3PZM | Genus

Total Genus 158

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	158
sequence length	357
structure length	357
Chain Sequence	FRFIGSNNYYMHYKSNRMIDSVLESARDMGIKVLRIWGFLDGESYCRDKNTYMHPEPGVFGVPEGISNAQNGFERLDYTIAKAKELGIKLIIVLVNNWDDFGGMNQYVRWFGGTHHDDFYRDERIKEEYKKYVSFLINHVNVYTGVPYREEPTIMAWELANELRCETDKSGNTLVEWVKEMSSYIKSLDPNHLVAVGDEGFFSNYEGFKPYGGEAEWAYNGWSGVDWKKLLSIETVDFGTFHLYPSHWGVSPENYAQWGAKWIEDHIKIAKEIGKPVVLEEYGIPKSAPVNRTAIYRLWNDLVYDLGGDGAMFWMLAGIGEGSDRDERGYYPDYDGFRIVNDDSPEAELIREYAKLF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__953631974214511__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__953631974214511__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3PZM/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__953631974214511__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"953631974214511","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3PZM/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__953631974214511__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cffebbbe725ee1fe4aa300d/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cffebbbe725ee1fe4aa300d/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cffebbbe725ee1fe4aa300d/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cffebbbe725ee1fe4aa300d/pdb.gz): 700 ms

reading 357 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

357 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:356});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Thermotoga petrophila rku-1
publication title	Structural characterization of a novel hyperthermostable endo-1,4-beta-D-mannanase from Thermotoga petrophila RKU-1 rcsb
molecule keywords	Mannan endo-1,4-beta-mannosidase. Glycosyl Hydrolase family
total genus	158
structure length	357
sequence length	357
ec nomenclature	ec 3.2.1.78: Mannan endo-1,4-beta-mannosidase.
pdb deposition date	2010-12-14

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3pzmA00

3FHQA 1EOMA 1GOKA 1X6LA 2YLLA 1EHNA 3BCFA 3CZLA 5D8ZA 3D3AA 1YQ2A 2OYLA 1AQMA 3VD3A 4TTUA 2VRQA 3ARSA 4H7VA 1E40A 3SCSA 1VFMA 1MW2A 2OSXA 1ODUA 3UG4A 3AMKA 2OSWA 1KXTA 3CHCA 3UEQA 5AY7A 1WZKA 2C0HA 5D4YA 5EMYA 1W9VA 3NYDA 3RMEA 2VX5A 1HKJA 4KMQA 1WDRA 3M46A 5ABHA 4IUGA 1B3YA 1WO2A 3VOCA 4FLQA 1KWGA 1JYXA 4AW7A 2YDQA 4BQ3A 1ZS2A 1UR1A 2D2OA 3AIRA 4Y7EA 3VDCA 3CMGA 4PMXA 3AHXA 4ML4A 3SCRA 2W62A 2XTKA 4PMRA 3WH7A 3GYCA 1CXIA 3VIIA 5E6ZA 3SCVA 4D71A 1X1NA 4PMDA 3QGVA 4PMVA 1W3KA 3MANA 1BF2A 4GINA 4J3SA 1E5JA 2EEXA 2O9TA 2VZUA 2ZUMA 2V3EA 1F4AA 4ACZB 3L4UA 4CD5A 3BLPX 1JI1A 3VTRA 4AMCA 2W5FA 1H0GA 4FLSA 3ZJ8A 3HMCA 4WKHA 4S3KA 2O9OA 1CNVA 2CITA 4TX8A 5A6MA 1PJ9A 5A1AA 4XB3A 2V5DA 4X9YA 1W1YA 3VILA 4A4AA 1G01A 1PX4A 3L2LA 2J77A 1UWRA 2YIHA 1HKIA 1PZ3A 3GH5A 2WM0A 3WDIA 3SURA 1QNQA 1EQCA 3W24A 6TAAA 3K4AA 1SMDA 1UKQA 1FHLA 1XGZA 1XSKA 1PIGA 1Q6CA 2OWXA 3VDAA 3IJ9A 1J0HA 1FH7A 1GOIA 1B3XA 1ISVA 4AYSA 2DSUA 3KWXA 4NI3A 4TVCA 3CUIA 1CIUA 1CGTA 3M7SA 3N9KA 3FW6A 1E6PA 1FOBA 1LJYA 2HVMA 4Z2KA 2FDMA 3PZIA 3VM5A 3AMCA 1D3CA 1GUVA 2E9LA 3OLIA 3AIWA 1CGWA 3ARZA 2ESCA 4AD2A 4XZBA 3MUIA 1OINA 3QOKA 4F9JA 8CGTA 4LX4A 1MXGA 3I3DA 4P8WA 1CEOA 5GQBA 3F5KA 3AHVA 3MSDA 1PZ2A 1UD6A 4QCEA 2YBUA 3VDBA 2VZVA 7CGTA 3RDKA 4UTFA 4E4PA 3A4WA 4QAWA 3W28A 3WD1A 5GNZA 1VENA 4E8DA 2VZSA 2EPKX 1BSIA 5EFFA 1QNOA 1MFVA 1PX3A 2AAAA 2J62A 1TVNA 2XWDA 1ZL1A 2BY1A 1F4HA 3AMGA 1UWIA 4CN4A 5IFTA 1NWUA 1RP8A 3VMNA 1IZKA 2VJXA 4HPHA 2YL6A 3CUFA 4D6CA 1E0XA 4AWEA 2F61A 1US2A 4TUFA 1EIBA 3GXDA 4LXFA 1B3ZA 1CXHA 3ZJ6A 1VBUA 4E8CA 3ARRA 4AD5A 1NP0A 1W91A 2G3JA 3TOPA 1JAEA 4PRWA 1GQIA 1E1EA 1OD0A 1AVAA 4M82A 3WIJA 1HJSA 3W27A 2QMJA 4AZBA 2BV9A 1KBKA 4BQ5A 3UERA 2J7HA 1GZJA 4Q22A 1I75A 3ZR5A 2PWFA 2CESA 2O92A 3VDHA 3CBWA 1KQYA 2ZX7A 4Z2JA 5CLWA 1U33A 2Y5EA 3AIVA 1V3IA 1E3XA 2J74A 4DUXA 4XUYA 3AICA 1JZ3A 3MO4A 3EBVA 5JUVA 4UFJA 3JUGA 5CPQA 4AZ5A 5EBAA 2XIBA 1HVXA 4JCMA 3EDEA 2DDXA 3T2QA 2CXGA 4CD7A 1GOMA 2ZUWA 2WVUA 2J4GA 3WMBA 4P8UA 2YL9A 5CJ5A 2GJRA 1VBRA 2UWFA 1GOQA 4P7QA 3L4XA 1JZ7A 4JCLA 4AD1A 1HF6A 1SFSA 3SIMA 2CKSA 3EDFA 1JYVA 2AOSA 3AZSA 1CWYA 1CBGA 3RCNA 4JFWA 4BCEA 3N12A 1VRXA 5I77A 3RJYA 4ATWA 4MB5A 1K9EA 3EDJA 1JZ8A 1LQ0A 1WZAA 4PCTA 2WLYA 4C7FA 1MYRA 3W38A 1BGAA 3ARVA 3THCA 3DYOA 4XX6A 1EOKA 2FH6A 4PTMA 3BSGA 4J28A 4R27A 1HN1A 2XFYA 5ABFA 5BRQA 5I5RA 4JFUA 1C8YA 1BYCA 1GQJA 3WF0A 3UG3A 1W2PA 3BAWA 3ZSSA 5BXSA 3KZSA 1FFQA 3PZVA 1W32A 4TX6A 1J0JA 3ZR6A 5HBFA 1XD0A 4CN1A 4U2ZA 1GOOA 1BVZA 4N42A 4J3VA 1K9TA 1UUQA 5HOSA 4TTGA 2OYKA 1E1FA 4PMNA 5D9MA 1MW1A 5HDRA 2Y4SA 3U7BA 3ZJ7A 1I1XA 2ZUVA 1DTUA 1CPUA 1CLXA 4NSBA 4BA0A 1QI5A 1ZBVA 3ARYA 4OUEA 1UWUA 1HJVA 1R8LA 3S6TA 4GKLA 1KXHA 4UFHA 2J8FA 4UNIA 1K6AA 4UOQA 1W3JA 5I24A 4TXEA 1UR2A 5AC5A 1ISZA 1IZJA 3HU7A 1J10A 4UOZA 1VIWA 1Z32X 3PZGA 1DWAM 3WF4A 1QW9A 1QI3A 3AJ7A 1G0CA 3VPLA 4AIEA 5JBFA 3CIVA 1JXKA 1JZ6A 5IDIA 1RP9A 4Z2LA 1W9PA 2DH3A 4HZ7A 4UFIA 4FK9A 4D1IA 4HA3A 2XPKA 3MS8A 4EAMA 2WC7A 1H2JA 1JG9A 1JD7A 2WWDA 3SCTA 2VC9A 3GZAA 5M5DA 1CECA 5DEZA 4W7VA 1E9LA 4OOZA 4IPLA 4NRRA 3W4RA 3APGA 1CXEA 2EXOA 3AXIA 3AHZA 3U7VA 1QHOA 3RILA 3POHA 2QF8A 3MMWA 2DGAA 1E6XM 2W92A 1H1NA 3WF1A 2FGLA 1XSIA 5BXPA 3B9DA 5A94A 4B16A 1IT0A 4GZJA 1EDTA 3AXHA 3SUWA 4A3YA 2E4TA 1TG7A 1BGGA 1E43A 1NWRA 1WZLA 2GDVA 3WNMA 1CZ1A 2W63A 1VFFA 1RD6A 1UWSA 1JNEA 1NQ6A 1CLVA 2DT2A 2XG9A 4ZENA 2D20A 3AS1A 3M07A 3WF2A 4HMEA 5C8BB 1C7SA 4MNKA 1UR8A 1KFWA 2BHYA 3L4TA 6CGTA 1EQPA 3DHUA 3ARPA 1ZU8A 3II1A 2VZTA 1E15A 2A3EA 3RM4A 3CUHA 4AZ7A 2ZXBA 5M3WA 3MV11 2X0YA 2DH2A 1V03A 2XGBA 3WFLA 5JIPA 1QBAA 1E4IA 1QI0A 3WH5A 4MADA 4ATLA 3QHMA 1QNPA 1VF8A 5A8MA 3IANA 4GQQA 4U3CA 2PBGA 2WMJA 5GNYA 5FL1A 1QNRA 1H4PA 1GHRA 3MMUA 4U3AA 3PN8A 2GFTA 3G6MA 4AY1A 2YA0A 3EDKA 5LA2A 5HPOA 1XSJA 3ALFA 1MXDA 1DP0A 4L4OA 4D6IA 1OCQA 3VGGA 4PUDA 1PEZA 4PYSA 4ACYA 5BROA 4DUWA 2ZXDA 4IPNB 1PBGA 4OBRA 1SR0A 3BXWA 4CD6A 3OLEA 2VNCA 1B31A 4MB4A 2ZICA 3FAWA 1B0IA 1BHGA 2FHBA 4XZWA 4LQ1A 2PC8A 2QLYA 3GNOA 4H2CA 1LG1A 2BVYA 4BS0A 4B9YA 4JFVA 3WL1A 1WAWA 3KE0A 3WBEA 2J7DA 3QOMA 2YDSA 4RL3A 3SUTA 4AISA 2DSVA 1BQCA 4HTYA 2WC3A 1GNXA 4JL2A 2OWWA 2JF6A 5I0DA 4PEEA 3WUGA 4PSPA 2WHLA 3VO0A 1LG2A 4QLJA 1G1YA 4UQAA 5E09A 9CGTA 3TP4A 1M01A 1C90A 3PZTA 1BLIA 2JEQA 3L4ZA 1D2KA 2XFFA 2ZX9A 3MSGA 4P7LA 1LF1A 2J25A 3N04A 1CXFA 3OZPA 4AZGA 1SMAA 1VEMA 1V3HA 2UY2A 2ZX8A 3FY1A 2X0HA 4UQ9A 1KQZA 1UZ1A 1B2YA 1NOFA 2PWHA 4D6EA 1GQKA 4CU6A 3CMJA 3F5LA 1ZBKA 4CCEA 3N18A 3K8LA 4MNMA 4HU0A 4CVWA 1UH3A 1OGSA 1OBAA 3B9AA 1OIMA 1A3HA 1XH0A 3ARQA 3VIHA 3VVGA 5IXEA 1GVYA 1R87A 5D9NA 4PMYA 3W53A 1FFRA 3UCQA 1KR1A 3NIYA 2PWDA 3VD5A 3T2PA 1HP4A 2GJXA 5HPCA 1W9DM 4W87A 1HX0A 2OWCA 5CGTA 1DWJM 3CHDA 3BMVA 4D6HA 3W0KA 3WENA 2CEQA 3L4YA 2YL8A 2WVVA 1E55A 4TOQA 3VIKA 1R85A 2VR5A 1E4LA 4P7OA 4WKAA 1DEDA 3IK2A 1TVPA 3L4WA 3K8KA 2J8GA 4MDOA 2WMKA 4JZ5A 4N0RA 2WXDM 4GPNA 2YKKA 2ZUTA 4AZHA 1H09A 3OGRA 1QVBA 3VUPA 1VAHA 1L8NA 3F4VA 2A3AA 1V08A 2WCSA 4UFMA 4V28A 1HIZA 2D24A 8A3HA 4P8VA 1JZ5A 3PBGA 3WDRA 4FMVA 4PTXA 4HA1A 4B15A 4UCFA 1CXLA 5C70A 4KRTA 1OD8A 4ZFMA 3O6AA 1V6UA 1MQQA 3MUZ1 1RH9A 4LYPA 5E0CA 4AD4A 2EPLX 3NSNA 4L4PA 4J7RA 3WDJA 2CCRA 1HJXA 1EH9A 5A69A 3OBAA 5E0FA 1XYFA 2JE8A 1VJZA 2G4FA 2J7CA 4Z2GA 1CGVA 2RGLA 1UKPA 4OBSA 4JKLA 5A8PA 2GJPA 2QPUA 1MW3A 4W84A 1ISXA 4HOWA 4Z2HA 3AYRA 3WNPA 3PZOA 3OB8A 1V6YA 4OIFA 3PTMA 3D5HA 4D6FA 1WP6A 1KXQA 3WL0A 4AZIA 2PF0A 4BF7A 1HJQA 3CUGA 4UZSA 2E8ZA 2XM1A 1NOWA 4URIA 2D23A 1MWOA 4S3JA 4HPGA 3AISA 1NARA 2E9BA 4EKJA 3G6LA 4W7WA 2JIWA 2XFRA 2VZOA 2DQXA 1UH2A 2CBVA 5AYBA 5D9OA 5GNXA 5BXRA 4RE3A 1KBBA 2CHNA 1G9HA 1X6NA 1H5VA 3OGSA 3BH4A 1V6VA 1VFOA 3GXFA 1IV8A 4DM1A 1ISWA 4BQ2A 3NCOA 1UA3A 4JFTA 3WQWA 1M03A 2X2YA 2D0FA 3VD9A 1WZMA 3UETA 4MNJA 4OKDA 3U5YA 4PMOA 3IAQA 2WYSA 3ZO9A 3SCQA 1DWIM 3ARUA 4HZ8A 1BG4A 3NSXA 2A3HA 1E6RA 3VIMA 1XH2A 4LYRA 1ZJBA 4U2YA 1QI4A 4FLRA 4J3XA 3WH8A 3VMPA 1YHTA 3QR3A 4V2XA 3T09A 1LL7A 3F5JA 4B9ZA 2UY5A 4LPCA 3SUUA 4TVDA 4UQEA 2WMHA 2WSKA 2J7BA 3THDA 2BHZA 3HJEA 2V5CA 1XH1A 1BVNP 5CGMA 1EXPA 2XJ7A 2G3IA 2VCBA 3OLDA 4ATDA 1W9XA 2DSWA 2EBNA 1ISYA 4UQCA 2BY2A 2CPUA 3WUBA 3EMZA 3RM8A 5DMYA 3O2LA 2WMFA 2JFEX 3WBAA 4K68A 3A6OA 4PMQA 2JALA 4Q7NA 1P6WA 1HJWA 3ECQA 5CG0A 4PTWA 2CKRA 2DSZA 1EGZA 1H0IA 4R5EA 4E2OA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3DHP A;  5BCA A;  2DEP A;  2VUR A;  1C91 A;  4JHO A;  2ZUN A;  4DUV A;  1C7T A;  1OM0 A;  2DSK A;  3GNP A;  1E6Q M;  4QCF A;  2FGZ A;  2YLA A;  1NM9 A;  2VX7 A;  3AHY A;  3VIG A;  3VIJ A;  2UY3 A;  2PI6 A;  1KB3 A;  1V0N A;  4CD8 A;  1ZB5 A;  3AIU A;  2OLH A;  1GJU A;  2XUC A;  1E6N A;  5I6S A;  1JFX A;  2VCC A;  5A6L A;  1UHV A;  5TD4 A;  3WDH A;  1ESW A;  1V0K A;  2VO5 A;  2EPM X;  2QMK A;  3PZM A;  5BXT A;  5BYW A;  1A47 A;  3VIO A;  3CH9 A;  3WFZ A;  1UD4 A;  4PSR A;  5M03 A;  1U30 A;  4UQB A;  5FIP A;  3DYM A;  4M29 A;  4PMU A;  2EJ1 A;  1NWT A;  5A8N A;  4NF7 A;  1WE5 A;  3LPG A;  4QLL A;  2VQT A;  4CCD A;  1WB0 A;  2DT3 A;  1UWQ A;  2XVL A;  5IFP A;  1E4N A;  3CZJ A;  3UR8 A;  1M7X A;  5A2B A;  3IJ8 A;  3VGD A;  3WD4 A;  3WMS A;  3FAX A;  2J79 A;  4MTV A;  3AZT A;  1EDQ A;  1FH9 A;  2WSP A;  3QHO A;  3TON A;  2ZWY A;  5BRP A;  5A3H A;  3PZN A;  1V3M A;  2HIS A;  3FHA A;  1NOU A;  1QNS A;  2UY4 A;  1M04 A;  4M1R A;  3GXI A;  4AIO A;  3UG5 A;  1GJW A;  3CZG A;  1KCK A;  3B9E A;  1JF5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3PZMA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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