3QMTA

Crystal structure of the mutant v182a,y206f of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor bmp
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGAGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIFLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase/lyase inhibitor
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 85
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2011-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3qmtA00
4I7WA 3BLFA 3ZFHA 4RR4A 4ZMGA 3L5LA 1SU5A 3Q94A 3H53A 4GXMA 3ZS4A 4H4IA 3R8RA 5CZ0A 2QJIA 2FPVA 1ZHAA 5AHFA 5F1VA 1AMKA 1NEYA 5HMSA 5FF0A 2VFEA 3BGJA 1JUEA 2E68A 3RLUA 2WKJA 4WQ6A 5LNRA 3TH6A 4PODA 3IRDA 4M6VA 2J6XA 3L2IA 2C19A 1H51A 3PSVA 3MUXA 4XTDA 5CGQA 2NX3A 3UXAA 1GVSA 3SW6A 4O13A 3B8DA 3WJYA 3RF9A 4FIQA 4MIMA 1GTHA 2WNZA 3CHVA 3S1VA 1LTDA 4XQ6A 4YLWA 5CZJA 1VQTA 1BWKA 1FXPA 1RR2A 3W7PA 2V9DA 4E2BA 1B57A 2GVLA 1QDSA 3L0NA 3IVUA 3W7DA 3W1LA 1RPXA 4JDYA 1R46A 1LBLA 4RLIA 1RQEA 4JXCA 2CFFA 2E6FA 4QNEA 2R94A 2OCZA 1XDMA 3CT7A 4JEQA 3NQEA 4ZVJA 2YZRA 3W70A 1UBSA 3EXRA 4AMAA 3R12A 3WK2A 3EX3A 1ME9A 1XFBA 2A4AA 3LM7A 5KINA 4JNMA 1Q45A 3MHFA 4DXVA 1KA9F 4O53A 2CU0A 4JX6A 3LRKA 2ZRUA 3W7KA 4TO8A 4O28A 3LHZA 3I68A 1LLWA 3LBCA 3UWVA 1EP3A 3PWAA 1W5OA 4OQVA 1D3GA 4K36A 3PVFA 2Z1BA 3GKAA 3C52A 3W86A 1NSJA 3M5XA 3P5YA 1KBIA 3FLUA 1Z48A 3ABSA 1P0KA 3P82A 1XUUA 3W7OA 3O6YX 1ICQA 3C2VA 3GXNA 5D2WA 4NT0A 2XN0A 4OWGA 1RVGA 3NL3A 4UFKA 3M5ZA 1GG0A 1TQJA 3QW3A 2GJNA 3WFAA 4K7YA 4BF9A 2WNNA 4MFDA 1OHLA 1N7KA 1P1XA 3DBPA 2ZTJA 4AWUA 4E2DA 1FWSA 3S9YA 3C4UA 3DH7A 3USBA 5G4WA 2ATSA 2ISVA 4WY0F 1H61A 3EWXA 3S1WA 4NZFA 5AYXA 3W7IA 5J5DA 4RCXA 4DO6A 4N6FA 2VFDA 2ALDA 4YCOA 4JICA 5C6MA 3TR2A 4DF2A 1G7UA 4XBKA 1TTQA 4ADTA 1VC4A 1DQWA 1OVDA 1YXCA 2NWRA 2QUUA 3THQA 3LCXA 3U2OA 1KFKA 2GOUA 4JTGA 4CLMA 3U6WA 5D2TA 5F2MA 4LWWA 1WA3A 4AEOA 3G18A 4MLJA 4O0KA 3CLMA 3S6DA 3FJ6A 1ONRA 2DORA 3BW3A 4FO4A 3FYOA 2Q3OA 4GRSA 4KWVA 3TC6A 1THFD 3A24A 4O10A 3LTPA 3P61A 5DY3A 1PV8A 4OV9A 1OK4A 3A22A 4GUGA 3KX6A 2ZRYA 3FIGA 4NQ1A 4GUJA 4JIQA 1B3OA 2B7QA 3BARA 3L68A 3SJ3A 2E6YA 1OG0A 5DCEA 5G5IA 4HN4A 5BNKA 1QOPA 5HJLA 2ZRVA 1SR9A 4A22A 5CPMA 4FNSA 3UWYA 5TQLA 3LRLA 1GYLA 2C15A 2O7SA 5H2ZA 4LOCA 2ATMA 2WV8A 4TMBA 4Y8FA 1VR6A 4GUIA 2B4GA 2V5LA 3O63A 3QQ1A 5D04C 5GVJA 1XBVA 1VYPX 2G96A 1W31A 3GDLA 4LW7A 1JCJA 2CLEA 2F84A 5HR7A 3ELFA 4CCEA 2GVGA 5D09A 3QMSA 4K8EA 1M7OA 1W56A 4S2BA 3NPVA 4NJJA 3IVSA 1PS9A 4JTLA 1I2QA 3EWUA 3T4CA 1JJKA 3CTLA 3UD6A 1IGSA 1X6UA 2C13A 3TMQA 1ZCOA 4O54A 3UWQA 4MJMA 5F4XA 3INPA 3OVQA 2NXHA 4DF1A 5KITA 2ZZ2A 3S1UA 1XUZA 2RDUA 3BK0A 4N02A 4A2RA 3S5OA 1K7XA 4C1LA 3QM3A 4RX0A 1O4UA 3B03A 3S5NA 4NX5A 2VFHA 2NLIA 3G1SA 4I7VA 3N34A 4BK9A 1OYBA 1KTCA 3PG9A 3UXDA 1JR1A 1L9WA 1TTPA 5K2ZA 3MBDA 3HB9A 4O1DA 3W7CA 1B4EA 2X1RA 3B06A 3DFPA 5CSSA 4O1CA 3LRMA 1LYXA 3W7QA 1RD5A 5KSWA 1KM2A 4QIUA 1LDCA 2NX1A 3EX4A 3MI6A 4UFHA 4IX2A 1R30A 1TPFA 3G24A 1X1OA 4AH7A 2VEMA 1FWRA 3R2GA 4O0ZA 1OJXA 3HG4A 2YR1A 3BO9A 1BWLA 2H3BA 1IXPA 4ZQNA 5G1YA 4LUJA 4FX8A 4CCDA 2VFIA 3W3OA 1PL9A 1LBFA 3A23A 4RZ5A 2PRMA 2CLMA 3NO5A 4O50A 4Z1CA 3WJZA 1GQNA 5E0KA 5DY2A 3GXPA 2Z6JA 5CZSA 5FEWA 3N2XA 3PSWA 4Z1DA 3NGJA 4IWWA 3L66A 3TSDA 2PRLA 1DL3A 1NAL1 1ME7A 1OFRA 1I4NA 3DFQA 3BLEA 4FNUA 4N9BA 3W1QA 4KWWA 2C1HA 1XCFA 4P2VA 1FY6A 5J5RA 3LCIA 2YPIA 4UTUA 3MWAA 5IBXA 1GWJA 3QPZA 5AOUA 5LGXA 1QPQA 2Q3RA 5CSRA 1M6JA 2FIQA 4MKNA 1KLZA 1TRIA 4LVFA 4N9EA 3ZWSA 2C0AA 3ABRA 5D38A 3GNDA 3T40A 3S42A 3P60A 4WXZA 2E6AA 1BKSA 1S5VA 1WAUA 3M1ZA 5DBUA 3WK0A 2QCDA 3PBVA 1G4SA 1J2WA 1A50A 1VH7A 2CLOA 4EOUA 2TYSA 1RQBA 4JTEA 4Q33A 4BWLA 2ZZ3A 1HFBA 1QO2A 1IXOA 4Y6GA 1DBTA 3AJXA 3O1NA 2CLKA 1DJQA 3WJWA 4NVTA 1RZMA 2Z2UA 1AL7A 3TQKA 5K4XA 3QQ0A 1B9BA 1JUKA 1H7XA 3MO7A 1I45A 1QMLA 3NDOA 1DVJA 2XN1A 2EAWA 1TTIA 3PULA 4MZ1A 1PVNA 1WDWA 2FDSA 4ONVA 3CB8A 2HS8A 3P62A 4XTIA 2DJLA 3KXQA 3IIVA 4Z08A 2A6NA 1L2UA 2GVJA 4O4VA 3U8GA 1UUMA 1H7WA 4O52A 2NX9A 3G1FA 4HPJA 1AK5A 5SWUA 1S3HA 4UTMA 3DFNA 3LOTA 3LTYA 4ALDA 4UMBA 3QF0A 5IBXC 3F1QA 4A29A 3NAVA 4EF8A 1HTIA 3BLIA 4MZYA 5F4WA 5LHEA 3STEA 1TJRA 2OZ0A 4FEZA 1FWTA 1O95A 2ZZ7A 1CI1A 2AAMA 4AVFA 1UASA 1VHCA 3HQ1A 3P7YA 1OFEA 3P8JA 4NUWA 4JTUA 3LGEA 3TU9A 1KW1A 1T99A 1TV7A 3P80A 3LCWA 4AF0A 3NPXA 4ZQRA 1VYRA 3TXVA 5AC7A 3L5AA 2TPSA 2Y7GA 1QCWA 3NYZA 2C16A 3CM4A 5IM51 1FWWA 3GDTA 4UUIA 1JRCA 3HF3A 2V8ZA 1PHWA 4GWEA 2GQ8A 3EEGA 3SFKA 3HO8A 3KRSA 4CQ8A 4UFIA 3S5YA 3M41A 3THAA 4AHQA 3PB2A 3LLDA 1LLZA 3TNOA 3M43A 3B04A 2YYTA 4NNBA 3O06A 1IIGA 5DXXA 5AYZA 1M7PA 5TIMA 1XL9A 3IIPA 1SO6A 3T78A 2OJPA 1EPXA 3TFXA 1IXQA 3M16A 5DXYA 1ICPA 1C29A 2NXGA 2P1FA 4W9TA 1U83A 2DU2A 3M5YA 5AC8A 1H60A 1PCWA 3HGSA 4B5NA 4O1AA 3TJXA 2NV2A 3AO0A 3PUOA 4RJEA 3CIXA 3STGA 1MEHA 3L0KA 3EXTA 3ATZA 3W7GA 1FWNA 4UNLA 3LBMA 2NUXA 2Y62A 4DBDA 2BXVA 3GIYA 2GJLA 4O8RA 5CPOA 4S2CA 4MPQA 4S1FA 3W2MA 4N9CA 3LDVA 5EBUA 2LLEA 5I3IA 2ZRWA 4UTTA 5D32A 3CQ0A 2QCDB 1TTJA 4U4MA 5LGZA 1F5ZA 4FXRA 2Q8LA 2VKZG 4HT3A 3W2UA 1DJNA 1O94A 3SECA 3I65A 4GE8A 4JTFA 2HSAA 2D73A 1GYNA 1Q3NA 4HNNA 4WY0B 2A2IA 2QCGA 4OE7A 2YFOA 3VCRA 1W3IA 3W23A 4TX9A 4ADUA 1KFCA 5C5YA 1PE1A 2CLHA 1W5QA 3TA6A 3TCEA 1S5TA 4OHQA 1BEUA 4EIVA 4PEKA 4O15A 4WOQA 4YWIA 3UWWA 3L0GA 3C3NA 3QC3A 5D05A 3W1PA 1JULA 1MZHA 1LOSA 4X2RA 1NVMA 1GPWA 4WD0A 5F2LA 2A7NA 1JCMP 2X2GA 4EVZA 1TREA 1YPFA 1K3UA 4HNTA 2VC6A 1OX6A 3B0UX 4HNVA 1UJPA 1EUAA 1P0NA 2ZA2A 2CZFA 3D0CA 2B7OA 1BTMA 3LV6A 1Z41A 3MP3A 5HQEA 3R89A 4NX0A 3HOJA 2R14A 2VEKA 4PL1A 5D37A 2V2DA 4K37A 1Q6RA 3G1XA 3UZJA 5AHMA 5FF2A 4WX2A 4UR8A 1H63A 1HO1A 4YCPA 4H3DA 3C8FA 3NQ7A 1TPDA 1O5XA 3O6DA 4NJKA 4UTTC 3S0CA 2TRSA 3B0VC 2TMDA 2KZHA 3EWWA 1F76A 1WYIA 2CW6A 6ALDA 1K03A 2DZPA 3NPWA 3B05A 4LVGA 3MYOA 5DCDA 1GJPA 4FNTA 1RV8A 4IPIA 5FEXA 4LC6A 2ZA3A 2H8XA 2PCQA 4UTKA 3P67A 1VCFA 1QPNA 1NFBA 1WX0A 3KFTA 4AF0B 3G1HA 2RKXA 1KFLA 2JGYA 2J88A 5CG7A 1XXXA 4IXXA 4DPPA 1EX5A 3G1AA 1MEWA 3C2EA 1TO3A 3P5ZA 1DORA 3CPRA 3KVLA 3TROA 3GLCA 3A9IA 4M7SA 5F4SA 3TK7A 4I7UA 4IJBA 3OVRA 4HHPA 3LI0A 3W72A 4MYXA 1W5NA 1I2OA 3UPBA 1EIXA 4RV8A 1XBYA 5I3KA 3W71A 3MHUA 3C56A 4N2YA 2BWGA 2BSLA 1YTDA 3LCHA 1S5WA 4BI7A 2W6RA 3NL6A 1F74A 3ATYA 3MHGA 1ZAIA 1FBAA 4MYAA 2AQWA 1W3TA 3HIJA 1Y0EA 2JKPA 4Z1AA 4R7JA 3DFSA 3FFSA 2V0TA 4KFOA 4O17A 1GVRA 3DAQA 3I6RA 2CWNA 1XDLA 3KVMA 1JRBA 2BZNA 2WSQA 1KM5A 4UNKA 1LBMA 3GR7A 5K7JA 4LRSA 3TSMA 3PUDA 1OF8A 2Y63A 3HG3A 4IOTA 1AL8A 4LNYA 1F6KA 3HPXA 1SFJA 3OVPA 2HMCA 4FX6M 4QNWA 1SZEA 4M6QA 4MLRA 2DZXA 3MP4A 1TPWA 2CZEA 2X16A 5AB3A 5EA9A 3NA8A 1X7FA 5FF7A 4RZ6A 4Z0SA 3G3DA 3I7RA 4CNOA 5I3GA 4RZ4A 4PC8A 1QPOA 2I9EA 2FPTA 3NXFA 2XFWA 3WK1A 4OV4A 4JS3A 3TIMA 2G97A 3O05A 4K39A 4DEFA 3LXAA 5KTLA 3TFCA 5FF4A 1YLVA 1K02A 3NQ8A 5CKSA 4UTLA 3BG5A 1KFEA 2ZZ1A 3MJYA 3Q2DA 4HSNA 5BW6A 1K7FA 1F05A 4Y90A 5D33A 5HULA 1H7PA 2ZRZA 3JS3A 4O1BA 5EY5A 4HNUA 4NNAA 3KAOA 4CNNA 5C2XA 1TYGA 4LT9A 3C2RA 1SSDA 3UNDA 2DZWA 4ZQCA 3NQVA 1AW2A 1YTKA 3EX1A 5AHNA 3W1XA 2Y89A 3E96A 3QFEA 4NJHA 3W7EA 5EKYA 4R53A 1G4PA 4UR7A 1EP2A 4M19A 4RK8A 4L4MA 1TSIA 4QJ1A 4J9JA 5FEPA 3BG3A 1XM3A 2C18A 4UMCA 1EEPA 1V7YA 3UYCA 4GUFA 1JCXA 2RHGA 4KKXA 5FF3A 2RH9A 4N4QA 4LV9A 2H6RA 2VENA 3KOFA 1FUYA 4YXGA 3SSJA 4MY1A 5AN7A 5C55A 3N3MA 3O16A 3NQ6A 2VEPA 3NL2A 4K6AA 5L6UA 3PF3A 2C3ZA 2ZRXA 3BW2A 1QPRA 1SPQA 1KFJA 1LROA 3F03K 4UTIA 4DO5A 2WSYA 4TU1A 3OA3A 1ZENA 3N9SA 2FQIA 4WZHA 3W6YA 1P5BA 3NNTA 1XI3A 3SY5A 3UZ5A 3FA5A 3LI1A 1ZY9A 3O6CA 1RQHA 1G69A 4P61A 4O18A 3GR8A 4ML9A 1L6YA 5BMXA 4FNQA 4JTHA 4UC5A 3TAOA 3CEUA 1LRTA 4XKYA 3TC7A 4UTHA 3NL5A 2VELA 4POCA 5HWJA 4HPXA 5DELA 4FXSA 2G5WA 3KRZA 1P4CA 4NXKA 1G4TA 3NQAA 1WOBA 3C2OA 5DLCA 4U28A 2QCMA 2CLLA 1WBHA 3QJAA 3DFTA 2GPTA 2OT1A 1T8XA 4K8HA 3PUEA 4IMFA 2WSRA 5F2GA 1F73A 4QSHA 3P74A 3B4UA 2QUVA 1U5JA 4CQ9A 2Z6IA 3DHDA 1ADOA 2QJGA 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 2BLE A;  1G67 A;  2C14 A;  1ZAJ A;  4JYF A;  3G3M A;  2QDG A;  3M6Y A;  3P81 A;  4K7V A;  2X1S A;  3E49 A;  4JY8 A;  1R47 A;  1VS1 A;  2PE4 A;  2EGZ A;  4L4L A;  4NZJ A;  5U4N A;  2DZT A;  1D9E A;  1OX4 A;  5AHL A;  2VFF A;  1AW1 A;  3QMT A;  5D2X A;  1J4E A;  1OYC A;  4MFE A;  4WUI A;  3KVJ A;  1W54 A;  3TSB A;  4XUG A;  1H1Z A;  2UV8 G;  1OFO A;  4O14 A;  1A5C A;  4OBT A;  4TMC A;  4CCC A;  2WOQ A;  2PRH A;  3PR2 A;  4I9A A;  4LUI A;  5G2H A;  1FDZ A;  1TPU A;  4GBU A;  4GC4 A;  3IGX A;  2JKA A;  1G6C A;  2V2H A;  4XZ9 A;  1H7O A;  1WOA A;  3CU2 A;  1LM1 A;  5MHB A;  1YXD A;  5DN1 A;  3OEX A;  3LHT A;  2FB3 A;  1FCV A;  1FCB A;  5EYW A;  3W1T A;  3DZ1 A;  4R34 A;  5AYY A;  3G8R A;  1O60 A;  3NM1 A;  2EPH A;  1R2S A;  5K9X A;  4BI5 A;  3F4W A;  4AHP A;  2E09 A;  3BV4 A;  3T7V A;  3DKL A;  3MW7 A;  4PTN A;  3W1M A;  1TPE A;  2XN2 A;  3PS7 A;  2A21 A;  2J24 A;  3W22 A;  3HGJ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4I7W A;  3MQT A;  3BLF A;  1OWQ A;  4J2M A;  3KBW A;  4NHV A;  3Q94 A;  3MKC A;  2AL1 A;  3U5U A;  3NSM A;  3URN A;  4B5X A;  2QJI A;  1EYW A;  2FPV A;  1UPP A;  3S5S A;  1Z6K A;  2PTX A;  1JUE A;  3V1H A;  3GH5 A;  1RLD A;  3RLU A;  2WKJ A;  4GO8 A;  3TH6 A;  1TJ1 A;  1PXG A;  5JQ9 A;  4POD A;  3L2I A;  2BOF X;  4F79 A;  3SCQ A;  2NX3 A;  4IQE A;  3TYE A;  1GVS A;  1VIW A;  4O13 A;  3WJY A;  5FKY A;  1S5N A;  3S1V A;  4K8G A;  1BVN P;  1TZZ A;  4ZOA A;  1K1D A;  2X09 A;  1TUF A;  4O1E A;  1BWK A;  2BVW A;  1XCX A;  4E2B A;  1U30 A;  3U3H A;  1B3Y A;  2HV5 A;  3W27 A;  1UR1 A;  1XLI A;  2YA1 A;  3H22 A;  1QDS A;  3L0N A;  3IVU A;  4HCH A;  3W1L A;  1RPX A;  2GL5 A;  1R46 A;  4JDY A;  3ZSS A;  1RQE A;  3BSG A;  1NU5 A;  2R94 A;  3UJS A;  2OCZ A;  3CT7 A;  2YZR A;  1ZUA X;  1Q45 A;  3VYL A;  1A5K C;  1O68 A;  4G7E A;  2CET A;  3U2Z A;  1EGV A;  4JX6 A;  4L1W A;  3PNZ A;  2PI6 A;  2RUS A;  4HOX A;  1BF2 A;  3WLT A;  1B5T A;  2W3Z A;  2CZV A;  4HJW A;  5JBE A;  3VIP A;  4LUS A;  5E70 A;  1E0V A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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