3PVF | Genus

Total Genus 97

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	97
sequence length	246
structure length	246
Chain Sequence	RKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHFERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVSFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Probing the role of the fully conserved Cys126 in triosephosphate isomerase by site-specific mutagenesis--distal effects on dimer stability. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
molecule tags	Isomerase
source organism	Plasmodium falciparum
total genus	97
structure length	246
sequence length	246
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2010-12-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3pvfA00

5HWNA 2HSAA 2JBMA 3DH7A 1G4EA 1XDLA 2YX0A 4O1BA 1U5JA 3DHFA 5DCDA 3S9YA 3N2XA 3QEZA 4HNUA 3C2OA 3HG5A 3PSWA 1EUNA 2O7SA 2YW3A 3JS3A 5AHLA 5C54A 4M5PA 1YXCA 3DBPA 3VCRA 4O52A 2GVGA 5DN1A 2YCEA 1J4EA 2BX7A 3EWZA 4K38A 1HUVA 1MEIA 1BKSA 3FKRA 2NUYA 2CLMA 3LBMA 1E51A 1S3HA 4NJKA 1ZCOA 2QCHA 2QEZA 3LERA 4Y9AA 3IGSA 1OF6A 4DXVA 1NSJA 3W86A 1TQXA 5HMSA 4RXFA 4JGDA 2E6AA 5C2XA 1LORA 1AL7A 2X16A 3QH2A 4JTHA 1RR2A 1OJXA 3I65A 1HO4A 5FF2A 3KVMA 2WJZA 1KFCA 2ZQ0A 2TSYA 4DF2A 5F2IA 5LGZA 1YLVA 4Z08A 3W22A 3HBLA 4TU1A 2YFOA 2ZCGA 5EA9A 2YR1A 1DJQA 1A5CA 1IXOA 5D33A 2YXGA 4ZVJA 5BMXA 4H3DA 2Z6JA 5DCBA 4TMBA 2VENA 1B4KA 2QJGA 3P84A 3QZEA 4LTSA 1YDOA 4NUWA 4N9DA 5AHEA 2FDSA 3WK2A 2Z1BA 1OHLA 4LRTA 1QPNA 2P1FA 4W9TA 5D2YA 1NFBA 3LCGA 4JXCA 2G95A 4O18A 1TTPA 3W72A 1A5SA 2D73A 1JVNA 3CEUA 2H3BA 3CEPA 3NAVA 3W7RA 2A1YA 2GUUA 2QUUA 2WNNA 1KV5A 3GYEA 4X22A 4UFLA 4QIUA 1OK6A 1XBYA 1JUEA 1DJNA 2QCMA 4YLWA 5FF4A 4L4LA 1VPXA 3W7MA 4K36A 3P8JA 3DXIA 1OFBA 4M6VA 4BWLC 5J5DA 1TPH1 3N9SA 5AC7A 2HS8A 4JTSA 2DZUA 3O05A 1XKYA 3LCIA 4A3UA 1SU5A 1K7XA 4MPQA 2YYTA 4UC5A 3LGEA 3MJYA 1WBHA 1Q6LA 1H7NA 1UJPA 5D2WA 4PCFA 3NYZA 4PEKA 1P0NA 1HFBA 4MJZA 3W1MA 2NWSA 3PY2A 3W1RA 1ZJIA 5J5RA 3ZS4A 2R14A 2A5HA 3C6CA 3BG9A 2ZTJA 3EX2A 3EEGA 4I7WA 4A29A 4PFMA 2NXIA 5DELA 3NDOA 1W3TA 2A21A 4IXXA 1ZENA 5U7SA 5FESA 1LCOA 2QF7A 3F4NA 3RF9A 4XUGA 4G1KA 6ALDA 1W8SA 1HTIA 3UXDA 3GDMA 4NJHA 5HNRA 4WUIA 5CZTA 3LTPA 1I2QA 4H4IA 5AC8A 3CIXA 4AVFA 1DL3A 4AB4A 3W70A 3STGA 4JTEA 3LXCA 2E1DA 1FQ0A 3EWBX 3KFTA 5AN7A 2H8ZA 4NNAA 4O28A 4OWGA 1LDCA 2ATSA 2ZRYA 4Y6GA 4NX0A 4IXHA 1JR1A 2FIQA 3W2KA 4L4MA 4C1LA 1G7UA 2RDTA 2DZTA 4JTTA 5D30A 3GAYA 3DFTA 1FCBA 2VFIA 2X1RA 2R91A 1VLIA 3TFXA 5K7JA 3R5EA 3QMTA 4MY8A 1I4NA 3GDKA 1JUKA 5BMWA 1TPB1 2WO5A 5A5WA 3SECA 1F6KA 1UB3A 5LHFA 3M5XA 4BK9A 3CM4A 2R94A 4ZQRA 1T0OA 5AHFA 3STCA 1DKWA 1SZFA 1T99A 2Y7GA 1OX4B 4ONVA 1IF2A 4YCPA 2QCGA 2OT1A 2V81A 1QO5A 2V5BA 5I3HA 3HB9A 2ZRWA 3L2IA 1GVOA 1QOPA 2EF9A 4R53A 5F2MA 3B8DA 2QCDB 1R47A 1K3UA 3UWQA 3HPZA 3BG3A 3L0NA 3LB0A 4I7VA 1P4CA 1LOQA 4JICA 3G1VA 5HWJA 2X1SA 1ME9A 5EY5A 1TYGA 5IBXC 4XKYB 2ZA3A 3S1WA 4DPPA 1LTDA 1WV2A 3MYPA 1NF7A 4MKNA 2RDUA 4O14A 3ABQA 1H7OA 2ZBTA 3PF3A 1OFAA 4R34A 2WSQA 1H1YA 1RV8A 3W1PA 1W5QA 3H55A 2E68A 5K4ZA 3L0GA 2XN0A 4FNUA 4UIOA 4EF8A 1KBJA 1KBIA 4NZJA 5AYZA 3OBKA 5KSWA 1A53A 1ME8A 3UWZA 4TR9A 4UUIA 4GXMA 1LROA 2OJPA 1K7EA 3GAKA 4UFJA 2VFEA 4GUFA 2CZFA 4OU1A 3W7DA 1N55A 2Y7DA 4GWEA 3G1SA 3W7JA 4MFDA 3UQNA 2QCFA 4BI7A 5I3FA 3MHUA 2RHGA 1U83A 3W7CA 5EL1A 1QAPA 3TCEA 3PULA 1KFLA 4HIBA 3O6YX 1V7YA 3ZR4A 3H54A 4N2YA 1Q6QA 3MP5A 2Q3OA 4ADTA 5SWUA 2PE4A 1AL8A 3LV6A 3T55A 3BV4A 3UWYA 2EHHA 3JRKA 5AOUA 1H7WA 2ABBA 2VEMA 3L5LA 4NU7A 1XUUA 5G1YA 2Y63A 3MWAA 3YPIA 1KTCA 1YXDA 4LVDA 3USBA 1OF8A 3PBWA 5EBUA 3WK1A 1THFD 3DI1A 3TW6A 2CZ5A 4CNOA 2B7NA 3BW2A 1K8YA 1KLZA 3LTSA 4UR8A 3LCLA 1X1ZA 4J9JA 2Q8ZA 5AYYA 1GVRA 1VLWA 4LS1A 1W0MA 1OFOA 4UTTA 1KM4A 3FFSA 1AW2A 5CGQA 2J24A 1GPWA 3SIZA 4DF0A 1TRIA 3UZJA 4AEOA 3SZ8A 4NNBA 2DJLA 5I3KA 5U4NA 2P10A 2FLIA 3DAQA 1Y0EA 3WJZA 3NQ2A 3W2NA 1K02A 2VOMA 4DBEA 3P7YA 5DY2A 2CWNA 2NV2A 3S1VA 5HUPA 4JYEA 4B5NA 4K37A 4JDBA 5IM51 4GUIA 4QITA 1W5PA 1PV8A 3TKFA 5E1QA 4FHAA 3EXTA 3RK8A 5FEXA 2X2GA 3TQVA 3WFAA 2XFWA 4O15A 1F73A 3G8EA 3O6CA 1DHPA 3LRKA 2NX3A 2GOUA 4HNVA 4Z1CA 2J27A 1MSSA 1L2UA 3IGXA 3QYQA 8TIMA 1PVNA 2FJKA 4AWTA 3P8IA 1TIMA 1DORA 3S1UA 3CWOX 3QW3A 2PRMA 2DZVA 3B05A 4LC8A 2NZLA 3BARA 4UXDA 4JTIA 1GTHA 2JKEA 1KTBA 1IXPA 3QPZA 3W7LA 5CZJA 3MI3A 3VE9A 1YYAA 1WOBA 3R12A 4JTGA 5EMUA 3HF3A 4JY9A 1TPFA 4EWND 3TC7A 3ABRA 1SPQA 3UPWA 1KTNA 3MHFA 1ML1A 3TK7A 4IUOA 5KINA 3NG3A 1EP2A 4E0CA 1HG3A 2TYSA 1XCFA 1LP6A 4ADSA 1M5WA 3RLUA 3GDTA 3RU6A 3EX1A 1GVFA 2VELA 2C13A 2CLEA 3W2UA 3F4WA 5K4XA 3W71A 1WQ5A 2BSLA 4Z1DA 1LZOA 3B0VC 1KA9F 1O94A 3MUXA 1P0KA 3VFLA 2QCLA 3T4CA 1OFDA 5FF0A 4OBTA 4OGZA 1W37A 3O63A 4R33A 5F4WA 4R7JA 2PRLA 1EPXA 4A21A 4Y8FA 1LRTA 3EKLA 4JY8A 4HPJA 4E2DA 3MBDA 3KXQA 4BF9A 2GJLA 1RQBA 5AB3A 3W7OA 3IIZA 4DO5A 1OFEA 1K8ZA 3FJ6A 3M47A 5EYWA 3OEXA 5HWMA 2ZTKA 5I3IA 4K6AA 1T8XA 1KV8A 4CNNA 3TFCA 3GK0A 1VR6A 3B4UA 1B4EA 2PC4A 3PSVA 1LRNA 3QSTA 3VKJA 2J9YA 3QSRA 2NLIA 3KHJA 3FJLA 4NJIA 1AW1A 3G1YA 6TIMA 5D32A 4M6PA 1XDMA 4O0ZA 1T96A 1O95A 1ONRA 3EWUA 4P61A 2EKCA 3CIWA 3MW7A 2CZEA 3THAA 2B0MA 2J9ZA 1VYSX 2QJHA 4N4QA 3GXNA 4Y90A 1EA0A 2A2IA 3R89A 1R2RA 4ML9A 1OK4A 5FEPA 2V5LA 3PUDA 5K9CA 4O1CA 5FEWA 3BPWA 3UXAA 1B9BA 1TO3A 1FWWA 1EEPA 3S42A 4IMEA 3CU2A 1G69A 3NA8A 1FX6A 3NR0A 5BOOA 2CLKA 1H61A 2YSWA 1XI3A 2DZWA 1DV7A 4LVFA 3NQMA 3ATZA 2QAFA 3I6RA 3IRDA 1TPUA 5G1TA 1ADOA 5KZMA 4Z1AA 3PM6A 1GQNA 3M16A 4HHPA 3V1PA 1JUBA 3W1LA 3W1XA 2B7PA 3N19B 4RKAA 3GVGA 4MZ8A 2EPHA 3QC3A 3NQ7A 3W2MA 1ZAIA 2TRSA 3FEMA 1QO2A 1K03A 3IIVA 3FKKA 3FIGA 1H50A 3QRHA 3IV3A 2NXGA 3NQGA 3IVUA 3NPVA 4JDYA 4Z1BA 5DXYA 1M6JA 5H2ZA 4K8HA 4YMZA 4ZMGA 3G1AA 3EX3A 3L66A 3MMTA 3BW3A 4DELA 5LSMA 5KITA 3IVTA 2PCQA 3DKJA 4ICNA 4MZYA 3W7PA 3A5FA 3O6DA 3C52A 1ZALA 2CFFA 4BI6A 1R30A 1NVMA 1OVDA 1TPVA 4DF1A 5H91A 1LBLA 1ZHAA 2Q8LA 3W3OA 2V9DA 4PH6A 4JTFA 2FB3A 2CZDA 4GNJA 1GTEA 4M7TA 3C0JA 3LHUA 3B04A 3TMLA 2Z0IA 4PODA 3W87A 4WZHA 1SO6A 3UPBA 1KM0A 2X1TA 1EWEA 3N34A 2I14A 2V30A 1EX5A 4HKPA 3NQDA 1KM6A 1F6PA 3VE7A 1TQJA 3GXPA 3W75A 3SFKA 2Y6ZA 5CKSA 2ZRUA 4NX5A 1KM1A 2ZZ2A 2Y7FA 4JNMA 3S6DA 4WY0B 3TH6A 1YPFA 5HR6A 1H7RA 2TPSA 2DZPA 4FX7A 1A5BA 3QMRA 2FPYA 4O54A 3TJLA 3E49A 5G4WA 1VCFA 4S1FA 4IOTA 3DGRA 2V0TA 1I45A 3DKLA 3UNDA 1KFJA 4O1DA 2ABAA 2ISWA 3G3MA 5KMYA 1OG0A 1YDNA 3C61A 2Y62A 1O60A 3L9CA 4O1AA 1OYBA 3G8RA 2BWGA 1J2WA 2Y7EA 1FCUA 1I2RA 1S5WA 4NJJA 3A21A 5G4EA 2ZA2A 4AMAA 4K39A 4HSOA 2A6LA 3BW4A 3CLMA 5G2HA 1ZAJA 3W1QA 5I3GA 1MXSA 3EXRA 3GR7A 4PL1A 4QSHA 4LUJA 5LNWA 1KFBA 4BFAA 3GDLA 3GZ3A 1QPRA 4LT9A 1SW7A 1RZMA 3GDRA 3HGRA 4M6QA 2BXVA 4WQ6A 4N9BA 1LLWA 4IX2A 2QUVA 4ZQCA 3O1NA 1JJKA 3LHTA 1YTKA 1TV5A 2OT0A 1VC4A 3TC6A 4NJGA 1C8VA 3DENA 3N9RA 4DEFA 4ADUA 4KKXA 1H5YA 2BZNA 5DLCA 3R13A 4UTHA 2NUXA 1WX0A 3A24A 3CB8A 4WY0F 3K30A 3HO8A 4NZFA 4JN6A 3NZ1A 4JX5A 4CCEA 4GJ1A 5LGXA 3N2MA 1QNVA 1FUYA 4AXKA 1X7FA 3G18A 1Z41A 4O17A 3WK0A 4QNWA 3B0PA 1HL2A 3DFSA 3QJAA 4YWIA 3GXTA 1Z42A 1K7FA 2QDHA 4CQ9A 2WPBA 3KVKA 3W1UA 5CPLA 5DCEA 1B3OA 3HG2A 1FY6A 1FWSA 1TPEA 3S5ZA 4QAIA 3O07A 2XN1A 3NL2A 5CPNA 3SGUA 3TIMA 5HQEA 4UNKA 1Z48A 2ZDRA 3T40A 2ZA1A 3NQ8A 1W56A 3D0CA 3TDFA 1NF0A 1R46A 1SSGA 1ZY9A 3GB6A 4AF0A 1VH7A 3G0XA 5AHNA 1D3HA 3IGUA 3G22A 2A6NA 2ZZ1A 4GBUA 4E2BA 3B06A 4MYXA 4NQ1A 1VYRA 4XBSA 5E0KA 2ZZ3A 1AG1O 3QQ0A 4RV8A 5KZEA 4O4WA 1KW1A 3P5ZA 1ME7A 4O12A 4UNLA 1F05A 1GT8A 5A8GA 5C5YA 4Y96A 3NEVA 2J88A 3AO0A 3P5YA 1WBJA 3NL6A 4N9CA 2EAWA 3TE9A 1YTEA 1VZWA 4PC8A 1GYNA 5G2IA 1DVJA 4JX6A 5DXXA 3R2GA 3GNNA 2YPIA 3E12A 1SR9A 3QF0A 1WOAA 4JTJA 4MVAA 1FXPA 1L6WA 3PG8A 4BR1A 7TIMA 4UFKA 2J9XA 3C2EA 4UFHA 1KM5A 1C9DA 4PTNA 5F2GA 3PAJA 3W73A 2JKAA 3M41A 3N14A 2XN2A 3PR2A 4QISA 3GR8A 4O19A 1TJRA 1Q6RA 4XWUA 1SFLA 1O5XA 4UTIA 1UASA 1SO5A 2FFCA 2DU2A 5CZ0A 4GUJA 3V75A 4IWWA 4QNEA 1H62A 4QM1A 2DZXA 3FYPA 1TPC1 3NZRA 1TSIA 1VHNA 4RLIA 1SZNA 3BG5A 5F4XA 1Z44A 1JQVA 2YZRA 2ZZ5A 3PB2A 1YDVA 3W23A 3TXZA 4QQ3A 2YYUA 3P60A 5D02A 1TV7A 1GYLA 3G1XA 4S2CA 1TPDA 3NPWA 1V5XA 1SO3A 3FYOA 1VJIA 4TMCA 5FI8A 1TV8A 1A5AA 1GEQA 4NNCA 1P1XA 3NXFA 3GX9A 4M19A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3PVFA

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