3PS7A

Biochemical studies and crystal structure determination of dihydrodipicolinate synthase from pseudomonas aeruginosa
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
292
structure length
292
Chain Sequence
MIAGSMVALVTPFDAQGRLDWDSLAKLVDFHLQDGTNAIVAVGTTGESATLDVEEHIQVVRRVVDQVKGRIPVIAGTGANSTREAVALTEAAKSGGADACLLVTPYYNKPTQEGMYQHFRHIAEAVAIPQILYNVPGRTSCDMLPETVERLSKVPNIIGIKEATGDLQRAKEVIERVGKDFLVYSGDDATAVELMLLGGKGNISVTANVAPRAMSDLCAAAMRGDAAAARAINDRLMPLHKALFIESNPIPVKWALHEMGLIPEGIRLPLTWLSPHCHDPLRQAMRQTGVLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Biochemical studies and crystal structure determination of dihydrodipicolinate synthase from Pseudomonas aeruginosa
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
molecule tags Lyase
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 108
structure length 292
sequence length 292
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2010-12-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3ps7A00
4IMCA 5FEPA 3W76A 3HF3A 1SO6A 5C6MA 3FIGA 3MW7A 1XDMA 3BW4A 1R2TA 4TR9A 1P0KA 5FESA 1K7FA 1SZNA 1RQHA 2C15A 4CCCA 3W2MA 3PBUA 3M6YA 3HGSA 1AG1O 3BLEA 4A22A 2QCMA 3PVFA 3W1QA 4L4LA 3W2UA 3HG5A 4O53A 1C29A 5D02A 4O12A 4ZL1A 3PUOA 1G4PA 2OX1A 3TFCA 1OFRA 3LLFA 3O16A 5G5IA 1F7BA 1G67A 1YXYA 3G0XA 1H1YA 3NZ1A 4JY8A 2QAPA 3R2GA 3PSWA 1L2UA 5A5WA 4EIVA 4AEOA 5CSRA 1G7UA 4RXFA 2P10A 4O0ZA 4IXHA 4FX8A 1MEHA 1OX4B 4P2VA 2VFHA 3C2EA 4O0KA 4O1CA 3BLFA 3E0IA 4B5NA 5K4XA 1DORA 2NUWA 1DKWA 3UWYA 1QOPA 3ZS4A 2VEIA 3L5LA 3TAOA 2EGZA 3LGEA 4KKXA 1OFOA 1MO0A 3L66A 4OBTA 5G2IA 4O19A 4C1KA 3HGRA 1X7FA 1LBFA 3SW6A 2RFGA 2ZTJA 3LTPA 4HPXA 4OV9A 1GYLA 1TV7A 1FY6A 3SIZA 4UTIA 3S8HA 4DBDA 4MLRA 3W7JA 4LV4A 2AQWA 3G1VA 4JICA 3LTYA 2A7PA 2G5WA 2CZ5A 1K03A 4CCDA 1YPFA 4OWGA 4NZFA 1RQEA 4DELA 2A6NA 2V81A 1LZOA 3GR8A 4H4IA 1TRIA 5AC7A 3JRKA 3HB9A 1FDYA 1SO4A 2PC4A 3NEVA 1FDZA 4ZQNA 2VKZG 4TMBA 3O6DA 5F2GA 1MEIA 4AWSA 1WX0A 1ME8A 3U6WA 1I2OA 3R89A 5ABTA 4FEZA 3I7QA 5IBXA 1TIMA 3C8FA 1L6YA 3L68A 2C6QA 1Y0EA 3EWBX 3RU6A 2DJXA 3MJYA 3ATYA 4YL2A 3BVJA 4LVFA 3QSRA 3DXIA 4LY8A 4MZ1A 4C1LA 3HIJA 1TO3A 3FEMA 1N55A 3GDLA 1OF6A 5HWNA 1GG0A 2ZZ2A 3W7RA 3UPWA 1JCJA 3NQDA 1C9DA 1DHPA 2E6AA 3L2IA 1LOQA 1FX6A 4ALDA 4O16A 1P0NA 1OX6A 1JCLA 1NVMA 1XBVA 2QCDB 3W83A 1MXSA 2B7OA 2R8WA 1W3IA 2RDUA 1ZY9A 5BNKA 4ZQOA 3HO8A 4HNUA 3GLCA 3N2MA 4UTKA 3UD6A 1VS1A 4KFOA 3STFA 2CZDA 4RZ6A 1WAUA 4JTIA 3A21A 3W3OA 4IUOA 4JS3A 2ZZ4A 2YW3A 2CLEA 2QEZA 5FEWA 3IIZA 2CFFA 2ZBTA 3OG3A 2ZCGA 1AL8A 2P0OA 3M5VA 4Z1BA 5FF2A 3TDFA 4N9EA 3IEBA 3YPIA 4UTMA 2NZLA 3U8GA 1XC4A 3NL5A 3DU0A 4TIMA 2A5HA 1M7PA 4O13A 1Q6RA 2DZTA 3EX1A 1TSIA 1R46A 1ZAIA 1QO5A 3NQMA 1UUOA 4XUGA 4QNEA 4O4WA 5D04C 2B0MA 4RV8A 1O5XA 2CLOA 3BPWA 3LDVA 4JX4A 4FXSA 4JX6A 2Y70A 2TSYA 1FDJA 1H7WA 2QCCA 3QJAA 4MFEA 4BR1A 2WSQA 2A0NA 3O6CA 2P1FA 2JGYA 3SSJA 1TPDA 3QM3A 3I68A 1B9BA 1KLYA 2Y62A 4QITA 3G1FA 3HQ1A 3W87A 4E0CA 4D2JA 1M6JA 4IJBA 4AWTA 4MIMA 5AHMA 1A5AA 3W7KA 4QAIA 2OJPA 3N9SA 1P1XA 3PF3A 2JKEA 2QJIA 2E09A 3W7EA 2J88A 5FEZA 4O57A 1T8XA 5FF0A 3LV6A 4BWLC 4LUIA 2C13A 2XFWA 3NA8A 2WOQA 3O8AA 2GQAA 4NJGA 4ADTA 2QDGA 4W9TA 3FA5A 4HIBA 3UZ5A 3TE9A 3W86A 1I2PA 3WK2A 5HUOA 1KFCA 3F4NA 3MP3A 2E5BA 3LB0A 3NPUA 1LRNA 3IVSA 3WJXA 1DL3A 3ABOA 3LXAA 3LTSA 1T0OA 4N9BA 4RLIA 5LNSA 1DBTA 5H91A 3TXVA 3GDKA 3MHUA 3ZR4A 2ZA1A 4A3UA 3GXNA 3PULA 1GG1A 3QQ0A 1F05A 1LCOA 2Z2UA 4MYXA 2QJHA 3MMTA 5G1TA 4EF9A 2VEKA 3MP4A 1W0MA 4JYFA 2A6LA 1S5TA 3S1XA 3EWYA 2WKJA 3TV8A 4NNAA 4AF0B 5BOOA 3G1XA 5KZMA 2ZZ3A 3NPWA 4MZYA 4XTDA 1H7RA 1HFBA 4LOCA 3HBLA 2NX1A 1SO3A 3RLVA 1AK5A 1OG0A 2WJZA 3MI6A 3VE7A 1VCFA 1KTNA 2TRSA 3EB2A 3MHGA 5HULA 5C2XA 5DXYA 4BI6A 3E02A 3WFAA 2QKFA 1LOLA 2X16A 3W1LA 1ALDA 5I3JA 2Y7GA 2OT0A 3T4CA 1KTBA 3Q58A 2HSAA 3DBPA 3G1DA 2A1YA 4TMCA 1A53A 3M7WA 5AHNA 3M9YA 3BG3A 3EWUA 3PY2A 3UY8A 3W23A 3PR2A 1FQ0A 4ZQPA 4UFIA 2CLLA 3SGUA 3LM7A 2J24A 1ZFJA 1A5CA 5BW6A 1QAPA 2CLIA 4LC8A 3C52A 3FS2A 1C8VA 1YYAA 3BW2A 1OK4A 4CQAA 5LNUA 1SU5A 2NXHA 4UIOA 1FWTA 3ABRA 2F84A 5AB3A 4GNJA 3DZ1A 1AW1A 4M6PA 5E1QA 3PB0A 2KZHA 5HWMA 3QF0A 1XKYA 2V2HA 5FF4A 3LCWA 1ML1A 2WNQA 3W7LA 3QFEA 4HNNA 3EXTA 1THFD 4QIUA 5KZEA 1YXCA 5HQEA 4NUWA 4OV4A 2YYTA 4MY8A 4XWUA 1J2WA 5EBUA 4MZ8A 1VH7A 4NJIA 3Q37A 4JR5A 2ATMA 5FF3A 3S5YA 2GVGA 1ZALA 7TIMA 2WNZA 4E2BA 1TMHA 5AYYA 3ZWTA 3W7GA 4NZJA 4A21A 2R94A 3NL3A 2CZFA 3LCIA 2G95A 2ZA3A 4FNQA 4JDBA 5CG7A 4DPPA 3NVTA 2RKXA 4K7VA 1EB3A 3LCLA 3W7NA 1VCGA 1RVGA 4UFLA 1WYIA 3OVPA 5CPNA 1FCQA 1SQ7A 4PEKA 4A2RA 2GVLA 4DO6A 2QCFA 3P80A 3GXTA 5D03A 4MJMA 2E5CA 3NGJA 1RZMA 1VJIA 2Y89A 3AO0A 1W5NA 5BRBA 4DO4A 2DZPA 4WD0A 2FLIA 4L4MA 5HMSA 2NX3A 2F7FA 2WV8A 4FF7A 4O52A 3TAKA 1PL9A 3DFPA 1X1ZA 4JYEA 3E9AA 3HPXA 4PL1A 3G0UA 2VENA 3QW3A 3LXCA 4E38A 4XKYA 4MY1A 1D3GA 3TQKA 1EA0A 1VHNA 3TROA 2Z0IA 1GTEA 3S5OA 2YFNA 4LWWA 4BK9A 1HTIA 2QUVA 2X2GA 1VYPX 3P7YA 4UNKA 1DQWA 4WOQA 5EY5A 1VR6A 3P60A 3QC3A 1M7OA 3DFTA 3G24A 3MP5A 4Y90A 2YDAA 5DCEA 5L6UA 1NSJA 2RHGA 1I8JA 1IXOA 4NT0A 3UQNA 3S1WA 1D3HA 1TPH1 5LSMA 1Z48A 1CW2A 4AVFA 1H1ZA 2EKCA 1WXJA 3PBWA 3GR7A 5D2YA 1FWNA 3EXRA 4BF9A 4HN4A 4NQ1A 3B0PA 2BXVA 3C2VA 3KAOA 2W6RA 2NLIA 3DFSA 4ZQCA 5I3FA 4IMEA 4X2RA 4I7WA 2CLKA 1KV8A 2CWNA 2H6RA 3GNDA 5F1UA 3P62A 4PODA 1QPNA 4UR8A 1AL7A 1A5SA 4N4PA 3STGA 2ZA2A 2QCEA 1L9WA 3R12A 5BMXA 4YCPA 1KTCA 1F6KA 1Q6QA 2H8ZA 1F6PA 1WV2A 1DJNA 1WOBA 3U2OA 3WK3A 3KVLA 3DGRA 1XBXA 5AHFA 3W22A 3SGZA 3M5YA 3LHZA 5A8GA 2HS6A 1JCYA 1W5MA 2WPBA 1JQVA 3KFTA 4O15A 4AWUA 1KM3A 3W1PA 2GQ8A 2Z6IA 2NV1A 3B8DA 4IPJA 3FLUA 1VLWA 1W5PA 2B7QA 2GJLA 1TTJA 2X1SA 3SJ3A 3N2XA 3H55A 3S6DA 5DBUA 6TIMA 2I9EA 4JEQA 3TQVA 2CLFA 3EX6A 3RLUA 1JCNA 1PCWA 2RH9A 3P74A 3DI0A 4N9DA 4Z1DA 1EIXA 2WO5A 5F1VA 1EP1A 1OHLA 1BTMA 4N6FA 5KZDA 1D9EA 2C0AA 2ISWA 3QMSA 3LRKA 3FFSA 3C56A 3SI9A 3CTLA 2ABBA 3LLDA 3RMJA 3P82A 2BTMA 3NZRA 5LGXA 4JTKA 3ZWSA 5EKYA 3KRZA 3C2OA 2YW4A 4KFNA 4CQ9A 4UR7A 2BWGA 4POCA 4CNOA 3FKRA 1NF0A 4O1BA 3W1UA 3R13A 3HG3A 3UY7A 1W56A 4S1FA 3PS7A 3CLMA 2H3DA 2NUXA 1X6UA 1RV8A 1H63A 3JR2A 5DELA 2JKAA 1GT8A 2NX9A 4R7JA 3RK8A 4O18A 1Z42A 3NQ6A 1K8ZA 4WUIA 3H53A 2WSRA 5H2ZA 3ATZA 1Q45A 3MI2A 1OFBA 3K30A 3NDOA 2OMAA 1KFEA 3KX6A 4IOTA 4RR4A 2RDWA 5HINA 1EP3A 1OX5A 4ORIA 3TCEA 2W0UA 2ZYFA 1GEQA 2ZRVA 3SY5A 4LTSA 1GTHA 3PG8A 4XBKA 1XDLA 3UXAA 4FIRA 4LW7A 3W2KA 1GJPA 4LRTA 3NQGA 1I2QA 1P5BA 1QPQA 2CW6A 1FCUA 2FPYA 1Z44A 4RKAA 3W7IA 1ME9A 2ZRUA 1O4UA 3F4WA 4K39A 3A9IA 2VEMA 1K8YA 4UC5A 2FJKA 1GZGA 4ADUA 4XBSA 1CX9A 3LOTA 2QCHA 3QSTA 4P61A 4X9SA 5LNRA 3TKFA 5I3IA 1UB3A 5KTLA 3W1XA 3O63A 2A21A 2ZRWA 1VYSX 4E2DA 4HSOA 4UMAA 4JTTA 2J6XA 5F4WA 1EWEA 3PBVA 4K8EA 3DI1A 4DXVA 1LP6A 5D37A 3O06A 4IMDA 1JVNA 3NL2A 2NXIA 4QISA 3C2RA 1BEUA 1GYNA 4LS2A 3HGOA 1TJPA 1SFJA 5D2XA 3DKJA 4WY0A 1DV7A 4JTSA 4LS1A 2ZRXA 3NR0A 4J9JA 3M43A 2H8XA 1WBJA 4GUIA 5I3GA 4OE7A 3QZEA 1XFBA 1TPWA 4BFAA 4FNPA 1GVOA 1HO1A 1TPEA 5KINA 1VC4A 2ATSA 1TCDA 4UTTA 3PWAA 3TUUA 3SECA 4DO5A 1TB3A 2ZZ5A 1YDVA 3DFNA 1SZFA 4K37A 1LDCA 2TPSA 2Y6ZA 3CWNA 3B03A 4I9AA 4ML9A 3LCHA 2DORA 3P8IA 1YADA 3BG9A 1JRCA 4DF0A 2EHHA 1V7YA 3ABSA 2E77A 3EX3A 2JKPA 3MUXA 1Q6LA 3B05A 1IGSA 1SO5A 3Q2DA 3N9RA 4A29A 3UXDA 3TSBA 3W7HA 4DQWA 3S42A 1XI3A 1KV5A 1L6WA 1K7XA 3GKAA 3E96A 4MUZA 2DZUA 4KWVA 4LNYA 4XQ6A 3G18A 2C3ZA 3HPZA 1OYAA 4O17A 3PG9A 5TIMA 1SW3A 3VNDA 6ALDA 5DCBA 3NQAA 1U5JA 3OIXA 1W3NA 3LCGA 4LVAA 3PM6A 2CLHA 4JTUA 3W7MA 5CKSA 5LGZA 1OFAA 1X8FA 4HNTA 5L9FA 1LBMA 4NXSA 4O10A 4Y6GA 3M0ZA 1B3OA 2PRMA 2GPTA 3G1HA 3OVRA 1ZCOA 4FNTA 5K3VA 3HMJG 1G7VA 3NXFA 3WK1A 2X1RA 3LRLA 4UMBA 1OFPA 1H60A 1FXQA 3UWUA 2OT1A 4Z0JA 2Y85A 3IVUA 2QJGA 3NL6A 3WJSA 4ORMA 1TYGA 3KVKA 3TMQA 5C5YA 3WJYA 3FYOA 2V82A 4GFSA 4MYAA 1YDOA 2HTMA 4HKPA 5DCDA 3OHIA 3B0VC 3NO5A 4M7TA 3HG2A 1F76A 3Q94A 3LHVA 1YTEA 1WOAA 3BV4A 2VOMA 4NJKA 2XN2A 4Q32A 4YCOA 3CC1A 1O94A 2Q3OA 3P5ZA 3LERA 4H3DA 4IGHA 2A85A 3DAQA 4A2SA 3NYZA 2V2DA 2TMDA 5AC6A 3MBDA 4QJ1A 4O54A 2V0TA 1O5KA 1TTPA 3T44A 3N3MA 1KFJA 3W9ZA 1OK6A 3GKFA 4ADSA 1KM1A 1IXQA 2NXGA 1FXPA 3OEXA 1SZGA 2YPIA 4RZ4A 1GVRA 3P81A 1OVDA 3I7SA 1OYCA 2LLEA 2VELA 3STEA 2I14A 2H3BA 1KM0A 1NFBA 1P4CA 3I6RA 1ICSA 3S5NA 1YPIA 1VRDA 2VXNA 2Y63A 4UFHA 4HSNA 3G8RA 3KRUA 1RQBA 1B57A 2I1OA 4MOZA 3TMLA 3W2NA 2QF7A 3C0JA 3LV5A 4GUJA 3W1AA 5SWUA 4M6QA 3VCRA 1XUUA 2DP3A 3G22A 3GIYA 1H7PA 1TPFA 4KWWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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