3PJUA

Structure of pseudomonas fluorescence lapd eal domain complexed with c-di-gmp, p6522
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
QSLVADVGDDHHAWHRLLDQALNQRRFELFFQPVVAAQDTQLVLHYKVLSRLLDEQGQTIPAGRFLPWLERFGWTARLDRLMLERVLEQMAGHEESLALNLSSATLADPQALNKVFEILRAHSNLGARLTLEIGEEQLPEQAVLEQLTRRLRELGFSLSLQRFGGRFSMIGNLARLGLAYLKIDGSYIRAIDQESDKRLFIEAIQRAAHSIDLPLIAERVETEGELSVIREMGLYGVQGQLFGEPKPWG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Basis for c-di-GMP-Mediated Inside-Out Signaling Controlling Periplasmic Proteolysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cyclic dimeric GMP binding protein
molecule tags Lyase
source organism Pseudomonas fluorescens
total genus 86
structure length 249
sequence length 249
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00563 EAL EAL domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.450 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel EAL domain 3pjuA00
2BASA 3GG1A 4Q6JA 4FOJA 4RNJA 4RNIA 4ES4A 4LYKA 3GFXA 4RNHA 4Y9PA 4KIEA 4LJ3A 5M1TA 4AFYA 4HU3A 5MKGA 2W27A 3SY8A 3PJXA 4J40A 3GG0A 3GFZA 4Y9NA 3PFMA 3KZPA 3GFYA 3N3TA 4F3HA 4F48A 3HV9A 3TLQA 4FOKA 3PJTA 5MKGB 2R6OA 3HV8A 4FOUA 4Y8EA 4HU4A 5MF5A 4HJFA 3U2EA 4AG0A 4RNFA 3S83A 3PJUA 3PJWA 4Y9MA 4Y9OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XGZA 3WQGA 2F6XA 3QKEA 1TQXA 4AH7A 4EVZA 3F2CA 1J93A 3NDZA 4NHVA 1P6CA 4NZ1A 1YIXA 1W1B1 3QN3A 1MEWA 4S3BA 1BRLA 4AX7A 4H9YA 5HANA 4XD4A 4L61A 2Z1VA 1FHDA 5D03A 2J9XA 2EHHA 1U33A 3DECA 1XQKA 1JXJA 4FI4A 8XIMA 4MJMA 2Q3RA 5PTDA 4JKKA 1QK2A 1QI5A 2PI6A 3IVUA 3STFA 3RIKA 2EKCA 1QNOA 3ANYA 4IPNB 2ZDRA 3SY5A 3H2EA 1O5KA 1JPDX 4I6VA 2DIJA 4GIYA 1ZAJA 4FR6A 4B5TA 3ZSSA 1FWJC 4S1FA 4GI4A 4MB5A 2H8XA 1EO5A 3MVIA 2G3NA 1Y5WA 2GJLA 2NVAA 3MKVA 4WDTA 2O7SA 4Q33A 4PUNA 2HVOA 4M51A 3V36A 1DXEA 1QASA 4ADUA 1A5LC 4P7OA 1H7XA 2ATMA 1NFGA 4TQTA 1P0NA 4JEQA 2PWVA 4GH3A 3W2NA 3VKDA 2C13A 3LUTA 4NI3A 2GWGA 1EO7A 1A0EA 3RGTA 1FHVA 2OWWA 3WMCA 3RPTA 1XYAA 3QC0A 5A6LA 4M8UA 1JRCA 1UP3A 2O56A 3WH5A 5BRPA 1AJZA 3L4XA 2D1ZA 1E71M 3QFWA 4WJEA 5GNYA 2PWGA 1ESWA 4W8BA 1ZBCA 9XIMA 4C90A 3PPFA 4PMNA 4JR5A 1V0NA 5FI8A 3WDRA 4MWAD 1AD1A 4XZLX 4TXEA 4TMBA 3GG8A 1T40A 1L8PA 2QNEA 3HIJA 4IL2A 2WCAA 2WM0A 1XPGA 1LM1A 3RRAA 2QKFA 2Z28A 1PZ3A 4HU0A 3FVMA 3YPIA 1RK5A 1JF6A 5E09A 3L5AA 3TROA 4DBEA 1V3IA 3F4WA 4U5IA 4XBJA 2RDTA 4Q8TA 4MNJA 1N8IA 4Q4MA 3KTCA 1ME8A 3E1F1 2EGZA 1PKLA 1OIFA 1Y0EA 1R0MA 1KKOA 1TPUA 4PCNA 4M0XA 3ZLHA 1GVYA 1XYMA 3R10A 3OLIA 8TIMA 5E6ZA 1EZWA 3CV2A 1UMLA 4B5WA 3GFYA 1R3TA 1EUAA 3TN4A 3E2QA 1KRBC 3ABXA 1GKQA 2GOUA 1RCXB 3L2MA 3T08A 1SO5A 1YE6A 3ARUA 1Z48A 2J79A 5FEPA 3DESA 4K2SA 5EYWA 4NXSA 3K1GA 1TUFA 3V7PA 3UWZA 3EWDA 5FSDC 3CZKA 3VCRA 3W2JA 3STEA 4OU1A 4M6VA 3C2RA 2WMIB 3P93A 4AISA 1E4LA 1WZMA 1TR9A 3WF4A 3O9NA 2CESA 3TTOA 1OFBA 1WZAA 4AVNA 2FTPA 2VFIA 1K7XA 3APGA 3VU2A 5ABFB 1GOIA 3MZ2A 1DVJA 3HPAA 2XN1A 4C6JA 2WLYA 4Y9MA 4JAWA 1ITQA 5G2IA 3L4VA 2RHGA 3GR8A 1F3XA 4W7VA 1BVWA 2OXNA 3KZSA 3LK6A 4OOUA 2YR1A 3KOWA 5T26A 4I90A 3KFTA 4FHAA 4N4QA 4NNBA 1Q6QA 1CLKA 4JQ1A 4FA3A 3GNXA 3K1DA 3DFNA 1GEHA 3W00A 1KO0A 4IFKB 5DRCA 1DYSA 2EPLX 4DO6A 4UOQA 4HCHA 3UG8A 3BZGA 3EX1A 1YQ2A 1BXNA 4B92A 4K38A 3W37A 1RSCA 1QT1A 1GVFA 3OTRA 1FWHC 4HN4A 3GHRA 3HO8A 1EP2A 3WNOA 1TMLA 1UZ4A 1E5NA 2RDWA 3S3GA 1FWDC 1NQ6A 3MI6A 5H6HA 2DPEA 3ES7A 5JBEA 2CKSA 1DWGM 4DNHA 1EC8A 3HN3A 3H21A 1A3WA 3AWNA 1QDSA 3AIEA 4Z1BA 1NIUA 1XFCA 1HKMA 2V3GA 4B4HA 3TFXA 3DHDA 4OGZA 3POCA 1UOZA 4EANA 1EX1A 2XYLA 4UBPC 1ZJIA 5D4YA 3IGHX 4TV5A 1NELA 2ZVIA 2X30A 1FDYA 1IXOA 4TVCA 2ZC8A 3FJLA 3OLGA 2E68A 3QYSA 2W5FA 4HZ7A 3ABRA 3EDDA 2WNZA 3QSRA 4R85A 2V5DA 1B3XA 1ENUA 2AAAA 3L9CA 4PZVA 3TVAA 3NPVA 1S2WA 2YPIA 4LPCA 1VJSA 1OABA 4HZ6A 2V6AA 1YDNA 1QU4A 2VX7A 2ZCGA 4GLEA 2QUUA 1RHCA 1LT8A 3MHFA 3MKKA 2B81A 3WMLA 3T0TA 4MM1A 4OKDA 3E0LA 3PZUA 1K1DA 2QJHA 5HJLA 2P5NA 3BCDA 4I6KA 4IXHA 4NRSA 2WANA 1FWGC 3UA3A 3DFQA 4H7ZA 2WXDM 4UTMA 5CGQA 5C7VA 3GVWA 1V03A 4C6LA 4Z17A 4KQNA 2C71A 3BDKA 1OCNA 1EA9C 4YVVA 4GXPA 2O4QA 1NARA 3AS2A 3A5FA 3GC5A 3NPXA 3BOXA 1RD5A 1YMYA 5AYBA 4W85A 3VIGA 1JR1A 1ISYA 1OINA 1I45A 1VFOA 3W1XA 2GJXA 3F2DA 3L7RA 1GG0A 4PMXA 5FF7A 1PX3A 4U3AA 1EJSC 3PZVA 2RKXA 5LSMA 4ZOCA 4LY8A 1NWTA 1OGBA 3PSVA 4M80A 1I1XA 1F3EA 1W9UA 4PL2A 3AU2A 3PWGA 3M0MA 2NX9A 3ZR4A 2ZTKA 5C9ZA 3BV7A 2GSHA 2IPWA 5A6AA 3ZVHB 2QS8A 2WSKA 4GFSA 1X7IA 1X1NA 1ZY9A 1Q6OA 1XL9A 3UP8A 2VCCA 1S5WA 4ZO8A 6PTDA 3MC5A 2PCQA 3RU8X 4AY1A 2AKMA 3RYSA 2HS6A 1RCOB 4HHHA 1AODA 2J7EA 2ZIDA 2D2HA 4GI6A 1EIBA 2E6AA 2YCEA 3ENLA 4GBDA 3VO0A 4PTWA 3FW6A 4BQ3A 3AALA 3WK2A 3LPOA 5I3KA 4E2BA 1R2RA 4G2DA 3EMZA 1C8QA 1RAKA 4K1WA 3DGRA 4AHQA 2W92A 2IQ0A 2VQUA 3GTIA 3HFYA 4KWVA 2ZDSA 2ZBTA 3S1GA 1EZ2A 3LGGA 3ZJ7A 4GY0A 1J96A 1OK4A 3KUMA 3DI0A 3G6LA 4ML9A 3WLQA 4ZXOA 2F6UA 1AL7A 4UUIA 1WUFA 1Z42A 1UOKA 4Z1CA 1E4NA 4EXAA 3W27A 1DJYA 2NWRA 4CU8A 2XFYA 1YW1A 3A3XA 3I3BA 3R6IA 3ELFA 4M6PA 1KCXA 1QMLA 1B9BA 2XVGA 2I9EA 3AMCA 2V63A 2JKAA 3IAPA 1HN1A 1DWAM 1WDPA 4XO6A 1KC7A 1BXCA 5D9NA 4ZA0A 3LXBA 1E4IA 1VP5A 4L7ZA 3GTXA 5HXMA 3KVJA 3CM4A 5E9AA 1E1CB 1X6UA 1ZL1A 1QK0A 3G8RA 5HNTA 4ZODA 3SCPA 1UUMA 2RAGA 1H51A 4XO7A 3C2YA 2QDEA 3ERPA 5CGTA 3R8HA 4M5PA 5BRQA 3NG3A 1HJWA 1J6OA 1XI3A 1HGWA 3GYEA 1TV7A 1L6WA 4IMEA 1K9FA 3UR5A 4DWDA 1XRTA 3EDKA 3FGCB 2QZRA 1QBAA 2P3EA 3V18A 2X8RA 4O18A 4JTCA 4QQUA 3TXVA 2ISDA 2GJNA 1B3ZA 2IKGA 2OJPA 4A3YA 3DI1A 3AMDA 4OBSA 4RW3A 4O28A 1M7OA 2X05A 2CZEA 4K8HA 2UBPC 5G2HA 1T96A 1AJ0A 3NO1A 2G3IA 4JIRA 1OSEA 1GOOA 3O3RA 4IX0A 2PDNA 3VNZA 3M6YA 5T91A 1AQFA 3B0PA 1DXFA 3IGSA 3WELA 1HXJA 3MB9A 1D9EA 2Z1SA 2ZQ0A 5I78A 1VBHA 3CQ0A 4W9TA 2YOCA 1KXHA 3L4WA 3C86A 5LIYX 4PODA 2Q09A 1CPUA 1P43A 4YU1A 2W3ZA 3SRHA 4US5A 1EGVA 2MANA 2YZ5A 4J2MA 1WZLA 1TX2A 2J9YA 4NF7A 3OOQA 4ACZB 5EU9A 1UROA 3VE9A 5FL1A 1E9ZB 1H61A 2WC4A 1V6XA 4FLQA 3O15A 1LT7A 3MO4A 3LPPA 3O05A 2OTDA 3BSGA 3K4AA 3AC0A 3W2LA 5G1TA 2VC6A 2GK1B 4GPNA 4LCSA 1KD0A 3LMZA 3M7SA 3UWQA 1NOFA 3FA3A 4AX6A 3ZXWA 4K8EA 2V30A 1XLKA 5BMWA 2ISFA 1GZGA 4MWAB 4H4IA 1G01A 1C93A 1XCWA 1XW8A 3NQGA 3G1YA 4R34A 4KIRA 3QV7A 4LBSA 1HNYA 4GQBA 4M24A 2WO5A 3SURA 3UJ2A 4HK5A 4LUTA 3CPRA 1B4EA 3OZPA 1MO0A 1LTDA 4NAEB 2WC7A 1BGGA 4HHMA 4DYEA 1XBZA 3T0AA 3NL2A 4QNEA 3OIHA 3G1DA 2E0PA 2B7NA 4UTIA 2YL6A 4XG1A 5TBOA 3M0ZA 2HVMA 1DJNA 2YIHA 2XN0A 1BF6A 5FESA 3MCNA 3W74A 3IANA 1GOXA 2OMAA 1F4HA 5BYWA 3IGXA 5E0KA 4L6OA 1G69A 4Q4SA 2FH6A 3TUUA 3WLLA 5GJNA 4XIMA 1IZKA 3ZR6A 1E6SM 3IIVA 2XIMA 3V0UA 3UQNA 4NYUA 4AEOA 3H26A 1ITCA 5AYYA 3WFLA 4IP5A 3SJNA 1GZ1A 1SO4A 3A5VA 3RLVA 2A2IA 1HO4A 3DYPA 3BGGA 3VKBA 3TH6A 3MPGA 2RGMA 5M1TA 4MLJA 5BXTA 1O68A 2UWFA 4U28A 1QWGA 3L5LA 2GGIA 3HMCA 3H8AA 5A2AA 3LYEA 3M0JA 1Y8BA 5G5IA 3N13A 1H0IA 3EOEA 4WEVX 1TJRA 1PX4A 4ONVA 2V2DA 5IDZA 1SFSA 4AZCA 1CI1A 3DHFA 2W6RA 3H23A 2V8ZA 1QW9A 2QDGA 1JZ3A 2D2OA 5H8UA 2CERA 3LM3A 2F9RA 3RMEA 2Y62A 3UWWA 4O54A 3JR2A 4ATWA 1R5YA 1VFMA 3F2BA 1CXHA 1KBJA 3W6YA 3BL3A 4C6NA 3SDOA 2PDUA 5I77A 5AZ0A 1VEMA 2G4FA 5EY5A 2PBOA 3NOEA 3TE9A 3GDLA 3CYVA 4MB3A 1DIKA 1K4GA 1KCLA 4RW5A 1NWSA 2OO6A 5JIWA 3AZTA 3RM4A 4FLSA 2E28A 1W56A 2PB1A 2INEA 1BVNP 3CMJA 4HNNA 5FCZA 2FGZA 1Q6LA 3DFYA 3H7UA 3TU9A 4DJFA 1UKPA 1EOKA 4LC8A 3D5HA 1XDJA 2BMBA 3WQ6A 1JPIA 1Q7QA 1GK8A 2PFHA 3EWYA 1KCZA 3PWAA 4J3SA 3NIYA 5DCBA 4UC5A 3ZS4A 1C7SA 3T4CA 3RM8A 1S46A 2WSPA 4B5XA 1TUXA 1X39A 2JKEA 1JNDA 4NASA 3DFSA 4B15A 1NDZA 5HPCA 4FX7A 1T8QA 4R7WA 2QCNA 2Z6IA 1Q6FA 3TONA 2G97A 1WOBA 3L4ZA 1GJUA 4KFOA 3R8GA 3MUAA 4HU3A 2PWFA 1CLXA 2ZRXA 3L0KA 3MSYA 4JFWA 2YB4A 1LUCA 1XH1A 2A1YA 4B91A 2E77A 1TZ9A 3VIKA 1V0KA 2NV2A 2DZVA 5U4NA 4CQDA 3W1QA 2CLIA 2VR2A 3O7UA 3WLTA 1OIMA 1L6GA 2HCVA 3L4YA 4ROPA 4AD2A 5AC8A 3FV9A 3QJAA 2CU0A 3WH6A 1EX5A 3W76A 2VXNA 2NX3A 3C2VA 3SRKA 5FF3A 3NPWA 1B30A 4HTBA 1UHVA 5HINA 5BNKA 1F5ZA 1OQFA 4EWND 4OE7A 1T7LA 1KRAC 1R7AA 3LN3A 5JMUA 1W1A1 2DU2A 1PUDA 1E9YB 3PZNA 1Q3NA 2QLYA 5A8MA 3SRFA 4FXSA 5I00A 3R0DA 1FWIC 2J7GA 4QJ3B 3H4XA 4UFIA 5EBAA 4XKMA 2TODA 5GVJA 4GHRA 5LNWA 3QR3A 2INFA 3RJXA 4EPDC 3W23A 4G1NA 4H6RA 4H9TA 3ARZA 3AYRA 3FXGA 4DWSC 2B31A 2E5DA 3WLIA 2OX1A 2C0HA 3BZJA 1UD8A 5CH9A 3H7VA 2CFFA 2WMKA 4LS1A 3VIPA 2EEXA 1S2AA 1CT5A 2ZE0A 3D6NA 3VD4A 1KA9F 3AHVA 3KW3A 3ECQA 5CBJA 4PTXA 4S3EA 5HWMA 1OFQA 1VLWA 2GGHA 2JF7A 1Q5MA 3KX6A 1NVMA 4G8TA 2I9UA 3QMTA 1FY6A 4GKLA 2O92A 3AAMA 3UY7A 4L6DA 3UCQA 3B0XA 2YB1A 3W6MA 4R53A 1ONWA 3MT1A 2PF8A 4PSPA 1EJUC 3ZT5A 5I3HA 3GIYA 3GM8A 3CZEA 1NEYA 4KPLA 4XBSA 3AZRA 1Z89A 4CU7A 3FKRA 2J6VA 1QI4A 5AHLA 2V69A 3NUKA 1F3TA 5MKGB 1JAKA 3WEZA 2YCLB 1YXDA 1MDLA 3L2IA 4ZQPA 2WJDA 3M0HA 2BASA 4MKVA 3PVFA 3VFLA 3DYMA 1IZJA 2ZUMA 2WNWA 1QNSA 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