3PUL | Genus

Total Genus 108

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	108
sequence length	291
structure length	291
Chain Sequence	TIQGSIVAIVTPMLKDGGVDWKSLEKLVEWHIEQGTNSIVAVGTTGEASTLSMEEHTQVIKEIIRVANKRIPIIAGTGANSTREAIELTKAAKDLGADAALLVTPYYNKPTQEGLYQHYKAIAEAVELPLILYNVPGRTGVDLSNDTAVRLAEIPNIVGIKDATGDVPRGKALIDALNGKMAVYSGDDETAWELMLLGADGNISVTANIAPKAMSEVCAVAIAKDEQQAKTLNNKIANLHNILFCESNPIPVKWALHEMGLIDTGIRLPLTPLAEQYREPLRNALKDAGII

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__851496496077074__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__851496496077074__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3PUL/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__851496496077074__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"851496496077074","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3PUL/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__851496496077074__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cffe491e725ee1fe4aa2f27/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cffe491e725ee1fe4aa2f27/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cffe491e725ee1fe4aa2f27/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cffe491e725ee1fe4aa2f27/pdb.gz): 337 ms

reading 291 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

291 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:290});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Acinetobacter baumannii
publication title	Crystal structure of the complex of Dhydrodipicolinate synthase from Acinetobacter baumannii with lysine at 2.3A resolution rcsb
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthase
total genus	108
structure length	291
sequence length	291
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date	2010-12-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3pulA00

1PL9A 1P0NA 3GDLA 2GJNA 2HTMA 3BPWA 1TJRA 3W7JA 1TPEA 1JQVA 2ZCGA 3T78A 3R89A 2R8WA 2HMCA 4M19A 3W1RA 4M7TA 2E5BA 2DJLA 4FF7A 1D9EA 3G22A 5BRBA 4JTLA 3PUDA 4ZZ9A 5EKYA 4RLIA 3GKAA 3N9RA 4DBDA 1MEIA 2XFWA 3CLMA 5CGQA 1EP2A 1KLYA 3W7RA 2YW3A 1RPXA 3DI0A 3GZ3A 3MJYA 1TSIA 2GVJA 4RZ6A 3S5ZA 1UCWA 4DO5A 3NQEA 5FEPA 1KFBA 3NYZA 3TW7A 1U5JA 5G4EA 2EKCA 4JYFA 1ZHAA 4R7JA 2P10A 3NQ2A 3PSWA 5K7JA 3NQAA 1C9DA 4LY8A 4QM1A 5AC8A 1P1XA 3W2LA 1FDJA 3VCRA 4LVBA 3GXTA 3PVFA 1BTMA 4JX4A 5LHEA 4UTTC 3S6DA 2J6XA 1OK4A 1XBYA 3CM4A 3C0JA 3CIXA 3P60A 1EIXA 1RZMA 3TXZA 4QNWA 1KFKA 1H7RA 1I2QA 3GIYA 1M7PA 4UUIA 3W1LA 5SWUA 4YLWA 1K8YA 4MZ1A 3LTYA 1P5BA 3NXFA 1OYBA 3PBVA 2CZDA 4HN4A 3NPVA 1TPFA 2BLEA 4MYAA 3NQ6A 4JTSA 1I2PA 1KLZA 1HFBA 1X8FA 5D32A 1YXCA 1A53A 3WJYA 1K7FA 4IX0A 1YADA 3EX3A 1S5TA 3KFTA 2GQ8A 3O63A 4W9TA 4X9SA 1LORA 2A6NA 3UWWA 4KFPA 3WJWA 4O1DA 3S1UA 4O54A 3C56A 3ZR4A 5D09A 4ZQNA 1X6UA 1AL7A 3SR7A 1IIGA 3UNDA 1Q3NA 5AC6A 2NUWA 2QAFA 3LCGA 2YSWA 1Z42A 2B7PA 1B57A 2H90A 4YWIA 3HPZA 2YXGA 3T55A 3LLFA 5CZ0A 3TV8A 5J5RA 2QCCA 2H8ZA 2Z6JA 4PA8A 3W7MA 1O5KA 3EKLA 1W8SA 5C5YA 1WDWA 1NF7A 4RCXA 1H7NA 4EWND 2WNZA 1OYAA 3ATYA 4A2SA 1H1YA 3TFXA 3OA3A 3STFA 4C1LA 5F2IA 4JDYA 4Q32A 2VFEA 2CU0A 2P0OA 2Y7EA 3PUOA 3FKKA 3QSTA 3S1XA 1OF6A 1QOQA 1K8ZA 4FXSA 5D2YA 2YCEA 4XBSA 3WJZA 4YCOA 3HGJA 1LRTA 4WX2A 4AB4A 2JGYA 3W73A 1GOXA 2ZRXA 5KINA 1QPNA 5BMWA 4IMFA 3MYOA 3RNDA 1NEYA 3Q58A 4TU1A 3E02A 3G24A 5TBOA 3S1VA 1JCMP 3BG3A 1H50A 3STEA 1YTEA 2Z2UA 5IBXC 3R8RA 2YYTA 5LHFA 1PCWA 3EXTA 4MFEA 4O1BA 3MWAA 2Q8ZA 1W3NA 3HPSA 3TIMA 5HQEA 2JGQA 3KVLA 3LDVA 3W6YA 3NZ1A 4LVAA 4JR5A 4LS1A 1LRNA 1WQ5A 1H61A 4N4PA 1SFJA 4JYDA 3G1SA 4Y6GA 5K4XA 3B0UX 4CLMA 1A50A 1VGAA 2ABBA 2G5WA 3GNNA 3BGGA 3PS7A 1A5BA 2Y7FA 3LBCA 4IOTA 3P80A 3O6CA 1V7YA 3DH7A 4JIQA 1DKWA 4WOZA 2V0TA 5DN1A 3EXSA 3LRKA 4BFAA 3RU6A 3M44A 1FBAA 1XUUA 3G1FA 3EX2A 4A21A 1R2RA 3DFTA 4WY0B 1C8VA 4HNTA 3W2KA 1F2JA 2QJIA 4OWGA 1XBVA 4EF8A 3EWYA 3M16A 2D73A 3FJLA 3FLUA 3BLEA 1AK5A 3E9AA 3TNOA 4UNLA 4MUZA 1VJIA 3GAYA 3ZWSA 1KV5A 2DU2A 1SSDA 3GDMA 6ALDA 3PBWA 2JK2A 2V81A 2YX0A 4JD4A 4EVZA 2RHGA 3B04A 1YXDA 1GG1A 4X3ZA 2JBMA 2HS8A 3M5ZA 1KFJA 1L2UA 2G96A 1SO3A 3FEMA 3TSDA 2OMAA 4QJ1A 2OZ0A 2PE4A 4FO4A 1FWNA 1Z44A 1KW1A 5LNSA 3LX9A 2VEKA 2EAWA 2G95A 3P5YA 1YPIA 1H63A 2CLKA 4IMCA 2E5DA 4Z0SA 3B06A 5I3HA 4NX0A 2BX7A 2QDGA 3P62A 3E12A 3T40A 1GQNA 3N2XA 3LXCA 4CNOA 5D2XA 2CW6A 2ATMA 4NJJA 3DXIA 2ZTKA 3THAA 3LCWA 3N3MA 2WKJA 4GJ1A 3AO0A 1EB3A 1SZFA 4JDBA 3PBYA 3S42A 4TX9A 3RLVA 1PE1A 2NUYA 4WD0A 2A21A 4ML9A 2DZTA 1E51A 3M41A 5U7SA 2B7NA 1QPOA 1JVNA 3EKZA 4JTGA 3DBPA 3G0UA 1TQXA 1LROA 2QF7A 1VPXA 3W2UA 3NL3A 4AMAA 3CQ0A 3EWZA 5LGXA 1GTEA 2QCNA 4Z08A 3MO7A 3IGXA 3N34A 3M1ZA 1LZOA 2JKPA 2X1UA 2CLEA 3W87A 3FYOA 1T0OA 2A2IA 4UR8A 1X1OA 1MZHA 4ZMGA 3BLIA 3UD6A 2V30A 1OFPA 4WXYA 1QNVA 1SZGA 2QCGA 2VXNA 2DORA 3EX6A 4PFMA 5KZDA 2B7QA 3HG3A 3B4UA 2X2GA 1KM4A 3D0CA 1GTHA 1F73A 3MHGA 3H54A 4NVTA 4K7YA 4ALDA 4DQWA 3M43A 4JTFA 1XM3A 4TO8A 3W7EA 3UXAA 1HO1A 4PL2A 3HF3A 4LV9A 4UC5A 1N7KA 3ZS4A 3BGJA 3U8GA 3IIPA 5F1VA 1AMKA 1N8FA 4O57A 4KWWA 4MIMA 5HWJA 4D2JA 2Y89A 1KTBA 4OGZA 2E09A 1H7OA 1O94A 1SW0A 4MOZA 1GVSA 2R14A 1PS9A 1H7PA 3GLCA 5DY2A 2DZXA 4RJEA 1MEHA 4N6EA 4TMBA 1ICPA 4NJKA 4AXKA 3LCFA 1LCOA 4RR4A 4LS2A 3G18A 2ALDA 2NWSA 4MJMA 4Y96A 3W75A 3QQ0A 4EOUA 3MI6A 4K6AA 3I7QA 1DJQA 1YXYA 4NNBA 4HSNA 4A2RA 4CNNA 3R5EA 5KSWA 5D30A 2GOUA 3EEGA 4JY9A 3NG3A 3NGJA 3TXVA 1LOQA 3LXBA 1GVFA 3P67A 5D2TA 1QPRA 3PULA 1JUBA 1IGSA 2A4AA 4N6FA 2VKZG 4H6KA 3TKFA 1QCWA 2A85A 3MYPA 2Z0IA 4R33A 4UTMA 2NWRA 1LYXA 3DAQA 3LTPA 3QYQA 5I3JA 2CLOA 5TIMA 1DL3A 3T44A 1N55A 3IVTA 3QC3A 3G8EA 4JYEA 4Z1DA 3LOTA 4NZFA 5J5DA 1EX5A 3QSRA 1HO4A 3H55A 5ABTA 4FIRA 2WQPA 4PTNA 5HR6A 2WSRA 1F7BA 3EWUA 5IM51 1WYIA 1EP3A 2C18A 1DQWA 4POCA 1TREA 1JCLA 1QPQA 3A23A 1J5TA 4FNTA 3W76A 2GUUA 4IMDA 4L4LA 5DBTA 3UY7A 3DFOA 1L6WA 4M6VA 4FNQA 1ADOA 1KBJA 4O17A 5AHLA 1QOPA 3DENA 1UBSA 4ADUA 4MZ8A 4PH6A 3E0IA 3LERA 4ICNA 1QO5A 3LV5A 1XXXA 1FXQA 3TJXA 1JRCA 1EWEA 1Z41A 3BK0A 1JUKA 1RQEA 4U28A 1G4SA 3U2OA 1OVDA 2I9EA 2PRMA 2VEPA 4UR7A 5BMXA 1M6JA 3W1QA 1Q6LA 1GWJA 1GVQA 1I4NA 1OFAA 3CB8A 1KBIA 4MYXA 4LTSA 5L9FA 1ME8A 1H1ZA 1W5MA 3A22A 2ISVA 4UTLA 3OVQA 2GJLA 4RXGA 3GYEA 4O19A 3W7PA 3ABOA 4UTKA 3TQKA 3TC6A 1R30A 4GC4A 1G4PA 1TO3A 1J2WA 3HIJA 2CLIA 3GXNA 1EUNA 2QCLA 2FB3A 3NQ7A 3CT7A 3NQDA 4OBTA 1WOAA 3SJ3A 3VE9A 4IWWA 2XN0A 3L5MA 1ZAJA 1HTIA 3T4CA 3W2NA 3FIGA 3O8AA 3IEBA 5TQLA 3CHVA 3RFAA 3SECA 1VZWA 3SIZA 1Q6QA 1TYGA 2A6LA 3VI2A 3E49A 3DFQA 3L67A 4LRSA 4M6QA 2QAPA 1UUOA 3NOEA 3A5VA 1W56A 3GK0A 1FCUA 1WXJA 5F2GA 4PCFA 2V2CA 4MY9A 2ZRYA 4NNCA 2Y88A 4LW7A 4GWEA 4DF1A 1LBLA 3P82A 2ZZ3A 3PBUA 5BOOA 1W3TA 3WK2A 4ZQOA 1I2RA 5G5IA 4ZQMA 4ZQRA 2J9YA 4N02A 4OV4A 1ONRA 3PY2A 2C14A 3EWWA 2J88A 5LNRA 3QFEA 5CZJA 4UTHA 4UMAA 2C13A 2QR6A 4JTKA 3NPUA 3FS2A 3NPWA 1FDYA 1SO6A 1BKSA 2ZZ6A 3KOFA 3NQ8A 4WOQA 1Y0EA 1KV8A 4ZVJA 5CG7A 4GBUA 3S9YA 3M9YA 1OJXA 3O16A 1KM0A 4QITA 2OX1A 5HUPA 3DFSA 4QISA 1OF8A 2V5BA 4OHQA 3TFCA 3QPZA 1IXQA 1GYNA 8TIMA 4JTIA 2BXVA 4QNEA 1SQ7A 4L4MA 3P5ZA 4BI6A 2WO5A 3FOKA 5AYYA 4S2BA 2FLIA 1KM6A 4E2DA 3GDKA 4JTJA 5U4NA 5KTLA 3TQVA 5EA9A 4WZHA 3HGOA 1TV8A 2VFHA 1G7UA 1IF2A 3TCEA 2OJPA 3MHFA 3MI3A 4QAIA 4BR1A 1K8XA 3K30A 2ABAA 3NQFA 3GX9A 2QUUA 4N4QA 2X1SA 1LOSA 1ICQA 2ZZ2A 3L0KA 4MPQA 2PCQA 2X1TA 3WFAA 3IGUA 1LLZA 4XTIA 3WK3A 3O05A 1JCYA 3GXPA 3MBFA 2A1YA 3N73A 4UTWC 1ME7A 5CPLA 1RQHA 1RD5A 4UFIA 4UCGA 3R2GA 3UYCA 1VLWA 5HMSA 3E96A 1VCFA 3LHYA 3QW3A 1WBJA 3NQCA 3W1MA 3W7GA 1T96A 3QMSA 4K7VA 1PHWA 4TMCA 5FF0A 3ABQA 2CFFA 1ZFJA 4DO4A 4XBKA 4DPPA 4AAJA 3UWZA 3PB0A 5GVJA 3MW7A 3GAKA 4WY0F 5FF3A 1G6CA 4ORIA 1P0KA 5BNKA 1ZY9A 4FX8A 2Q3OA 5AHFA 3BLFA 2OT0A 4CQ9A 1GJPA 2ZA2A 3BG5A 4GUIA 4ORMA 4XKYA 1YDOA 4JGDA 4R53A 2C6QA 1NAL1 1J4EA 5I3FA 4MJZA 1IXOA 3HPXA 2A7PA 1OX5A 2Y62A 4Z1AA 3G1AA 1K7XA 5D03A 4Y9AA 5K9DA 1VR6A 2C0AA 4N9BA 4RV8A 1KM1A 3ABSA 4E2BA 5DELA 4E38A 1QR7A 4MVAA 3LCXA 2YR1A 2WNQA 3TR2A 3LV6A 4NQ1A 1PIIA 1OFDA 3MP5A 2V2HA 3HG5A 1H62A 1TPH1 1IXPA 3FYPA 5D37A 1SSGA 3L65A 4MZYA 4BF9A 3G3MA 4NXSA 3IIVA 1F5ZA 1R2TA 1F6PA 2WSYA 5AB3A 1UJPA 4CCEA 3BVJA 3QMRA 2R91A 2Y63A 3RMJA 3NQGA 3UZJA 5AC7A 1EA0A 3UWVA 3RLUA 1SW7A 1F74A 4UFHA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3PULA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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