3QMSA

Crystal structure of the mutant t159v,v182a,y206f of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor bmp
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSVRPERLSRLREIIGQDSFLISPGAGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIFLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Lyase/lyase inhibitor
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 85
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2011-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3qmsA00
3EKZA 4P2VA 1ZENA 2RH9A 3GKFA 3QQ0A 3A24A 4UTHA 1KV5A 5F1UA 3RNDA 8TIMA 2ZTJA 1GZGA 4MYXA 3W1UA 1KM4A 3LERA 3A5FA 4BFAA 3W7EA 3G1YA 3LHWA 5DXYA 1LLZA 3GYEA 2C6QA 4C1KA 5AYYA 2JKEA 5HUOA 1DV7A 1JULA 5LGXA 2Y6ZA 4H3DA 2PRMA 3GDTA 4IGHA 4IQLA 4FHAA 1W56A 3NQVA 3M5ZA 5BOOA 3UWWA 1LOLA 5AHNA 3IIZA 3W7NA 3NQFA 3LRKA 3FYPA 4MZYA 5CZ0A 3NYZA 2ZZ6A 1Q6QA 2E1DA 1JCYA 3NQAA 3LHYA 4KWVA 2WJZA 4EF8A 3T55A 1X7FA 1TV5A 1B4KA 3Q58A 2Z2UA 4OT7A 3B0PA 3DBPA 3C6CA 1X1ZA 1JR1A 5G2WA 4N6FA 3TR2A 3ZWTA 3TROA 4JTKA 5AYZA 3M9YA 3LCWA 4O4WA 1TJRA 2YGYA 4UR7A 4Y6GA 1KBIA 3NL2A 1EEPA 1JCNA 2PCQA 4IJBA 3W1NA 2ZA3A 2TPSA 2FPYA 5DY3A 2NWSA 1RV8A 5L9FA 1ZAJA 3QM3A 3W7QA 5D37A 1V7YA 3LBMA 4UNKA 4QNEA 1FUYA 1TSIA 1MO0A 5C2XA 5A8GA 4FNRA 4ZMGA 1UBSA 3R89A 5D33A 2P10A 1F6KA 1ML1A 3Q37A 4U28A 3CPRA 4TX9A 5L6UA 4HHPA 4O10A 3W1XA 4Z1AA 3RFAA 1YXYA 5T26A 3CEUA 3G3DA 3CC1A 1JVNA 4XZ9A 3GDRA 3DFTA 1HTIA 3W7CA 3TMLA 4DEFA 1A5CA 4J9JA 3KFTA 3FKKA 3STFA 3M41A 2PURA 3S5ZA 1H7OA 3N2MA 4R53A 3KVJA 4XKYA 4G1KA 3F1QA 3AJXA 2J6XA 2QAFA 3IV3A 4RXGA 3G22A 5A5WA 2ZRZA 3S8HA 5AOUA 4GE8A 1DHPA 1EPXA 3M5YA 1ZAIA 3TMQA 1P4CA 4LRSA 4JTIA 1IXNA 1JUEA 4AH7A 2C16A 2QJGA 3FOKA 3OVQA 2X1TA 1DL3A 3CIXA 1OX6A 1YLVA 5I3HA 3G0XA 2X1RA 1RR2A 1S5WA 4ALDA 4FX8A 4AEOA 3V75A 2WKJA 2VFHA 3ZR4A 4RJEA 4JTTA 3W7OA 5LGZA 1OG0A 2RHGA 1WAUA 1MXSA 3C2VA 1XFBA 3GAYA 3NPUA 1JQXA 3DKLA 5D09A 3UXDA 2Y62A 2E68A 4RZ5A 3MMTA 3N2XA 5AHEA 3TKFA 4CLMA 3G1HA 4KFOA 2A5HA 5G1TA 5U7SA 3INPA 1SQ7A 5EL1A 1F7BA 2QCHA 5DBUA 2Y7GA 4FNTA 3G1AA 3G18A 3OBKA 1OFQA 2XN1A 4MZ8A 1HUVA 1FWWA 3DHDA 5DXXA 2YR1A 4BI6A 4C1LA 5I3JA 1P0KA 3N9RA 3EX2A 3O16A 3G8RA 1FCUA 4MJMA 4DPQA 3Q2DA 3PULA 4ZQMA 1D3HA 1PE1A 5CPNA 4O0KA 3PM6A 1TPH1 3S1WA 1N7KA 4FIQA 1ZCOA 4UFMA 4WD0A 5BMXA 5FF7A 2PE4A 4WX2A 1RQHA 3BVJA 4A3UA 1XL9A 5IBXC 3TSDA 3TFXA 4LV4A 2FPTA 4KFPA 3TJLA 3YPIA 4UFHA 4KFNA 1I4NA 5G4EA 2I1OA 2DZUA 3IGSA 1QMLA 4RLIA 5F4WA 2JKAA 1KFEA 4LU0A 4K38A 2WQPA 3H55A 1OF6A 2VEMA 1SFJA 1FCVA 3STEA 3B05A 4DPPA 4ZQNA 4Y9AA 3PUEA 2ZA2A 4Z1CA 5F4SA 3HG4A 3GB6A 3TFCA 5LNUA 2B7NA 3G3MA 3ELFA 4N9DA 4XWUA 3PSWA 4M19A 5H91A 4A21A 5IBXA 3PR2A 3T44A 3W1AA 4K6AA 1W54A 1RVGA 1VCVA 5G4WA 3L5AA 4XTIA 3EWWA 4O16A 5CGQA 3BPWA 3QH2A 2G97A 1OVDA 3HB9A 1OFDA 1OYAA 2ZRYA 3O05A 3OHIA 3W07A 4Z0JA 5KZDA 3TSMA 5HUPA 5HR7A 4GFSA 1K8XA 1KV8A 1OYCA 1LRNA 2QCDB 2ZBTA 3DFPA 4AWUA 1KM0A 3L68A 2H8XA 5DCDA 2H6RA 2V9DA 3PB0A 4NU7A 3NQDA 4NX5A 5FF0A 4A2SA 3NQGA 1Z41A 3QEZA 4GNJA 3HBLA 3FIGA 2DZPA 4Q4KA 5I3GA 4CCEA 1NSJA 1F6PA 4AB4A 2HMCA 1PCWA 1F74A 1P5BA 3PF3A 2C14A 4LVAA 2V2CA 4M7TA 3V1PA 3QRHA 5CPLA 3PBUA 2JBMA 3KRZA 4O57A 4GRSA 4JX6A 5TIMA 1IF2A 3H53A 1BWLA 4R33A 2ZZ3A 1NEYA 2NUXA 4ORIA 3R8RA 2C3ZA 2FB2A 1LDCA 1TPWA 4PTNA 1HFBA 1TPEA 5MHBA 2A21A 4DBEA 1L6WA 5CKSA 1R2RA 4YCOA 1BTMA 1G7UA 2V81A 3FYOA 4I9AA 1F73A 1GYLA 4LV9A 2P1FA 3MYPA 3C56A 2FTPA 1UUOA 1YXDA 2ZA1A 1TV7A 3P5ZA 5LNRA 3QJAA 1SO5A 3TC7A 1TPB1 3MBDA 3G0UA 3O6DA 1OFEA 4UTWC 1GPWA 3N34A 3HG5A 3UWYA 2QCDA 5CSSA 1EP3A 2OX1A 1GQNA 5F2GA 4E2BA 1FQ0A 1WQ5A 1A5AA 3HGRA 1GOXA 4LC8A 1NF7A 1JUKA 3PSVA 3K30A 4MUZA 1FWNA 5BRBA 5C55A 2C0AA 1FXPA 3M5VA 2W0UA 1XBVA 1CX9A 2J9XA 3VCRA 3GAKA 4K7YA 4NVTA 2Z0IA 1AMKA 1Q6RA 3SJ3A 4Y90A 3LTPA 4AF0B 1KFLA 5HINA 5G2IA 3LV6A 4FF7A 4JDYA 4M6QA 3JS3A 3HO8A 2B7OA 2V8ZA 1VHCA 1XC4A 3EXTA 1W31A 4UTWA 3TUUA 1UCWA 1DBTA 4JTSA 1M6JA 2YW4A 4LT9A 2YYTA 4UTMA 4IUOA 1KM1A 1U5JA 2A6LA 3WJYA 1J4EA 2Q8ZA 4JYEA 3TE9A 3S9YA 5LKYA 1FDYA 1GVOA 1XKYA 4UTJA 3EWBX 4HSNA 1SZEA 2ZDRA 3W2LA 5IM51 1SO4A 3WJZA 3W9ZA 1TTPA 3VKJA 1W0MA 4NZJA 3DFOA 1OFOA 3A23A 4AHPA 3TK7A 1DQWA 3W7RA 2GJLA 2NWRA 2FB3A 1I2RA 1YPFA 1YDVA 1G6CA 3LRMA 1LBMA 2ZZ2A 3ABOA 4H6KA 3W88A 4JY9A 1TPC1 1WBJA 2ATMA 3M0ZA 3W23A 1Q6OA 1GJPA 3M6YA 2VFGA 5LZLA 4I7UA 2ZZ1A 4HPJA 3BLIA 4O12A 4O0ZA 1JCXA 2CZ5A 2R14A 1BEUA 3N73A 4LVDA 3CIWA 1W1ZA 3W73A 4CQ9A 1M7PA 3PB2A 3O8AA 2ISSA 3TU9A 2AQWA 3LCXA 1TREA 1X1OA 1ZALA 1I2PA 4YXGA 1O60A 4IMGA 1FWTA 2CW6A 4ADUA 4TIMA 3THQA 3S5YA 5HWJA 2E6YA 3BG9A 4ZVJA 3W6YA 5CZTA 1EP2A 5EBUA 4JYFA 1JQVA 4AF0A 2J9YA 2B0MA 3STGA 3QZEA 2ZTKA 1XUUA 4PEKA 4DBDA 4E0CA 3E0IA 1FXQA 4MKNA 3W2UA 5FI8A 2DORA 1RZMA 4RZ6A 3WK1A 4BR1A 1W5QA 4O15A 1YDOA 3RU6A 5LHEA 3M16A 1ONRA 5DCEA 3CHVA 5CZJA 3S1VA 1U83A 2QCCA 4IPIA 3IGUA 2NV2A 3C4UA 1J5TA 4M7SA 2E09A 5FF4A 1VC4A 2WO5A 3OVPA 2NXHA 4NXSA 3ABSA 4N9EA 3W7JA 4U4MA 4N9CA 3W75A 4WY0F 4FX7A 4N9BA 2DU2A 1BWKA 5AHMA 4ZQRA 3IGXA 2J9ZA 2TMDA 4B5NA 2ZFAA 1PL9A 2WSRA 4NJGA 3W2JA 1H7XA 2RFGA 4KKXA 2RDTA 5EA9A 2QJIA 1GVRA 2ZRUA 1D9EA 1YDNA 5KINA 5DELA 2EHHA 2G96A 1OK6A 1S3HA 1Q3NA 1AG1O 1QPRA 1VGAA 4UIOA 3NQMA 2I9EA 4MLRA 4A29A 4WOZA 1LZOA 3W7HA 5LNVA 3UY7A 4EF9A 5BNKA 4O8RA 4OV4A 4JD4A 4RZ4A 1K3UA 4ZQPA 5HWNA 4NQ1A 1ZJIA 5LSMA 4K39A 1H60A 2WNQA 4JDBA 4PA8A 3KAOA 3TW7A 1XDMA 3QW3A 4NX0A 1L2UA 3CLMA 4FNQA 4LS2A 3RLUA 3MHUA 1LBFA 1PHWA 3O63A 4POCA 4AVFA 2RKXA 3MHGA 3TQKA 4UUIA 4ICNA 2CLHA 2QR6A 1JCLA 5KTLA 3F03K 3NDOA 1QNVA 1ICQA 4UTUA 3L9CA 3SGUA 4ML9A 4BI5A 4UTKA 3LHZA 4L4MA 1BKSA 5D30A 4O52A 4UFLA 4DO4A 1EUNA 1W3TA 1UASA 4MPQA 3VFLA 3DAQA 1FCBA 3W2KA 2ABBA 3IVTA 3OIXA 1LBLA 1AW5A 4Q32A 4DELA 1QFEA 4K8EA 3W70A 2YSWA 1SW0A 1G4SA 3WJWA 1VYRA 3PUOA 3O06A 5SWUA 3W1MA 1VPXA 1LORA 1P1XA 2HTMA 5HMSA 4AWSA 3FS2A 2VENA 2W6RA 3PY2A 4HNUA 3R12A 3GK0A 1O94A 1IXPA 1LRTA 3GZ3A 4RV8A 5DY2A 4ADSA 1B57A 1H61A 4CCCA 4GJ1A 3W1RA 2TRSA 3TDFA 1R47A 3QFEA 3PBVA 2X30A 3I68A 5D03A 3W83A 2B4GA 3M44A 1IGSA 1MEWA 3W7KA 3B03A 2GVJA 4TU1A 4LRTA 3P60A 3NL3A 4PCFA 4UC5A 1KLYA 4UFJA 1K7EA 1H7WA 4JTUA 1XUZA 4MIMA 1B3OA 4Q33A 3FJLA 2Q3OA 1KFCA 3M43A 1QAPA 3T7VA 4DQWA 3M7WA 1SU5A 5H2ZA 3T78A 5EY5A 3UPWA 5AC6A 4GBUA 2ZCGA 3T40A 1SZFA 3FJ6A 2NV1A 3HPSA 1A5SA 4CNNA 4IMFA 4YLWA 3HGSA 3GDLA 2ZQ0A 4O28A 2YFNA 1QO2A 4UCGA 1H5YA 3BG3A 3LCLA 2EKCA 3NL6A 2V82A 3MUXA 1OHLA 5CPMA 1VCFA 3GX9A 4QISA 1VYPX 3I7SA 1FWRA 3I65A 3THAA 3KX6A 1VH7A 4QM1A 1TCDA 2ALDA 1H50A 1SPQA 3O6CA 4XUGA 1WXJA 1KM3A 1ME7A 4UTIA 4L4LA 4OGZA 4MLJA 5D32A 4JX4A 4TMCA 2X1UA 3PUDA 3LRLA 5CG7A 2GJNA 4Z1BA 1C9DA 3EWZA 4WZHA 3W72A 4DF0A 5LHFA 2HS8A 3BARA 4BI7A 3IIXA 3TQ0A 5KZEA 3P61A 4GUJA 3FLUA 1G4PA 3LCHA 4OWGA 5K4ZA 1KTBA 2ZZ5A 4JIQA 3P74A 5DBTA 3N19B 4AHQA 2YW3A 4NZFA 2H90A 3GR8A 2V2HA 1HO4A 3LXBA 1KTNA 3ZS4A 1SR9A 5BMWA 1R30A 5AC7A 4EIVA 1NVMA 5AHIA 2H3BA 1GG1A 2FIQA 2DZTA 4LWWA 4PC8A 1A5BA 5D2XA 4UFKA 5AB3A 3WJXA 4FX6M 4TO8A 3DGRA 1OFPA 3B04A 2QF7A 4XBKA 4N2YA 2NX9A 1QWGA 1ZAHA 1L6YA 3HOJA 3NA8A 3TH6A 3QPZA 1OFBA 2FLIA 4NXKA 5D05A 2Y61A 3TSBA 4FNUA 3BW2A 3GXNA 1EWDA 2Y7EA 3UWQA 4AHOA 2JGYA 4H4IA 4K36A 3W85A 3EB2A 1JRCA 1EB3A 1MEHA 1OK4A 4LW7A 2JGQA 2FFCA 1S5VA 1WA3A 1I2OA 4MY8A 4JTEA 1TPVA 3W7IA 3TCEA 3W7GA 3W1QA 2E77A 1ZY9A 1KM5A 4ZZ9A 4O17A 1TV8A 1X6UA 2WSQA 3U8GA 2ATSA 3G24A 4JYDA 1I2NA 2Y89A 4IX2A 4UFIA 4JTFA 2VEIA 3WK0A 2XFWA 4YCPA 3L0KA 3NL5A 3HPZA 3W76A 1VZWA 2NXGA 3GKAA 2J88A 4X22A 4YL2A 1N8FA 1EWEA 5KITA 3TQVA 3F4NA 2BWGA 4RXFA 1FDJA 3EEGA 3IIOA 3NQ8A 1S5TA 2DP3A 4GUIA 4HN4A 4DXVA 4JY8A 3TX9A 3P8JA 3PBWA 2Q3RA 4HKPA 2NX1A 2V5BA 5AHLA 1VYSX 1OJXA 2FQIA 4WXYA 1XDLA 3TXVA 1VQTA 4XTDA 1VLIA 1TQJA 2DZXA 4BWLC 2CLLA 4JN6A 1KBJA 3C3NA 4Z08A 2NXIA 3MP5A 1ICSA 2AAMA 3DU0A 4BK9A 1YTDA 2GQ9A 3KHJA 3W22A 4NUWA 4CQ8A 3NEVA 3NR0A 4O13A 3GNDA 1DKWA 5E0KA 1EX5A 2Q8LA 4X9SA 3CWOX 4UNLA 3S0CA 1KTCA 1XM3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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