3PUDA

Crystal structure of dhydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii at 2.8a resolution
Total Genus 111

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
291
structure length
291
Chain Sequence
TIQGSIVAIVTPMLKDGGVDWKSLEKLVEWHIEQGTNSIVAVGTTGEASTLSMEEHTQVIKEIIRVANKRIPIIAGTGANSTREAIELTKAAKDLGADAALLVTPYYNKPTQEGLYQHYKAIAEAVELPLILYNVPGRTGVDLSNDTAVRLAEIPNIVGIKDATGDVPRGKALIDALNGKMAVYSGDDETAWELMLLGADGNISVTANIAPKAMSEVCAVAIAKDEQQAKTLNNKIANLHNILFCESNPIPVKWALHEMGLIDTGIRLPLTPLAEQYREPLRNALKDAGII
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
3H3 (206-208)S1 (4-9)TI1 (14-17)TVIa1 (267-270)AH1 (21-34)AH2 (53-67)TI'1 (67-70)S2 (38-41)TVIII1 (69-72)3H1 (44-46)TIV1 (40-43)3H2 (48-50)S5 (130-134)EMPTYS3 (73-76)TIV2 (105-108)AH3 (82-95)AH4 (112-125)S4 (99-101)AH5 (136-139)TI2 (154-157)AH6 (145-153)AH7 (167-176)S6 (157-162)TIV4 (177-180)S7 (182-185)TI3 (187-190)S8 (201-204)AH10 (226-243)AH9 (211-223)TIV6 (208-211)TVIII2 (244-247)AH11 (249-258)3H4 (275-277)AH8 (190-197)AH12 (278-288)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Acinetobacter baumannii
publication title Crystal structure of Dhydrodipicolinate synthase from Acinetobacter baumannii at 2.8A resolution
rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
total genus 111
structure length 291
sequence length 291
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date 2010-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3pudA00
3KOFA 4IX2A 4FNPA 4HT3A 5J5RA 3LV5A 3HGJA 1QPNA 5LGZA 3LCXA 5D03A 5H91A 3C52A 5FF0A 4O0KA 4AF0A 5G2IA 2E6YA 1G7VA 2DP3A 5A5WA 4MOZA 2V2HA 1EA0A 5C54A 5DELA 5EA9A 4ORMA 3UWYA 1SR9A 2P1FA 1OK4A 2V30A 1QDSA 1T99A 3BW2A 4XTDA 1OFOA 3CWNA 1EUNA 3W1NA 4JTGA 3Q37A 3ATZA 5AYZA 1HO4A 3G1AA 4NZJA 3KRSA 3NQGA 3IGXA 1KTBA 1LRQA 1VQTA 2NXIA 4RCXA 1A5BA 2VFDA 3P8JA 1LLZA 4TMCA 2BX7A 2PRMA 2WSRA 5HNRA 1KTCA 1PHQA 3LLFA 4NVTA 2DZSA 3HPSA 4Q32A 4IPJA 5D37A 2F84A 2JBMA 5CGQA 2NZLA 1DORA 4NXKA 1LBMA 3KVJA 3NNTA 4TMBA 4UTLA 2Z1BA 1ME9A 3KVKA 3PBVA 5D2XA 5D2TA 1XUUA 2ALDA 3LDVA 1H61A 4ZVJA 3C2VA 1BWLA 1KW1A 2QF7A 3WK1A 2OZ0A 3TUUA 2BZNA 2A7NA 3W86A 1QPRA 1OF8A 3W1QA 3HPZA 4ZL1A 1VPXA 2ZA3A 4NX5A 3M41A 1A50A 2I9EA 3DBPA 3KVLA 4DELA 3LHTA 4D2JA 1W5OA 1W8SA 4JTLA 3NL5A 2YW3A 2X1RA 1F7BA 4JYDA 4WXZA 1TQJA 2QCLA 4RR4A 2G97A 3JRKA 2C6QA 5HWNA 2H8XA 1TPUA 2E6FA 2EGZA 3G22A 1KFLA 1GYLA 3EWXA 1NF0A 5DCBA 3C2FA 2DU2A 4O10A 2QCDA 3W22A 3LRLA 3W1XA 1LDCA 4FIQA 2GQ9A 3CQ0A 2VFHA 5LNVA 1K7XA 4AHOA 2DZXA 4O1DA 1NSJA 2EF9A 3EX3A 4O4WA 4XTIA 4JD4A 4P61A 4DF0A 1UB3A 1BTMA 2Y6ZA 1H7PA 5I3IA 2V5LA 2IQTA 4NNAA 3S42A 1EUAA 4FX6M 5U4NA 3UD6A 4P2VA 3PB0A 2JKAA 4R34A 1YTKA 3NQ6A 2ZQ0A 3N19B 4LC8A 1B57A 4IMEA 4FNUA 1W1ZA 4EF9A 1TTQA 3P5ZA 2CW6A 3W70A 3C2EA 3M44A 3MUXA 3USBA 4LVGA 3M6YA 4LU0A 2WOQA 3BGGA 2NUWA 1SUXA 5FEXA 4AF0B 1FCUA 2X1SA 2A2IA 1CX9A 5LNRA 3L66A 3ZFHA 2WKJA 3QQ0A 1LCOA 3B0VC 4S2CA 3I6RA 4R7JA 1F6KA 4AHQA 4S1FA 3PY2A 2I1OA 3CPRA 2J9XA 3LI1A 3LTYA 2QCEA 3CWOX 1UUMA 1Z42A 1X1ZA 1QPQA 1YTDA 1ZJIA 1JCXA 2Z6JA 4GUIA 5D05A 5I3JA 4AVFA 4DF1A 4AWSA 3W1MA 2VC6A 3MBFA 2C18A 3HB9A 3VFLA 2VEMA 3P81A 4JX5A 2ZRZA 3L0NA 3NGJA 3ABQA 3LB0A 1ONRA 1SW7A 3O6DA 3QSRA 3G0SA 3MHUA 3NDOA 5LHEA 1VR6A 2EPHA 3FFSA 5BNKA 1WOAA 3FA5A 1ZNNA 4JTHA 1B4EA 3C3NA 2VFGA 4HHPA 2ABAA 3PAJA 1TJPA 2GJNA 1JQVA 3AJXA 2H90A 4KFPA 4KWVA 4Y6GA 1DBTA 4FIRA 3DAQA 1ALDA 1AW2A 2CLIA 3C2OA 2QKFA 3W87A 4EWND 4OWGA 3QMSA 2C16A 4CQ9A 1HUVA 3UWVA 1EP1A 3BK0A 4IMDA 2ZZ2A 1SZFA 4CQ8A 3NVTA 1U5JA 1K03A 3OEXA 1KLYA 1JVNA 5LNUA 3W73A 3R12A 3GAYA 1EP2A 3QW4B 1SW3A 3M47A 5F4WA 2QCDB 4FNRA 1Q3NA 3QFEA 4IUOA 3BG9A 3JS3A 4TIMA 5HUOA 1RD5A 2V81A 4Y90A 2H8ZA 1Z48A 1GG0A 5U7SA 1XCFA 1DL3A 3FOKA 1WYIA 3W7DA 3FIGA 3GR7A 1F5ZA 1VS1A 4XKYB 4YL2A 3ZR4A 3GVGA 3S1WA 1I2QA 2EKCA 4NNCA 4UTWA 3ABRA 3T55A 1H7XA 1QAPA 4Q4KA 3O8AA 3ZS4A 4XBSA 5CZJA 1P1XA 3GNNA 5LNWA 2Q8ZA 1OFAA 2ZDRA 5CPNA 1ICQA 2FJKA 1D9EA 3IEBA 2W79A 3STFA 1Q6OA 2VEPA 3LLDA 3LCWA 3NPUA 3PBYA 4WZHA 3S5ZA 3KFTA 2GPTA 3EWYA 1K7FA 4N4QA 4U28A 2E5BA 1OYBA 4OQVA 2PRLA 2JGYA 3KAOA 3O06A 1PL9A 3A5FA 4FHAA 3GNDA 4YMZA 2RDWA 4IOTA 4AWUA 4MIMA 4GJ1A 2OT1A 2RDUA 3MHGA 3VCRA 2FTPA 5CSRA 5LZLA 1UUOA 3I68A 3NL6A 4TX9A 3MP4A 3B05A 1F6PA 4NXSA 3QSTA 2QJGA 3BARA 5DCDA 3UXAA 1E51A 1LOLA 3DXIA 3THQA 4O8RA 3BG3A 2A7PA 3H54A 1I2OA 1F76A 1TRIA 4AH7A 2G96A 1ICSA 1I2NA 3S1VA 2C1HA 3VNDA 4ONVA 3P8IA 1EPXA 2Z2UA 8TIMA 2ZZ7A 4MJZA 4IMCA 1ML1A 1N8FA 1M7PA 2FFCA 3VKJA 3TJLA 3DFTA 5F4SA 3S5OA 3R13A 1P0KA 5SWUA 5GVJA 1ZENA 1AK5A 1GG1A 3E96A 3RNDA 2A1YA 3HGRA 1JRBA 5F2GA 4UMBA 1TPVA 3UNDA 5G4WA 1VCFA 3S6DA 4RKAA 2A4AA 5HWMA 4JDYA 3NQMA 4BI7A 3TKFA 1WQ5A 3UY7A 5EPDA 3PSVA 4LTSA 3WJSA 2WO5A 5K9XA 3S5YA 2AGKA 1FDJA 2FPTA 3E0IA 5AC8A 1GEQA 3P82A 1VCVA 1KFEA 1TPEA 2V5BA 4FXSA 2CU0A 3W23A 1UBSA 1OK6A 4M6PA 4UTIA 3W9ZA 3G1VA 3IIXA 2PCQA 4LS1A 1O4UA 1OHLA 3CM4A 4DO6A 3EWUA 5A8GA 3DFPA 1O94A 3W7LA 3TFCA 3VE7A 2X30A 5FESA 4UFMA 2CLKA 2A5HA 3PUOA 1LROA 3GKAA 4ICNA 3TU9A 1ZAJA 1OX6A 1ZAIA 1UCWA 2EHHA 3P84A 4H6KA 4NQ1A 1W54A 2YYTA 4LRSA 3W84A 3MHFA 4TR9A 3NAVA 2VOMA 3L5LA 3NQEA 3UPWA 4FX8A 3DHDA 2ZTKA 1PCWA 5EY5A 3G8EA 4JIPA 2XN2A 4O54A 3CIXA 3N9RA 3IIPA 3TSDA 1Q6QA 4IPIA 2QEZA 1KM4A 2C19A 4PCFA 1GOXA 2ZRWA 3DI1A 2Q8LA 3HO8A 3UQNA 3L21A 2GJLA 1L6WA 3PM6A 4GE8A 1XUZA 1SZEA 2RH9A 1YDOA 1XFBA 1R2SA 4GUGA 5F4XA 5TIMA 4MLJA 4I7VA 1QFEA 3TV8A 1VCGA 1GVSA 2B7QA 3UWQA 4Y8FA 3CU2A 4A29A 3I65A 5F1UA 3N2XA 2CZEA 1F05A 4UFKA 2WNQA 2ATSA 3W7OA 2QDHA 4JYEA 1YXYA 3NPVA 1H7NA 1NAL1 3S9YA 4Y96A 3CC1A 4CNOA 3CEUA 1S5WA 1JUBA 2WJZA 2C3ZA 2F7FA 2YW4A 3G1XA 4M6VA 1EIXA 4O13A 3G0UA 2E6AA 2Y7FA 1SFJA 1QR7A 3O63A 2NUYA 1G4EA 3NQAA 3PUEA 4G1KA 2E77A 1O95A 2B7NA 3V75A 2GUUA 2QUVA 4JTTA 4UTKA 2NXGA 3BW4A 4S2BA 2R14A 2V0TA 3RF9A 2E09A 3WK0A 3NQDA 3W7GA 1AMKA 1W31A 1SQ7A 1H5YA 4MY9A 5G4EA 5F2LA 3HBLA 5FF2A 1OFQA 3SSJA 2Y7EA 1OYAA 2DZWA 3QYQA 1H62A 1XBYA 5E1QA 3HQ1A 4N6FA 2KZHA 4RX0A 4WY0A 5AHNA 4UR7A 4PEKA 4GFSA 1H7OA 1VGAA 2XN1A 3QZEA 2ZTJA 1VC4A 1R2TA 2ZRYA 2VFEA 5LSMA 2WV8A 1FDZA 4LVFA 2XFWA 1GVOA 4HKPA 1JR1A 3NPXA 5BMXA 3LERA 3FJ6A 4N9EA 4UTTA 1RQEA 5DXXA 1LLWA 5FEWA 3SW6A 3ABOA 5AHMA 5EL1A 4WUIA 4J9JA 2WNZA 1B9BA 3DKLA 5D04C 4UTHA 4UCGA 5K7JA 4N9DA 4O14A 4O1CA 2WQPA 3IVTA 2CLFA 3GDMA 3TAKA 1OYCA 3CB8A 1SO3A 1GVFA 1W5MA 4UFIA 1B4KA 1LOSA 2DJXA 4NT0A 1SSGA 4TU1A 4DPQA 4MFEA 4FF7A 3OHIA 3LX9A 4UFLA 1FXPA 3I7QA 3EX6A 3LRKA 1PCKA 1W5PA 4XBKA 4NNBA 4DO5A 3SGZA 5CPMA 5IBXA 3OIXA 4LS2A 3WJYA 2HTMA 5CKSA 1I2RA 4OBTA 3B8DA 5K4ZA 5I3GA 3DI0A 4M5PA 4AB4A 5LNSA 3PVFA 2Z6IA 1UJPA 3NA8A 5D2VA 3FLUA 3NQVA 1TQXA 1A5AA 3TQVA 4O1AA 1KBJA 3UY8A 2GVLA 3OA3A 4K8EA 2X1TA 4IXXA 3TC7A 2XN0A 2JGQA 3PF3A 3W3OA 1W3NA 2H3DA 3W7PA 3KRZA 1DQXA 1FWWA 3OG3A 4X2RA 3PG8A 2QCFA 3P5YA 3B0PA 2A6NA 2V8ZA 4K39A 1KM2A 4JIQA 2J27A 2J9ZA 3EXTA 1YPFA 3IGSA 1DOSA 1KBIA 3NPWA 3A5VA 1IXNA 3G24A 5HR6A 2Y88A 3RMJA 3R89A 4O28A 1WDWA 1DJNA 1EP3A 1H7WA 3W83A 3EX2A 4JTJA 5C6MA 2Y70A 2E6DA 3QEZA 4AHPA 2ZYFA 5G1YA 4QISA 2V9DA 7TIMA 1MO0A 4GBUA 4WXYA 4QNWA 2ZZ4A 3OVPA 4YXGA 1TYGA 2VEKA 4UXDA 1OFEA 5FF4A 3TMLA 3TMQA 2GQAA 4N9CA 3S0CA 4YCOA 2GVGA 5BOOA 2Y61A 2FPVA 3W1TA 3MP5A 1ZAHA 1SO6A 3EX4A 2H3BA 4WY0B 1UASA 2CLMA 3PB2A 3W2MA 4PFMA 3FKKA 3W2UA 3GDKA 3GX9A 3IRDA 5I3FA 2Y7GA 1JRCA 4QITA 4L4LA 3LM7A 3LBMA 4HSNA 3WJXA 1MXSA 3MO7A 1TPFA 1C8VA 3W76A 6ALDA 2YYUA 3LHZA 1FCQA 3W88A 1TO3A 3LBCA 1HL2A 1H51A 4WY0F 2DJLA 4HNUA 1FWRA 3UZ5A 3PUDA 2OT0A 3TFXA 1G4TA 1JUKA 1DJQA 3LCGA 3MI2A 5J5DA 5K9DA 3F03K 3MYPA 1TPB1 1XI3A 3SFKA 3PWAA 4JTEA 1PVNA 5DBTA 2J9YA 1N7KA 4DQWA 2QDGA 1TIMA 1M5WA 2DORA 2DZUA 4H4IA 3G8RA 1EWDA 2HS8A 3W72A 1D3GA 1XBVA 3K30A 4WJEA 1H1ZA 3EXSA 4RZ6A 3QMRA 2JKEA 3R5EA 3TC6A 4RLIA 1TV8A 3SI9A 1W56A 3SY5A 2C15A 1F74A 1YDNA 1K02A 2CFFA 1KA9F 4GUFA 4KFOA 3C4UA 1ZY9A 4ZQPA 3W7KA 3CEPA 3I7RA 5D38A 3PULA 4K37A 5AYXA 5D33A 4MJMA 2A0NA 3PBUA 5EYWA 4K8HA 1AL7A 1RQBA 3GDRA 1H60A 2CLEA 4JICA 1FWTA 4A3UA 3UZJA 1TMHA 2G5WA 1G7UA 1TV5A 4O53A 4RZ4A 1QOQA 1BWKA 3E49A 5D30A 3TXZA 3GLCA 1TSIA 5DCEA 3D0CA 4JTUA 5KZDA 3WJWA 1OVDA 4N2YA 3RFAA 3TW7A 2Z0IA 5DBUA 2QCNA 4GC4A 1RR2A 4LY8A 4CNNA 3B4UA 4N02A 2YZRA 3LTPA 3C61A 4UTMA 3BLFA 4FNQA 4O1BA 4OE7A 2FDSA 4Y9AA 1HO1A 3NZ1A 1MSSA 3MI3A 1ME7A 1S5VA 3W2JA 4OV9A 2C0AA 2QCGA 1YDVA 2ABBA 4ORIA 2Y7DA 5AFDA 1GYNA 3L5MA 4TO8A 4O19A 4POCA 5LGXA 1KM3A 2O7QA 1S5TA 5L6UA 4K36A 4GNJA 3W75A 2Q3RA 1DHPA 1YADA 2ZBTA 3LCFA 5AN7A 3EWZA 3H53A 5TQLA 5KITA 4IWWA 1I4NA 4RV8A 3QF0A 5D32A 3TXVA 3B04A 2NWRA 3JR2A 5AHFA 4NU7A 3L2IA 1NVMA 1JCMP 4PA8A 2W0UA 1XC4A 2QJIA 4LUJA 3KXQA 3TQ0A 1KM1A 2YSWA 1RVGA 1RV8A 3O6CA 3GDLA 3W7JA 3H55A 4N6EA 1J2WA 3O16A 1XBZA 4UFHA 3W2LA 5KZMA 3F4NA 3LHYA 1NEYA 1R46A 2TSYA 3VI2A 4IGHA 5HQEA 3TROA 4PTNA 3STCA 2GOUA 2Y63A 3TDFA 4I7UA 3W74A 1EWEA 1TB3A 1FCVA 3L68A 4MY1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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