XA 3VD5A 2HVOA 4ZQNA 4M0XA 3GQYA 3A3WA 4ATLA 2OXNA 3ORWA 2ISWA 1C90A 2PUZA 3HM7A 5AZ0A 3USZA 1ICQA 1R47A 2R14A 3MMUA 3I4KA 2NVDA 3V36A 2AQOA 4IH3A 2REQB 3ALGA 1ONRA 2F8QA 4EWND 4C60A 3FS2A 5AY7A 3AZRA 1GW1A 3GH7A 3VK5A 3W7QA 3CWHA 3LPPA 2JKEA 3VGEA 3E1F1 3KOYA 2CLIA 4DBSA 1K8CA 2DZBA 2WJEA 5C9ZA 2Z1BA 3B0UX 4BY3A 1KCZA 2V5BA 2QCEA 2ZYFA 4KW2A 4ZQOA 3TKFA 3A5FA 2OSXA 5KINA 1GCYA 2Z1KA 1RV8A 3PZ9A 2H3BA 1Q13A 4MHBA 3W07A 4WOZA 3C56A 2EG6A 3VIPA 3GXIA 1YW1A 4W85A 1LYXA 3T42A 3U4AA 4N6FA 3UVAA 1ZALA 2RJGA 2ASHA 2ZIDA 4Z1YA 3JZEA 4IIHA 3DBPA 2V0TA 3F03K 4LNCA 4TXEA 1TVLA 5DEZA 1LZOA 3N9RA 3AYRA 3W2KA 3MKCA 1FWGC 4PMOA 4FHAA 1ODZA 4CQAA 1PWMA 2OFJA 1AW1A 1IT0A 4G5DA 3SW6A 2DJXA 3RX3A 3HA1A 2JFEX 3OJGA 3VUPA 4QDPA 3BL3A 3FJ4A 2PBGA 3GG7A 3FJLA 2YDSA 1GOIA 2FPTA 2GUYA 5CH9A 2BY0A 2EJ1A 2A21A 2YFOA 2FIQA 2E5DA 3IUHA 2GWNA 4QE4A 4O54A 3GVGA 3T78A 3AS3A 2ZC8A 1GYLA 5D33A 4HZ8A 4JL2A 3L4ZA 3STGA 1FWAC 2DW6A 2I16A 3PBUA 4A3UA 2WJDA 1DQUA 3S2CA 3VU2A 2Z24A 4S3DA 3GXFA 1AH0A 3VZXA 4WSKA 1ISZA 2XSAA 3TYDA 4PUWA 2ZRWA 2Q8ZA 3ABOA 3HJZA 1ZZMA 1QW8A 4FXRA 3KLKA 3QTPA 4ZSUA 2F6KA 1OYBA 1T96A 4YU1A 1BWVA 2GOKA 2XVGA 1UC4A 5A8QA 2A3CA 4D1JA 5LNUA 1N7KA 2VX5A 3QPYA 3GSMA 1K70A 1QWKA 4M1RA 1AODA 5FIPA 3R8GA 3J7HA 4F3HA 4QE1A 4HU4A 5LNWA 1JF6A 4YWSA 5D09A 5IHRA 4GNVA 1EC8A 3N2BA 3CIVA 3BLKA 5MKGB 4W7VA 5AYYA 1A4LA 3LTPA 1VRDA 1O1HA 1RVGA 2YOCA 4WDWA 2HMCA 4BI7A 1UP0A 2QDDA 2ZKMX 3EOLA 4LYPA 3KFTA 1R3WA 4BHYA 3WLLA 2R1MA 4X22A 1QI5A 1OD8A 3UD6A 4LCSA 4O0KA 2PC4A 3WQPA 3KOXA 3HTWA 4A2SA 5J5DA 5GNYA 4A8LA 5ABGA 1LBFA 5HULA 2XUCA 1A0EA 4PCTA 1GQNA 2NSXA 4FNSA 3R10A 1PS9A 3WH9A 1ME8A 2NV2A 4WR3A 4U5KA 2B7OA 4H8UA 4US5A 5DANA 1QNQA 2WXDM 1B9ZA 2D22A 1W17A 3MP5A 1H1YA 4H2CA 2XN1A 2DDXA 3LLXA 1KXVA 3AXMA 3B03A 3K4DA 4NIRA 1E55A 5CAKA 2XINA 1UKPA 3CV7A 3L67A 1X6LA 4PBEA 2D2GA 3W4RA 4O28A 4Q8UA 3APTA 5M1TA 2OVLA 3MUAA 4UQDA 3LCFA 1P0BA 2RGMA 3N6QA 4DYKA 4HU3A 1NFPA 5I24A 4NI3A 4NL1A 1M3UA 3SFWA 5EA9A 5EL1A 5A69A 1TV4A 4GWEA 4DUXA 1KFEA 1GJPA 4HNTA 3P8JA 4UB9A 3DXIA 4NRSA 3FIGA 1PPIA 2XSBA 4UFIA 1Z44A 3VZYA 1D7KA 1XLJA 4IICA 4HMEA 3N04A 4HHLA 2BXZA 4AWTA 4PUNA 3WQWA 3AUOA 1XLKA 4AY7A 3M0XA 4PTNA 2QCCA 1MRAA 4F0HA 5ECUA 2DJLA 4RDZA 2WZEA 3UA3A 4NZ1A 4HK5A 4W84A 4IL0A 1WE5A 4XKYA 2C1IA 1AVAA 1HGWA 5E93A 3G0XA 1TA3B 2CHNA 4GYJA 3M9YA 4UCGA 3HJEA 4QBXA 3EPOA 4ACZB 4X61A 1SU5A 5GPRA 2UZ9A 3KDOA 3Q4DA 3E0IA 3ZVIA 1TPC1 3U2OA 4FS9A 4E4FA 3LU2A 4F40A 1W9VA 2FTWA 3WK1A 1YTKA 3FNDA 3KCOA 2C71A 4JL1A 4DJEA 2V8ZA 4EPKA 1RQEA 3WBAA 2BODX 2R1PA 3O06A 1FWCC 3EGJA 4BF9A 3KBSA 5CSRA 5AC7A 4AD0A 2GDVA 3TQ0A 2ZRZA 4HYWA 3TLQA 4I8DA 3VIMA 2Y0FA 1EQCA 1OC5A 6ALDA 1ZAJA 2GUBA 3I7SA 3TVAA 1EF2A 4B91A 1L8NA 1Q8JA 3W82A 2BY2A 3UQNA 4LPCA 3IIZA 4I7VA 5HJYA 3RMJA 3TYAA 1TTPA 1OFBA 3D3AA 1QPKA 3UZ5A 3TYUA 3PPFA 3L23A 4XX6A 3IK4A 3LHZA 2R91A 3BAYA 2GVJA 3AS1A 2BGSA 1IHIA 3JZUA 1P4CA 2YCLB 5CC7A 1BWKA 4DN1A 3WH5A 1Q2SA 4JY9A 3EDKA 1XSIA 3QKZA 5EBAA 3RPTA 3E0LA 4JDYA 3L65A 1V6XA 3WDPP 1TMQA 4RXGA 1NWUA 3B04A 2GVEA 1W3LA 1XRSA 4S38A 3UCCA 4OFCA 1E6SM 1KM3A 3S6TA 3DFOA 3UZYA 1HW6A 1IEQA 5A2BA 3IRDA 1QPRA 4M6QA 1LLWA 2INFA 1YTDA 1ZAIA 4JIHA 3BC9A 2YIHA 2VGGA 1CGVA 1LWJA 1O94A 1VEPA 1G4PA 2WMJA 1OWQA 3RK8A 1EDQA 4PR4A 1GTHA 1EWEA 4US5D 3ZMRA 1W9BM 5HR7A 2JIWA 2Q02A 3NQ2A 4GCAA 3M6DA 4KWVA 1Q5MA 3TW6A 1KR0A 3EWZA 3GHTA 4HQVA 2PDHA 3GU2A 2RJHA 3LZ5A 5HQLA 4FR6A 3RJYA 1LWHA 3MB9A 1ZQ5A 5GVJA 4QHRA 3QZ6A 4PODA 3C6CA 2PDJA 1VFTA 2ZA3A 1A49A 1B3WA 4PH6A 1B30A 4L64A 1EJWC 3TYEA 2GJXB 4ZQPA 4Y96A 3LRKA 5C0QA 4PRTA 3U5YA 3P74A 7REQA 4YYCA 2QCDA 3F5KA 4Q6JA 3IJDA 3DFQA 4ZZ9A 2DPEA 5BMXA 3W1MA 1O5QA 4KWSA 2V67A 4QAWA 1UG6A 1VFLA 2OZTA 2FTPA 4GZJA 3RF9A 3DZ1A 4LVGA 4W87A 2E67A 4HB7A 1S2WA 3VDHA 2VGBA 3WNMA 3VM5A 3RO8A 3LX9A 3PUEA 2C19A 2WO5A 1VBUA 4RKAA 5A1AA 2E40A 4MKSA 3NQCA 2R94A 3M1ZA 4REQA 3BW2A 3BLPX 5CXPA 1LT8A 1W56A 1X1ZA 1QI3A 1P1MA 2F61A 3FA5A 2DEPA 5HBFA 5CPMA 2CYGA 3NFUA 2DORA 4GHRA 2ZWZA 4J9JA 1QWGA 1A5NC 3AALA 2ODOA 1R46A 5GJMA 4MDOA 2V69A 4HA0A 2W4XA 3SAZA 1S5TA 4YNGA 3AO0A 1RVKA 1RLDA 1RY8A 2JEPA 3CL6A 5LIWX 2G3MA 2P10A 3KTCA 2VDHA 3AICA 4EWJA 4MG4A 5I0DA 3E6EA 4HMNA 1FRBA 4DB7A 1B4KA 3CS2A 4QG8A 2V81A 2HXUA 2VOTA 3TQVA 1ICPA 1DJXA 2KX9A 1XF0A 4AD4A 4GQ0A 1CT5A 1RLCL 1FP8A 1EJRC 2FB3A 4O1FA 4L7ZA 1HN1A 2VD8A 1F3EA 2JF6A 3TTOA 1PDYA 3KRZA 4A05A 1TVNA 1KCXA 5DT5A 3LEPA 1B0IA 3HGSA 3OBEA 3ZLGA 1SW0A 2FMNA 2GK1B 2PDWA 3F4VA 3W87A 1JRCA 3LB0A 1M1BA 1KXQA 3SUTA 1UA3A 1OYCA 5CG7A 5FCZA 4ECLA 3FYYA 1LQAA 2GGIA 1XQLA 4Z42C 1QFEA 1J11A 2L5HA 1M65A 3S9IA 3VM7A 1RSCA 3G1XA 4S23A 4E3TA 1UROA 1W1YA 1WZKA 1TWIA 1QCWA 3COTA 3OTRA 5CSSA 1VB9A 1QI4A 1JZ2A 3FYOA 4JYDA 3ARSA 4LALA 3G5EA 2H8ZA 4CQDA 3GK0A 1PXGA 1HGYA 4DZHA 5CBIA 2J88A 2P0IA 1OHLA 2CCRA 3LHTA 3BUVA 3UCDA 4QP0A 4TV5A 4MZ1A 1SW3A 1SYTA 4RZ5A 3W1NA 4E38A 3L0GA 1HIZA 2NQZA 2ZWYA 2NSOA 3KRSA 3PR2A 2QYGA 3O8AA 5HUOA 2XH7A 5AZ1A 1HQTA 3T08A 4WJ8A 1BTCA 3K13A 1NU5A 2W6RA 4UTTA 4GRSA 4M7SA 1UPPA 3KUMA 3CUIA 2DVUA 1EZ2A 4DO5A 3T0TA 2BG5A 3L2LA 1DEDA 3UGVA 1XH0A 2BASA 2ZUNA 2CHRA 2PDFA 1JG9A 1IWAA 2QPUA 5HNUA 3F4NA 1UD6A 3ARVA 5LYRA 1KTCA 2V38A 4F0KA 3UWYA 1CB2A 4QDWA 2WCGA 2V5CA 2YCEA 1KM2A 4R33A 1DXFA 3ES8A 1B5TA 1U1JA 5ENLA 2Y7GA 1Z7AA 4GYKA 2ACRA 4ICMA 3AHXA 4V1XA 1E51A 1A5UA 1UUQA 5IBXC 1FH8A 4A3RA 3IGUA 4JFSA 1Q66A 4PULA 3DG3A 2WZTA 3V35A 1FCBA 4JYEA 1CGTA 2YGYA 1M9HA 3H23A 3FFSA 2VZTA 3B9AA 4HCDA 3W75A 4L65A 4QLKA 3FGCA 3UYIA 5DCEA 4IJCA 3NO5A 3OHMB 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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