3QMS | Genus

Total Genus 85

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	219
structure length	219
Chain Sequence	VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSVRPERLSRLREIIGQDSFLISPGAGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIFLADNPAAAAAGIIESIKDLL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7392195180988406__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7392195180988406__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3QMS/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7392195180988406__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7392195180988406","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3QMS/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7392195180988406__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfff95e8b8afa1a7595d517/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfff95e8b8afa1a7595d517/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfff95e8b8afa1a7595d517/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfff95e8b8afa1a7595d517/pdb.gz): 425 ms

reading 219 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

219 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 20 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:218});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	85
structure length	219
sequence length	219
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-02-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3qmsA00

4YMZA 1SO5A 4UR7A 4FNUA 4ZQPA 1H5YA 3B06A 5LZLA 3G18A 3W2KA 3W7DA 4MZYA 5FF0A 3HF3A 2AAMA 1R2SA 2Y88A 3JR2A 3FJ6A 3SECA 1GTEA 3PG9A 4DBDA 2E1DA 2RDTA 3G1XA 1YYAA 4BF9A 2NX1A 1OABA 4DO6A 4WXZA 4UTTA 3MI6A 4MVAA 4BWLA 2Y7FA 3L65A 3QQ1A 4YCPA 1DV7A 1U5JA 4IMFA 1WV2A 2CLEA 2JBMA 5DBUA 2C16A 1LLWA 1HFBA 1ZAJA 3A5FA 2RHGA 2V2DA 4WY0F 3GIYA 3EXTA 3NQ6A 2CZ5A 4NJHA 1OF6A 3E12A 1F74A 4MZ1A 2DZWA 3EWBX 1LZOA 3MBFA 3G1VA 2YGYA 1KBIA 4N9CA 1KFEA 4UXDA 1MEWA 1JQVA 2ABAA 4KFPA 1KLZA 2BZNA 1TV7A 5FEXA 2VEIA 3GXNA 1GVSA 3EXRA 1QO5A 5G2IA 3UWVA 4UTJA 2VEKA 3UD6A 3VE7A 5E1QA 1ZCOA 4JGDA 2Y62A 3MMTA 1M6JA 2PCQA 3N14A 3L0KA 3C0JA 4RXFA 4NNCA 1ZFJA 1OF8A 1HL2A 5LSMA 4FHAA 4UTIA 2HSAA 1OHLA 5EKYA 3RLUA 3A24A 3SR7A 4LUJA 2ISWA 3NM1A 3C56A 2CWNA 3CTLA 3W7NA 3HO8A 1TREA 4OQVA 1RQHA 3DBPA 1RD5A 1H62A 3UY8A 3LXBA 4WJEA 5HJLA 5F4XA 4XWUA 3W2JA 1VLIA 1QPOA 4WY0B 1FWRA 2EAWA 3LB0A 3QPYA 5AHEA 4X2RA 3MI3A 1ZHAA 4Q4KA 4GFSA 3UNDA 5K9XA 2GVJA 4FIQA 1K7EA 1FCUA 3GDRA 4LS0A 3M9YA 3TNOA 1W56A 4Z1BA 3EKLA 2ZDRA 1QDSA 3DHDA 4JIQA 4MFDA 1JCXA 5L9FA 1GQNA 3O1NA 4CNPA 3H54A 4UTUA 4BI7A 3BARA 1OVDA 4Q33A 3IIZA 4AHQA 3GLCA 1UUOA 2PRMA 1CW2A 3DFNA 4JIPA 4QSHA 4O0ZA 4JYFA 3ZFHA 5CPNA 1DOSA 2OCZA 1W3IA 3ZS4A 3LCWA 2ZZ2A 5SWUA 2P0OA 2QAPA 1H63A 1P1XA 4MPQA 4O16A 2ZRUA 4AF0A 4X3ZA 4K36A 3IIOA 1I2OA 5HWNA 3UPBA 2C14A 3NL5A 3PR2A 2C1HA 2JGYA 4UMCA 1EWDA 1TJRA 4NT0A 5G4WA 4FNTA 1TPUA 2C6QA 3W87A 1GVFA 2YX0A 4O12A 3NQFA 3SIZA 1LBMA 4EF8A 5AHIA 4QIUA 1EEPA 1JVNA 1GYNA 3L0GA 2B7QA 4QISA 3PSWA 1F2JA 3QW3A 1NF7A 4UFHA 2VFIA 5AYZA 1AW5A 1QPRA 1FUYA 4PA8A 2GQ8A 2E6DA 3L5MA 5F4SA 2Y7EA 3TSDA 3LBCA 4ZQOA 3TSMA 3W7RA 1FBAA 5G2HA 5AHFA 3WJXA 1YXDA 3TXZA 5U7SA 3DFSA 3IVTA 4PC8A 1ADOA 1VCFA 2P1FA 4OBTA 3VFLA 3W1XA 2J27A 3QFEA 2DZUA 1UUMA 4DPPA 4JTIA 5D2TA 3B04A 2R94A 1K02A 2GJLA 2CLOA 4ONVA 2A4AA 4QQ3A 3LCGA 4AWUA 1LM1A 4LU0A 4MJMA 1JRBA 2V5BA 3CB8A 2WQPA 3OVRA 2CLHA 4UMAA 3GDTA 3FOKA 5CZTA 2ISVA 3Q58A 4QNWA 1KLYA 1FWSA 2EPHA 4O4WA 3PSVA 4IMDA 1OFBA 4N4QA 4BK9A 3INPA 3C6CA 5IBXC 1XCFA 3LCFA 1ZJIA 3KAOA 1F5ZA 1XXXA 1QFEA 1QAPA 4JICA 4N02A 1OX6A 2FFCA 4P2VA 2DZPA 3KVJA 2VFGA 3CM4A 1HO1A 3N73A 1PE1A 1L9WA 1AK5A 1JUBA 3G3MA 4UNKA 3O15A 3TMQA 1G4PA 1BWKA 3G0SA 4GE8A 1I2PA 1KM6A 1SZFA 2TRSA 1LRQA 3OA3A 4EOUA 3LCHA 3PULA 4AMAA 5E93A 4CQ9A 4OV9A 4L4MA 3G0XA 3NVTA 2YFNA 4I7UA 2O7SA 1ALDA 2NLIA 1RQBA 4JTEA 5I3JA 2HTMA 4IX0A 5CKSA 4OHQA 1P0KA 1LOSA 2DJXA 2NXIA 1TYGA 3AJXA 2VEPA 1HO4A 2V2CA 4QITA 3ANYA 2TSYA 3STCA 4ORIA 5BW6A 1YXCA 5BMWA 3USBA 1TQJA 5DELA 4N6FA 5J5DA 4TIMA 2C13A 4ICNA 4TO8A 3W7OA 1H7NA 3NQGA 3P8JA 2ZZ3A 5G5IA 1D9EA 1X1OA 4ZQCA 1QPQA 3H53A 4Y90A 1TO3A 3MP5A 3W22A 2VFEA 5D03A 4FX6M 4S2BA 3LOTA 3LRLA 1G6CA 2A7NA 4IOTA 3A9IA 2YPIA 1R2RA 3GAKA 2GOUA 3NR0A 1JR1A 5DCEA 5CZSA 3EXSA 3RNDA 2A21A 4LWWA 4C1LA 3BPWA 4KFNA 4AEOA 1PVNA 3DGRA 2KZHA 3RMJA 5FEWA 1LROA 4OGZA 4WY0A 4Z1DA 3TSBA 2GQAA 1GG1A 2C19A 1NVMA 4FXRA 1H61A 1BTMA 2J6XA 3CU2A 1T99A 2Z6IA 2DP3A 4HNUA 1N8FA 1KFBA 1VQTA 3UPWA 3W7HA 2ZRWA 4O54A 5HR6A 3OVQA 3S5NA 3LGEA 5TIMA 2QCFA 4WZHA 1EUNA 3IIPA 3NL2A 4CLMA 4DF0A 2XN0A 4FX7A 3B8DA 3HGOA 1LRTA 3G1YA 1A5AA 4R53A 1IXOA 5F2MA 1W5QA 3S5YA 1DJQA 3QYQA 3QZEA 1W54A 3LERA 1SSDA 2R8WA 3CT7A 3EWXA 2A0NA 3TR2A 3O63A 3DKLA 3BO9A 3IGUA 5FF2A 5AYYA 4UFJA 3LHWA 4YWIA 3W2LA 3W88A 5EL1A 4JYEA 1A5SA 1VCGA 2Z0IA 3NQ2A 5IM51 3G1FA 1EP1A 2QCCA 3BVJA 3R8RA 3FLUA 3M16A 2JKEA 2PURA 3VKJA 2R91A 1SFJA 1EX5A 4DO4A 4JTGA 4FB7A 2QUTA 1QOPA 3CEUA 3P8IA 3QSTA 3W74A 5D2XA 4EVZA 8TIMA 3FKKA 2G95A 4K38A 5G4EA 1L6WA 1AW2A 2FPVA 5CG7A 4JX5A 3PY2A 4DF1A 1KBJA 5H91A 4PODA 1EB3A 1KFCA 3SJ3A 3NO5A 1H1ZA 4FXSA 3PB2A 4Z0JA 3FYPA 4J9JA 3W1PA 1L2UA 4O53A 4K39A 2A2IA 3W2NA 2A6NA 3QMSA 1L6SA 4BR1A 4NX5A 3UZ5A 4MY8A 2GJNA 3T44A 5GVJA 2VKZG 4AB4A 2X1UA 3FYOA 4H6KA 3W71A 2A1YA 1VLWA 2E77A 2WSQA 4GBUA 2P10A 1H7WA 1JCLA 2OT1A 5I3FA 2CW6A 3UYCA 4LS2A 4LVFA 2VFHA 2HMCA 4DBEA 4RCXA 5TBOA 3S9YA 1Z48A 1H51A 2EKCA 3EX6A 5D32A 4DPQA 2YR1A 3MWAA 3NNTA 2V0TA 3P7YA 5AN7A 4AHPA 3M5XA 4M6VA 5LNVA 2OZ0A 4UTTC 4BWLC 3C61A 3QMRA 3N34A 3W1RA 2PE4A 1H7XA 4I7WA 4RJEA 1Z41A 1UB3A 4UFKA 4M7TA 2G5WA 4R7JA 3C2VA 4UFMA 3EWWA 1PCWA 2DZSA 3KHJA 1MXSA 5DXXA 3P5YA 4A2SA 1VYPX 5HWJA 1HTIA 2Q8LA 1W5OA 5C2XA 4NXKA 3W75A 3TQVA 2QCLA 3T7VA 4FNRA 4JXCA 4RZ4A 4AVFA 3C2RA 3WJYA 4CQ8A 3WK2A 1IXPA 5CPLA 1C8VA 3WJWA 4AHOA 1WBHA 1AW1A 5AHLA 1KM0A 3E0IA 1OG0A 1W5NA 2X1SA 4JTUA 3N9RA 3NQ7A 4RX0A 1QOQA 2H3DA 3O07A 4S1FA 3RU6A 1O4UA 4TX9A 1LRNA 3HG4A 3QC3A 3V1PA 4EIVA 1RPXA 2CU0A 1W5PA 3B0VC 3GX9A 5DN1A 4NZJA 3W7GA 3NEVA 3PUOA 1YDNA 1F7BA 5HULA 1QPNA 4B5NA 4M19A 5MHBA 2E5DA 1G7UA 3S42A 1UBSA 3G24A 3S1VA 5G2WA 1IXNA 2NWSA 3D0CA 3FEMA 2O7QA 1FY6A 1KM4A 1SUXA 4PL1A 4KWWA 1S5TA 4E2BA 2V2HA 1PV8A 1F73A 3PVFA 2YYTA 3UWQA 2GQ9A 3I7RA 4HHPA 1OYAA 4RK8A 3MHUA 2Y89A 4IMGA 4MZ8A 3TUUA 3BW3A 3BG5A 3DENA 1XBZA 3W1TA 2A7PA 3SGZA 1JJKA 4XKYB 2QUUA 2ATMA 3LHUA 2NUWA 1VHNA 1PL9A 1MEHA 1VJIA 3M43A 3DHFA 4FEZA 3RLVA 1RR2A 5KZDA 3W72A 3KRSA 5D30A 2CLLA 4MYAA 5LNUA 2V81A 1LLZA 2JKAA 1X8FA 1XDLA 2NV1A 5D02A 3ABQA 1FCVA 2B4GA 1KFLA 2W79A 2CZEA 5EMUA 3FFSA 1GZGA 4MJZA 5E0KA 5AC6A 4IPJA 2I9EA 1SW7A 2WNQA 3P74A 2H8XA 1B4KA 3QW4B 3STFA 5L6UA 2E5BA 3YPIA 3VI2A 3NQMA 3GVGA 1SZGA 1MZHA 2FTPA 1LBFA 4UTWA 1I4NA 4QAIA 2CLIA 4IJBA 5FI8A 3QF0A 3TU9A 1MEIA 1NFBA 3NG3A 2QCEA 3IEBA 3G1AA 2JKPA 1EIXA 2OT0A 2Y70A 4MUZA 2YXGA 5F2GA 4S2CA 4IQLA 4CQAA 4Y6GA 1GVQA 4BFAA 1OJXA 2QCDB 2A7RA 5H2ZA 3LXCA 2Q8ZA 3M6YA 1VCVA 2VELA 2V82A 3PWAA 3LLFA 3PBYA 5C5YA 2TMDA 2ZCGA 1OFOA 3G8EA 4GUGA 3STGA 5K3VA 1LOLA 1L6YA 3NL6A 4JY8A 1JCNA 1M7OA 2WPBA 4HNNA 3UWZA 5D33A 2BX7A 1ICPA 5C6MA 4FO4A 4ZQRA 1AMKA 4E2DA 3GNNA 3UWYA 1J2WA 5D05A 2CLMA 3L21A 3TH6A 2DJLA 1OK4A 1FQ0A 1TRDA 3IGSA 3KXQA 4K8HA 3L67A 5AB3A 1KA9F 3LV6A 1XC4A 4QJ1A 1T96A 3VE9A 4LOCA 4MYXA 4UCGA 1XM3A 1AL8A 1W37A 4M6QA 4CCEA 1LBLA 1FXQA 5DCBA 4N9BA 1Q6LA 1YDVA 4IUOA 4UFLA 1WA3A 2X16A 1I2NA 1YTKA 4MFEA 1YXYA 1VZWA 3SI9A 1EA0A 3HBLA 5CGQA 2QR6A 4X22A 1GVRA 3CEPA 5KSWA 2Y63A 3HJZA 4PH6A 1YTEA 3NPUA 5AYXA 1XBVA 1Q45A 3W07A 4GXMA 2QCGA 3LI1A 5AC7A 3E02A 2I14A 3BLEA 2NX3A 4IXHA 5HMSA 1QR7A 3TW7A 5F4WA 4XBSA 3LCIA 4O13A 3W1AA 2QDHA 3WJSA 3W86A 3TXVA 3FIGA 5KINA 5LNRA 3W76A 1VPXA 1VGAA 3GZ3A 4Y9AA 4O4VA 3LV5A 3P60A 3AO0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3QMSA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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