3QMR | Genus

Total Genus 81

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	81
sequence length	219
structure length	219
Chain Sequence	VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTAPERLSRLREIIGQDSFLISPGAGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7979895457921633__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7979895457921633__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3QMR/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7979895457921633__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7979895457921633","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3QMR/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7979895457921633__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfff8f18b8afa1a7595d4fd/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfff8f18b8afa1a7595d4fd/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfff8f18b8afa1a7595d4fd/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfff8f18b8afa1a7595d4fd/pdb.gz): 613 ms

reading 219 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

219 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:218});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	81
structure length	219
sequence length	219
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-02-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3qmrA00

4G1KA 1SFLA 1R47A 2QJGA 2WJZA 1FDYA 1QFEA 4FXRA 2UV8G 2RFGA 4AWUA 1W56A 2A0NA 1M7PA 2ZZ6A 4X9SA 3EWWA 5AHFA 2FQIA 2BWGA 1FCBA 3HPXA 1DV7A 4O1AA 1S5VA 1KM4A 4I7VA 4DBDA 4GWEA 3SW6A 5LSMA 4IXXA 3TIMA 5HR7A 2E5DA 1A50A 4KWVA 2QUTA 2R14A 3LCHA 5BOOA 3UYCA 2FPTA 3USBA 1VLIA 2Y7DA 2V82A 5F1UA 2EGZA 3M16A 1MEIA 1JUBA 4WY0A 4Z0JA 1XBVA 4KFNA 1XDLA 5D2XA 4FF7A 1IIGA 3NL6A 2B4GA 1YTEA 4JY9A 5D09A 2ZBTA 4LUIA 5CZSA 2VEPA 4HPXA 5TBOA 3MJYA 3OVPA 5HULA 4BWLC 1FCUA 1XUZA 5U4NA 3W7HA 2DZSA 2QCDA 3E49A 3W7IA 1AL8A 2PC4A 5LGXA 4WX2A 1GPWA 2VENA 3B0VC 4HSOA 5D03A 1PE1A 4LW7A 3STFA 1FUYA 2DZTA 2P0OA 3ZWTA 1PVNA 4CQ9A 1TPH1 3S1XA 3KXQA 1YDVA 1LORA 3HG5A 3L66A 3MWAA 4A3UA 4NUWA 3TXVA 2R94A 4OT7A 2WSRA 2V9DA 3I7QA 2ABAA 1VQTA 5HUPA 1JRBA 5FF2A 4K36A 3PUOA 2Y6ZA 4NQ1A 3ZFHA 2H8XA 2BTMA 3LCWA 1RV8A 2RDTA 4D2JA 5SWUA 3GNNA 1WA3A 4JTTA 5MHBA 5LHEA 1TPB1 4JTHA 3TX9A 3M6YA 1OX6A 3TQVA 3DFQA 1TQXA 1CW2A 2GJLA 2EKCA 2QDGA 4N6FA 4K7YA 2J24A 2DJLA 3G3MA 3NEVA 4NXSA 5L9FA 1KBJA 4IX2A 2CLEA 3I7SA 3W2KA 3EB2A 4GNJA 3G1HA 4ZQPA 4FNPA 1P0KA 1I2PA 3RFAA 4PFMA 3W1PA 2B7OA 3B04A 4ZZ9A 5D02A 1TJRA 1WBHA 3W1UA 2VFFA 3THAA 2V2DA 2HS8A 3LXBA 2F7FA 4KFPA 2Z6IA 5KINA 2RH9A 1EIXA 4O53A 4LWWA 4Y96A 4KKXA 4UIOA 4DPQA 1UUMA 1LLZA 2G95A 4GBUA 1W37A 3OVRA 5CPNA 3DXIA 1RQEA 3UNDA 1KFCA 3PF3A 2QDHA 3NXFA 4LC8A 3LCLA 3SFKA 3W75A 5AHLA 1GYNA 3DHFA 1KV8A 4LVFA 4TR9A 5D2TA 2GQAA 3N2XA 4O52A 4GC4A 1TPFA 2CLHA 3DGRA 5D32A 5DLCA 3QW3A 4E0CA 3W2JA 3L5MA 4RLIA 4W9TA 3W86A 1LBLA 1IXQA 3EWBX 3CLMA 3BW4A 1NAL1 1SFJA 3G1YA 3O16A 4BI5A 3DFPA 3S42A 2YGYA 2YCEA 2E68A 1OYBA 2WSQA 5HNRA 1J4EA 2I9EA 5EMUA 3GB6A 4NVTA 4AXKA 3STGA 3BK0A 4NNBA 1JR1A 1PHQA 1ME8A 4IPIA 5AC8A 1GG0A 1KFBA 1THFD 2J6XA 3B0PA 2CLMA 3UPBA 4UUIA 4WJEA 4OU1A 3SIZA 4FHAA 3THQA 3NQFA 3FS2A 4K39A 1TTIA 1O95A 3U2OA 1KA9F 1GVQA 1FWNA 4BK9A 1GOXA 2TYSA 1I2OA 3VNDA 2ZZ1A 1KM2A 5C55A 3DZ1A 5D2YA 5I3GA 3HGSA 4XQ6A 4FX7A 4H3DA 3NO5A 1RR2A 1YYAA 3IVTA 1A5BA 3NPWA 4YWIA 1FCVA 1VLWA 3GAKA 4WZHA 1W1ZA 4BR1A 3DHDA 3WJXA 2ATMA 4UFIA 3QRHA 4LVDA 1WAUA 1OFEA 3LI0A 4MJZA 3BVJA 1U83A 4ZQRA 4JTEA 2NZLA 4XBSA 3L5LA 3W3OA 5FEPA 4XKYB 4AWSA 3UWWA 4MJMA 1RQBA 5F4XA 1Q6LA 2YW3A 4R33A 3WFAA 4XTDA 4JX4A 3MO7A 3FIGA 1I45A 5FF7A 1XCFA 1H7RA 3NPVA 5AB3A 2HSAA 4WXYA 4JICA 3NVTA 4HHPA 3W1NA 1XDMA 2B7QA 3TQKA 3EXTA 3OG3A 1LYXA 1G7UA 2VEKA 4Z1BA 1TPWA 4LRSA 1ME9A 1VCVA 2CLLA 2ZZ3A 3QPYA 1LM1A 3EXRA 1OG0A 1W54A 4UMAA 4UXDA 1G67A 2DU2A 2Z0IA 4L4LA 5TIMA 4E38A 2JBMA 1DORA 1SW7A 3DKJA 3OIXA 4UTUA 2A1YA 3WJSA 3IEBA 1MO0A 1WYIA 4RXGA 1TTPA 1FWWA 4IMGA 2OT1A 3GLCA 2DP3A 5EBUA 4LOCA 3W1AA 1LDCA 4MZYA 1K8YA 3GYEA 2WSYA 2H8ZA 1FXQA 4O0ZA 4ICNA 1DVJA 1HFBA 1LOSA 3LRMA 2NUXA 2X2GA 3GXPA 3PY2A 1CX9A 1LRTA 4MOZA 3STCA 4IQLA 3TNOA 3O06A 2NLIA 3LB0A 1SW3A 4LNYA 4UTMA 3S8HA 3E96A 3W7GA 4S2BA 3P8IA 5CPMA 5FF0A 4UFHA 5DXXA 1B57A 1VZWA 5G1TA 4DXVA 2GVGA 3OA3A 4O10A 3BW3A 4PH6A 4ALDA 2FPVA 5CG7A 4JY8A 2I14A 3BLIA 1TREA 5ABTA 3I6RA 2V0TA 3BW2A 4K6AA 1AG1O 5E1QA 1WDWA 2C18A 1CI1A 3G8EA 2ISVA 2Y7FA 5HWMA 4M7TA 3QMSA 3R8RA 5F1VA 3CQ0A 1XL9A 4PL1A 1ADOA 4XKYA 2G97A 3NG3A 3NGJA 3Q2DA 2ZCGA 1H7PA 1OF6A 1IIHA 3NQMA 1WOBA 4UMCA 5EPDA 4BI6A 3MMTA 1VGAA 3NPUA 2AGKA 2FTPA 3T55A 1QMLA 4OWGA 1Q6RA 1AW2A 3MHGA 4K38A 3LRLA 4Z1CA 4CQAA 4B5NA 3SZ8A 2NX3A 5LKYA 1VJIA 2C14A 5HQEA 4HIBA 3VKJA 5DBUA 4YCOA 2OMAA 2PRHA 4QQ3A 1OHLA 1OFPA 1JQXA 3W74A 4O17A 1VYSX 1NF0A 2QCNA 1W3NA 3JRKA 4WOQA 5DCEA 1UBSA 3LTSA 4MY9A 3IV3A 1OX4B 1EUNA 4AHOA 3PG9A 4O1CA 1FWSA 3PWAA 4IMFA 1IGSA 3GKAA 1O5XA 3F1QA 3HPSA 3FJLA 4HKPA 1HL2A 3DFNA 4Q4KA 5K9DA 3Q37A 1YTKA 1LRNA 3PULA 2TMDA 3T4CA 1P5BA 1AL7A 2QF7A 4O11A 3PG8A 1N55A 2GQ9A 3LLDA 3EX6A 3EKLA 5DY3A 2D73A 4HN4A 1DJNA 4AWTA 3DFSA 5C54A 3HOJA 2CZFA 1SQ7A 4O1BA 4WY0B 1W5OA 2ZRYA 1ZENA 4EOUA 3ABSA 3MP4A 2OX1A 3M5VA 4JTFA 4WD0A 1K8ZA 6TIMA 5I3IA 1TPUA 1T8XA 4UNKA 1Q6OA 1OJXA 3GZ3A 1VC4A 3B4UA 2KZHA 3S5NA 5D2VA 1FBAA 3E02A 3PBWA 3BARA 2VC6A 4N02A 4ADTA 4R7JA 3TK7A 1ZALA 3LCIA 2C13A 3UXDA 3FKRA 4M6PA 5IBXA 2NWRA 3MI6A 3L9CA 3N2MA 3O15A 4EVZA 1NSJA 3OEXA 1KM6A 3D0CA 1G4EA 3BV4A 3QF0A 3QSTA 1KFJA 1QNVA 1FDJA 1DKWA 2NV2A 2ZA3A 4WUIA 4NZJA 4PTNA 1P0NA 3G24A 3S5YA 5FESA 3UY7A 1TMHA 2A7RA 4A2RA 1TRDA 4JTSA 1QO2A 4UR8A 2QCCA 1VR6A 1WQ5A 1N7KA 1SSGA 4K8EA 4IWWA 1IF2A 3W88A 1OFQA 1GT8A 1OABA 2ATSA 4YL2A 4IMCA 1GVFA 1EB3A 3H55A 1H5YA 3LXAA 2F84A 4UTIA 3W7RA 2Y85A 1OX4A 3RK8A 4OV4A 1KM1A 2Y61A 1H60A 1ME7A 1SZEA 4LS2A 3CIWA 2CLOA 1KM5A 1SZGA 2QCHA 2JGQA 1VYPX 3TMQA 3W7MA 4P2VA 4KWWA 1F76A 3E0IA 3TDFA 4IXHA 3TJXA 3M7WA 2ZZ2A 5K3VA 2FB2A 1LZOA 4TU1A 4AHPA 1F6KA 1QAPA 4E2DA 2VEIA 3W83A 1ZNNA 2A4AA 4N2YA 2FFCA 3L21A 1A5SA 3A22A 4RKAA 3W9ZA 4O13A 2YFNA 1K02A 2WNZA 3G1AA 3EX1A 1NEYA 4RZ6A 3RF9A 3NQAA 3W7KA 3YPIA 4N9CA 3LRKA 1JCJA 1GWJA 1PCKA 4QAIA 1F6PA 1JCMP 1X7FA 1O4UA 3AJXA 1KTNA 1OFAA 1YXYA 5A5WA 3LBMA 2VELA 4UMBA 1ZAIA 1UCWA 2Z6JA 3M47A 2VFEA 3SR7A 2EPHA 4LS1A 4O8RA 3DAQA 3LV6A 4FB7A 2IQTA 1DQWA 1HUVA 1C9DA 4JYEA 2VFIA 1P4CA 4N9BA 4XUGA 3SI9A 2E77A 3IIOA 1BKSA 3QQ0A 4A2SA 2RDUA 1TV8A 2ZDRA 3KOFA 3W7EA 1V5XA 1XFBA 2YFOA 3KVKA 1I8JA 3UWUA 3V75A 1U5JA 4GXMA 4CNNA 5I3HA 1EA0A 3GDKA 4OHQA 4MLJA 3W2MA 1PHWA 2J88A 4PC8A 3P5YA 3ZWSA 4X2RA 5HR6A 4FXSA 4LTSA 1TYGA 3HG4A 1BTMA 1D3GA 4UTWA 3AO0A 3L65A 3NL2A 3NZRA 4Z1DA 1R30A 2I1OA 2JK2A 1AW1A 2C6QA 4A21A 2TRSA 3VI2A 3U8GA 3DH7A 4RCXA 2Y89A 3NAVA 4ZVJA 4HNUA 3LCFA 3NL3A 3CPRA 4JS3A 3W7DA 3S5OA 3L0NA 2FDSA 2Y88A 3A23A 1OX5A 5G4WA 4DBEA 4WXZA 1QOQA 4XTIA 5DELA 3SY5A 2TPSA 3NM1A 1WX0A 2WKJA 3LHVA 4JTLA 2X1TA 2V30A 4QNWA 4PA8A 3UWQA 2VXNA 3NA8A 3P8JA 4UTTA 3NQGA 4C1KA 1YDNA 3LERA 4PL2A 3P67A 1KM0A 1A5AA 1ZFJA 2YX0A 3CIXA 3EXSA 2V5LA 3TROA 2DZXA 3IIZA 2XN0A 4AEOA 3CC1A 4LRTA 2RHGA 4AMAA 5KSWA 3LV5A 4RK8A 4XZ9A 1LRQA 3PB2A 1XI3A 3F4WA 3W71A 2VEMA 3ANYA 1OF8A 4YCPA 3CEPA 4M6QA 4MYAA 4QJ1A 3PSVA 3PUDA 1ZY9A 3C4UA 5G2HA 1R46A 2HS6A 1B4KA 2ZA2A 3EWYA 3I7RA 1QPNA 1TV7A 2X16A 4FX8A 3LLFA 3PBYA 2YYUA 3M0ZA 1VH7A 2ZRWA 1QPOA 4JXCA 4TMBA 3TE9A 3VE7A 5HWJA 3KVMA 4UFMA 4FNSA 1I4NA 1X6UA 1RD5A 5D30A 1Q3NA 3S1VA 3CB8A 3EWUA 3G22A 2P10A 3LX9A 4MZ8A 2P1FA 1QO5A 2RKXA 4MUZA 4TIMA 2NXIA 2B7NA 1VCFA 2E6YA 4ONVA 3M5XA 1TTJA 4JTGA 4JYDA 2QEZA 5CGQA 1GVRA 3PR2A 3N9RA 2PRLA 3JS3A 3STEA 3A21A 1JCLA 1LROA 2GVLA 3GDLA 3SJ3A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3QMRA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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