3PVF | Genus

Total Genus 97

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	97
sequence length	246
structure length	246
Chain Sequence	RKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHFERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVSFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Probing the role of the fully conserved Cys126 in triosephosphate isomerase by site-specific mutagenesis--distal effects on dimer stability. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
molecule tags	Isomerase
source organism	Plasmodium falciparum
total genus	97
structure length	246
sequence length	246
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2010-12-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3pvfA00

4WX2A 3S5ZA 1WAUA 4ZVJA 3I6RA 5HWJA 3WFAA 3DI1A 2J9YA 3UZ5A 3LCIA 3S1UA 4NX5A 1VLIA 4BWLC 5G2IA 2P1FA 4HT3A 2ISSA 3G3DA 4DBEA 4UTKA 3W2JA 3IIOA 4M7TA 4O28A 1P1XA 1H7XA 3WJSA 1ALDA 1LRNA 5D02A 4LS2A 1GZGA 4RXGA 4LT9A 5KZEA 5G4WA 1P0NA 1KFLA 3W1NA 3PB0A 4M6QA 4AXKA 4AWSA 1XBVA 4MYAA 4MY9A 1OHLA 3C2EA 1TPUA 2C19A 3FLUA 3O05A 1NF7A 4H6KA 3TR2A 5DBUA 2C15A 1YDOA 3C52A 3HO8A 3W2UA 1QPNA 5DCBA 1OX6A 1G69A 1GPWA 3M43A 3EX6A 1JCMP 3EB2A 1KFBA 2ATMA 1ZAJA 4OV9A 3OA3A 4EOUA 3UWQA 1AW1A 4K7YA 4DF0A 2FPYA 3P5ZA 1KBIA 1NF0A 1QCWA 2ABBA 4XTDA 2ZZ1A 3L5MA 1Z48A 3KRSA 1LLWA 3KVLA 5SWUA 2ZRZA 5FF0A 1YTDA 3F1QA 3W73A 3OHIA 1PL9A 1TRDA 1XFBA 3W1MA 3P60A 1K03A 4JYEA 3S5YA 1DKWA 3HG4A 4UR7A 1PS9A 3MP3A 1D3HA 4JTTA 3GDKA 1VC4A 3LI1A 2V30A 3F4NA 1K7EA 1A5AA 4ALDA 3LHYA 2QCDB 2ZQ0A 2E68A 3DU0A 1QFEA 3HPZA 3UY8A 4JICA 4CCCA 2WJZA 4MKNA 3E02A 4O1AA 2QCLA 3BARA 3S5NA 1FCQA 3STCA 1K3UA 3EWYA 5J5DA 3PUDA 3THQA 1KA9F 2H3BA 2NUWA 3C2FA 4MY8A 4AF0A 3NR0A 1GG0A 1SW7A 3G24A 4UTIA 2GUUA 2J9XA 4PH6A 3Q58A 2H90A 4M7SA 1EUNA 4IMCA 4AB4A 1PIIA 2OMAA 2WQPA 4HNUA 4O0KA 1W31A 3P80A 1FWWA 1T99A 1X7FA 3W1TA 3MP4A 4MOZA 2D73A 1HG3A 5DELA 1QAPA 1R47A 1M7OA 4RK8A 3LXBA 4U28A 2Q8ZA 3NQ2A 3P61A 1V5XA 4O50A 1C29A 3W1RA 4AWUA 2AAMA 5HR6A 4O4WA 1DJNA 3A22A 1D3GA 3NG3A 3S8HA 2XN0A 1Q6OA 4NVTA 3A9IA 3HIJA 3PBYA 2NX1A 1KV5A 3ABQA 4NJKA 1VRDA 3G1XA 3NM1A 1TJPA 3LCLA 4BK9A 3TV8A 5C5YA 4RZ6A 2WO5A 4JY8A 4Q32A 1OX4A 3ZS4A 3E96A 4JTKA 5AHEA 4UCGA 4K8HA 3NQFA 2CZ5A 3CWOX 4HSOA 2NV2A 3V1PA 1ADOA 5LHEA 1DORA 2JKPA 4M5PA 3HMJG 5HNRA 3N19B 2Y61A 1MSSA 1FWTA 3LHZA 4HNNA 3KOFA 2R94A 2PRHA 1EUAA 4QIUA 1XBXA 2A0NA 4UNLA 3TAOA 4K8EA 3UPBA 3IGUA 1XC4A 3CT7A 1Q6RA 3C2OA 3WK0A 1GYNA 3BO9A 3Q37A 3NDOA 5AC6A 4KKXA 4TMCA 5DCEA 3PBVA 2NWRA 1XBZA 1LZOA 3DHFA 4JEQA 1EX5A 4FIRA 3R89A 5E1QA 1WXJA 1J4EA 2DZVA 3DBPA 3M7WA 1SO6A 5D30A 3PR2A 2WOQA 3G0UA 1EPXA 4FF7A 2B7NA 3PULA 2VEPA 1TPB1 3W7PA 1F76A 2TYSA 4D2JA 1H7PA 1H7NA 5L9FA 3W2KA 3W7JA 2Y7DA 2QCFA 5LHFA 2BZNA 1TPDA 4HSNA 2G5WA 4ML9A 2CLKA 4JXCA 1LOSA 3CIXA 1VH7A 1FQ0A 1DV7A 1TTQA 2QR6A 4BI6A 3W85A 1KLYA 2X2GA 5FF4A 4RX0A 1JJKA 4XTIA 2GVLA 3P62A 1F6PA 1SZGA 4FX7A 2NUXA 5HJLA 1W37A 1AG1O 1DOSA 3Q2DA 3BG5A 1TPC1 2I9EA 3DFOA 3HB9A 3L0NA 4BWLA 1NVMA 4JIPA 3S0CA 3NQ8A 1IXPA 2WNNA 2RH9A 3TXVA 3GR8A 1UASA 3NL3A 3Q94A 1UJPA 5J5RA 3O63A 1JULA 3FYPA 3BV4A 1W0MA 5AC8A 3LLDA 1K8ZA 4GXMA 1LOLA 4RZ5A 1QO2A 4GUFA 1YDVA 3N34A 4LV4A 1R2SA 3TNOA 1TPWA 1JVNA 5DLCA 3TDFA 3F03K 3K30A 4MVAA 4PC8A 4G1KA 3EWBX 5TQLA 5D03A 2R8WA 3L67A 1LCOA 1YADA 3L5AA 3LV5A 3IVTA 4AH7A 3HGJA 4Y9AA 2A2IA 1A5BA 3TQ0A 2W0UA 1VCFA 5L6UA 1W3IA 4Y8FA 2JKEA 3TA6A 4E0CA 1W5PA 1L9WA 1DL3A 2FIQA 1SZNA 3T7VA 2DZXA 4Z0JA 5CZJA 4UTJA 1LM1A 4RZ4A 3BG9A 3KRUA 2QF7A 2EKCA 3EXRA 2QAFA 1UCWA 4LWWA 2VFDA 2TPSA 2JBMA 3W7LA 5LGXA 5LZLA 1L6SA 4X3ZA 2ISWA 1FUYA 3CWNA 4YCPA 4KFNA 4MLJA 2X30A 4QNWA 5CGQA 1BTMA 1SR9A 3DKLA 1PE1A 1HUVA 5CSSA 3R8RA 1KBJA 1SO4A 3W75A 2E6YA 2YW4A 8TIMA 2E77A 5G2WA 1Q6QA 3B04A 2J9ZA 2NX3A 5D05A 4O54A 1C8VA 1H51A 3BW3A 3LCFA 4QJ1A 3QMTA 3SSJA 1Y0EA 3FJLA 3FA5A 3E12A 5CG7A 4C1LA 5LSMA 3ANYA 3QQ1A 4OBTA 1BWKA 2J24A 1E51A 2C3ZA 2RDUA 4MZ1A 4YLWA 1OF8A 1M6JA 1XUUA 4A2RA 1GVSA 3DFQA 3TFXA 4QISA 4WOQA 2FFCA 3CHVA 2R91A 3S9YA 5BW6A 1B57A 1ONRA 2H8XA 4U4MA 3GXTA 4O14A 4ZMGA 3H53A 1Z42A 2QKFA 2A85A 3CU2A 3HG3A 1J5TA 3B06A 1YXCA 3G22A 4QQ3A 1TO3A 2ZRUA 3QYQA 3MO7A 5D32A 3LCHA 4M19A 3F4WA 5EMUA 3N2XA 3LTSA 2OZ0A 4JN6A 3W1QA 4IUOA 4A21A 4N2YA 5KZDA 5KITA 1V7YA 3W22A 5K4XA 4CQ8A 1S3HA 3LHWA 1NSJA 2QAPA 3DKJA 3QMSA 3TU9A 2C0AA 3QPZA 4UTTC 4JIQA 3W7EA 4YMZA 3PSVA 5F4WA 1JRCA 1JCLA 2QCCA 3O8AA 1T0OA 2VEKA 1P4CA 3P82A 3QZEA 1XL9A 3HBLA 3C8FA 1QNVA 3MWAA 4O57A 2VOMA 3GAKA 4MZ8A 1DHPA 3R12A 3GDTA 3TXZA 5I3JA 4YXGA 3MYPA 3TQVA 2RDTA 5BNKA 3OIXA 3QSRA 1VZWA 3PAJA 1U83A 3STGA 1M7PA 4IMEA 3GZ3A 2A7PA 1KLZA 2QEZA 2V5BA 3G1YA 4AF0B 2PC4A 5FEPA 5CPLA 4EWND 2Y7EA 3EWUA 4Q4KA 2HTMA 3U6WA 4A22A 1QOPA 2WSQA 2B4GA 4FB7A 3NVTA 1FDYA 3VE9A 2VFGA 2QDGA 2CZEA 2Z0IA 4O17A 4YCOA 4LS0A 1XDLA 2Q3OA 3NEVA 2ZA2A 1MO0A 1H7RA 1XM3A 4IMGA 3EWZA 1IGSA 1QPQA 2GQ9A 1I2RA 1ICPA 1FWSA 4X9SA 3EX3A 1QDSA 1WA3A 4TIMA 1GOXA 4N6EA 1RR2A 2PRMA 1GVFA 1F7BA 4O11A 3BPWA 2VFHA 2H6RA 1HO1A 2ZCGA 4UTMA 3S1VA 3W9ZA 3NQDA 4UTWC 3PG8A 4R53A 1OX4B 3QRHA 3SI9A 4HPXA 2E5DA 5F2LA 1XI3A 2CFFA 3W1LA 1QR7A 1G6CA 4JDBA 3LCXA 1VCVA 3W1PA 4HNVA 2WPBA 4DO4A 4AMAA 2FPTA 3UWUA 4MUZA 3GB6A 1XUZA 1BWLA 3M6YA 4CCDA 4DQWA 4DELA 4LVBA 5T26A 3G1SA 2YZRA 2V5LA 3LOTA 4Y6GA 5DXYA 4LS1A 1QOQA 1EWDA 1TPH1 5F1UA 4EIVA 1B9BA 1OX5A 4X2RA 1RV8A 4LVAA 2GQ8A 1TTJA 1JCNA 1Z44A 5LNUA 1W5NA 5BRBA 3M41A 4ADSA 1ML1A 3N3MA 3SR7A 1VPXA 3W1UA 3QJAA 3H55A 2DU2A 1ZCOA 4MYXA 2GJLA 4FNTA 3STFA 1MEWA 1KFEA 3IVSA 2YX0A 2B7OA 4AHOA 4A29A 2BXVA 2W6RA 3NPUA 3W07A 3EX1A 3LCGA 3M0ZA 2Y85A 2QUUA 1FWRA 4NZJA 3DGRA 1L6YA 2VC6A 3MYOA 2HS8A 3LB0A 1UBSA 4N9BA 3USBA 3W3OA 3IEBA 2NZLA 5BMXA 2JGQA 2QJIA 1SZEA 3W87A 3W7CA 2NXHA 2V0TA 1W5OA 1ZAHA 4GWEA 4ADTA 1Q45A 3TIMA 4OHQA 4I7WA 4TO8A 1DVJA 4QM1A 4UTUA 3RLUA 4O13A 2VFEA 1PHQA 3NL5A 1JCXA 4LW7A 2A6NA 2RFGA 4UFHA 1TIMA 4GUJA 1KM1A 3CM4A 3EX4A 3P67A 3G1HA 1OG0A 5D2VA 3GNNA 3KX6A 2DZPA 1IXOA 5CSRA 1KM6A 1W8SA 3ABOA 5HWMA 3LV6A 4JTLA 1TSIA 1G4PA 3KVKA 2QJHA 4TX9A 5FEXA 4O12A 2ZTJA 3YPIA 1B3OA 3AJXA 3BVJA 3NGJA 3TK7A 1X1OA 2OJPA 2OT1A 2WNZA 2YSWA 1YDNA 2Z2UA 4K7VA 2Y70A 3GLCA 4UFJA 2Y7GA 3TE9A 3G8RA 4ZL1A 1YXYA 3CQ0A 2ZRXA 3KXQA 4BFAA 1THFD 4E38A 1K02A 4WUIA 3W70A 3L0KA 4J9JA 1GTHA 1W3TA 3ELFA 5AYYA 5KSWA 2GJNA 4FNRA 2BTMA 2C18A 3EXTA 3S5OA 1I4NA 1SU5A 2NXIA 1WX0A 1OYAA 3N9RA 5IM51 3JR2A 4QNEA 1HTIA 3BGJA 4H3DA 3CC1A 4UTTA 1ZENA 1W5QA 4FIQA 3KAOA 2FQIA 3MMTA 1PVNA 2G96A 2ATSA 3NAVA 1IXQA 4WZHA 3M9YA 4MZYA 2EAWA 1F6KA 1H7OA 3HJZA 2CLOA 3NZ1A 3O1NA 5AFDA 2EHHA 3C4UA 4KWVA 2ALDA 1FWNA 4NZFA 3T4CA 1N55A 1HFBA 1H63A 3A24A 2FLIA 3IGXA 3GKAA 5HMSA 4IMDA 3ATYA 3QFEA 1HL2A 1FY6A 3D0CA 3NPXA 4ZQOA 4LOCA 5EYWA 1O5XA 2E09A 4IPJA 2JK2A 4KFOA 1DQWA 3N73A 4JY9A 4A2SA 1VYRA 2ZA1A 5FF3A 3BW4A 1K8YA 3SJ3A 3IIZA 3W2NA 1YXDA 1KM0A 1I2QA 2HMCA 2V2DA 1BKSA 1WYIA 1H61A 1LTDA 1OFPA 3GNDA 4ZQNA 1LBMA 3A5VA 3DFPA 1GYLA 4OQVA 3W72A 2ISVA 2B7PA 3JRKA 1OFRA 5F4XA 1QMLA 1Z41A 1TPEA 2P0OA 3NO5A 2QCMA 1GJPA 3WJZA 5F2GA 4LVGA 4LUJA 3O15A 1I2PA 3G18A 3HGOA 3CTLA 1FCBA 3I7QA 2A5HA 1F05A 1SZFA 4P2VA 3BLIA 1K7XA 5K3VA 5CPMA 3L68A 2C14A 2OT0A 1SW0A 4UTWA 3QH2A 5AN7A 1ICSA 4GNJA 3W7OA 3SECA 5E0KA 5EKYA 2BLEA 2LLEA 5F1VA 3FS2A 2WV8A 2E6FA 1AW2A 2WSRA 2DZWA 4R33A 2AQWA 1ZY9A 3TAKA 3A21A 3OVPA 1KFKA 1M5WA 2VENA 2XFWA 4AVFA 2X1UA 3G8EA 4N02A 3NQAA 3L65A 1FBAA 1KW1A 1GEQA 1EP3A 4M6VA 1OYBA 4IXXA 3THAA 4UFMA 2Z6JA 4JS3A 2NWSA 4RXFA 4O0ZA 4YWIA 3CLMA 3G1DA 4HIBA 1I45A 3SIZA 3W2LA 3EWWA 1IXNA 2GVJA 3P8JA 5I3IA 2V2CA 3SW6A 4GJ1A 1XCFA 3LRKA 3PS7A 4Q33A 3HF3A 2ZRYA 2Y89A 3OVQA 4LNYA 3ZWTA 3GDRA 4LY8A 4BI5A 1H50A 1S5TA 4FNQA 4PCFA 2X1TA 2ZBTA 1G4EA 4JYFA 3EKZA 3TCEA 3T44A 1NEYA 2ZA3A 3UWZA 2JKAA 2TRSA 5LNRA 1VLWA 3LX9A 3L5LA 4WJEA 5HR7A 2FJKA 2H8ZA 4QITA 5HINA 2X16A 2A1YA 2BWGA 4JTGA 2DZSA 1ZFJA 3W7GA 4KFPA 1YYAA 3PUOA 3H54A 3HPSA 4O18A 1R2RA 4ZQPA 3P8IA 3W71A 3R13A 4B5NA 1KM5A 3NOEA 3P74A 1YPIA 3RNDA 1EEPA 2JGYA 2YYTA 4LV9A 1FCUA 1IIHA 1OFAA 3UWYA 4UTLA 2J6XA 1AK5A 4DPPA 1KV8A 4P61A 3N14A 3IGSA 1CI1A 3DFNA 3IIPA 1PCWA 1G4SA 5IBXC 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3PVFA

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