3Q2D | Genus

Total Genus 95

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	95
sequence length	250
structure length	246
Chain Sequence	TDLKASSLRALKLMHLATSDTDENVIALCHQAKTPVGNTDAIFIYPRFIPIARKTLKEQGTPEIRICTSTNFPHGNDDIDIALAETRAAIAYGADSVAVVFPYRALMAGNEQVGFDLVKACKEACAAANVLLAVIIETGELKDEALIRKASEISIKAGADNIVTSTGKVAVGATPESARIMMEVIRDMGVEKTVGFIPVGGVRTAEDAQKYLAIADELFGADWADARHYAFGASASLLASLLKALG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Optimization of the in-silico-designed kemp eliminase KE70 by computational design and directed evolution pubmed doi rcsb
molecule keywords	Deoxyribose phosphate aldolase
molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
total genus	95
structure length	246
sequence length	250
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2010-12-20

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3q2dA00

3TE9A 5DLCA 3K30A 1K7FA 4JX5A 3Q94A 5LKYA 1RQHA 5FF4A 3W87A 3NQ8A 4MVAA 2RDWA 2E5CA 2GJNA 4WUIA 4D2JA 4Z08A 2W0UA 1OF6A 2EKCA 3BG3A 3NPWA 2A7NA 4KFNA 1TTIA 3A24A 1RV8A 2O7SA 2A5HA 4K6AA 1VYRA 1OFRA 4UTWA 2ZA1A 3B04A 2VEPA 3M44A 4JS3A 1FCUA 3OEXA 2YZRA 5AYXA 2QJHA 2ZYFA 4DBDA 2FPYA 1X1OA 2P10A 1VCFA 4DPQA 4QM1A 4AHPA 4N2YA 2Y88A 3TR2A 3W7JA 3FS2A 3BG5A 3MP3A 1EP3A 3G0XA 1ZHAA 5D02A 1LOLA 1GZGA 4MPQA 2ZRXA 3FYOA 1TPB1 2NX1A 1VC4A 3W2KA 4DBEA 3TMQA 1H62A 3TXVA 4JR5A 2JKEA 1QPRA 3W1NA 2QCMA 1OX4B 1E51A 4NZJA 2VFFA 3QW4B 1RZMA 2WV8A 6ALDA 1FDZA 1PCWA 1FXQA 3NA8A 3PY2A 5KITA 3CEUA 2OT0A 4CNNA 5CZ0A 3YPIA 1AL7A 2YW4A 3MMTA 3M41A 1AG1O 4M5PA 3VE7A 2CFFA 1EWEA 3GKFA 4MYXA 4W9TA 1SZFA 3NZRA 1YDVA 3EXSA 3VFLA 3ABRA 4TMBA 5LHFA 1PV8A 2NV1A 3W7OA 2R94A 5L6UA 3BG9A 3LLDA 3RF9A 4PA8A 4FIRA 1EIXA 4R53A 4UMAA 1Q6QA 2DORA 4LU0A 5EMUA 3MJYA 3KVMA 1TPWA 4FNRA 3NQAA 3RFAA 2C16A 4I7UA 1T96A 1R46A 4JIQA 3GYEA 3NM1A 1TJPA 3S1WA 2QCEA 3PM6A 4XTIA 2GUUA 4HNNA 3TKFA 2ZRZA 3QRHA 4MOZA 3GR7A 3LV6A 1IXPA 3GAYA 2EHHA 3TXZA 4ONVA 3I6RA 3O6DA 5DCDA 3BPWA 3HBLA 3HQ1A 1UCWA 4JGDA 1B4EA 4UIOA 1XBZA 3G22A 5LNUA 2V5LA 3UWZA 4ZQNA 3H53A 4JTUA 3TH6A 1I2RA 3P60A 5D03A 2E6DA 4Y9AA 1KLZA 1QPOA 4H6KA 4TX9A 1L2UA 1A5AA 5CKSA 3M5YA 3GKAA 4LRSA 3WFAA 3NQ2A 1XL9A 5EL1A 3VCRA 4IQLA 4O12A 4AWSA 3LBCA 1THFD 1JVNA 5CSSA 4K7VA 4FEZA 1YPIA 1G6CA 2WSRA 1TJRA 5C6MA 1OYBA 3WK0A 4BWLA 4TIMA 4GBUA 1O60A 3L5AA 2CU0A 4TR9A 4CCEA 3GLCA 3BARA 1MEIA 4A2RA 2CLLA 2V5BA 3EKLA 5CPLA 4EF8A 1JCYA 4NJJA 3UPWA 3FYPA 5EBUA 5G4WA 4JDYA 4EVZA 2VFEA 3QMSA 3G1HA 2CZDA 3DI1A 1M6JA 3MHFA 5T26A 4FO4A 3T55A 1A5BA 4E2DA 1FXPA 2E6FA 2W6RA 3PC0A 3TSMA 5I3GA 3DU0A 5FF3A 4ICNA 1A53A 4BI7A 3UZJA 3GDTA 4RJEA 1J2WA 3P74A 1JRBA 3EX4A 4NX0A 1K7EA 1HUVA 3TCEA 3PF3A 4NT0A 2YW3A 1LORA 1JUEA 1KM5A 1SSDA 1W8SA 4MY1A 2PRLA 3G1SA 1LLWA 4AMAA 3NGJA 5L9FA 2QCHA 1GG1A 2DZWA 1SR9A 4HNTA 1FDYA 5HMSA 3CIWA 5FI8A 5F2MA 3W1TA 3ANYA 3G0SA 3S5YA 4O57A 4N6FA 2QJIA 3DENA 3L5LA 4IXHA 2CZFA 1ICPA 2G5WA 2TPSA 2YDAA 1Z44A 3H55A 3UWUA 3NQVA 5HWNA 5CPMA 3CPRA 3MP5A 2JBMA 1CW2A 4JTFA 2C18A 4AH7A 3FJLA 5FF2A 1FX6A 4NX5A 3R13A 5EY5A 4N9BA 5G5IA 1G4PA 2NWSA 3R12A 4XUGA 4ZQRA 3W7QA 1VCVA 1TMHA 2CWNA 5D2TA 1TTPA 4TO8A 3I7SA 1ZAHA 5KTLA 1OX6A 4N9EA 2OMAA 1ZNNA 1SSGA 2QAFA 4QISA 4RZ6A 2CLEA 1F6PA 5AHMA 4LS2A 4OQVA 5D32A 1FWTA 3MI6A 4Y96A 3LTPA 1KM6A 3SI9A 5LSMA 1UASA 2JGYA 1LM1A 2WO5A 1SO4A 2PCQA 3IVTA 3PBUA 1BWKA 1GQNA 2ZRWA 4AEOA 4E0CA 2CZ5A 3W22A 4JX4A 3W7PA 5F4XA 1OG0A 3BV4A 3PUOA 3ABQA 4LC8A 4O4VA 3LDVA 3UWYA 1B57A 1FDJA 4N9CA 2J9XA 4NJGA 4GUIA 2LLEA 2I1OA 1TIMA 1HTIA 3MHGA 2UV8G 1FWNA 2BWGA 3E49A 2FLIA 3W7CA 3E96A 3UZ5A 1P4CA 2CLFA 2GOUA 2C13A 1H63A 4LVBA 1S3HA 4LWWA 2Y6ZA 1M7OA 3DI0A 5BOOA 3OG3A 1IXOA 4OBTA 5HUOA 1VH7A 4QIUA 3IIPA 2OX1A 3UWVA 1SO3A 5G4EA 1GVFA 2H3DA 2ALDA 4LNYA 5DELA 1DBTA 1DORA 2QAPA 3N19B 3L0GA 3QPZA 2A4AA 3TIMA 3TSBA 2E6YA 4R33A 3EWBX 4O1CA 3AJXA 3S1VA 3GDRA 2F7FA 5LZLA 3W7EA 5AHIA 4OV9A 3IIOA 3N2XA 3M0ZA 4IMDA 5EYWA 3R2GA 1B3OA 1NF0A 1ZALA 2I14A 1WOAA 4WXZA 1FCVA 3NPVA 4QSHA 3UXDA 4R34A 1O95A 1OF8A 3GXTA 4MJZA 1YXCA 4NXKA 3BK0A 3MHUA 1JCMP 3GK0A 1KFKA 1AL8A 5KZEA 3T40A 3LHWA 4ML9A 4NZFA 1PS9A 1AK5A 4LVDA 3ZR4A 3GIYA 1KM1A 3VE9A 2VFHA 2DP3A 2V8ZA 1XI3A 1TV8A 5K2ZA 1GVRA 3BW3A 3P80A 4LV9A 3SSJA 4O50A 4JDBA 5CZJA 3UWWA 4UFLA 2YYTA 2JKPA 3MUXA 1HG3A 1DHPA 4UNKA 1FCQA 4MLJA 1VGAA 4ORIA 4IMGA 2J6XA 3PG8A 4MUZA 1F74A 4JTJA 3L9CA 4JYFA 1MEHA 3I7RA 3G1AA 2DZTA 3S1UA 3SGUA 5I3JA 1TSIA 1WQ5A 1SFJA 4HSNA 1XXXA 4X3ZA 1W56A 1GVOA 1N8FA 4UTJA 4Y8FA 1KA9F 4IGHA 4CQ9A 1L6WA 4JYDA 2RDTA 3G1XA 5AB3A 8TIMA 3L0KA 4O0ZA 5HQEA 3RMJA 5EA9A 1UUMA 3WK1A 7TIMA 3DFSA 4R7JA 3SW6A 3PS7A 3U8GA 3W7LA 4AWTA 5CSRA 3KX6A 3NNTA 3BGJA 2BSLA 4X2RA 5F2LA 3PULA 1OFDA 4KWWA 4WX2A 3IGUA 4JTEA 1GYLA 3QH2A 1XKYA 3E02A 3W07A 2QCFA 4LVFA 1BWLA 3HGOA 1Z48A 2JK2A 3PSVA 1O5XA 1AMKA 2C6QA 3LERA 2QR6A 1GTEA 1XFBA 3CQ0A 4N4PA 1WX0A 3LX9A 2ZDRA 3TW6A 3KXQA 3QJAA 3MP4A 4AB4A 2WNQA 4Y6GA 3WK2A 1N55A 3PUEA 3N73A 4P61A 4ZQPA 1G4EA 1VLWA 1YPFA 4M19A 3A21A 4UR7A 3PBYA 3MO7A 3HGRA 2ZTJA 4CCCA 5LNSA 5F1VA 4E38A 1J4EA 4AHOA 1T99A 1G69A 5CGQA 1HO4A 4IMFA 4AVFA 2DZPA 1Q6LA 1WOBA 4UR8A 5FEPA 1KLYA 4HPJA 4JTLA 1PL9A 4WXYA 1EUNA 5FEWA 2YGYA 1OX4A 1EP1A 1IF2A 3S9YA 3P81A 1TQJA 3NYZA 3NZ1A 3N9SA 1XDLA 3LBMA 1FWWA 5F2GA 1KTCA 1SZGA 1H7PA 3L68A 3P5YA 4IX0A 2VKZG 2YFNA 2QCLA 3TQVA 3NDOA 3P67A 4JX6A 3UY7A 2C15A 5HR7A 2HMCA 5CZTA 2FIQA 2B7PA 4LVAA 2H8ZA 4QNWA 5DN1A 2DZVA 1LZOA 2NV2A 1SFLA 3O1NA 2NXGA 1XM3A 4N4QA 4ZQOA 4UCGA 1V7YA 4FX6M 3EWYA 3W7MA 1I8JA 2CLHA 3W1PA 1KTBA 3AO0A 2C3ZA 5D38A 2ISWA 4N02A 4XBSA 3QPYA 4BI6A 3P61A 1GEQA 1Q3NA 1KFCA 1H7NA 1MO0A 4HHPA 2X1TA 3NEVA 1T0OA 4OT7A 3N14A 1QO2A 4OGZA 4RZ5A 3TDFA 4K38A 3S0CA 2VOMA 3IGSA 3PVFA 1Q45A 3OHIA 4IMEA 2QCCA 3HB9A 3RLVA 4DF1A 4I9AA 1NFBA 2QJGA 1OABA 3DBPA 5AHEA 3UY8A 4BF9A 4BR1A 3LM7A 3T78A 2ZTKA 2V2HA 3TAKA 2WNZA 1U5JA 2V0TA 4XQ6A 3W1LA 3N9RA 4HIBA 5HULA 3W1RA 4UFMA 4GE8A 1VPXA 2ZQ0A 2X30A 1YYAA 1W3NA 2Y63A 3GAKA 3M1ZA 4Z1DA 1G7UA 1H51A 2Y7DA 3W1QA 1PIIA 1WXJA 3D0CA 3LHVA 3MYOA 3TC7A 3STGA 2ZRYA 4JTGA 3LCIA 2IQTA 3IEBA 3BGGA 1K8XA 1QR7A 5C54A 1XBXA 3V75A 3ZS4A 4EWND 1QWGA 2NLIA 3RNDA 2KZHA 5IBXA 3W7DA 2V82A 3PWAA 3NG3A 2HSAA 3MI2A 1OK4A 4DXVA 4AWUA 5K7JA 5GVJA 2CLMA 4NJIA 5C2XA 3EX6A 1KFJA 1W54A 4O4WA 2FFCA 1JQVA 3M5VA 5D2WA 1GVQA 2YFOA 3HG2A 3N3MA 1EPXA 5KZMA 3EX3A 1TPDA 1C29A 2XN1A 1GOXA 1A50A 1PHWA 3LTYA 2R91A 1YDNA 1R2TA 1WYIA 2DJLA 3W7KA 1L6YA 3LCXA 1RD5A 3W2LA 1X7FA 2WPBA 3FIGA 3HPSA 2E1DA 5C5YA 3KVJA 1LDCA 4IMCA 1WDWA 2E09A 1G4TA 1TTQA 1GYNA 1H60A 3C2OA 1FWSA 5DCEA 3CM4A 3NQ7A 2FB2A 3T44A 3IIXA 3LLFA 1G7VA 2B7QA 4O54A 1ZCOA 3OVRA 3UYCA 3IRDA 4O28A 2RDUA 1H7WA 4GWEA 3B0VC 2EF9A 5TQLA 3TROA 1ADOA 3G1YA 2QF7A 1QOQA 4UTIA 4POCA 2GJLA 4I7WA 3S5ZA 3LB0A 3A22A 4UMBA 2C19A 5C55A 2X16A 3W9ZA 2E68A 4DO4A 3U6WA 3GDKA 5D30A 1AW2A 4P2VA 1PE1A 2R8WA 3MBDA 5AC7A 1DJQA 1G67A 3QFEA 1NVMA 5AHNA 3IIZA 4ORMA 3NL3A 1NAL1 1GT8A 4A29A 3NXFA 4ADSA 2WKJA 1K3UA 1W37A 2TRSA 1OYCA 1K02A 2XN2A 3W7GA 1W3TA 1KTNA 4CNPA 4BFAA 3NAVA 4DO6A 5J5DA 5BMXA 1F7BA 3QM3A 5K9DA 3EXTA 3JS3A 3R8RA 3UWQA 3QC3A 4FXRA 2NWRA 1ZFJA 3NQCA 4RKAA 3IVSA 1VYPX 4Y90A 4WD0A 1IIHA 5DXXA 1KBJA 4LY8A 5LNWA 2B7NA 4K7YA 1LCOA 1H1ZA 2X2GA 3N2MA 1I2PA 3W76A 5AOUA 2A21A 3STFA 1UUOA 2OT1A 2GQ9A 4RXFA 4UUIA 3W2NA 1HO1A 4KFPA 1OFEA 2WQPA 4ZVJA 3TMLA 1EUAA 2O7QA 3EXRA 3THAA 2F84A 5I3HA 4UFKA 3GX9A 2NXHA 4FHAA 1TPEA 1M7PA 1EA0A 1HFBA 1UBSA 2QUVA 3GZ3A 4O16A 2GQAA 4EIVA 1ZY9A 4A3UA 1FWRA 2NUWA 2A2IA 2X1SA 5KZDA 3O6CA 2BX7A 4FIQA 2YR1A 2NZLA 4FX8A 1SQ7A 3DKLA 1HL2A 4DF2A 1U83A 4PODA 4NUWA 2QCGA 3L2IA 3PB0A 2TSYA 4ADTA 1H1YA 2YCEA 2QCNA 3C52A 3KRUA 4MIMA 2WOQA 3ABOA 1A5SA 4JTKA 1W5OA 1DOSA 3BLFA 1QPQA 3NM3A 1YTEA 1X1ZA 3M16A 1C8VA 4HPXA 3KRSA 1P1XA 4FNUA 2YPIA 2ZZ3A 1M5WA 3LI1A 1ALDA 1DV7A 1T8XA 2QCDA 3INPA 1IGSA 1JCNA 2Z1BA 3R5EA 1RPXA 5I3IA 3T4CA 3ABSA 5DBUA 1WBJA 1A5CA 1BTMA 5IM51 4UTHA 2PURA 2GVGA 1XCFA 5LNVA 5CPOA 1LRNA 1IIGA 1WBHA 1XBYA 1YADA 2ABAA 3GDLA 3F4NA 3A23A 3BW2A 3M6YA 3FKKA 5F1UA 5FF7A 3W7RA 4NNAA 1ME7A 3LTSA 3W83A 1JCLA 3PB2A 2TMDA 2DZSA 2ZZ4A 2ZRVA 5AC8A 1GG0A 5D04C 1SW0A 2RFGA 4MZ1A 1SW7A 2NXIA 1JR1A 4DELA 3DZ1A 1UB3A 3FLUA 5A8GA 5HWMA 1QO5A 1P0KA 4LW7A 3CIXA 1YXDA 3W70A 4Q32A 3CC1A 4O1AA 1KFLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3Q2DA

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