3PZI | Genus

Total Genus 154

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	154
sequence length	357
structure length	357
Chain Sequence	FRFIGSNNYYMHYKSNRMIDSVLESARDMGIKVLRIWGFLDGESYCRDKNTYMHPEPGVFGVPEGISNAQNGFERLDYTIAKAKELGIKLIIVLVNNWDDFGGMNQYVRWFGGTHHDDFYRDERIKEEYKKYVSFLINHVNVYTGVPYREEPTIMAWELANELRCETDKSGNTLVEWVKEMSSYIKSLDPNHLVAVGDEGFFSNYEGFKPYGGEAEWAYNGWSGVDWKKLLSIETVDFGTFHLYPSHWGVSPENYAQWGAKWIEDHIKIAKEIGKPVVLEEYGIPKSAPVNRTAIYRLWNDLVYDLGGDGAMFWMLAGIGEGSDRDERGYYPDYDGFRIVNDDSPEAELIREYAKLF

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__21952240924986__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__21952240924986__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3PZI/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__21952240924986__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"21952240924986","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3PZI/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__21952240924986__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cffeadbe725ee1fe4aa2fe3/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cffeadbe725ee1fe4aa2fe3/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Thermotoga petrophila
publication title	Structural characterization of a novel hyperthermostable endo-1,4-beta-D-mannanase from Thermotoga petrophila RKU-1 rcsb
molecule keywords	Mannan endo-1,4-beta-mannosidase. Glycosyl Hydrolase family
total genus	154
structure length	357
sequence length	357
ec nomenclature	ec 3.2.1.78: Mannan endo-1,4-beta-mannosidase.
pdb deposition date	2010-12-14

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3pziA00

5IHRA 1UD5A 4WKAA 4AISA 3PZMA 2EXOA 3N11A 3VIGA 1H0IA 3SCVA 1W9PA 3ZIZA 3RPMA 2EPKX 2YLAA 3SUTA 2EEXA 4B9YA 2ZUUA 4ML4A 5FL1A 1XYZA 1PIGA 1EXPA 1D2KA 3WNNA 1JDDA 3IJ9A 3OA5A 2VT0A 5DT7A 5BWFA 4UOQA 2BXZA 2XUCA 2HVMA 2BS9A 3FNDA 4DUXA 1SYTA 2O92A 1TFVA 3DHUA 3TTSA 4W8BA 4W8AA 2BFGA 7TAAA 1ISZA 2VURA 1J0KA 1OCQA 3SCPA 5CSYA 2QPUA 4GIAA 3VX0A 3AZSA 1XV8A 2VCCA 2WB5A 1WZAA 2VR5A 4P7RA 4EAMA 3IK2A 3SUWA 2DSKA 5I0DA 3AMKA 1HL9A 3VU2A 4PMUA 2D3LA 3TOPA 1VBUA 2VVNA 1C8QA 1E6SM 5FKYA 3F5JA 2F61A 1JYVA 1JF5A 3GXFA 2X8RA 3AQUA 5LA0A 2J7HA 1B1YA 2DT0A 3BAYA 3TP4A 4U33A 3ZR6A 2PC8A 1UKTA 2QF8A 1EGZA 1NP0A 5DFAA 1F4AA 5DMYA 2GJXA 1DP0A 1U30A 3W29A 2WPGA 3SCOA 2WSKA 1CENA 1O7AA 4AXNA 5A1AA 2WMFA 1JZ3A 5GNZA 4UQCA 1ISWA 2WHLA 3WH9A 2G4FA 1QBBA 4HA1A 2DSZA 1JZ5A 4GQQA 4KRTA 3CUGA 4Q7NA 4JL2A 3MUIA 4UCFA 5IDIA 4JHOA 5I23A 3M7SA 1BLIA 1RP8A 3VGBA 1J0ZA 1FH9A 2WKLA 1E1EA 4LX4A 2CCRA 4HZ6A 4TTUA 1LQ0A 3WFZA 1E0WA 2VX5A 4AZIA 3T2OA 5JIPA 4AC1X 4MNLA 6CGTA 4U5IA 2NSXA 3EDDA 1K9EA 3QR3A 1LL6A 3O9NA 3ZJKA 1W1PA 1X6LA 1CGUA 2Q8XA 1FHDA 3DYMA 3IAQA 1XCWA 4W5UA 2WNWA 3U7VA 2JFEX 2BHYA 1JI2A 2E0PA 3BMVA 2QPSA 2DIJA 5I24A 2Y8VA 4W7VA 3WENA 4U3CA 5ABGA 2CPUA 3PTQA 5AYBA 3VOCA 1H3GA 4M29A 3VINA 1AQMA 1QOXA 3WL1A 3AIVA 3AHZA 5A8NA 4TX6A 4CKQA 3GTNA 1W9UA 3OZOA 4W87A 3RILA 2ZWZA 1C91A 1L8NA 1QI4A 2JF7A 2IUZA 4PMRA 1HJWA 3RCNA 3GH5A 4CGTA 5E70A 2VX6A 3QOMA 4J3SA 5LA2A 3WF3A 2BY3A 1PBGA 3CBWA 3ZJ6A 5A95A 2WZIA 4LYPA 2WMIA 3BCDA 4ZXOA 3MSGA 1U33A 1HKJA 2G3MA 4CD8A 3S2CA 7A3HA 1BHGA 5CPTA 1ITCA 3WDIA 3GYCA 2BVYA 4P8WA 1JZ6A 5LYRA 2D24A 1WE5A 3MUAA 4Y7EA 3IAPA 2XIBA 1K6AA 1WPCA 1HN1A 2CERA 1RP9A 4MB3A 4HU0A 3THDA 1VB9A 4DWSD 2JEQA 3RJYA 3GBDA 4GI8A 3S6TA 3N04A 5AY7A 3ZT7A 4EKJA 1TE1A 2BVDA 1P6WA 3VNZA 1FH7A 2XSBA 1BGGA 1MXGA 5EFFA 2AOSA 4W88A 1Q6FA 3SEPA 3WH7A 2VUYA 4HOWA 2NT1A 1I75A 2A3AA 5IHSA 3VX1A 4YHEA 4UFIA 1VFOA 4F79A 3ZQ9A 3TONA 4JFTA 1MQRA 3K4DA 3VD3A 3W4RA 2D20A 1AQ0A 3VD4A 3J7HA 4XZWA 1CGWA 1JNEA 2YA0A 2WZHA 2QHAA 4C7GA 3KL0A 1OINA 4PTXA 2ZX9A 4XV0A 3WUEA 2VVSA 2DSUA 1OD8A 4AW7A 1HKIA 4FLQA 1H5VA 3K8MA 2GK1A 4MB5A 1KCLA 1V6XA 1V3LA 3WKZA 1BPLB 1G0CA 3VIMA 1NARA 1M7XA 3RM8A 2VI0A 4K68A 4J3TA 1KGWA 5CXPA 4HPGA 4E2OA 4J3XA 2VZOA 1BG4A 1UH3A 3AYSA 2ZUNA 4J28A 4F66A 1Q6DA 4QLKA 1W3HA 1AQHA 3VD7A 3WQWA 2D0HA 2G41A 3OLGA 3O2LA 3WD3A 2W92A 2J7GA 2J74A 3BSGA 3AS1A 5I2UA 1ZBWA 2WW5A 4AWEA 1X1NA 4XUYA 1ODZA 2OSXA 3FY1A 5CGMA 2VL4A 3AIEA 3WUGA 3FW6A 1ECEA 3PZ9A 3DYPA 2PBOA 4D71A 3W38A 3BGAA 3U5UA 2EQDA 1NOUA 3AS0A 3I3BA 2FDMA 4CD6A 1Q6EA 2A3HA 1WDRA 4B3KA 1TCMA 4CCDA 1CLXA 5D4YA 4MTVA 4OOZA 1DEDA 2WHMA 3UG4A 1HX0A 1TA3A 2X09A 4Z2KA 3L4ZA 4MJ2A 2WSPA 3UETA 4KGJA 1ZBVA 2VRKA 4AD1A 4DWSB 1JDAA 1KXTA 1PX3A 1B2YA 4H8VA 3OIHA 4B15A 1C93A 3WL0A 4P7OA 1OIFA 5GQBA 4AZ6A 3AIBA 4GPNA 3T2QA 4BZYA 1BG9A 1GVYA 3MANA 3W37A 5FCZA 3WD2A 3UERA 1UD4A 3DC0A 3ARRA 1H4PA 1EHNA 3WD4A 3IJ8A 1Q6CA 1TVNA 1GQIA 3MV01 3SCNA 3WEMA 1XRVA 3VMPA 4Z2HA 1C92A 2XVLA 2YA1A 5A8QA 5A3HA 1UWQA 3RO8A 1UH4A 1UWTA 3OG2A 4CU8A 4L4PA 2Z1SA 3W81A 3VVGA 3OGSA 3WDPP 3ZT5A 1E3XA 2D0GA 5EB8A 3RDKA 5A6BA 2IXUA 1UWUA 5E0FA 2EPNA 1UR1A 4HA3A 1QNRA 3AIWA 1KGXA 4BS0A 6A3HA 1YHTA 3OB8A 4XX6A 2E8YA 2BXYA 1E0VA 5I3DA 3B9AA 1V08A 1WZKA 4UZUA 2RGMA 1V3MA 1JYXA 4OIFA 1VJSA 2AMGA 4R5EA 1W9XA 1EOMA 3PTMA 4NRSA 4WKHA 1DHKA 3EMZA 4E8DA 1JAEA 3WIJA 1V3JA 4PMZA 1V3KA 5C8BB 2VZUA 2WC7A 3CZLA 1HJXA 3AXHA 2ZWYA 4QLJA 1AMYA 1JD7A 1FP8A 1UR9A 1VJZA 2J75A 1IZJA 3F5KA 4WSJA 4GXPA 4CN4A 5C71A 1E40A 4NRRA 2YL8A 1DWJM 3W0KA 5E6ZA 2O9PA 5DEZA 4F9DA 2EO7A 1I1XA 4PMYA 3AICA 4J3WA 3T08A 3BLKA 1GCYA 2D1ZA 3SCWA 1A3HA 1UKOA 2Z1KA 1XYFA 1C8XA 2C0HA 1UOKA 1TUXA 1WP6A 1JFXA 2WCGA 5A69A 2J4GA 5DT5A 3DECA 3JUGA 4PMDA 1G01A 2QLYA 3VTRA 2FHCA 1ZB5A 3UR7A 5CPSA 3AIUA 3RM9A 2JIEA 4QDMA 1VEOA 2BY1A 4WF7A 3KL5A 2YL9A 4P8VA 4P7QA 5A94A 1V0KA 1LJYA 3PZNA 1W9BM 4QFUA 2CHNA 1KXHA 1E4IA 4HA4A 1XH2A 1DWFM 1GUVA 1ZBKA 3EMCA 4JKMA 2EJ1A 3A6OA 3FAXA 4PSRA 1VIWA 1ZU8A 2VJXA 4M8UA 1UKPA 3WUFA 1NM9A 3B9DA 4JFWA 1QI2A 4R27A 5CQ1A 1JZ4A 4W89A 1GNXA 1C3FA 3ALGA 1SR0A 4FLSA 1B9ZA 1R86A 3CIVA 4NI3A 4Z2LA 1MW2A 2J8FA 2ZXAA 2DSWA 2WYSA 4BQ5A 1KWGA 1V6YA 2ZX7A 4GZJA 1R8LA 2ZUWA 1GVIA 4LYRA 2CBVA 3VD9A 1J10A 1NOFA 4H8UA 3SIMA 1R7OA 5A6KA 3CTTA 4UQBA 3LPPA 1UQZA 2ZX6A 4KH2A 2IXVA 2X0HA 4PMQA 2UY4A 3GDBA 3D3AA 2XVGA 1KQZA 1WZLA 5CPQA 3WSUA 2FGLA 3L4UA 1M04A 8A3HA 3T0AA 1EIBA 3ARZA 2J47A 4CCEA 4AYSA 2GDVA 1NP2A 3L4WA 1R85A 1BGAA 2BY0A 4P7LA 4AIEA 1J12A 1E9LA 2OSYA 1UA3A 1NH6A 1WB0A 3AHTA 1TMQA 1CECA 4IPLA 2WVVA 4U2ZA 3WQ4A 1I1WA 2PF0A 4LYQA 1QHPA 1W1VA 4S3JA 1HF6A 3ARYA 1MW0A 4FF5A 1E6ZA 3N18A 5BRQA 1J11A 3WNLA 3WMBA 3PZTA 2WVTA 3K8LA 2WAGA 3GBEA 3CUFA 3SUVA 1J0HA 2XFYA 4PTWA 2CBIA 2WK2A 1UR4A 3GM8A 2CIPA 2CBJA 4UQAA 3ZT6A 1CIUA 1G94A 4V27A 1TZ7A 2WXDM 1UUQA 3W28A 3VIFA 1H0GA 2PB1A 5JIWA 2YBUA 3VIJA 3KL3A 1QI5A 1OT1A 1BFNA 2GJRA 3CO4A 2XG9A 4UFLA 4PTVA 3ARTA 4RE4A 2WC3A 2GJPA 3OBAA 4MDPA 1OD0A 4QCEA 2X0YA 1E4LA 3NDZA 2E3ZA 3BC9A 4PMVA 3BLPX 3WH5A 1CZ1A 5BXPA 1JGIA 4QCFA 4URIA 1E4MM 1J0JA 3PTKA 4PCSA 5HXMA 1HIZA 3SCSA 3PHAA 2OYLA 1Y7VA 3G6LA 1K9FA 3CZJA 3EDKA 3TTOA 4F8XA 2V3EA 2VTFA 4UFKA 1GJWA 3I3EA 3MUZ1 1UD2A 3AMDA 3KEHA 4JCMA 4OKDA 5CJ5A 4ZFMA 3NSXA 4HOXA 1BYDA 2XJ7A 3PBGA 4U31A 1BVNP 1JAKA 2BHZA 4PEEA 4D6GA 3ZOAA 1LG2A 2DPEA 1V0LA 3AHYA 1TR1A 2XIIA 4AD4A 3EYPA 3ECQA 1J9YA 2CXGA 4OUEA 3VD5A 2X2YA 4ZE5A 2G3IA 2CEQA 4JZ5A 4PRWA 3AIRA 4E8CA 2DDXA 1R87A 5CG0A 3L4YA 1WCGA 1G1YA 1ISYA 4CN6A 1OBAA 1W2PA 4GO9A 4PSPA 4TVDA 1HJQA 1MVYA 1A47A 1WKYA 2VRJA 3GH7A 3VM5A 2GFTA 2DGAA 3NSNA 2XVNA 5A6AA 3AS2A 3NYDA 1PX4A 4PMNA 1B90A 4UFHA 1QPKA 5KEZA 3GH4A 1M03A 2XGIA 4D6DA 3WF1A 2WCSA 3CHDA 4GZEA 1F4HA 1H41A 1FA2A 2GJXB 1VRXA 3CZKA 1PPIA 3VIHA 1KGUA 3ARXA 2VX7A 5GNYA 4D1JA 4MNJA 4RE2A 4TXEA 4GQRA 1PX8A 1R7AA 1ZJBA 4L4OA 3VILA 3IJ7A 2VCBA 3AIQA 5A2CA 1J0YA 4ACZA 5D8ZA 2OSWA 1V6VA 3ZJ8A 1E6PA 5CZKA 1HNYA 1W3LA 1EOKA 1BYCA 2WCAA 4UFJA 2J7EA 2WC4A 4WSKA 4M82A 2W91A 3GXDA 1SMAA 3VMOA 1JIBA 4U5KA 5I79A 2FGZA 1JDCA 4W84A 4CCCA 1DTUA 3LPGA 5CLWA 3FN9A 4WLCA 1CGXA 4D6IA 1GONA 4W7UA 2MANA 2OLHA 5F7UA 4Z2IA 3CZGA 1V6WA 4GINA 1NWRA 4AZ5A 2YDSA 4UZSA 2J7FA 3U57A 3U7BA 3EMQA 1UKQA 1ESWA 1CPUA 3FXYA 3VDAA 4PTMA 2YOCA 3WDJA 1G5AA 1H09A 1AVAA 1UYQA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3PZIA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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