3QF0A

Crystal structure of the mutant t159v,y206f of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor bmp
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSVRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIFLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase/lyase inhibitor
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 83
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3qf0A00
3PUEA 1HFBA 5AYYA 3G1XA 3PBVA 4LC6A 2QCEA 2DZWA 4GC4A 4O1BA 3L67A 1FCQA 3F4WA 3QH2A 4JR5A 4DO6A 3B4UA 3IGSA 5LHEA 2ZZ5A 1LDCA 2E1DA 3ABRA 5C54A 4GNJA 1OYAA 2YXGA 4S2CA 4O16A 4IGHA 3LI0A 1SSDA 3KXQA 3W86A 1JRBA 1I4NA 2ISWA 4X3ZA 4NX0A 3LCHA 4FNSA 3OVQA 5I3HA 5AC8A 3NOEA 1FDJA 2ZZ7A 1VH7A 3LHUA 4IPJA 3TC6A 4AXKA 1FCVA 2BXVA 1YTKA 1JRCA 5EKYA 1HO4A 3NA8A 4TMBA 2OJPA 3UQNA 5CG7A 4Z1BA 4JXCA 3W2JA 4K37A 3S42A 5AFDA 3SSJA 3NGJA 3W7MA 1QR7A 3IVSA 3GK0A 1VS1A 4MY8A 3R2GA 4UMCA 4PFMA 2CZFA 3L2IA 3S1XA 3BPWA 2R91A 1SZFA 4LVAA 1K3UA 3EWBX 5D38A 2GVJA 3G22A 2P1FA 5DXYA 1LM1A 4MFDA 2E5DA 2YSWA 1FWRA 1AW2A 3GR7A 3P74A 3TQ0A 4CLMA 2OT0A 1Y0EA 4P61A 2YFOA 1XUUA 3CTLA 2Z1BA 3TDFA 4UTWC 1TJPA 3W1LA 5CKSA 3P8IA 3LGEA 4KWWA 1V5XA 2RKXA 2ZDRA 1SO6A 2ZZ2A 1LZOA 3ZR4A 3O6YX 1ZAIA 2OX1A 1KM0A 1UJPA 3EX2A 3P80A 5DBTA 3TUUA 3LHYA 3BG9A 3W71A 2YYUA 1DKWA 1EUNA 3C0JA 1LBLA 4A21A 4Q33A 1LROA 4JDYA 4UTKA 4QQ3A 1DQWA 4ICNA 3W7IA 3PWAA 1X6UA 4PODA 1QWGA 3CU2A 2Y61A 2VENA 5LGXA 1KM2A 2DP3A 2CU0A 3MW7A 3TXZA 2F7FA 3CHVA 3NM3A 2ZRWA 1QOPA 4DPPA 3HGSA 5D32A 3HIJA 4I7WA 2ZRXA 4JN6A 5LNVA 3U2OA 4MZ1A 3KRZA 5G2IA 1QPQA 5KZEA 4MJZA 1G69A 1FCUA 2QCDA 1PIIA 1KFJA 4UTTC 1DV7A 2CLOA 4QSHA 2ZYFA 2Y88A 2BLEA 2ATSA 3W1UA 3LTSA 3P81A 4BWLA 1XBVA 3BARA 4NT0A 2VELA 3ZWSA 1R47A 1FDYA 3E02A 1R2SA 1LOSA 3NPWA 3G24A 4I9AA 4Z0JA 5T26A 1IXPA 4PEKA 4K39A 3TU9A 1OX6A 3FOKA 2V2DA 3U8GA 1B4EA 1ICQA 5DCEA 3EB2A 3TJXA 4HIBA 4S1FA 5F1UA 1P1XA 4N9BA 3EEGA 4MJMA 4XUGA 3L5AA 4O50A 5HQEA 3QMRA 2Z2UA 2WO5A 5BMXA 4CQ9A 3S1WA 2WSYA 2X1TA 1KM1A 4PL2A 2CW6A 5KMYA 1W5NA 2O7QA 4DF2A 2RDUA 3DHDA 3S8HA 3HBLA 4NQ1A 3OG3A 5D04C 3S5ZA 6ALDA 3RLUA 2XN2A 2CLLA 3DFOA 4K8HA 3K30A 4OBTA 4HNNA 2CZ5A 3OVRA 4WOZA 3GAYA 1PV8A 1TCDA 4BI5A 3EXSA 1F6KA 2JGYA 5LNUA 1WQ5A 4IJBA 2CLHA 4JTFA 3HGOA 1GTHA 3RFAA 1O5KA 1QPRA 4Y9AA 2NUWA 4RX0A 1NAL1 3LERA 5BMWA 3FJLA 1AL8A 3HOJA 3R89A 3ZWTA 2ZTJA 1FWTA 2NX9A 4JD4A 3W7CA 1WX0A 4DO4A 3O6DA 3G1HA 2VEMA 1H7WA 3A5FA 4AHQA 3TFCA 5KITA 3IGXA 5D2VA 5CPMA 1SQ7A 3PAJA 2ZRZA 4L4LA 2DZPA 2V9DA 2QAFA 1SFLA 1W1ZA 3CIXA 4FB7A 4JGDA 2VFDA 3WJSA 1L6YA 2LLEA 1KLZA 4RZ4A 2FLIA 3R5EA 1NF0A 3KAOA 4LRSA 1ZHAA 1ALDA 3O63A 4NNCA 5K2ZA 1YTEA 3KVMA 1QMLA 2R8WA 3OA3A 2CFFA 4RXFA 5E93A 4LS0A 4OV9A 2Y62A 4UTUA 4A22A 3E12A 2YR1A 2ALDA 2UV8G 3A21A 3TXVA 1YYAA 4CCDA 3C2FA 4JTSA 3KVJA 1LLWA 3MWAA 5L6UA 3NQAA 1OYCA 1SW3A 1N8FA 5FI8A 5AOUA 3WJZA 2VEPA 3NO5A 5G1YA 3W9ZA 1L9WA 5CZSA 1OX5A 1RQBA 1W3IA 1ME9A 1K7FA 3W1QA 4RCXA 2HSAA 3M5ZA 1B4KA 3DHFA 3GDRA 4FNRA 5DY2A 2X1RA 3BK0A 1TPWA 4Y6GA 4Q32A 3IIPA 2J6XA 1SW0A 4Z08A 3DGRA 1SO5A 1ZNNA 3W23A 4Y90A 5D02A 2H8XA 3BG3A 4ZQCA 2HS6A 1VCVA 4AWUA 5LHFA 5DN1A 1OK4A 1FXQA 3GYEA 2G95A 4XBSA 1H7XA 4IMFA 4YL2A 1G7UA 2OMAA 3G0SA 2C0AA 3L0NA 3ANYA 5KTLA 4RR4A 1OHLA 1DOSA 3W7DA 3LCLA 5H91A 5AC7A 2FB2A 1GG1A 3W1PA 5FESA 2O7SA 2BZNA 1N7KA 2R94A 3LM7A 5CPNA 2TPSA 1HL2A 5A5WA 3IIOA 5FEXA 1W5QA 1KV8A 1TTIA 4Z1AA 4GJ1A 1VLWA 1GVSA 3M43A 1LOQA 1TB3A 4LY8A 4M7SA 5HR6A 4AWTA 1TIMA 4RXGA 2JK2A 3LRLA 4ZQOA 4R7JA 5DCBA 3BW2A 1R2TA 2ZBTA 3PSVA 2A7NA 4E0CA 1S5VA 3FJ6A 3TKFA 3PF3A 3FYOA 1K7XA 4KFPA 3TH6A 2FPVA 1QFEA 2Q8LA 2HMCA 3W74A 1T96A 4RZ5A 3GDTA 3NQEA 1UUMA 2NUYA 4M6VA 1Q6OA 4YWIA 4R33A 3TSDA 3TX9A 3STGA 2QJGA 3TQVA 1S5WA 1JR1A 5AB3A 3NZRA 2EHHA 5FEWA 3W7QA 3CEPA 2GQAA 3L9CA 3NQCA 4ZL1A 4CNOA 3QW3A 4QJ1A 2C19A 1W31A 3CIWA 3EXRA 4UTJA 5HJLA 3C3NA 4O0KA 2A0NA 3PB2A 3IVTA 1RQEA 4FNPA 1KFKA 2WQPA 1PVNA 1VQTA 1G7VA 3I6RA 4PL1A 2JKEA 3NR0A 2Q8ZA 4ZQRA 3VE9A 2QEZA 3JR2A 5F2IA 5HWJA 1J2WA 3NQGA 4GUFA 3LCWA 2FJKA 3TAKA 4BI6A 1D9EA 4ZMGA 1FUYA 2ISSA 4NNAA 2DZVA 1OFPA 3LX9A 4XKYB 2NZLA 3QRHA 1W37A 3VE7A 3I7QA 1MEWA 1L6SA 2Z6JA 5KINA 5FEPA 3LI1A 3N34A 1VGAA 2CWNA 5FEZA 4CCCA 4GUJA 3IIZA 2VFEA 1KFEA 3W7KA 5C5YA 1H50A 1W5PA 5AC6A 1FY6A 1W5MA 3BG5A 2VFIA 4FNTA 2EPHA 1JCMP 1IXOA 5D2TA 2C1HA 1A5BA 4OQVA 3V75A 4LRTA 4TIMA 1GWJA 4PC8A 5CGQA 4E38A 1YDOA 3WJYA 1FWWA 3TMLA 1ZAJA 4AF0A 2BX7A 4JS3A 1GJPA 5CSRA 4UFJA 4PTNA 4AH7A 2CZDA 5FF7A 2YGYA 3S9YA 4ADTA 4JNMA 4U4MA 4LW7A 1TREA 2WSQA 3HJZA 2H6RA 1W5OA 3HPZA 4K36A 1LRTA 3PY2A 3LBCA 5D05A 1F7BA 3LBMA 3W7GA 1AK5A 3LCFA 2YW3A 4FIQA 3KRUA 2J88A 3WJXA 2W6RA 4MKNA 4O12A 3LHTA 4C1KA 3W1RA 3L65A 4MYXA 4TR9A 1RV8A 4M7TA 1EA0A 2C14A 3BGJA 3NM1A 4LVDA 4N4PA 2ZA1A 2NLIA 1TPH1 3MBFA 4LUJA 1H7PA 4W9TA 3RNDA 1GQNA 2JKAA 3NQVA 3TNOA 2ZCGA 1FWNA 2QJIA 4NJKA 3L66A 4AVFA 4EIVA 2CLFA 2YDAA 1B3OA 2ABBA 1PS9A 1N55A 1L6WA 2V5LA 3NDOA 4IOTA 4Y96A 1NSJA 2CLIA 3FA5A 4XTDA 1G4PA 2GPTA 2NX3A 4POCA 4UNLA 4TU1A 3CLMA 3GB6A 4WOQA 4WUIA 2FDSA 4N9DA 2WNNA 2V30A 3FLUA 5LNSA 1WYIA 1P0NA 5EY5A 2VEIA 2ZQ0A 2GUUA 4QNEA 3HMJG 3T44A 4FF7A 3RMJA 1I2NA 1GYNA 3W1TA 4DELA 1Q6QA 4FXSA 4HN4A 2J27A 2NXGA 4UTIA 4J9JA 4QISA 2VC6A 1A5AA 4OU1A 3L0GA 1PE1A 3TMQA 5LKYA 1Z48A 4DBEA 4JYEA 4FXRA 3C2VA 2FPYA 2Y7EA 1X7FA 4O18A 4M5PA 4H3DA 5F2LA 3W1XA 4RV8A 2DORA 1KA9F 1JUKA 3GLCA 4UR8A 1H61A 1NFBA 4UTMA 4EF8A 2Y6ZA 5F4XA 5FF0A 5EPDA 1VC4A 4HPJA 3VCRA 4N9EA 3DKLA 1ZJIA 5D37A 3P61A 4JEQA 1C29A 3THQA 3VI2A 1YXYA 3GDMA 3WK0A 3C2OA 2XN1A 1OX4B 3AO0A 2VXNA 1LP6A 1NF7A 1YTDA 1XDMA 1QCWA 4N4QA 2QDGA 4UCGA 2BTMA 2C18A 1EUAA 3DFTA 3M7WA 4JIPA 5BW6A 3O8AA 3BGGA 1XXXA 1O60A 1DORA 4DXVA 5K7JA 3N3MA 3B8DA 5D30A 4K8EA 2B7QA 4LWWA 1Z42A 5F2GA 4OT7A 1WOAA 2VEKA 3HG3A 4O19A 4YCPA 1E51A 3W3OA 2GOUA 2E77A 5AHLA 3EX1A 4IX0A 1DVJA 5U7SA 2V8ZA 1LLZA 2A7PA 1O5XA 3QQ1A 5C6MA 4O1AA 4A29A 2R14A 2V0TA 2Y7GA 3W2MA 3SGZA 1KW1A 2V81A 4LVGA 5DCDA 3NEVA 5LNWA 5TQLA 1ICPA 4JY9A 5FF3A 3PM6A 1YLVA 2JKPA 3MP3A 3OEXA 2OT1A 3CPRA 3QYQA 1RVGA 2E5CA 2NX1A 2HTMA 4YCOA 1SO4A 3FKKA 1GPWA 1QOQA 2YFNA 3NQ8A 4UMAA 3W22A 1UUOA 2NV2A 4O14A 2C13A 5DELA 4OWGA 1GVRA 4FIRA 3G0XA 1SUXA 4YMZA 4O4WA 3T78A 4MUZA 1MSSA 3LCIA 1G4SA 3HQ1A 1KV5A 4BI7A 3IIVA 1WOBA 4O15A 4RLIA 3RK8A 2XN0A 3W7LA 1EP2A 4AB4A 3GVGA 2P10A 2QUTA 3TR2A 3E96A 3TFXA 4O1CA 3W1AA 4AHPA 2EAWA 3EKZA 2JGQA 3SR7A 3UPWA 3RU6A 3IEBA 2QCMA 2VKZG 3C56A 4BR1A 4JY8A 3P67A 1CW2A 3PSWA 3LRKA 4XQ6A 4UUIA 2QCLA 4R53A 3F1QA 1DL3A 2GJLA 1EX5A 3DKJA 4KFNA 1EB3A 2ABAA 2A7RA 3NQMA 3PC0A 1I2OA 2ZZ1A 4U28A 1KM3A 3B0PA 3I68A 3ABQA 3GXPA 3TJLA 3FFSA 4WX2A 2X1UA 4NX5A 2WV8A 1ZENA 3B06A 3ATYA 2C3ZA 4XTIA 2J24A 3BW3A 3MI3A 2H8ZA 4GXMA 4NJGA 2V5BA 3G8EA 2CLMA 1KM5A 4O8RA 3NAVA 3WK2A 2QUVA 4HNUA 3S1VA 3DFNA 2E6AA 4HKPA 3EX6A 5F4SA 3W70A 4UXDA 1YDNA 4IMCA 1KTCA 1JQXA 4DF0A 3P8JA 1Q45A 2FQIA 3PB0A 5AHEA 1G67A 4IMDA 1TQXA 5IBXA 3HG4A 1W8SA 5C55A 3TIMA 1UASA 3M41A 3DZ1A 4EWND 3T55A 3UWWA 5IM51 4AMAA 3O1NA 3DFQA 4MOZA 3E49A 3SJ3A 3RLVA 1JCYA 2G5WA 1PL9A 3GIYA 4JTIA 3W2NA 4HNVA 1P4CA 4EF9A 2WPBA 3U6WA 3USBA 3GDKA 1XM3A 3A9IA 1W3NA 3LHZA 2C16A 5K4XA 4E2DA 8TIMA 4BWLC 1YPIA 4HNTA 3B0UX 1U83A 4N9CA 1G4TA 3HG2A 4O1DA 1MZHA 2D73A 3PG8A 3QEZA 3DI1A 2QF7A 4GUGA 4NNBA 5I3JA 4WY0F 4NZJA 1F6PA 1K7EA 3G18A 2RFGA 1AG1O 1XL9A 4ADSA 3LTYA 3C2RA 5D2YA 2BWGA 3P5YA 4X22A 2RDTA 3G3MA 1TYGA 2PC4A 2H90A 1H1YA 1LRQA 1VZWA 3NQ6A 4KWVA 3IVUA 3QSRA 1JVNA 4X9SA 5ABTA 3C52A 3L5LA 3NQDA 4HPXA 5HNRA 4ALDA 4UC5A 2TYSA 1O94A 2A4AA 1CI1A 2NUXA 2TRSA 1FXPA 1T8XA 2GQ8A 5SWUA 2A1YA 3O15A 3L68A 4MY9A 2EF9A 1XKYA 4K6AA 1A5SA 3SI9A 1J4EA 1ZCOA 5C2XA 1XI3A 1KTBA 3SW6A 4N6EA 1GYLA 3W88A 2DZSA 4H6KA 4IXHA 3EXTA 4QITA 3Q94A 1TPC1 2CZEA 3Q58A 4WY0B 3CC1A 1TV5A 4LOCA 3UWUA 2NWSA 3P82A 4MIMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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