3QM3 | Genus

Total Genus 140

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	140
sequence length	355
structure length	350
Chain Sequence	AMGVLDIVKAGVISGDELNKIYDYAKAEGFAIPAVNVVGTDSINAVLEAAKKVNSPVIIQFSNGGAKFYAGKNCPNGEVLGAISGAKHVHLLAKAYGVPVILHTDHAARKLLPWIDGLIEANAQYKKTHGQALFSSHMLDLSEESLEENLSTCEVYLQKLDALGVALEIELGCTGGDNTGIDNSKLYTQPEDVALAYERLGKISDKFSIAASFGNVHGVYKPGNVSLQPEILKNSQKFVKDKFALNSDKPINFVFHGGSGSELKDIKNAVSYGVIKMNIDTDTQWAFWDGVREYELKNRAYLQGQIGNPEGDDKPNKKYYDPRVWLRSGEESMIKRLEIAFEDLNCINKN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	1.85 Angstrom Resolution Crystal Structure of Fructose-bisphosphate Aldolase (Fba) from Campylobacter jejuni rcsb
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase
molecule tags	Lyase
source organism	Campylobacter jejuni
total genus	140
structure length	350
sequence length	355
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2011-02-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01116	F_bP_aldolase	Fructose-bisphosphate aldolase class-II

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3qm3A00

3ZWSA 1DJQA 2EHHA 4NZFA 3W7OA 2V8ZA 4N6EA 1TJRA 3LGEA 2FDSA 5F1VA 5FI8A 3PSWA 3BG5A 3S9YA 4MPQA 2FPYA 1MEIA 2FPVA 3HB9A 2DORA 4LT9A 4JGDA 5CZTA 5D09A 2H3DA 1EUNA 4O18A 1TPC1 1ONRA 7TIMA 3R13A 1FWTA 3RF9A 2BWGA 2C16A 3NM3A 3GDTA 1P5BA 1J2WA 3ABQA 1TO3A 5D38A 5LGZA 3NGJA 3W1RA 4HHPA 4PFMA 1UB3A 2JBMA 3CPRA 3PY2A 3W9ZA 4FNQA 3QSTA 5CZ0A 3CEUA 2VFGA 3B03A 1LBFA 2VEIA 3MYOA 1OABA 4NXSA 3ABRA 1LDCA 1Q6RA 1NF7A 3V1PA 2VOMA 4LS2A 3VE9A 2RHGA 4AHOA 2ABAA 4ZMGA 3B05A 1Z44A 1H61A 3PUDA 5AC8A 3F4NA 3NQ8A 4IQLA 1G67A 3FFSA 3GDLA 1MO0A 2J6XA 1MEHA 3IRDA 3W87A 1OFPA 3W2JA 3VCRA 4JIQA 1QOPA 5EPDA 4AWUA 3GAKA 4FIRA 5DBUA 3V75A 5LNRA 1EWDA 1R46A 4ML9A 3W2NA 4UFLA 1W31A 4IXHA 3LHUA 2J9XA 4I7UA 3BO9A 3HG3A 3TR2A 3HPSA 4LRSA 3N9RA 4IJBA 5AN7A 1KFEA 2H90A 1W37A 3TNOA 3KRZA 4K36A 1WX0A 3W1LA 2JGQA 4P61A 4MOZA 4QM1A 1T96A 3HGRA 4WZHA 3CLMA 5KINA 3G1XA 3M43A 1PE1A 3KAOA 4UTTC 1V7YA 4UMAA 1BKSA 2RFGA 1FCBA 3H53A 4PEKA 2GOUA 3G1HA 3TC7A 1ICQA 5D05A 1JRBA 1W1ZA 2FIQA 4O53A 3CTLA 5HWJA 3I7SA 3CC1A 4JN6A 3OG3A 3W1XA 5E93A 3GX9A 4JNMA 1SO4A 4WXZA 3A24A 3W1UA 4RR4A 2TSYA 4H4IA 4ADTA 2XN2A 4JY9A 1G4TA 2DZXA 3T40A 2WV8A 2DP3A 1OFQA 1D9EA 3KHJA 2AAMA 1M5WA 5FEZA 1OJXA 3MI3A 2CLHA 1X1OA 3W88A 3CWOX 4MYAA 1TPVA 4O1AA 4FX8A 4W9TA 3W7MA 2Z0IA 4CNNA 2I1OA 1SO5A 2WSYA 3T4CA 2EGZA 3C0JA 1VRDA 3WJSA 4KWVA 1DJNA 1GVOA 3TW6A 4R7JA 3W76A 1AL8A 1JRCA 2F7FA 4NVTA 4Q4KA 2B4GA 1O60A 3LRMA 3QF0A 4JDBA 1MEWA 2CLOA 5EY5A 3LBMA 3L0NA 1GPWA 4BWLA 2HS6A 3DKLA 2ABBA 3TSMA 1DQWA 1JUEA 3KOFA 3W1AA 2Y89A 2ALDA 4Z08A 1AW1A 3W1TA 2ZRUA 3YPIA 4AB4A 4IXXA 4LTSA 2Q8ZA 5MHBA 3LCIA 2Y7GA 4M7TA 4ZQMA 4BI7A 3NL6A 3N14A 5ABTA 1HTIA 2NUYA 5FF3A 3M44A 2FTPA 3G18A 2ZTKA 1GYNA 1KV8A 3OIXA 3PR2A 4DELA 4MUZA 4XQ6A 3G0XA 4XTDA 4JEQA 1L6SA 3TXVA 1XBXA 4ADSA 3EX1A 3GYEA 3TUUA 5A8GA 3TIMA 2X2GA 3BGJA 3I7QA 3UXAA 3Q2DA 4JTUA 3GNDA 2JKAA 3NQ2A 1RV8A 3LBCA 2Q3RA 3NQMA 1TCDA 3PSVA 1VQTA 3P80A 3FIGA 2ZBTA 5AYZA 3SGUA 1P1XA 4GFSA 2X30A 2FQIA 2V81A 4O1CA 2JGYA 2P0OA 1T99A 3QW4B 2EKCA 2RH9A 3G8EA 2PRHA 1LBLA 1TQJA 1I4NA 3BPWA 4O54A 5J5RA 1NSJA 4AMAA 5HUOA 4YCPA 4OE7A 4ORIA 3NOEA 1Q6LA 4JTLA 4AWSA 3N2MA 3W7QA 1SZNA 3NQVA 2C15A 1XI3A 2YCEA 1WYIA 1VLWA 3E0IA 1RQEA 3WK1A 3VKJA 3FOKA 5AC7A 2VFEA 2YPIA 4FIQA 4JTHA 4JTKA 1NVMA 2WNQA 1EA0A 4IUOA 4UTKA 4GUFA 4MFEA 4K8HA 5BNKA 1JCLA 2VEKA 1DL3A 1QMLA 3LCXA 3NXFA 1GG0A 1KTNA 1V5XA 3ZR4A 3BK0A 5CSRA 1KFLA 1ZAIA 5G2HA 5TBOA 4FXSA 3IVUA 4IMFA 3NM1A 5I3HA 5IBXA 3TW7A 5K9XA 1N55A 3O07A 2RKXA 4UIOA 3QEZA 3STFA 3FS2A 3B0VC 1QPRA 5DXXA 3W75A 1IXOA 1I8JA 3I6RA 3KVLA 3R2GA 1R2SA 3SZ8A 3WK0A 3RLUA 4TMBA 4N9DA 3UWZA 1X8FA 4IMEA 1GYLA 1LRNA 3L67A 2A1YA 4JTEA 2E6YA 2HS8A 3W7NA 5C55A 4NQ1A 3UYCA 4MZ8A 2X1UA 4H6KA 1A53A 4GUHA 2EPHA 4IGHA 4HNVA 4UTHA 2YGYA 2QCDB 3UPWA 1B3OA 1XDLA 1SZEA 2A21A 4GUIA 4M19A 4ICNA 3IIVA 1S5WA 4YL2A 1G4SA 2DU2A 2A7PA 1OFBA 4AAJA 3UWYA 1KBIA 1VCGA 3S5NA 4RKAA 2R8WA 1BTMA 1EP3A 4HPXA 3L5LA 3QC3A 5SWUA 3L2IA 4ZQRA 2WNNA 2W6RA 4AHPA 3LHVA 2C1HA 2ZCGA 2GVLA 1SZGA 3DKJA 4FNPA 2QUTA 2BZNA 1SW3A 4JX4A 2Y7EA 1C9DA 1YADA 3IVSA 3GZ3A 3NQ7A 4Z1CA 5DXYA 1W5MA 1D3GA 1W5PA 2I9EA 1OG0A 2QF7A 3PB0A 2A7RA 1C29A 4LWWA 5DCBA 1GEQA 2B7PA 1TQXA 1JCJA 1OX5A 3O06A 4WXYA 4IPJA 1LRTA 3WJZA 4MKNA 4N2YA 3QYQA 3EX2A 2A0NA 2Y85A 2QDHA 5KZMA 5CZJA 5F2MA 2ZDRA 5FF4A 3DFPA 3BW3A 8TIMA 3UPBA 1UASA 3EKZA 2G5WA 3WK3A 4A3UA 4GRSA 5G2IA 3W73A 3RU6A 1TTPA 1X7FA 3GKFA 4XWUA 1L2UA 3NR0A 4GJ1A 5HR7A 3M9YA 4O13A 3TFCA 4DPPA 5HULA 3OVPA 4O8RA 3M7WA 1K7XA 1OF8A 4UTWA 4LS0A 2DZVA 3G1DA 1PHQA 2NWSA 1KM2A 5KZDA 4NU7A 1LBMA 5AHNA 5A5WA 3U6WA 4DO5A 3G1VA 1LP6A 2G96A 4HPJA 3MW7A 3LCFA 3NO5A 4Z0JA 4FX7A 4NJJA 4AH7A 5F2GA 3NQFA 3KRSA 3S5YA 5H2ZA 1VYSX 3MBDA 1KFBA 2EF9A 2QCLA 3TA6A 4LY8A 3LLDA 2ZYFA 3O05A 4JX5A 3OBKA 1T8XA 4QSHA 1KTBA 3VFLA 3N73A 4E2DA 1H1YA 2DZUA 1NF0A 5GVJA 3GXTA 1SZFA 2NWRA 3EXTA 3GXNA 2H6RA 3P67A 1QDSA 4MLJA 5EYWA 2A6LA 1O94A 3LCGA 6TIMA 1KV5A 3IIOA 4A22A 3H55A 1GVRA 3HOJA 4JYFA 3WJYA 4JICA 4PL2A 1RR2A 5DCEA 3HGSA 1FQ0A 2PRLA 4M6PA 3CIWA 3HG2A 2KZHA 2F84A 4UCGA 2VENA 4CNPA 3W70A 3P8JA 4M6VA 3IGUA 1THFD 1F6KA 3R12A 5U4NA 3LCLA 1YXDA 3DH7A 3UWWA 2V30A 5D32A 1CI1A 3PVFA 2E5CA 4JYDA 5C54A 3DAQA 2DZSA 1S5VA 4RV8A 4WY0F 4K39A 3MWAA 3DI1A 3W7LA 4HNUA 3DBPA 4FEZA 4NJGA 1VHNA 5K4XA 1QPQA 2GVJA 3CHVA 4MZ1A 3Q58A 3S5OA 3QH2A 3BLIA 3C2OA 3LOTA 5KZEA 3O63A 4NT0A 3L0GA 1F05A 1QNVA 3OVRA 1KM5A 2QCHA 4FNTA 2ZZ7A 4O11A 4ZZ9A 4QNEA 1TV7A 3A5VA 2E6FA 1KFJA 4TX9A 4H3DA 1WBJA 3IV3A 4MFDA 3LHWA 2CZ5A 4NZJA 2HTMA 5F2IA 2IQTA 2E77A 1KLYA 4NNCA 1FUYA 4QAIA 2BXVA 2FFCA 3I68A 4QJ1A 4UFMA 2E6AA 1SSGA 5K3VA 3EWZA 1AK5A 2Q8LA 2YX0A 2ZRZA 2ISVA 2C19A 3LTSA 3LCHA 2WSQA 1ZJIA 5CPOA 3TKFA 1Q6OA 3LHTA 3MO7A 2ZTJA 1LROA 4RZ5A 3UXDA 4D2JA 2RDUA 3C4UA 5CKSA 5HWNA 3UZJA 3EB2A 3EKLA 4JDYA 1S3HA 4HSOA 1H7OA 3ATYA 3W7GA 4EF9A 6ALDA 1B4KA 3W7CA 2B7QA 1LCOA 1AL7A 2W79A 3L65A 1AW5A 1PCKA 4OQVA 2X16A 3SR7A 2GPTA 4NUWA 3MJYA 5D2XA 4QIUA 2VKZG 4HSNA 5L9FA 4LW7A 1QAPA 1PV8A 1HO4A 1ML1A 1EPXA 4EOUA 1TMHA 1LYXA 2YFOA 4FO4A 1B57A 1KA9F 5AFDA 3HPXA 2QDGA 4OGZA 5AC6A 4UTIA 5FEPA 1K8YA 1O5KA 5I3JA 4WOZA 2O7QA 3M5XA 1EUAA 1LLWA 2QCMA 3PB2A 3P74A 4OT7A 4RJEA 2ZRWA 3GR8A 5D03A 3NL3A 4Y96A 1GJPA 1H7WA 2A7NA 2NUXA 1XBYA 2ZRYA 4TO8A 1EP2A 1FWNA 1QPOA 3LDVA 1ZENA 3C2FA 3LX9A 1UBSA 5D02A 2H8XA 2YW4A 1Z48A 3UZ5A 4GNJA 3MI6A 2B0MA 1NEYA 3STGA 2C3ZA 4PTNA 3U2OA 3SGZA 1A5AA 3L5AA 3P5YA 1K7EA 3W7IA 2Q3OA 1I2OA 5AHFA 3L0KA 2QCEA 1TIMA 3EWYA 3PC0A 3PF3A 3EWXA 4AXKA 3GLCA 3O6DA 2NV2A 5I3IA 3CIXA 1S5TA 3T55A 2Y61A 3SECA 2YYUA 3EX3A 3LM7A 4XTIA 3W23A 4ALDA 3G3MA 3CU2A 1H63A 3DI0A 3N34A 2V0TA 3GAYA 2OJPA 4NXKA 3B04A 3RLVA 2NX1A 5D2YA 5AB3A 4LUJA 4Y8FA 4XKYA 4MYXA 1PL9A 4X9SA 1G4EA 4TMCA 2QEZA 4WOQA 4UNLA 5HWMA 4FF7A 5C5YA 3SW6A 1QR7A 1F2JA 1EIXA 4DPQA 3G1YA 1KM3A 4O1DA 1YYAA 1TTIA 1FWWA 1LTDA 2QCGA 4EF8A 2NXGA 2CLEA 3TDFA 1ZNNA 2Y7FA 3R89A 3QQ1A 5EKYA 4JTFA 3UY7A 4P2VA 1FXPA 2G97A 5HJLA 1TPEA 5K7JA 1FWSA 1O5XA 4JTGA 5D2WA 1OX6A 3W71A 1OK4A 1TPUA 3KVKA 1LOQA 3THAA 3TV8A 4AEOA 1QO5A 4KKXA 5AHMA 3P82A 3E12A 1ALDA 5CPMA 2VFHA 1GQNA 3ABSA 1HFBA 3M5YA 4O4WA 1JULA 5BRBA 1KM0A 3KFTA 4RXFA 3P61A 4A29A 1XBVA 5LNUA 4O15A 1IF2A 4LC8A 4JX6A 4UTUA 3G1AA 1GOXA 1VHCA 2ATSA 3LB0A 5FF2A 3CB8A 3G8RA 4UUIA 3W83A 4RX0A 3GXPA 2XN1A 3TX9A 4R53A 1WQ5A 3EWWA 2X1TA 2R94A 4HIBA 3TROA 4CCCA 3TCEA 4DF1A 4S1FA 4RLIA 5F4XA 2ZQ0A 3R8RA 1SW7A 3IEBA 1DKWA 2WKJA 3INPA 1HG3A 5LNWA 3GIYA 2CLKA 3I65A 2QJGA 1FXQA 3LERA 4QISA 3TFXA 3E02A 1ADOA 3QPYA 4O57A 4QNWA 1HL2A 3L9CA 1H60A 1JCNA 4JIPA 1W3IA 2G95A 3JS3A 1YXYA 3D0CA 1NAL1 3QZEA 1G69A 2NX3A 5KITA 4LUIA 1PIIA 4X2RA 2FLIA 4BK9A 2YXGA 1KBJA 2QR6A 3ELFA 3M6YA 5LNSA 3BVJA 3MBFA 1D3HA 4BI5A 5CGQA 4PCFA 4J9JA 3USBA 4RCXA 1VYRA 1G4PA 2CZEA 4N6FA 3GDRA 1P0KA 4A2RA 2YSWA 1BWLA 1JUBA 4LS1A 4LVBA 5C6MA 3JR2A 5TQLA 5CPNA 1F6PA 2R14A 3GR7A 1GTEA 3C2VA 2CW6A 3S1UA 1NFBA 2WO5A 4O12A 4WX2A 5DN1A 3WK2A 2YDAA 4UTTA 3FKKA 3W2MA 1TPDA 1OVDA 4UC5A 1ZAJA 3W7JA 4NX5A 4JD4A 1FY6A 3VI2A 5CPLA 3BARA 2C13A 1CX9A 3SSJA 5AHIA 2H3BA 5G2WA 2Y6ZA 3S6DA 3LXCA 4AHQA 5F4SA 3QMSA 1XL9A 3QFEA 1G6CA 1VYPX 4HN4A 1L6WA 3B8DA 1VZWA 3NQCA 1YDOA 3C61A 2CLFA 4C1LA 4OBTA 1F76A 3R5EA 3NPVA 5FF0A 4WY0A 2V9DA 1GWJA 3FYPA 4NNBA 4JS3A 4MY9A 3NYZA 3EWBX 4O19A 5G4WA 5E1QA 3WJXA 4XBKA 3HG5A 1HUVA 3PBUA 3HIJA 1XKYA 1MZHA 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4CQAA 2CLIA 1W3TA 4Y6GA 1OFAA 3DENA 3EEGA 5IM51 2C14A 1WBHA 3IGXA 3OVQA 1TPFA 1WOAA 3LCWA 5DELA 5D2VA 4OV9A 1KFCA 4KFNA 4IX2A 1QPNA 2RDTA 4I7WA 3PWAA 1XCFA 3TJLA 3W7RA 4MY1A 4BWLC 5HQEA 1QO2A 4AWTA 4NJKA 3OEXA 2AQWA 4HNTA 1TPWA 3PULA 3P7YA 4UMCA 2VELA 1RQBA 1OX4A 3W7PA 2CU0A 4JTJA 3G3DA 3MHFA 1OFOA 2CLLA 1I2NA 3JRKA 5EMUA 4WUIA 1KM4A 5L6UA 3M1ZA 4UR8A 3WJWA 4ONVA 4DXVA 5LGXA 4YCOA 1W5OA 2E09A 3PUEA 3LHYA 2ZA1A 1SW0A 3W72A 5CG7A 3EWUA 1YTDA 4PL1A 2WQPA 4LRTA 3QQ0A 3NZRA 1WA3A 4WD0A 1A5BA 2WPBA 3NQ6A 2QJHA 3P81A 3QPZA 5I3KA 1KM1A 1F7BA 1SFJA 1G7UA 2DZWA 1FDJA 3NDOA 4YXGA 3UD6A 4U28A 4E0CA 5FEXA 5D30A 2YR1A 1ICPA 2YYTA 2GQ8A 4RXGA 5D2TA 3STEA 1JUKA 3UQNA 3TMQA 4JYEA 3W2LA 1XFBA 1H7NA 2QCCA 2ZZ1A 2ATMA 3CM4A 3MUXA 4UTMA 1JQXA 3VNDA 4LVGA 1I45A 1ZFJA 2J24A 3TSBA 3B4UA 3O1NA 1R2RA 5FEWA 4GWEA 3C2RA 4PODA 4OWGA 4UFJA 1H7XA 4O14A 5LHFA 4IWWA 3L66A 5E0KA 3NVTA 3UWVA 4O50A 3HGJA 3MHUA 3QMRA 5D33A 3EX6A 1SU5A 3TC6A 3TAOA 3P62A 2NZLA 5G1YA 3U8GA 2ZA2A 1P0NA 4Z0SA 1QWGA 5HUPA 1VJIA 1SSDA 2D73A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3QM3A

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