3QC3A

Crystal structure of a d-ribulose-5-phosphate-3-epimerase (np_954699) from homo sapiens at 2.20 a resolution
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
225
structure length
225
Chain Sequence
GMASGCKIGPSILNSDLANLGAECLRMLDSGADYLHLDVMDGHFVPNITFGHPVVESLRKQLGQDPFFDMHMMVSKPEQWVKPMAVAGANQYTFHLEATENPGALIKDIRENGMKVGLAIKPGTSVEYLAPWANQIDMALVMTVEPGFGGQKFMEDMMPKVHWLRTQFPSLDIEVDGGVGPDTVHKCAEAGANMIVSGSAIMRSEDPRSVINLLRNVCSEAAQKR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a D-ribulose-5-phosphate-3-epimerase (NP_954699) from HOMO SAPIENS at 2.20 A resolution
rcsb
molecule keywords D-ribulose-5-phosphate-3-epimerase
molecule tags Isomerase
source organism Homo sapiens
total genus 60
structure length 225
sequence length 225
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.1.3.1: Ribulose-phosphate 3-epimerase.
pdb deposition date 2011-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00834 Ribul_P_3_epim Ribulose-phosphate 3 epimerase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3qc3A00
3I7QA 5AHIA 2JGQA 1C29A 3C2OA 1ALDA 4A2RA 3LCGA 1ME7A 4KFPA 3W7EA 2WO5A 1WX0A 1XCFA 1GTHA 2O7SA 1VS1A 4LRTA 1KFBA 3QYQA 2E09A 3NZRA 1XDLA 3W3OA 1IF2A 1JRBA 2HS8A 4GUGA 4MFEA 2A6LA 1DVJA 2NWRA 4ZQOA 3W1LA 1ZAJA 3DFTA 3TUUA 5FESA 1D3HA 4HKPA 4FXSA 4E0CA 2WSQA 3W7HA 3GKAA 3W1RA 1J2WA 1PHQA 2NV1A 1SSGA 1TTQA 5HMSA 1EIXA 2Y70A 4S2CA 3NL2A 1FCVA 3G1DA 3IGXA 5FEPA 1W0MA 3D0CA 4O57A 4RZ6A 5I3HA 4NX0A 3LCIA 5D38A 2BX7A 4POCA 1VPXA 3HOJA 5G2HA 3HGSA 4UTLA 2CLOA 1KM3A 5I3JA 2VOMA 1G7VA 4R53A 3BW3A 1GPWA 2BZNA 2QJIA 1S3HA 5G2WA 1ME8A 4C1KA 4JYDA 3OVRA 4XWUA 3QW4B 3UXDA 3DAQA 3UYCA 3PBYA 1WDWA 3MUXA 1UASA 3TQ0A 1SQ7A 2B7NA 2QCDA 4O11A 3JR2A 2WPBA 1HUVA 1XBZA 4M19A 3LI0A 3G1HA 1P5BA 3HPSA 4WJEA 3WK1A 3FKRA 4IUOA 3S0CA 4JTKA 3CWNA 1RPXA 3HF3A 1OG0A 2A6NA 4IMEA 1TIMA 1YDNA 2VEIA 3F03K 5D02A 1QOQA 2CWNA 1PV8A 4CCCA 1VYRA 1QOPA 3B4UA 5G1YA 4FNSA 3C2FA 1TMHA 3O05A 1TPB1 3IIZA 3DFSA 3BPWA 5DXXA 2OJPA 5I3IA 1DBTA 4LVBA 4GXMA 4M6QA 3QM3A 2ZDRA 3BG3A 1TO3A 1NVMA 4LVFA 4I7VA 1OYAA 1R47A 3IVSA 2V5BA 4UUIA 1H1ZA 3M41A 1T8XA 2HS6A 4BI5A 3QJAA 2OT0A 2QUUA 5D2YA 4BFAA 2C19A 3CU2A 1FY6A 4N6EA 1S5VA 3WK3A 2TYSA 4U4MA 3GLCA 3S1XA 3EXSA 3MYOA 1OFEA 1KFKA 2W6RA 4Z1DA 1AL8A 1TSIA 3DBPA 4KFOA 3R2GA 4M5PA 1H7PA 2X1SA 4UMAA 4IPJA 5L9FA 1O95A 4BWLC 4JTIA 1LP6A 3UWZA 2JGYA 4JXCA 4QM1A 5D2XA 3FA5A 1MEWA 1PVNA 3N14A 2B7PA 3PWAA 1X8FA 4MFDA 2E77A 3B05A 2A4AA 4Y8FA 4FNRA 4O4WA 3B8DA 3LERA 3LXCA 5T26A 3W07A 1B4KA 4MJMA 5K2ZA 1RQBA 3IGUA 3G22A 4XTIA 2PURA 2ZFAA 4K8EA 3FLUA 4Z1CA 1SO5A 3P5ZA 1TPEA 4UCGA 4FF7A 2B4GA 4WUIA 4ZQRA 1YDOA 3W2UA 1FDYA 2A85A 4ZMGA 1XKYA 5F4XA 3VE9A 2WNQA 3TSBA 2VFIA 1W1ZA 3SJ3A 2HSAA 5C6MA 3EWZA 3LBMA 1W3IA 3NQDA 2ZRUA 2WKJA 3NQCA 2P1FA 4IGHA 1VGAA 2CLMA 3C2VA 3LRLA 3DFPA 1IGSA 3LRMA 1KBIA 1F74A 2QR6A 3S1WA 1JRCA 5BW6A 4ZQPA 3L67A 4XKYA 1GOXA 3MMTA 1SW7A 1YPIA 5HJLA 3L66A 4LS0A 3AO0A 4Z0JA 4AB4A 4DBEA 3IIVA 4LUIA 3TE9A 4O13A 1LZOA 1H50A 4RJEA 4HT3A 2DORA 2Y7DA 5A5WA 3TH6A 2BXVA 2ZYFA 3A9IA 5F2GA 1G7UA 3TKFA 3W87A 4UFKA 2ZA3A 4O12A 2ISWA 3W2LA 1H7XA 3VCRA 3N9RA 3G3MA 4HSNA 4JX5A 1QMLA 1SO4A 2O7QA 2VXNA 2YYTA 3CWOX 5HULA 3CIXA 3STFA 2C6QA 2A7NA 1FCBA 1QPRA 1KA9F 3UPWA 3S5ZA 1QDSA 3M5ZA 3M5XA 3LOTA 3SIZA 1T99A 2QCFA 1FWSA 2E68A 3S1UA 3HPXA 1KM1A 3M7WA 1QNVA 3MP3A 4DO6A 2YDAA 2ZCGA 3LV6A 1HTIA 1O60A 4AHPA 5DBTA 2H3DA 3PBWA 4K7YA 1SO6A 4XQ6A 3TNOA 1FDZA 1WOBA 4H6KA 4UTHA 5K9CA 4BK9A 4MZ1A 1NSJA 2CLFA 4N9BA 3GAKA 3A21A 1W5MA 3STGA 3VKJA 2R8WA 2Q8LA 4FNTA 3GDMA 2NUWA 2VELA 1ZCOA 3UD6A 3OVQA 1A5AA 1SFLA 3G3DA 1JCJA 2J9YA 3DU0A 3LI1A 3PG9A 1EWEA 5D32A 1VCGA 1KM5A 3EWXA 3S5OA 3UWYA 3SZ8A 3W1QA 1U83A 1Q45A 1QFEA 4CQAA 3S9YA 1Y0EA 1JCMP 5D37A 1I8JA 1F6KA 4O1DA 1A5BA 1GQNA 3DENA 1R2TA 1VR6A 4O18A 3MWAA 3W1AA 4OBTA 3NDOA 1LORA 2V8ZA 2YW4A 1QWGA 1NF0A 1YLVA 4TMCA 1T96A 1WYIA 4RZ5A 5DELA 4YL2A 4GBUA 2E5CA 2FIQA 1W31A 3NPVA 4LY8A 4Q4KA 2QCDB 1VYSX 5D03A 2D73A 2KZHA 3GNNA 4RKAA 1XUZA 2ZRZA 4K8HA 4RK8A 1ZFJA 4WOZA 4O16A 4YLWA 2YZRA 3O6DA 2J9XA 4B5NA 1GYLA 1TTJA 3DI1A 4I7WA 3GDRA 3HG5A 4EVZA 5EYWA 3LCWA 4BF9A 2B7QA 2CLKA 5AFDA 1L2UA 2BLEA 2ZQ0A 2EPHA 3Q2DA 5LSMA 5U4NA 1KM2A 5G5IA 4GUFA 1TB3A 3M6YA 1GVOA 4WD0A 5AHFA 4ALDA 4J9JA 2NUXA 2CLLA 1Q6OA 3USBA 3ATYA 2Q3RA 5K3VA 1B57A 1LLWA 5HNRA 3DHFA 5BMWA 2YPIA 1G4SA 4JDBA 1GYNA 4MY1A 3N9SA 5EBUA 5D2WA 3FS2A 3R5EA 4UMCA 4DEFA 4QNEA 1OFPA 2NWSA 1ME9A 2J88A 5IM51 4UNKA 4O1BA 2Y61A 1LOLA 5C54A 3WJXA 2YW3A 5FEWA 1WA3A 3CT7A 1O4UA 1TPFA 3LXAA 4NX5A 3C3NA 1IXPA 1JUBA 4YCPA 5EMUA 3QMRA 1H5YA 3HMJG 4GE8A 4JTJA 1WBHA 1SO3A 2J27A 1N8FA 1TTPA 2Z6IA 4U28A 3W2MA 4UFLA 1W5PA 2F7FA 4UFIA 4JIQA 1JUKA 4FXRA 4JY9A 4RLIA 4QQ3A 3TQKA 3SECA 3FIGA 1TPDA 2A5HA 2DZUA 4ONVA 3JRKA 3QSRA 2RH9A 1X1ZA 3TK7A 3LX9A 5BRBA 4AVFA 3W7GA 4Y90A 4EF8A 2C18A 2H8ZA 4NJGA 3M47A 2DZWA 4LUJA 3P84A 5CZ0A 3UWQA 3T4CA 1QPQA 1I2RA 1EEPA 1TPUA 5K4ZA 3TSDA 4CNOA 3QFEA 3NNTA 1WOAA 4Y96A 1KFCA 3U6WA 5TQLA 2ZA1A 1N7KA 4PODA 3LGEA 3K30A 3GKFA 4FX8A 5CPOA 2RKXA 4Z08A 1Q6QA 2YSWA 3T44A 3B0UX 3P5YA 4OGZA 4LS1A 1W5QA 1WQ5A 4XKYB 3ABOA 5FI8A 4UTKA 4LS2A 1QPOA 3PSWA 2TSYA 3QEZA 3YPIA 4NNBA 5C2XA 1B4EA 4TU1A 1SW0A 3LHWA 3S5YA 3GXPA 3P74A 5H2ZA 3W83A 1IXQA 3FYPA 2NXIA 4QIUA 3SGUA 2DJXA 4HPXA 1EA0A 5CKSA 3G1AA 4BI7A 1GVFA 1D9EA 1HO4A 1K3UA 4NZFA 3DGRA 1OX6A 5K9XA 3L2IA 3MP4A 1HO1A 1MO0A 3PVFA 3PB2A 5C55A 1AMKA 1GWJA 1H7NA 1YXDA 3L0KA 4UNLA 2ATMA 1FDJA 3UPBA 1RVGA 1KTBA 5D2VA 2ZBTA 1W3NA 1X1OA 3STEA 2EGZA 3LHVA 1FXQA 3NEVA 4MZYA 4OE7A 3IGSA 4ZZ9A 3CM4A 2FPVA 4IMCA 1P1XA 4LV4A 3KVKA 3TA6A 3S1VA 4NUWA 3GAYA 3LM7A 1UJPA 2C0AA 4RR4A 1F76A 4N9DA 4PL2A 4JTEA 5GVJA 3G1SA 5J5RA 3A5VA 4XBSA 3UZ5A 2R14A 2X1RA 5LNRA 4AWSA 1JCYA 1K8XA 1H7WA 3N34A 5G4EA 1R30A 2Y7FA 3V1PA 1GZGA 1PCWA 1YYAA 2GQ8A 1TPWA 3EKLA 1L9WA 1O5XA 4FX6M 2ZTKA 4WZHA 4HNNA 1OFRA 2J9ZA 1RV8A 4CCEA 2OMAA 4NZJA 1S5WA 1R2SA 5K9DA 3NVTA 4M6VA 3OHIA 1SR9A 3TXZA 3NL5A 3C52A 3L5MA 1BKSA 4DPQA 3KXQA 4TR9A 1ZENA 3HQ1A 4X22A 3PF3A 1EB3A 3RMJA 1IXOA 3I7SA 3P80A 4PTNA 1SU5A 2QKFA 2EF9A 5U7SA 1OF6A 4MY8A 1ZAHA 5KITA 4OT7A 5AHMA 1OK6A 5AYZA 1OX4A 1I2OA 4MJZA 2C14A 2ZZ2A 1HG3A 1MEIA 1PL9A 2V2DA 1TREA 1QO2A 4N9CA 4X3ZA 4E2BA 1M5WA 3O06A 5HWNA 5KINA 2X1TA 4LTSA 2A1YA 1FWTA 1DORA 2ZTJA 2V9DA 3OA3A 4FNQA 2VFEA 4N02A 2VEMA 4N4QA 4O0ZA 1LOSA 5LHEA 2R91A 1OFBA 2DU2A 4TMBA 4AAJA 1BWKA 2A0NA 4EWND 3IVTA 2QCLA 2QJHA 3GIYA 5KZDA 3ELFA 1C8VA 1G6CA 5K7JA 5FEXA 1A5SA 5AC8A 1O5KA 1XDMA 1RQHA 2X30A 1DL3A 5BMXA 2NX3A 3QRHA 2E6AA 3F4NA 5DCDA 3TR2A 3MI2A 2W79A 3Q37A 5EA9A 3KVMA 3O6YX 4UC5A 2GUUA 3A24A 5A8GA 5LGXA 3DKJA 1GVRA 3BO9A 4HIBA 2QUTA 3CPRA 4UTWC 3MHFA 5LNSA 3I68A 3T7VA 3GR7A 5F2MA 1EUNA 3BG5A 3W1XA 3MP5A 4JD4A 4EF9A 4MY9A 4O53A 1VYPX 4L4LA 1CX9A 4O1CA 3W88A 4UTTA 3NGJA 3TC7A 4MLRA 1I45A 2CLIA 1KTCA 2X16A 3G18A 1OJXA 7TIMA 3W71A 4I9AA 4CLMA 5D04C 4O1AA 1FUYA 3CQ0A 1MXSA 1LROA 5DCBA 4O8RA 2C3ZA 1S5TA 1B3OA 3GXNA 4JR5A 5KZMA 2PCQA 2CZFA 2Y6ZA 2V81A 1LDCA 1TYGA 4R7JA 3VNDA 1FCQA 4QSHA 3ZFHA 1H62A 4QITA 1K8YA 5ABTA 1G4TA 2RFGA 1F7BA 3LCLA 2G5WA 4FHAA 2VEKA 3O6CA 5HQEA 3B04A 3S42A 1XBXA 2DZTA 3UY8A 3IIPA 1OYCA 3TQVA 1RD5A 1TQJA 1T0OA 3RLVA 3HG3A 1JVNA 4ZL1A 2TMDA 4JTLA 1ZAIA 2WNNA 3ZWTA 5E0KA 3HB9A 3IIXA 1FQ0A 2PRHA 1NFBA 6TIMA 4NJJA 2DP3A 3LTYA 3R12A 4O4VA 4UTUA 2EAWA 1AW2A 2C13A 4HHPA 5HR6A 1M7OA 2G96A 3O15A 5FF3A 3RNDA 2DJLA 4DF2A 4JTGA 4LC8A 3GK0A 3L68A 4Q33A 1KTNA 3KVLA 5DBUA 3TROA 1KLZA 4HSOA 3EXTA 3PULA 1ZALA 4NJHA 2Z2UA 3GR8A 5FF4A 1GVQA 2VENA 2Y89A 2B0MA 1LRQA 5TIMA 2V2CA 1ONRA 1FWNA 1OHLA 3VE7A 1BWLA 4A21A 1VLIA 2AAMA 1H7RA 4R34A 4H3DA 1SPQA 2Y7EA 1K03A 3LLDA 4HN4A 4LV9A 3CIWA 3M0ZA 3O1NA 4JYFA 4AH7A 3NO5A 2ZRXA 4XZ9A 3WK2A 3PAJA 4JS3A 5I3FA 3HG4A 4MIMA 3L65A 3A22A 4O28A 1BEUA 1TJPA 3THQA 1G4EA 3L0GA 1ZJIA 5KZEA 1UUOA 1RZMA 4N2YA 1ICPA 2G95A 1FX6A 1TV8A 1GT8A 3M16A 1KV5A 4O50A 6ALDA 5TBOA 1E51A 2XN2A 2E5BA 4XUGA 5IBXA 4ADTA 4DBDA 3U2OA 2E6YA 4WXZA 3UQNA 3P82A 3E0IA 5LHFA 4UTJA 4NU7A 4AF0A 3MW7A 3THAA 1VZWA 3SW6A 3PM6A 4O52A 3W7RA 1IXNA 2NUYA 3GXTA 4UTMA 1EUAA 3N2XA 4C1LA 4PCFA 2FFCA 2DZPA 2RDUA 3KHJA 3LTPA 3P81A 2Y88A 4LU0A 1JQXA 1I2PA 2QCMA 4DO5A 3HG2A 2VFDA 3WFAA 4ICNA 1W56A 4CNNA 4FNPA 2QJGA 1YPFA 5FF7A 1A5CA 4LNYA 4N4PA 1QR7A 3SSJA 3TFXA 1MSSA 1NEYA 1SZFA 3KOFA 4TO8A 3UWWA 1JCLA 1TPC1 4YXGA 2ZZ7A 1X7FA 4AHQA 3L5LA 1CW2A 3B0PA 1TPVA 3P67A 3ANYA 1H51A 1LLZA 2OZ0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HKW A;  1C29 A;  3GS6 A;  1EF2 A;  3C2O A;  3AIQ A;  5J8L A;  5DF0 A;  3TCS A;  2VDH A;  1ALD A;  3WH9 A;  3LCG A;  4XIS A;  4KFP A;  2GJP A;  2WO5 A;  3BMX A;  1XYL A;  1VS1 A;  1KFB A;  2E09 A;  3NZR A;  4IIS A;  5CGM A;  3W3O A;  1AH4 A;  1IF2 A;  3W1L A;  2ZE3 A;  4KCU A;  4JHM A;  4J3Z A;  1D3H A;  2HBV A;  2WSQ A;  3W1R A;  3SCR A;  1WZM A;  1VBU A;  3RX2 A;  4PMR A;  1VPY A;  3G1D A;  4F2U A;  1TWZ A;  3HOJ A;  4S3K A;  2IUZ A;  3TON A;  3ZJK A;  3CBW A;  4UTL A;  3MMW A;  4ATD A;  4DZ5 A;  5I3J A;  4R53 A;  2BZN A;  4H9X A;  4NI8 A;  3R6I A;  3T6C A;  4AEE A;  4JYD A;  2Z26 A;  2PDM A;  3UYC A;  2V3D A;  3OZM A;  1OM0 A;  4PUK A;  5FSD C;  1SQ7 A;  2B7N A;  4O11 A;  1E0T A;  2O9R A;  1QUM A;  1HUV A;  3GY1 A;  4IG2 A;  1P5B A;  3M0X A;  4OBR A;  4IFK B;  1D7K A;  2YA1 A;  3HF3 A;  1LL4 A;  1KCZ A;  1LL6 A;  4IME A;  1TIM A;  3GFX A;  3DFY A;  4IP4 A;  4XX6 A;  1PV8 A;  1VYR A;  3W27 A;  3TA9 A;  5CBB A;  1OT1 A;  4DI8 A;  1TMH A;  3KLL A;  3ART A;  1TPB 1;  1HKI A;  1QNR A;  3H26 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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