3QMTA

Crystal structure of the mutant v182a,y206f of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor bmp
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGAGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIFLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase/lyase inhibitor
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 85
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2011-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3qmtA00
4O0ZA 5AHMA 4O17A 5K7JA 2Z6JA 5FF4A 5HR6A 5T26A 4RZ5A 2PRHA 2X2GA 5D04C 1GT8A 1UASA 4XZ9A 2ZZ4A 5AC7A 2BX7A 3BLFA 5CSSA 1H63A 3I7RA 3MI3A 3VCRA 1GTEA 2FB2A 3NQFA 1YDOA 2DJLA 3GKAA 3PR2A 5DY2A 1G7VA 3BG9A 3C2FA 4JNMA 1LLZA 3SJ3A 3G3DA 5E0KA 1NF7A 3BG3A 3LCGA 3LTPA 3W2UA 1FWRA 4RX0A 4GUJA 4CCEA 3ABRA 1PCKA 2Q3RA 3TIMA 3W2KA 1Q6OA 2ZYFA 3G1XA 2ZRUA 5AHFA 4MPQA 1W0MA 5IBXC 5D30A 2AQWA 2YFOA 4I7UA 2JKAA 4NNCA 2FTPA 2CLEA 3EWYA 5FEXA 3WK3A 3GDLA 2FPYA 1ICQA 5D2TA 4KFPA 1VZWA 4O10A 3GR8A 1FCQA 5HWMA 2QCCA 1PIIA 3SR7A 1XUUA 2E09A 5I3GA 4A21A 1THFD 4BWLC 2V2DA 3B06A 2A5HA 3Q2DA 4O1DA 4YL2A 5FF7A 3DENA 3FKRA 4O12A 4OE7A 4G1KA 4UTJA 5FF0A 5DCDA 1JJKA 1X7FA 2J9ZA 4BR1A 4GWEA 3UWQA 4GJ1A 4UTTA 1DQWA 3I7QA 3SI9A 1SSDA 1GVQA 3TR2A 1EP2A 6TIMA 2JBMA 3TA6A 3TDFA 3SGUA 2NX3A 2FDSA 4BF9A 4N02A 1TYGA 3CM4A 5FF2A 2X30A 4LY8A 2YW3A 3HG2A 4IXXA 2X1UA 3NZRA 1CW2A 1GPWA 3EXTA 5EBUA 4Z0JA 3I6RA 4NXKA 2ABBA 1P1XA 1VQTA 4FNRA 5D03A 3BO9A 2VELA 4LVGA 1ICPA 4NVTA 3IVTA 4GUFA 3G8RA 4GUHA 1BKSA 4UIOA 5BW6A 4JYFA 5G2IA 1H1ZA 3S5YA 3UZJA 1XBZA 2QR6A 4Y9AA 1I4NA 5KTLA 3KX6A 3T44A 4AB4A 1Z48A 1EEPA 4HNTA 1WOBA 3QMTA 1XCFA 3TE9A 3DHFA 1EA0A 5F4SA 3M9YA 1Q45A 4UNKA 4M5PA 1SZGA 1OX5A 1KFLA 4UCGA 3M5YA 1R46A 1N8FA 3IGSA 1TO3A 3UXDA 5CPLA 3Q37A 2A2IA 5G1TA 2ZBTA 3N2MA 1LORA 1H62A 4K37A 2KZHA 3F4NA 4MIMA 5KZMA 3NQGA 2Z2UA 2WJZA 3PS7A 1YADA 3LCLA 4LU0A 5C5YA 4GXMA 2Y85A 1GVSA 1FDYA 3LX9A 1H7RA 3M41A 3CWOX 5D38A 1M7OA 1TJRA 4O50A 4I7VA 1K8YA 3AO0A 1L9WA 2ATSA 5CZSA 4FXSA 2C14A 4HHPA 5LNSA 3IIOA 2GJLA 1SSGA 3NQCA 1A5CA 5TIMA 3T4CA 4ALDA 4JY8A 3EEGA 4WQ6A 2VXNA 1OFRA 1KM6A 4NJHA 1F5ZA 3G1SA 4UR8A 3UWUA 2DZXA 3E49A 1A5AA 1FDZA 2W0UA 1SQ7A 1LLWA 2NUYA 1LM1A 1VC4A 4W9TA 1RZMA 3MUXA 2VFEA 4O53A 3L0GA 3QM3A 3SECA 2QCDB 5U7SA 2BWGA 4Y90A 4NJIA 1XI3A 5I3JA 3LTYA 3W76A 1FUYA 2QAPA 3MP4A 4FO4A 4LVDA 3UNDA 1B57A 2CZ5A 4IGHA 3W1LA 3EXRA 1W5MA 3FKKA 3TFXA 5MHBA 3BW3A 5F1UA 2C1HA 3P7YA 5E1QA 3THQA 1A53A 3HG3A 1Z41A 2B7NA 4P2VA 4JX4A 3C6CA 2Z0IA 3OIXA 4FIRA 3H55A 1Z42A 4UNLA 3HOJA 3NPWA 1CI1A 1JVNA 2FPTA 4GUGA 1PCWA 1VLWA 2OCZA 1N7KA 3TNOA 1FX6A 1GQNA 4IX0A 2V5BA 3P62A 3QFEA 1YPIA 1QPNA 3EB2A 1OK4A 4IPJA 4S2CA 1J2WA 1WBHA 3PUEA 4X3ZA 4S2BA 3FA5A 4WD0A 1SUXA 3NPUA 2CLLA 4DF0A 3TK7A 1TPH1 2Q8LA 3G3MA 1G69A 3GLCA 3DAQA 4NNBA 3GK0A 2NX9A 1IXPA 2V8ZA 3LTSA 4K7VA 5TQLA 5C2XA 2TPSA 4PODA 1HL2A 1ME8A 4B5NA 2QAFA 4Z1AA 2VFHA 4PA8A 3G0XA 3ABSA 3FFSA 3O06A 1O95A 5CG7A 1KLYA 1O5XA 2JGYA 4FXRA 4RCXA 1ZAHA 1G6CA 5H2ZA 4WX2A 1P0NA 2XN2A 5TBOA 1D3GA 4FEZA 1LOLA 5K9DA 1AL8A 1BEUA 3G0SA 5CPOA 3W70A 4CQAA 1YYAA 4DO4A 4LVFA 5LNUA 1X1ZA 2HMCA 3QH2A 3S8HA 2O7SA 4UTUA 5DBUA 2ABAA 3NQ2A 3SIZA 3FYOA 3MBFA 5KMYA 4KWWA 3L5AA 2QCEA 3I7SA 1VGAA 1PVNA 1H7XA 3IVSA 4E2DA 4LVBA 3LCIA 4A22A 3NQVA 4OV4A 3GB6A 3S1WA 3S1VA 3OVPA 1UBSA 4Q4KA 4D2JA 1G4PA 2BZNA 1SZNA 1RVGA 1SW3A 4LRSA 4DPQA 4NT0A 4ORIA 2DZWA 4YLWA 3W7KA 3CEPA 1ICSA 4JIPA 2YR1A 4GFSA 4AWUA 5I3FA 3NM3A 1ZCOA 4XUGA 1H7NA 2WNQA 1XUZA 2E6FA 3N14A 4K38A 3OVRA 4PCFA 1MEIA 3L68A 3LHZA 3L66A 1TTIA 2H90A 1S5WA 3KHJA 2ZTKA 2ZFAA 3LI0A 1F2JA 5H91A 1R2SA 1GG0A 3QRHA 5HWNA 2C13A 4FNQA 4HSOA 3O6YX 4HPJA 4JTUA 4GBUA 4M6PA 2GPTA 4O4VA 4IQLA 1H7WA 3TSBA 1KW1A 2D73A 4LT9A 4CNNA 3PSVA 2GVJA 2WOQA 4Q32A 1PV8A 4CNOA 5HUPA 3MP3A 3VFLA 2R14A 3RLUA 4FX6M 2NUXA 1R2RA 4I7WA 4NUWA 1LBFA 2PRMA 3QYQA 3DH7A 4TR9A 3NXFA 2NXHA 3TV8A 1Q6RA 2NXIA 1DBTA 5CGQA 3FLUA 4M6QA 3DFNA 2C3ZA 3W1QA 2ZTJA 2A7PA 3PB0A 1G4SA 2B0MA 3GVGA 3CQ0A 5GVJA 5HR7A 3HQ1A 1OFOA 1ZAJA 1W56A 5EA9A 5I3HA 3HGSA 2VEKA 3TXVA 2I9EA 3P84A 3TW7A 1I2OA 1IXNA 4IUOA 3UD6A 2V2HA 3PBVA 5D32A 3CPRA 1VCGA 1W5OA 5J5RA 2V81A 3KVMA 4IMFA 3ZR4A 1RV8A 3W7LA 1GTHA 2HS6A 1W54A 4A2RA 2OT0A 3EX4A 4ADTA 4UFJA 4FHAA 1OFAA 1XL9A 3GXNA 4JN6A 4QAIA 5C55A 2V2CA 3M7WA 3CTLA 3W1UA 4O11A 2FB3A 1O4UA 2RDWA 1IXOA 5K9CA 4WZHA 3L5MA 4HNUA 1X8FA 4GNJA 5HULA 4O18A 4S1FA 1RQBA 3STEA 5DN1A 4LC6A 3W1AA 1VS1A 3CLMA 3TC7A 3R2GA 4DBDA 3AJXA 3GDRA 1AG1O 1MSSA 3KVJA 2PRLA 1JCLA 1H5YA 4MZ1A 4MJZA 4N9EA 4Y6GA 2FIQA 4AHOA 2FQIA 3QPYA 5AHNA 3GAYA 3MHUA 3KOFA 3LHVA 3EWUA 1R2TA 4FNSA 2F7FA 1XDLA 3A23A 4KFNA 3ATYA 3NGJA 3WJZA 2X1SA 1ALDA 1O94A 5AC6A 3PBUA 5LZLA 3C61A 3NO5A 4X2RA 3ABOA 4LC8A 1K7FA 3L0NA 3BG5A 3L9CA 2E68A 5DXYA 2B7PA 2G96A 2WNZA 1WX0A 3QZEA 3PULA 4AHQA 3R8RA 2QUUA 1SZEA 4JIQA 4XWUA 3W7GA 1J5TA 4HT3A 3W6YA 3MBDA 5F2GA 1UUMA 4WY0F 1S3HA 3UY8A 4UTLA 1ZENA 3O63A 2QCMA 4HNVA 5L6UA 3G1YA 3STFA 1P4CA 3GXPA 2RKXA 2RHGA 3F03K 4UFLA 1F6KA 1GYNA 4JS3A 2H3DA 1TV7A 4XKYA 2YCEA 1F6PA 3W22A 5AHIA 3P80A 3DU0A 4TMCA 1DQXA 4MUZA 2E5BA 3W7EA 2RFGA 2ZZ5A 2UV8G 1D9EA 4NNAA 1K3UA 3LXCA 1GEQA 4C1KA 4MY8A 1XBVA 3KXQA 4UTMA 4M7SA 1OFPA 1HO1A 1KM4A 2CZFA 3DBPA 1I2PA 5CZJA 3PB2A 5HNRA 1AL7A 3N19B 4Y96A 5AOUA 4UTTC 4AF0A 3RF9A 3DI1A 2NV1A 2Q8ZA 2ZRWA 3P5YA 4FNPA 1KFBA 3CB8A 1ZJIA 3K30A 4MVAA 1OVDA 3W75A 1EUNA 3W2LA 2TMDA 1JUBA 2VFFA 1QO5A 3TJXA 3HGRA 1OYBA 4RJEA 3HPSA 5G2HA 3W85A 3SZ8A 3W87A 1QPQA 4O14A 3QC3A 4WUIA 3E02A 4CQ9A 3LDVA 3CWNA 4K39A 4LVAA 3T7VA 1W5QA 3W7OA 5HINA 3QJAA 1FQ0A 3B8DA 2CZEA 2O7QA 1IXQA 1JR1A 6ALDA 3PUOA 4WOZA 1TQJA 4LOCA 4JTLA 3O8AA 2EGZA 1KM0A 4MYAA 3QQ0A 3NPVA 3NL5A 2Q3OA 5D33A 5AN7A 3HO8A 4LS2A 1SW7A 3WK0A 4GUIA 5G4EA 1SO6A 5AHLA 4LUJA 2PC4A 3A21A 1AK5A 2YXGA 2A1YA 1H61A 1TPFA 3W73A 3Q94A 1VPXA 3M5ZA 2I1OA 4O52A 3ZWTA 2QDHA 2VC6A 2DZSA 2DP3A 3TU9A 4EOUA 2HSAA 1A5SA 3NQ7A 1BTMA 4UTKA 4LUIA 1L6SA 3W74A 1ZHAA 2V82A 1LZOA 3VE9A 4Z08A 3RFAA 5BRBA 1XC4A 2E5DA 1I2NA 1TPC1 4UFHA 3GZ3A 2NZLA 4RKAA 5F4XA 4JX6A 2V9DA 2EPHA 4XTDA 5EY5A 5LGXA 3HB9A 3S0CA 4N4PA 4YXGA 1G4TA 3ABQA 4OU1A 4UFMA 3N9SA 3LRMA 2W79A 3QEZA 3OEXA 4O4WA 2VFIA 3OVQA 3UPBA 5LNVA 1EB3A 1NF0A 2ZA3A 4WY0A 4ZQOA 3KFTA 4MZ8A 1DHPA 3OHIA 2B7QA 2ZRZA 2FLIA 3TH6A 3A5VA 2YSWA 3ZS4A 1F7BA 4R33A 3FIGA 4Q33A 3LBMA 3UPWA 1KM3A 3E12A 3GDTA 2J27A 4FIQA 2A0NA 4I9AA 3TAOA 3MO7A 4IOTA 5L9FA 2A6NA 2A21A 5D2VA 3EX2A 5CZTA 3MI2A 3PWAA 3B4UA 4NX0A 4OT7A 5HJLA 1EWEA 4JTSA 5F4WA 1YDVA 2ISWA 1W8SA 4YMZA 2WNNA 3R12A 1BWKA 4LV9A 1FCBA 4ZZ9A 3N34A 4FF7A 5HMSA 4CCDA 2QCNA 4AAJA 3H54A 2C15A 1YTDA 3P81A 3FOKA 5U4NA 1MXSA 2H8XA 1GJPA 2EAWA 5FEZA 1OX6A 3TW6A 5K3VA 1K03A 2PURA 1QMLA 5A8GA 1TQXA 3PG8A 5AFDA 4PL1A 4BI5A 3W1RA 3WK2A 3DZ1A 3NOEA 4JDBA 3I65A 4JR5A 2Y61A 4E2BA 3L65A 1R47A 3DI0A 3GYEA 1XBYA 4PH6A 3T55A 2GJNA 1JRCA 3PC0A 1XKYA 2DU2A 4YCPA 1DJQA 4MFDA 4KKXA 1KV8A 3G8EA 3LHWA 3OA3A 4K8HA 4PEKA 2A4AA 3BGGA 2Y62A 4IXHA 5AYXA 4NJJA 3UXAA 1NFBA 3UWWA 1VYRA 3I68A 3TJLA 1OX4B 3N2XA 1QAPA 4JYEA 5C54A 3LGEA 3NA8A 4R34A 5G1YA 4IX2A 1PS9A 3IIXA 3W1XA 4ICNA 3IVUA 1SO4A 4HIBA 3MMTA 1ZY9A 1YXYA 5F2MA 4CLMA 1WQ5A 1QNVA 4UTWA 4R7JA 4RK8A 4QNEA 3WK1A 1B4KA 2JKEA 4XBKA 3C2VA 1V7YA 2FFCA 4CNPA 3A24A 4ZL1A 3BARA 3R5EA 4OV9A 3BK0A 4JX5A 2YZRA 2CLIA 3W84A 3PM6A 2ISSA 2E6AA 4UR7A 3LERA 2QCHA 1KA9F 3TQVA 1M7PA 4JTIA 4UFIA 3S1XA 1YXDA 4ORMA 1WXJA 1LTDA 3NQMA 3P60A 3P8JA 1QPOA 3MYPA 1KFKA 1FWNA 2J6XA 3KRSA 3HGOA 3WJYA 3W7MA 3PAJA 3G1VA 3W86A 2DJXA 4AMAA 5KZEA 4XQ6A 4MYXA 1LROA 4BK9A 3W72A 1OYAA 3EWZA 3RU6A 4CQ8A 4MY9A 2EHHA 3QSRA 1DV7A 3CT7A 2H3BA 5LHEA 1MZHA 4OQVA 3NM1A 5LNWA 1TCDA 1FDJA 3P61A 4RXFA 1VYPX 1GG1A 4ZMGA 1HFBA 2QKFA 3TAKA 3RK8A 2JK2A 2B4GA 3DHDA 1LOSA 3CIWA 1K02A 2RDUA 1WAUA 2G97A 3B04A 5KINA 3KVLA 3LCXA 4ZQCA 3O6CA 4TX9A 2P0OA 1L2UA 1WA3A 2HTMA 3EX6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2OG9 A;  4O0Z A;  3BAX A;  4I6V A;  3QBU A;  2X2G A;  4FS9 A;  3VX1 A;  1E0V A;  1JGI A;  3BXW A;  1NM9 A;  5CSS A;  3KBN A;  7ENL A;  3I7R A;  3MI3 A;  1GTE A;  3NQF A;  3L4W A;  3GKA A;  1VFM A;  1NFP A;  3W26 A;  4JNM A;  3ZMR A;  3H7R A;  2O0T A;  3P14 A;  3EMC A;  3O6A A;  3LTP A;  4RX0 A;  3U4A A;  4GUJ A;  1AQH A;  4WVX A;  3KWX A;  4BQ5 A;  1RVK A;  1W6T A;  1H11 A;  1Q6O A;  2ZYF A;  4XBJ A;  1DWJ M;  5A69 A;  2DT2 A;  2QPU A;  4LFY A;  2VGB A;  2ZRU A;  4BHY A;  5IBX C;  3C0S A;  3ZJ8 A;  4NNC A;  2CLE A;  1PZ0 A;  4IHC A;  3WK3 A;  2YDQ A;  3WH8 A;  3T0C A;  2HPM A;  1VZW A;  3AXH A;  4CVW A;  2QCC A;  2XVN A;  1IGW A;  2WZM A;  4W8B A;  4NZ5 A;  3B06 A;  3SCW A;  1W17 A;  4DBW A;  3WQW A;  1GPF A;  2WCG A;  5FF7 A;  3FKR A;  1UG6 A;  1V79 A;  2D22 A;  1YNY A;  4US6 A;  2XM2 A;  1X7F A;  4GYK A;  2VT0 A;  4H9M A;  2J9Z A;  3TR9 A;  4GWE A;  5DX7 A;  3UWQ A;  5J04 A;  5REQ A;  5G4H C;  3ECQ A;  1ECE A;  3WBE A;  4PRR A;  1I1W A;  3TA6 A;  3SGU A;  1EHN A;  3GBD A;  4DIA A;  3QV6 A; 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