3PTK | Genus

Total Genus 193

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	193
sequence length	478
structure length	478
Chain Sequence	PVSRRSFPKGFIFGTASSSYQYEGGAAEGGRGPSIWDTFTHQHPEKIADRSNGDVASDSYHLYKEDVRLMKDMGMDAYRFSISWTRILPNGSLRGGVNKEGIKYYNNLINELLSKGVQPFITLFHWDSPQALEDKYNGFLSPNIINDFKDYAEICFKEFGDRVKNWITFNEPWTFCSNGYATGLFAPGRCSPWEKGNCSVGDSGREPYTACHHQLLAHAETVRLYKAKYQALQKGKIGITLVSHWFVPFSRSKSNNDAAKRAIDFMFGWFMDPLIRGDYPLSMRGLVGNRLPQFTKEQSKLVKGAFDFIGLNYYTANYADNLPPSNGLNNSYTTDSRANLTGVRNGIPIGPQAASPWLYVYPQGFRDLLLYVKENYGNPTVYITENGVDEFNNKTLPLQEALKDDARIEYYHKHLLSLLSAIRDGANVKGYFAWSLLDNFEWSNGYTVRFGINFVDYNDGRKRYPKNSAHWFKKFLLK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	The crystal structure of rice (Oryza sativa L.) Os4BGlu12, an oligosaccharide and tuberonic acid glucoside-hydrolyzing beta-glucosidase with significant thioglucohydrolase activity pubmed doi rcsb
molecule keywords	Beta-glucosidase Os4BGlu12
molecule tags	Hydrolase
source organism	Oryza sativa
total genus	193
structure length	478
sequence length	478
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date	2010-12-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00232	Glyco_hydro_1	Glycosyl hydrolase family 1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3ptkA00

4FMVA 2D3NA 4AZ7A 3VO0A 1J01A 1QNOA 1OGBA 1JF5A 3VMPA 1D3CA 4GIAA 3UR8A 1EDGA 2DSWA 4DM2A 2W4XA 3AIRA 1HJVA 4BQ3A 4EE9A 3ZIZA 2QPSA 1BYAA 3EMQA 4N42A 4PSPA 3WQ8A 2XM2A 3AMDA 1B1YA 2ZWYA 2X0HA 2XPKA 1VEOA 5AC5A 4EK7A 1C3FA 2XVKA 1VIWA 1PBGA 2OWXA 1IZJA 1V02A 2WZEA 1E6ZA 1UZ4A 2AAAA 1EDQA 1UH4A 2PWFA 1XRVA 2IXUA 6CGTA 4LYRA 4MNMA 2NW0A 3FW6A 4NRSA 3SCSA 1LQ0A 3VX0A 4WF7A 4MPKA 3AICA 3GBEA 1NWTA 1SYTA 4ACZB 1GQLA 1WZAA 2XWEA 3SCPA 1DWJM 4PMUA 5CZKA 2WHKA 1KB3A 4Z2KA 1V6XA 3CHEA 3F5KA 4WJXA 5CXPA 2VMFA 1TFVA 3TTSA 1JZ7A 3AXHA 3VDHA 4WKFA 2OYKA 2J47A 1ISXA 1E3ZA 1HJQA 2CNCA 2CESA 3T08A 2J8FA 1UWTA 2YA0A 3MKKA 1HX0A 3A4WA 2CIPA 3BAKA 2W63A 3VOCA 1VRXA 3SCRA 1QBAA 5GNXA 1D7FA 5DF0A 4HA1A 2O9OA 3RM4A 3BMWA 1BG9A 1QHPA 3MUIA 3ARYA 2WMIA 3QOKA 4PTMA 4UR9A 4MNJA 2BHZA 4JFSA 3SCVA 2EJ1A 2D24A 2DGAA 5CPTA 1CTNA 1UKTA 2J8GA 3ECQA 1EHNA 3UG5A 2RGMA 2WMHA 3L4UA 2X0YA 4HMCA 1R7OA 4Y7EA 2CBJA 3VUPA 2F61A 1J12A 4H8VA 2O9TA 1H49A 1UD4A 3WQWA 2OYMA 1MFVA 1WDQA 5EB8A 3HMCA 4PMZA 1UHVA 4OIFA 1N82A 3U7VA 3VM5A 1V6WA 3WUGA 2GJXA 4W8LA 2XWDA 1BYBA 3QOMA 1H5VA 2FH8A 3NJ3A 1QNSA 3T2QA 1JFXA 4CKQA 2WKLA 1BGGA 3DHUA 5EFFA 3B8SA 1JIBA 1HNYA 1UWRA 3B9AA 4PTWA 4CD6A 2W67A 1HKIA 4J3TA 2VCCA 1MW1A 4HZ6A 3N15A 3F5JA 4F66A 4BZYA 1FH7A 3U7BA 5BWFA 3GTNA 2XSAA 3CHDA 4M81A 2EPOA 2FGLA 5CPQA 3MV01 1HN1A 1Q6FA 1UR9A 1WPCA 2DT2A 3ZJ8A 4ZXLA 1H0GA 1NWUA 1JFHA 5TD4A 4CCEA 1QI5A 1UR1A 3POCA 1XC6A 2WHMA 3ZSSA 4PBGA 1UWQA 3VD9A 1ISWA 2XYLA 4WSJA 2EPNA 4TXEA 4UOJA 1J18A 2YL9A 3VGDA 3W4RA 2OSWA 3VGEA 5CLWA 4DUXA 3AHXA 2WVVB 3BGAA 4H04A 4J27A 2VX6A 1UUQA 5JBDA 3D3AA 4AZCA 4U5KA 3GH5A 2XVGA 4J3VA 5FKYA 1J0JA 1L0PA 1JD9A 1G01A 1LL7A 1E15A 5HDRA 2DSUA 3K46A 3WEOA 2C7FA 4MTVA 1JL8A 2ZUTA 2HISA 5HNNA 4AISA 3BAJA 3VMOA 1AQ0A 1F4HA 1QNRA 4XV0A 1PPIA 2WVTA 1R87A 4IISA 3OBAA 3WQ5A 1XD0A 2ZE0A 2DIJA 5IXEA 1E5NA 4Z2IA 3VILA 2BNJA 4CD8A 4UTFA 2WCAA 5ABFB 3G6LA 3HN3A 2A3HA 2JIWA 3W81A 2EEXA 5JIPA 2XFRA 5M5DA 4AD2A 4L4OA 4AZHA 2XVPA 3QGVA 1UQYA 1ECEA 1GUVA 5CGMA 2PBOA 3WL1A 1V3MA 4ACZA 1TVPA 2WLZA 3KWXA 3AZTA 3WF0A 4D6DA 3EDEA 4UZUA 5E6YA 2JE8A 3L4YA 3OG2A 2QMJA 4JZ5A 1NM9A 5LA2A 4LQ1A 4FLQA 2G3MA 3WY1A 4GQRA 5CJ5A 2YL5A 1LG2A 4QCFA 2Y24A 3GXFA 1VBRA 2PF0A 1W3LA 3BAYA 5A8QA 3SEPA 1CGTA 2J4GA 4HOZA 4AZBA 1CXIA 1WE5A 2Q8XA 3FN9A 4W7WA 3EDJA 2VX4A 5A6MA 3AS1A 4PMQA 3OGRA 5DMYA 4P7OA 4AXNA 9CGTA 1E4MM 2VL4A 2DPEA 3FHAA 1J0IA 1GHSA 3PZIA 2JIEA 4Z2LA 1BHGA 2VQUA 3VIMA 5IFTA 1BPLB 3NCOA 3VIJA 3LPFA 1KCKA 4FF5A 3CUGA 1X6LA 1SMAA 1L8NA 3AFBA 5CG0A 1VEMA 5D8ZA 5BXPA 2XVNA 2BY3A 3BSHA 5A8MA 1Q6CA 2IUZA 3M7SA 1CYGA 2VZOA 4RE4A 4D71A 2CCRA 1ZBVA 4S3KA 2CITA 1JZ2A 1M04A 5KZ6A 2DSVA 1WCGA 1LJYA 4B9ZA 2YBUA 3BAIA 3QHMA 1Q6DA 4AC1X 1TVNA 3OA5A 1UZ1A 3DYPA 4AD4A 2WZHA 3UERA 3QR3A 4UFJA 3RM9A 2ESCA 3ZJKA 3ARXA 1CLVA 4FLOA 1E6SM 1FFQA 1P6WA 4AIUA 2DT0A 4C7FA 2VRKA 1US3A 1Q6EA 2WZIA 1IV8A 1NWSA 4OOZA 3GNOA 1MW3A 4DUVA 1ZS2A 3AS0A 1KQZA 3PZNA 2VVNA 3UEQA 4D6EA 1OD8A 3WH5A 3AS2A 1EIBA 1CGUA 4ZFMA 1MW2A 1E3XA 1AQMA 2ZOXA 3BXWA 2JF7A 2ZUUA 2ZX6A 1CGYA 1K6AA 1ZBWA 4MAVA 1LL4A 3SUVA 5A1AA 2D20A 1B3XA 3ALGA 1PZ2A 5DT5A 3SUTA 5E0FA 3AZSA 4KH2A 4P8VA 1HF6A 3FNDA 3M46A 2WC7A 1C93A 3BSGA 4M80A 4J3XA 4UFIA 2EPLX 1GOIA 3OB8A 1NP2A 1W3JA 1LG1A 2WSKA 4BA0A 2CEQA 4LYQA 3CZ8A 1KXHA 4CN6A 3AYRA 3T2OA 1QI3A 1M01A 1G94A 1ODUA 2JFEX 1K9TA 3AHYA 3VTRA 1KQYA 1GQIA 1BG4A 1W2PA 4ATWA 3MMDA 2WPGA 3AROA 1GOMA 3PTQA 1JZ6A 2WMIB 1UKQA 3AIWA 1JD7A 4WIWA 1G0CA 1JYVA 2CBUA 4CVUA 3ZSTA 3JUGA 2ZXBA 3PBGA 2YL6A 4JAWA 4KMQA 3EYPA 3WBAA 1OT1A 1QW9A 5IFPA 3LPPA 1DWFM 3WNPA 3TTQA 4AD1A 3WFLA 4M1RA 1G1YA 3VNYA 2PWEA 1DTUA 3CUJA 5DFAA 1EQPA 4GPNA 1LLOA 1JI1A 4KRTA 1J10A 4Q22A 4B3KA 3O2LA 1XGZA 2WSPA 5FCZA 4OOUA 1TA3A 2BS9A 1JZ8A 3AMLA 1BTCA 4MJ4A 3SUUA 3UG4A 5I78A 4NSBA 2YDSA 4ZXOA 5EBAA 3MO4A 4GZJA 3UESA 1GQJA 3W29A 1V3LA 3A47A 3DECA 4YHEA 1W1TA 1OB0A 3SCNA 1GOQA 1OWQA 1CWYA 1XCWA 1V3KA 3L4ZA 3MMUA 1ITCA 3PZ9A 2VI0A 3BCFA 5JIWA 4AYSA 1V08A 3APGA 1B3ZA 1M03A 3OGVA 4NRRA 1D2KA 5FL0A 3W27A 4QLLA 2V3GA 3DYMA 5M17A 1LF1A 3WMBA 3RM8A 1KWKA 7CGTA 1WDRA 1VJSA 2EXOA 4AD3A 2J74A 2XM1A 1E6NA 4CU6A 3WDJA 1ZBCA 1CZ1A 4DWSA 5BXRA 1EOMA 1X1NA 5HBFA 2XFFA 5I79A 3NDYA 4ZENA 5A6BD 1HIZA 3NUKA 5A8PA 1CXEA 1DWGM 3MUZ1 1VJZA 2ZUNA 3BLKA 2E8ZA 4TOQA 3ZR6A 2G4FA 1AMYA 1W3HA 2E0PA 3GH7A 4IUGA 1U30A 4MAZA 4AZCB 2CHOA 2ZX9A 1CNVA 1JF6A 1KGUA 3WD3A 1DHKA 5LA1A 4P7RA 2ZX8A 3AJ7A 4FLSA 3WN6A 5IHRA 3WH9A 5CQ1A 1JYWA 4PTXA 4H8UA 4H2CA 2NT0A 3A6OA 3VDBA 4W7UA 4PYSA 3WQ4A 3II1A 1CLXA 4JFWA 1FHLA 1KXVA 3N18A 5LA0A 3WMSA 4JKKA 1MXDA 3WF2A 1XYFA 1KXQA 3ARTA 2PWHA 4JCMA 1GQKA 2J7GA 4AWEA 1EDTA 2WVSA 3WMCA 4CD4A 4GO9A 3BMVA 4P7NA 3UR7A 4M24A 5A6KA 3WENA 4B15A 3PN8A 1EO7A 2Y8VA 1DWAM 4DUWA 1LWHA 3L4TA 1B3VA 1UD5A 4QFUA 2DT3A 1VFUA 5DO8A 3WEZA 5A6AA 4ML4A 3WNNA 3VIGA 3HU7A 2VZSA 4H41A 2BVTA 3VD5A 2W5FA 4IPLA 2A3CA 4CCDA 4GZEA 1UKPA 4V27A 5I2UA 1IT0A 4P7LA 4U3CA 4UNIA 1IZKA 1NOUA 3AS3A 1FFRA 3ARUA 4PMOA 5JBFA 3VX1A 2WKGA 3PZTA 1VBUA 3ARWA 4BCEA 2BY1A 1BAGA 1UD6A 2JEPA 2V3EA 3BAXA 4HA4A 4U3AA 3MSGA 1V0MA 3CZGA 4BS0A 4MNLA 1XH1A 2XTKA 3BH4A 3CTTA 3MMWA 1JXJA 5CPSA 3KZSA 1GVYA 5JBEA 3L4XA 2OWCA 2HVMA 2ZICA 3TOPA 4MB4A 1ESWA 4E8CA 4PEEA 5BYWA 1GOKA 2D23A 3W28A 1BYCA 5D9MA 1WZLA 4GI6A 3B9DA 3WUFA 4PMXA 3PZUA 1C7TA 4C7DA 3DHPA 1MYRA 2X1IA 3IAQA 4W7VA 2WXDM 2ZWZA 5I5RA 3THCA 4A4AA 4DWSD 1QW8A 1EO5A 3UG3A 2D0GA 2J75A 1X6NA 1OIFA 3VKKA 2CERA 4OJYA 4D72A 1WDPA 1E55A 1E71M 1E43A 2WMJA 1CXHA 1GORA 5M03A 3CGTA 4EANA 1NQ6A 4CN4A 3W0KA 1JAEA 3CZKA 1GNXA 2F8QA 3FHQA 1TUXA 1PX3A 1W1YA 3MANA 5DT7A 3VGBA 5A2BA 4F9DA 3VNZA 5GNYA 4U5IA 4J7RA 2XGBA 1ISZA 3WF1A 1E73M 1I75A 2G3IA 3T2PA 3WD0A 4JL2A 3AIEA 2A3EA 2O92A 4H7VA 3LPOA 2BFGA 3RJXA 4PSRA 3WUBA 4K68A 1HKMA 4Q7NA 3VIKA 3PZVA 1Q6GA 1J0YA 1QNPA 3ARSA 5I0DA 2D22A 1OIMA 2ZXQA 3FY1A 1V3HA 3LPGA 1ZL1A 2XSBA 4ZEPA 3VD7A 5BXTA 5A69A 1UWSA 4NI3A 1JDCA 2O9PA 3L4VA 1E6PA 3W38A 1TR1A 2OSYA 1DWHM 3A3HA 3CUFA 3AIBA 5BXSA 3AMKA 4XZBA 3ALFA 3W6LA 1QBBA 1JNDA 2G3JA 3TA9A 3W24A 5KEZA 3WEMA 3WIJA 2W91A 2D2OA 4PUEA 1TG7A 3CH9A 1XSIA 3VIHA 4PN2A 2OSXA 4X0VA 1QVBA 3K8MA 4J3SA 1R8LA 5E6ZA 1G9HA 1JYNA 1C8XA 2VVSA 5HXMA 2C0HA 4W8AA 1Z32X 2EBNA 3WFZA 1CBGA 2VCBA 5BRPA 2JALA 1WKYA 4HMDA 1TA3B 1GOOA 1V0NA 1HJUA 1A47A 1HP4A 1US2A 4XB3A 3VM7A 5DEZA 2DH3A 2OWWA 1JAKA 4TVUA 2VC9A 3PZMA 1OCQA 1KXTA 3WD4A 1LL6A 3MSDA 4KGJA 1FHDA 2A3AA 4DM1A 2VCAA 1FP8A 2J77A 3W6MA 1XV8A 5BRQA 1R85A 1UD8A 2E40A 3CZLA 2XFYA 2G3NA 5GQBA 2YBTA 2VOTA 1UG6A 3ARZA 3AXIA 3IAPA 1GJUA 1MVYA 1VFFA 3CLWA 1BVNP 3GNPA 1W2VA 2PB1A 3VD3A 1WO2A 2J7DA 4W93A 4WK9A 1MFUA 4DWSB 4NZCA 4V2XA 1XCXA 1O7AA 2XUCA 4OKDA 5C70A 1OD0A 1B31A 4W5UA 2FHFA 3N12A 4PTVA 3ZMRA 2VX7A 4CCCA 2UY4A 3PZGA 3I3BA 1WP6A 1W9XA 4GI8A 1OBAA 4PCTA 3AXXA 1ZB5A 4KGLA 7A3HA 1E5JA 1PIFA 4F79A 2CHNA 1H09A 1VB9A 3QHNA 3PHAA 4URIA 2WWCA 3RJYA 3VPLA 5E0CA 2QV4A 3AMCA 3ARVA 5A6BA 2Y8KA 4UCFA 1DEDA 3KEHA 5CGTA 5HPOA 1TCMA 2DH2A 4N0RA 5I23A 4MDOA 2YOCA 3WNOA 5A6JA 1SFSA 2CETA 5ECUA 4BQ4A 1UR0A 3OIHA 3RDKA 4XZWA 2AOSA 3ZJ6A 2ZXDA 4RE2A 3WD1A 3OZPA 4M8UA 3MUAA 1QI4A 1H2JA 4W8BA 1MQPA 1HJSA 1VENA 3SIMA 1XSJA 4OBRA 2YDRA 2JEQA 4H8HA 2QMKA 4W85A 3FXYA 4W88A 4Z2GA 6TAAA 4WLCA 1JI2A 1QNQA 4MADA 5D9NA 4YN5A 1EQCA 2J7FA 1V3JA 4R5EA 4CGTA 2RGLA 5A95A 4AEFA 2ZXAA 4MB3A 2DEPA 4QP0A 3SCUA 3WNKA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1AVA A;  1HL9 A;  4Z2J A;  4A3Y A;  1CIU A;  4BF7 A;  3DYO A;  3ARQ A;  1ZU8 A;  4ZE5 A;  4YPJ A;  1FOB A;  2YDQ A;  2W66 A;  4JKM A;  2WWD A;  3AHZ A;  4GIN A;  4KRU A;  3O9N A;  3CHF A;  3UET A;  1HL8 A;  2EPK X;  5IDI A;  5HPC A;  4XX6 A;  1VF8 A;  1WAW A;  1AQH A;  3N11 A;  2XJ7 A;  3RO8 A;  4TX8 A;  2A3B A;  2E3Z A;  1E4N A;  1B90 A;  2WVV A;  3RME A;  3EDD A;  1KWG A;  2FHC A;  4P8X A;  4CVW A;  2GJR A;  1C8Y A;  1UH3 A;  2G41 A;  1JZ3 A;  4D6J A;  4W89 A;  1ITX A;  3S2C A;  3S6T A;  4ATL A;  1JZ4 A;  1UA3 A;  1EA9 C;  4HU8 A;  1XYZ A;  3ZQ9 A;  3VGH A;  1H41 A;  4D6H A;  5CLT A;  4ATD A;  3AHV A;  5ABE A;  1UWU A;  1O6I A;  4X9Y A;  1BGA A;  3WD2 A;  2O9R A;  5ABF A;  3EMZ A;  2JF6 A;  1GCY A;  3BAW A;  1J0Z A;  3MU7 A;  4JIE A;  2VZU A;  5I3D A;  2VNC A;  1NP0 A;  2Z1K A;  4V28 A;  3BC9 A;  1QHO A;  4D6F A;  1HVQ A;  2J7C A;  4CD5 A;  1RH9 A;  4HPH A;  4PCS A;  3L2M A;  4AIO A;  5AC4 A;  1QPK A;  1K9E A;  1BF2 A;  2TAA A;  1M53 A;  1HVX A;  3PTM A;  2GJX B;  3ARP A;  3IAN A;  3B9E A;  3OZO A;  4UZS A;  2WAN A;  1V0L A;  1CGX A;  1MXG A;  2YLA A;  1E1F A;  3WH7 A;  3F5L A;  4HTY A;  4B9Y A;  6A3H A;  2D3L A;  1GZJ A;  3AOF A;  1B3W A;  1MWO A;  3NIY A;  4AEE A;  5F7U A;  1MQQ A;  3OLE A;  2ZUS A;  3GBD A;  3WQ6 A;  1PX8 A;  1KR0 A;  2CBI A;  2XHY A;  3CIV A;  1HXJ A;  2V5C A;  3AHT A;  1KR1 A;  5BRO A;  4CU7 A;  1B0I A;  1HP5 A;  2AMG A;  5AYB A;  1LWJ A;  2ZID A;  4M82 A;  4B3L A;  2FH6 A;  4J28 A;  4LX4 A;  1GW1 A;  1UA7 A;  3LMY A;  4MJ2 A;  1BYD A;  2W61 A;  4LPC A;  1UR4 A;  3VIF A;  2EO7 A;  3WDH A;  5LYR A;  4AZI A;  1WB0 A;  5FL1 A;  2G8Z A;  4QCE A;  1E0X A;  2UY2 A;  3CMG A;  2UY5 A;  3MV1 1;  4E4P A;  1MQR A;  3BCD A;  1W32 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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3PTKA

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