3PY2 | Genus

Total Genus 95

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	95
sequence length	246
structure length	246
Chain Sequence	RKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHFERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVSFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__409479331109225__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__409479331109225__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3PY2/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__409479331109225__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"409479331109225","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3PY2/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__409479331109225__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Plasmodium falciparum
publication title	Probing the role of the fully conserved Cys126 in triosephosphate isomerase by site-specific mutagenesis--distal effects on dimer stability. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
total genus	95
structure length	246
sequence length	246
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2010-12-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3py2A00

3L2IA 3TW7A 3QSTA 3PB0A 1EP2A 3PBVA 5G4EA 2WO5A 4Y6GA 1YDOA 4O54A 4LVDA 3PSVA 1ZALA 3W1QA 3B0VC 2Y7GA 1OABA 1WBJA 3O6CA 1GVRA 2FPVA 3MP3A 1A5CA 2EKCA 3O1NA 2FB2A 2F7FA 4KKXA 5HR7A 1H1YA 3FIGA 1QOQA 2OCZA 1VR6A 2C13A 4BF9A 1A53A 3M44A 1W3NA 4JIPA 3LDVA 1SW3A 1BTMA 1YADA 4MKNA 5D38A 4FNQA 5LGZA 3QJAA 1VCGA 3W76A 3CIWA 1M7PA 3WJWA 3L21A 3EXTA 1OK4A 3M5XA 3H53A 3C56A 2Z1BA 3CM4A 3VE7A 1VH7A 4FNSA 1ZJIA 2E77A 5HQEA 1R2TA 4O12A 2FDSA 1LROA 4GUJA 3W88A 3TUUA 3W1XA 3HG3A 2B0MA 3LRMA 2A21A 3W7NA 3DU0A 1M7OA 2W0UA 4HNVA 3W1TA 2OMAA 5CZTA 1OF6A 1JULA 4K8EA 3C6CA 1JJKA 3P5ZA 3N73A 2X1SA 5DCEA 3LRKA 4XTIA 4WXZA 4MLRA 5CZSA 4UTHA 2CZEA 1M6JA 2QUUA 2X1TA 4TR9A 1W5PA 5DBUA 4O8RA 2YXGA 3DFNA 2WKJA 4UTTC 2ZTKA 3SJ3A 1TV7A 2J9YA 2C19A 3MP4A 4DO4A 1YLVA 4IMEA 1ONRA 3FJLA 5AC6A 3CWNA 3GDTA 3W7EA 3P7YA 3W22A 3PG8A 3PUDA 2YGYA 1OX4B 2PURA 2CLEA 3QRHA 1JCMP 1ZFJA 1YPFA 2I9EA 1VGAA 2ZRUA 2QF7A 1KFBA 3G1DA 2H90A 4NQ1A 4RJEA 2JKEA 1KFEA 4FNUA 1OX6A 2GVJA 3DI1A 5CPLA 3N9RA 4M7SA 1SFJA 3UY7A 4JIQA 1G7UA 2ZTJA 1F6KA 1GTEA 3G8EA 2RFGA 5A5WA 2OZ0A 4JTJA 3DFSA 5DCDA 2C18A 4OWGA 3GXTA 5CPMA 3ZS4A 3F4NA 4UFJA 1IXQA 3C52A 3T78A 1EA0A 4O52A 3WK3A 6ALDA 1B9BA 4WY0B 2VKZG 1XXXA 3R2GA 1GPWA 1TPEA 5D03A 3FYPA 2B7NA 1FWTA 2PRLA 4JX4A 1SSGA 2QCDB 3G1YA 4ADSA 1KFKA 3NA8A 4OBTA 3FYOA 1PCKA 1OFRA 2B7OA 2C0AA 1Z42A 4RZ4A 4EF8A 4K36A 3IVUA 4I7UA 4L4MA 3W1NA 1L6WA 4AWUA 4JEQA 3U6WA 4ADUA 1TYGA 3I6RA 1UCWA 1TPFA 2BX7A 3A24A 4DF0A 3QH2A 1OFDA 3HIJA 1PL9A 2G97A 3B03A 4KWVA 3SI9A 2X16A 3QQ0A 2ALDA 1C29A 3C8FA 2H8ZA 3KVLA 4I9AA 4GFSA 3CT7A 3O07A 1DQWA 2XN0A 5H91A 1A5BA 3PG9A 3W73A 1YXCA 1D9EA 4UR8A 5G5IA 2OT1A 1VYSX 4DPPA 3H54A 3HG2A 1O5KA 5EL1A 3MYOA 2V2CA 1OG0A 2A7RA 4YXGA 4LRSA 2V82A 2Z6JA 5DXYA 3I7SA 3UPWA 1RR2A 2EF9A 3A5VA 3NR0A 5C6MA 1J5TA 5I3KA 4Z1BA 4JTSA 3QM3A 1LRTA 3GK0A 4HSNA 1AK5A 2A1YA 1FDYA 4NNCA 1K8ZA 2QCFA 2QCGA 1Q6OA 2GJNA 3PBWA 1EEPA 2PCQA 2R91A 2RH9A 4OQVA 3FKRA 4O1DA 3G1VA 3SFKA 3SGZA 1JUBA 4MY9A 3TCEA 2TYSA 3NPVA 3EWWA 5C5YA 1YTEA 4JTGA 1XFBA 5KSWA 4RLIA 1I4NA 1RQEA 5FEZA 4AVFA 3KX6A 3VCRA 4N9DA 2DJLA 4UR7A 3ABOA 4PODA 2X2GA 3USBA 5K2ZA 3I65A 3BW3A 1LORA 2Y6ZA 6TIMA 4C1KA 1AMKA 3HGOA 5HJLA 2Z6IA 4N6FA 3TC6A 1QFEA 2ZRZA 2Y89A 4FHAA 3W7MA 4XBKA 5LSMA 3SY5A 4H3DA 1K7EA 5LHFA 3BW2A 4O28A 2KZHA 3S8HA 2IQTA 5KZMA 1F74A 3L68A 1BEUA 1FDZA 3KXQA 5AHLA 5HWMA 1H61A 4OE7A 3EKLA 4LS1A 2ZZ2A 4BWLA 5HR6A 3NQMA 4PCFA 2PRMA 2Y88A 2WNZA 3M7WA 3Q58A 4QSHA 1D3GA 3ZFHA 4N4PA 4O57A 2JKAA 1W1ZA 1DOSA 2UV8G 1RQHA 1TSIA 2DP3A 5HNRA 3BGJA 3W83A 4DF2A 4MFDA 3M0ZA 2QAPA 1OFBA 2WQPA 1AL7A 1MEWA 2QJGA 5AOUA 3I7RA 1HO4A 1MO0A 2VENA 3NPWA 1J2WA 1ZCOA 2C6QA 4UTIA 3F1QA 4N2YA 3EKZA 3LBCA 1BKSA 2P10A 3LCGA 3UZJA 5EBUA 1OK6A 4UMBA 2V5LA 3M41A 3P62A 5EPDA 3FFSA 1I8JA 1FUYA 3W7DA 4YLWA 1U83A 1YTDA 1HUVA 3N14A 1H7WA 1W5MA 4MUZA 4LV9A 1N55A 2E1DA 2OJPA 3G1FA 4OU1A 1EPXA 3P60A 3OG3A 2VFGA 4H6KA 1S3HA 1P0KA 4OT7A 3P81A 2ZRXA 3LHWA 3E96A 1OYBA 2E5CA 1F05A 1JQVA 5HWNA 3GXNA 2EPHA 3STCA 3V1PA 2RKXA 2ZRVA 1S5WA 1FY6A 1T8XA 3M9YA 4EVZA 3LHUA 1XCFA 4FNRA 1L6YA 1GZGA 1UUOA 4Y96A 5KZEA 3B05A 3M47A 1OX5A 1TTJA 1HL2A 4A22A 3R12A 2NUYA 3IIZA 1D3HA 1L2UA 3L9CA 4O0KA 1VCVA 4Q33A 3WJXA 2VXNA 2ZBTA 5FF0A 3KOFA 4WXYA 4HT3A 1EWEA 1KTCA 3U2OA 2GVGA 5LNWA 3TV8A 1XKYA 4POCA 1NVMA 1BWKA 2HSAA 1SSDA 4MZYA 1DQXA 1G4PA 1SZFA 1BWLA 4FF7A 1ZAIA 3O6YX 4BI5A 1XBVA 5KTLA 3NQ6A 4ML9A 1EWDA 3G0SA 5CSSA 1FQ0A 3LCFA 1IIHA 3E0IA 4GC4A 5D02A 3GAKA 1GVSA 2R8WA 5D05A 1ZNNA 2OX1A 1TPH1 4DXVA 1G7VA 1QO2A 4OV9A 3EWBX 2R94A 1IXOA 3C3NA 5LKYA 4AWSA 4FXSA 1TTQA 4PC8A 2VEIA 4O17A 3S42A 5DY3A 1KV8A 1YDVA 4UTTA 1JR1A 2VELA 4KWWA 3WK1A 2X1UA 1TPVA 1A5SA 1K8YA 3LXAA 3TMQA 1SZNA 2DZXA 4Z1AA 1ME7A 1K02A 3CQ0A 2TRSA 3TDFA 5E1QA 2CZDA 3EWXA 3NOEA 4A2SA 3S6DA 5LNRA 3PB2A 5F4XA 1GVOA 3E12A 4JD4A 1FWNA 3MHUA 2Z0IA 4LOCA 1QPOA 4E2BA 2YPIA 3RMJA 2B7PA 3HJZA 1VYPX 2Z2UA 4LRTA 3LTYA 3Q94A 3HMJG 3I68A 1TJRA 3CC1A 4IWWA 4KFOA 3MYPA 4K7YA 1AG1O 2QDGA 4NX0A 5I3GA 5CZJA 1FWRA 4ZQCA 4ALDA 1SO4A 1JVNA 5L6UA 1ICQA 2Y7FA 3O6DA 5FI8A 4JTIA 2BTMA 1QAPA 4NJGA 4MPQA 3N34A 1EP1A 3T7VA 4UTWC 2E5BA 2VFDA 7TIMA 1TCDA 2ZFAA 5AN7A 5G1YA 3GLCA 3MI3A 4O53A 2ISSA 4JN6A 3W7OA 1GEQA 1NF7A 5AHIA 4RR4A 2YDAA 4BFAA 4LW7A 4RXFA 4GUHA 4JTFA 1WAUA 1X6UA 1DJNA 1IF2A 2DZUA 3TAOA 1O60A 4UIOA 2VFHA 3W1UA 3PBUA 5F1VA 3LXCA 5HULA 1VZWA 4LS0A 1TPB1 1VYRA 2EAWA 1GG1A 4JNMA 4KFNA 1F7BA 5FF7A 1NFBA 1WX0A 3OA3A 3WJSA 1LDCA 4R33A 3HQ1A 4NX5A 2QCCA 2QDHA 5BMXA 3AJXA 4CNPA 3STFA 1SUXA 2H3DA 3NL3A 5FF4A 1SQ7A 1WOBA 3JS3A 3OVRA 5E93A 4K8HA 1WV2A 1DKWA 3A22A 5K9XA 2QUVA 5AHFA 5F4WA 4I7VA 2J24A 3PVFA 3L0KA 3NQGA 4JS3A 2E09A 3PBYA 3YPIA 2WSQA 3TU9A 2JK2A 3W1PA 1MEHA 4N6EA 3L65A 4NJIA 4LU0A 4IGHA 1KM4A 1LOLA 1ML1A 2XN1A 1O94A 1M5WA 5AC7A 1R2SA 5F2LA 3CHVA 1OFPA 1T96A 1XBXA 3NQ8A 3EWUA 3NQCA 4D2JA 1TREA 3DKJA 1SZEA 5F2IA 1DL3A 1FCBA 3MW7A 5AYYA 4LVAA 1LLWA 4JTKA 3KRZA 3S1UA 3ATYA 4ZQOA 3W7JA 3WJZA 4MY8A 4AAJA 4QAIA 3S9YA 5CPOA 3NPUA 1Q45A 4UFMA 3DGRA 2QCMA 5CKSA 4DELA 3TQ0A 3O63A 1FXQA 3A23A 5LNSA 4UNKA 1A5AA 3MI6A 4RCXA 3W2LA 3UY8A 2RDUA 3BO9A 1MSSA 1VHNA 3A21A 3WFAA 2O7SA 5IM51 3UNDA 2CWNA 4AHQA 4PL1A 4HPJA 3TA6A 4EWND 1OF8A 3TK7A 5CSRA 4ICNA 4Y8FA 1VQTA 3VI2A 5LGXA 1E51A 1VC4A 3C2EA 3C0JA 4AF0A 5LNVA 1TQJA 1R2RA 3SIZA 4UTKA 3GAYA 5BMWA 1JRBA 3NQEA 3G1SA 2VOMA 1Q6QA 3QEZA 5I3HA 3DXIA 4GNJA 1VRDA 4UFLA 3VFLA 1C9DA 4QQ3A 1TRDA 2DZSA 2NLIA 4E0CA 1PV8A 2VEPA 2TSYA 4AH7A 2GUUA 1P1XA 2A7PA 2EHHA 3HG4A 4WOZA 4RZ5A 3LHTA 3FEMA 3CPRA 4MVAA 1Z48A 1PE1A 2QCNA 4XUGA 5A8GA 2V2DA 2CLIA 1LCOA 3FKKA 3MBFA 2NX1A 3UWUA 4JGDA 2FLIA 2CLHA 4DPQA 2Y61A 1WYIA 2TMDA 2QUTA 4M19A 3BARA 1VCFA 3W85A 2JKPA 4UUIA 3UQNA 2VFEA 3NDOA 4FIQA 3W7LA 1TQXA 4L4LA 4ZZ9A 3M5ZA 3PC0A 3UWQA 1QWGA 2J9ZA 5J5RA 4R7JA 3WK0A 2GOUA 4HNNA 3W2KA 3IIVA 3LCWA 3OVQA 3OVPA 4BI7A 2YFOA 4TO8A 2E6YA 2V81A 1K7FA 4WUIA 1QNVA 2GQ8A 4OV4A 2ZDRA 1JUEA 4XBSA 1EUAA 3KVJA 1TPDA 5BOOA 1LYXA 3HPXA 3UXAA 1G69A 1PHWA 3QFEA 4OHQA 3CIXA 3LB0A 3MMTA 1LOSA 1EB3A 1XBZA 1W5OA 3K30A 3MO7A 2TPSA 5BRBA 1GTHA 1QMLA 3LM7A 3W86A 3VNDA 5KMYA 3QW4B 3STGA 1XUZA 3CU2A 1SU5A 3HOJA 2QKFA 3HG5A 3ANYA 4CQ8A 1F76A 3R8RA 2DZPA 1OJXA 4RZ6A 2RDTA 3GR8A 4FXRA 5DBTA 5G4WA 1YYAA 3N2XA 4LT9A 4NXSA 2C3ZA 3QQ1A 2AAMA 3TX9A 3VKJA 5AFDA 3GIYA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1TR9 A;  1QPQ A;  4Y9P A;  3FJ6 A;  3CZK A;  1A4M A;  3RIT A;  5DEL A;  3PY2 A;  1LG1 A;  4DQW A;  1EUN A;  3L67 A;  3NXL A;  2A6L A;  4KCT A;  2A3L A;  1NIU A;  3ITT A;  4V27 A;  2ZA2 A;  3A5F A;  3IJ7 A;  1HJS A;  3S2C A;  4I7W A;  3MMU A;  4GFI A;  4IIF A;  3O3R A;  1NDV A;  3LLD A;  1TE6 A;  1KKR A;  3M43 A;  3ZLF A;  1E0W A;  3TW9 A;  4QCF A;  1Y5X A;  4MLJ A;  1GK8 A;  3W7I A;  4IGN A;  4EF9 A;  4DJF C;  1NF0 A;  4WSJ A;  4B90 A;  4R34 A;  1SR9 A;  2XN2 A;  1IEQ A;  2V3F A;  5T91 A;  5LNU A;  2PGF A;  1L0P A;  1GOK A;  4FB7 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3PY2A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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