3PWA | Genus

Total Genus 87

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	87
sequence length	246
structure length	246
Chain Sequence	RKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHFERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVAFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__2689359862590237__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__2689359862590237__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3PWA/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__2689359862590237__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"2689359862590237","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3PWA/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__2689359862590237__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cffe7fae725ee1fe4aa2f6d/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cffe7fae725ee1fe4aa2f6d/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Plasmodium falciparum
publication title	Probing the role of the fully conserved Cys126 in triosephosphate isomerase by site-specific mutagenesis--distal effects on dimer stability. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
total genus	87
structure length	246
sequence length	246
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2010-12-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3pwaA00

5EYWA 1IXQA 1YLVA 8TIMA 1GG0A 3N2XA 2DP3A 2QR6A 3NL5A 4JTLA 1Q6LA 5HINA 2ZZ3A 2QCLA 2YFNA 2HS8A 3QW3A 4LVBA 1TPC1 2E5DA 1TV7A 5DELA 1B3OA 2Z6IA 2CLLA 2ISVA 5D32A 3NO5A 4LUIA 2WKJA 4N6FA 1P0KA 3M5VA 1KBIA 3S1VA 3DBPA 2V0TA 1YXCA 2CU0A 1AL7A 4CCDA 2E6YA 4O8RA 1HO4A 3JS3A 3TW7A 4MFEA 3NA8A 3IEBA 3EWWA 3ZFHA 1TRIA 1OFEA 2DZXA 1YTEA 1YADA 2P10A 3BW2A 2DJXA 4O12A 1KM0A 1QO2A 1ZAJA 2V82A 3DFTA 4LT9A 3EWYA 3GK0A 2YX0A 3MI3A 1ZY9A 2OT1A 4IX0A 3DU0A 1WDWA 2X1UA 4QM1A 3HPXA 1FWSA 4UUIA 3N73A 4AXKA 2A7NA 3TSMA 3QF0A 2YSWA 4GNJA 3UZ5A 1O94A 2VEKA 2Y7GA 3BK0A 3PSWA 3LBCA 1X8FA 1IXPA 3QYQA 3C2EA 4O57A 2NUYA 3IIOA 4M6VA 3TC6A 2ZZ5A 3LLFA 3DFOA 3PUEA 3LXBA 1EUAA 3W76A 4FX7A 4NX5A 4PL2A 3BLFA 1TMHA 3USBA 3PBUA 1LBLA 1SZNA 4QQ3A 1AW1A 4RX0A 4MJMA 1F6PA 2R94A 2X1RA 4JYDA 3S5NA 3TKFA 1WV2A 2WQPA 4U28A 1TTIA 1O5KA 3ZS4A 1SW7A 3A23A 1LOQA 1SW0A 3SR7A 5F4XA 3GDKA 1LBMA 1Z42A 1C9DA 4XQ6A 4ZMGA 1KA9F 2ZRYA 3P60A 3NEVA 4WY0F 4ML9A 3PULA 3S9YA 5DY3A 1DBTA 2QJIA 3IVTA 1ML1A 4D2JA 3C2FA 3LI0A 2ISSA 3NQ7A 4JTSA 4HNUA 3CHVA 3W7OA 3LCIA 4DELA 3U2OA 3HOJA 5G2HA 1W37A 1EUNA 2NV1A 4JTIA 4XUGA 1OX6A 4UTHA 1T8XA 2NXHA 3L67A 2J9ZA 3G3DA 1KLYA 2DZVA 3C56A 3L5AA 4Z0JA 1GT8A 1QFEA 3LTSA 4O14A 2ZYFA 1KTNA 4G1KA 1QAPA 4GC4A 1DOSA 3B4UA 3U8GA 1XM3A 3NL3A 3W72A 4DQWA 2WSRA 1W54A 4O28A 4IMCA 1SO4A 5FESA 1I45A 3L68A 3G0XA 2W6RA 1V5XA 2FPYA 1PE1A 4RK8A 1LRNA 4ZZ9A 3EXSA 4UC5A 1X1ZA 5DLCA 3TX9A 1W31A 1TRDA 5HQEA 3QZEA 5LNRA 1EPXA 1GOXA 3W7HA 2E5CA 4E38A 2XN0A 3GNDA 3W1AA 2IQTA 4TMBA 3SGZA 4AHQA 4CQ8A 1T0OA 3LOTA 1G6CA 3W22A 2QKFA 2P0OA 1L6SA 5F2LA 5G5IA 4AMAA 3I7QA 4FEZA 3P5YA 1K7EA 4BI5A 1WBHA 2BLEA 1KV5A 1VYRA 5CGQA 1L9WA 3QMSA 4EF8A 1F74A 3CQ0A 4UTIA 5F2GA 2EGZA 3HJZA 2Q3OA 4O4VA 4KWVA 4DPPA 1H7XA 1LLWA 3KX6A 2OCZA 4M6QA 3STEA 5CPMA 5BRBA 4JGDA 3M1ZA 4NX0A 1H60A 5A5WA 4O19A 1KW1A 4JY8A 3CWOX 1AW2A 1QPOA 3HB9A 2X1TA 3W87A 2H6RA 2E1DA 1H7PA 2VFEA 4LS2A 4OHQA 5D30A 1Y0EA 2A1YA 3M47A 1Q6RA 3M16A 2NLIA 4DPQA 3QQ1A 4X3ZA 5C55A 3LM7A 1AK5A 2CLHA 4UCGA 2V2CA 1A5CA 1PCWA 1C8VA 2VFGA 3QFEA 1OX4B 1XBZA 4K38A 1Q3NA 3I7RA 3TA6A 1K8ZA 2C0AA 1GVFA 4UMBA 5I3HA 1FCVA 5ABTA 3BGGA 3QPZA 4E0CA 3W74A 3G8RA 1LDCA 3GB6A 3LHVA 4RZ5A 2OX1A 1H50A 4WOZA 4FNTA 1UASA 1VCFA 1ME8A 2ZA1A 1C29A 1IIHA 3N9SA 3B0PA 4BWLC 1YPFA 3N2MA 1VCVA 3L5LA 2FQIA 5I3FA 1V7YA 1H62A 3BGJA 4DO6A 2ZZ7A 3LHWA 1O60A 2CLMA 4NQ1A 1GPWA 2H3BA 4WX2A 3HGJA 2CLEA 3P8IA 3O63A 5HWMA 4WXZA 1JCMP 3PM6A 2YYUA 2HSAA 1K8XA 1HG3A 2QDGA 2AGKA 1R2TA 5CKSA 3R12A 2RDTA 1I2PA 2BX7A 3VNDA 3DI0A 3NNTA 3O16A 3W7CA 2ZBTA 3NL6A 5LNUA 3MP4A 2I9EA 4L4LA 2C16A 3RMJA 3L5MA 1LRQA 2JBMA 1TB3A 2JK2A 4JX6A 1FCQA 3B03A 1Z48A 4POCA 5EY5A 1TSIA 1QO5A 3N19B 2NXGA 4I9AA 5FEZA 5FEWA 3FA5A 4NJKA 5D33A 1DV7A 1ZNNA 1KFCA 2LLEA 4HT3A 3LCWA 5D2XA 1W0MA 2B7OA 3IIVA 4M6PA 4Q33A 3GLCA 3QRHA 3T78A 4JX4A 1GVSA 1TQJA 2ZTKA 1W3IA 2ZTJA 4HIBA 1PV8A 3H53A 1DQXA 5CPOA 2D73A 3P7YA 1G7VA 1I4NA 2Y6ZA 3GIYA 1K7XA 2V30A 4NJGA 3W7KA 3O6CA 2TRSA 3C8FA 1QPQA 3DI1A 3TQVA 1TPUA 3HIJA 5KTLA 4FX6M 2DZTA 5D2VA 4LVGA 3NL2A 1F76A 5FF3A 3LHTA 4KFOA 2CLFA 4JYFA 1K3UA 3TMLA 3NAVA 5CZSA 4PTNA 1GYLA 4AWTA 4OU1A 2BSLA 3TQKA 1S5VA 5J5DA 2F7FA 1A5AA 3QC3A 3G1SA 2ISWA 4I7VA 1H5YA 3NM3A 1FWWA 1YYAA 3Q58A 4M7SA 3W70A 4N4PA 5KITA 3STGA 1TTPA 1W8SA 1X7FA 5HMSA 3W7NA 2CZEA 1W5PA 3HF3A 4RCXA 4QNWA 2PE4A 2ATMA 1F6KA 1XL9A 3IGUA 3TK7A 3TR2A 5CPLA 1HO1A 1F73A 2A6LA 1WAUA 3DXIA 1YDVA 3RLVA 3HMJG 2J9YA 3W1QA 1G4SA 1EIXA 3GNNA 1HTIA 5AOUA 3BLIA 3R13A 4FIQA 3C3NA 5CZTA 2W79A 2NWRA 3TNOA 3EKZA 3O1NA 1B9BA 3CIXA 2I1OA 3UWZA 4UFMA 4NNBA 2EAWA 1SUXA 1DQWA 1OFRA 1OHLA 4JTFA 2R8WA 4U4MA 4ZQOA 1FDYA 3E9AA 1QOPA 5K9DA 5FF4A 4WY0B 3W2UA 4NJIA 3M6YA 1TO3A 4UTWA 3LHUA 1FBAA 1QMLA 5EL1A 4S2CA 5SWUA 4UTJA 3NR0A 3TMQA 1SR9A 3M5YA 5AHLA 3T55A 3TE9A 4EWND 3SSJA 3BVJA 7TIMA 1KM6A 3P61A 5G1TA 2ATSA 2C14A 4KKXA 1M6JA 2WNNA 2ZCGA 2QUTA 4LV9A 3P74A 3UD6A 3HGSA 2J6XA 1CI1A 1XCFA 2CW6A 3GR8A 4UNLA 4CQAA 3LTYA 4MY1A 1W5QA 3M5ZA 2Y88A 4CNPA 2QAPA 3B05A 3DENA 3CTLA 3F4WA 2A7RA 2FFCA 1OX4A 3TCEA 3W84A 3TXVA 1TCDA 1UBSA 2ZZ4A 3FFSA 3GDLA 1EB3A 4QSHA 1JUKA 2ZZ1A 4YCPA 3S1UA 3PF3A 3W7PA 4BFAA 3MP3A 3DFPA 3MYOA 2V81A 1BKSA 1XDLA 3LCFA 5FEXA 4FF7A 1QNVA 1SU5A 5TQLA 3W23A 2DORA 2B7QA 4A2SA 1OVDA 2Z6JA 4O54A 3KRSA 2EHHA 2FLIA 2J88A 1VC4A 1OYCA 3PUDA 3P84A 1TYGA 5H2ZA 3EWXA 4UIOA 4IOTA 4MYAA 2VFHA 1KFLA 1PHWA 2OT0A 1ZFJA 3VI2A 2DZPA 4JTHA 4XKYB 3UWUA 2DU2A 4DO4A 1K02A 3N34A 1L2UA 3B04A 5KZEA 3T4CA 3LXCA 1NVMA 1JR1A 5K4ZA 1WX0A 3TAOA 4AEOA 3O06A 3SECA 1OK6A 2WJZA 3ABOA 3FJLA 1DVJA 3W1RA 2A85A 4CNNA 4FB7A 3WK0A 3MHGA 3MP5A 3P81A 4JN6A 5G1YA 4MOZA 5TBOA 3L2IA 4IMFA 3C2RA 1FDJA 3W2MA 3CPRA 4LVFA 2Q3RA 3UWYA 4M5PA 2F84A 1KFJA 2ZZ2A 4Q4KA 3UXAA 3FJ6A 4X9SA 3FYOA 3N3MA 3RF9A 2XFWA 3C4UA 5DCEA 3W9ZA 4KWWA 3KVKA 4WXYA 3I68A 4FNQA 3QJAA 5EMUA 2YPIA 1I8JA 2ZA2A 1D3GA 3DFSA 3B0UX 1XUUA 4UTUA 3W2NA 2X1SA 1B4KA 2E6DA 1YTKA 3N9RA 5AYZA 1WQ5A 2PURA 3QMRA 2A2IA 4O1BA 1L6YA 3MWAA 3CC1A 2HTMA 2RDUA 1KM3A 3HG3A 4RKAA 3TFXA 2RDWA 3I7SA 3S1WA 3NQEA 1ICQA 5J5RA 3G0SA 1ZHAA 2O7SA 2E6AA 1H61A 3HGRA 2A5HA 2B7PA 4IX2A 1WYIA 3VCRA 4IPJA 1LYXA 1YXYA 1OF6A 3W7DA 1JCNA 2E77A 4ORMA 3PG9A 3W2KA 4OWGA 3BARA 3Q2DA 1TV8A 1QPRA 1FWRA 5BMWA 4X2RA 3P62A 3TROA 5D04C 3G0UA 5G2WA 4BK9A 3PVFA 4CCCA 2R14A 5L9FA 1S5TA 4K6AA 5LZLA 4LC8A 3C2OA 3C6CA 4HSNA 4BI7A 4DO5A 4NNCA 1IXNA 2QCGA 3NGJA 4DF2A 2DZUA 1WOAA 2C18A 1VHNA 1R46A 5IBXC 3WJZA 4RR4A 1PL9A 4N9EA 5HULA 1SO3A 3T7VA 1AMKA 1M7OA 1M7PA 1KFEA 3G1XA 3LV5A 4UMAA 3UY7A 5T26A 1QCWA 4AB4A 3NZ1A 3TJLA 3W1NA 3P8JA 5AHFA 2A0NA 5HUOA 4A2RA 5DXYA 1IIGA 5DCDA 4IMDA 4LNYA 2PCQA 3NG3A 4RV8A 1ADOA 1VQTA 3RNDA 3W7LA 1JQXA 4QISA 4GUJA 2YZRA 3A5FA 1G4TA 3EX6A 3MMTA 5LGXA 3O6YX 4GJ1A 1KM5A 3U6WA 1K03A 1TPB1 3G18A 3HBLA 3W7JA 3RU6A 3SZ8A 3UY8A 1W5OA 5LNVA 3QEZA 4WY0A 4OGZA 1ZAHA 5LSMA 3GDTA 4OQVA 2GUUA 2YFOA 3MI6A 1VLIA 4HHPA 3GR7A 1OFQA 5HJLA 3UYCA 3ATZA 4W9TA 3IV3A 4PC8A 1GQNA 3GVGA 3TDFA 4DBEA 3W73A 3R89A 3W1LA 1DJNA 1VLWA 4Y6GA 1SZGA 4C1KA 1SQ7A 2AAMA 5D09A 3LRKA 5I3IA 1H7NA 5LNWA 5AC8A 2GVJA 1TPVA 4PH6A 1EP1A 4MY9A 3S5ZA 3JRKA 1MEIA 4HNNA 3R5EA 2V8ZA 3F03K 3EEGA 1ME9A 1T99A 4AH7A 5AC7A 4AHOA 4Z1CA 5BW6A 1F2JA 1PVNA 3DH7A 2G96A 3PUOA 2Z2UA 1A50A 2ZRXA 3C52A 1H7OA 4O18A 1B57A 2G5WA 3WJYA 4O50A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3PWAA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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