3PTQA

The crystal structure of rice (oryza sativa l.) os4bglu12 with dinitrophenyl 2-deoxy-2-fluoro-beta-d-glucopyranoside
Total Genus 190
Loading diagram...

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
478
structure length
478
Chain Sequence
PVSRRSFPKGFIFGTASSSYQYEGGAAEGGRGPSIWDTFTHQHPEKIADRSNGDVASDSYHLYKEDVRLMKDMGMDAYRFSISWTRILPNGSLRGGVNKEGIKYYNNLINELLSKGVQPFITLFHWDSPQALEDKYNGFLSPNIINDFKDYAEICFKEFGDRVKNWITFNEPWTFCSNGYATGLFAPGRCSPWEKGNCSVGDSGREPYTACHHQLLAHAETVRLYKAKYQALQKGKIGITLVSHWFVPFSRSKSNNDAAKRAIDFMFGWFMDPLIRGDYPLSMRGLVGNRLPQFTKEQSKLVKGAFDFIGLNYYTANYADNLPPSNGLNNSYTTDSRANLTGVRNGIPIGPQAASPWLYVYPQGFRDLLLYVKENYGNPTVYITENGVDEFNNKTLPLQEALKDDARIEYYHKHLLSLLSAIRDGANVKGYFAWSLLDNFEWSNGYTVRFGINFVDYNDGRKRYPKNSAHWFKKFLLK
50100150200250300350400450400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Oryza sativa
publication title The crystal structure of rice (Oryza sativa L.) Os4BGlu12, an oligosaccharide and tuberonic acid glucoside-hydrolyzing beta-glucosidase with significant thioglucohydrolase activity
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase Os4BGlu12
total genus 190
structure length 478
sequence length 478
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2010-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3ptqA00
3EDKA 1GVYA 1B0IA 3TTOA 1N82A 2VCCA 4JZ5A 4LPCA 4GXPA 3CBWA 3W37A 1WZMA 2W63A 2OYMA 4HOXA 1OD8A 2XVPA 3U5YA 1AQ0A 4PMOA 3SUVA 3NJ3A 3VMOA 4CCDA 3ZT7A 1WP6A 3WDHA 4YN5A 1UKOA 5LA2A 1TA3A 3CHFA 3MU7A 3ZIZA 3AXIA 3KE0A 5I6SA 1W3HA 2RGMA 1PIGA 2D0FA 1GOOA 1XHGA 1SMDA 1WKYA 2QF8A 5BRQA 3VIFA 2VRKA 3OA5A 2Z1SA 4W5UA 4H7VA 2OSYA 3ZR6A 4AZ5A 4ML4A 3UG5A 4U31A 2VR5A 1JG9A 3PTQA 1EO5A 1UHVA 1W9UA 4NRSA 4PUEA 3WH7A 1WDPA 1MVYA 4H8HA 1HJSA 3K46A 2DSUA 1BVNP 5CZKA 2XG9A 1UKPA 3AIRA 3VDHA 1S46A 4MB3A 4MB4A 4AEFA 2G4FA 2YDRA 3W82A 1CENA 5ABFA 5TD4A 3WDRA 1E6XM 4AZIA 1QI2A 1DHKA 4MJ2A 2CBJA 3PZQA 1K9TA 3WNKA 4JHOA 2CKSA 1WB0A 3BAYA 3CUJA 4XZWA 4DWSD 4FK9A 2WCGA 1ODUA 3FAWA 1UKSA 5I5RA 4CD7A 3PZMA 1MWOA 1HKKA 1OB0A 2IXUA 4PRWA 3PZGA 5D9MA 1CXFA 3FXYA 1PPIA 2FGLA 3VO0A 3AQUA 4PTVA 1CXKA 3VM5A 1JZ2A 2ZXDA 8A3HA 1U30A 1OGBA 4CD8A 5F7UA 1I75A 2UY2A 2VOTA 4TUFA 2W61A 2VZUA 4JCMA 3WH9A 4ATDA 4MNKA 1IZKA 1QI3A 1ISWA 1LWHA 2YL8A 4ZE4A 2AOSA 3AMCA 5ABEA 1Q6DA 2DIEA 1V03A 4LGXA 4E2OA 2WLZA 4J7RA 2WYSA 1OM0A 4FF5A 1HKMA 1LL7A 4GI8A 1JZ3A 2XFYA 1B1YA 4P7QA 1C91A 3VNYA 4TX8A 1PZ3A 2VX4A 1QNPA 4DUXA 1E4IA 2OSXA 2YDQA 3BH4A 4ACZB 5CGMA 2ZUNA 4M81A 3U7BA 1Q6EA 1OIMA 3PZTA 3O6AA 1MFUA 5DMYA 2J4GA 4NSBA 3W24A 1B3XA 3WH8A 1QI0A 2VCBA 2XFRA 3DYMA 2A3CA 4M8UA 4WJXA 1F4AA 3GZAA 5BRPA 1JNEA 2XPKA 2X0YA 7CGTA 3KL5A 3WFLA 1MW3A 4ACYA 1XYZA 4E8DA 5JUVA 4DWSA 3RDKA 1EDQA 4MB1A 1HP5A 4GZJA 1ZJAA 4CU8A 1JFXA 3HU7A 1Q6GA 1VJZA 2O92A 4TTUA 3K4DA 3U57A 4MAVA 3ZJ7A 5ABHA 5DF0A 1CWYA 2DPEA 2V5CA 1R7AA 1UKQA 1E6ZA 1JD9A 5EFFA 2XHYA 1E3XA 1HN1A 1JIBA 4DUWA 2OYKA 3FW6A 1QVBA 2BNJA 4TTGA 5HOSA 2F61A 3RO8A 3ZO9A 4KGJA 4OBRA 2EEXA 1PIFA 1JZ8A 3MANA 1JL8A 3L4TA 2VO5A 2WSKA 4BZYA 4H2CA 3K4AA 3TTSA 1K9DA 4UTFA 5JBFA 2DH3A 1R7OA 3GNOA 4J3XA 5DEZA 1QI5A 5D8WA 1V3HA 2Z1KA 1UR0A 3WF2A 1FH7A 1B2YA 4JKLA 1BYBA 1D7FA 1NQ6A 4UFLA 3VX1A 1E5JA 3WQ5A 3LPGA 2IUZA 3ARTA 2VTFA 4OOUA 2Y5EA 1V6UA 3SUTA 2FDMA 3U7VA 1IZJA 3OLEA 3ARSA 4M1RA 1V0KA 4C7FA 2WCAA 4QLLA 3CO4A 1CNVA 4DM2A 1TMQA 4J3TA 1JZ4A 5IHSA 3WY1A 1M03A 1NARA 1BF2A 1C7SA 3MMWA 4JFWA 5A8NA 3OZOA 1GPFA 3TP4A 1C93A 1EQCA 1JGIA 2CHOA 3WQ8A 2XVKA 2MANA 2J7CA 1GQIA 1KGWA 3A47A 1HVXA 1HL8A 3B9DA 4W85A 1E6SM 2J7EA 2WMFA 3VPLA 1UWRA 1E72M 1C3FA 1OSEA 1W9DM 3F5LA 3BGAA 1B3VA 2VZOA 2VNCA 4JKKA 3IJ8A 2J62A 3CHDA 5AYBA 4CD4A 2E4TA 1VIWA 2JEPA 1ZBCA 4WIWA 1MYRA 1HVQA 1H3GA 4GZEA 3BAIA 1WE5A 4PN2A 4B3KA 2YIHA 3BCFA 3AZSA 1ZBWA 5ABGA 1W1TA 2E8ZA 4EE9A 4AYSA 2UY5A 3FHAA 2OLHA 4ZXLA 4GZIA 5JBEA 2CBIA 2DT0A 1CGWA 5CPTA 3LPOA 4CKQA 2WVUA 4PYSA 2X09A 2DDXA 3PTMA 1JDDA 2W67A 5KEZA 3GTNA 1VF8A 2ZXBA 5HBFA 2ZWZA 1O7AA 4P7OA 3GH4A 2YJQA 5GNYA 2JEQA 2PWDA 4H8VA 2YLAA 2D2OA 4HPHA 4LYPA 1U2YA 1EHNA 4AZCB 4JAWA 2BY1A 1EHAA 2CYGA 1VRXA 1SFSA 4CN1A 1G94A 3VD5A 3OBAA 4UFIA 1PX8A 1CZ1A 2OWXA 5CLWA 4P7LA 4GQQA 4L4OA 1AQMA 2QPSA 2W66A 2VI0A 2YA0A 3S2CA 3I3BA 1QW8A 3KEHA 3AHYA 3L4ZA 2WCSA 2UY4A 2J78A 3K1DA 1LG2A 5BXTA 1CEOA 1OCQA 3UCQA 2BS9A 2BY0A 1CPUA 1GOIA 1HF6A 2J7FA 1BLIA 5KZ6A 1KGXA 1C7TA 1BYAA 1KCKA 3LPPA 4TXEA 3OGSA 4B3LA 1C8QA 3I3DA 3EBVA 1ISZA 2WHMA 2GK1B 1PZ2A 3VDCA 1PEZA 2D20A 1I1WA 2BY2A 1UR8A 1CGYA 4B9ZA 2YL6A 3TONA 3VGHA 3SUWA 4Z2HA 1BAGA 1DWGM 1J0JA 3CMGA 2E9LA 2GUYA 1XV8A 1E4NA 3W28A 4PSRA 2XVLA 1HJXA 4ZXOA 3BAWA 3PZ9A 1KXTA 2WAGA 3W4RA 3CH9A 5LA1A 2CNCA 3RM8A 2NT1A 4AD0A 1UG6A 2G3JA 1EDTA 3NIYA 3WBAA 3A4AA 3VINA 4Z2JA 2WMHA 2V5DA 2EPLX 1UD2A 4TVUA 1MQRA 4W93A 4UQEA 5EBAA 2YA1A 2Y8KA 2EBNA 1W9XA 1UZ4A 1BFNA 4YHGA 4URIA 5GNZA 1NP2A 4EANA 3AS2A 1V02E 1MW1A 3AOFA 4JHZA 4PMYA 3VGDA 1UA7A 3WNMA 3PZVA 1JI1A 1B3ZA 1QHOA 2JF7A 1UWTA 3WF4A 2YBUA 2PF0A 3M46A 4YPJA 5I77A 1J0KA 1UKTA 4CCEA 3M7SA 3EMCA 2OSWA 1QPKA 4JFSA 2VVNA 3ARUA 5CJ5A 4DWSC 2CERA 3VM7A 4W86A 3ARPA 1W1YA 2VZTA 3ALFA 1VEOA 1VEPA 2CKRA 1CDGA 1J0YA 1E15A 3WF1A 3RJXA 4W89A 2XVGA 1CGXA 4V2XA 2PBGA 2FHBA 2DSZA 3ALGA 3SCSA 1CXEA 1HXJA 4NF7A 5HXMA 4HA4A 3NUKA 2J7BA 3VILA 1EIBA 3WMSA 4HOWA 3ZMRA 4HTYA 2CBUA 2ZE0A 2HVMA 1RP8A 3AYRA 1EOKA 1VB9A 1JZ6A 2O9OA 1W91A 1MFVA 1H1NA 4DM1A 3VIKA 1KB3A 3EDJA 4HPGA 1EA9C 4HMCA 5JIPA 4PUDA 5LA0A 1UWSA 5BWFA 5C71A 5E9AA 1UR2A 2A3AA 3KWXA 3OLGA 1LL6A 1JI2A 1OT1A 2QLYA 1XH0A 2BVTA 4JL1A 4L4PA 3T08A 4AWEA 4JIEA 3WFZA 4LYRA 4J3WA 1XCXA 3F5KA 5A2CA 2WBKA 1JZ7A 1J01A 1JYXA 3QR3A 1GOWA 3L4XA 2D22A 3OG2A 3SIMA 1MQPA 3B9AA 2WNWA 4MNMA 4TX6A 4AD5A 1W9BM 4W84A 3W6LA 1BGAA 2DT1A 1GHSA 1EGZA 2ZICA 5CPQA 3BLKA 2J79A 1RD6A 1E6NA 1XRVA 5GQBA 2VX5A 1W3LA 3KL3A 1VFFA 5HPOA 4PMNA 5M3WA 1FHDA 4U3CA 2ZUWA 4WKHA 4UQAA 1FP9A 5FKYA 4JL2A 3AIVA 1PAMA 3PHAA 1F4HA 3PZNA 5CQ1A 5BCAA 4QP0A 5E70A 4ACZA 1DEDA 2ESCA 3ZR5A 5E0CA 1HJVA 1OIFA 3UESA 2OWWA 3AIUA 3AFBA 4ZEPA 2XVNA 1W3JA 3A6OA 3G6MA 2DSKA 4QCFA 3GNPA 4U2ZA 3BSHA 3NSMA 3AXXA 3VD9A 6TAAA 5IDIA 2EPOA 2WVTA 4IM4A 4AXNA 1U33A 4J3UA 2CESA 1JYNA 5ECUA 4ZE5A 5I2UA 1ZU8A 1EDGA 1LQ0A 5I78A 1V3IA 3GYCA 1UA3A 1C90A 2FGZA 4LQ1A 4UZSA 4W8AA 3WUBA 3AXHA 5AC5A 3WD2A 1KBBA 1HT6A 4XB3A 1HJQA 2WMKA 4W87A 4AMCA 2CHNA 1TFVA 2CBVA 3CMJA 2GJRA 3AROA 4AZBA 1BG9A 4BCEA 2HISA 3T0DA 3ARYA 3N15A 5A8MA 3IJ7A 1UUQA 1CLXA 5E09A 3VIPA 4GINA 2VX7A 4D1JA 2JALA 4PBGA 1TVPA 3D3AA 1GOKA 1B31A 4AY1A 1CGTA 1KQYA 4AD4A 4KWUA 1V6WA 1BPLB 2J7HA 5A6AA 2PB1A 4IPNB 1ZB5A 5E6ZA 4CU6A 1WZLA 4LYQA 4P8VA 2ZWYA 2CETA 3AIQA 3MMUA 1JAKA 3VUPA 3WNLA 5DO8A 3WDJA 1NP0A 1UH4A 1J9YA 1BQCA 3SCNA 3WQ6A 2AMGA 3FY1A 4F9DA 4UFMA 2WC3A 8CGTA 1PX3A 1VBRA 3BAXA 4J28A 3W81A 2GSJA 2D24A 2C8NA 3QGVA 5A6BD 1JF5A 1QHPA 2WB5A 1BGGA 3BSGA 2VURA 2VJXA 2VQUA 4M24A 3IANA 5E6YA 4FLOA 2VMFA 1GJUA 4A3YA 5CGTA 3WEZA 2CCRA 5M5DA 4UQBA 2WZEA 3BMVA 2D23A 3RILA 4UR9A 1A47A 4QDMA 2XWEA 4MDOA 4AEEA 4P8XA 4HP5A 3ECQA 2VRQA 3VIHA 2GFTA 5DT5A 1RPKA 2E3ZA 3HJEA 4OKDA 5IHRA 1OGSA 4MPKA 2WSPA 1GQLA 3RIKA 1M01A 4HZ6A 4NZCA 1NOUA 4W5ZA 3VDBA 1E71M 2DEPA 3BMWA 3VU2A 1MW2A 4CU7A 3WUGA 1GOMA 2WVVB 3POCA 4KH2A 3WNNA 4ATLA 4OUEA 1XH2A 3APGA 1X6NA 2VT0A 3I3EA 4V28A 4R5EA 2DT2A 4IISA 4W7WA 5CLTA 3CUFA 1BG4A 1UZ1A 1R8LA 1E4LA 1UOKA 4OZOA 1UWIA 4CN4A 3L4VA 4S3KA 4A3HA 3MSDA 3SUUA 2WK2A 1AQHA 4E4PA 1ZS2A 2WKLA 5A6BA 4PMUA 5CPSA 4C7DA 4BA0A 1QBAA 1FP8A 1H2JA 3TTYA 2ZX9A 1E0VA 4KMQA 3WBEA 3VD3A 4CUCA 3AMDA 5HNNA 2ZX6A 2Y4SA 2WM0A 3SCOA 4BQ3A 1H5VA 2ZUSA 3U5UA 9CGTA 1GVIA 3CZLA 3QHNA 1E40A 2BY3A 3ARQA 3FHQA 4W88A 5A6SA 5A1AA 5A6KA 1H4PA 4D6DA 2VRJA 1B9ZA 1IV8A 2QMJA 4GPNA 5A8QA 4H8UA 1GW1A 2ZUTA 4IPLA 4P8UA 3BCDA 5D9OA 1ISVA 5I24A 1WDQA 4U5KA 2QHAA 1Z32X 1OWQA 1US2A 1QNSA 1JYVA 1W32A 2GJPA 3SCUA 2O9RA 3AJ7A 1UD4A 3UR7A 4OOZA 3VD7A 1C8YA 1MXGA 2XGBA 4WKFA 1L8NA 2YOCA 2ZXAA 4H04A 5A6JA 2GK1A 4AISA 2ZXQA 4OBSA 3WMBA 1CGVA 4D6CA 3ZSSA 3ZQ9A 5CSYA 1M7XA 4D71A 3VIJA 1V3KA 3CPUA 1GNXA 1G01A 7A3HA 3ARWA 1D2KA 1HJWA 4BS0A 2WMIB 3MMDA 3T2PA 3AZRA 4CGTA 3B8SA 1JDCA 1VFMA 3OIHA 4AZGA 3VIIA 2WHKA 1Q6CA 4QCEA 2G3NA 3AS1A 1UD5A 3CZ8A 1VBUA 3N9KA 2ZUUA 4GO9A 1JFHA 4XV0A 4LXFA 2NW0A 2EPMX 1UQZA 4PEEA 4MJ4A 3WD4A 5D9PA 1KXHA 4AW7A 4HOZA 2V3GA 1BTCA 3HMCA 1E1EA 2ZUMA 3EMQA 3ZJ8A 4D6IA 2BHUA 1JNDA 2XSAA 1K6AA 2OYLA 3ZOAA 1H0IA 1ESWA 2DSVA 1KQZA 1Q6FA 3S6TA 4E8CA 3N04A 1PBGA 4A4AA 3WL0A 4RL3A 4RE4A 1P6WA 2DSWA 3VOCA 1X1NA 1V0NA 3FAXA 3GH5A 3UETA 4PMZA 3AS0A 1SMAA 5FCZA 1V3JA 3QHOA 1FH9A 3DYPA 2PWGA 1BVZA 1V0LA 2EO7A 3N12A 3SCVA 1ISYA 1KR1A 1OT2A 1QNOA 3VVGA 2PC8A 4W8BA 1G5AA 1E0XA 1DWJM 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EDK A;  1GVY A;  1B0I A;  3TTO A;  1N82 A;  2VCC A;  4JZ5 A;  4LPC A;  4GXP A;  3CBW A;  3W37 A;  1WZM A;  2W63 A;  2OYM A;  4HOX A;  1OD8 A;  2XVP A;  3U5Y A;  1AQ0 A;  4PMO A;  3SUV A;  3NJ3 A;  3VMO A;  4CCD A;  3ZT7 A;  1WP6 A;  3WDH A;  4YN5 A;  1UKO A;  5LA2 A;  1TA3 A;  3CHF A;  3MU7 A;  3ZIZ A;  3AXI A;  3KE0 A;  5I6S A;  1W3H A;  2RGM A;  1PIG A;  2D0F A;  1GOO A;  1XHG A;  1SMD A;  1WKY A;  2QF8 A;  5BRQ A;  3VIF A;  2VRK A;  3OA5 A;  2Z1S A;  4W5U A;  4H7V A;  2OSY A;  3ZR6 A;  4AZ5 A;  4ML4 A;  3UG5 A;  4U31 A;  2VR5 A;  1JG9 A;  3PTQ A;  1EO5 A;  1UHV A;  1W9U A;  4NRS A;  4PUE A;  3WH7 A;  1WDP A;  1MVY A;  4H8H A;  1HJS A;  3K46 A;  2DSU A;  1BVN P;  5CZK A;  2XG9 A;  1UKP A;  3AIR A;  3VDH A;  1S46 A;  4MB3 A;  4MB4 A;  4AEF A;  2G4F A;  2YDR A;  3W82 A;  1CEN A;  5ABF A;  5TD4 A;  3WDR A;  1E6X M;  4AZI A;  1QI2 A;  1DHK A;  4MJ2 A;  2CBJ A;  3PZQ A;  1K9T A;  3WNK A;  4JHO A;  2CKS A;  1WB0 A;  3BAY A;  3CUJ A;  4XZW A;  4DWS D;  4FK9 A;  2WCG A;  1ODU A;  3FAW A;  1UKS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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